Selon un tweet
de Joe Whitworth,
qui m’a transmis l’information, «Plus de la moitié des clusters
de Listeria
s'étendent
sur 1 an et plus et jusqu'à 10 ans.»
Une étude vient d’être publiée dans Frontiers in Microbiology, «New insights into the epidemiology of Listeria monocytogenes. A cross-sectoral retrospective genomic analysis in the Netherlands (2010–2020)» ou Nouvelles perspectives sur l'épidémiologie de Listeria monocytogenes. Une analyse génomique rétrospective intersectorielle aux Pays-Bas (2010-2020).
Introduction
La listériose, causée par une infection par Listeria
monocytogenes (Lm), est une maladie relativement rare mais grave
avec l’un des taux de mortalité les les plus élevés parmi les
maladies infectieuses d’origine alimentaire. Une meilleure
compréhension du dégré des clusters à Lm, une distribution dans
le temps des clusters et de leurs associations avec différentes
origines alimentaires doivent permettre d’améliorer la traçabilité
de l’origine et les prélèvements en fonction des risques.
Méthodes
Nous avons étudié l'épidémiologie génomique de Lm aux
Pays-Bas entre 2010 et 2020 en analysant les données de séquençage
du génome entier (WGS) d'isolats de patients atteints de listériose
et des origines alimentaires provenant d'une surveillance et d'un
suivi intégrés à l'échelle nationale. Les données WGS de 756
patients et 770 isolats alimentaires et environnementaux ont été
évaluées à l'aide du cgMLST (Core Genome MLST (cgMLST), analyse
par séquençage multilocus des gènes du core génome).
Résultats
Nous avons confirmé les résultats précédents selon lesquels
certains complexes clonaux (CC) sont surreprésentés parmi les
isolats cliniques, mais nous n'avons pu identifier aucun facteur de
risque épidémiologique. Les principaux résultats de cette étude
incluent l'observation d'une très faible attribution des types de
Lm aux catégories d'aliments et une bien meilleure attribution
au niveau du producteur. De plus, nous avons identifié un degré
élevé de persistance temporelle des clusters alimentaires, de
patients et mixtes, avec plus de la moitié des clusters s'étalant
sur plus d'un an et jusqu'à 10 ans.
Discussion
Pris ensemble, cela indiquerait que l'identification de la
contamination persistante dans les environnements de production
alimentaire et les producteurs qui transforment une grande variété
de produits alimentaires crus pourraient contribuer de manière
significative à réduire le fardeau de la listériose.
Conclusion
Nos résultats mettent en
évidence l'utilité des analyses combinées WGS humain-alimentaire
pour Lm et la valeur ajoutée d'une base de données partagée de
profils bactériens par
cgMLST pour
la surveillance de la santé publique. Cela contribuera à la
détection rapide des liens entre les séquences bactériennes
humaines et alimentaires et à une détection plus rapide de
l’origine des épidémies, voire à la prévention de ces
épidémies. Les principaux résultats de cette étude incluent
l'observation d'une très faible attribution des types de
Lm aux espèces animales et une bien meilleure au niveau des
producteurs alimentaires. De plus, nous avons identifié un degré
élevé de persistance temporelle des clusters. Ensemble, cela
indiquerait que l'identification de la contamination persistante et
des producteurs qui transforment une grande variété de produits
bruts, et l'application de mesures d'intervention à cet égard
pourraient contribuer de manière significative à réduire le
fardeau de la listériose. Sur le plan scientifique, des efforts
supplémentaires pour intégrer également des échantillons
environnementaux dans les bases de données de surveillance
contribueront à une meilleure compréhension de l'évolution et de
la persistance bactériennes. Des connaissances supplémentaires sur
les conditions au cours des procédés de production alimentaire et
leur influence sur l'évolution de Lm (c'est-à-dire le
taux de substitution) permettraient également de développer de
meilleurs modèles prédictifs de l'identité par descendance.
