Un virus transmis aux bovins par des moucherons émerge en Europe

«Un virus transmis aux bovins par des moucherons émerge en Europe», source Anses.

La maladie hémorragique épizootique est une maladie virale qui a été détectée pour la première fois en Europe fin 2022. Plusieurs troupeaux de bovins ont été touchés en Italie et en Espagne. L’Anses a contribué à identifier et à surveiller la propagation du virus, qui est transmis par des moucherons piqueurs.

L'article met en avant une conséquence du changement climatique

Le virus est transmis par des moucherons piqueurs du genre Culicoides. « Il y a une quinzaine d’années on n’imaginait pas que la maladie puisse un jour arriver en Europe, raconte Stéphan Zientara, directeur de l’unité mixte de recherche Virologie, qui associe des scientifiques de l’Anses, d’Inrae et de l’École nationale vétérinaire d’Alfort. Son extension est une conséquence directe du changement climatique, qui permet aux moucherons vecteurs de survivre dans nos régions.»

Les premiers cas en Europe ont été détectés le 25 octobre 2022 en Sardaigne. Quelques jours plus tard, des cas ont été signalés en Sicile, puis deux foyers se sont déclarés en Andalousie mi-novembre. «Même s’il est possible que le virus ait été introduit par le transport de bovins infectés, l’hypothèse la plus probable est que des moucherons ont été transportés à travers la Méditerranée par le vent», poursuit le scientifique. «Cela expliquerait l’apparition simultanée de la maladie dans plusieurs endroits d’Europe du sud.» Le virus est identique à celui qui a été détecté en Tunisie en 2021.

L’hypothèse du changement climatique a été aussi repris dans un article en Suisse, «Vaches européennes menacées par une maladie liée au réchauffement».

Pourtant, l’article cité en référence paru dans EID, «Epizootic Hemorrhagic Disease Virus Serotype 8, Italy, 2022», ne propose pas de lien avec le changement climatique.

L’article rapporte :

La confirmation de l'incursion du nouvel Orbivirus dans l'UE, soutenue par l'EHDV-8, était prévisible, compte tenu de la distribution de ce virus en Tunisie et probablement dans les pays voisins. Le 18 novembre 2022, l'EHD (Epizootic haemorrhagic disease ou ou maladie hémorragique épizootique) a également été signalée dans la région d'Andalousie en Espagne, dans les villes de Cadix et de Séville. Prévoir des scénarios futurs pour le système de production bovine de l'UE est difficile, mais l’EHD posera probablement de nouveaux défis aux autorités vétérinaires de l'UE. Les leçons apprises avec la fièvre catarrhale ovine devraient être une référence pour choisir des stratégies appropriées de contrôle et de prévention de l’EHD. Dans l'ensemble, ces événements soulignent davantage l'importance pour les pays d'Europe d'avoir des collaborations solides avec les autorités d'Afrique du Nord en matière de santé publique et animale. La détection rapide de l'EHDV-8 (Epizootic haemorrhagic disease virus ou virus de la maladie hémorragique épizootique) en Sardaigne et en Sicile est l'exemple le plus récent des avantages que de telles relations pourraient apporter. Cette collaboration s'est avérée cruciale ; il a conduit au développement d'un test moléculaire spécifique et précis pour la détection de l'EHDV-8, étant donné que la connaissance de la constellation du génome et de la parenté génomique de l'EHDV-8 avec les sérotypes existants de l'EHDV était déjà acquise. Le développement de vaccins doit être stimulé car la vaccination est la seule stratégie pour réduire la circulation du virus et prévenir les pertes économiques directes et indirectes.

Par ailleurs l’hypothèse de vents de moucherons est signalée. Il faut souligner la proximité géographique entre la Tunisie et la Sicile.

Enfin dire que «Son extension est une conséquence directe du changement climatique, qui permet aux moucherons vecteurs de survivre dans nos régions.» est assez curieux, car tous les cas cités ont eu lieu dans des régions bien connues pour leur temps chaud, Sicile, Andalousie, Sardaigne ...

Des phages candidats prometteurs pour le contrôle biologique de Bordetella avium

Des chercheurs ont isolé et caractérisé 7 phages ciblant Bordetella avium, la cause de la bordetellose chez la volaille. Avec leur large gamme d'hôtes et leurs effets lytiques, les phages peuvent être des candidats prometteurs pour le contrôle biologique de Bordetella avium. L’étude, «Characterization of Temperate LPS-Binding Bordetella avium Phages That Lack Superinfection Immunity», a été publiée en accès libre dans Microbiology Spectrum.

Résumé

Bordetella avium provoque une maladie des voies respiratoires supérieures hautement contagieuse chez les dindes et autres volailles avec des pertes économiques élevées. Compte tenu de la crise de la résistance aux antimicrobiens, les bactériophages (phages) peuvent constituer une approche alternative pour traiter les infections bactériennes telles que la bordetellose. Nous décrivons ici sept phages de B. avium, isolés de l'eau potable et des excréments d'élevages de poulets et de dindes. Ils ont montré une forte activité bactériolytique avec une large gamme d'hôtes et ont utilisé des lipopolysaccharides (LPS) comme récepteur hôte pour leur adsorption. Tous les phages sont des myovirus d'après leur structure observée par microscopie électronique à transmission. Les analyses de la séquence du génome ont révélé des tailles d'assemblage du génome allant de 39 087 à 43 144 bp. Leurs génomes permutés ont été organisés de manière colinéaire, avec un ordre de module conservé, et ont été conditionnés selon une stratégie de conditionnement prédite. Notamment, ils contenaient des gènes codant pour des marqueurs putatifs de la lysogénie, indicatifs de phages tempérés, malgré leur phénotype lytique. Une investigation plus approfondie a révélé que les phages pouvaient en effet subir un cycle de vie lysogène avec une fréquence variable. Cependant, les bactéries lysogènes étaient toujours sensibles à la surinfection avec les mêmes phages. Cette absence d'immunité stable contre la surinfection après lysogénisation semble être une caractéristique des phages de B. avium, ce qui est favorable en termes d'utilisation thérapeutique potentielle des phages pour le traitement de la bordetellose aviaire.

Importance

Pour maintenir l'efficacité des antibiotiques sur le long terme, des alternatives pour traiter les maladies infectieuses sont nécessaires de toute urgence. Par conséquent, les phages sont récemment revenus sur le devant de la scène car ils peuvent infecter et lyser spécifiquement les bactéries et sont d'origine naturelle. Cependant, il existe peu d'informations sur les phages qui peuvent infecter les bactéries pathogènes des animaux, comme l'agent causal de la bordetellose de la volaille, B. avium. Par conséquent, dans cette étude, les phages de B. avium ont été isolés et caractérisés de manière exhaustive, y compris l'analyse du génome entier. Bien que l'on pense phénotypiquement que les phages subissent un cycle lytique, nous avons démontré qu'ils subissent une phase lysogène, mais que l'infection ne confère pas une immunité stable à la surinfection de l'hôte. Ces résultats fournissent des informations importantes qui pourraient être pertinentes pour le contrôle biologique potentiel de la bordetellose aviaire en utilisant la phagothérapie.

L'utilisation d'antimicrobiens dans l'agriculture peut engendrer des bactéries résistantes aux défenses humaines de première ligne

«L'utilisation d'antimicrobiens dans l'agriculture peut engendrer des bactéries résistantes aux défenses humaines de première ligne», source Université d’Oxford.

Une nouvelle étude menée par l'Université d'Oxford a montré que la surutilisation d'antimicrobiens dans la production animale peut entraîner l'évolution de bactéries plus résistantes à la première ligne de la réponse immunitaire humaine. Les résultats, publiés dans la revue eLife, indiquent que les porcs et les poulets d'élevage pourraient héberger de grands réservoirs de bactéries à résistance croisée, capables d'alimenter de futures épidémies.

Les infections résistantes aux antimicrobiens sont l'une des menaces les plus graves pour la santé mondiale, et il est urgent de développer de nouveaux antimicrobiens efficaces. Une solution prometteuse pourrait être les peptides antimicrobiens (AMPs pour antimicrobial peptides). Ce sont des composés naturellement produits par la plupart des organismes vivants, y compris les animaux, et ils jouent un rôle important dans l'immunité innée, notre première ligne de défense contre les infections bactériennes.

Cependant, certains AMPs sont également largement utilisés dans la production animale, à la fois pour contrôler les infections et comme promoteurs de croissance. Cela a soulevé des inquiétudes quant au fait que l'utilisation d'AMPs agricoles peut générer des bactéries à résistance croisée qui pourraient alors surmonter la réponse immunitaire innée humaine.

Dans cette nouvelle étude, menée par l'Université d'Oxford, des chercheurs ont démontré que l'évolution de ces bactéries à résistance croisée est non seulement possible, mais aussi très probable.

Pour tester l'idée, les chercheurs ont utilisé la colistine, un AMP produit par une bactérie (Bacillus polymyxa) qui est chimiquement et fonctionnellement similaire aux AMPs produits chez les animaux. La colistine est devenue de plus en plus importante en tant que «dernière ligne de défense» pour le traitement des infections causées par des bactéries multirésistantes. Cependant, l'utilisation intensive de la colistine dans la production animale depuis les années 1980 a entraîné la propagation de bactéries E. coli portant des gènes de résistance mobile à la colistine (MCR pour mobile colistin resistance).

Dans cette étude, E. coli portant un gène MCR (MCR-1) a été exposé à des AMPs connus pour jouer un rôle important dans l'immunité innée chez les poulets, les porcs et les humains. Les bactéries ont également été testées pour leur sensibilité au sérum humain, qui contient un cocktail complexe de composés antimicrobiens, et pour leur capacité à infecter les larves de la fausse teigne de la cire (Galleria mellonella).

Faits saillants

- En moyenne, le gène MCR-1 a augmenté la résistance aux AMPs de l'hôte de 62%, par rapport aux bactéries dépourvues du gène. Cette résistance accrue a fourni un fort avantage sélectif au gène MCR-1 en présence d'AMPs.
- De même, E. coli porteur du gène MCR-1 étaient au moins deux fois plus résistants à la destruction par le sérum humain.
- E. coli porteur du gène MCR-1 avait une virulence accrue sur les larves de teigne de la cire, par rapport aux souches témoins dépourvues du gène. Les larves injectées avec E. coli porteurs du gène MCR-1 ont montré une survie réduite d'environ 50%, par rapport aux larves injectées avec E. coli témoin.

Les résultats démontrent que l'utilisation d'AMPs bactériens dans l'agriculture peut générer une large résistance croisée à la réponse immunitaire innée humaine.

Cette étude suggère cependant que la résistance à ces antimicrobiens peut avoir des conséquences imprévues sur la capacité des agents pathogènes à provoquer une infection et à survivre chez l'hôte. Ceci est particulièrement inquiétant car cela suggère que E. coli porteur du gène MCR-1 pourrait avoir un net avantage sélectif même si l'utilisation de la colistine est soigneusement contrôlée.

NB : Merci à Joe Whitworth d’avoir signalé cette étude.

L'USDA fait le point sur les progrès dans le développement d'un vaccin contre l'IAHP

«L'USDA fait le point sur les progrès dans le développement d'un vaccin contre l'IAHP», source Meatingplace.

À la suite de la propagation record de l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), l'USDA a annoncé qu'elle testait «une série» de vaccins potentiels pour traiter le virus hautement contagieux, les premiers résultats des essaisétant attendus dans quelques mois.

L’Agricultural Research Service (ARS) de l'USDA organise déjà des essais de vaccination contre l'IAHP ; les données initiales de l'étude animale utilisant une seule dose du vaccin devraient être disponibles le mois prochain, a déclaré l'USDA dans un communiqué de presse.

Les scientifiques de l'ARS s'attendent également à obtenir les résultats des essais d'un vaccin à deux doses en juin 2023, a ajouté l'USDA.

Le programme d’essais impliquerait un vaccin de Zoetis Inc., un de chez Merck Animal Health et deux développés à l'ARS, selon un article de Reuters.

Le processus de développement devait initialement être long, et l'USDA a souligné que, si les essais réussissent à prévenir l'IAHP et sa propagation, la prochaine étape consistera à identifier les fabricants potentiels de vaccins. Les prochaines étapes impliqueront ce que l'agence a décrit comme les «20 étapes discrètes» avant que tout vaccin commercial ne soit prêt à être livré, un processus qui prend généralement entre 2,5 et trois ans, a déclaré l'USDA.

Dans le meilleur des cas, l'USDA a estimé qu'il faudrait entre 18 et 24 mois pour créer un vaccin correspondant à la souche actuelle du virus HPAI en quantités suffisantes pour protéger les volailles commerciales.

Une perspective de vaccin contre la peste porcine africaine

«Une perspective de vaccin contre la peste porcine africaine», source communiqué de l’Anses du 24 mars 2023.

La peste porcine africaine est la cause d’une épizootie qui touche l’Union européenne depuis 2014. Elle provoque des pertes importantes au sein des populations de sangliers sauvages et dans les élevages porcins. Le virus n’a pas encore été détecté en France mais il circule actuellement en Italie, en Pologne et en Allemagne. La maladie, qui ne se transmet pas à l’être humain, n’a pas de traitement.

Des résultats prometteurs pour un futur vaccin

L’équipe a réalisé une série d’études sur cette souche atténuée et a confirmé la faiblesse des symptômes chez la plupart des porcs inoculés avec ce virus par voie intramusculaire ou oronasale. Même si l’innocuité n’était pas parfaite, le taux de survie était bien plus important qu’avec la souche virale d’origine. 

 « La vaccination intramusculaire est la méthode la plus utilisée dans les élevages, précise Marie-Frédérique Le Potier, cheffe de l’unité virologie immuniuté porcines. La vaccination par voie orale pourrait, elle, permettre de vacciner les sangliers sauvages à l’aide d’appâts. Cette méthode a été utilisée pour la peste porcine classique au début des années 2000 et a permis d’éliminer la maladie des zones où elle était présente en France. C’est pourquoi nous avons testé dès le début ces deux voies d’administration. »

Autre résultat prometteur : les porcs infectés développent une réponse immunitaire, qui leur permet de résister à une infection par le virus de la peste porcine africaine sans présenter de symptôme et ce dès deux semaines après la vaccination. Ces résultats sont parus dans la revue Viruses en décembre 2022.

Dans son blog Agri 007, Jim Romahn a écrit,

En utilisant la chaleur pour inactiver des échantillons de la souche Georgia de peste porcine africaine, le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’Anses a détecté une souche atténuée qui ne provoquait qu'une légère fièvre chez les animaux infectés, alors que l'infection par la souche Georgia tue normalement tous les porcs.

La plupart des porcs inoculés par voie intramusculaire ou oronasale avec le virus atténué n'ont présenté que des symptômes bénins. 

Selon le communiqué de l’Anses, «Même si l’innocuité n’était pas parfaite, le taux de survie était bien plus important qu’avec la souche virale d’origine.» 

Influenza aviaire H5N1, découverte chez des dauphins britanniques et un marsouin suédois

Après les articles, La France signale des cas de grippe aviaire H5N1 chez des renards et Des scientifiques européens mettent en évidence des mutations inquiétantes de la grippe aviaire H5N1, voici s’agissant de l’influenza aviaire H5N1, découverte chez des dauphins britanniques et un marsouin suédois, source article de Lisa Schnirring paru le 17 mars 2023 dans CIDRAP News.

Deux pays européens ont signalé plus de détections d’influenza aviaire H5N1 chez les mammifères marins, dont deux dauphins retrouvés morts au Royaume-Uni et un marsouin échoué présentant des symptômes en Suède.

Les détections font suite à des épidémies chez des phoques en Amérique du Nord et d'otaries au Pérou.

Détections chez le dauphins et le marsouins

L'Agence britannique pour la santé animale et végétale (APHA) a signalé des détections de dauphins sur sa liste mise à jour des détections d’’influenza aviaire dans la faune non aviaire. Les dauphins ont été retrouvés morts sur des plages à la mi-février, l'un dans le Pembrokeshire, Pays de Galles, et l'autre dans le Devon, Grande-Bretagne.

De plus, des scientifiques suédois écrivant dans Emerging Infectious Diseases cette semaine ont signalé le clade H5N1 2.3.4.4b chez un marsouin commun retrouvé échoué dans des eaux peu profondes au large de la côte ouest du pays fin juin 2022. L'animal a nagé en cercles et s'est noyé peu de temps après avoir été trouvé.

La carcasse a été congelée et envoyée à l'Institut vétérinaire national d'Uppsala pour une autopsie et des analyses, qui ont révélé la présence du virus dans des prélèvements pulmonaires et bronchiques. Des charges virales élevées ont été retrouvées dans le cerveau, suivi des poumons, des reins, du foie et de la rate. Le virus circulait chez les oiseaux sauvages au même moment et dans la même zone, suggérant un débordement probable des oiseaux.

Ils n'ont trouvé aucun signe d'adaptation mammifère autre que ce qui avait déjà été trouvé pour le clade. «Les manifestations cliniques et la présence de virus dans divers organes, y compris le cerveau, indiquent le risque potentiel de virus de l’IAHP chez les hôtes mammifères, même sans adaptation. Ce risque est à prendre en compte pour les personnes en contact étroit avec des animaux infectés», ont-ils écrit.

Les chercheurs ont dit que l'infection par la grippe aviaire chez le marsouin commun élargit la gamme d'hôtes viraux et devrait être envisagée lorsque les animaux présentent des symptômes neurologiques.

H5N1 chez les chiens de brousse en captivité

Dans d'autres développements du H5N1, le Département britannique de l'environnement, de l'alimentation et des affaires rurales (DEFRA) a signalé le virus chez 10 chiens de brousse sud-américains faisant partie d'un programme d'élevage en captivité dans un zoo anglais. Les animaux ont été testés à la suite d'une mortalité massive de mammifères en novembre. Dix des 15 chiens de brousse sont morts ou ont été euthanasiés sur une période de 9 jours.

Le DEFRA a déclaré que les chiens de brousse présentaient des signes cliniques minimes avant leur mort, et l'APHA ne peut pas dire avec certitude si le H5N1 a causé les signes cliniques. La grippe aviaire n'était pas suspectée à l'époque et le H5N1 a été retrouvé dans des échantillons post-mortem.

Il n'y a aucune preuve claire suggérant une transmission de mammifère à mammifère. Il est très probable que tous les animaux ont été exposés à la même source d'oiseaux sauvages infectés», a déclaré le DEFRA.

Plus d'épidémies dans les troupeaux et les mammifères américains

Aux États-Unis, le Service d'inspection de la santé animale et végétale (APHIS) de l’USDA a signalé ces derniers jours plusieurs autres épidémies chez les volailles commerciales et de basse-cour de cinq États. La Pennsylvanie a signalé huit autres éclosions dans des fermes commerciales, une dans un établissement de dinde du comté de Chester et les autres dans le comté de Lancaster durement touché.

Ailleurs, les États signalant davantage d'épidémies dans les élevages de basse-cour comprennent le Mississippi, le Missouri, l'Iowa, le Michigan et la Pennsylvanie.

L'APHIS a également ajouté quatre autres détections de mammifères H5N1 à sa liste, portant le total à 148. Trois étaient des mouffettes et un était un raton laveur. Deux des mouffettes infectées et le raton laveur ont été signalés dans le Montana, et l'une des mouffettes a été signalée dans le Kansas.

Des scientifiques européens mettent en évidence des mutations inquiétantes de la grippe aviaire H5N1

«Des scientifiques européens mettent en évidence des mutations inquiétantes de la grippe aviaire H5N1», source article de Lisa Schnirring paru le 13 mars dans CIDRAP News.

Dans une évaluation mise à jour sur la grippe aviaire H5N1, deux agences européennes, ECDC, EFSA et EURL, ont dit que bien que le risque pour l'homme soit encore faible, des signes inquiétants incluent l'apparition de certaines mutations dans les souches en circulation et des événements de mortalité animale de m
asse qui suggèrent un plus grand risque de propagation parmi les mammifères.

L'évaluation provient de l'Agence européenne de sécurité des aliments, du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et du laboratoire de référence de l'Union européenne (EURL). Elle couvre les données collectées de décembre 2022 au 1er mars.

Les profils des goélands augmentent la menace pour les volailles

Les responsables ont déclaré que les épidémies de volailles avaient diminué dans la région depuis un pic en novembre, mais, étant donné les décès massifs de goélands dans plusieurs pays en raison du virus, les épidémies de volailles impliquant le clade 2.3.4.4b H5N1 pourraient augmenter dans les mois à venir.

Les goélands se déplaceront vers l'intérieur des terres vers des colonies de reproduction qui chevauchent les zones de production de volaille, note le rapport. Le clade 2.3.4.4b H5N1 circule désormais sur plusieurs continents.

Dans le rapport complet de 43 pages, les agences ont dit que, de septembre à mars, les détections de virus chez les oiseaux de mer étaient étonnamment élevées, en particulier chez les goélands, avec de grands événements de mortalité observés en France, en Belgique, aux Pays-Bas et en Italie. L'analyse génétique des virus des mouettes rieuses indique une propagation du virus vers le sud et qu'il a persisté après l'été chez les oiseaux sauvages résidents.

Plus de changements génétiques suite à des infections de mammifères

L'analyse génétique des virus d'oiseaux européens infectés au cours de l'hiver suggère que le H5N1 se lie toujours préférentiellement aux récepteurs aviaires.

Les experts notent cependant que certains des virus de mammifères ont des marqueurs dans la protéine PB2 associés à une virulence et une réplication accrues chez les mammifères – très rarement observés avant 2020. Ils ont déclaré que les changements sont probablement apparus après la transmission aux animaux et ont peut-être des implications pour la santé publique. .

Les agences ont déclaré que les détections les plus récentes de H5N1 chez les mammifères impliquent des espèces telles que le renard roux qui chassent ou récupèrent des oiseaux infectés ou des animaux morts. Cependant, ils ont souligné trois événements de mortalité massive : un impliquant des phoques communs dans le Maine, une épidémie dans un élevage de visons espagnol et une mortalité massive d'otaries péruviennes.

Les événements de transmission vers et entre les mammifères, les preuves sérologiques d'infection chez les sangliers et les porcs et les mutations qui rendraient le virus mieux adapté aux mammifères sont préoccupants et doivent être suivis de près, ont-ils déclaré.

Des infections plus sporadiques chez l'homme sont possibles chez les personnes exposées à des oiseaux malades ou morts, et les groupes considèrent ce risque comme modéré. Les récents cas graves d'Asie et d'Amérique du Sud soulignent le risque de contact non protégé avec des oiseaux infectés, notent-ils. Le risque de cas liés aux voyages chez l'homme est très faible.

Une étude montre que les rats de la ville de New York sont porteurs du SARS-CoV-2. Quid à Paris, un an avant les JO ?

Sur les nuisibles à Paris, vous lirez dans Paris Match, «Chronique «L'air du temps» - Surmulots ? Rat le bol».

On lira aussi dans boulevard Voltaire, «La mairie de Paris observe : le surmulot, sa vie, son œuvre…».

Bref, ce sont des galéjades comme l’on dit à Marseille, plus sérieusement voici que l’American Society for Microbiology propose l’article suivant, «Une étude montre que les rats de la ville de New York sont porteurs du SARS-CoV-2».

Il me semble qu’il faudrait un peu plus s’en occuper à un an des JO, et compte tenu de l’avis de l’Académie nationale de Médecine, Urgence sanitaire : pourquoi le gouvernement doit impérativement mettre en œuvre un plan anti-rats à Paris.

Un article récemment paru dans le Journal of Virology, «A critical analysis of the evidence for the SARS-CoV-2 origin hypotheses», indique les deux origines potentielles du SARS-CoV-2, «une origine naturelle par zoonose suivie d'une propagation interhumaine soutenue ou l'introduction d'un virus naturel chez l'homme à partir d'une source de laboratoire.»

Si le SARS-CoV-2 a une origine naturelle via une zoonose (pangolin, chauve-souris, etc.), quid du rat chez nous, en Occident à Paris ?

Une nouvelle étude a démontré que les rats sont sensibles à l'infection par les variantes Alpha, Delta et Omicron du SARS-CoV-2 et que les rats sauvages dans les réseaux d'égouts municipaux de New York et ailleurs dans la ville ont été exposés au SARS-CoV-2. L'étude a été publiée dans mBio, une revue en accès libre de l'American Society for Microbiology.

«Nos résultats soulignent la nécessité d'une surveillance plus poussée du SARS-CoV-2 dans les populations de rats pour une éventuelle transmission zoonotique secondaire à l'homme», a dit le chercheur principal de l'étude, Henry Wan, professeur et directeur du Center for Influenza and Emerging Infectious Diseases à l'Université du Missouri. «Globalement, notre travail dans cet espace montre que les animaux peuvent jouer un rôle dans les pandémies qui affectent les humains, et il est important que nous continuions à améliorer notre compréhension afin que nous puissions protéger la santé humaine et animale.»

Les rats sont largement distribués dans les communautés urbaines aux États-Unis. Par exemple, la seule ville de New York compte environ huit millions de rats sauvages. Ces rats sauvages ont de nombreuses occasions d'interagir avec les humains. Deux études précédentes ont suggéré que des rats en Asie (Hong Kong) et en Europe (Belgique) ont été exposés au SARS-CoV-2 ; cependant, on ne sait pas à quelle variante du SARS-CoV-2 ces rats ont été exposés dans les deux études.

Dans la nouvelle étude, les chercheurs ont entrepris de déterminer si le virus SARS-CoV-2 chez l'homme a été transmis à la population de rats dans les zones urbaines des États-Unis, en particulier à New York, et si oui, quel SARS-CoV- 2 variante a causé ces infections. Les chercheurs ont également entrepris de déterminer si (et lesquelles) les variantes du SARS-CoV-2 à New York peuvent provoquer des infections chez les rats.

«À l'automne 2021, l’Animal and Plant Health Inspection (APHIS) du ministère américain de l'Agriculture (USDA) a prélevé des rats bruns (Rattus norvegicus) à New York pour rechercher des preuves d'infection par le SARS-CoV-2», a dit le co-auteur de l'étude, Tom. DeLiberto, coordinateur du SARS-CoV-2 chez USDA APHIS Wildlife Services. «Deux efforts de piégeage ont été menés en septembre et novembre avec l'autorisation du Département des parcs et des loisirs de la ville de New York dans et autour des emplacements entourant les systèmes d'assainissement. La plupart des rats ont été piégés dans les parcs de la ville de Brooklyn, bien que certains aient été capturés près de bâtiments en dehors des limites du parc. 

Les biologistes ont collecté et traité des échantillons de 79 rats pour des études virologiques et un séquençage génomique. Les chercheurs ont découvert que les rats avaient été exposés au SARS-CoV-2 et ont montré un lien possible avec les virus qui circulaient chez l'homme au cours des premiers stades de la pandémie de la COVID-19. Plus précisément, 13 des 79 rats (16,5%) ont été testés positifs. «À notre connaissance, il s'agit de l'une des premières études à montrer que les variants du SARS-CoV-2 peuvent provoquer des infections chez les populations de rats sauvages dans une grande zone urbaine des États-Unis», a dit le Dr Wan.

Pour étudier plus avant la sensibilité des rats aux variantes du SARS-CoV-2, les chercheurs ont mené une étude de provocation virale et ont montré que les variantes Alpha, Delta et Omicron (variants retrouvés chez l'homme) peuvent provoquer des infections chez les rats (rats Sprague Dawley de type sauvage), y compris des niveaux élevés de réplication dans les voies respiratoires supérieures et inférieures et l’induction de réponses immunitaires innées et adaptatives. La sensibilité à l'infection variait selon le type de variant.

«Nos résultats soulignent la nécessité d'une surveillance plus poussée du SARS-CoV-2 dans les populations de rats pour déterminer si le virus circule chez les animaux et évolue vers de nouvelles souches qui pourraient présenter un risque pour l'homme», a dit le Dr Wan. «Le virus SARS-CoV-2 présente un défi typique d'une seule santé qui nécessite des approches collaboratives, multisectorielles et transdisciplinaires pour bien comprendre ces défis.»

On lira aussi «Risque possible dans une grande ville : rats d'égout infectés par le SARS-CoV-2» source article de Mary Van Beusekom le 10 mars 2023 dans CIDRAP News.

Sur 79 rats, 4 (5%) ont été testés positifs pour le COVID-19 et 13 (16,5%) ont été testés positifs pour les anticorps anti-immunoglobuline G ou immunoglobuline M contre le SARS-CoV-2 de type sauvage.

«Les résultats de cette étude sont préoccupants en raison du risque potentiel de transmission virale de l'homme aux rongeurs, y compris les rats sauvages, puis de retour à l'homme. Les rats peuvent également agir comme un réservoir d'infection, entraînant potentiellement l'émergence de nouveaux variants auxquels les humains n'ont pas été exposés et sont donc vulnérables, ont djt les chercheurs.»

Comme le rapporte l’Anses, «La santé des animaux, c’est aussi la nôtre» et si l’on intéressait aux rats d’égoût et au SARS-CoV-2, puisqu’apparemment, «On ne peut pas traiter les questions de santé humaine sans se préoccuper de la santé animale et inversement.», selon le Directeur général délégué Recherche et Référence de l'Anses, M. Salvat.

Chiche ! A suivre ...

La France signale des cas de grippe aviaire H5N1 chez des renards

«La France signale des cas de grippe aviaire H5N1 chez des renards», source extrait d’un article de Lisa Schnirring paru 7 mars 2023 dans CIDRAP News. Le titre original de l’article est «La France signale des cas de grippe aviaire H5N1 chez des renards. Plus de volailles atteintes en Amérique du Sud».

Les autorités vétérinaires françaises ont signalé de la grippe aviaire H5N1 dans des prélèvements de renards roux, faisant partie des détections en cours chez les mammifères.

Des renards français retrouvés près de goélands morts

Dans une notification à l'Organisation mondiale de la santé animale (depuis 2023, il s’agit de l’OMSA, ex OIE, Office international des épizooties) le 7 mars, des responsables français ont déclaré que le virus avait été retrouvé dans un prélèvements d'un renard, l'un des trois retrouvé mort le 10 février dans une réserve naturelle près de la ville de Meaux (Seine et Marne), à environ 35 km au nord-est. de Paris. Les renards morts ont été retrouvés près de goélands morts.

Le virus retrouvé chez le renard appartient au clade 2.3.4.4b H5N1 qui circule chez les oiseaux sauvages et les volailles - avec des détections occasionnelles de mammifères - sur plusieurs continents. Les responsables de la santé surveillent de près les développements chez les mammifères, car le virus semble avoir des mutations qui pourraient le rendre plus reconnaissable pour les cellules des voies respiratoires des mammifères. Quelques infections humaines ont été signalées impliquant le clade, toutes chez des personnes ayant été en contact étroit avec de la volaille.

D'autres pays d'Europe ont signalé des détections de H5N1 chez des mammifères, notamment le Royaume-Uni et l'Espagne, qui ont signalé une épidémie impliquant le virus dans un élevage de visons.

Mise à jour du 14 septembre 2023

Doit-on dire influenza aviaire ou grippe aviaire ? Source Anses.

Quand la maladie se manifeste chez les oiseaux, on parle d’influenza aviaire.

Quand un humain est touché par des virus influenza A d’origine aviaire, on parle alors de grippe aviaire.

One Health : Des bactéries résistantes à des antimicrobiens couramment utilisés sont encore fréquemment détectées chez les humains et les animaux, selon l'ECDC et l'EFSA

«Des bactéries résistantes à des antimicrobiens couramment utilisés sont encore fréquemment détectées chez les humains et les animaux», source EFSA du 6 mars 2023.

Une résistance de Salmonella et Campylobacter aux antimicrobiens couramment utilisés est fréquemment observée chez les humains et les animaux, révèle un rapport publié aujourd'hui par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). Cependant, la résistance simultanée à des antimicrobiens d'importance critique pour les humains a généralement été détectée à de faibles concentrations, sauf pour certains types de Salmonella et de Campylobacter coli dans plusieurs pays.

«La résistance aux antimicrobiens est l’une des plus grandes menaces auxquelles nous sommes confrontés dans le monde entier et elle affecte tant les humains, que les animaux et l’environnement. Travailler ensemble reste essentiel pour résoudre ce problème complexe. Dans notre travail, nous incarnons l'approche «Une seule santé», qui tient compte des liens étroits et de l'interdépendance de la santé des humains, des animaux, des plantes et de l'environnement dans son ensemble», ont déclaré dans une déclaration conjointe Mike Catchpole et Carlos Das Neves, respectivement scientifiques en chef de l’ECDC et de l’EFSA.

Des tendances encourageantes ont été observées dans plusieurs pays, où une proportion croissante de bactéries provenant d'animaux producteurs d'aliments se sont révélées sensibles à tous les antimicrobiens testés. En outre, la prévalence des bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) et de bactéries E. coli productrices de bêta-lactamases AmpC (AmpC) diminue.

Une diminution de la résistance de Salmonella à l'ampicilline et à la tétracycline a également été observée chez les humains dans plusieurs pays au cours de la période 2013–2021. Ce phénomène était particulièrement évident pour S. Typhimurium, un type de Salmonella couramment associé aux porcs et aux veaux, qui est souvent multirésistant aux médicaments. Les données montrent également des tendances à une diminution de la résistance de Campylobacter jejuni à l'érythromycine chez les humains et les poulets de chair.

Ce type d'antimicrobien est très important dans le traitement de la campylobactériose.

Toutefois, pour la même période, le rapport montre également une tendance croissante de la résistance de S. Enteritidis et de C. jejuni à la ciprofloxacine chez les humains. S. Enteritidis et C. jeuni causent la plupart des cas d'infection à la salmonellose et à la campylobactériose chez les humains.

Des tendances similaires ont été observées chez C. jejuni provenant de poulets de chair entre 2009 et 2020, où la résistance à la ciprofloxacine a augmenté dans plusieurs pays. Le niveau de résistance à la ciprofloxacine chez Campylobacter est maintenant si élevé que cet antimicrobien ne peut plus être recommandé dans le traitement des infections graves à Campylobacter chez les humains.

La résistance de E. coli aux carbapénèmes demeure rare chez les humains et les animaux producteurs d'aliments . Les carbapénèmes étant une classe d'antimicrobiens de dernier recours, toute découverte d'une résistance chez les bactéries zoonotiques serait préoccupante. Par conséquent, il faut continuer à surveiller de près et à étudier la résistance aux carbapénèmes.

On lira dans ce contexte «La résistance aux antibiotiques en santé animale en 11 questions», document du 16 novembre 2022 de l’Anses.

L'antibiorésistance est une problématique majeure à la fois pour la santé humaine et animale. L'émergence et la diffusion de souches de bactéries résistantes aux antibiotiques remettent en question l'efficacité de ces traitements. Préserver l'efficacité des antibiotiques constitue donc un réel défi de santé publique qui nécessite une approche intégrée selon le concept One Health, une seule santé humaine et animale.

One Health : Risques pour la santé humaine de friandises contaminées et aux régimes alimentaires à base de viande crue pour animaux de compagnie

A la veille du salon de l’Agriculture 2023, l’Anses agite une menace, «La santé des animaux, c'est aussi la nôtre», mais elle ferme les yeux sur les ventes de viande brousse en France, vous avez dit One Health ?

Il me semble aussi que dire dans l’assertion, «Le moustique, à travers les maladies qu’il transmet, tue 400 000 personnes par an», il faudrait préciser qu’il s’agit de données dans le monde, sans qu’on sache très bien quelle est l’origine de cette information. Ici, il est annoncé 1 million de personnes …

L’Anses souligne la «Prudence avant de donner à un animal un médicament pour humains».

Enfin, une autre information de l’Anses rapporte que «75% des maladies émergentes chez les humains ont une origine animale». C’est important, mais ce dont il va être question ci-après, est encore plus basique, et il ne semble pas que Salmonella soit un germe émergent. En effet, «Des chercheurs mettent en évidence les risques pour la santé humaine de friandises pour animaux de compagnie contaminées», source article de Joe Whitworth paru le 24 février 2023 dans Food Safety News.

Une étude au Royaume-Uni a ajouté à la preuve que les friandises pour chiens à base de viande séchée peuvent être contaminées par Salmonella.

Les chercheurs ont également découvert que certains échantillons de produits contenaient des types similaires de Salmonella identifiés chez des patients humains, ce qui les a incités à exiger des mesures d'hygiène, notamment un lavage minutieux des mains par les propriétaires de chiens, les distributeurs d'aliments pour animaux de compagnie et les vétérinaires.

Une sélection de friandises séchées provenant d'animaleries locales et de distributeurs en ligne a été analysée pour Salmonella au Royaume-Uni. Les friandises ont été achetées dans une animalerie indépendante et dans une grande chaîne nationale du Merseyside, ainsi que chez deux distributeurs en ligne fournissant tout le pays de septembre à octobre 2021.

Les friandises séchées à l'air ou lyophilisées et déshydratées n'ont pas subi de cuisson ou de traitement thermique dans le cadre de la production ; cependant, le procédé utilisé doit avoir fait ses preuves dans des analyses de prélèvements pour s’assurer de la destruction de Salmonella.

Quatre-vingt-quatre échantillons ont été analysés. Les protéines animales comprenaient du buffle ou du bison, du poulet, bœuf, agneau, porc, canard, lapin et chameau, selon l'étude publiée dans la revue Vet Record, «Isolation of Salmonella species of public health concern from commonly fed dried meat dog treats». L’article est disponible en intégralité.

Une série de Salmonella détectée

Salmonella a été isolée à partir de 13 friandises. Les échantillons qui ont été testés positifs étaient des « pizzle sticks» de pénis de taureau séchés, d’oreilles de bison, d’oreilles de lapin à fourrure et dans des friandises au poulet séchées. Tous les résultats positifs provenaient de la même animalerie indépendante lors de deux visites distinctes.

Cela pourrait représenter un problème local, mais pourrait également être le résultat d'une contamination chez le fournisseur ou au sein de la chaîne d'approvisionnement, et sans autre prélèvement environnemental, il n'a pas été possible d'identifier où la contamination de la chaîne de production s'est produite, a révélé l'étude.

Les types de Salmonella retrouvés étaient Salmonella Anatum, Derby, Dublin, Infantis et Salmonella Typhimurium monophasique. Le sérotype le plus fréquemment isolé était Salmonella Derby six fois à partir d'oreilles de bison, avec Salmonella Dublin dans deux échantillons de pizzle stick.

Les souches de Salmonella Derby et de Salmonella Typhimurium monophasique étaient génétiquement similaires aux prélèvements de patients, mais il n'y avait aucune information épidémiologique pour confirmer un lien. Le risque de transmission à l'homme a été lié à un manque d'hygiène suite à la manipulation de friandises pour chiens ou au contact avec des animaux susceptibles d'excréter Salmonella dans leurs fèces.

Les friandises de l'animalerie indépendante ont été déballées sans étiquetage, ni information de traçabilité. Ceux de la chaîne nationale étaient conditionnés individuellement dans des sachets plastique scellés avec une marque.

Les friandises du premier distributeur en ligne ont été livrées dans une boîte avec des collations avec des oreilles non conditionnées et d'autres articles dans des sacs scellés avec une marque. Ceux de l'autre vendeur en ligne se présentaient sous la forme de plusieurs articles dans des sachets en plastique transparents sans étiquetage.

Le pays d'origine était inconnu pour la majorité des friandises, bien que quatre aient été produites au Royaume-Uni et qu'un quart ait déclaré que les matériaux provenaient du Royaume-Uni et d'Europe sur leur site Internet. Un manque d'informations sur l'origine pose un risque d'importation de sérotypes de Salmonella qui ne sont pas couramment signalés au Royaume-Uni et souligne l'importance d'un étiquetage clair pour la traçabilité, ont dit les scientifiques.

Les directives gouvernementales stipulent que les produits à mâcher pour chiens doivent être conditionnés dans des emballages inutilisés. Cependant, les friandises contaminées par Salmonella dans l'étude étaient vendues en vrac qui pouvaient être ramassées à la main et achetées dans des sachets en papier.

«Des efforts devraient être faits pour éduquer davantage les propriétaires de chiens sur les risques potentiels posés par ces friandises s'ils choisissent de les nourrir, en particulier chez les ménages avec des personnes à haut risque présentes, telles que des personnes immunodéprimées ou de jeunes enfants. L'importance des pratiques d'hygiène entourant leur utilisation doit être soulignée, en particulier en ce qui concerne le lavage des mains après utilisation et la considération de ne pas les nourrir dans l'environnement domestique», ont dit les chercheurs.

Risques liés aux régimes à base de viande crue

Pendant ce temps, une autre étude a cherché à voir si les régimes à base de viande crue (RMBDs pour raw meat-based diets) pour animaux de compagnie sont une source de bactéries avec des gènes de résistance au linézolide. Ces bactéries peuvent se propager des animaux aux humains lors d'un contact étroit entre les animaux domestiques et leurs propriétaires.

Cinquante-neuf échantillons de RMBDs provenant de 10 fournisseurs en Allemagne et en Suisse ont été testés pour les bactéries Gram positif résistantes au florfénicol. Un total de 27 isolats de Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium et Vagococcus lutrae ont été obtenus à partir de 24 échantillons. Les chercheurs ont découvert des gènes susceptibles de conférer une résistance au linézolide.

Le linézolide est un médicament de dernier recours pour traiter certaines infections graves chez l'homme, selon une étude publiée dans la revue Eurosurveillance.

Les échantillons étaient issus de bœuf, de la volaille, du cheval, de l'agneau, du poisson, du lapin et du gibier et ont été achetés entre septembre 2018 et mai 2020.

Selon les scientifiques, la forte présence d'isolats résistants au florfénicol dans les aliments crus pour animaux de compagnie fabriqués à partir de viande principalement d'origine européenne est préoccupante et souligne la nécessité de son utilisation rationnelle dans le secteur agricole.

La présence d'isolats hébergeant des gènes de résistance au linézolide dans les aliments crus pour chiens souligne l'importance de la sensibilisation aux risques possibles associés aux RMBDs et la fourniture d'informations aux propriétaires d'animaux sur la manipulation et l'alimentation correctes avec des RMBDs afin de réduire les risques potentiels pour la santé», ont déclaré les chercheurs.

La santé des animaux, c’est aussi la notre, selon l'Anses. Bienvenue au Terminal 2 de Roissy et au marché de Château rouge !

Le blog trouve que l’Anses a parfaitement raison quand elle dit que «la santé des animaux, c’est aussi la notre» …, mais le blog conseille respecteuseusement à l’Anses de se rendre au Terminal 2 de l’aéroport de Roissy pour y découvrir le cauchemar quotidien des agents des douanes rapportés dans «One Health en France ? Les douanes de Roissy débordées par l’afflux illégal de viande de brousse».

Quand les scientifiques de l’Anses se rendront-ils sur le terrain ?

Enfin, à Paris, par exemple, je suggère le marché de Château rouge qui est un bon terrain pour discuter de «la santé des animaux, c’est aussi la notre» …

Rien ne vaut un petit film pour illuster cela.

🐂 🐕 La santé des animaux, c'est aussi la nôtre.

Rendez-vous avec nos scientifiques au #SIA2023.https://t.co/tQLoN9F4Fy

— Anses (@Anses_fr) February 20, 2023