Selon
une nouvelle étude d’un consortium comprenant l’Université
d’East Anglia (UEA), la bactérie E. coli résistante aux
antibiotiques est plus susceptible d’être transmise par le biais
d’une mauvaise hygiène aux toilettes que du poulet ou des aliments
insuffisamment cuits.
E.
coli est un organisme Dr Jekyll et Mister Hyde. Nous le portons
tous inoffensivement dans notre intestin, à l'instar des animaux.
Cependant, certaines souches de E. coli
provoquent une intoxication alimentaire, tandis que d'autres provoquent des infections des voies urinaires et des infections après
une chirurgie de l'intestin. Dans le pire des cas, ils se développent
en bactériémie - infections du sang.
E.
coli est devenu considérablement plus résistant aux
antibiotiques au cours des 20 dernières années, tant chez l'homme
que chez l'animal. Les souches avec les β-lactamases à spectre
étendu (BLSE) sont particulièrement importantes. Ce sont des
enzymes qui détruisent de nombreux antibiotiques importants, les
pénicillines et les céphalosporines. De nombreuses souches avec des
BLSE ont souvent d'autres résistances essentielles.
Mais
jusqu'à présent, on ne savait pas si les E. coli résistants
aux antibiotiques qui causent des infections du sang étaient
présents via la chaîne alimentaire ou transmis de personne à
personne.
Pour
répondre à cette question, les scientifiques ont séquencé les
génomes de E. coli résistants provenant de
multiples sources au Royaume-Uni, notamment d'infections du sang
humain, de matières fécales humaines, d'égouts humains, de lisier
et de viande d'animaux, notamment du bœuf, du porc et du poulet,
ainsi que des fruits et des salades.
Leur
étude
dans
The
Lancet Infectious Diseases
révèle que les souches de
E.
coli
résistantes
aux antibiotiques, les
‘superbactéries’,
prélevées dans le sang, les selles et les égoûts
étaient similaires. La souche ‘ST131’ était dominante chez les
E.
coli-BLSE
de tous ces types d'échantillons humains.
Les
souches de E. coli résistantes provenant de la
viande, principalement du poulet, du bétail et du lisier étaient
très différentes de celles infectant l'homme. ST131 a été à
peine vu. Au lieu de cela, les souches ST23, 117 et ST602 étaient
dominantes.
En
bref, il y a eu peu de croisement entre E. coli-BLSE des
animaux aux humains.
L’auteur
principal, le professeur David Livermore, de l’École de médecine
Norwich de l’UEA, a déclaré: « Les bactéries comme E.
coli vivent normalement dans l’intestin de personnes et d'animaux
en bonne santé. La plupart des variétés sont inoffensives ou
provoquent une diarrhée brève. »
« Mais
E. coli est également la cause la plus fréquente d’empoisonnement
du sang, avec plus de 40 000 cas chaque année en Angleterre
seulement. Et environ 10% de ces cas sont causés par des souches
hautement résistantes contenant des BLSE. »
« Les
infections causées par les bactéries E.
coli-BLSE sont difficiles à traiter. Et elles deviennent
de plus en plus courants en ville et dans les hôpitaux.
Les taux de mortalité des personnes infectées par ces souches de
superbactéries sont le double de ceux des personnes infectées par
des souches sensibles au traitement. »
« Les
E. coli-BLSE sont également répandus dans la viande de
poulet et les animaux destinés à la vente au détail, mais jusqu'à
présent, l'étendue de la transmission de ces sources à l'homme
était incertaine, le rôle de la chaîne alimentaire étant
débattu. »
Le
Professeur Livermore a déclaré: « Nous voulions savoir
comment ces superbactéries se propagent - et s’il existe un lien
entre la chaîne alimentaire et les humains. »
L’équipe
a comparé les E. coli-BLSE provenant d'échantillons de sang
humain infectés avec ceux provenant d'excréments humains, d'eaux
usées, de nourriture, de boues de ferme laitière et d'animaux, dans
cinq régions du Royaume-Uni, Londres, East Anglia, le nord-ouest de
l'Angleterre, l'Ecosse et le Pays de Galles.
Les
échantillons de sang infectés par les bactéries E. coli-BLSE
provenaient des laboratoires du NHS. Les aliments étudiés
comprenaient du bœuf, du porc, du poulet, des fruits et des salades.
Le
Professeur Livermore a déclaré: « Nous avons examiné plus de
20 000 échantillons de matières fécales et environ 9% étaient
positifs pour E. coli-BLSE dans toutes les régions, sauf à
Londres, où le taux de distribution a presque doublé, avec 17%.
« Nous
avons trouvé des E. coli-BSLE dans 65% des échantillons de poulet
vendus au détail - allant d'un peu plus de 40% en Écosse à plus de
80% dans le nord-ouest de l'Angleterre. Cependant, les souches de
E. coli résistantes étaient presque
entièrement différentes de celles retrouvées dans
les selles humaines, les eaux usées et les infections du sang. »
« Seuls
quelques rares échantillons de viande de bœuf et de porc ont été
testés positifs et nous n’avons pas détecté de E. coli-BSLE en
tout dans les 400 échantillons de fruits et de
légumes - dont beaucoup ont été importés au Royaume-Uni. »
« En
résumé, les résultats montrent qu’il existe des souches de
E. coli-ESBL adaptées à l’homme, principalement ST131, qui
réside dans l’intestin et qui occasionne parfois - généralement
via des infections urinaires - des infections graves. Et qu'il existe
des souches animales de E. coli-ESBL. »
« Mais,
et surtout, il existe peu de croisement entre des souches humaines,
de poulets et de bétail. La grande majorité des souches de E.
coli-BSLE causant des infections humaines ne proviennent pas de la
consommation de poulet, ou de tout autre élément de la
chaîne alimentaire. »
« Plutôt
- et indéniablement - la voie de transmission la plus probable pour
les E. coli-BSLE est directement de personne à personne,
avec des particules fécales d'une personne atteignant la bouche
d'une autre. »
« Nous
devons continuer à faire bien cuire le poulet et ne
jamais manipuler de la viande crue et de la salade en alternance. Il
existe de nombreuses bactéries responsables d’intoxication
alimentaire, notamment d'autres souches de E.
coli, qui entrent dans la chaîne alimentaire. Mais ici
- dans le cas des E. coli-BSLE - il est bien plus important de se
laver les mains après être allé aux toilettes. »
« Et
il est particulièrement important d'avoir une bonne hygiène dans
les maisons de santé, car la plupart des infections graves à E.
coli se produisent chez les personnes âgées. »
Le
Professeur Neil Woodford, de Public Health England, a déclaré:
« Pour lutter contre la résistance aux antibiotiques, nous
devons non seulement réduire les prescriptions inappropriées, mais
aussi réduire le nombre d'infections. Afin de limiter les infections
graves dans le sang dues à E. coli résistants aux
antibiotiques, nous devons nous concentrer sur le lavage en
profondeur des mains et le contrôle efficace des infections, ainsi
que sur la gestion efficace des infections des voies urinaires. »
« L'utilisation
prudente d'antibiotiques est essentielle chez les animaux et les
humains. Les antibiotiques sont une ressource limitée.
Nous avons besoin d'eux pour continuer à travailler quand nous
sommes malades. »
« Nous
nous sommes engagés à réduire les infections en ville et
dans les établissements de santé et travaillons avec le personnel
en première ligne du NHS, le NHS England, le NHS
Improvement et le ministère de la Santé et des Affaires sociales. »
Dans
un commentaire
connexe, Amee Manges, de l’Université de la
Colombie-Britannique, aborde ce que l’étude aurait pu manquer.
Elle note par exemple que l'échantillonnage simultané d'isolats
humains, alimentaires et environnementaux ne rend pas compte des
liens passés entre les souches de
E. coli
d'origine humaine et animale.
En
d'autres termes, des souches de E. coli-BLSE adaptées à l'homme
pourraient avoir émergé, à un moment donné dans le passé, de
sources animales. Une étude publiée l'année dernière dans mBio
en est un exemple: une sous-lignée de ST131 (ST131-H22) qui circule
dans la volaille depuis les années 1940 et qui prévaut dans la
viande de poulet et de dinde représente un faible pourcentage de
infections
de l’appareil urinaire.
Manges
fait également valoir que l'étude actuelle, tout en échantillonnant
une collection vaste et diversifiée de réservoirs d'infection à E.
coli causant une infection sanguine, ne représente qu'une
fraction de la diversité totale de la bactérie E. coli en
circulation et ignore les E. coli non ESBL retrouvés chez
l'animal, l'homme et l’environnement qui sont très similaires
génétiquement. Elle conclut que des systèmes de surveillance
intégrant les systèmes de santé humaine et animale et les agences
d'inspection des aliments sont nécessaires pour détecter les
nouvelles lignées de E. coli
multirésistantes susceptibles de menacer la santé publique.
« Une
seule introduction d'un clone résistant hautement réussi pourrait
suffire à déclencher la prochaine pandémie (non-ST131) »,
écrit Manges.
