Listeria: Traquer le coupable à l'aide du profilage génétique, vu par le BfR

« Listeria: traquer le coupable à l'aide du profilage génétique », source BfR 40/2019 du 23 octobre 2019.

L'information génétique aide à localiser la source des infections d'origine alimentaire

C'est une course contre la montre: si des aliments contaminés par des germes sont en circulation, il faut en trouver la source le plus rapidement possible.

Le but est d'éviter autant que possible les infections et même les décès. Les méthodes avec lesquelles on peut examiner les informations provenant du matériel génétique des agents pathogènes (génome) fournissent une aide importante à cet égard. L’exemple de la clarification des éclosions de maladies causées par Listeria montre à quel point elles peuvent être utiles.

Ce sont des bactéries potentiellement pathogènes présentes dans les aliments. En comparant les informations sur le matériel génétique avec Listeria, il était déjà possible de trouver la source d'une infection dans divers cas.

« Les méthodes biologiques moléculaires et la comparaison des informations génomiques provenant de germes alimentaires révolutionnent le travail des autorités de surveillance », a déclaré le Dr Andreas Hensel, président du BfR. « Ils constituent une excellente base pour localiser rapidement et clairement les aliments contaminés par des agents pathogènes. »

Des conseils sur la protection contre Listeria sont disponibles dans un document de huit pages intitulé, Protection contre les infections d'origine alimentaire dans les foyers domestiques.

La question centrale en cas d'épidémie est la suivante: quel type d'agent pathogène est responsable d'une infection?

Par exemple, les méthodes classiques utilisent des propriétés de surface, des anomalies biochimiques ou des segments d’informations sur le matériel génétique pour trouver un micro-organisme suspect. Bien que ces méthodes aient fait leurs preuves, elles ne peuvent pas déterminer quelle variant génétique de l'agent pathogène est impliquée avec une précision absolue.

Cependant, avec l’émergence de méthodes haute résolution d’information sur le matériel génétique (séquençage à haut débit), il est devenu possible de s’attaquer au « cœur »  d’un germe - le « manuel de construction » stocké dans ses gènes. Depuis lors, le séquençage du génome complet (WGS) est devenu de plus en plus important dans la détection des microbes pathogènes.

Le Study Centre for Genome Sequencing and Analysis ou Centre d’étude du séquençage et de l’analyse du génome a récemment été fondé au BfR. Il sert de contact aux laboratoires de recherche des États fédéraux allemands (les Laender) et fournit aux laboratoires nationaux de référence situés à l’Institut avec des « méthodes de détection » modernes pour la recherche d’agents pathogènes. Avec ce soutien, les laboratoires nationaux de référence devraient aider à identifier les risques en temps utile. Les laboratoires de référence de Listeria monocytogenes (le type le plus dangereux de Listeria), Salmonella, Campylobacter et Escherichia coli, entre autres sont situés au BfR.

Même si ces nouvelles méthodes sont révolutionnaires, il est essentiel que les autorités de surveillance sanitaire de la santé et des aliments travaillent bien ensemble à l'avenir. Par exemple, en cas d'éclosion de Listeria monocytogenes chez l'homme, les agents pathogènes isolés par les autorités de surveillance des aliments des États fédéraux (« Laender ») seront envoyés au BfR.

Le matériel génétique sera entièrement analysé au laboratoire national de référence. Ces informations sur le génome seront ensuite comparées aux informations du matériel génétique de Listeria que l’Institut Robert Koch (RKI) a détectées chez l’homme.

Si la séquence des isolats présente un degré élevé de similitude relationnelle dans le génome, cela indique généralement la source de l'épidémie. Les résultats de la comparaison seront transmis aux autorités de surveillance des États fédéraux allemands (« Laender »). La simple comparaison de la séquence ne suffit généralement pas pour clarifier complètement une éclosion. Il devrait toujours y avoir d'autres indicateurs expliquant de manière plausible la transmission.

Par exemple, la manière dont un produit est arrivé du fabricant aux personnes concernées doit être documentée. Avec le logiciel FoodChain-Lab, le BfR a développé un outil numérique performant à cet effet.