jeudi 19 mars 2020

Les responsables de la FDA répètent leur message de rester calme à propos de la sécurité des aliments pendant l'épidémie liée au coronavirus


« Les responsables de la FDA répètent leur message de rester calme à propos de la sécurité des aliments pendant l'épidémie », source article de Coral Beach du 18 mars 2020 paru dans Food Safety News.

Les Américains ne devraient pas s'inquiéter de la sécurité sanitaire de leurs aliments pendant l'épidémie de coronavirus. Ils devraient regarder la section FAQs du site internet de la FDA pour obtenir des informations à jour, selon les responsables de l'agence qui ont pris la parole le 18 mars.

Rappelons que l’EFSA, l’OMS le BfR et l’Anses ont indiqué qu’il n’y avait pas de risque de transmission du virus par les aliments.

Offrant plus de généralités que de détails, trois administrateurs de haut niveau se sont entretenus avec des « parties prenantes » lors d'une session d'une demi-heure cet après-midi « pour discuter des questions de sécurité des aliments et d'approvisionnement alimentaire liées au coronavirus 2019 (COVID-19) ». Le modérateur a souligné que la conférence téléphonique n'était pas un point de presse et qu'aucune des questions de l'auditoire ne provenait d'organismes de presse.

Parmi les autres sujets abordés, mentionnons le report de certaines inspections en sécurité sanitaire des aliments et la collaboration avec d'autres départements sur les pénuries de désinfectants pour les mains et d'autres fournitures.

Deux des orateurs ont spécifiquement déclaré qu'il n'y avait aucune preuve à ce jour que le virus soit d'origine alimentaire ou transmis par les emballages alimentaires.

Cependant, le Centers for Disease Control and Prevention a précédemment rapporté que le COVID-19 peut vivre sur du carton pendant des heures et sur des surfaces dures telles que l'acier inoxydable et le plastique jusqu'à trois jours.

« Ce n'est pas un virus gastro-intestinal d'origine alimentaire », a déclaré Frank Yiannas, commissaire adjoint au Bureau de la politique et de la réponse alimentaires.

Le commissaire adjoint a souligné que la transmission de personne à personne est la principale voie de transmission du virus. Il a également déclaré que les personnes peuvent contracter le coronavirus en touchant des surfaces fréquemment touchées puis en touchant leur visage.

Le top administrateur de la sécurité des aliments de la FDA, Yiannas, a également déclaré à plusieurs reprises qu'il n'y avait pas de pénurie d’aliments aux États-Unis et que le système d'approvisionnement de la ferme à la fourchette fonctionnait 24 heures sur 24 pour alimenter les magasins. Yiannas a déclaré qu'il faisait partie de l'équipe de la Maison Blanche qui surveille les problèmes de chaîne d'approvisionnement.

Yiannas n'a pas dit que tout était complètement sous contrôle dans l'industrie alimentaire ou au gouvernement.

« Il y a plus que nous pouvons faire et plus nous le ferons ensemble », a déclaré Yiannas.

Susan Mayne, directrice du Center for Food Safety and Applied Nutrition (CFSAN)
Répétant plusieurs des points mentionnés par Yiannas, la directrice du CFSAN, Mayne, a souligné qu'il n'y a aucune preuve que le coronavirus soit d'origine alimentaire, contrairement au norovirus et à d'autres maladies gastro-intestinales d'origine alimentaire. Elle a également répété que le contact de personne à personne est le mode de transmission le plus probable et le plus fréquent pour le COVID-19, qui est en suspension dans l'air.

Cependant, Mayne a également souligné que le virus peut survivre sur des surfaces dures pendant de longues périodes. Par conséquent, elle a déclaré qu'il est essentiel que les opérateurs de la restauration commerciale s'assurent que leurs employés nettoient et désinfectent correctement et fréquemment les surfaces et d’autres choses et qu'ils aient également un lavage correct des mains et l'utilisation de gants.

Une pénurie de désinfectant pour les mains fait que Mayne et une partie de l'équipe du CFSAN travaillent avec le personnel de la FDA pour résoudre ce problème, a déclaré la directrice.

Ils travaillent également sur une pénurie de thermomètres. Mayne a abordé le problème du thermomètre en réponse à une question d'un participant. Le participant a déclaré que certaines localités exigent des restaurants qu’ils vérifient la température de leurs employés au début de leur quart de travail. Mais les responsables de la santé publique ne savent pas comment obtenir plus de thermomètres.

Mayne a déclaré que les entreprises devraient continuer à travailler avec les responsables locaux et nationaux de la santé publique. Elle a également encouragé tous les participants à voir la section FAQs du site Internet de la FDA. Les questions sur les lignes d'approvisionnement doivent être adressées à la Federal Emergency Management Agency (FEMA), a-t-elle déclaré.

Les entreprises devraient également suivre toutes les réglementations nationales et locales en matière de sécurité des aliments, que les autorités locales et nationales devraient appliquer.

Michael Rogers, Commissaire adjoint de la FDA pour les opérations alimentaire humaine et animale
Selon le commissaire adjoint Rogers, un aspect de la chaîne d'approvisionnement qui est surveillé de près est la façon dont les différentes restrictions en matière de déplacements juridictionnels affectent le mouvement des aliments.

Les autres maillons de la chaîne d'approvisionnement qui sont touchés par les changements liés à l'épidémie du virus comprennent les inspections en sécurité sanitaire des aliments.

Toutes les inspections nationales de routine qui ne sont pas essentielles à la mission seront reportées jusqu'à nouvel ordre. Ces inspections sont généralement effectuées tous les 3 à 5 ans, en fonction de plusieurs facteurs impliqués dans chaque entreprise alimentaire. La FDA reporte également la plupart des inspections des installations étrangères pour le moment, en partie à cause des restrictions de voyage.

Rogers a déclaré que les situations « essentielles à la mission » comprennent, mais sans s'y limiter, les rappels de classe 1, les éclosions de maladies d'origine alimentaire et un lien spécifique vers le coronavirus.

Une condition des inspections essentielles à la mission, a déclaré Rogers, est la sécurité du personnel d'inspection. Si leur sécurité ne peut être garantie, l'inspection ne sera pas effectuée. Il n'a pas précisé quelles mesures pourraient être prises en lieu et place des inspections dans de telles situations.

Rappels et affaires courantes
Les participants de l'industrie ont posé des questions opérationnelles au panel de la FDA, auxquelles Mayne du CFSAN a répondu pour la plupart.

Un producteur d'aliments a demandé s'il y aurait des retenues obligatoires de produit si un employé d'une entreprise alimentaire était positif pour le virus. Mayne a déclaré qu'aucun produit comme cela n'est en place. Elle a également déclaré qu'il n'y aurait pas de rappels obligatoires si un employé d’une entreprise alimentaire était positif.

Un fabricant de produits alimentaires a demandé si l'ensemble de l'industrie alimentaire pouvait s'attendre à poursuivre ses activités comme d'habitude sous la désignation gouvernementale de « secteur critique ».

Mayne a déclaré que l'industrie alimentaire est absolument considérée comme un secteur critique en vertu des lois sur la sécurité intérieure.

NB : Pour l’instant, il n’y a pas de FAQs en France au sujet de la sécurité sanitaire des aliments et le coronavirus.

De l'évolution de Listeria monocytogenes dans une usine de transformation des aliments


Cet article publié, en intégralité et gratuitement, dans la revue Applied and Environmental Microbiology a pour titre, « L'évolution de Listeria monocytogenes dans une usine de transformation des aliments implique des substitutions limitées d'un seul nucléotide mais une diversification considérable par le gain et la perte de prophages* ».

Résumé
Le séquençage du génome entier (WGS pour Whole-genome sequencing) devient la méthode standard pour le sous-typage de Listeria monocytogenes. L'interprétation des données WGS pour les isolats provenant des aliments et des environnements associés est cependant difficile en raison d'un manque de données détaillées sur l'évolution de Listeria dans les installations de transformation.

Ici, nous avons utilisé les données WGS précédemment collectées pour 40 isolats de L. monocytogenes obtenus dans une usine de transformation de saumon fumé à froid entre 1998 et 2015 pour démontrer l'évolution moléculaire de L. monocytogenes dans cette installation, combinée à une évaluation phénotypique d'isolats sélectionnés.

Les isolats représentaient trois clusters (1, 2 et 3) ; les isolats du groupe 3 (n = 32) ont été obtenus sur 18 ans. Le taux de mutation moyen pour le groupe 3 a été estimé à 1,15 × 10−7 changements par nucléotide par an (∼0,35 changements par génome par an) ; on estime que les ancêtres communs les plus récents des sous-groupes 3a et 3b se sont produits vers 1958 et 1974, respectivement, à l'âge de l'établissement, ce qui suggère une persistance sur le long terme dans cet établissement.

Une grande diversité de prophages a été observée dans les sous-clusters 3a et 3b, qui ont un profil de prophage partagé et six profils de prophage uniques pour chaque sous-cluster (avec 16 profils de prophage retrouvés parmi les 40 isolats). L'opéron de tolérance aux ammonium quaternaires bcrABC a été retrouvé dans tous les isolats des clusters 2 et 3, tandis que le gène de tolérance au désinfectant, le transposon qacH (tolérance aux ammonium quaternaires) a été retrouvé dans un isolat du cluster 1; la présence de ces gènes était corrélée à la capacité de survivre à des concentrations accrues de désinfectants.

Les isolats sélectionnés ont montré une variation significative dans la capacité de se fixer aux surfaces, les isolats persistants se fixant mieux que les isolats transitoires à 21°C.

Importance
Les connaissances sur l'évolution génétique de L. monocytogenes dans les installations de transformation alimentaire sur plusieurs années font généralement défaut.

Ces informations sont essentielles pour interpréter les résultats du WGS impliquant des aliments ou des isolats associés aux aliments.

Cette étude suggère que L. monocytogenes qui persiste dans les installations de transformation peut évoluer avec un faible taux de mutation d’un seul nucléotidique principalement dû à une sélection négative (c'est-à-dire purificatrice) mais avec une diversification rapide des prophages.

Par conséquent, l'isolement de L. monocytogenes avec peu de différences de polymorphisme d’un seul nucléotidique dans différents endroits (par exemple, les ateliers fournisseurs et les ateliers récepteurs) est possible, soulignant l'importance des métadonnées épidémiologiques et détaillées des isolats pour interpréter les données WGS dans l'enquête de traçabilité.

Notre étude montre également comment les analyses des données WGS avancées peuvent être utilisées pour soutenir les efforts d'analyse des causes profondes et peuvent, par exemple, localiser le moment où un événement de persistance a commencé (qui pourrait alors potentiellement être lié aux changements d'installations, à l'introduction de nouveaux équipements, etc. ).

Dans la conclusion, les auteurs notent,

Dans cette étude, nous avons montré que dans les conditions environnementales retrouvées dans une installation de fumage de poissons, L. monocytogenes évolue plus lentement que ce qui avait été estimé précédemment sur la base d'isolats humains et animaux.

De plus, nous avons également montré que la diversification du prophage est répandue et se produit beaucoup plus rapidement que la diversification d’un seul nucléotidique.

Par conséquent, l'isolement des souches de L. monocytogenes avec peu de différences du polymorphisme d’un seul nucléotidique à différents endroits (par exemple, les ateliers fournisseurs et les ateliers récepteurs) est possible, soulignant l'importance des métadonnées épidémiologiques et isolées détaillées pour interpréter les données du WGS dans les enquêtes de traçabilité. Par exemple, alors que l'isolement d'isolats presque identiques à partir d'équipements en contact avec les aliments immédiatement après désinfection serait un signe de persistance, l'isolement répété dans une zone de matières premières à fort trafic pendant la production pourrait également être dû à la réintroduction. Ce défi est soutenu par le fait que nous avons identifié un isolat étroitement lié au sous-cluster 3b, qui persistait dans l'établissement X évalué ici, dans un autre établissement voisin, semblable aux résultats d'une étude précédente qui a également identifié des isolats de L. monocytogenes étroitement apparentés (< 4 différences du polymorphisme d’un seul nucléotidique) dans des établissements de distribution dans deux États différents aux États-Unis. Bien que nous croyions que cette étude fournisse des résultats clés qui peuvent aider les services réglementaires et l'industrie alimentaire à mieux interpréter les données du WGS de L. monocytogenes provenant d’aliments et des isolats associés aux aliments, de futures études similaires dans des installations avec différentes conditions environnementales seront nécessaires pour fournir une plus large contexte et des résultats plus généralisables. Surtout, nos données suggèrent également que les estimations des ancêtres communs les plus récents pourraient être en mesure d'aider à identifier des événements spécifiques (par exemple, des expansions) qui pourraient avoir été associés à l'introduction de L. monocytogenes persistants ; cette approche peut être utile pour les efforts d'analyse des causes profondes.

*Un prophage est un génome de bactériophage inséré et intégré dans le chromosome d'ADN bactérien circulaire ou existe sous forme de plasmide extrachromosomique.

mercredi 18 mars 2020

De la variabilité des souches de Listeria monocytogenes avec un stress au NaCl


Voici un article paru dans la revue Applied and Environmental Microbiology et qui pour titre, « Variabilité des souches de Listeria monocytogenes avec un stress au NaCl élucidée par un protocole d'assemblage et d'analyse de données de croissance microbienne à haut débit ».

Résumé
Listeria monocytogenes provoque une grave maladie d'origine alimentaire, la listériose et survit dans les environnements associés aux ateliers alimentaires en raison de sa tolérance élevée au stress. Un protocole d'assemblage et d'analyse des données pour des expériences de croissance microbienne a été compilé pour élucider la variabilité des souches de la tolérance au stress de L. monocytogenes.

Le protocole comprend la mesure de la capacité de croissance sous contrainte (étape 1), la sélection d'une méthode appropriée pour le calcul des paramètres de croissance (étape 2), la comparaison des profils de croissance entre les souches (étape 3) et l'interprétation biologique des différences découvertes (étape 4).

Dans l'étape 1, des souches de L. monocytogenes (n = 388) de divers sérotypes et origines cultivées sur des milieux avec 9,0% de NaCl ont été mesurées en utilisant un lecteur de microbiologie Bioscreen C. La variabilité technique des mesures de croissance a été évaluée et éliminée.

À l'étape 2, les paramètres de croissance déterminés par les modèles Gompertz, Gompertz modifié, logistique et Richards et les splines sans modèle ont été comparés, illustrant les différences dans l'aptitude de ces méthodes à décrire les données expérimentales.

À l'étape 3, un regroupement hiérarchique a été utilisé pour décrire la tolérance au NaCl de L. monocytogenes mesurée par la variation spécifique de la souche à la capacité de croissance ; les souches tolérantes avaient des taux de croissance et des densités optiques maximales plus élevés et des phases de latence plus courtes que les souches sensibles. La zone du paramètre spline sous la courbe a classé les souche en croissance « pauvre », « moyenne » et « bonne ».

À l'étape 4, les souches testées de la lignée I de L. monocytogenes (sérovars 4b et 1/2b) se sont révélées significativement plus tolérantes envers 9,0% de NaCl que les souches de la lignée II (sérovars 1/2a, 1/2c et 3a). Notre protocole fournit des outils systématiques pour obtenir des données comparables pour étudier la variation spécifique de la souche lors d’une croissance bactérienne sous stress.

Importance
Le pathogène Listeria monocytogenes provoque une listériose d'origine alimentaire, qui peut être mortelle chez les personnes immunodéprimées. L. monocytogenes tolère plusieurs facteurs de stress environnementaux et peut persister dans les environnements de transformation alimentaire et croître dans les denrées alimentaires malgré les mesures de contrôle traditionnelles telles qu'une teneur élevée en sel.

Néanmoins, les souches de L. monocytogenes diffèrent par leur capacité à résister aux facteurs de stress. L'élucidation de la variabilité des souches intraspécifiques de la tolérance au stress de L. monocytogenes est cruciale pour l'identification des souches particulièrement tolérantes.

Pour améliorer l'identification fiable de la variabilité des phénotypes de tolérance au stress bactérien, nous avons compilé un protocole à grande échelle pour l'ensemble des données et l'analyse des expériences de croissance microbienne, fournissant une approche systématique et une liste de contrôle pour les expériences sur la capacité de croissance spécifique de la souche. Notre étude a illustré la diversité et la variation spécifique des souches de L. monocytogenes à la tolérance au stress avec une portée sans précédent et a permis de découvrir des phénotypes dépendant du sérotype et de la lignée biologiquement pertinente de la tolérance au NaCl.


Acte de contrition ? Le gouvernement remercie les agriculteurs, les salariés des coopératives, des PME, des industries agroalimentaires et des distributeurs ...


« Le gouvernement remercie la filière agroalimentaire », source agri-mutuel.
Dans un courrier commun, les ministres de l’économie et de l’agriculture ont remercié les acteurs de la fabrication et de l’approvisionnement alimentaire des Français dans cette période de crise. « Dès le début de la crise, dès que les premiers signes d’inquiétude ont saisi nos concitoyens, vous avez répondu présents. La sécurisation du processus de fabrication et d’approvisionnement des denrées alimentaires est un enjeu crucial et stratégique », ont rappelé Bruno Le Maire et Didier Guillaume dans un courrier du 17 mars, envoyé aux différents représentants de la chaîne alimentaire.
« J’ai tenu à saluer et remercier les agriculteurs, les salariés des coopératives, des PME, des industries agroalimentaires et des distributeurs qui sont essentiels pour notre chaîne alimentaire », a précisé le ministre de l’agriculture dans un communiqué relayant ce courrier.
« Nous comptons sur vous », rappellent les deux ministres dans « ce message d’encouragement et de reconnaissance du Gouvernement de la France ». « Nous sommes en mesure d’assurer aux Français qu’ils pourront se nourrir sûrement et sans privation », ajoute le courrier. Depuis quelques jours, le ministre de l’agriculture rappelle en effet dans toutes ses interventions médiatiques que l’approvisionnement alimentaire serait assuré et qu’il n’y aura pas de privation, alors que les Français se sont rués dans les magasins d’alimentation pour faire des stocks.

Sur son blog notes, Olivier Masbou rapporte « je pourrais relever qu’il a fallu un coronarivus pour que notre Président découvre enfin que « déléguer notre alimentation à d’autres… est une folie », mais à quoi bon ».


Déjà indiqué en haut de l'article, on lira aussi avec intérêt l’éditorial de Jean-Paul Pelras de l’Agri du 18 mars, « Ces paysans, ces ruraux, redevenus fréquentables ! »
Extrait
Voilà à peine une vingtaine de jours, j’écrivais des tribunes et des éditoriaux visant à dénoncer l’acharnement dont le monde agricole et notre ruralité sont victimes au quotidien. L’agribashing, avec son lot de controverses et de détracteurs, était un des mots les plus employés du moment.
À la faveur d’un évènement organisé Porte de Versailles, certains passaient leur temps à condamner le modèle agricole français tout en idéalisant, depuis Lutèce, sur ce que pourraient devenir nos campagnes. Bien évidemment les environnementalistes, les ONG et quelques journalistes profitant de ce prisme populaire s’exprimaient en boucle pour stigmatiser « les empoisonneurs » de service. Ces empoisonneurs à qui ces mêmes environnementalistes, aux manettes dans bon nombre d’administrations, ont imposé les zones de non-traitement, les directives nitrates,la loi sur l’eau, les mises aux normes et la présence du loup sur les estives, pour ne citer que ces mesures contraignantes, coûteuses et coercitives. Et puis, quelque part, à l’autre bout du monde sur un marché chinois, un marchand de pangolins a serré la main qu’il ne fallait pas. La suite nous la connaissons tous. Enfin, disons qu’à l’heure où je rédige ces lignes, nous sommes des milliards à croiser les doigts. Résultat des courses, la nourriture est devenue, entre deux allocutions présidentielles, la première préoccupation de nos contemporains.


Complément du 20 mars. Le ministre de l'agriculture a envoyé un tweet,
Lettre envoyée aux #agriculteurs et salariés agricoles, premier maillon de la chaîne alimentaire dont le travail quotidien est primordial pour alimenter nos assiettes, aujourd’hui et demain.« Cela est essentiel et nous vous le devons »

Angleterre et Pays de Galles : Le nombre de cas attribués aux aliments contaminés par Listeria augmente mais reste faible


« Le nombre de cas attribués aux aliments contaminés par Listeria augmente mais reste faible », source article de Joe Whitworth paru le 18 mars 2020 dans Food Safety News.

La proportion d'infections à Listeria où une origine alimentaire a été identifiée est très faible mais en augmentation, selon des chercheurs qui ont étudié une période de 30 ans en Angleterre et au Pays de Galles.

Entre 1981 et 2015, 5 252 cas de listériose humaine ont été enregistrés dans les deux pays. Ce n'est pas souvent qu'une exposition spécifique est identifiée en raison de la longue période d'incubation de Listeria, du faible taux d'attaque, de la colonisation prolongée dans les installations de production et de la complexité de la chaîne alimentaire, ont rapporté les chercheurs.

L'étude, publiée dans la revue Epidemiology and Infection, a examiné la listériose d'origine alimentaire en Angleterre et au Pays de Galles avant l'introduction du séquençage du génome entier (WGS) par le laboratoire national de référence de Public Health England (PHE) en 2015.

La proportion de tous les cas liés à des aliments spécifiques était de 3% entre 2002 et 2006 avec la mise en œuvre du polymorphisme de longueur des fragments amplifiés (AFLP pour amplified fragment length polymorphism) et de 5% entre 2007 et 2015 avec AFLP fluorescent comme principal outil de typage discriminatoire. Sur 500 cas de listériose, le WGS a augmenté le pourcentage de cas détectés liés à des aliments spécifiques d’environ 10%.

Avant 1987, il y avait entre 58 et 136 cas signalés par an et de 1987 à 1989, ce nombre était passé de 237 à 278 cas par an. Il y a eu une baisse entre 1990 et 2001 avec des totaux annuels de 90 à 146. Le nombre est passé de 139 à 233 de 2002 à 2015.

Éclosions dans des hôpitaux dues à des sandwichs
Il y a eu une éclosion avec 378 personnes malades associées à la consommation de pâté et 112 cas attribués à des aliments spécifiques dans les autres incidents. Pour les 5 252 cas, il y a eu 28 incidents, ou 480 cas, où des aliments spécifiques étaient associés à la transmission de la listériose.

Les 28 incidents comprenaient 11 cas sporadiques et 17 éclosions. Dix incidents se sont produits dans des hôpitaux avec 37 cas et les 18 autres avec 443 cas se sont produits en ville.

La grande éclosion survenue entre 1987 et 1989 a entraîné 51 pour cent des cas signalés attribués à un aliment au cours de cette période. Entre 1981 et 2001 et en excluant cette flambée, moins de 0,8% des cas étaient liés à la consommation d'aliments spécifiques.

Les 10 incidents dans les hôpitaux étaient un seul cas sporadique et neuf flambées de deux à neuf personnes. Tous étaient associés à des sandwichs pré-préparés et un impliquait également une salade. Le principal type d'aliment associé à la transmission de la listériose en Angleterre et au Pays de Galles de 1981 à 2015 était des sandwichs préparés à l'avance servis dans les hôpitaux.

En 2019, six personnes sont décédées après avoir mangé des sandwichs au poulet fournis aux hôpitaux par la Good Food Chain. La viande a été produite par North Country Cooked Meats et distribuée par North Country Quality Foods.

La durée de toutes les flambées allait de quatre jours à 32 mois. Tous les cas se sont produits chez des adultes immunodéprimés âgés de plus de 60 ans, à l'exception d'une éclosion qui a touché cinq femmes enceintes et leurs enfants à naître qui ont mangé des sandwichs dans un magasin de détail à l'hôpital pendant qu'elles fréquentaient des services de pré-natalité.

Dans neuf des incidents, Listeria monocytogenes du même type a été récupérée à partir d'échantillons de patients et de sandwichs impliqués prélevés soit à l'hôpital, soit au point de fabrication.

Les sandwichs avec diverses garnitures étaient contaminés par les souches impliquées : sept avaient des types liés à de la viande cuite, deux des œufs, cinq du fromage, six de la salade ou d'autres matières végétales et cinq du poisson ou des crustacés. Dans huit incidents, la souche a été récupérée sur l’environnement des sites, des ustensiles ou des équipements dans les environnements de production des sandwichs et a fourni une preuve de contamination croisée (ou transfert de contamination) dans ces usines. Il y avait des preuves d'un mauvaise maîtrise de la température (supérieure à 8°C) des sandwichs dans les hôpitaux dans cinq des incidents.

Occasions manquées de prévention
Les 18 incidents en ville comprenaient huit éclosions et 10 cas sporadiques : des aliments d'origine animale ont été impliqués dans 16 événements tels que des viandes tranchées, des tartes de viande de porc, du pâté, du foie, du poulet, de la chair de crabe, du beurre et du fromage à pâte molle et des olives et la purée de légumes. dans les deux autres.

Il y a eu une grande éclosion de 378 cas liés à du pâté, quatre avec 10 à 17 cas et les trois autres avaient entre trois et cinq cas. Cinq foyers ont duré entre un et sept mois et les trois autres sur plusieurs années. Dans quatre éclosions, Listeria a été isolée avant le début d’apparition du premier cas qui ont duré trois mois, neuf mois, 1,75 ans ou 2,5 ans.

Les chercheurs ont déclaré que le laps de temps considérable entre la reconnaissance des problèmes d'hygiène et le début des premiers cas représentait des occasions manquées de prévenir la maladie.

Dans les huit éclosions, Listeria monocytogenes ne pouvait pas être distingué parmi les échantillons cliniques des patients et les échantillons d'aliments. Des souches de Listeria monocytogenes associées aux cas ont été récupérées à partir d'aliments prélévés dans : le réfrigérateur domestique d'un patient dans une éclosion ; les mêmes distributeurs utilisés par les patients dans trois éclosions et dans les aliments ou les sites environnementaux collectés lors de la production dans sept éclosions.

La PHE gère un réseau de laboratoires de contrôle officiel en Angleterre qui testent chaque année 25 000 échantillons alimentaires et environnementaux pour Listeria. Cela génère plus de 700 isolats de Listeria monocytogenes envoyés pour caractérisation au laboratoire de référence.

Les chercheurs ont déclaré que la bactérie Listeria monocytogenes récupérée à la suite d'analyses indépendantes d'échantillons de la chaîne alimentaire ainsi que d'échantillons d'aliments provenant des réfrigérateurs des patients devrait être considérée comme un élément essentiel de la surveillance de la listériose. Il est également important d'intégrer des données sur plusieurs années sur une base nationale et internationale.

mardi 17 mars 2020

Mise à jour par l'Anses de la fiche de danger biologique transmissible par les aliments relative à Cryptosporidium spp

L’Anses rapporte :
Le récent cas de contamination de l’eau destinée à la consommation humaine qui affecte encore à ce jour la distribution de l’eau à une population significative illustre pleinement le rôle de l’eau comme véhicule potentiel d’un grand nombre de micro-organismes pathogènes pour l’Homme et en particulier de la forme de résistance de ce parasite unicellulaire. Cette épidémie de cryptosporidiose rappelle toute l’importance à accorder à la prévention primaire illustrée notamment par les travaux de l’Agence portant sur la question des eaux utilisées en industrie agroalimentaire et l’approche à adopter en termes d’analyses des dangers spécifiquement liés au réseau d’eau destinée à la consommation humaine dans un site agroalimentaire.

Il est vrai qu'il y a eu « Le récent cas de contamination de l’eau destinée à la consommation humaine qui affecte encore à ce jour la distribution de l’eau à une population significative », et dont on ne sait plus grand chose depuis le dernier communiqué de l’ARS PACA du 14 janvier.

Le dernier bilan faisait état de 155 personnes atteintes de cryptosporidiose. Le blog vous avait entretenu de cette contamination dans plusieurs articles (12) dont un article du 28 janvier, « Les suites de l'épidémie de cryptosporidiose dans les Alpes-Maritimes, c'est du Pagnol ! »

Pour l’Anses,
Suite à l’expertise collective, la fiche de danger biologique transmissible par les aliments relative à Cryptosporidium spp. a été mise à jour.

Voies de transmission
L'origine de la contamination est fécale à partir d'un hôte infecté. La transmission peut se faire par l'ingestion d'oocystes (directement infectants après leur émission) ou par contact avec des hôtes infectés. Le personnel médical et paramédical, les éleveurs, les vétérinaires sont particulièrement exposés à ce parasite. L’eau est le principal véhicule de la contamination, mais les oocystes peuvent aussi être disséminés par les oiseaux, les coquillages filtreurs, les insectes (mouches), le matériel d'élevage souillé (blouses, bottes). La part respective des différentes sources ou modalités de contamination (interhumaine, alimentaire, environnementale) n’est pas connue. Les voyages dans des pays à faible niveau d’hygiène peuvent être considérés comme un facteur de risque de contracter une cryptosporidiose.

Il s’en suit des recommandations :

Recommandations pour la production primaire
- Renforcer les mesures d’hygiène au contact de sujets ou d’animaux malades (port de gants, etc.). Éviter les contacts entre ruminants nouveau-nés et animaux malades. Apporter une information sur la cryptosporidiose et sa prévention aux personnels concernés.

- Les productions de fruits et légumes en culture irriguée par aspersion et la conchyliculture devraient faire l’objet d’une attention particulière. Le danger Cryptosporidium devrait être pris en compte dans les études de profil de vulnérabilité des zones conchylicoles pour prévenir la contamination de ces eaux. Il devrait également être pris en considération lors d’une demande d’autorisation d’utilisation de ressource en eau potable, en priorité dans les ressources considérées comme à risque.

Recommandations aux opérateurs
- Cryptosporidium devrait être pris en compte dans l’analyse des dangers par les opérateurs concernés par les aliments qui sont immergés ou irrigués par aspersion par de l’eau potentiellement contaminée. Des mesures de maîtrise appropriées devraient être prises en conséquence.

- Ce danger devrait être pris en compte lors d’une demande d’autorisation d’utilisation de ressource en eau potable, en priorité dans les ressources considérées comme à risque. Le personnel de cuisine ou toute personne amenée à manipuler des aliments, surtout ceux destinés à être consommés crus ou peu cuits, devrait être sensibilisé sur le risque féco-oral et le respect des mesures d’hygiène strictes (lavage soigneux des mains).

Recommandations aux consommateurs
- Respecter les règles d'hygiène domestique concernant notamment : le lavage soigneux des mains en sortant des toilettes, après avoir changé une couche et après contact avec des animaux et leurs déjections, et le lavage soigneux des ustensiles de cuisine et des plans de travail, en particulier avant de manipuler des aliments.

- Laver soigneusement les aliments pouvant être souillés par des oocystes de Cryptosporidium : salades, radis, carottes, fraises, etc. Cuire les aliments si les conditions de lavage ne peuvent pas être appliquées par manque d’eau destinée à la consommation humaine.
- Autres recommandations importantes, notamment pour les personnes immunodéprimées et les jeunes enfants, et dans les pays à faible niveau d’hygiène : ne pas boire d’eau de surface non traitée ou d’eau provenant d’un puits ou d’une source non contrôlés ; éviter la consommation de jus de fruits frais non pasteurisés, de glace dont la provenance ou les modalités de préparation ne sont pas sûres, ou encore de coquillages crus, s’ils ne proviennent pas d’une zone d’élevage autorisée ou contrôlée. - Éviter le contact avec des selles et avec des animaux infectés (visites de fermes, etc.

Une étude révèle que le coronavirus se propage rapidement et parfois avant que les personnes ne présentent des symptômes


Une étude révèle que le coronavirus se propage rapidement et parfois avant que les personnes ne présentent des symptômes, source Science Daily.

Des chercheurs en maladies infectieuses de l'Université du Texas à Austin qui ont étudié le nouveau coronavirus ont pu identifier la vitesse de propagation du virus, un facteur qui peut aider les responsables de la santé publique dans leurs efforts de confinement. Ils ont constaté que le temps entre les cas dans une chaîne de transmission est inférieur à une semaine et que plus de 10% des patients sont infectés par une personne qui a le virus mais qui n'a pas encore de symptômes.

Dans l'article sous presse avec la revue Emerging Infectious Diseases, une équipe de scientifiques des États-Unis, de la France, de la Chine et de Hong Kong a pu calculer ce qu'on appelle l'intervalle sériel du virus. Pour mesurer l'intervalle sériel, les scientifiques examinent le temps qu'il faut pour que les symptômes apparaissent chez deux personnes atteintes du virus: la personne qui en infecte une autre et la deuxième personne infectée.

Les chercheurs ont constaté que l'intervalle sériel moyen pour le nouveau coronavirus en Chine était d'environ quatre jours. C'est également l'une des premières études à estimer le taux de transmission asymptomatique.

La vitesse d'une épidémie dépend de deux choses - combien de personnes chaque cas infecte et combien de temps il faut pour que l'infection se propage.

La première quantité est appelée numéro de reproduction; le second est l'intervalle sériel.

Le court intervalle sériel du COVID-19 signifie que les épidémies émergentes vont se développer rapidement et pourraient être difficiles à arrêter, ont déclaré les chercheurs.

« Ebola, avec un intervalle sériel de plusieurs semaines, est beaucoup plus facile à contenir que la grippe, avec un intervalle sériel de quelques jours seulement. Les intervenants en santé publique des épidémies d'Ebola ont beaucoup plus de temps pour identifier et isoler les cas avant qu'ils n'infectent d'autres personnes », a déclaré Lauren Ancel Meyers, professeur de biologie intégrative à l'UT Austin. « Les données suggèrent que ce coronavirus peut se propager comme la grippe. Cela signifie que nous devons agir rapidement et de manière agressive pour endiguer la menace émergente. »

Meyers et son équipe ont examiné plus de 450 rapports de cas d'infection dans 93 villes de Chine et ont trouvé les preuves les plus solides à ce jour que des personnes sans symptômes doivent transmettre le virus, connu sous le nom de transmission pré-symptomatique. Selon le journal, plus d'une infection sur 10 était due à des personnes infectées par le virus mais qui ne se sentaient pas encore malades.

Auparavant, les chercheurs avaient une certaine incertitude quant à la transmission asymptomatique avec le coronavirus. Ces nouvelles données probantes pourraient fournir des orientations aux responsables de la santé publique sur la manière de contenir la propagation de la maladie.

« Cela prouve que des mesures de contrôle étendues, y compris l'isolement, la mise en quarantaine, les fermetures d'écoles, les restrictions de voyage et l'annulation des rassemblements de masse peuvent être justifiées », a déclaré Meyers. « La transmission asymptomatique rend définitivement le confinement plus difficile. »

Meyers a souligné qu'avec des centaines de nouveaux cas qui émergent chaque jour dans le monde, les données peuvent offrir une image différente au fil du temps. Les rapports de cas d'infection sont basés sur les souvenirs des gens de l'endroit où ils sont allés et avec qui ils ont été en contact. Si les responsables de la santé agissent rapidement pour isoler les patients, cela peut également fausser les données.

« Nos résultats sont corroborés par des cas de transmission silencieuse et une augmentation du nombre de cas dans des centaines de villes à travers le monde », a déclaré Meyers. « Cela nous indique que les épidémies à COVID-19 peuvent être difficiles à atteindre et nécessitent des mesures extrêmes. »

Zhanwei Du de l'Université du Texas à Austin, Lin Wang de l'Institut Pasteur de Paris, Xiaoke Xu de l'Université Dalian Minzu, Ye Wu de l'Université normale de Pékin et Benjamin J. Cowling de l'Université de Hong Kong ont également contribué à l’étude. Lauren Ancel Meyers est titulaire de la chaire Denton A. Cooley Centennial en zoologie à l'Université du Texas à Austin.

La recherche a été financée par les National Institutes of Health des États-Unis et la National Natural Science Foundation of China.