Près
de 50 personnes sont tombées malades en France avec des infections à
Salmonella l'année dernière liées à du poulet d'un
abattoir. Des cas à Salmonella présents dans
de la viande bovine en provenance d'Allemagne ont également été
documentés.
Sans
le séquençage du génome entier (WGS), l'épidémie persistante de
faible intensité n'aurait pas pu être détectée, selon une
présentation à la Conférence scientifique européenne sur
l'épidémiologie appliquée aux
maladies infectieuses (European Scientific Conference on Applied
Infectious Disease Epidemiology ou ESCAIDE), organisée par le Centre
européen de prévention et de contrôle des maladies.
Des
scientifiques ont recommandé de renforcer la surveillance par le
séquençage systématique de tous les isolats humains, alimentaires
et environnementaux de Salmonella.
En
juin 2020, le Centre National de Référence de Salmonella
a signalé à Santé Publique de France un cluster de cas à
Salmonella de sérotype 4,5,12:i:- identifiés par le WGS
depuis janvier 2020.
Quarante-neuf
cas ont été détectés dont 46 résidant en Ile-de-France. Ils
étaient âgés de quelques mois à 76 ans avec une médiane de 3
ans. Parmi les 24 personnes interrogées, l'apparition des symptômes
s'est déroulée du 15 janvier au 18 octobre 2020. Neuf patients ont
été hospitalisés mais aucun décès n'a été enregistré.
Vingt-trois
patients ont déclaré avoir mangé du poulet et huit personnes
malades ont acheté de la viande directement dans un abattoir. Les
enquêtes sur le lieu d'achat pour d'autres cas ont été entravées
par une documentation de traçabilité inadéquate des canaux de
distribution, ont rapporté des responsables.
Les
inspections à l'abattoir ont identifié plusieurs lacunes en matière
d'hygiène dans l'entretien des équipements et les pratiques du
personnel. Fin juillet, la souche épidémique a été isolée dans
des échantillons de poulet et de l'environnement sur le site.
L'abattoir
a été fermé de fin juillet à fin septembre et les pratiques
d'hygiène ont été corrigées. Quatre personnes malades
interrogées, sur 10, ont rapporté après la fermeture de
l'abattoir, avoir toutes mangé du poulet acheté avant sa fermeture
et congelé après achat. Aucun autre cas n'a été identifié après
la mi-octobre 2020.
Source
Résumé du poster
d’Athinna Nisavanh proposé dans ce document
et disponible en fin d’article*, Using
WGS for the detection of a persistent low-level outbreak of
Salmonella
serotype 4,5,12:i:- (monophasic variant of S.Typhimurium) in Ile de
France region in 2020, France.
Salmonella
dans de
la viande bovine d'Allemagne
Dans
une autre présentation, le laboratoire national de référence a
informé l'Institut norvégien de santé publique (FHI) d'une
éventuelle épidémie fin février de cette année après que cinq
cas de Salmonella Enteritidis ont été identifiés par le WGS
et quatre d'entre eux ont été hospitalisés.
Au
total, 30 personnes malades ont été identifiées, avec plus de
femmes que d'hommes malades, âgées de 2 à 91 ans avec un âge
médian de 59 ans. Les patients vivaient dans neuf comtés
différents. Treize personnes ont été hospitalisées, une a
développé une septicémie, mais aucun décès n'a été signalé.
Huit
personnes malades ont été interrogées avec un questionnaire
standardisé sur Salmonella afin d’évaluer la consommation
alimentaire une semaine avant l'apparition des symptômes. Les autres
disposaient d'un questionnaire ciblé portant sur de la viande hachée
et les produits de bœuf. Dans l'ensemble, 15 des 19 patients
interrogés ont consommé de la viande hachée bovine tandis que huit
ont mangé de la viande hachée non cuite.
Après
que l'Institut vétérinaire norvégien ait partagé les données WGS
d'isolats récents de Salmonella Enteritidis à partir
d'échantillons de viande, il a été découvert qu'un isolat d'une
carcasse bovine provenant d'Allemagne correspondait à la souche
épidémique. Cette souche a également été détectée chez des
patients du Danemark et de France mais les enquêteurs n'ont pas pu
confirmer la même source.
Les
conseils aux résidents norvégiens leur ont dit de ne pas consommer
de viande hachée crue et il a été rappelé aux importateurs de
suivre la réglementation. Un examen des lignes directrices sur les
essais d'importation pour la viande a également été recommandé.
Listeria
dans de la truite fumée a rendu
malades 50 personnes
Une
troisième présentation a donné plus de détails sur les incidents
qui avaient déjà été signalés. Il s'agissait d'une épidémie
mortelle à
Listeria liée à la truite fumée.
L'épidémie
à
Listeria monocytogenes a touché quatre pays et a été
détectée par séquençage du génome entier d'isolats cliniques en
Allemagne en octobre 2020.
De
septembre 2020 à août 2021, 54 patients ont été identifiés, dont
33 de sexe masculin. La tranche d'âge allait de 0 à 93 ans avec une
médiane de 79 ans. Trois personnes sont décédées. Deux cas
étaient liés à la grossesse, dont un nouveau-né atteint de sepsis
et de méningite.
Quarante-neuf
malades ont été signalés en Allemagne, deux en Autriche et au
Danemark et un en Suisse. Seize des 19 patients interrogés avaient
mangé de la truite fumée.
Le
même type de Listeria monocytogenes qui avait rendu des
personnes malades a été retrouvé dans
de la truite fumée d'une marque analysée en Bavière, Allemagne, et
dans un échantillon d'un sachet
vide de truite dans
le réfrigérateur d'un patient en
Rhénanie-Palatinat, Allemagne.
Des
investigations menées à l'usine de transformation au Danemark ont
identifié Listeria monocytogenes mais ce n'était pas le même
type qui avait rendu les personnes
malades et la source de contamination n'a pas été trouvée.
Comme
la truite fumée était le véhicule probable de l'épidémie, elle a
été rappelée en Allemagne en décembre 2020 et les autorités
alimentaires danoises ont renforcé les contrôles dans
l'installation de transformation de la truite. Après le rappel, le
nombre de cas a diminué, le dernier cas
a ei lieu en
mai 2021 en Allemagne.
*Résumé
du poster cité plus haut.
Using
WGS for the detection of a persistent low-level outbreak of
Salmonella
serotype 4,5,12:i:- (monophasic variant of S.Typhimurium) in Ile de
France region in 2020, France.
Background
In
June 2020, the National Reference Centre for Salmonella (NRC)
reported to Santé publique France a new genomic cluster of
Salmonella serotype 4,5,12:i:- identified by Whole Genome Sequencing
(WGS) since January 2020. We investigated to assess the extent of the
outbreak, the vehicle of transmission and implement control measures.
Methods
We
defined a case as a person with S.4,5,12:i:- isolated in stool since
January 2020, belonging to genomic cluster HC5_143285 (cgMLST). Data
on risk exposures was collected by telephone interviews. Implicated
premises were inspected, and trace-back/trace-forward investigations
were conducted. Food and environmental samples were cultured for
Salmonella and WGS was performed on all isolates.
Results
Forty-nine
cases were identified with 46 (94%) living in Ile-de-France region.
Among cases interviewed (n=24), symptom onset ranged from 15
January-18 October. Twenty-three (96%) reported having eaten chicken.
No other common exposures were identified. Eight cases (33%) reported
buying meat directly from slaughterhouse X. Trace-back investigations
for the place of purchase for other cases was hampered by inadequate
documentation of distribution channels. Inspections at slaughterhouse
X identified several hygiene deficiencies in equipment maintenance
and staff practices. On 27 July, the outbreak strain was isolated in
chicken and environmental samples at slaughterhouse X.
Conclusions
Our
findings identified chicken meat from slaughterhouse X as the most
likely vehicle of transmission. To prevent further cases,
slaughterhouse X was closed from 29 July-25 September, and hygiene
practices were corrected. No further cases were identified after 20
October 2020. This outbreak highlights the importance of equipment
maintenance and adherence to hygiene procedures among staff in
slaughterhouses. Without WGS, this persistent low-level outbreak
could have gone undetected. We recommend strengthening surveillance
by systematic sequencing of all Salmonella isolates.
Commentaire. Je n'ai pas eu l'impression que l'on ait été informé de cette épidémie à Salmonella en France ... transparence, où est tu ?
