« Tous
les sous-types de STEC peuvent provoquer une maladie grave, selon
l'EFSA », source article
de Joe Whitworth paru le 31 janvier 2020 dans Food Safety News.
Selon
un avis scientifique de l'EFSA, toutes les souches de E. coli
producteurs de shigatoxines sont pathogènes et potentiellement
associées à une maladie grave.
Bien
que le sérotype soit important dans le suivi épidémiologique, y
compris l'incidence, l'émergence de nouveaux clones et la détection
et l'investigation des épidémies, il n'est pas possible d'exclure
la pathogénicité ou la possibilité d'une maladie grave sur la base
de ces informations, selon l'agence européenne.
L'avis
a révélé que tous les sous-types de STEC peuvent être
associés à des maladies graves telles que le syndrome hémolytique
et urémique (SHU), la diarrhée sanglante et l'hospitalisation. Bien
que stx2a ait enregistré les taux les plus élevés, tous les
autres sous-types de shigatoxines (stx), pour lesquels les
données étaient suffisantes, étaient associés à au moins un de
ces résultats de maladie grave. Il existe quatre sous-types stx1
et 12 stx2.
La
présence d'intimine (gène eae) était un facteur aggravant,
mais ce marqueur de virulence n'était pas toujours indispensable en
cas de maladie grave. La combinaison minimale de gènes requise pour
provoquer une maladie grave est inconnue.
Sérogroupes
et sources d'épidémies
Un
avis de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) sur
la pathogénicité des STEC en 2013 préconisait une approche
moléculaire dans laquelle la présence de eae ou aaic
et aggR était associée à un risque « élevé »
pour les sérogroupes O157, O26, O103, O145, O111 et O104 ou un
risque inconnu de maladie grave.
De
2012 à 2017, 330 éclosions à STEC ont été rapportées dans 18
pays d'Europe, impliquant 2 841 cas, 463 hospitalisations et cinq
décès. Le véhicule alimentaire a été identifié dans 164 foyers.
L'analyse
de l'attribution de la source, basée sur des données
épidémiologiques de « preuves solides » au cours
de cette période, suggère que « la viande bovine et ses
produits, le lait et les produits laitiers, l'eau du robinet, y
compris l'eau de puits et les légumes, les fruits et leurs produits
sont les principales sources d'infections aux STEC mais un classement
n'a pas pu être fait en raison de données insuffisantes. D'autres
aliments sont également potentiellement associés aux infections à
STEC, mais se classent plus bas. »
Dans
au moins six des 14 foyers liés au lait et aux produits laitiers, la
source réelle était le lait cru. La plupart des éclosions liées à
l’eau du robinet, y compris d’eau de puits, se sont produites
dans un pays.
Dans
l'UE, les cinq principaux sérogroupes d'infections humaines aux STEC
de 2012 à 2017 étaient O157, O26, O103, O91 et O145. Les
sérogroupes les plus fréquemment associés aux infections sévères
(SHU, hospitalisation ou BD) étaient O157 et O26. Les sérogroupes
O111, O80 et O145 étaient parmi les cinq les plus fréquemment
rapportés dans les cas de SHU, O145, O103 et O111 dans les cas
hospitalisés et O103, O145 et O91 dans les cas de diarrhée
sanglante. Au total, 49, 88 et 95 différents sérogroupes O ont été
signalés respectivement dans les cas de SHU, d'hospitalisation et de
diarrhée sanglante.
Aux
États-Unis, les sérogroupes de STEC associés à la maladie humaine
sont O157, O26, O45, O103, O111, O121 et O145, selon le CDC.
Surveillance,
détection et notification
L'ISO/TS
13136:2012 est en cours de révision. La norme révisée sera
divisée en deux parties, l'une sur la détection et l'isolement des
STEC des denrées alimentaires et des aliments pour animaux, tandis
que la deuxième partie contiendra des spécifications pour la
caractérisation des souches isolées de STEC.
La
plupart des méthodes d'enrichissement actuelles ont été
développées pour STEC O157 et peuvent inhiber d'autres STEC.
Les
méthodes moléculaires pour le ciblage, la détection, la
confirmation et/ou la caractérisation des STEC comprennent la
réaction en chaîne par polymérase (PCR), la PCR en temps réel,
d'autres méthodes génétiques basées sur la PCR et le séquençage
métagénomique, mais toutes ont des limites, notamment un manque de
sensibilité et de sélectivité et de fiabilité qui pourraient être
surmontées en utilisant le séquençage du génome entier.
Les
systèmes de surveillance des infections à STEC ont une couverture
nationale dans tous les pays sauf la France, Italie et Espagne.
L'avis stipule que la surveillance des STEC devrait garantir que tous
les États membres collectent des données sur toutes les infections
aux STEC et pas seulement sur les cas de SHU.
Les
experts ont déclaré qu'une refonte majeure des tests et des
rapports actuels sur les STEC pour les isolats d'animaux, de denrées
alimentaires, d'aliments pour animaux et humains est nécessaire dans
l'UE.
« Un
critère microbiologique a été défini pour les germes uniquement,
tandis que la déclaration de la présence de STEC dans les denrées
alimentaires restantes ainsi que dans les échantillons d'animaux
n'est décrite de manière générique que dans la directive
2003/99/CE, une situation qui devrait changer pour faciliter une
meilleure compréhension des sources, de la pathogénicité et de
l'émergence de nouvelles souches. »
« Le
cadre des analyses de STEC au sein de l'UE devrait être harmonisé,
y compris les stratégies d'échantillonnage, les méthodes
d'échantillonnage et les rapports. Cela nécessitera que tous les
États membres utilisent les mêmes systèmes de définition de cas
et d'enquête sur les éclosions. En outre, il devrait être
obligatoire de déclarer toutes les données (animaux, aliments pour
animaux, denrées alimentaires et cas humains) à l'EFSA/ECDC et cela
devrait être appliqué par tous les États membres. »
La
limite réglementaire pour les graines germées est STEC O157, O26,
O111, O103, O145 et O104:H4 qui doit être « absent dans 25
grammes » pour les graines germées mis sur le marché
pendant leur durée de conservation.
NB : La photo est issue du Helmholtz Centre for Infection Research. © HZI/Manfred Rohde.
