Une étude de l'USDA vise à faciliter la traçabilité lors des investigations dans les épidémies d'origine alimentaire

Microscopie électronique à basse température d'un groupe de bactéries E. coli de forme oblongue.

«Une étude de l'USDA vise à faciliter la traçabilité lors des investigations dans les épidémies d'origine alimentaire», source ARS USDA du 8 avril 2022.

Des scientifiques de l'Agricultural Research Service (ARS) de l'USDA visent à renforcer la capacité des agences chargées de la réglementation à tracer Escherichia coli (E. coli) O157:H7 jusqu'à sa source lors d'une investigation sur une éclosion d'origine alimentaire en étudiant comment l'ADN d'une population spécifique de cette bactérie évolue progressivement dans son milieu naturel.

E. coli O157:H7 est une source fréquente de préoccupation pour la santé publique en raison de son association avec des maladies d'origine alimentaire. Les aliments contaminés par cette bactérie peuvent causer des maladies graves, des hospitalisations et même la mort.

Des découvertes des scientifiques de l’U.S. Meat Animal Research Center (USMARC) à Clay Center, Nebraska, fournissent aux investigateurs des épidémies des informations sur des éléments spécifiques de l'ADN de la bactérie qui peuvent déterminer où rechercher la source de l'épidémie.

Comme ces bactéries se trouvent naturellement dans les intestins des bovins, l'équipe de scientifiques a analysé des échantillons prélevés dans le parc d'engraissement fermé du Centre de 1997 à 2019 et a étudié les génomes (composition génétique de l'organisme) de diverses souches ou sous-types de E. coli O157:H7 retrouvés dans ces échantillons.

«Les échantillons utilisés dans cette étude nous ont donné une occasion unique d'étudier les génomes d'une population spécifique de E. coli O157:H7 dans leur environnement naturel», a expliqué Maggie Weinroth, biologiste informatique à la Poultry Microbiological Safety and Processing Research Unit à Athènes, Géorgie, (travaillant avec l'USMARC au pour cette étude).

«Le parc d'engraissement de l'USMARC a été fermé à toute introduction de bétail, à l'exception de ceux élevés dans le Centre. Cela signifie que les souches de E. coli n’ont pas été influencées par du bétail d’autres endroits depuis 23 ans, ce qui nous permet de nous concentrer sur les changements dans les génomes des bactéries au fur et à mesure de leur évolution au cours de ces années», a déclaré Weinroth.

Les scientifiques ont identifié quatre clades uniques au sein de la population bactérienne spécifique qu'ils ont étudiée. (Les clades sont un groupe d'organismes qui partagent des caractéristiques spécifiques.) Même si tous les clades partagent une partie de leur composition génétique, chaque clade contient également des éléments uniques qui peuvent être partagés, appelés éléments mobiles.

«Regarder uniquement les éléments centraux des séquences génétiques peut ne pas dire toute l'histoire sur l'origine de la bactérie», a déclaré Jim Bono, microbiologiste à l’USMARC. «Nous avons remarqué que les bactéries étaient capables d'échanger des éléments mobiles dans leur génome au fil du temps. Certains de ces éléments sont restés dans toutes les souches et sont devenus une partie de la séquence centrale de l'ADN de cette bactérie spécifique. L'interprétation du rôle de ces éléments mobiles au cours d'une investigation sur une éclosion peut aider à identifier la parenté entre les isolats humains et environnementaux de cette bactérie.

Les scientifiques continueront d'étudier l'ADN des populations spécifiques de E. coli O157:H7 retrouvées dans le parc d'engraissement fermé et enregistreront des variations supplémentaires. Les résultats de cette étude et des études futures continueront de fournir des informations pour des réponses rapides de traçabilité et plus précises lors des investigations sur les éclosions.

L'étude, récemment publiée dans GMC Genomics, a été financée par l'USDA-ARS et une subvention du Beef Checkoff administré par la Foundation for Meat and Poultry Research and Education.

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