Microscopie
électronique à basse température d'un groupe de bactéries E.
coli de
forme oblongue.
«Une étude de l'USDA vise à faciliter la
traçabilité lors des investigations dans les épidémies d'origine
alimentaire», source ARS
USDA du 8 avril 2022.
Des scientifiques de l'Agricultural Research Service (ARS) de l'USDA
visent à renforcer la capacité des agences chargées de la
réglementation à tracer Escherichia coli (E. coli)
O157:H7 jusqu'à sa source lors d'une investigation sur une éclosion
d'origine alimentaire en étudiant comment l'ADN d'une population
spécifique de cette bactérie évolue progressivement dans son
milieu naturel.
E. coli O157:H7 est une source fréquente de préoccupation
pour la santé publique en raison de son association avec des
maladies d'origine alimentaire. Les aliments contaminés par cette
bactérie peuvent causer des maladies graves, des hospitalisations et
même la mort.
Des découvertes des scientifiques de l’U.S. Meat Animal Research
Center (USMARC) à Clay Center, Nebraska, fournissent aux
investigateurs des épidémies des informations sur des éléments
spécifiques de l'ADN de la bactérie qui peuvent déterminer où
rechercher la source de l'épidémie.
Comme ces bactéries se trouvent naturellement dans les intestins des
bovins, l'équipe de scientifiques a analysé des échantillons
prélevés dans le parc d'engraissement fermé du Centre de 1997 à
2019 et a étudié les génomes (composition génétique de
l'organisme) de diverses souches ou sous-types de E. coli
O157:H7 retrouvés dans ces échantillons.
«Les échantillons utilisés dans cette étude nous ont donné une
occasion unique d'étudier les génomes d'une population spécifique
de E. coli O157:H7 dans leur environnement naturel», a
expliqué Maggie
Weinroth, biologiste informatique à la Poultry
Microbiological Safety and Processing Research Unit à
Athènes, Géorgie, (travaillant avec l'USMARC au pour cette étude).
«Le parc d'engraissement de l'USMARC a été fermé à toute
introduction de bétail, à l'exception de ceux élevés dans le
Centre. Cela signifie que les souches de E. coli n’ont pas
été influencées par du bétail d’autres endroits depuis 23 ans,
ce qui nous permet de nous concentrer sur les changements dans les
génomes des bactéries au fur et à mesure de leur évolution au
cours de ces années», a déclaré Weinroth.
Les scientifiques ont identifié quatre clades uniques au sein de la
population bactérienne spécifique qu'ils ont étudiée. (Les clades
sont un groupe d'organismes qui partagent des caractéristiques
spécifiques.) Même si tous les clades partagent une partie de leur
composition génétique, chaque clade contient également des
éléments uniques qui peuvent être partagés, appelés éléments
mobiles.
«Regarder uniquement les éléments centraux des séquences
génétiques peut ne pas dire toute l'histoire sur l'origine de la
bactérie», a déclaré Jim
Bono, microbiologiste à l’USMARC.
«Nous avons remarqué que les bactéries étaient capables
d'échanger des éléments mobiles dans leur génome au fil du temps.
Certains de ces éléments sont restés dans toutes les souches et
sont devenus une partie de la séquence centrale de l'ADN de cette
bactérie spécifique. L'interprétation du rôle de ces éléments
mobiles au cours d'une investigation sur une éclosion peut aider à
identifier la parenté entre les isolats humains et environnementaux
de cette bactérie.
Les scientifiques continueront d'étudier l'ADN des populations
spécifiques de E. coli
O157:H7 retrouvées dans le parc d'engraissement fermé et
enregistreront des variations supplémentaires. Les résultats de
cette étude et des études futures continueront de fournir des
informations pour des réponses rapides de traçabilité et plus
précises lors des investigations sur les éclosions.
L'étude, récemment publiée dans GMC
Genomics, a été financée par l'USDA-ARS et une subvention
du Beef Checkoff administré par la Foundation for Meat and Poultry
Research and Education.
Aux lecteurs du blog
Je suis en conflit depuis
plusieurs années avec la revue PROCESS
Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait
de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles
initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur
le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la
publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du
blog de la revue a été strictement motivé par un manque de
réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci
devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses
responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma
colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi
une publicité gratuite.
