« Une
étude
danoise montre
que les infections à Campylobacter font souvent partie
d’épidémies »,
source
article de Joe
Whitworth paru
le
17 mars 2020 dansFood Safety News.
Selon
une étude réalisée au Danemark, une grande partie des infections à
Campylobacter ne sont pas sporadiques et peuvent être liées
à des épidémies.
Les
éclosions à
Campylobacter
sont rarement signalées, ce qui peut refléter les limites des tests
de surveillance car le typage moléculaire n'est pas systématiquement
effectué.
Des
chercheurs ont séquencé le
génome complet de 1
509 isolats de Campylobacter
jejuni
provenant de 774 patients et 735 sources alimentaires ou animales au
Danemark de 2015 à 2017 pour déterminer la fréquence des cas
groupés
génétiques parmi les patients et pour trouver des liens avec des
isolats provenant de viande de volaille, de poulets de chair, de
bovins, de porcs et de chiens. Les 774 isolats de Campylobacter
jejuni
représentaient environ 10% des cas au cours de la période.
Les
travaux, publiés dans Emerging
Infectious Diseases, Whole-Genome Sequencing to Detect Numerous Campylobacter jejuni Outbreaks and Match Patient Isolates to Sources, Denmark, 2015–2017, ont trouvé de nombreux cas
groupés
puisque 366 des 774 isolats cliniques formaient 104 cas
groupés ou clusters
de plus de deux isolats.
Un
total de 41 cas
groupés
de patients représentant 54% des patients correspondaient à une
source potentielle, principalement des poulets ou des poulets de
chair domestiques.
Trouver
l’origine
des
petits clusters
Les
isolats cliniques ont été fournis par quatre laboratoires de
microbiologie clinique : l'hôpital universitaire d'Aalborg,
l'hôpital Slagelse, l'hôpital universitaire Hvidovre et l'hôpital
universitaire Odense. Ces laboratoires ont diagnostiqué environ 60%
des cas à Campylobacter au Danemark.
Les
isolats cliniques représentaient 673 cas d’infection acquises au
pays, 60 cas d’infection associés aux voyages et 41 cas chez des
personnes dont le statut de voyage était inconnu. Une grande partie
des isolats cliniques correspondaient à ceux des poulets de chair
domestiques et du poulet ou de la viande de poulet importée,
confirmant que le poulet est une source majeure d'infections
humaines.
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| Cas groupés importants et cas groupés petits et cas sporadiques. Cliquez sur l'image pour l'agrandir. |
Des
isolats de Campylobacter jejuni provenant d'aliments et
d'animaux ont été collectés par la Danish Veterinary and Food
Administration. Au total, 735 isolats représentaient des animaux du
Danemark, dont 27 porcs, 214 bovins et 150 poulets de chair ou viande
au détail, comme 172 poulets domestiques, 111 poulets importés,
neuf dindons importés, quatre canards domestiques et 22 canards
importés.
Au
total, 82 cas
groupés
étaient petits avec deux à quatre isolats cliniques et 22 cas
groupés étaient grands
qui
comprenaient
de cinq à 17 isolats cliniques. Deux seulement n'étaient pas
associés à une source. En revanche, parmi des petits nombres de cas
groupés,
moins d'un tiers correspondait à un isolat source.
Les
chercheurs ont dit
que cela indique que la viande de poulet et les poulets de chair
domestiques ne sont pas des sources dominantes des
petits nombres de cas
groupés
et suggèrent qu'ils peuvent provenir d'aliments importés,
d'aliments à moindre charge de contamination, de petits lots
d'aliments moins largement distribués ou de sources non alimentaires
telles que le contact direct avec les animaux ou des expositions
environnementales.
Séquençage
du génome entier et épidémiologie
Les
scientifiques disent que le séquençage
du génome complet ou WGS
est un outil précieux pour améliorer la surveillance et la
détection des épidémies à
Campylobacter,
mais une limite
est la détection des épidémies multi-souches.
Les
chercheurs ont trouvé deux exemples pour lesquels des cas
groupés
génétiquement
distincts pourraient être liées par des données épidémiologiques.
Le premier était une éclosion dans laquelle 14 isolats ont été
séquencés dans le cadre d'une investigation.
Ces isolats se sont divisés en deux cas
groupés
distincts respectivement de huit et six isolats cliniques. L'épidémie
multi-souches a impliqué 100 écoliers à
qui on avait servi du
lait non pasteurisé dans une exploitation
laitière.
Dans
le second exemple,
un échantillon d'un patient était positif pour deux souches
appartenant à des cas
groupés
distincts. Les deux cas
groupés
ont été observés pour la même période de 2016, et chacun des
isolats
appariés provenait
de la
viande
de poulets
domestiques
et de poulets de chair en quelques semaines et contenait des isolats
cliniques des quatre régions. Les deux isolats provenant de poulets
de chair représentant chacun des cas
groupés
provenaient du même abattoir; les poulets provenaient de deux
élevages
géographiquement proches.
Au
total, 75 cas
groupés
contenaient des isolats d'origine clinique et alimentaire ou animale.
Les isolats cliniques correspondaient le plus souvent à des isolats
provenant de viande de poulets
domestiques,
de poulets de chair ou des deux, correspondant à 25 pour cent de
tous les isolats cliniques de l'étude.
La
viande de poulet et les isolats de poulets de chair d'un même groupe
étaient souvent liés au même abattoir et certains provenaient du
même élevage.
Cependant, il était également courant que les isolats de cas
groupés
proviennent de différentes élevages.
Les
cas
groupés
provenaient souvent de la détection d'un isolat alimentaire ou
animal, suivis
de la présence de plusieurs isolats cliniques sur quelques mois.
Dans certains cas, le type de cas
groupé
a disparu pendant des mois et est réapparu plus tard chez de
nouveaux patients.
Le
travail a conduit à une surveillance continue basée sur des
prélèvements de ≈10% des patients et il a démarré au Danemark pour
détecter de grandes épidémies et les relier à des sources
alimentaires ou animales afin de réduire l'incidence des infections
à Campylobacter.
