Une étude rebat les cartes sur les connaissances sur Campylobacter coli en Europe

Une étude paru dans EID, la revue du CDC, rebat les cartes sur les connaissances sur Campylobacter coli en Europe. Elle s’intitule « Multisectoral Emergence of Multidrug-Resistant Campylobacter coli Sequence Type 10042 Lineage, Europe, 2018-2025 » (Émergence multisectorielle de Campylobacter coli de séquence type 10042 multirésistant, Europe, 2018-2025).

Résumé

Campylobacter spp. demeure la principale cause bactérienne de gastro-entérite d'origine alimentaire dans les pays occidentaux. Nous rapportons une circulation soutenue, jusqu'alors non identifiée, d'une souche multirésistante de Campylobacter coli de séquence type 10042 à travers l'Europe entre 2018 et 2025. Le séquençage du génome entier de 217 isolats provenant de 9 pays et couvrant des sources humaines, animales, alimentaires et environnementales a permis d'identifier des clusters transfrontaliers, dont une vaste lignée reliant principalement le Portugal et le Luxembourg, ainsi que l'Allemagne, l'Irlande, l'Espagne et le Royaume-Uni.

Les données génomiques indiquent une expansion clonale continue, accompagnée d'une diversification croissante au fil du temps. Les isolats présentaient un phénotype de multirésistance conservé, incluant une résistance aux fluoroquinolones, aux tétracyclines et aux β-lactamines ; une sensibilité réduite aux carbapénèmes a été observée. La résistance était associée aux gènes GyrA Thr86Ile, tet(O/32/O)/ tet(O) et aux variants du promoteur bla_OXA-61 ; la variation du gène porA était liée à une sensibilité variable à l’amoxicilline/acide clavulanique et à l’ertapénem. Ces résultats démontrent que les infections à C. coli peuvent impliquer une transmission internationale soutenue plutôt que des cas sporadiques et soulignent la nécessité d’une surveillance génomique coordonnée et intersectorielle pour détecter les lignées émergentes résistantes aux antimicrobiens.

Les cas de campylobactériose sont principalement causés par Campylobacter jejuni (environ 90 %) et C. coli (environ 10 %). La volaille constitue le principal réservoir, bien que les produits d'élevage, les animaux domestiques et sauvages, les humains et l'eau ou le sol contaminés contribuent également à la transmission. Si la plupart des infections à Campylobacter ont longtemps été considérées comme sporadiques, la surveillance récente basée sur le séquençage du génome entier (SGE) a démontré que de nombreux cas se présentent sous forme de clusters génétiquement apparentés. La surveillance génomique s'appuyant sur des approches basées sur le SGE, notamment le typage multilocus (MLST) du génome entier et du génome central, a considérablement amélioré l'identification des épidémies, l'étude des voies de transmission et la détection des lignées épidémiques émergentes, offrant ainsi une vision précise de la diversité génétique, des déterminants de la résistance aux antimicrobiens (RAM) et de l'attribution de la source.

Les données SGE permettent également d'approfondir les connaissances sur de nouveaux déterminants de la RAM, tels que le gène porA, qui code pour la principale porine de la membrane externe de Campylobacter et dont les variants alléliques pourraient réduire l'entrée des β-lactamines et des carbapénèmes par une modification de la perméabilité membranaire. C. coli est moins fréquemment associé aux épidémies, malgré sa large niche écologique, qui comprend les poulets de chair, les porcs et les oiseaux sauvages, ce qui souligne le risque de transmission zoonotique et de contamination environnementale.

En tirant parti de la surveillance continue basée sur le SGE au Portugal, nous avons cherché à caractériser la souche de C. coli multirésistante de séquence type (ST) 10042, associée à un pic d'infections à C. coli au Portugal et détectée dans d'autres pays (Allemagne, Luxembourg, France, Irlande, Danemark, Pays-Bas, Royaume-Uni et Espagne) et dans divers secteurs (humain, animal, alimentaire et environnemental). Nos objectifs étaient d'élucider sa dynamique de transmission et ses déterminants de résistance aux antimicrobiens, d'évaluer son importance potentielle en santé publique en tant que lignée émergente de C. coli et d'affiner notre compréhension de la surveillance de Campylobacter et de la charge globale que représente ce pathogène.

Cette étude met donc en lumière l'importance d'une surveillance coordonnée du SGE dans le cadre de l'approche Une seule santé pour détecter les lignées de C. coli épidémiologiquement pertinentes et surveiller la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les secteurs humain, animal, alimentaire et environnemental. Les données génomiques multicentriques ont révélé une circulation prolongée, transnationale et multisectorielle de la lignée ST10042 de C. coli multirésistante, alimentée par la volaille.

NB : Merci à Joe Whitworth de Food Safety News de m’avoir indiqué cette information.

La FAO expose les risques de la pollution plastique pour la sécurité des aliments et préconise une approche Une seule santé

« La FAO expose les risques de la pollution plastique pour la sécurité des aliments et préconise une approche « Une seule santé » (One Health) », source Food Safety Magazine.

Ce qu'il faut retenir

La pollution plastique peut se propager au sein des systèmes agroalimentaires, engendrant des risques interconnectés pour la sécurité des aliments. Les microplastiques et nanoplastiques (MNPs) ainsi que les substances chimiques associées aux plastiques peuvent contaminer les sols, les cultures, les animaux et les denrées alimentaires ; par ailleurs, les particules de plastique peuvent favoriser la colonisation microbienne, la formation de biofilms et la propagation d'agents pathogènes ainsi que de gènes de résistance aux antimicrobiens (RAM).

L'exposition humaine peut survenir par le biais de l'alimentation et des matériaux en contact avec les aliments, mais d'importantes incertitudes subsistent. Plus de 16 000 substances chimiques ont été identifiées dans les plastiques ; un quart d'entre elles sont considérées comme dangereuses et 66 % ne font l'objet d'aucune classification officielle de dangerosité. Parallèlement, les conséquences pour la santé de l'exposition actuelle aux MNPs via l'alimentation restent mal connues.

La FAO a appelé à l'adoption d'une approche « Une seule santé » prenant en compte les plastiques tout au long de leur cycle de vie. Les experts ont souligné la nécessité de renforcer la surveillance et la coordination intersectorielles, de prévenir et réduire la pollution plastique, et d'évaluer rigoureusement la sécurité des solutions de remplacement, notamment les plastiques biosourcés et biodégradables.

L'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) a publié une note technique examinant la manière dont la pollution plastique circule dans les systèmes agroalimentaires et crée des risques interconnectés pour la sécurité sanitaire des aliments ainsi que pour la santé humaine, animale, végétale et environnementale.

La publication intitulée, Plastic Pollution in Agrifood Systems and One Health: Impact Pathways and Policy Implications (La pollution plastique dans les systèmes agroalimentaires et l'approche « Une seule santé » : voies d'impact et implications politiques), applique le concept Une seule santé pour illustrer comment les plastiques et les polluants associés peuvent circuler entre les sols, les cultures, les animaux, les aliments, les populations humaines et l'environnement. Ce document a été élaboré à la suite d'un atelier organisé en novembre 2025 par la FAO.

Des millions de tonnes de plastiques utilisés dans les systèmes agroalimentaires

La FAO a relevé que les plastiques sont utilisés tout au long des chaînes de valeur agroalimentaires, notamment pour les films agricoles, les paillis, les bâches de serres, les engrais enrobés, les films d'enrubannage pour l'ensilage, les conteneurs de stockage, les équipements de transformation et les emballages alimentaires. On estime que 13,4 millions de tonnes de plastiques agricoles sont utilisées chaque année, auxquelles s'ajoutent 37,3 millions de tonnes pour les emballages alimentaires. L'utilisation de plastiques agricoles devrait atteindre 19 millions de tonnes d'ici 2040, tandis que la demande en emballages devrait augmenter de 38 % sur la même période.

Parallèlement, les systèmes agroalimentaires peuvent être contaminés par une pollution plastique provenant de l'extérieur du système alimentaire via les eaux usées, le ruissellement, les dépôts atmosphériques, l'eau d'irrigation contaminée et les amendements du sol.

Microplastiques et substances chimiques : des préoccupations pour la sécurité des aliments (formation de biofilms, résistance aux antimicrobiens)

La note d'information a décrit quatre voies illustrant comment la pollution plastique peut entraîner des effets en cascade selon l'approche Une seule santé :

1. Impacts via les sols

2. Risques pour les animaux dans les environnements terrestres et aquatiques

3. Exposition humaine et rétroactions du système

4. Pressions sur le climat et la nature.

Dans les sols agricoles, les microplastiques et nanoplastiques (MNPs) peuvent affecter la structure du sol, le microbiote ainsi que les cycles des nutriments et du carbone. La publication a cité des données montrant que les plantes peuvent absorber des MNPs et des substances chimiques associées aux plastiques (par exemple, les substances per- et polyfluoroalkylées [PFAS], les bisphénols, les phtalates, les retardateurs de flamme, etc.) par leurs racines, y compris dans les tissus comestibles destinés à la consommation humaine et animale.

De plus, des microplastiques ont été détectés chez plus de 1 300 espèces animales, et des produits d'origine animale terrestre se sont révélés en contenir à la suite de l'exposition du bétail. La FAO a indiqué que ces voies d'exposition ont des implications potentielles pour la contamination de la chaîne alimentaire, la sécurité des aliments et la propagation de la résistance aux antimicrobiens (RAM).

De nouvelles données montrent que la pollution plastique peut aggraver les risques microbiologiques liés à la sécurité sanitaire des aliments. Les MNPs peuvent offrir des surfaces propices à la colonisation microbienne et à la formation de biofilms, facilitant potentiellement le transfert horizontal de gènes ainsi que la persistance et la propagation d'agents pathogènes et de gènes de résistance aux antimicrobiens.

Exposition humaine à des milliers de substances chimiques encore mal connues

L'exposition humaine peut survenir par le biais d'aliments contaminés, de la migration de substances depuis des matériaux en contact avec les aliments, de l'inhalation, du contact cutané et d'expositions professionnelles. Plus de 16 000 substances chimiques ont été identifiées dans les plastiques, dont un quart est considéré comme dangereux en raison de leur persistance, de leur bioaccumulation, de leur mobilité et/ou de leur toxicité. Parmi les substances chimiques connues, 66 % ne font l'objet d'aucune classification officielle de danger de la part des organismes de réglementation ou de l'industrie.

La publication a également noté que des MNPs ont été identifiés dans plusieurs groupes d'aliments et dans des tissus humains. De nouvelles données suggèrent des liens possibles avec des altérations du microbiome, des réponses inflammatoires et immunitaires, des lésions tissulaires et une toxicité pour la reproduction. Toutefois, la FAO a souligné qu'il subsiste des incertitudes quant aux conséquences pour la santé et la sécurité sanitaire des aliments des niveaux actuels d'exposition alimentaire, en partie parce que les études expérimentales pourraient ne pas refléter fidèlement l'exposition o particules de plastique (micro- et nanoplastiques) altérées par les conditions environnementales.

La FAO appelle à une approche Une seule santé (One Health) face à la pollution plastique

Pour traduire les données probantes en politiques, les auteurs ont identifié quatre axes d'action :

1. Établir une base de données probantes commune à tous les secteurs

2. Co-concevoir des solutions avec les communautés concernées

3. Coordonner les actions entre les politiques et les accords internationaux

4. Réviser continuellement les politiques à mesure que les connaissances scientifiques évoluent.

La note d'orientation suggérait notamment que les plateformes nationales Une seule santé pourraient intégrer la surveillance des aspects environnementaux, de la sécurité des aliments, de la santé vétérinaire et de la santé publique. Ces plateformes pourraient également renforcer les normes relatives aux microplastiques et aux substances chimiques associées aux plastiques dans les aliments, tout en améliorant la surveillance de la contamination plastique des sols et des eaux.

Les alternatives biosourcées ne sont pas nécessairement plus sûres que les plastiques conventionnels

La FAO a également mis en garde contre l'idée reçue selon laquelle les plastiques biosourcés ou biodégradables constitueraient intrinsèquement des alternatives plus sûres. Les données disponibles n'ont pas encore démontré que ces matériaux sont nécessairement meilleurs pour l'environnement en termes de toxicité et de dégradation ; par ailleurs, les matériaux de substitution peuvent contenir des substances chimiques dangereuses. Les auteurs ont appelé à réaliser des évaluations toxicologiques et environnementales rigoureuses de ces matériaux de remplacement et ont souligné la nécessité d'intégrer des garanties de sécurité sanitaire des aliments dans les démarches d'économie circulaire, afin d'éviter que des contaminants ne soient réintroduits dans des applications en contact avec les aliments.

En conclusion, les auteurs estiment que la gestion des déchets plastiques en fin de cycle ne suffira pas à résoudre le problème. La publication préconise plutôt de prévenir et de réduire la pollution plastique tout au long du cycle de vie des plastiques, en s'appuyant sur une surveillance renforcée, une coordination intersectorielle et une évaluation des alternatives, afin d'éviter de déplacer les risques vers d'autres maillons du système alimentaire.

Examen des risques microbiologiques liés aux sauces et vinaigrettes

« Des chercheurs examinent les risques microbiologiques liés aux sauces et vinaigrettes », source Food safety Magazine.

À savoir

• Une analyse de 204 sources a révélé que les sauces et les vinaigrettes ne sont pas des aliments intrinsèquement à faible risque, car les pathogènes peuvent survivre malgré des obstacles tels que l'acidité, le sel, une faible activité de l'eau, les conservateurs et la réfrigération.
• Les risques microbiologiques varient selon le type et la formulation de la sauce, les principaux risques étant Salmonella, Escherichia coli pathogène, Listeria monocytogenes, Clostridium botulinum et Bacillus cereus.
• Les sauces fraîches et peu transformées peuvent présenter des risques accrus car elles sont souvent prêtes à consommer, peuvent ne pas avoir subi d'étape de létalité validée et peuvent contenir des ingrédients crus contaminés.
• Les levures, les moisissures et les bactéries lactiques peuvent indiquer une hygiène insuffisante, une contamination après transformation, un stockage inadéquat ou une efficacité insuffisante des conservateurs.
• Les parasites d'origine alimentaire demeurent un problème de sécurité sanitaire des sauces insuffisamment étudié, les chercheurs identifiant le manque de surveillance et de signalement comme d'importantes lacunes dans les connaissances. 

Bien que les sauces et les vinaigrettes soient souvent considérées comme des aliments à faible risque en raison de facteurs tels que l'acidité, la faible activité de l'eau, les conservateurs, le sel et les matières grasses, des épidémies d'intoxication alimentaire et des rappels de produits liés à ces produits continuent de se produire.

Dans ce contexte, deux chercheurs du Center for Food Safety de l'Université de Géorgie ont examiné les risques microbiologiques liés aux sauces acidifiées, fermentées et peu transformées, « Microbiological Risks in Sauces and Dressings: A Review ». Ils ont analysé 204 sources publiées entre 2000 et 2025, incluant des études évaluées par des pairs, des enquêtes sur des épidémies, des documents gouvernementaux et des rapports. Leurs conclusions ont été publiées dans Journal of Food Protection.

Les chercheurs ont mis en évidence les bactéries pathogènes comme principal problème de santé publique associé aux sauces, tout en examinant les micro-organismes d’altération et le risque, comparativement peu étudié, posé par les parasites d’origine alimentaire .

Les pathogènes et les risques liés à la transformation varient selon le type de sauce

Les risques microbiologiques associés aux sauces variaient selon la formulation du produit et les conditions de transformation. Dans les épidémies historiques analysées par les chercheurs, les enquêtes de traçabilité ont fréquemment mis en évidence des facteurs contributifs tels que le non-respect des températures de conservation, l'utilisation d'ingrédients crus à haut risque (comme les œufs crus et les fruits et légumes frais) et de mauvaises pratiques d'hygiène. De nombreuses épidémies se sont produites dans des restaurants ou des foyers, où les contrôles de production et la manipulation après préparation peuvent être irréguliers.

La réfrigération est un moyen de contrôle important pour ces produits, mais Listeria monocytogenes demeure une préoccupation particulière en raison de sa capacité à survivre et à se multiplier à des températures de réfrigération. Une mauvaise maîtrise de la température pendant le transport ou le stockage, ainsi qu'une conservation prolongée au réfrigérateur après ouverture, peuvent accroître encore ce risque.

Dans les sauces acidifiées, les chercheurs ont identifié Salmonella enterica, Escherichia coli O157:H7 et d'autres sérotypes, ainsi que Listeria monocytogenes, comme des pathogènes préoccupants. Bien que l'acidité puisse réduire la viabilité des pathogènes, une acidification insuffisante peut permettre la survie de pathogènes résistants à l'acidité.

Pour les sauces peu acides conditionnées dans des emballages hermétiques, Clostridium botulinum a été identifié comme un risque majeur, car ses spores peuvent germer et produire des neurotoxines en milieu anaérobie lorsque le traitement est insuffisant. Bacillus cereus présente également un risque, car ses spores peuvent survivre à un traitement insuffisant et germer ensuite pendant le stockage.

Les sauces fermentées présentent des risques différents selon leur méthode de conservation. Les produits fermentés acides peuvent nécessiter un pH final inférieur à 4,6, tandis que les produits riches en sel, comme les sauces de poisson et de soja, peuvent avoir des pH plus élevés et dépendent alors fortement de la concentration en sel et d'une faible activité de l'eau pour le contrôle microbien. Des cultures de démarrage inadaptées, une hygiène insuffisante, une fermentation inadéquate, des ingrédients contaminés et un stockage inapproprié peuvent favoriser la survie des agents pathogènes ou la production de toxines.

Les chercheurs ont également souligné les implications potentielles, en matière de sécurité des aliments, du développement de sauces fermentées à faible teneur en sel. La réduction de la concentration en sel peut accroître l'activité de l'eau et rendre plus difficile l'inhibition des bactéries pathogènes.

Les sauces fraîches et peu transformées présentent des défis supplémentaires car elles sont souvent prêtes à consommer et peuvent ne pas avoir subi d'étape de stérilisation validée. Les fruits et légumes crus, les herbes aromatiques, l'ail, les produits laitiers et autres ingrédients peuvent introduire des agents pathogènes, tandis que le mélange peut propager la contamination d'un seul ingrédient dans l'ensemble du lot.

Les micro-organismes responsables de la détérioration peuvent signaler des problèmes de maîtrise du processus.

Les levures, les moisissures et les bactéries lactiques ont été identifiées comme les principaux organismes d'altération des sauces. Bien que ces micro-organismes affectent principalement la qualité et la durée de conservation plutôt que de provoquer des intoxications alimentaires, les chercheurs ont noté que leur présence peut indiquer un manque d'hygiène, une contamination après transformation, un stockage inadéquat ou une efficacité insuffisante des conservateurs.

Les organismes acidophiles peuvent également surmonter les obstacles liés à la stabilisation des sauces. Par exemple, Zygosaccharomyces bailii tolère une faible activité de l'eau et des conditions faiblement acides et a été identifié dans diverses sauces acidifiées.

Les chercheurs ont insisté sur l'importance du nettoyage et de la désinfection, notamment parce que les micro-organismes peuvent persister sur les équipements de transformation et former des biofilms. La formation de biofilms est également un facteur important pour les bactéries pathogènes, telles que Salmonella, Listeria monocytogenes et Escherichia coli, dans les environnements de production de sauces prêtes à consommer.

Les parasites d'origine alimentaire représentent un risque insuffisamment étudié

Comparativement aux risques bactériens, les parasites associés aux sauces ont fait l'objet de relativement peu d'études. Toutefois, les chercheurs ont souligné des preuves démontrant que certains parasites peuvent survivre dans des aliments acides ou fermentés, ainsi que des cas de contamination parasitaire dans les condiments et les sauces.

Les voies de contamination potentielles comprennent les fruits et légumes crus, la viande et le poisson, l'eau non potable, le sol, les excréments d'animaux et une hygiène insuffisante des personnes manipulant les aliments. Les chercheurs ont souligné que le manque de surveillance et de signalement des parasites d'origine alimentaire constitue une lacune importante dans les connaissances, susceptible de contribuer à la sous-estimation de leur incidence et des risques associés.

Meilleures pratiques et besoins en recherche pour la sécurité alimentaire des sauces

Globalement, l'étude a souligné l'importance de maîtriser le pH, l'activité de l'eau, la température, la concentration en sel et le traitement thermique en fonction des caractéristiques de chaque sauce. Les bonnes pratiques de fabrication, les contrôles préventifs efficaces, l'hygiène des matières premières, la formation du personnel de manipulation des aliments et les mesures de prévention de la contamination post-transformation ont également été mis en avant.

Les chercheurs ont également plaidé pour l'amélioration des technologies de détection rapide et la poursuite des recherches sur les méthodes de conservation naturelles, notamment les huiles essentielles, les bactériophages, les bactériocines et les biosurfactants. Bien que ces méthodes soient étudiées comme alternatives aux conservateurs chimiques, des difficultés subsistent quant à leurs effets sensoriels, leur coût, leur innocuité, les exigences réglementaires et les interactions avec la matrice alimentaire.

À mesure que les formulations de sauces et les méthodes de transformation continuent d'évoluer, les chercheurs ont conclu qu'une surveillance continue et des mises à jour réglementaires seront nécessaires pour faire face aux risques microbiens émergents.

Brève de vacances : l’IA et un ancien président

« J’ai interrogé l’IA sur le bilan de mon quinquennat », écrit l’ancien Président dans son nouveau livre, Unir, chez Robert Laffont, paru le 3 septembre. En une dizaine de secondes, l’agent numérique lui renvoie une note complète et claire, « bien plus équilibrée que les jugements que mes opposants portent sur mon action. » Source L’Opinion et Le Canard enchaîné.

Ce qui fait dire à Olivier Masbou dans son blog-notes, « l’IA et François Hollande, pas si intelligente que ça : bonne nouvelle, l’Intelligence artificielle peut se tromper. »

Le blog pense que cet ancien président, ainsi que son ministre de l’agriculture, sont responsables de la baisse des inspections en sécurité des aliments de 2012 à 2017, comme cela a ét montré à plusieurs reprises sur ce blog, et récemment encore dans cet article, ou encore ci-dessous, et ça, ce ne n’est pas de l’IA ...

Intégrer l’analyse des causes profondes dans la gestion quotidienne de la sécurité des aliments

« Actions correctives comme renseignement préventif : intégrer l’analyse des causes profondes dans la gestion quotidienne de la sécurité des aliments », source article d’Angela M. Fraser et Otto « Chip » D. Simmons III paru dans Food Safety Magazine.

À savoir

• Les épidémies d'origine alimentaire résultent souvent de multiples faiblesses persistantes dans les systèmes de sécurité des aliments, plutôt que d'une seule défaillance isolée.

• L'analyse des causes profondes doit s'étendre au-delà des données de détection et de surveillance microbiologiques pour examiner des facteurs tels que la formation, la maintenance, la conception des équipements, le nettoyage-désinfection et la supervision de la direction.

• L'intégration de l'analyse des causes profondes dans les actions correctives de routine peut aider à identifier les raisons de l'échec des contrôles préventifs et à remédier aux vulnérabilités sous-jacentes avant que les problèmes ne se reproduisent ou ne s'aggravent.

• Les rapports d'actions correctives peuvent fournir des renseignements préventifs en révélant les tendances récurrentes en matière de nettoyage-désinfection, de performance des équipements, de formation, de documentation et dans d'autres domaines.

• L'intégration de l'analyse des causes profondes dans la gestion quotidienne de la sécurité des aliments peut faire évoluer les actions correctives, passant d'une simple mise en conformité à une démarche d'amélioration continue et de prévention.

Les épidémies d'origine alimentaire sont rarement dues à une seule erreur isolée. Elles résultent généralement de multiples failles négligées qui s'accumulent au fil du temps, créant ainsi un contexte propice à la contamination. Pris individuellement, ces facteurs, tels qu'un équipement difficile à nettoyer, des registres incomplets, une formation insuffisante du personnel ou des carences d'entretien récurrentes, peuvent paraître mineurs et peu susceptibles de causer des dommages. Cependant, lorsque plusieurs failles surviennent simultanément ou persistent, elles peuvent compromettre les contrôles de sécurité des aliments, créant ainsi un environnement favorable à la contamination et à l'apparition de maladies.

L’analyse des causes profondes (ACR) est une approche systématique utilisée dans presque tous les grands secteurs d’activité pour identifier les facteurs sous-jacents aux défaillances. Dans l’industrie agroalimentaire, l’ACR est souvent appliquée a posteriori, suite à un rappel de produit majeur, une épidémie ou une mesure réglementaire. Lorsque les enquêteurs reconstituent le déroulement des événements, ils découvrent souvent des signes avant-coureurs présents depuis des semaines, des mois, voire des années. Rétrospectivement, le constat est sans appel : « On aurait dû le voir venir. »

Au-delà de la détection, s'intéresser aux causes profondes

L'une des raisons pour lesquelles les signaux d'alerte peuvent être négligés est une dépendance excessive aux seules données microbiologiques. Dans l'industrie agroalimentaire, le séquençage du génome entier (SGE) est un outil puissant utilisé pour identifier et comparer les isolats microbiens. Cependant, le SGE, comme tout autre outil de détection microbienne, ne permet pas à lui seul d'empêcher la récurrence d'une infection, car il identifie ce qui s'est passé, mais pas pourquoi. Par exemple, le SGE peut montrer que des isolats environnementaux de Listeria monocytogenes prélevés au fil du temps au sein d'une usine de transformation sont génétiquement apparentés, indiquant qu'une souche persistante s'est établie. Bien que cette observation confirme la persistance, elle n'explique pas comment et pourquoi l'organisme a survécu, s'est implanté et continue de représenter un risque.

Une autre raison pour laquelle les signaux d'alerte peuvent passer inaperçus est que les opérateurs privilégient souvent la collecte des données à leur analyse. Les audits, les résultats de la surveillance environnementale, les tests ATP et les rapports de maintenance fournissent des informations précieuses lors des activités de contrôle de routine, mais la collecte de données à elle seule n'améliore pas la sécurité des aliments. Son intérêt réside dans l'identification des tendances, l'évaluation des performances du système, la détection des vulnérabilités émergentes et la compréhension des causes potentielles de l'affaiblissement des contrôles préventifs avant qu'une défaillance ne survienne.

L'analyse des causes profondes (ACR) ne se limite pas aux données microbiologiques et de surveillance ; elle doit également évaluer d'autres facteurs contributifs potentiels, tels que la formation du personnel, la maintenance préventive, la conception des équipements, les pratiques de nettoyage-désinfection et la supervision de la direction. Sans une enquête systémique plus large, les opérations risquent de continuer à détecter le même problème de contamination sans identifier les facteurs qui ont permis sa persistance.

Faire de l'analyse des causes profondes une routine

Nous affirmons que l'analyse des causes profondes (ACR) est plus efficace lorsqu'elle fait partie intégrante du système de management de la sécurité des aliments au quotidien, et non pas réservée aux épidémies, aux rappels de produits ou aux enquêtes réglementaires. Dans les secteurs à haut risque, l'ACR s'étend bien au-delà d'une défaillance immédiate ; elle est intrinsèquement liée au système. Par exemple, l'industrie aéronautique ne se concentre pas uniquement sur la défaillance mécanique ayant contribué à un accident ; elle évalue en permanence les systèmes de maintenance, les programmes de formation, les processus de communication, les performances des équipements et les pratiques organisationnelles afin d'identifier les facteurs susceptibles d'entraîner de futures défaillances. De même, les établissements de santé qui enquêtent sur des incidents liés à la sécurité des patients examinent les flux de travail, la communication, les effectifs, les politiques et la culture organisationnelle afin de comprendre les causes des erreurs et les moyens de les prévenir.

L'intégration de l'analyse des causes profondes (ACR) à votre plan d'actions correctives peut transformer les problèmes quotidiens en occasions d'apprentissage et d'amélioration continue. Plutôt que de simplement rétablir la conformité, l'application régulière des principes de l'ACR vous permet de mieux comprendre la performance de votre système et d'identifier les risques émergents avant qu'ils ne provoquent des épidémies ou des rappels de produits. L'examen systématique des causes et des modalités d'une défaillance renforce la résilience de votre système de gestion de la sécurité des aliments et contribue à réduire la probabilité de récidive.

Transformer les actions correctives en intelligence préventive

Pour mettre en œuvre cette approche, nous suggérons de considérer chaque action corrective comme une opportunité d'analyse des causes profondes (ACR). Chaque écart doit faire l'objet d'une investigation afin de comprendre le fonctionnement du système et d'identifier les faiblesses qui pourraient ne pas être mises en évidence par la seule surveillance de routine. Lorsqu'un contrôle préventif ne fonctionne pas comme prévu, votre plan d'actions correctives doit exiger des réponses à trois questions fondamentales : 

• Ce qui s'est passé? 

• Pourquoi cela s'est-il produit ? 

• Quels changements sont nécessaires pour éviter toute récidive ? 

La première question définit le problème, la deuxième identifie les facteurs contributifs et la troisième permet d'apporter une amélioration significative. Sans comprendre les causes profondes, les mesures correctives peuvent rétablir temporairement la conformité, mais elles ne permettent pas d'expliquer comment et pourquoi le dysfonctionnement s'est produit.

L'intégration de l'analyse des causes profondes (ACR) à votre plan d'actions correctives permet de passer d'une gestion réactive à une gestion préventive de la sécurité des aliments. Les tendances identifiées grâce aux enregistrements des actions correctives offrent un éclairage précieux sur les risques émergents et permettent à la direction de remédier aux vulnérabilités avant qu'elles ne dégénèrent en incidents de contamination. Les actions correctives ne se limitent pas à la simple consignation des problèmes résolus ; elles constituent une source d'informations préventives qui complètent les données de surveillance. L'objectif n'est pas seulement de détecter les défaillances, mais aussi d'en tirer des enseignements et de renforcer en permanence les contrôles mis en place pour éviter leur récurrence.

Par exemple, imaginez que lors d'un contrôle de routine, vous constatiez qu'un réfrigérateur fonctionne à 9°C. Les mesures correctives immédiates peuvent consister à évaluer la sécurité des produits, à rétablir la température adéquate et à déterminer si les produits concernés doivent être jetés. Toutefois, un plan d'actions correctives amélioré (c'est-à-dire intégrant les principes de l'analyse des causes profondes) devrait également prendre en compte les points suivants :

• Le dispositif de surveillance de la température était-il imprécis ?

• Les employés n'ont-ils pas réagi de manière appropriée à l'alarme ?

• Les procédures de maintenance préventive étaient-elles inadéquates ?

• Les procédures opérationnelles standard étaient-elles imprécises ou appliquées de manière incohérente ?

Les réponses à ces questions permettent non seulement de corriger le problème immédiat, mais aussi de comprendre comment améliorer le système pour éviter qu'il ne se reproduise. Il est tout aussi important de consigner ces réponses dans votre registre des actions correctives. La consignation de ces informations vous permet d'identifier les schémas récurrents et d'intervenir avant qu'ils n'entraînent une défaillance majeure. Par exemple, des écarts répétés en matière d'hygiène dans une zone de traitement spécifique peuvent révéler une formation insuffisante du personnel, des procédures opératoires standard imprécises, des limitations de conception des équipements ou des activités de vérification insuffisantes. Ces facteurs sous-jacents ne seraient pas nécessairement identifiés par les activités de surveillance, d'où l'importance de se poser la question du « pourquoi » et d'en consigner les réponses. 

De même, des pannes d'équipement récurrentes peuvent révéler des lacunes dans les programmes de maintenance préventive, tandis que des erreurs de documentation répétées peuvent indiquer des faiblesses en matière de formation, de communication ou de responsabilisation. Au fil du temps, ces enregistrements deviennent une source d'information précieuse qui favorise l'amélioration continue et une prévention plus efficace. Bien gérées, les actions correctives peuvent servir de système d'alerte précoce.

Passer de la correction à la prévention

Cette approche est conforme à l'esprit de la loi américaine sur la modernisation de la sécurité des aliments (FSMA), qui met l'accent sur l'anticipation et la maîtrise des dangers plutôt que sur la seule intervention corrective après contamination. Vous êtes déjà tenu de surveiller les contrôles préventifs, de traiter les écarts, de mettre en œuvre des actions correctives et d'en vérifier l'efficacité. L'objectif n'est pas seulement de réagir plus efficacement aux défaillances, mais aussi de développer un système qui les prévient grâce à une démarche continue d'investigation, d'apprentissage et d'amélioration. Une culture de la sécurité des aliments solide considère les écarts comme des opportunités de renforcer les processus, reflétant les principes d'amélioration continue inhérents aux systèmes de management de la sécurité des aliments tels que l'ISO 22000 et HACCP.

L'objectif de l'analyse des causes profondes (ACR) est de prévenir les futures épidémies en comprenant les conditions sous-jacentes qui ont permis la contamination. Intégrer l'ACR à votre plan d'actions correctives vous offre une approche systématique et continue pour déterminer les causes des défaillances des contrôles préventifs et identifier ainsi les pistes d'amélioration. Un plan d'actions correctives optimisé fournit les informations préventives nécessaires qui renforcent votre système de gestion de la sécurité des aliments et contribuent à prévenir la contamination avant qu'elle ne provoque une maladie d'origine alimentaire.

Royaume-Uni : la Food Standards Agency va faire progresser des réformes réglementaires de grande envergure du système alimentaire

« Le conseil d'administration de la Food Standards Agency (FSA) décide de faire progresser des réformes réglementaires de grande envergure du système alimentaire », source Food safety Magazine.

Le conseil d'administration de la FSA est d’accord pour faire progresser son projet de refonte systémique de la réglementation alimentaire, notamment en renforçant la mise en œuvre par les autorités locales et en adoptant une nouvelle approche nationale pour superviser certaines des plus grandes entreprises alimentaires du pays.

Cette décision fait entrer le programme « Future of Food Regulation » (Avenir de la réglementation alimentaire) de la FSA dans une phase de conception détaillée. L’agence élaborera des modèles réglementaires potentiels combinant une surveillance nationale des grandes entreprises, en se concentrant initialement sur les principaux distributeurs, et des réformes visant à rendre la réglementation alimentaire locale plus efficace et durable. Les propositions finales devraient être soumises au conseil d’administration de la FSA en mars 2027, suivies d’une consultation publique plus tard dans l’année.

Le Conseil s'était mis d'accord sur le périmètre du programme « Future of Food Regulation » en mars 2026. Les domaines ciblés par la réforme comprennent l'enregistrement des entreprises alimentaires, la réglementation des grandes entreprises alimentaires, les orientations à destination des autorités locales et de l'industrie, les pouvoirs de contrôle et l'accès des consommateurs à l'information sur l'hygiène alimentaire.

La FSA présente sa vision de la future réglementation alimentaire

Dans un rapport remis au Conseil en septembre 2026, la FSA a indiqué que le futur système devait être « efficace, résilient et fiable », tout en garantissant la sécurité et l’authenticité des aliments. L’agence a souligné la nécessité d’élaborer une approche nationale pour certaines grandes entreprises, parallèlement à un renforcement des contrôles locaux assurés par des agents de sécurité et de normalisation des aliments possédant une expertise locale.

La FSA a défini six résultats escomptés pour ce programme :

1. Enregistrement amélioré des entreprises alimentaires

2. Différentes voies réglementaires en fonction des caractéristiques de l'entreprise

3. Un recours accru aux données et au partage de renseignements

4. Amélioration des conseils

5. Outils et pouvoirs de mise en application révisés

6. Une plus grande transparence en matière d'hygiène alimentaire, notamment par l'affichage obligatoire des notes d'hygiène alimentaire en ligne dans tout le Royaume-Uni et dans les établissements physiques en Angleterre.

Réformes impulsées par l'influence des grandes enseignes de distribution

L'importance accordée par la FSA à la surveillance nationale repose essentiellement sur l'envergure et l'influence des grandes entreprises alimentaires. Bien que près de 600 000 entreprises agroalimentaires britanniques soient majoritairement des micro-entreprises, des petites entreprises ou des moyennes entreprises, dix grands distributeurs représentent à eux seuls près de 97 % du marché de détail. La FSA a fait valoir que les décisions prises par ces entreprises au niveau national peuvent avoir des répercussions importantes sur les consommateurs et les chaînes d'approvisionnement, et qu'une meilleure utilisation des données commerciales centralisées des grands distributeurs permettrait d'identifier plus rapidement les risques systémiques.

Dans le cadre du système proposé, les autorités locales continueraient de superviser la grande majorité des entreprises alimentaires. La FSA a également souligné que l'introduction d'une réglementation nationale pour les grandes entreprises ne devrait pas servir de prétexte pour réduire les ressources allouées aux autorités locales.

Ces propositions s'appuient en partie sur un projet pilote mené précédemment par la FSA afin d'étudier une approche alternative de la réglementation des grandes chaînes de supermarchés. Cinq grands distributeurs y ont participé. L'attention s'est déplacée des inspections individuelles des établissements vers un suivi centralisé des données de gestion de la sécurité sanitaire des aliments pour ces entreprises. La FSA a analysé les tendances de performance des distributeurs participants et identifié des pistes d'amélioration des systèmes de sécurité sanitaire des aliments. Elle a conclu que cette approche pourrait fournir des informations comparables, voire supérieures, à celles obtenues par les seules inspections de routine des autorités locales en matière de conformité.

Deux modèles nationaux de surveillance progressent vers un développement plus poussé.

Dans le cadre d'un processus d'élaboration de politiques, la FSA a examiné six cadres potentiels pour la réglementation nationale des grandes entreprises agroalimentaires. L'agence a recommandé de privilégier deux approches pour la conception détaillée : l'assurance directe de la FSA et la FSA en tant qu'autorité compétente.

• Dans le cadre du modèle d'assurance directe, les grandes entreprises soumettraient directement leurs données et les éléments probants de leurs audits à la FSA, qui exercerait une fonction d'assurance nationale. Les autorités locales demeureraient compétentes et s'appuieraient sur les activités d'assurance de la FSA pour éclairer leur travail réglementaire.

• Le modèle d'autorité compétente, plus pertinent sur le plan structurel, conférerait à la FSA une supervision nationale directe des grandes entreprises concernées, assortie de pouvoirs d'intervention renforcés. Dans son évaluation, la FSA a indiqué que cette approche était la plus conforme aux objectifs du programme et représentait la seule option envisagée permettant une réforme structurelle complète.

L'agence va désormais élaborer ces deux cadres en modèles réglementaires plus détaillés, en examinant notamment les exigences législatives et en matière de données, l'enregistrement, les modifications apportées au système d'évaluation de l'hygiène alimentaire, les orientations, la mise en œuvre par les collectivités locales et la viabilité des ressources à long terme. La FSA a indiqué qu'elle utilisera ce processus pour approfondir son hypothèse de base selon laquelle certaines grandes entreprises devraient faire l'objet d'une supervision nationale tandis que la plupart des entreprises resteraient soumises à une réglementation locale.

Suède : Une étude révèle l'ampleur des maladies infectieuses d'origine alimentaire non signalées

Un article paru dans iScience décrit le fardeau des maladies infectieuses d’origine dans une approche Une seule santé (Foodborne disease burden in Sweden with a One Health perspective).

Merci à Joe Whiworth de Food Safet News de m’avoir signalé cet article.

• De 2013 à 2022, les maladies infectieuses d'origine alimentaire ont causé 1,2 million de cas et 37 665 DALYs* en Suède.
• La campylobactériose et la salmonellose présentent la charge de DALYs la plus élevée parmi les autres
• Des liens étroits existent entre les cas de campylobactériose humaine et les épidémies dans les élevages de volailles.
• Des associations sont observées entre les variables bioclimatiques et les cas annuels de maladies infectieuses d'origine alimentaire.

* Le DALY (année de vie corrigée de l'incapacité) représente la perte de l'équivalent d'une année de vie en bonne santé.

Résumé

Les maladies infectieuses d'origine alimentaire représentent un fardeau considérable pour la santé publique mondiale. Pourtant, leur ampleur et leurs facteurs déterminants en Suède n'ont pas fait l'objet d'une évaluation exhaustive. Dans le cadre de l'approche « Une seule santé », nous avons estimé le fardeau national des maladies infectieuses d'origine alimentaire de 2013 à 2022 et exploré les liens avec les sources zoonotiques et les facteurs climatiques. Nous avons recensé plus de 1,2 million de cas, pour la plupart non déclarés, correspondant à 37 665 années de DALYs. La campylobactériose représente la part la plus importante des cas et du fardeau de morbidité, avec de fortes corrélations avec les foyers épidémiques dans les élevages de volailles et la consommation de viande de poulet contaminée. La salmonellose se classe au deuxième rang en termes de fardeau de morbidité. La listériose a causé relativement peu de cas, mais un fardeau de morbidité disproportionné. L'augmentation des températures et des précipitations était associée à une incidence annuelle plus élevée. Un fardeau plus élevé, ajusté à la population, a été observé dans les comtés du nord. Ces résultats permettent de mieux comprendre la dynamique des maladies infectieuses d'origine alimentaire en Suède et soulignent la nécessité de renforcer les stratégies de prévention et de surveillance tout au long de la chaîne de production alimentaire.

Nous y voilà, comme dans d’autres pays, la Suède fait face à une sous déclaration des cas de maladies infectieuses d'origine alimentaire.

Introduction

Cette étude vise à explorer six maladies transmises par les animaux (zoonoses) courantes en Suède : la campylobactériose, la cryptosporidiose, l’infection à Escherichia coli entérohémorragique (EHEC), l’hépatite A, la listériose et la salmonellose non typhoïdique. Cette sélection reflète les pathogènes pour lesquels la Suède dispose de données de surveillance nationale fiables et de haute qualité, permettant l’estimation des DALYs. Plusieurs pathogènes pertinents, tels que norovirus, n’ont pu être inclus car ils n’étaient pas soumis à déclaration obligatoire durant la période d’étude. L’analyse se concentre donc sur les pathogènes susmentionnés pour lesquels des données nationales robustes existent, garantissant ainsi la comparabilité et la validité des résultats. Cette étude quantifie d’abord le fardeau des DALYS associé aux zoonoses en Suède, puis applique une approche « Une seule santé » afin de comprendre les interactions complexes entre les humains, les animaux et l’environnement. À partir des données disponibles, nous cherchons à examiner les liens entre l’incidence des zoonoses et l’incidence humaine, et à identifier comment les facteurs bioclimatiques influencent l’incidence des zoonoses.

Incidence estimée de la maladie et DALY

En Suède, entre 2013 et 2022, l'incidence déclarée des maladies d'origine alimentaire (MOA) pour les six maladies étudiées était de 107 972 cas, tandis que le nombre de cas estimés dépassait les 2 millions, dont environ 1,2 million suspectés d'être d'origine alimentaire. Au total, les maladies infectieuses d’origine alimentaire ont été responsables de 37 665 DALYs. La campylobactériose était la maladie infectieuse d’origine alimentaire présentant l'incidence et la charge de morbidité la plus élevée, avec près d'un million de cas d'origine alimentaire estimés, contre une incidence déclarée d'un peu moins de 75 000 cas. Sa charge de morbidité représentait plus de la moitié de la charge totale des maladies infectieuses d’origine alimentaire, soit 19 415 DALYs. L'hépatite A était la maladie infectieuse d’origine alimentaire présentant la charge de morbidité estimée la plus faible, avec 173 DALYs et environ 1 700 cas. La listériose présentait l'incidence la plus faible, estimée à moins de 1 000 cas. Cependant, fortement amplifiée par son DALY élevé par cas, elle s’est classée troisième dans la charge globale des maladies infectieuses d’origine alimentaire.

Discussion

Dans l’étude, il a été montré que la campylobactériose, la salmonellose et la listériose étaient les principales causes de maladies d'origine alimentaire en Suède. La listériose se distingue par son impact disproportionné malgré sa faible incidence. Nous avons constaté que plus d'un million de cas de maladies d'origine alimentaire n'ont pas été déclarés pendant la période étudiée.

Il a été aussi constaté que le portage de Campylobacter chez les poulets de chair dans les élevages avicoles suédois était étroitement lié à la campylobactériose humaine endémique, soulignant le lien fort entre la viande de poulet contaminée et la campylobactériose.

Conclusion

Cette étude offre un aperçu précis de la répartition sur dix ans de six maladies d'origine alimentaire en Suède. La campylobactériose, la salmonellose et la listériose sont les principales causes de morbidité liée à ces maladies dans le pays. Bien que la listériose soit peu fréquente, elle représente une part disproportionnée de la morbidité, soulignant ainsi son importance en santé publique. Sur le plan spatial, le DALY était la plus élevé dans le sud de la Suède, tandis que plusieurs comtés du nord présentaient des charges plus élevées, ajustées à la population, ce qui met en évidence une hétérogénéité régionale importante. Ces schémas géographiques pourraient être en partie influencés par des facteurs climatiques, tels que les variations de température et de précipitations, qui étaient associés à l'incidence des maladies d'origine alimentaire dans nos analyses. Par ailleurs, la forte association entre le portage de Campylobacter chez les poulets de chair et la campylobactériose humaine contractée dans un contexte endémique renforce le rôle de la viande de volaille contaminée comme voie de transmission majeure en Suède.

Globalement, ces résultats soulignent l'importance d'une approche intégrée « Une seule santé » qui prend en compte conjointement la santé humaine, animale et les facteurs environnementaux lors de l'évaluation et de la gestion des risques liés aux maladies d'origine alimentaire. À la lumière de nos conclusions, les priorités à court terme devraient porter sur : (1) le renforcement des contrôles tout au long de la filière avicole, de la biosécurité à la ferme à l'hygiène d'abattage et à la manipulation en point de vente, afin d'endiguer la campylobactériose endémique ; (2) l'intégration d'une gestion des risques tenant compte du climat (par exemple, un renforcement de la surveillance et des contrôles d'hygiène pendant les périodes chaudes et humides) ; et (3) le renforcement de la surveillance des aliments non issus de l'élevage, en particulier les légumes frais (par exemple, les légumes à feuilles, les salades composées, les herbes aromatiques) et les fruits et légumes/baies importés, en intégrant les flux de données actuellement fragmentés entre les différents organismes. Les données relatives aux sources d'épidémies devraient continuer d'être utilisées comme indicateurs de vecteurs traçables plutôt que comme mesures de l'exposition au niveau de la population, et les comtés présentant des taux d'exposition plus élevés, ajustés à la population, pourraient bénéficier de stratégies de surveillance et de prévention adaptées aux systèmes alimentaires locaux et aux capacités de dépistage. À l'avenir, les plateformes de données partagées One Health, qui relient systématiquement les données humaines, animales, alimentaires et climatiques, associées à des enquêtes microbiologiques et sur la chaîne alimentaire ciblées, permettront des tests de sensibilité plus rigoureux et une meilleure compréhension des causes, guidant ainsi des actions préventives plus précises en matière de sécurité des aliments en Suède.