Des bactéries prédatrices s'échappent indemnes de la cellule proie à l'aide d'un outil unique, selon une étude

 « Des bactéries prédatrices s'échappent indemnes de la cellule proie à l'aide d'un outil unique, selon une étude », source University of Birmingham.

Les bactéries prédatrices, capables d'envahir et de consommer des microbes dangereux tels que E. coli et Salmonella, utilisent un outil unique pour les aider à échapper à la cellule qu'elles ont envahie sans aucun dommage, selon une nouvelle étude.

Des chercheurs des universités de Birmingham et de Nottingham ont identifié une enzyme particulière utilisée par la bactérie pour rompre la paroi cellulaire de ses bactéries proies et en sortir sans endommager sa propre paroi cellulaire. Leurs résultats sont publiés dans Nature Communications.

La bactérie, appelée Bdellovibrio bacteriovorus, est importante car les types de cellules qu'elles attaquent - les bactéries Gram négatif - sont responsables de nombreuses infections résistantes aux antibiotiques actuellement disponibles. Cela signifie que les bactéries prédatrices pourraient avoir le potentiel d'être exploitées comme thérapie contre ces infections.

Découvrir précisément comment Bdellovibrio bacteriovorus réussit à envahir, puis à échapper à ses proies, est une étape importante dans ce processus.

L'enzyme qu'ils ont découverte semble être une enzyme bien connue appelée lysozyme, une des toutes premières enzymes étudiées et retrouvée dans les larmes et la salive humaines; mais celui-ci a une tournure où il a changé pour faire quelque chose de surprenant.

« Bdellovibrio bacteriovorus est connu pour sa capacité à envahir les bactéries proies et à rester à l’intérieur de la cellule pendant quelques heures, en mangeant efficacement les bactéries vivantes », explique le Dr Andrew Lovering, de la School of Biosciences de l’Université de Birmingham.

« À la fin de ce processus, le prédateur est capable de casser la proie et de s'échapper. Parce que les parois des cellules des prédateurs et des proies sont constituées de molécules très similaires, nous voulions savoir comment le prédateur était capable de couper le matériau de la paroi cellulaire de la cellule proie et de sortir sans s'endommager dans le processus. »

L'équipe savait déjà qu'une partie de la réponse résidait dans une action précoce de la bactérie prédatrice pour éliminer une molécule particulière de la paroi cellulaire de la proie. Cela a créé un «marqueur» identifiant le matériau de la paroi de la proie comme différent du prédateur. Cela suggère qu'une action ultérieure d'un type particulier d'enzyme connu sous le nom de lysozyme pourrait être à l'œuvre. Les lysozymes sont une famille d'enzymes connues pour jouer un rôle dans la dégradation des parois cellulaires de certaines bactéries. Ce lysozyme particulier avait évolué et avait été modifié chez la bactérie prédatrice pour assumer la tâche de rompre la paroi cellulaire modifiée de manière unique pour permettre la fuite.

Identifier précisément quel lysozyme avait été diversifié pour ce rôle a été le résultat d'un travail minutieux des doctorants Hannah Somers et Chris Harding, en collaboration avec le Dr Simona Huwiler, membre du Swiss National Science Foundation.

Le professeur Liz Sockett, de la School of Life Sciences de l'Université de Notttingham et co-auteur principal de l'article, a dit: « Vérifier le moment où Bdellovibrio a utilisé chacun de ses lysozymes pour la prédation, et des heures au microscope pour voir ce qui est arrivé à sa proie, s’échapper lorsque chaque lysozyme manquait, nous a donné une forte intuition qui pourrait être la plus importante pour l'évasion. »

« Lorsque nous avons examiné de près le lysozyme, il était clair que nous étions sur la bonne voie », a dit le Dr Lovering. « Il ressemblait à un lysozyme conventionnel mais avec un site actif déformé, ce qui signifiait qu'il était incapable de reconnaître le matériau de la paroi à moins qu'il n'ait été modifié et marqué par la bactérie Bdellovibrio. »

L'étape suivante a été de confirmer que le lysozyme n'était actif que contre la paroi cellulaire modifiée et l'équipe a travaillé avec le Dr Patrick Moynihan, également à la School of Biosciences de l'Université de Birmingham, sur des tests pour le vérifier. Cela a montré qu'il s'agissait d'un nouveau lysozyme avec une cible différente de tous ces lysozymes précédemment étudiés en science.

Le Dr Simona Huwiler, dans le laboratoire du professeur Sockett, a ensuite mené une série d'expériences avec les bactéries prédatrices montrant clairement comment l'ajout de ce nouveau lysozyme pendant le processus de prédation a conduit le prédateur à quitter la cellule de proie avant la fin de son repas. Le nouveau lysozyme est donc la clé pour sortir.

« Comprendre le mécanisme et les actions de ce nouveau lysozyme peut nous aider à l'utiliser directement contre des agents pathogènes qui modifient leurs propres parois cellulaires pour résister aux lysozymes de la salive et des larmes. C'est également une étape importante pour pouvoir utiliser les bactéries prédatrices elles-mêmes dans de nouvelles thérapies contre les bactéries problématiques », ajoute le professeur Sockett.

La recherche a été financée par le Conseil de la recherche en biotechnologie et en sciences biologiques et par une bourse au Dr Huwiler du Swiss National Science Foundation. Les travaux en cours sont financés par le Wellcome Trust.

Toutes les souches de norovirus humains ne sont pas créées égales, dans leur sensibilité à l'interféron

« Toutes les souches de norovirus humains ne sont pas créées égales, dans leur sensibilité à l'interféron », source Bayor College of Medicine.

Les norovirus humains (NoVHu) sont à l'origine de la majorité des cas de gastro-entérite virale dans le monde et entraînent une mortalité importante dans tous les groupes d'âge; pourtant, il n'y a toujours pas de vaccins ou d'autres stratégies thérapeutiques approuvées disponibles.

L'une des raisons des options limitées pour prévenir et traiter cette maladie est la difficulté de faire pousser le virus en laboratoire pour comprendre comment le virus rend les gens malades.

« Des études approfondies sur la façon dont le virus et l'hôte interagissent n'ont été possibles que récemment grâce au développement de plusieurs systèmes de culture en laboratoire », a déclaré le premier auteur Shih-Ching Lin, un étudiant diplômé du laboratoire du Dr Mary Estes au Baylor College of Médicine. « Dans cette étude, nous avons travaillé avec des entéroides intestinaux humains (EIHs), un système de culture qui récapitule de nombreuses caractéristiques de l'infection humaine, pour étudier leur réponse à l'infection par des NoVHu et comment cela affecte la réplication virale. »

De nouvelles travaux éclairent l'interaction entre NoVHu et EIHs

Les chercheurs ont infecté des EIHs avec une souche de NoVHu GII.3 ou une souche pandémique GII.4 et ont déterminé quels gènes des EIHs étaient activés en conséquence.

Ensuite, Lin, Estes et leurs collègues ont étudié l'effet de l'Interféron (IFN) sur la réplication de NoVHu. L'ajout d'IFN aux cultures a réduit la réplication des deux souches, ce qui suggère que l'IFN pourrait avoir une valeur thérapeutique pour les infections à NoVHu. Cela pourrait être important pour les patients immunodéprimés chroniquement infectés qui peuvent souffrir de diarrhée pendant des années.

Pour obtenir des informations sur les gènes de la voie IFN qui contribuent à la réponse antivirale au NoVHu, les chercheurs ont éliminé plusieurs de ces gènes dans des cultures des EIHs, les ont infectés avec la souche GII.3 ou GII.4 et mesuré le taux de prolifération virale.

« Nous avons vu que seule la souche GII.3 était capable de se propager et de se multiplier davantage lorsque les EIHs ne pouvaient pas activer la réponse IFN. La réplication de GII.4, en revanche, n'a pas été améliorée », a dit Estes, responsable de la Fondation Cullen et professeur émérite de virologie moléculaire et de microbiologie à Baylor. Estes est également membre du Dan L Duncan Comprehensive Cancer Center. « C'était passionnant de voir la souche GII.3 proliférer et se répandre dans les cultures comme nous ne l'avions jamais vue auparavant. »

« Les sensibilités spécifiques à la souche des réponses innées de l'IFN à la réplication de NoVHu que nous avons observées fournissent une explication potentielle pour laquelle les infections GII.4 sont plus répandues et deviennent pandémiques », a dit Lin. « Nos résultats montrent également l'importance de garder à l'esprit les différences de souches potentielles lors de l'étude de la biologie de NoVHu et du développement de thérapies. Nos nouvelles cultures d’EIHs génétiquement modifiées seront également des outils utiles pour étudier les réponses immunitaires innées à d'autres agents pathogènes viraux ou microbiens. »

Retrouvez tous les détails sur ceette étude dans les Proceedings of the National Academy of Sciences USA.

Uncle Ben’s n’est plus !

J’apprends, je crois que cela date, que désormais le gâteau ‘Têtes de choco’, s’appelait anciennement 'tête de nègre’ ...

A notre merveilleuse époque très tolérante, j’apprends:

77 ans après sa création, la marque Uncle Ben's se transforme. Sa maison-mère, Mars Inc., a dévoilé le nouveau nom de la marque réputée pour son riz: Ben's original. Terminé le « Uncle », illustré par un afro-américain âgé et souriant, inspiré d'un maître d'hôtel de Chicago. Accusée de véhiculer des stéréotypes racistes, la marque ne gardera que son code couleur orange. S'agissant d'une annonce mondiale, la France est donc aussi concernée par ce changement.

En effet, « Son propriétaire, Mars, avait annoncé pendant le pic du mouvement ‘Black Live Matters’ son intention de faire évoluer la marque. »

Selon, Fiona Dawson, présidente mondiale de Mars Food, Multisales and Global Customers, « Lorsque vous apportez ces changements, vous n'allez pas plaire à tout le monde. Mais il s'agit de faire la bonne chose, pas la chose facile. »

En France, la marque Banania  (propriété de Nutrimaine), illustrée avec un tirailleur sénégalais, avait définitivement abandonné son slogan « y'a bon » en 2011 après une décision de la Cour d'appel de Versailles, saisie par le Mouvement contre le racisme et pour l'amitié entre les peuples (Mrap). L'image du fameux tirailleur avait aussi été relookée.

Pour l'instant, le site Riz Uncle Ben's n'en parle pas, idem pour le site de Mars Food.

Le blog pense que tout ceci n’est que bullshit !

L'Allemagne fait partie de la résurgence d'une épidémie d'hépatite A

Un article de Joe Whitworth du 23 septembre 2020 paru dans Food Safety News, que «l'Allemagne fait partie de la résurgence d'une épidémie d'hépatite A». Adaptation par mes soins -aa. Voilà ce qui peut arriver quand on ne rappelle pas des produits alimentaires ... 

La résurgence d'une épidémie d'hépatite A liée aux fraises souligne l'importance d'une traçabilité complète des produits en cause lors des épidémies, selon des chercheurs.

À la suite d'épidémies liées aux fraises congelées en Suède et en Autriche en 2018, 65 cas de la même souche du virus de l'hépatite A (VHA) ont été détectés en Allemagne entre octobre 2018 et janvier 2020.

La souche du VHA de sous-génotype IB a provoqué des foyers de cas en Suède de juin à juillet et en Autriche de juillet à septembre 2018, touchant 20 personnes en Suède et 14 en Autriche. En Suède, la souche du foyer a été détectée dans des fraises congelées et le lot contaminé a été retiré de la vente. Des enquêtes de traçabilité menées en Suède et en Autriche ont identifié un producteur polonais comme étant la source des fraises congelées en cause.

Épidémie allemande

Peu de temps après, des cas de séquence virale identique sont apparus en Allemagne. L'Office fédéral de la protection des consommateurs et de la sécurité alimentaire (BVL) et toutes les autorités fédérales de santé publique ont été informés par l'Institut Robert Koch (RKI) et le séquençage des échantillons de cas d'hépatite A a été intensifié.

Une première vague de cas a commencé en 2018 et une deuxième vague a commencé en juillet 2019. La première étude cas-témoins a été menée par le RKI et a inclus les 21 cas de l'épidémie primaire en Allemagne avec une apparition de la maladie en 2018 et 237 personnes comme témoins, selon le étude publiée dans Eurosurveillance.

Dans l'ensemble, 30 cas, dont 27 confirmés et trois probables, provenant de 11 landers, ont débuté la maladie entre le 29 août et le 22 décembre 2018. Parmi les cas confirmés, trois étaient probablement des infections secondaires.

La deuxième étude cas-témoins a été réalisée par le Bureau d'État de la santé et des affaires sociales de Berlin et comprenait les 11 premiers cas d'épidémie du deuxième pic dans la ville et 103 témoins.

Au cours de la deuxième vague, 33 cas, dont 31 confirmés et deux probables dans sept États, ont débuté la maladie entre le 13 juin et le 29 septembre 2019. Un cas probable et un cas confirmé étaient probablement des infections secondaires. Vingt étaient à Berlin et cinq de l'état voisin de Brandebourg. Huit cas ont été notifiés par cinq autres États d'Allemagne et une personne a déclaré avoir voyagé à Berlin.

Fraises surgelées de Pologne ou d'Egypte?

Sur les 65 patients, l'âge médian était de 48 ans avec une fourchette de 1 à 77 ans et 45 pour cent étaient des femmes. Plus des trois quarts des patients ont été hospitalisés.

D'après les entretiens avec 46 cas, 34 ont déclaré une consommation définitive et quatre avaient une consommation possible d'articles contenant des fraises congelées. Le gâteau aux fraises congelé était le produit le plus souvent mentionné; 27 cas déclarés définitifs et cinq avaient une consommation possible.

Sur 27 personnes ayant une consommation certaine de ce gâteau, 26 ont donné des détails sur le type, avec 25 identifiant le(s) gâteau(x) aux fraises d'une marque spontanément ou lors du rappel assisté par photo du produit. Certains des gâteaux sont prêts à être consommés après décongélation et ne nécessitent pas de cuisson au four.

Des enquêtes de traçabilité ont révélé que le producteur polonais impliqué dans les épidémies en Suède et en Autriche avait reçu des fraises surgelées d'Egypte via un grossiste allemand qui les avait également livrées à un fabricant de gâteaux. Un échantillon de rétention de fraises congelées de ce lot fourni par le distributeur allemand était négatif pour le VHA.

Preuve nécessaire pour provoquer le rappel

Un échantillon de fraises congelées d'un patient à Berlin a été testé négatif pour le VHA. Des échantillons de deux gâteaux aux fraises surgelés de la marque impliquée ont également été testés négatifs. La détection du VHA dans les échantillons alimentaires, en particulier les baies, est connue pour être difficile, selon les chercheurs.

Les autorités alimentaires n'ont pas émis de rappels de produits sur le marché allemand en relation avec l'épidémie. Les chercheurs ont déclaré que les mesures préventives ne devraient pas reposer uniquement sur les découvertes microbiologiques, mais inclure des preuves épidémiologiques.

La contamination des baies peut se produire de différentes manières. La voie la plus probable est l'eau contaminée utilisée pour l'irrigation ou la transformation des fruits. La souche de sous-génotype IB de l'épidémie est similaire aux souches en circulation en Égypte, ce qui pourrait indiquer que la production et/ou la contamination de fraises auraient pu se produire dans ce pays et non en Pologne, comme le suggèrent les enquêtes suédoise et autrichienne, selon l'étude.

Une personne a commencé la maladie en janvier 2020. Elle a probablement consommé un gâteau aux fraises congelé de la marque impliquée pendant la période d'incubation, car il avait été acheté à l'été 2019. Cela peut prendre des mois avant que les symptômes commencent.

Les Pays-Bas ont signalé deux cas avec une séquence identique: l'un avec apparition de la maladie en septembre 2018 après un voyage en Allemagne et l'autre en mai 2019. Tous deux avaient mangé des fraises. L'Italie a également eu deux cas en août et septembre 2019; tous deux avaient consommé des baies congelées.

« De nombreuses incertitudes subsistent concernant les voies de distribution, le mécanisme de contamination, le rôle des autres produits de fraises surgelés dans l'épidémie et, si une ou plusieurs expéditions étaient impliquées », ont déclaré les chercheurs.

Dans la conclusion, les chercheurs indiquent,

La récurrence de la souche épidémique souligne l'importance d'enquêter sur les éclosions d'origine alimentaire et de tracer complètement les produits touchés. La possibilité d'un rappel en temps opportun de produits potentiellement contaminés lors d'épidémies internationales causées par des aliments avec des chaînes d'approvisionnement complexes doit être garantie. Sinon, la résurgence d'une épidémie peut se produire même des mois après son apparente atténuation. Ceci est particulièrement pertinent pour les produits alimentaires surgelés, qui ont généralement une durée de conservation de 2 ans ou plus. Les baies congelées sont un vecteur fréquent d'épidémies d'hépatite A et les conditions de production doivent faire l'objet d'une évaluation critique pour identifier et éliminer les sources potentielles de contamination. Les preuves produites par les enquêtes épidémiologiques, tout comme les preuves microbiologiques, devraient suffire pour lancer des recherches sur la traçabilité et les aliments, en particulier parce que des preuves épidémiologiques sont souvent disponibles avant que des preuves microbiologiques soient présentes, le cas échéant. Le typage moléculaire des isolats humains de VHA s'est à nouveau avéré indispensable pour la détection, l'investigation et la surveillance d'épidémies géographiquement dispersées ou prolongées.

A noter, qu’iI y a eu un rappel de framboises entières surgelées 1 kg par Picard, le 21 septembre 2020, en France, selon le site Oulah, en raison de la présence de norovirus. Pas d’information sur le site de Picard … Un rappel a eu lieu aussi en Belgique. A suivre ...

Défendre la science et la raison par Marcel Kuntz

Je publie bien volontiers cet article coup de poing, Défendre la science et la raison par Marcel Kuntz.

Ce blog existe car aujourd’hui, en 2020, il est toujours nécessaire de défendre la science contre ses ennemis. Ce terme est utilisé sciemment : il ne s’agit plus, autour de la science et des technologies, d’un débat civilisé où chacun présente courtoisement ses arguments. Il s’agit pour certains d’imposer une vision unique, la leur, et d’utiliser tous les moyens pour faire taire les autres, y compris par l’intimidation.

Qui sont-ils ? Ceux qui promeuvent des fake news:

• quelles qu’elles soient, sur des questions pour lesquelles des réponses scientifiques existent (non pas que la science sait tout, mais elle sait quand même un certain nombre de choses).
• d’où qu’elles viennent, y compris de journalistes-militants… notamment au service de l’écologie politique la plus radicalisée.

J’ai ainsi théorisé le concept de "science" parallèle.

Si elle a été mise en œuvre, c’est vrai, au départ par les industriels du tabac, elle est aujourd’hui produite à un niveau industriel par les franchisés de l’écologie politique radicalisée.

La question des OGM a permis d’identifier ce phénomène.

Ce blog héberge ainsi 270 lettres d’informations scientifiques (gratuites) sur les OGM (depuis 2004). Qui n’ont bénéficié d’aucune subvention.

Le problème est en réalité plus grave. Si la "science" parallèle est personnifiée par quelques alterscientiques, très médiatisés, dont les fausses allégations ont été démontrées comme telles, elle touche aujourd’hui plus largement certains domaines scientifiques et j’ai ainsi employé le terme d’une science malade du militantisme et de l’idéologie (chacun a bien sûr, en tant que citoyen, le droit de militer, mais ici il s’agit d’une contradiction éthique fondamentale avec la déontologie scientifique).

Le problème de la sociologie non-scientifique

Le militantisme qui s’en prend à la science (souvent par une haine viscérale et obsessionnelle de l’entreprise privée) a de plus bénéficié du corpus théorique fourni par une chapelle de "sociologues", celle du postmodernisme, qui a entrepris de déconstruire la notion même de Vérité, ou la Raison, en contribuant à créer une confusion intellectuelle suicidaire au sein des sociétés occidentales (il ne s'agit pas de prétendre que la science détient LA Vérité, mais l'excès inverse, "tout se vaut", n'est pas une voie d'avenir).

Défendre la science et la raison, ce n'est donc pas défendre sa propre boutique, ni "les industriels" (si ceux-ci mentaient autant que les militants de l'écologie radicale, ce blog les critiquerait aussi), c'est défendre un certaine conception de la démocratie.

Qui n'est pas celle où des propagandistes de ladite écologie, du haut de leur donjon intouchable d'un journal de "référence", adeptes du "journalisme" d'insinuation, déversent à jet continu un militantisme à sens unique et malveillant.

Défendre la science et la raison, c'est aussi s'opposer à l'extension du domaine de la culpabilisation.

C'est plus précisément sur ce dernier domaine que je continuerai à m'exprimer, ne me laissant bien sûr pas intimider, bien au contraire…

Lire aussi: La République a toujours besoin de savants.

Merci, un grand merci à Marcel Kuntz !

Rappel de produits alimentaire par la DGCCRF, pourquoi viens-tu si tard ?

 La DGCCRF tweete le 21 septembre 2020 sur le rappel de deux produits alimentaires et l'avis de rappel est publié le 22 septembre 2020 sur le site de la DGCCRF ...

| 🔴#RappelProduit #alimentation |
Ne consommez pas ces pains et rapportez-les sur le point de vente pour remboursement!
👉https://t.co/zUR42HEEdm pic.twitter.com/3TCwtp8Slr

— DGCCRF (@dgccrf) September 21, 2020

Le souci avec ce rappel est que l'AFSCA de Belgique avait rappelé ces deux produits le 10 septembre 2020, soit entre 11 et 12 jours auparavant, étonnant, non ?

Le Luxembourg a, quant à lui, rappelé les produits le 11 septembre 2020 ...

Moralité, faut-il mieux suivre les informations sur les rappels en Belgique ou Luxembourg plutôt qu'en France ? La question peut se poser ...

Pays-Bas: La recherche sur la sécurité des aliments vise à lutter contre Listeria

 « La recherche sur la sécurité des aliments vise à lutter contre Listeria », source hogeschool leiden.

La nouvelle technologie de séquençage de l'ADN peut-elle empêcher les produits contaminés sur les tablettes des magasins? L'étude «Precision Food Safety» doit relever le défi de la sécurité alimentaire avec Listeria.

Au cours des deux prochaines années, le centre de connaissances du Leiden Center for Applied Bioscience (LCAB) fournira aux entreprises de l'industrie alimentaire des outils pour la sécurité alimentaire et les préparera à l'utilisation des technologies modernes de séquençage de l'ADN.

Le projet se concentre spécifiquement sur Listeria, qui est un problème majeur dans l'industrie agroalimentaire, en particulier avec les produits réfrigérés prêts à consommer. Par exemple, Listeria peut provoquer des infections graves. Outre les risques pour la santé, retirer du marché un produit contaminé par Listeria représente un coût énorme. Le projet de deux ans, nommé à juste titre «Precision Food Safety», est financé par le SIA, qui a récemment attribué au projet de recherche une subvention RAAK-MKB.

Identification rapide des bactéries avec MinION

Dans ce nouveau projet de recherche «Precision Food Safety», le LCAB étudie les possibilités d'identification rapide de la bactérie Listeria grâce au séquençage Nanopore. Il utilise un mini séquenceur d'ADN, le MinION. Le déploiement réussi antérieur de ce séquenceur montre que les technologies modernes de séquençage de l'ADN pour la surveillance et le contrôle des bactéries pour l'industrie alimentaire sont à portée de main.

Avec le MinION, le génome d'une bactérie peut être analysé et typé rapidement et à moindre coût. La détection et l'identification en temps opportun permettent aux entreprises d'intervenir plus rapidement, en évitant aux produits contaminés d’être présents sur les étagères des rayons des magasins.

Clarifier les itinéraires de distribution 

Des entreprises de l'industrie agro-alimentaire et des entreprises qui fournissent des services dans le domaine de la sécurité des aliments participent au projet. En surveillant conjointement la chaîne de production alimentaire, en commençant par le fournisseur jusqu'à et y compris l'environnement de production, les sources de contamination et les voies de distribution peuvent être clarifiées. L'effet des mesures d'hygiène y est également inclus. Les résultats de l'enquête sont partagés via un outil de visualisation. Cet outil relie l'identité du variant de Listeria retrouvé aux propriétés pathogènes (pathogènes) associées et à sa localisation dans la zone de production.

Une étude néerlandaise évalue les agents pathogènes chez les poulets de chair

 

« Une étude néerlandaise évalue les agents pathogènes chez les poulets de chair », source article de Joe Whitworth paru le 22 septembre 2020 dans Food Safety News.

Deux agences aux Pays-Bas ont examiné la prévalence de certains agents pathogènes chez des poulets destinés à la production de viande.

L'étude a réaffirmé que Campylobacter, Salmonella et les bactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) dans les élevages de poulets de chair peuvent être transmis aux humains par la consommation de viande et par contact direct ou indirect.

En 2018 et 2019, l'Institut national pour la santé publique et l'environnement (RIVM) et l'Autorité néerlandaise de sécurité des produits alimentaires et de consommation (NVWA) ont enquêté sur la fréquence à laquelle ces agents pathogènes sont apparus chez les poulets de chair. L'étude a impliqué des poulets de chair dans 198 des plus de 600 fermes du pays ainsi que 132 éleveurs, membres de la famille et employés de 81 entreprises.

La viande peut être contaminée dans l'abattoir si elle entre en contact direct avec les fientes. Les consommateurs peuvent prévenir l'infection en consommant du poulet bien cuit. Il est également important d'éviter que d'autres aliments entrent en contact avec la volaille et la viande crues, ont conseillé RIVM et NVWA.

BLSE et Campylobacter principalement retrouvés

Des échantillons de fumier ont été prélevés dans toutes les élevages et analysés pour Campylobacter, E. coli producteurs de BLSE, Listeria monocytogenes et E. coli producteurs de shigatoxines (STEC). Des échantillons de poussière ont été examinés pour détecter Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM). Les résultats pour Salmonella proviennent de la surveillance régulière des troupeaux échantillonnés. Des échantillons fécaux de personnes ont été testés pour Campylobacter, E. coli producteurs de BLSE et Salmonella, tandis que des écouvillons nasaux ont été examinés pour le SARM.

Des bactéries productrices de BLSE ont été retrouvées dans des poulets de chair dans 36 pour cent des élevages. Pour les éleveurs et les membres de la famille, ces bactéries ont été retrouvées chez 7 pour cent des participants. Ceci est comparable au pourcentage de la population néerlandaise en général.

Campylobacter a été retrouvé dans près d'un tiers des élevages de poulets de chair. Ceci est comparable aux chiffres de la surveillance entre 1999 et 2002. Il a également été retrouvé chez deux participants humains.

Malgré des mesures d'hygiène telles que l'utilisation de surchaussures ou de vêtements de travail d'entreprise, la douche avant d'entrer dans les poulaillers et le nettoyage et la désinfection, la prévalence de Campylobacter chez les volailles vivantes semble difficile à réduire, selon le rapport.

L'approche modèle utilisée a montré neuf variables significativement associées à l'occurrence de Campylobacter, y compris la saison, l'âge des poulets de chair au moment de l'échantillonnage, le nombre de logements dans l’élevage et la densité de peuplement.

Résultats pour Salmonella, STEC et Listeria

La surveillance de Salmonella est effectuée dans tous les élevages de poulets de chair conformément à la législation européenne. Il a été rapporté la présence chez des poulets de chair dans 11 pour cent des élevages. Salmonella a également été retrouvé chez une personne.

La prévalence de Salmonella semble être supérieure à la moyenne européenne de 2018. Le sérotype émergent Salmonella Infantis a été retrouvé dans près de la moitié des cas, mais Typhimurium et Enteritidis n'ont pas été détectés. Le variant Java de Salmonella Paratyphi B était un autre sérotype courant.

Six facteurs de risque importants ont été relevés pour la présence de Salmonella, notamment le lavage des mains après être entré dans le poulailler, l'absence de contact avec d'autres volailles au cours des 12 dernières heures et les animaux de compagnie présents sur l’élevage. Cela montre la nécessité de suivre des mesures de biosécurité strictes pour contrôler Salmonella, selon le rapport.

Les STEC et Listeria ont été retrouvés dans très peu d'élevages de poulets de chair, ce qui signifie que les sites sont probablement moins importants dans la propagation de la Listeria et des STEC et présentent un risque limité. Ils ont été détectés sur 1 pour cent pour Listeria, ou moins pour les STEC, des élevages étudiés.

Des STEC ont été isolés de deux échantillons de fientes dans l'une des logements échantillonnés. L'isolat retrouvé dans les deux échantillons était le sérotype O24:H18, positif pour le gène de virulence stx2 mais négatif pour le gène eae.

Lors de la surveillance, Listeria monocytogenes a été retrouvé dans deux élevages. La prévalence de Listeria chez les poulets de chair aux Pays-Bas n'avait pas été étudiée auparavant.

Le SARM n'a été retrouvé dans aucune des 190 fermes de poulets de chair étudiées, mais des inquiétudes ont été soulevées quant au fait que la méthode n'était pas assez sensible. Il a été détecté dans l'écouvillon nasal de quatre personnes.

Comment CHROMagar™ a révolutionné l'identification des microbes ?

 « Comment CHROMagar™ a révolutionné l'identification des microbes », source ASM News.

Il y a 40 ans, le Dr Alain Rambach a inventé les milieux chromogènes, qui peuvent être la méthode microbiologique la plus largement utilisée et la plus percutante pour l'identification d'une large section transversale de microbes invisibles, y compris ceux importants pour le monde médical. Comme beaucoup de scientifiques, Rambach a pris une idée, une petite graine d'intuition, et l'a nourrie à travers diverses épreuves et tribulations jusqu'à ce que son rêve se réalise. Sa gélose chromogène originale a été développée en une ligne complète de produits CHROMagar™ et a engendré une industrie de concurrents. Grâce à une série de conversations avec Rambach, nous avons appris comment sa carrière en sciences biologiques a évolué et comment il a développé sa gélose chromogène, qui a eu un grand impact sur le domaine de la microbiologie clinique au cours des 25 dernières années.

Le Dr Alain Rambach

Des mathématiques au génie génétique

Vous serez peut-être surpris d'apprendre qu'à sa sortie de l'École polytechnique de France en 1965, Alain Rambach était titulaire d'un diplôme en mathématiques et non de biologie. En fait, Rambach lui-même vous dira qu'il avait peu de connaissances en biologie, ne sachant que ce qu'il avait lu dans les manuels d'auteurs comme Joël de Rosnay et James Watson. Le destin l'a voulu, Rambach a rejoint l'Institut Pasteur en 1967 et a commencé à travailler sur son doctorat en génétique bactérienne aux côtés du scientifique lauréat du prix Nobel, François Jacob.

Les travaux de Rambach se sont concentrés sur le bactériophage lambda de Escherichia coli, qui allait devenir un élément essentiel de son travail au cours des 50 prochaines années. Après la soutenance de sa thèse, Rambach raconte qu'au début de 1973, il expliqua ses futurs objectifs de recherche à son équipe de parrainage en dessinant l'ADN sur un tableau noir à l'aide de 2 couleurs de craie: craie bleue pour la structure existante et craie orange pour l'insertion hypothétique du nouvel ADN. Cette vision de la manipulation génétique, selon Rambach, était un concept nouveau et quelque peu controversé à l'époque.

Réunion des esprits

Après avoir passé un an (1973-1974) à travailler sur la modification génétique du bactériophage lambda de E. coli pour en faire un vecteur de clonage de l'ADN, Rambach a terminé un stage de postdoc en biochimie à l'Université de Stanford et est retourné à l'Institut Pasteur en 1978. Il a été nommé à l'unité de génie génétique, où il s'est concentré sur le diagnostic médical des infections bactériennes, en particulier les infections causées par des organismes appartenant à l'ordre des Enterobacterales.

C'est dans l'unité de génie génétique que Rambach a rencontré le Dr Jean Buissière, un médecin militaire qui terminait 2 ans de formation en diagnostic des maladies infectieuses à côté de lui. Les travaux de Buissiere se sont concentrés sur la manière dont les chromophores, la partie d’une molécule responsable de la couleur que nous voyons, pourraient être utilisés pour identifier les bactéries. Dans une courte autobiographie, Rambach se souvient de Buissière en lui apprenant l'idée fondamentale qu'en « caractérisant l'équipement enzymatique des bactéries, il était possible d'obtenir une identification bactérienne ». En 1976, par exemple, Kilian et Bulow ont découvert que l'enzyme bêta-glucuronidase est fortement associée à Escherichia coli, et en fait confinée à Escherichia coli. Étant donné qu'environ 95% des souches de E. coli démontrent cette activité enzymatique, la détection de la présence ou de l'absence indique si E. coli lui-même est présent. Une façon de tester facilement l'activité bêta-glucuronidase est de rechercher la production d'un chromophore jaune hydrolysé à partir d'un substrat synthétique.

Alors que la plupart de ce type de recherche était effectué dans des tubes de bouillon liquide avec des cultures pures de bactéries, Rambach a pensé qu'il serait avantageux de mettre le procédé dans des milieux solides. Il a émis l'hypothèse que s'il utilisait un chromophore tel que l'indoxyl, qui ne se diffuse pas facilement comme les substances qui étaient utilisées dans la culture en bouillon à l'époque, il serait possible d'identifier divers types de bactéries par la couleur de leurs colonies, même lors de l'analyse de cultures complexes provenant de sources telles que des échantillons cliniques ou des aliments. La science derrière l'idée fonctionne comme ceci:

1. Le milieu contient des molécules appelées chromogènes. Une molécule de chromogène se compose d'un substrat (la ‘clé’ d'un ‘verrou’ enzymatique spécifique), ainsi que d'un chromophore. Le chromogène est incolore car le chromophore n'absorbe pas la lumière visible lorsqu'il est conjugué au substrat.

2. Lorsqu'un organisme bactérien ayant une activité enzymatique spécifique entre en contact avec la molécule de chromogène, cette enzyme clive la molécule de chromogène, libérant le chromophore.

3. Lorsque le chromophore n'est pas conjugué, sa couleur devient visible. En utilisant un chromophore qui ne se diffuse pas facilement dans le milieu environnant, la couleur reste concentrée dans la zone où la colonie bactérienne avec l'activité enzymatique cible s'est développée. Ainsi, la colonie prend elle-même la couleur du chromophore.

Encouragé par Buissière, Rambach a décidé de créer lui-même ce milieu.

A suivre cette passionnante aventure qui se poursuit en lisant la suite de cet article ...

Peste porcine africaine: aucun risque pour le consommateur, selon le BfR

 « Peste porcine africaine: aucun risque pour les consommateurs », source BfR 29/2020, 11 septembre 2020.

L'agent pathogène ne peut pas être transféré aux humains

La peste porcine africaine (PPA), détectée pour la première fois en Allemagne chez un sanglier le 10 septembre 2020, ne présente pas de risque pour la santé humaine. « L'agent pathogène de la PPA ne peut pas être transféré à l'homme », explique le professeur Andreas Hensel, président de l'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR). « Aucun risque pour la santé n'est posé par le contact direct avec des animaux malades ou par la consommation d'aliments fabriqués à partir de porcs domestiques ou de sangliers infectés. »

L'agent pathogène de la PPA est un virus qui infecte les porcs domestiques et les sangliers et qui conduit à une maladie grave, souvent mortelle, chez ces animaux. Il est transféré par contact direct ou avec des excrétions d'animaux infectés, ou par des tiques. Le virus de la PPA est endémique chez des animaux sauvages infectés en Afrique, mais il y a également eu à plusieurs reprises des foyers dans le sud de l'Europe. L'agent pathogène se propage vers le nord-ouest depuis 2007 de la Géorgie à l'Arménie, l'Azerbaïdjan et la Russie. Des cas de PPA ont été enregistrés chez des sangliers ainsi que des foyers chez des porcs domestiques dans les États baltes depuis 2014. Le virus a également été détecté en Roumanie, en Hongrie, en Pologne et en République tchèque. En septembre 2018, le pathogène a également été trouvé chez des sangliers en Belgique et donc pour la première fois en Europe occidentale. Le 10 septembre 2020, le virus de la PPA a été détecté pour la première fois en Allemagne chez un sanglier du Brandebourg.

L'agent pathogène est très stable et peut rester infectieux dans les aliments pendant plusieurs mois. Si des aliments non chauffés ou des restes d’aliments provenant d'animaux infectés sont donnés à des animaux non infectés, le virus peut donc se propager dans des régions auparavant indemnes de PPA, infectant ainsi des troupeaux de porcs domestiques.

Bien que le virus de la PPA ne présente pas de danger, ni de risque pour l'homme, la viande de porcs domestiques et de sangliers doit toujours être préparée dans des conditions d'hygiène, comme toutes les autres viandes crues, car elle peut également contenir d'autres agents pathogènes, conseille le BfR. Elle doit être conservée au réfrigérateur et préparé séparément des autres aliments avant la cuisson. Lors du chauffage, une température à cœur de 70°C ou plus doit être atteinte dans la viande pendant au moins deux minutes, recommande le BfR.

Le BfR a compilé quelques questions fréquemment posées sur la PPA pour plus d'informations. Ils peuvent être téléchargés sur le site du BfR ici.