Une étude génomique relie la résistance aux antibiotiques au régime alimentaire, à la géographie et à la démographie

«Une étude génomique relie la résistance aux antibiotiques au régime alimentaire, à la géographie et à la démographie», source article de Chris Dall paru le 17 avril 2023 dans CIDRAP News.

Une vaste étude génomique du microbiome intestinal suggère que l'utilisation d'antibiotiques n'est pas le seul facteur contribuant à la propagation de la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans la population.

Les auteurs de l'étude, qui a été présentée cette semaine à l’European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) à Copenhague, Danemark, disent que les résultats indiquent que d'autres médicaments, ainsi que la géographie, la démographie et l'alimentation, jouent également un rôle.

Abondance, diversité des gènes de résistance

Dans l'étude, une équipe dirigée par des chercheurs de l'Université de Turku en Finlande a effectué un séquençage métagénomique shotgun sur des échantillons fécaux de 7 098 adultes finlandais en bonne santé participant à l'étude FINRISK, une enquête basée sur la population réalisée tous les 5 ans. Le séquençage métagénomique shotgun consiste à prélever l'ADN de toutes les bactéries dans les échantillons, à le briser en petits morceaux et à analyser tous les morceaux pour détecter la présence de gènes de résistance aux antibiotiques (GRAs).

L'objectif de l'étude, qui s'ajoute à un nombre croissant de recherches sur les gènes de résistance dans le microbiome intestinal et le rôle qu'ils peuvent jouer dans la propagation de la RAM, était de déterminer l'abondance, la composition et la diversité des GRAs et d'examiner les associations avec les données FINRISK. Depuis 1972, l'étude FINRISK a recueilli des informations sur la santé, le mode de vie, l'alimentation et la consommation de médicaments des adultes finlandais pour une utilisation dans une variété de projets de recherche différents.

Sans surprise, l'utilisation d'antibiotiques était liée à des charges de GRAs plus élevées. Mais l'utilisation de médicaments psycholeptiques (y compris les opioïdes et les barbituriques) était également positivement corrélée à une plus grande abondance de GRAs. L'analyse a également révélé qu'une consommation plus fréquente de légumes crus et de volaille était associée à des charges et à une diversité de GRAs plus élevées.

De plus, les personnes vivant dans l'ouest de la Finlande avaient plus de GRAs et des microbiomes plus diversifiés, tout comme les personnes vivant dans des zones plus densément peuplées du pays. Les femmes et les personnes dans les tranches de revenu supérieures avaient également plus de GRAs.

«Nos résultats montrent clairement que la géographie, la démographie et l'alimentation jouent un rôle sous-estimé dans la résistance aux antibiotiques», a déclaré l'auteur principal de l'étude, Katariina Parnanen, de l'Université de Turku, dans un communiqué de presse de l'ECCMID. «Cela a des implications importantes pour la crise de la résistance aux antibiotiques, car de plus en plus de personnes vivent dans des zones et des villes densément peuplées et sont en mesure d'acheter des types d'aliments plus chers, tels que la viande et les produits frais, ainsi que des médicaments.»

Parnanen dit que les résultats suggèrent que les plans d'action nationaux pour lutter contre la RAM nécessiteront plus que la réglementation de l'utilisation des antibiotiques.