«Allemagne : La surveillance des pathogènes s'est poursuivie malgré les pressions de la COVID-19», source article de Joe Whitworth parue le 14 février 2023 dans Food Safety News.
La surveillance de certains pathogènes bactériens a été maintenue en Allemagne malgré une réduction des soumissions d'échantillons pendant la première partie de la pandémie liée au coronavirus, selon le Robert Koch Institute.
En mars 2020, des mesures de contrôle des infections ont été prises en Allemagne pour faire face à la COVID-19. En août, le nombre de cas de salmonellose signalés était de 45,4% inférieur à la moyenne pour la même période de 2015 à 2019. Campylobacter a diminué de 22%, les infections à E. coli entérohémorragiques (EHEC) de 46%, la shigellose de 83%, la listériose de 22% et la yersiniose de 7%.
Le Centre national de référence pour Salmonella et autres bactéries pathogènes (NRZ Salm) et le laboratoire consultant pour Listeria (KL Listeria) du Robert Koch Institute (RKI) ont constaté une baisse du nombre d'échantillons soumis.
Les 20 principaux expéditeurs vers NRZ Salm et KL Listeria ont déclaré être occupés par les tests Covid mais avoir la capacité de tester les agents pathogènes bactériens. Cependant, ils ont reçu moins de demandes pour de tels tests. L'une des raisons en était la baisse des visites chez le médecin. Un autre facteur a été la réduction des voyages à l'étranger.
Cette découverte signifie qu'un changement dans la priorité des analyses de laboratoire en raison des exigences de tests pour la Covid pourrait être largement exclues comme raison de la baisse des soumissions d'échantillons bactériens, selon les scientifiques.
Bien que le nombre de cas ou d'échantillons soumis soit inférieur, la surveillance de certains agents pathogènes s'est poursuivie et des cas groupés ont été identifiées, ont-ils ajouté.
Pour deux épidémies à Salmonella Enteritidis dans plusieurs pays, des isolats allemands très étroitement apparentés ont été identifiés et soumis au Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).
Cependant, les données de séquençage du génome entier (WGS) doivent être étayées par des informations épidémiologiques pour identifier les épidémies, car les isolats regroupés par WGS ne signifient pas automatiquement qu'il y ait une épidémie.
En 2020, 774 cultures d’EHEC ont été analysées. Au printemps, plusieurs cas de STEC O153 ont été enregistrés dans le nord-ouest de l'Allemagne. NRZ Salm a reçu 19 isolats d'une épidémie à E. coli O26:H11 qui a touché plusieurs établissements pour enfants du nord-ouest du Mecklembourg fin novembre et début décembre.
De fin juillet à début octobre 2020, 50 cas du syndrome hémolytique et urémique (SHU) ont été enregistrés, notamment en Bavière et dans le Bade-Wurtemberg dans le sud de l'Allemagne. Cependant, une éclosion a été exclue car parmi 22 isolats disponibles pour le séquençage, 12 types différents de E. coli ont été retrouvés et il n'y avait aucune correspondance dans les échantillons de patients.
La surveillance moléculaire a révélé 27 petits cas groupés avec deux à cinq isolats. Dans aucun d'entre eux, il n'y avait de preuves d'aliments spécifiques comme source d'infection.
En comparant les séquences avec le LNR pour Listeria monocytogenes de l'Institut fédéral allemand d'évaluation des risques (BfR), il a été possible d'identifier des isolats alimentaires pour 26 des clusters actifs en 2020.
Quatre grands clusters à Campylobacter ont été identifiés, qui avaient 18, 22, 27 et 71 isolats par cluster. Des isolats similaires d'autres pays, en particulier au Danemark et au Luxembourg, ont été retrouvés, il semble donc que des cas de maladie se soient produits au-delà des frontières, selon les scientifiques.
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