Nourrir les chiens avec de la viande crue est associée à une présence accrue de bactéries résistantes aux antibiotiques

«Nourrir les chiens avec de la viande crue est associée à une présence accrue de bactéries résistantes aux antibiotiques», source Université de Bristol.

De nouvelles études ont révélé une association entre l'alimentation en viande crue des chiens de compagnie et la présence de bactéries résistantes aux antibiotiques d'importance critique.

Deux études menées par une équipe de l'Université de Bristol ont révélé que les chiens nourris avec de la viande crue étaient plus susceptibles d'excréter des bactéries Escherichia coli (E. coli) résistantes aux antibiotiques dans leurs selles. Des recherches antérieures ont montré qu'il existe un potentiel de partage de bactéries entre les chiens et leurs propriétaires humains par le biais d'interactions quotidiennes, ce qui a conduit les chercheurs à suggérer que l'aliment cru n'est pas le choix alimentaire le plus sûr et que, s'il est choisi, les propriétaires devraient prendre des précautions supplémentaires. lors de la manipulation de viande crue et faites particulièrement attention lors du nettoyage de leur chien.

L'étude publiée dans le Journal of Antimicrobial Chemotherapy a enquêté sur des chiens adultes et a trouvé des liens entre les chiens mangeant de la viande crue et excrétant des E. coli résistants. L’étude soutient une étude récente de l'équipe, publiée dans la revue One Health, qui a examiné des chiots de 16 semaines. Les deux études, qui ont utilisé des données provenant de différents chiens, démontrent que les chiens peuvent excréter des bactéries résistantes, quel que soit leur âge ou la durée de leur alimentation avec de la viande crue.

L'environnement dans lequel vit un chien a également joué un rôle dans le potentiel d'excrétion de bactéries résistantes. L'alimentation crue était un facteur de risque important pour les chiens vivant à la campagne, tandis que chez les chiens vivant en ville, les facteurs de risque étaient beaucoup plus compliqués, reflétant probablement la variété des modes de vie et des expositions chez les chiens de ville.

Les deux études ont recruté un total de 823 chiens et leurs propriétaires (223 chiots pour la première étude et 600 chiens adultes dans la seconde étude). Les propriétaires ont rempli des questionnaires sur leurs chiens, leur régime alimentaire et leur environnement, et ont fourni des échantillons de matières fécales de leurs chiens.

Les échantillons ont ensuite été analysés pour détecter la présence de E. coli résistants aux antibiotiques et des analyses des facteurs de risque ont été menées pour explorer les associations entre les facteurs liés au mode de vie, les environnements signalés dans l'enquête auprès des propriétaires et la détection de E. coli résistants.

Matthew Avison, professeur de bactériologie moléculaire à la School of Cellular and Molecular Medicine, qui a dirigé les aspects microbiologiques de ces études, a déclaré : «Les bactéries résistantes aux antibiotiques sont partout, mais certains antibiotiques sont considérés comme extrêmement importants pour une utilisation chez l'homme. Nous avons montré que les chiens nourris avec de la viande crue sont plus susceptibles d'être porteurs de bactéries résistantes à ces médicaments importants, ce qui ne signifie pas que l'animal ou son propriétaire tombera malade.»

«E. coli est une bactérie répandue qui se trouve dans les intestins de tous les humains et animaux, mais c'est une cause fréquente de nombreuses maladies, y compris l'infection des voies urinaires, et peut provoquer des maladies graves, y compris la septicémie, si elle se propage à d'autres parties du corps.»

«Nous devons faire tout ce que nous pouvons pour réduire la circulation de E. coli et d'autres bactéries d'importance critique résistantes aux antibiotiques. Nos études s'ajoutent aux preuves de plus en plus nombreuses que le fait de ne pas donner de viande crue aux chiens peut contribuer à cet objectif.»

«Nous savons que les humains et les animaux partagent des bactéries les uns avec les autres, donc ce que nous trouvons dans votre animal de compagnie peut également être en vous. Les propriétaires d'animaux doivent être encouragés à pratiquer une bonne hygiène et ne pas donner d'aliments crus à votre chien peut en faire partie», a ajouté Kristen Reyher, professeur d'épidémiologie vétérinaire et de santé des populations à la Bristol Veterinary School et co-auteur des deux articles. «Nous pouvons tous faire notre part pour réduire la résistance aux antibiotiques et ses terribles effets sur la santé humaine et animale.»

NB : Merci à Joe Whitworth de m’voir signalé l’information.

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Un rapport britannique révèle un faible niveau de E. coli résistants dans la viande bovine et de porc

«Un rapport britannique révèle un faible niveau de E. coli résistants dans la viande bovine et de porc», source CIDRAP News.

Un rapport publié par la Food Standards Agency (FSA) du Royaume-Uni montre que la prévalence de Escherichia coli résistant aux antibiotiques dans les prélèvements de viande bovine et de porc au stade de la distribution est restée faible.

L'enquête sur E coli dans la viande au stade de la distribution a analysé 105 échantillons de bœuf et 105 échantillons de porc vendus dans des magasins en Angleterre, en Écosse, au Pays de Galles et en Irlande du Nord pour la résistance à 20 antibiotiques et la présence de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) et d'enzymes AmpC, qui médient la résistance aux antibiotiques comme les céphalosporines de troisième génération et sont portés par des gènes mobiles qui peuvent être transférés à d'autres bactéries. Les bactéries commensales comme E. coli peuvent être un réservoir pour ces gènes; des enquêtes annuelles sur E. coli dans la viande vendue au détail sont menées au Royaume-Uni depuis 2015.

L'analyse a révélé qu'un échantillon de viande bovine (0,95%) et quatre échantillons de viande de porc (3,81%) étaient positifs pour E. coli producteurs de BLSE et/ou d'AmpC. Aucun des cinq échantillons n'était résistant aux trois antibiotiques carbapénèmes testés, ni à la colistine, un antibiotique de dernier recours. Le rapport note également qu'aucun des échantillons de viande avant enrichissement bactérien n'avait un dénombrement de E. coli de phénotype AmpC ou BLSE supérieur aux niveaux de détection de l'Union européenne (UE), ce qui indique qu'il y avait un faible nombre de ces bactéries sur les échantillons.

Les résultats sont similaires aux enquêtes menées en 2015, 2017 et 2019, a déclaré la FSA, et se comparent favorablement aux résultats des pays de l'UE.

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Comprendre la transmission de la résistance aux antibiotiques chez le staphylocoque doré

Image en microscope électronique à balayage d'un biofilm de Staphylococcus aureus à la surface 

d'un tuyau en acier inoxydable non lavé (5000x),. Source.

«Comprendre la transmission de la résistance aux antibiotiques chez le staphylocoque doré», source communiqué de l’Institut Pasteur du 23 mai 2022.

Face à l'antibiorésistance, il est important de comprendre comment les souches bactériennes développent leur compétence à résister aux traitements. Une collaboration internationale a identifié comment le staphylocoque doré acquiert une résistance à un antibiotique largement utilisé.

Des chercheurs de l’Institut Pasteur et de ses partenaires ont mis en évidence pour la première fois les mécanismes de transmission de la résistance à la méticilline, un antibiotique, chez le staphylocoque doré. Cette antibiorésistance se transmet à partir des cellules résistantes vers les cellules sensibles au médicament par le transfert d'une grande région chromosomique, longue de 50 000 paires de bases. Pour recevoir ce matériel génétique, les staphylocoques déploient naturellement toute une machinerie moléculaire. Ce mécanisme est favorisé par le développement des bactéries sous forme de biofilms, des agglomérats de micro-organismes. Les chercheurs ont également identifié des contrôles génétiques favorisant la formation des biofilms, suggérant que cibler cette étape pourrait être une approche pour limiter la transmission de la résistance aux antibiotiques.

Le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus) fait partie de la flore cutanée naturelle. Il colonise particulièrement les muqueuses externes chez 30 à 50% de la population, porteurs sains chez qui aucun symptôme n’est développé. Mais c’est aussi une bactérie extrêmement pathogène pour l’homme, à l’origine de multiples infections, allant de lésions cutanées (furoncles, panaris, impétigo, etc.), à l’endocardite (inflammation des structures internes du cœur), la pneumonie aiguë, l’ostéomyélite (infection des os) ou la septicémie. Elle arrive au premier rang des germes à Gram positif responsables des infections contractées en milieu hospitalier. Les souches les plus dangereuses sont celles qui sont multi-résistantes aux antibiotiques. C’est le cas du SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méticilline, répandu dans le milieu hospitalier et qui pose un problème de santé public majeur. La méticilline est en effet un antibiotique largement utilisé pour lutter contre les infections au staphylocoque doré. Les mécanismes d'acquisition de la résistance par les staphylocoques n'étaient jusqu’alors pas connus.

Référence

Natural transformation allows transfer of SCCmec-mediated methicillin resistance in Staphylococcus aureus biofilms, Nature Communications, 5 mai 2022.

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Priorités stratégiques de l’OMS pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens

«Priorités stratégiques de l’OMS pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens. Préserver les antimicrobiens pour aujourd’hui et pour demain», source OMS du 18 mai 2022.

La résistance aux antimicrobiens (RAM) constitue une menace mondiale majeure aux lourdes conséquences. On estime que les infections résistantes aux médicaments contribuent à près de 5 millions de décès chaque année. Si nous n’agissons pas maintenant, des maladies courantes ne pourront plus être soignées et les interventions modernes permettant de sauver des vies deviendront plus risquées. L’impact économique d’une résistance incontrôlée aux antimicrobiens se traduira par une augmentation spectaculaire des dépenses de santé et des dommages aux systèmes alimentaires et aux moyens de subsistance, entraînant une hausse des niveaux de pauvreté et d’inégalité

Bien que la résistance aux antimicrobiens soit un phénomène naturel, les principaux facteurs à la fois de son développement et de sa propagation sont d’origine humaine. Parmi ceux-ci figurent l’usage inadapté ou abusif des antimicrobiens chez les êtres humains, les animaux ou les végétaux ; la disponibilité limitée de vaccins, de produits de diagnostic et de traitements appropriés ; le manque d’accès à l’eau potable, à l’assainissement et à l’hygiène ; une lutte anti-infectieuse inadéquate ; la transmission d’agents pathogènes résistants tout au long de la chaîne alimentaire ; et l’échec des systèmes de gestion des déchets.

S’attaquer aux facteurs et à l’impact de la résistance aux antimicrobiens pose d’importantes difficultés, tant pour les pays que pour la communauté internationale. Il faut à la fois une coordination multisectorielle et des actions sectorielles fortes. L’OMS dirige la riposte mondiale du secteur de la santé humaine à la résistance aux antimicrobiens, en travaillant avec les pays qui définissent les priorités des interventions, mettent celles-ci en œuvre et les évaluent. L’OMS coordonne également la riposte multisectorielle selon le principe « Une seule santé » ; elle héberge en effet le Secrétariat conjoint tripartite sur la résistance aux antimicrobiens, en collaboration avec l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), le Programme des Nations Unies pour l’environnement (PNUE) et d’autres partenaires

L’action de l’OMS face à la résistance aux antimicrobiens repose sur quatre domaines stratégiques prioritaires auxquels il faut d’urgence prêter attention. Chacun d’entre eux est aligné sur le mandat et les fonctions essentiels de l’Organisation et place la santé publique au centre des préoccupations. Les domaines prioritaires intègrent les composantes essentielles de la riposte à la résistance aux antimicrobiens aux niveaux national, régional et mondial, tout en générant la base de données probantes nécessaire à la coordination des actions. Ce document met en lumière les principales réalisations de la Division Résistance aux antimicrobiens au Siège de l’OMS, à Genève, et les prochaines étapes qu’elle s’est fixées. La résistance aux antimicrobiens est une question stratégique transversale qui fait l’objet d’un travail considérable dans d’autres ministères et divisions, ainsi qu’aux niveaux national et régional. La Division Résistance aux antimicrobiens coordonne les travaux au Siège de l’OMS et entre les trois niveaux de l’Organisation.

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Phagothérapie : un modèle pour prédire son efficacité face aux bactéries pathogènes

«Phagothérapie : un modèle pour prédire son efficacité face aux bactéries pathogènes», source communiqué de l’Inserm du 17 mai 2022.

L’antibiorésistance constitue aujourd’hui un défi majeur de santé publique, associé à une mortalité importante. Les bactériophages, ces virus «tueurs» de bactéries, pourraient constituer une solution afin de lutter contre les pathogènes résistants aux antibiotiques, mais leur développement clinique se heurte à plusieurs obstacles. Pour lever les freins, des chercheurs et chercheuses de l’Inserm, Université Sorbonne Paris Nord et Université Paris-Cité au sein du laboratoire IAME, en étroite collaboration avec des scientifiques de l’Institut Pasteur et de l’AP-HP, ont développé un modèle qui permet de mieux prédire l’efficacité de la phagothérapie. Il pourrait être utilisé pour mettre au point des essais cliniques plus robustes. Les résultats sont publiés dans la revue Cell Reports.

La découverte des antibiotiques a révolutionné l’histoire de la médecine au 20e siècle, permettant de lutter efficacement contre des bactéries pour lesquelles il n’y avait jusqu’alors pas de traitement. Cependant, l’antibiorésistance – phénomène durant lequel les bactéries deviennent résistantes aux antibiotiques suite à une utilisation massive et répétée de ces médicaments – est devenue un problème de santé publique majeur au cours des dernières décennies. On estime que ces bactéries résistantes sont responsables chaque année de 700 000 décès à travers le monde. Or, la découverte de nouveaux agents antibactériens stagne depuis plusieurs années.

Dans ce contexte, la phagothérapie a récemment suscité un regain d’intérêt. Cette approche thérapeutique se fonde sur l’utilisation de bactériophages qui ciblent et détruisent les bactéries pathogènes, mais sont incapables d’infecter l’être humain. Si le concept existe depuis longtemps, son développement clinique a été entravé par plusieurs limites.

Afin de lever certains de ces obstacles, l’équipe de recherche menée par le chercheur Inserm Jérémie Guedj, en collaboration avec l’équipe de chercheurs de l’Institut Pasteur, dirigée par Laurent Debarbieux, a développé un nouveau modèle mathématique qui permet de mieux définir les interactions entre les bactériophages et la bactérie pathogène Escherichia coli chez l’animal et d’identifier les paramètres clés qui conditionnent l’efficacité de la phagothérapie.

Accompagner le développement clinique

Plusieurs données issues d’expériences in vitro et in vivo ont été utilisées pour construire ce modèle. Les chercheurs et chercheuses se sont notamment appuyés sur les paramètres d’infection des bactériophages déterminés au laboratoire (par exemple la durée du cycle infectieux des bactéries, le nombre de virus libérés quand une bactérie est détruite…) et sur des informations collectées lors d’expériences réalisées à l’aide d’un modèle d’infection pulmonaire chez la souris.

Une partie des animaux avait été infectée par une souche d’E. coli bioluminescente (pour mieux la suivre dans l’organisme). Parmi eux, certains avaient été traités avec des bactériophages, selon différentes doses et voies d’administration. Les quantités de bactéries et de bactériophages ainsi mesurées au cours du temps ont permis d’alimenter le modèle mathématique et de tester quels étaient les paramètres les plus importants pour obtenir une phagothérapie efficace.

En utilisant leur modèle, les scientifiques montrent que la voie d’administration est un paramètre important à prendre en compte pour améliorer la survie des animaux: plus celle-ci permet une arrivée rapide des bactériophages au contact des bactéries, plus elle est efficace. Dans le modèle animal, la phagothérapie par voie intraveineuse était ainsi moins performante que la voie intra-trachéale car le nombre de bactériophages atteignant les poumons était plus faible. Par contre, par voie intra-trachéale, le modèle suggère que la dose de médicament donnée conditionne peu l’efficacité de cette thérapie.

Autre point important : cette modélisation intègre des données portant sur la réponse immunitaire des animaux, dans le contexte de la phagothérapie. Le modèle confirme et étend le principe que les bactériophages agissent en synergie avec le système immunitaire des animaux infectés, permettant une élimination plus efficace des bactéries pathogènes.

«Dans cette étude, nous proposons une nouvelle approche pour rationaliser le développement clinique de la phagothérapie, qui connait encore à l’heure actuelle des limites. Notre modèle pourrait être réutilisé pour prédire l’efficacité de n’importe quel bactériophage contre la bactérie qu’il cible, dès lors qu’un nombre limité de données in vitro et in vivo sont disponibles sur son action. Au-delà de la phagothérapie, le modèle pourrait aussi être utilisé pour tester des thérapies anti-infectieuses fondées sur l’association entre bactériophages et antibiotiques», conclut Jérémie Guedj.

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Une étude suggère un lien entre l'alimentation et la résistance aux antibiotiques chez les bactéries intestinales

«Une étude suggère un lien entre l'alimentation et la résistance aux antibiotiques chez les bactéries intestinales», source CIDRAP News.

Une étude publiée dans mBio suggère qu'une alimentation diversifiée et riche en fibres est associée à moins de gènes de résistance aux antibiotiques (ARGs pour antibiotic-resistance genes) dans les bactéries intestinales.

Dans l'étude, des chercheurs de l’Agriculture Research Service de l’USDA (USDA-ARS) ont utilisé le séquençage métagénomique shotgun pour analyser des échantillons de selles de 290 adultes en bonne santé participant à l'étude de phénotypage nutritionnel de l'USDA. L'analyse a révélé une grande diversité, à la fois en abondance et en composition, des ARGs, les personnes ayant une forte abondance d'ARGs ayant généralement une plus grande diversité de mécanismes de résistance.

La résistance aux aminoglycosides était le mécanisme de résistance le plus courant au sein de la cohorte, suivie de la résistance aux macrolides-lincosamide-streptogramine et aux tétracyclines.

En examinant le régime alimentaire des participants à l'aide d'une enquête sur la fréquence des aliments et de rappels alimentaires de 24 heures, les chercheurs ont découvert que les participants qui consommaient plus de fibres, moins de protéines animales et des aliments plus diversifiés avaient une abondance totale d'ARGs plus faible, tandis que les participants ayant des régimes moins diversifiés avaient le niveaux les plus élevés d'ARGs. L'analyse de l'apprentissage automatique a montré une forte association entre des régimes alimentaires plus diversifiés avec des quantités plus élevées de fibres solubles et de faibles niveaux d'ARGs. Ceux qui avaient les niveaux les plus faibles d'ARGs dans leur microbiome intestinal avaient également une plus grande abondance de microbes anaérobies stricts, en particulier de la famille des Clostridiaceae.

«Étonnamment, le facteur prédictif le plus important de faibles niveaux d'ARGs, encore plus que les fibres, était la diversité du régime alimentaire», a déclaré l'auteure principale de l'étude, Danielle Lemay du USDA-ARS Western Human Nutrition Research Cente, dans un communiqué de presse de l'agence. «Cela suggère que nous pourrions vouloir manger à partir de diverses sources d'aliments celles qui ont tendance à être plus riches en fibres solubles pour un maximum d'avantages.»

Lemay a ajouté que bien que des recherches supplémentaires soient nécessaires, les résultats suggèrent que des interventions diététiques pourraient jouer un rôle dans la réduction de la résistance aux antibiotiques.

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Des chiens et des chats partagent des bactéries résistantes et des gènes de résistance avec leurs propriétaires, selon une étude

«Des chiens et des chats partagent des bactéries résistantes et des gènes de résistance avec leurs propriétaires, selon une étude», source CIDRAP News. 

Une étude observationnelle qui sera présentée plus tard ce mois-ci à l’European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) suggère qu'un contact étroit avec des animaux de compagnie pourrait entraîner le partage de bactéries multirésistantes et de gènes de résistance.

D l'étude, des chercheurs de l'Université de Lisbonne au Portugal et du Royal Veterinary College ont prélevé des échantillons fécaux d'animaux de compagnie sains (ACs, en particulier des chiens et des chats) et de leurs propriétaires dans 41 foyers domestiques au Portugal et 42 foyers domestiques au Royaume-Uni à des intervalles mensuels. pendant 4 mois.

Ils ont examiné des échantillons fécaux pour les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes ou Acinetobacter spp. et pour les gènes des bêta-lactamaseq à spectre étendu (BLSE) ou d'AMPc à médiation plasmidique (pAMPc).

Aucune entérobactérie ou Acinetobacter résistante aux carbapénèmes n'a été retrouvée, mais 15 des 103 ACs (14,6%) et 15 des 112 humains (13,2%) hébergeaient des entérobactéries productrices de BLSE/pAMPc (BLSE-E). Parmi ceux-ci, 7 ACs (6 au Portugal et un au Royaume-Uni) et 5 membres du ménage (4 au Portugal et 1 au Royaume-Uni) étaient porteurs d'au moins une souche multirésistante.

Dans quatre foyers domestiques portugais, les gènes de résistance BLSE/pAMPc retrouvés chez les animaux de compagnie correspondaient à ceux des échantillons de selles de leur propriétaire. Dans trois de ces ménages, les gènes de résistance appariés n'ont été récupérés qu'à un moment donné, mais dans un foyer domestique, le partage de souches a été noté à deux moments consécutifs, suggérant une colonisation persistante des bactéries partagées au sein du foyer.

De plus, dans deux des foyers domestiques, les microbes des animaux de compagnie correspondaient aux souches de Escherichia coli dans l'échantillon de selles de leur propriétaire, mais dans les deux autres, il n'y avait aucune preuve de partage de bactéries.

«Bien que le niveau de partage des foyers domestiques que nous avons étudiés soit faible, les porteurs sains peuvent répandre des bactéries dans leur environnement pendant des mois, et ils peuvent être une source d'infection pour d'autres personnes et animaux plus vulnérables tels que les personnes âgées et les femmes enceintes», a dit le co-auteur de l'étude, Juliana Menezes de l'Université de Lisbonne, a dans un communiqué de presse de l’ECCMID.

«Nos résultats renforcent la nécessité pour les personnes de pratiquer une bonne hygiène autour de leurs animaux de compagnie et de réduire l'utilisation d'antibiotiques inutiles chez les animaux de compagnie et les humains.»

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Les pommes et d'autres fruits peuvent héberger des levures pathogènes résistantes aux antibiotiques sur leurs surfaces

«Les pommes et d'autres fruits peuvent héberger des levures pathogènes résistantes aux antibiotiques sur leurs surfaces», source ASM News.

Lorsqu'ils sont préparés pour le transport, les pommes et autres fruits sont souvent traités avec un fongicide pour éviter l’altérioration et prolonger la durée de conservation. La pratique préserve la fraîcheur, mais c'est peut-être une arme à double tranchant: cela peut aider à sélectionner et à favoriser la transmission de levures pathogènes multirésistantes.

Une étude publiée cette semaine dans mBio, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology, offre de nouvelles preuves de cette idée.

«Des études antérieures ont examiné l'effet des fongicides sur le pathogène humain Aspergillus fumigatus», a dit la mycologue Anuradha Chowdhary de l'Université de Delhi, mais de nouveaux travaux se concentrent sur des souches résistantes aux antibiotiques de Candida auris, une levure pathogène qui se propage rapidement dans les hôpitaux. et a été isolé de la nature. «Les fongicides utilisés en agriculture peuvent sélectionner par inadvertance des champignons résistants aux antibiotiques», a dit Chowdhary.

Elle et ses collaborateurs ont passé au crible les surfaces de 84 fruits, représentant 9 types de fruits d'arbres différents, à la recherche de C. auris pathogènes et d'autres levures. Les fruits ont été récoltés en 2020 et 2021 dans des régions du nord de l'Inde et comprenaient 62 pommes, 20 cueillies dans des vergers et 42 achetées sur un marché de Delhi. Chaque espèce de fruit hébergeait au moins 1 type de levure.

Les scientifiques se sont concentrés sur les pommes. Ils ont trouvé des souches résistantes aux antibiotiques de C. auris sur un total de 8 pommes (13%) et ont utilisé le séquençage du génome entier pour identifier 16 colonies distinctes. Les pommes comprenaient 5 variétés ‘Red Delicious’ et 3 variétés ‘Royal Gala’. Ces 8 pommes avaient toutes été entreposées avant l'achat et aucune des pommes fraîchement cueillies n'hébergeait C. auris>«Le groupe a trouvé d'autres souches de Candida sur les pommes conditionnées», a dit le microbiologiste Jianping Xu de l'Université McMaster à Hamilton, Ontario. Xu a codirigé l'étude avec Chowdhary.

C. auris est résistant à de nombreux antibiotiques. Il a été identifié pour la première fois en 2009 au Japon, et depuis lors, il a émergé ou s'est propagé à tous les continents habités. Les chercheurs ont étudié l'origine et la propagation du pathogène. «Nous ne comprenons toujours pas vraiment les forces qui conduisent à l'émergence simultanée de plusieurs groupes génétiques distincts de C. auris», a dit Xu. Une étude menée par Chowdhary et Xu publiée l'année dernière dans mBio a été la première à isoler C. auris d'un environnement naturel, les marais et les plages de sable d'un écosystème côtier naturel des îles Andaman, Inde.

Les nouvelles découvertes suggèrent que les pommes pourraient être une force sélective du pathogène et l'aider à se propager. Bien que l'étude se soit concentrée sur des fruits récoltés dans le nord de l'Inde, Xu a souligné que la propagation de C. auris n'est pas un phénomène spécifique à l'Inde. C'est une menace mondiale: en 2019, le Centers for Disease Control and Prevention ont identifié C. auris comme l'un des 5 pathogènes qui constituent une menace urgente pour la santé publique dans le monde. Pour comprendre comment répondre à la menace du pathogène pour l'homme, les chercheurs doivent savoir comment il se déplace à travers d'autres systèmes naturels.

«Lorsque nous examinons les pathogènes humains, nous avons tendance à regarder ce qui nous est immédiat», a dit Xu. «Mais nous devons voir cela plus largement. Tout est connecté à tout le système. Les fruits ne sont qu'un exemple.»

Les champignons sont une partie importante de l'environnement, et Chowdhary a dit que la nouvelle étude montre comment l'environnement, les animaux et les humains sont tous connectés, le principe central du concept de One Health (Une seule santé) «Le concept One Health justifie des efforts continus et notre attention pour prévenir la transmission des infections», a-t-elle dit.

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Salmonella et Campylobacter continuent de montrer des niveaux élevés de résistance aux antibiotiques

«Salmonella et Campylobacter continuent de montrer des niveaux élevés de résistance aux antibiotiques», source communiqué de l’EFSA du 29 mars 2022.

La résistance aux antibiotiques des bactéries Salmonella et Campylobacter est toujours élevée, selon un rapport publié aujourd'hui par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA).

La campylobactériose était la zoonose la plus rapportée dans l'UE en 2020 et la cause de maladie d'origine alimentaire la plus fréquemment signalée. Les bactéries Campylobacter chez l'homme et dans la volaille continuent de montrer une résistance très élevée à la ciprofloxacine, un antibiotique de classe fluoroquinolone couramment utilisé pour traiter certains types d'infection bactérienne chez l’homme.  

Des tendances croissantes à la résistance de Campylobacter jejuni contre la classe d'antibiotiques fluoroquinolone ont été observées chez l'homme et dans les poulets de chair. En ce qui concerne Salmonella Enteritidis, le type le plus commun de Salmonella chez l'homme, des tendances croissantes de résistance à la classe d'antibiotiques quinolones et fluoroquinolone ont été observées. Chez les animaux, la résistance à ces antibiotiques chez Campylobacter jejuni et Salmonelle Enteritidis était généralement modérée à élevée.

Cependant, malgré les tendances croissantes de résistance à certains antibiotiques, la résistance simultanée à deux antibiotiques d'importance critique reste faible pour E. coli, Salmonella et Campylobacter dans les bactéries présentes chez les humains et chez les animaux destinés à l’alimentation.

Une diminution de la résistance aux tétracyclines et à l'ampicilline chez les bactéries Salmonella chez l'homme a été observée respectivement dans neuf et dix pays sur la période 2016-2020, et cette baisse est particulièrement évidente pour Salmonelle Typhimurium. Malgré cette diminution, la résistance à ces antibiotiques reste élevée dans les bactéries humaines et animales.

Par ailleurs, dans plus de la moitié des pays de l'Union européenne, une tendance à la baisse statistiquement significative de la prévalence de bactéries E. coli productrices de β-lactamase à spectre étendu (BLSE) a été observée chez les animaux destinés à l'alimentation. Il s'agit d'une découverte importante car certaines souches particulières de bactéries E. coli productrices de BLSE sont responsables d'infections graves chez l'homme.

La résistance aux carbapénèmes reste extrêmement rare chez les bactéries E. coli et Salmonella issues d'animaux producteurs de denrées alimentaires. Les carbapénèmes sont une classe d'antibiotiques de dernier recours et toute découverte révélant une résistance à ces antibiotiques dans des bactéries zoonotiques est préoccupante.

Bien que les résultats et les tendances soient en ligne avec les données rapportées les années précédentes, la pandémie de la COVID-19 a eu un impact sur la quantité de données rapportées, en particulier dans le domaine de la santé publique.

Un outil interactif de visualisation des données permet d’explorer les niveaux de résistance chez les humains, chez les animaux et dans les aliments, pays par pays, en 2019 et 2020.

Les données relatives à la résistance aux antibiotiques d'origine alimentaire et hydrique chez l’homme sont également consultables dans l’Atlas de surveillance des maladies infectieuses de l'ECDC (respectivement, sous les maladies «campylobactériose, salmonellose et shigellose»).

Le rapport complet, The European Union Summary Report on Antimicrobial Resistance in zoonotic and indicator bacteria from humans, animals and food in 2019–2020.

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

De nouvelles règles de l'UE sur l'utilisation des antibiotiques dans les élevages entrent en vigueur

«De nouvelles règles de l'UE sur l'utilisation des antibiotiques dans les élevages entrent en vigueur», source CIDRAP News.

De nouvelles règles limitant l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux producteurs de denrées alimentaires dans l'Union européenne sont entrées en vigueur le 28 janvier 2022.

La législation révisée sur les médicaments vétérinaires, adoptée il y a 3 ans par la Commission européenne, interdit l'utilisation d'antibiotiques, y compris ceux utilisés dans les aliments médicamenteux, pour prévenir les maladies chez des groupes d'animaux, et restreint l'utilisation d'antibiotiques pour contrôler la propagation des maladies . Elle renforce également l'interdiction d'utiliser des antibiotiques pour stimuler la croissance, oblige les États membres à collecter des données sur les ventes et l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux producteurs d'aliments et offre des incitations pour stimuler le développement de nouveaux médicaments vétérinaires.

Les responsables de l'UE affirment que la législation soutiendra la réalisation des objectifs du plan d'action européen One Health et de la stratégie de la ferme à la fourchette contre la résistance aux antimicrobiens (RAM), qui vise à réduire de 50% les ventes d'antibiotiques pour les animaux d'élevage dans l'UE d'ici 2030.

«Les nouvelles règles garantiront qu'à partir du 28 janvier 2022, les traitements par antimicrobiens pour les animaux seront administrés quand, et seulement quand, il y en aura un réel besoin», a déclaré Stella Kyriakides, commissaire européenne à la santé et à la sécurité alimentaire, dans un communiqué de presse. «Avec la nouvelle législation sur les aliments médicamenteux, qui interdira l'utilisation préventive et limitera les prescriptions d'antimicrobiens dans les aliments médicamenteux, les nouvelles règles renforceront considérablement la lutte contre la résistance aux antimicrobiens.»

Dans un document connexe publié le 28 janvier 2022, Ending routine farm antibiotic use in Europe, l'Alliance européenne pour la santé publique (European Public Health Alliance ou EPHA) a dit que, bien qu'elle se félicite de la nouvelle réglementation, elle s'inquiète de la probabilité d'une non-conformité généralisée, car rien n'indique que l'Europe s'éloigne du type de systèmes d'agriculture intensive qui reposent sur sur l'utilisation courante des antibiotiques.

Pour s'assurer que les nouvelles réglementations de l'UE sont pleinement mises en œuvre, l'EPHA a formulé 10 recommandations qui, selon elle, pourraient aider à réduire considérablement l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail. Il s'agit notamment de limiter l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail à des traitements individuels, de collecter des données sur l'utilisation d'antibiotiques par espèce et par système d'élevage pour identifier les facteurs liés à une utilisation élevée d'antibiotiques, de restreindre l'utilisation d'antibiotiques d'importance critique de la plus haute priorité dans le bétail, d'améliorer l'hygiène dans les élevages et permettre aux animaux d'accéder à l'extérieur.

Aux lecteurs du blog

Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.

Les marqueurs de résistance aux antimicrobiens chez le poulet britannique restent stables

«Les marqueurs de résistance aux antimicrobiens chez le poulet britannique restent stables», source article de Joe Whitworth paru le 27 janvier 2022 dans Food Safety News.

Selon un rapport, les taux de E. coli résistant aux antimicrobiens (RAM) chez le poulet au Royaume-Uni sont restés stables au cours des dernières années.

Les résultats proviennent d'une enquête sur la résistance aux antimicrobiens de E. coli chez le poulet réfrigéré vendu au détail en 2020 publiée par la Food Standards Agency (FSA), EU Harmonised Surveillance of Antimicrobial Resistance (AMR) in E. coli from Retail Meats in UK (2020 - Year 6, chicken). Les bactéries E. coli génériques peuvent être des indicateurs utiles des profils de résistance aux antimicrobiens.

Au total, 315 échantillons de viande de poulet ont été collectés, principalement en Angleterre mais certains en Ecosse, au Pays de Galles et en Irlande du Nord, dans 10 chaînes de supermarchés. Presque tous étaient d'origine britannique, mais cinq venaient de Pologne et un d'Irlande. Les types de viande étaient le poulet entier, les poitrines de poulet et d'autres coupes, y compris les quartiers, les cuisses, les hauts de cuisse et les pilons.

Au total, 41 des 315 échantillons analysés étaient positifs pour E. coli producteurs de bêta-lactamase à spectre étendu ou BLSE ou AmpC. Entre 2018 et 2020, le pourcentage d'échantillons positifs était quasiment le même. Il y a eu une augmentation du pourcentage d'isolats avec un phénotype BLSE mais une diminution de ceux avec un phénotype AmpC au cours de cette période.

La récupération du phénotype E. coli producteurs de BLSE variait de 0% à 22,1% des échantillons testés par supermarché.

Résultats sur la colistine

Trois échantillons provenant de Pologne possédaient le gène de résistance à la colistine transférable mcr-1. C'est la première fois que l’on découvre que des échantillons de poulet vendus au détail étaient positifs pour E. coli résistant à la colistine régulée par le plasmide mcr. Une évaluation des risques a jugé que le risque était très faible.

La traçabilité de la FSA a révélé que les trois échantillons provenaient de deux locaux agréés en Pologne. Il a été confirmé que la colistine était utilisée sur le troupeau de poulets.

Les types de gènes prédominants récupérés à partir de viande de poulet vendue au détail diffèrent de ceux qui causent des maladies au Royaume-Uni, ce qui suggère que le poulet n'est pas une source majeure de BLSE chez l'homme.

Aucun des 41 isolats de E. coli n'était résistant aux antimicrobiens de dernier recours, les carbapénèmes, qui sont utilisés pour traiter les infections graves lorsque les autres options ont échoué.

Environ 60% des isolats étaient résistants aux antibiotiques de la famille des quinolones (ciprofloxacine ou acide nalidixique) ou au chloramphénicol. La plupart des isolats étaient résistants au sulfaméthoxazole et aux tétracyclines, et la moitié étaient résistants au triméthoprime.

Le projet, dirigé par Hallmark Meat Hygiene et l'Animal and Plant Health Agency, faisait partie de la surveillance européenne, mais malgré le fait que le Royaume-Uni ait quitté l'UE, la FSA va continuer à surveiller la résistance aux antimicrobiens dans les viandes vendues au détail.

D'octobre à décembre 2021, il y avait 100 échantillons de viande de bœuf et 100 échantillons de viande de porc en vente au détail collectés dans les quatre pays britanniques.

L'analyse implique l'isolement initial et l'enrichissement de E. coli à partir de tous les échantillons de viande, avant de tester la résistance aux antimicrobiens, en particulier les BLSE, AmpC et les E. coli producteurs de carbapénémases. L'analyse de la résistance à la colistine et des gènes mcr résistants à la colistine sera également incluse.

Les travaux permettront de déterminer si ces viandes présentent un risque pour la santé publique en lien avec la RAM et permettront de suivre les tendances dans le temps.

Recherche sur les gènes de la RAM dans les aliments prêts à consommer

Une autre étude a examiné la diversité des gènes de la RAM dans 52 aliments prêts à consommer, comprenant du lait, des tomates, des bananes, du fromage et du jambon des huit plus grands distributeurs en 2019.

Au total, 256 échantillons ont été testés par les chercheurs, dont 33 types de produits, 17 de produits laitiers et deux types de viande cuite. Les chercheurs du Fera ont déclaré que le nombre d'échantillons était insuffisant pour permettre une comparaison du risque d'exposition entre les denrées alimentaires.

Les scientifiques ont détecté 477 gènes de la RAM distincts de 111 familles distinctes de gènes de la RAM dans les échantillons d'aliments prêts à consommer. Les gènes associés à la résistance à la colistine et à la méthicilline ont été rarement retrouvés. Plus de 50 types différents de gènes de résistance aux fluoroquinolones ont été retrouvés dans divers types de produits. Une résistance aux carbapénèmes et aux BLSE potentielles ont également été retrouvées dans une proportion élevée de régimes alimentaires individuels.

Cependant, l'étude n'a pas analysé si les gènes fonctionnaient et rendaient les bactéries résistantes à ces antibiotiques. Il a également constaté qu'il était plus efficace d'extraire l'ADN bactérien de fruits comme les pommes qui pouvaient être rincées, plutôt que d'aliments comme le lait.

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