Deux nouvelles études dans
Morbidity
and Mortality Weekly Report
mettent en évidence de nouvelles
découvertes sur les voyages en avion au milieu de la
COVID-19, l'une montrant que 81% des
prélèvements d'eaux usées des toilettes d'avion avaient du
matériel génétique du variant
Omicron du SARS-CoV-2 à l'automne 2022, et l'autre suggérant que
les tests avant le départ des voyageurs internationaux étaient liés
à un taux de positivité inférieur de 52% à l'arrivée aux
États-Unis.
La surveillance des eaux usées comme alerte précoce
Une équipe dirigée par des chercheurs des Centers for Disease
Control and Prevention (CDC) des États-Unis a
évalué les prélèvements d'eaux usées prélevés dans les
toilettes des avions sur les vols internationaux entrants à
l'aéroport international John F. Kennedy de New York du 1er août au
9 septembre 2022.
La société de biotechnologie Gingko Bioworks a
collecté environ un litre d'eaux usées de chacun des 88 vols
entrants en provenance du Royaume-Uni, des Pays-Bas et de France,
dont 80 ont été testés pour le SARS-CoV-2 à l'aide d'une RT-PCR.
Soixante-cinq prélèvements (81%) étaient
positifs, avec la même proportion parmi les trois pays d'origine.
Les chercheurs ont séquencé 27 génomes du SARS-CoV-2 à partir de
25 prélèvements et identifié diverses sous-souches d'Omicron
(Royaume-Uni, 12 BA.5 et 1 BA.4.6 ; France, 8 BA.5 ; et
Pays-Bas, 5 BA.5 et 1 BA.2.75 ).
Les sous-variants identifiés étaient cohérents avec les séquences
en Europe occidentale téléchargés dans la Global
Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) au
cours de cette période, qui étaient d'environ 90% de BA.5.
«Cette enquête a démontré la faisabilité de la surveillance des
eaux usées des avions en tant qu'approche à faibles ressources par
rapport aux tests individuels pour surveiller les variantes du
SARS-CoV-2 sans implication directe des voyageurs, ni perturbation
des opérations aéroportuaires», ont écrit les auteurs.
Les chercheurs ont reconnu plusieurs limites, notamment la dépendance
à l'utilisation des toilettes pendant le vol, l'incapacité de
différencier les voyageurs des vols de correspondance et le portage
potentiel de l'ARN du SARS-CoV-2 entre les vols sans rapport avec les
voyageurs. «Des seuils de couverture génomique stricts pourraient
réduire la probabilité d'identification de porteurs de variants
lors de vols ultérieurs», ont écrit les chercheurs.
La surveillance des eaux usées peut être utilisée non seulement
pour surveiller les variantes du SARS-CoV-2 entrant aux États-Unis,
mais également de manière ponctuelle pour identifier la source des
épidémies, ont déclaré les auteurs. «En
combinaison avec la surveillance basée sur les voyageurs, la
surveillance des eaux usées des avions peut fournir un système
d'alerte précoce complémentaire pour la détection des variantes du
SARS-CoV-2 et d'autres agents pathogènes préoccupants pour la santé
publique.»
Le CDC recommande toujours un test avant un vol
Une autre étude
du même groupe a consisté à évaluer la valeur des tests COVID-19
avant le départ des voyageurs aériens internationaux à destination
des États-Unis du 20 mars au 3 septembre 2022.
Les auteurs ont noté que, du 6 décembre 2021 au 11 juin 2022, les
États-Unis ont exigé des passagers de tous les vols internationaux
entrants qu'ils fournissent soit un résultat négatif d'un test
COVID-19 dans la journée suivant le départ, soit une preuve d’une
infection au SARS-CoV-2 au cours des 90 derniers jours. Bien que le
CDC ne l'exige plus, l'agence recommande toujours des tests avant le
départ.
Les passagers participants sont arrivés à l'un des quatre aéroports
américains en deux périodes de 12 semaines pendant et après
l'exigence de test avant le départ. Les aéroports étaient situés
dans le New Jersey, New York, la Géorgie et la Californie.
Du 20 mars au 3 septembre, 28 056 voyageurs de 24 pays ont été
testés pour la COVID-19 par RT-PCR, pour un total de 3 049
prélèvements regroupés. Du 20 mars au 11 juin, 13 190 (79,1%) des
16 668 volontaires du programme de surveillance génomique basée sur
les voyageurs du CDC ont dit avoir subi des tests avant le départ,
en baisse à 1 786 sur 11 123 (16,1%) du 12 juin au 3 septembre.
Au total, 22,7 % des 3 049 prélèvements
regroupés étaient positifs pour le SARS-CoV-2, en hausse de 56%,
passant de 17,9% (291 sur 1 622) au début à 28,0% (400 sur 1 427)
au cours de la dernière période. L'augmentation a été observée
dans les pays, les aéroports, les taux d'incidence, la taille du
pool, l'âge et le sexe.
Après ajustement, les prélèvements par écouvillonnage nasal
regroupés obtenus pendant l'exigence étaient 52% moins susceptibles
d'être positifs pour le SARS-CoV-2 que ceux collectés après la
levée de l'exigence (odds ratio ajusté, 0,48).
Les auteurs ont noté qu'en décembre 2022, les résultats de leur
étude ont été utilisés en combinaison avec d'autres preuves pour
imposer des tests avant le départ pour les voyageurs embarquant sur
des vols vers les États-Unis depuis la Chine après la levée des
mesures zéro-COVID dans ce pays.
«Ces résultats soutiennent les tests avant le départ en tant
qu'outil pour réduire la transmission du SARS-CoV-2 associée aux
voyages et fournissent des preuves réelles importantes qui peuvent
guider les décisions pour les futures épidémies et pandémies»,
ont-ils écrit.
