Eva Wagner est de train pipeter des échantillons d'ADN avec l'aide
d'un séquenceur de MinION. Eva est post-doc dans le projet de
recherche Path Seq. Photo Jon-Are Berg-Jacobsen, Nofima
«Des scientifiques évaluent une méthode de détection plus rapide
de Listeria», source Food
Safety News et complété par mes soins.
Des chercheurs norvégiens ont établi et évalué une méthode plus
rapide pour détecter Listeria monocytogenes.
Des scientifiques
de Nofima ont découvert qu'il était possible de détecter
Listeria dans un échantillon après seulement quatre heures
d'enrichissement à l'aide d'un appareil de séquençage portable
appelé MinION d'Oxford Nanopore Technologies. C'est 20 heures plus
rapide que la méthode d'enrichissement traditionnelle pour
rechercher le pathogène.
Cependant, l'analyse n'est pas quantitative et ne permet pas de
discriminer entre les bactéries vivantes et mortes.
D'autres micro-organismes de l'environnement de transformation
peuvent être détectés en même temps lors de l'utilisation de
l'approche de séquençage. C'est rentable et cela fournit des
informations sur l'image microbiologique plus large dans une usine de
production alimentaire, ont dit les chercheurs.
Les scientifiques ont utilisé sept types différents de séquences
de Listeria monocytogenes isolés d'environnements de
transformation de la viande avec et sans microbiote de fond tels que
d'autres espèces de Listeria et des souches non-Listeria,
selon l'étude publiée dans la revue de l’ASM, Applied
and Environmental Microbiology. L’article est disponible en
intégralité.
Résultat rapide nécessaire
Eva Wagner, de Nofima, a déclaré que l'équipe avait étudié et
comparé différentes technologies de séquençage pour obtenir des
résultats plus rapides sur la présence ou l'absence de Listeria
dans un échantillon.
«Nous voulions également savoir si la méthode de séquençage est
capable de différencier des types distincts de Listeria. Un
résultat indiquant si Listeria était ou non présent dans un
échantillon devrait idéalement être fourni avant le début de la
journée de travail suivante afin que des contre-mesures soient mises
en œuvre. Il est particulièrement important que les équipements et
les surfaces, sur lesquels Listeria a été détectée, aient
été soigneusement nettoyés et désinfectés», a-t-elle dit.
La méthode traditionnelle d'enrichissement pour détecter Listeria
monocytogenes consiste à cultiver un échantillon prélevé dans
l'environnement de transformation ou un produit alimentaire dans un
milieu sélectif qui favorise la croissance de la bactérie.
Ce processus peut prendre de 24 heures à plusieurs jours pendant que
la production se poursuit. Cela signifie que les produits
alimentaires peuvent être contaminés et que les personnes peuvent
être infectées par Listeria pendant le processus de
l’analyse.
La chercheuse de Nofima, Birgitte Moen, a dit que la prochaine étape
consiste à collecter des prélèvements de l'industrie et de tester
la méthode avec eux.
Fournir plus de détails
Les producteurs de denrées alimentaires peuvent recevoir des
résultats indiquant si Listeria a été détectée ou non
dans l'échantillon, mais la méthode actuelle n'est pas toujours en
mesure de faire la distinction entre des souches de Listeria
similaires.
L'utilisation du séquençage Illumina MiSeq a permis aux
scientifiques de prédire la présence de souches coexistantes de
Listeria monocytogenes.
L'application systématique de l'approche pourrait conduire à des
actions de l'industrie qui préviennent la contamination et les
rappels ultérieurs et la destruction d'aliments, les pertes
économiques et de réputation et les cas de listériose.
«De nouvelles technologies de séquençage sont utilisées pour
déterminer le code génétique (ADN) et ainsi identifier les
micro-organismes. Cela rendra les opérations de contrôle étendues
d'aujourd'hui dans l'industrie alimentaire plus rapides, plus
précises et plus rentables», a déclaré Annette Fagerlund.
Fagerlund est chercheur à Nofima et dirige PathoSeq, un projet de
trois ans qui se déroule jusqu'en mars 2023. L'objectif est d'aider
les producteurs alimentaires norvégiens à établir des contrôles
de routine plus rapides, plus rentables et ciblées pour les
pathogènes d'origine alimentaire.
Un autre projet Nofima, appelé Future Food Control, étudie la
sécurité des aliments, la réduction du gaspillage alimentaire et
l'utilisation d'emballages en plastique.
Il court jusqu'à la fin de 2024 et implique le suivi de la source
des pathogènes, des bactéries et des moisissures d’altération
dans les installations de production et des mesures correctives
efficaces en mettant l'accent sur le poulet cru et les aliments
périssables à base de plantes.
Les systèmes d'emballage et les conditions de stockage seront
évalués à l'aide de matériaux d'emballage recyclés ou
renouvelables sans compromettre la sécurité, la durée de
conservation ou avoir un impact négatif sur les déchets
alimentaires.
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