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vendredi 22 mai 2020

Des matières fécales des parcs d'engraissement à proximité sont probablement à l'origine des épidémies de laitues romaines aux Etats-Unis


Sans grande surprise, « Des matières fécales des parcs d'engraissement à proximité sont probablement à l'origine des épidémies de laitues romaines aux Etats-Unis », source Food Safety News.

Les résultats d'une investigation sur la contamination de la laitue romaine impliquée dans trois éclosions à E. coli O157:H7 au cours de l'automne 2019 ont été publiés par la Food and Drug Administration des États-Unis.

À la fin de 2019, la FDA, les Centers for Disease Control and Prevention et les partenaires de l'État ont enquêté sur la contamination de la laitue romaine par plusieurs souches de E. coli O157:H7, ce qui a provoqué trois éclosions de maladies d'origine alimentaire remontant à la région de culture de la vallée de Salinas, Californie. Ces épidémies - deux dans plusieurs États et une dans un seul État débutant en septembre et se terminant en décembre 2019 - ont fait collectivement 188 décès.

L'investigation a été menée dans plusieurs exploitations agricoles identifiées par la traçabilité de l'épidémie, ainsi que dans d'autres entreprises et zones d'accès et a abouti à plusieurs conclusions clés:

  1. Chacune de ces trois éclosions, identifiées dans le rapport comme les éclosions A, B et C, a été causée par des souches distinctement différentes de E. coli O157:H7, comme déterminé par l'analyse du séquençage du génome entier;
  2. Des investigation de traçabilité de plusieurs sous-groupes de cas de maladie et des informations sur la chaîne d'approvisionnement ont identifié un producteur commun avec plusieurs ranchs/champs qui a fourni de la laitue romaine pendant la période concernée à plusieurs entités commerciales associées aux trois épidémies.
  3. La même souche d'E. Coli O157: H7 à l'origine de l'épidémie A a été trouvée dans deux marques différentes de salades fraîches contenant de la laitue romaine en 2019;
  4. Cette même souche épidémique d'E. Coli O157: H7 dans l'éclosion A a été détectée dans un échantillon composite de sol fécal prélevé sur une grille de bétail sur un terrain public à moins de deux milles en amont d'une ferme de production avec plusieurs champs liés aux éclosions par le retraçage. enquêtes;
  5. D'autres souches de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), bien que n'étant liées à aucune des épidémies, ont été retrouvées à proximité de l'endroit où étaient cultivées les laitues romaines, y compris deux échantillons dans une zone frontalière d'une ferme immédiatement à côté de des pâturages de bétail dans les collines au-dessus des champs de légumes verts à feuilles et deux échantillons provenant du bassins de drainage des eaux à la ferme.
La FDA considère l'utilisation des terres adjacentes ou à proximité pour le pâturage du bétail comme le facteur contributif le plus probable associé à ces trois épidémies. Bien que l'agence n'ait pas pu confirmer une source ou une voie définitive de contamination des champs de laitues romaines, l'agence considère la transmission indirecte de matières fécales des terres adjacentes et voisines à partir des eaux de ruissellement, du vent, des animaux ou des véhicules vers les champs de laitues romaines ou aux sources d'eau agricoles utilisées pour cultiver la laitue romaine, comme voies possibles de contamination.

Ces résultats, ainsi que les résultats des précédentes éclosions de légumes verts à feuilles, suggèrent qu'un facteur contributif potentiel a été la proximité de bovins, « une source persistante de E. coli O157:H7 et d'autres STEC » des champs de produits identifiés dans les enquêtes de traçabiité. Ces constatations clés renforcent notre préoccupation quant aux impacts possibles de l'utilisation des terres à proximité et adjacentes sur la sécurité des cultures de légumes verts à feuilles et soulignent en outre l'importance de mettre en œuvre des mesures préventives appropriées fondées sur les risques pour réduire le potentiel de contamination des légumes verts à feuilles.

En raison de la nature récurrente des épidémies associées aux légumes verts à feuilles, la FDA a récemment publié le 2020 Leafy Greens STEC Action Plan, qui décrit une approche en trois volets pour lutter contre ce problème. Il décrit les plans de la FDA pour travailler avec l’industrie, les partenaires fédéraux, les autorités de réglementation nationales et locales, le monde universitaire et d’autres pour améliorer la sécurité des légumes verts à feuilles en faisant progresser les travaux dans trois domaines: la prévention, la réponse et la correction des lacunes dans les connaissances.

La sécurité sanitaire des aliments est une responsabilité partagée qui implique les producteurs, distributeurs, fabricants, détaillants et services réglementaires alimentaires. La FDA s’engage à travailler avec ces parties prenantes pour mettre en œuvre ce plan d’action afin de garantir que l’approvisionnement alimentaire américain demeure parmi les plus sûrs au monde.

Pour plus d'informations, on lira,
Mise à jour du 23 mai 2020. Bill Marler, l'avocat bien connu et éditeur de Food Safety News, se demande dans un article qui se veut sarcastique, si les problème évoqués dans le rapport de la FDA ne sont pas évidents depuis très longtemps. Pour preuve, cette image de bovins au dessus d'un champ de laitues ...

jeudi 23 avril 2020

Transmission et dynamique de STEC O157: H7 : Une histoire sur les associations complexes entre l'agent pathogène, l'hôte et l'environnement


Photo avec l'autorisation de Lena-Mari Tamminen
« Une étude sur les exploitations agricoles suédoises élargit les connaissances sur E. coli », source Food Safety News.

Une chercheuse d'une université suédoise a révélé de nouvelles connaissances sur la transmission et la persistance de E. coli O157:H7 entre et au sein des exploitations agricoles.

La thèse de doctorat de Lena-Mari Tamminen à l'Université suédoise des sciences agricoles (SLU) a identifié des zones cibles possibles pour des mesures à la ferme afin de réduire la prévalence de l'agent pathogène potentiellement mortel.

En Suède, la transmission nationale d'un sous-type hautement virulent de E. coli producteur de shigatoxines (STEC) O157:H7, provenant de cas groupés régionaux d'exploitations de bovins infectés, est en augmentation. Au total, 40 rapports de syndrome hémolytique et urémique (SHU), le nombre le plus élevé jamais enregistré de cas annuel, ont été enregistrés en 2018 et la moitié d'entre eux sont survenus chez des enfants de moins de 10 ans.

En réduisant l'incidence chez les bovins, la propagation de l'infection aux humains pourrait être évitée, mais comme les animaux ne présentent aucun symptôme, il n'est pas facile de savoir quand et comment agir. Cependant, E. coli ne fait pas partie de la flore intestinale normale de l'animal, il peut donc en être exempt dans les bonnes conditions.

Facteurs de risque
Le risque d'introduction du STEC O157:H7 dans les élevages bovins a été étudié en collectant des échantillons environnementaux au printemps et à l'automne sur 80 sites de l'île d'Öland.

Un des facteurs de risque d'introduction de l'infection était l'achat d'animaux. Tamminen a évalué le veau en termes de santé et de bien-être pour étudier les différences individuelles.

En comparant les exploitations agricoles dans une zone où les bactéries ont circulé, Tamminen et ses collègues pourraient avoir une idée de la façon dont les bactéries se propagent et des types d'exploitations les plus à risque de l'obtenir.

Dans quatre fermes, un échantillonnage environnemental avec analyse des souches a été effectué pendant l'été, entre l'échantillonnage du printemps et celui de l'automne. Les animaux ont attrapé les bactéries du voisin dans les pâturages, peut-être par contact avec d’autres animaux ou avec l’environnement, et les ont ramenés à la ferme.

Le partage de machines agricoles était un facteur de risque d'être positif dans l'échantillonnage d'automne, de sorte que le déplacement des véhicules entre les fermes pourrait être un problème. Étant positif au printemps et à l'automne, l'échantillonnage était associé à la taille de l'exploitation, les plus grandes étant plus susceptibles d'être positives et combinant la production de lait et de viande.

Des échantillons individuels de veaux de 12 fermes laitières avec STEC O157:H7, établis par échantillonnage environnemental, ont été collectés. Des indicateurs du bien-être et du comportement des animaux pour étudier les différences individuelles ont été utilisés pour explorer les différences entre les veaux colonisés et non colonisés.

Une seule ferme avait des échantillons environnementaux positifs provenant de veaux jeunes et sevrés, de jeunes animaux et de vaches laitières. Dans toutes les fermes, l'agent pathogène a été retrouvé chez des veaux âgés de 2 à 6 mois. Dans six fermes, des groupes comprenant des animaux jusqu'à 12 mois étaient également positifs dans l'échantillonnage environnemental.

Mesures de réduction
Les résultats suggèrent que les animaux sociaux et actifs sont plus susceptibles d'être colonisés par l'agent pathogène alors qu'il était moins probable que les animaux présentent des signes de mauvaise santé et de bien-être. Les variables associées au portage de la bactérie étaient le frottement ainsi que l'auto-léchage et le léchage d'autres veaux. Ces résultats ont été publiés dans la revue Scientific Reports*, « Socially engaged calves are more likely to be colonised by VTEC O157:H7 than individuals showing signs of poor welfare ».

Les animaux colonisés excrétant des niveaux élevés de bactéries étaient importants pour la transmission, mais l'exposition environnementale augmentait également le risque de transmission dans les enclos.

La transmission fréquente de souches virulentes entre les fermes voisines se produit dans les zones denses du bétail avec des contacts réguliers. De nombreuses fermes voisines augmentent le risque d'infection dans une ferme et les voies de transmission sont liées aux contacts humains et animaux entre les fermes.

Dans les exploitations infectées, STEC O157:H7 se retrouve le plus souvent chez les veaux et les jeunes animaux et seulement occasionnellement chez les vaches laitières. La dynamique de transmission au sein des exploitations est influencée par les contacts directs entre les animaux, la présence de super-excréteurs ainsi que l'hygiène des enclos.

Les agriculteurs peuvent prévenir les cas humains sporadiques causés par un contact direct avec les animaux en informant les visiteurs, en particulier les enfants, de se laver les mains après cette activité. D'autres actions évitent le mélange des groupes et empêchent l'agent pathogène de se déplacer entre les enclos par des bottes sales, des mouches et d'autres vecteurs potentiels.

Les mesures visant à aider la ferme à éliminer plus rapidement l'infection comprennent de s'assurer que la litière est sèche et d'essayer de réduire la densité de stockage dans les groupes d'animaux. Les mesures de biosécurité réduisant les contacts humains et animaux entre les autres fermes réduiront les risques. Cela pourrait inclure la fourniture de vêtements de protection pour les visiteurs, en particulier ceux qui voyagent entre les fermes, et éviter les pâturages où les animaux peuvent être en contact avec ceux d'autres fermes.

* L'article est disponible intégralement et gratuitement.

mardi 11 février 2020

Etats-Unis : Une association d'éleveurs de bovins publie une étude montrant chez le consommateur une confusion généralisée au sujet du contenu de la fausse viande d'origine végétale


« Le NCBA publie une étude montrant chez le consommateur une confusion généralisée au sujet du contenu de la fausse viande d'origine végétale », source tlsn.com.

La National Cattlemen’s Beef Association (NCBA) a publié le 7 février les résultats d’un sondage qui révèlent une confusion généralisée des consommateurs concernant la composition des ingrédients et des bénéfices supposés des faux produits de viande à base de plantes.

Dans un sondage en ligne auprès de plus de 1 800 consommateurs, moins de la moitié des répondants ont compris que le terme d'étiquetage « bœuf à base de végétaux » visait à décrire un produit alimentaire entièrement végétarien ou végétalien.

Une source importante de confusion découverte par la recherche de la NCBA est qu’environ un tiers des consommateurs interrogés pensaient que les faux produits de viande à base de plantes contenaient au moins du vrai bœuf. Lorsqu'on leur a demandé d'évaluer l'étiquetage de produits spécifiques et les documents de commercialisation de certains des principaux faux produits de bœuf à base de plantes actuellement sur le marché, les résultats ont été étonnants:

Près des deux tiers des répondants croyaient que les faux produits de viande produits par Beyond Meat, Impossible Foods et LightLife contenaient du vrai bœuf ou une sorte de sous-produit animal;
32 pour cent des consommateurs à qui on a montré un paquet de galettes à base de plantes « Beyond Burger » de Beyond Meat (qui comporte une icône d'une vache) ont déclaré aux chercheurs qu'ils pensaient que les galettes contenaient au moins de petites quantités de vraie viande;
37 pour cent des consommateurs à qui on a montré un paquet de « Gimme Lean » de Lightlife, qui comporte le mot « Beef » surligné dans une boîte rouge, ont déclaré que le produit contenait au moins du vrai bœuf. Aucun de ces produits ne contient de vrai bœuf.

« Le fait que tant de consommateurs regardent ces étiquetages et pensent que les produits contiennent de la viande ou d'autres sous-produits animaux est un signe clair que l'étiquetage est trompeur et les pratiques commerciales trompeuses des entreprises de viandes factices d'origine végétale ont causé une réelle confusion chez les consommateurs », a déclaré la présidente de la NCBA, Jennifer Houston.

« Beaucoup de ces faux produits de viande utilisent délibérément des graphismes et des mots qui font la réputation du bœuf, et cela doit cesser immédiatement. Les consommateurs se fient aux noms et à l'emballage des produits pour éclairer leurs décisions d'achat, et ils ont le droit de savoir que ces informations sont exactes et non trompeuses. »

Lorsqu'on leur a demandé de classer la fausse viande à base de plantes par rapport au bœuf sur une multitude d'attributs alimentaires, les résultats ont été encore plus surprenants. Par exemple:
44 pour cent des consommateurs pensaient que les produits à base de plantes étaient plus faibles en sodium, alors que le faux bœuf d'origine végétale est entre 220 et 620 pour cent plus élevé en sodium que la même portion de bœuf haché réel. À peine 24% des répondants ont correctement identifié le bœuf comme étant moins riche en sodium.

Scientifiquement parlant, le bœuf est considéré comme un aliment non transformé ou peu transformé, tandis que les faux produits à base de viande sont classés comme un produit alimentaire ultra-transformé. Malheureusement, 34% des personnes interrogées pensaient que les fausses viandes d'origine végétale étaient moins transformées et 34% estimaient que les faux et vrais produits de bœuf étaient équivalents à l'échelle de la transformation des aliments.

Concernant la grande catégorie de sécurité sanitaire, plus de la moitié des consommateurs pensaient que la viande d'origine végétale était meilleure.

« Cette recherche est un signal d'alarme pour notre industrie, les médias et les services réglementaires fédéraux », a déclaré Houston. « Dans l'industrie du bœuf, nous devons faire un meilleur travail en informant les consommateurs sur le fait que le bœuf est une source riche en nutriments de protéines de haute qualité et de nutriments essentiels qui peuvent jouer un rôle clé dans tout mode de vie sain. Nous avons également besoin de journalistes et des services réglementaires pour comprendre combien de consommateurs sont confus et/ou mal informés sur le contenu exact de ces nouvelles alternatives à base de plantes. »

La Food and Drug Administration (FDA) a le pouvoir d'empêcher ce genre de confusion chez les consommateurs. En 2020, la NCBA a déclaré qu'elle espérait avoir l'occasion de travailler avec l'Agence pour mettre fin à l'utilisation inappropriée du mot « bœuf » sur toutes les étiquetages des produits non carnés.

Pour des informations plus détaillées sur la méthodologie du sondage et les résultats, allez sur ce lien.

vendredi 7 février 2020

États-Unis : Un nouveau virus bovin associé à des rhumes de cerveau et à des infections des sinus


« Aux États-Unis, un nouveau virus bovin associé à des rhumes de cerveau et à des infections des sinus », source article de Dan Flynnparu le 7 février 2020 dans Food Safety News.

Le kobuvirus bovin, un virus bovin découvert pour la première fois au Japon en 2003, est arrivé aux États-Unis.

L'arrivée est rapportée dans la revue médicale Emerging Infectious Diseases. Le kobuvirus bovin ou BKV appartient à la famille des virus qui provoquent des rhumes de cerveau et des infections des sinus chez l'homme.

Le BKV semble être la plus récente des zoonoses, c'est-à-dire celles causées par des infections qui peuvent se propager entre les animaux et les humains.

Des recherches de l'Université de l'Illinois (UI) sur la mort de deux veaux ont conduit à la découverte du BKV aux États-Unis. Les intestins de veaux ont été soumis à un échantillonnage et à un séquençage d'ADN microbien qui les ont liés au virus au Japon.

Depuis qu'ils ont été signalés pour la première fois au Japon par les Centers for Disease Control and Prevention il y a 17 ans, des rapports sur le BKV sont venus de Thaïlande, Hongrie, Pays-Bas, Corée, Italie, Brésil, Chine et Égypte.

Le CDC dit que la prévalence du BKV aux États-Unis « reste inconnue », et la découverte de l'Université de l'Illinois signifie qu'il y a un besoin de « surveillance continue ». Le besoin est maintenant de déterminer le taux et la distribution du BKV en Amérique du Nord.

On ne sait pas si le BKV est strictement une zoonose ou s'il pourrait se propager à l'homme. La forme de kobuvirus chez l'homme est appelée « virus d'Aichi » et elle provoque une « gastro-entérite aiguë ». Les kobuvirus peuvent être transmis par voie fécale-orale ou par la consommation d'aliments contaminés.

Leyi Wang de l'UI, professeur de médecine clinique vétérinaire, a dirigé la recherche sur le kobuvirus bovin sur le sol américain.

Les maladies zoonotiques concernent à la fois le CDC et le Service d'inspection zoosanitaire et phytosanitaire (APHIS) de l'USDA. L'unité USDA a été principalement à l'affût de la maladie virale hautement contagieuse et mortelle appelée peste porcine africaine (PPA).

Depuis son émergence en Afrique dans les années 1920, la PPA est devenue courante dans certaines parties de l'Asie et de l'Europe, mais l'Amérique du Nord est exempte de PPA.

Et la propagation en Chine du nouveau coronavirus (2019-ncoV) a des origines zoonotiques. « Les connaissances actuelles sont largement basées sur ce que l'on sait sur les coronavirus similaires », explique le CDC.

« Les coronavirus sont une grande famille de virus communs à de nombreuses espèces animales, notamment les chameaux, les bovins, les chats et les chauves-souris. Rarement, les coronavirus animaux peuvent infecter des personnes, puis se propager entre des personnes comme le MERS, le SRAS et maintenant avec le 2019-nCoV. »

vendredi 3 janvier 2020

De l'ail et des agrumes réduisent le méthane des bovins


Dans le contexte actuel, l’information est importante, ainsi apprend-on que « De l'ail et des agrumes réduisent le méthane des bovins », source article de Jim Romahn dans son blog Agri 007.

Des essais au Rural College, Écosse, montrent qu'un mélange d'extrait d'ail et d'agrumes a réduit les émissions de méthane jusqu'à 38%.

L’étude indique que 15 grammes par vache et par jour suffisent.

La production de lait a également augmenté jusqu'à huit pour cent, a indiqué la société suisse qui fabrique le complément. Il se peut que l'ail éloignerait les mouches embêtantes.

Le complément est produit à Abertillery dans le Monmouthshire par la société suisse Mootral.

Il n'y a eu aucun effet sur le goût ou l'odeur du lait des vaches mangeant le complément alimentaire.

Des essais à l'Université de Californie ont montré que des algues pouvaient réduire le méthane de 60%, mais Mootral a déclaré que l'ail coûte moins cher et est plus facilement disponible.

samedi 12 octobre 2019

Rôle de la toxine dans la gravité de l'infection à E. coli


« Rôle de la toxine dans la gravité de l'infection à E. coli », source Food safety News.

Des scientifiques ont examiné pourquoi l’homme infecté par E. coli risquaient davantage de souffrir de symptômes graves après avoir étudié les toxines produites par la bactérie.

L’équipe a découvert qu’une toxine produite naturellement par E. coli aide les bactéries à coloniser le tractus intestinal des bovins et augmente la transmission de la bactérie à d’autres animaux du troupeau.

Des scientifiques du Moredun Research Institute, du Roslin Institute (Université d’Édimbourg), de Biomathematics et de Statistics Scotland ont montré que des niveaux élevés et rapides d’expression de toxines signifiaient également que les personnes infectées auraient probablement des symptômes plus graves.

L'étude a été financée par la Food Standards Agency et la Food Standards Scotland et publiée dans la revue PLOS Pathogens.

Le rôle clé du type de shigatoxines
E. coli entérohémorragique (EHEC) O157 est un sous-ensemble de E. coli présents dans le tractus gastro-intestinal des bovins mais ne cause pas de maladie chez ces animaux. Cependant, EHEC O157 dans les matières fécales des bovins infectés peut être transmis à l'homme par l'exposition à de l'eau, de la viande ou des légumes contaminés.

EHEC produit des shigatoxines de divers sous-types. Ces toxines peuvent provoquer diverses maladies, de la diarrhée avec ou sans sang à une maladie rénale plus grave et potentiellement fatale. Le sous-type de toxine (stx) le plus dangereux est le sous-type 2a (Stx2a).

Au Royaume-Uni, les souches de phage type (PT) 21/28 O157 sont la principale cause d'infections à EHEC menaçant le pronostic vital et ce type de phage code couramment les types de toxines Stx2a et Stx2c.

« Notre étude montre pour la première fois que la toxine Stx2a joue un rôle clé en permettant à E. coli O157 de coloniser l'intestin des bovins, en augmentant la capacité des bactéries Stx2a positives à se transmettre entre animaux et à se répandre dans l'environnement », a dit le Dr Tom McNeilly, de l'Institut de recherche Moredun.

« Cela est important, car on pense que la plupart des infections humaines proviennent de bovins et que les infections à E. coli O157 contenant Stx2a sont associées à des formes plus graves de maladie humaine. »

Lors d'une série d'essais contrôlés sur des bovins, les chercheurs ont montré que les veaux recevaient par voie orale une souche PT21/28 excrétée à des niveaux significativement plus élevés que ceux recevant une souche PT32.

L'hypothèse selon laquelle Stx2a est importante pour la super-excrétion et la transmission de veau à veau a été testée en comparant les dynamiques d'excrétion et de transmission des souches de E. coli O157 avec et sans Stx2a.

Une survie plus longue et des niveaux plus élevés
L'étude a examiné le rôle de Stx2a dans la colonisation de l'intestin des bovins et a montré qu'il est essentiel pour la transmission croissante des EHEC O157 entre les bovins en raison de deux facteurs.

Premièrement, Stx2a est produite plus rapidement par la bactérie que les autres shigatoxines et, deuxièmement, Stx2a favorise la persistance de la bactérie sur les cellules qui tapissent le tube digestif du bétail en réduisant leur taux de renouvellement.

Cela permet aux cellules infectées de survivre plus longtemps et augmente la probabilité que le bétail élimine les bactéries dans leurs selles plus longtemps et à des niveaux plus élevés. Cela augmente donc le risque que des bactéries puissent être transmises à d'autres bovins du troupeau, ainsi qu'à l'homme.

Le professeur David Gally de l'Institut Roslin a dit que l'étude explique que le sous-type Stx2a est courant chez les souches de E. coli O157 car il peut être produit plus rapidement que d'autres sous-types de Stx.

« Deuxièmement, nos travaux démontrent à quel point la toxine peut offrir un avantage chez l’hôte animal, essentiellement en arrêtant le renouvellement habituel des cellules intestinales qui éliminerait les E. coli adhérents; ainsi, les bactéries se colonisent plus facilement, persistent dans l'intestin et peuvent être excrétées à des niveaux élevés pour infecter d'autres animaux et éventuellement l’homme»

L’Institut de recherche Moredun, Roslin Technologies, le Collège rural d’Ecosse et l’Institut Roslin de l’Université d’Édimbourg ont financé également le développement commercial d’un vaccin contre le bétail pour E. coli O157:H7.

Le vaccin expérimental a été mis au point pour limiter l’excrétion de E. coli O157: H7 par les bovins et la transmission entre bovins.

Roslin Technologies réalisera un essai de validation en deux étapes de mai à septembre 2020 dans le Nebraska. Des essais sur le terrain examineront les bovins super-excréteurs, c'est-à-dire le passage de grands volumes de bactéries dans les matières fécales, afin de déterminer si le vaccin prévient l'excrétion de la bactérie et s'il est viable pour un usage commercial.

dimanche 25 août 2019

L'adaptation chez les bovins peut être en train de conduire E. coli à développer des propriétés dangereuses


Image en micrographie électronique de E. coli isolés de bovin. (Crédit: Atsushi Iguchi, Université de Miyazaki)
« L'adaptation chez les bovins peut être en train de conduire E. coli à développer des propriétés dangereuses », source Phys.org à partir de données de la Kyushu University.

Une étude à grande échelle des différences et des similitudes génétiques entre les bactéries E. coli provenant de bovins et d’êtres humains indique que des caractéristiques provoquant une intoxication alimentaire chez l’homme pourraient continuellement apparaître chez les bactéries provenant de bovins afin de mieux s’adapter à leur environnement.

Si la bactérie E. coli est l'une des causes les plus connues d'intoxication alimentaire, il existe une grande variété de souches de E. coli, dont beaucoup sont des résidentes permanentes et inoffensives de notre intestin. Cependant, l'ingestion de souches dangereuses de E. coli dans des aliments contaminés peut entraîner une maladie grave, des vomissements et une diarrhée.

« Pour mettre au point des mesures préventives les plus efficaces, nous avons besoin d'une connaissance approfondie de la source et des conditions de vie de la bactérie », a dit Yoshitoshi Ogura, professeur associé au département de bactériologie de l'université de Kyushu, qui a dirigé la recherche.

« Bien que l'on pense depuis longtemps que les bovins sont l'une des principales sources de E. coli qui causent une intoxication alimentaire, les raisons pour lesquelles des formes dangereuses continueraient à apparaître chez les bovins n'ont pas été élucidées. »

Le groupe d’Ogura, en collaboration avec des chercheurs du Japon, de France, de Belgique et des États-Unis, a tenté de répondre à cette question en explorant la génétique des bactéries E. coli provenant de bovins et des humains dans 21 pays répartis sur six continents.

« À ce jour, les séquences du génome de E. coli provenant de bovins n'ont été signalées que de manière limitée. Nous avons donc dû combler cette lacune », commente Yoko Arimizu, premier auteur de l’étude parue dans Genome Research et annonçant de nouveaux résultats.

Alors que le plus grand nombre d'échantillons provenait du Japon, les souches d'autres régions présentaient des caractéristiques bien réparties parmi celles du Japon, indiquant une bonne diversité des ensembles d'échantillons.

En se basant sur les caractéristiques génétiques de la bactérie, les chercheurs pouvaient généralement séparer les différentes souches de E. coli en deux groupes, l’un composé principalement de bactéries prélevées chez l’homme et l’autre groupe provenant de bovins.

Appliquant la même analyse à des E. coli obtenus cliniquement et connus pour causer des maladies, les chercheurs ont découvert que la plupart des souches causant des problèmes intestinaux appartenaient au groupe associé aux bovins.

En outre, de nombreux échantillons issus de bovins présentaient des caractéristiques similaires à celles provoquant une intoxication alimentaire, telles que la production de shigatoxines. Bien que ces caractéristiques ne semblent généralement pas causer de maladies chez les bovins, leur prévalence dans les échantillons analysés suggère que ces caractéristiques sont bénéfiques pour la vie dans l'intestin des bovins.

« Tant qu'il y aura une pression pour maintenir ou renforcer ces caractéristiques productrices de maladies afin de mieux s'adapter à la vie dans l'intestin des bovins, de nouveaux variants de E. coli causant des intoxications alimentaires continueront probablement à apparaître », dit Ogura.

Les chercheurs spéculent que ces caractéristiques pourraient aider E. coli à se protéger contre les organismes mangeurs de bactéries présents dans les intestins des bovins, mais des travaux supplémentaires sont nécessaires pour identifier la raison exacte.

Référence.
Large-scale genome analysis of bovine commensal Escherichia coli revealed that bovine-adapted E. coli lineages are serving as evolutionary sources of the emergence of human intestinal pathogenic strains, Genome Research (2019). DOI: 10.1101/gr.249268.119

jeudi 22 août 2019

Pays-Bas: Une étude montre que Campylobacter, E. coli a été retrouvé dans de nombreux élevages


« Une étude montre que Campylobacter, E. coli a été retrouvé dans de nombreux élevages aux Pays-Bas », source article de Joe Whitworth publié le 22 août 2019 dans Food Safety News.

Campylobacter a été retrouvé dans la plupart des élevages de bovins et un quart d'entre eux avaient E. coli producteurs de shigatoxines, selon une étude néerlandaise.

Le National Institute for Public Health and the Environment (RIVM) et la Netherlands Food and Consumer Product Safety Authority (NVWA) ont enquêté en 2017 sur la fréquence d'apparition de certains agents pathogènes chez les bovins. Le RIVM a évalué si les mêmes agents pathogènes étaient également présents chez les participants.

Le RIVM et la NVWA ont conseillé aux personnes de réduire leur risque d'infection en ne mangeant que du bœuf bien cuit à cœur et en empêchant tout autre aliment, ustensiles et surfaces communes d'entrer en contact avec de la viande crue.

E. coli et Salmonella, ainsi que divers autres agents pathogènes que l'on retrouve parfois dans la viande bovine, présentent un risque pour les consommateurs lorsqu'ils consomment du bœuf contaminé, ainsi que pour les éleveurs et les visiteurs par contact direct avec le bétail.

Des agents pathogènes ont été fréquemment retrouvés chez les bovins étudiés. Ils étaient présents dans les intestins et le fumier des animaux. La viande peut être contaminée à l'abattoir si elle entre en contact direct avec le fumier.

L’étude a concerné du bétail dans 196 exploitations ainsi que 129 éleveurs, des membres de leur famille et des employés. Des échantillons de fumier ont été prélevés dans les exploitations et analysés pour détecter Campylobacter, Salmonella, E. coli produisant des BLSE, E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) et Cryptosporidium. Des échantillons fécaux d'agriculteurs, d'employés et de membres de leur famille ont été examinés pour rechercher les mêmes agents pathogènes zoonotiques.

Détection de Campylobacter
Campylobacter a été détecté dans 86% des fermes. Pour les éleveurs et les membres de leur famille, il a été retrouvé chez 2% des participants à l’étude. Campylobacter est la principale cause d'infection alimentaire aux Pays-Bas. Selon les statistiques de santé publique, le nombre d'infections dans le pays a été estimé à environ 67 000 en 2017.

Une sélection de 97 isolats de Campylobacter provenant des élevages de bétail ont été typés et testés pour déterminer leur sensibilité aux antibiotiques tels que la ciprofloxacine, l'acide naladixique et la tétracycline. Parmi ces isolats, 90 ont été classés comme étant Campylobacter jejuni et sept comme étant Campylobacter coli.

L'analyse a révélé que la présence de bovins laitiers à la ferme était un facteur de risque significatif de la présence de Campylobacter, mais que le fait d'avoir des porcs avait l'effet inverse. Cela tient probablement davantage à des facteurs tels que les mesures d'hygiène qu'à la présence réelle des porcs. Les entreprises ne disposant pas de mesures d'hygiène pour les visiteurs non professionnels étaient également moins à risque pour Campylobacter, mais la raison en était incertaine.

Cryptosporidium
La présence de Cryptosporidium n’a pas été confirmée dans aucune des élevages. Un tiers des participants utilisent des gants pour effectuer certaines activités dans les élevages de bovins et se lavent les mains le plus souvent en partant qu'en entrant dans l'écurie.

Résultats de E. coli
Les STEC et les bactéries productrices de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) étaient moins prévalentes chez les bovins et se trouvaient respectivement chez 25% et 15% des élevages. Au total, 393 patients avec des STEC ont été enregistrés en 2017.

Des STEC ont été détectés dans 48 élevages de bovins, ce qui a conduit à la découverte de 54 isolats dans cette étude. E. coli O157:H7 a été retrouvé dans huit élevages. Les autres souches de E. coli détectées sont O136:H12, O182:H25, O116:H28 et O168:H8.

Quatre variables ont été associées à la présence de STEC dans les élevages. La présence de moutons à la ferme et l'utilisation d'un système de pâturage étaient protectrices, mais ils ne présentaient aucun signe de maladie chez les bovins au cours des six derniers mois, et l'horticulture en tant que branche d'activité semblait être un facteur de risque pour les STEC.

Un participant était porteur de STEC et des bactéries productrices de BLSE ont été retrouvées chez 7% des participants. Les bactéries productrices de BLSE ont été évaluées comme si un patient était infecté par une bactérie productrice de BLSE. Les options de traitement de l'infection par des antibiotiques sont plus limitées.

Un total de 61 isolats de E. coli producteurs de BLSE ont été retrouvés dans 28 élevages différents. Aucune résistance à la colistine, aux carbapénèmes, le méropénem, imipénème et ertapénème, ainsi qu’à la tigécycline.

Données sur Salmonella
Salmonella était présent chez les bovins dans 4% des exploitations. Il s’agissait principalement de types de Salmonella pouvant provoquer une diarrhée chez l’homme. Les souches comprenaient Montevideo, Typhimurium monophasique 1,4,[5],12: i:- et Dublin.

Salmonella n'a pas été retrouvé chez les éleveurs et les membres de leur famille. Salmonella est responsable d'environ 32 000 cas de maladie par an et environ 1 000 cas sont admis à l'hôpital.