Israël : Le variant britannique est 45% plus contagieux que le virus d'origine

Propgation du variant britannique en Israël

«Le variant britannique est 45% plus contagieux que le virus d'origine», source Tel-Aviv University via EurekAlert!

Une éude à l'Université de Tel Aviv (TAU) sur la base des données de 300 000 tests pour le COVID-19.

Une nouvelle étude de l'Université de Tel Aviv a révélé que le variant britannique (appelé B.1.1.7) du Covid-19 est 45% plus contagieux que le virus d'origine. Les chercheurs se sont appuyés sur les données d'environ 300 000 tests PCR pour le Covid-19 obtenus du laboratoire de test COVID-19, qui a été créé en collaboration avec le groupe Electra.

La nouvelle étude a été menée par le professeur Ariel Munitz et le professeur Moti Gerlitz du département de microbiologie clinique et d'immunologie de la faculté de médecine Sackler, en collaboration avec le Dr Dan Yamin et l'étudiant au doctorat Matan Yechezkel du laboratoire de modélisation et d'analyse des épidémies (LEMA) au Département de génie industriel, le tout à l'Université de Tel Aviv. Les résultats de l'étude ont été publiés dans l'éminente revue scientifique Cell Reports Medicine.

Le laboratoire Electra-TAU a été créé en mars 2020, juste après le déclenchement de la première vague de la pandémie en Israël. À ce jour, il a analysé des centaines de milliers de tests provenant de tout le pays - à partir d'installations publiques de tests au volant, ainsi que de programmes ciblant des populations spécifiques - tels que le 'Shield for Fathers and Mothers' qui effectuait régulièrement des tests chez les points chauds à risque comme les maisons de retraite.

Le professeur Ariel Munitz explique: «Nous utilisons un kit qui teste trois gènes viraux différents. Dans le variant britannique, également connu sous le nom de B.1.1.7, l'un de ces gènes, le gène S, a été effacé par la mutation. Par conséquent, nous avons pu suivre la propagation du variant même sans séquençage génétique.»

Selon le professeur Munitz, les données du laboratoire montrent que la propagation du variant britannique a été très rapide: le 24 décembre 2020, seuls 5% des résultats positifs étaient attribués au variant britannique. À peine six semaines plus tard, en janvier 2021, ce variant était responsable de 90% des cas de Covid-19 en Israël. Le chiffre actuel est d'environ 99,5%.

«Pour expliquer cette augmentation spectaculaire, nous avons comparé le nombre R du virus SARS-CoV-2 avec le R du variant britannique. En d'autres termes, nous avons posé la question, combien de personnes, en moyenne, contractent la maladie de chaque personne qui a l'un ou l'autre variant? Nous avons constaté que la variant britannique est 45% - près de 1,5 fois - plus contagieux»

Dans la deuxième étape de l'étude, les chercheurs ont segmenté la contagion par groupes d'âge. Les résultats ont indiqué que le tournant pour la population de 60 ans et plus par rapport aux autres groupes d'âge s'est produit deux semaines après que 50% de la population israélienne de 60 ans et plus ont reçu leur première dose de vaccin.

«Jusqu'en janvier, nous avons constaté une dépendance linéaire de près de 100% entre les différents groupes d'âge dans les nouveaux cas pour 1 000 personnes», explique le Dr Dan Yamin. «Deux semaines après que 50% de la population de 60 ans et plus aient reçu la première dose du vaccin, ce graphique s’est brusquement et significativement cassé. En janvier, une baisse spectaculaire a été observée dans le nombre de nouveaux cas dans le groupe des 60 ans et plus, parallèlement à une augmentation continue du reste de la population. En termes simples, puisque plus de 90% des personnes décédées du Covid-19 avaient plus de 60 ans, nous pouvons dire que le vaccin a sauvé des centaines de vies, même à court terme. "

De plus, la nouvelle étude prouve que la surveillance active des populations à risque fonctionne. «Il existe une valeur seuil pour déterminer si un test spécifique est positif ou négatif pour le virus - une valeur inférieure indiquant une charge virale plus élevée», explique le professeur Munitz. «Lorsque nous avons comparé les valeurs seuils des différents gènes chez plus de 60 résidents de maisons de retraite avec les valeurs mesurées chez plus de 60 personnes dans la population générale, nous avons constaté des valeurs nettement plus élevées dans les maisons de retraite. Cela signifie que la charge virale dans les maisons de retraite était plus faible que le reste de la population.»

Étant donné que les résidents des maisons de retraite sont testés régulièrement, alors que d'autres personnes ne sont généralement testées que lorsqu'elles ne se sentent pas bien ou ont été en contact avec une personne qui avait été testée positive pour le virus, nous concluons qu'une surveillance constante des populations à risque est une méthode qui fonctionne. Il est important de le souligner: la charge virale relativement faible a été constatée dans les maisons de retraite alors que le variant britannique avait déjà commencé à se répandre dans toutes les populations. Par conséquent, nous montrons que la surveillance des maisons de retraite, associée à une vaccination qui donne la priorité aux populations vulnérables, prévient la maladie et la mortalité.

Le Dr Yemin conclut: «En raison des conditions de surpeuplement, des ménages importants et de la répartition par âge de la population israélienne, le coronavirus avait un environnement plus favorable pour se propager en Israël par rapport à la plupart des pays occidentaux. Notre message au monde est que si avec notre point de départ problématique un net déclin a été identifié, d'autres pays occidentaux peuvent certainement s'attendre à une rupture de la courbe - malgré la forte contagion du variant britannique - avec une baisse spectaculaire des cas graves suite à la vaccination de 50% de la population âgée, parallèlement à des tests ciblés dans les épicentres à risque.»

Ces plantes qui vous veulent du bien, épisode 2 : L'épidémie à Salmonella au Danemark s'aggrave

Le 12 avril 2021, le blog publiait, Ces plantes qui nous veulent du bien, sauf quand Salmonella est présent. Un exemple avec des compléments alimentaires au Danemark.

Voici quelques nouveaux éléments avec cet article de Joe Whitworth paru le 19 avril 2021 dans Food Safety News, «Des décès signalés alors que le nombre de cas dans l'épidémie à Salmonella au Danemark augmente».

L'épidémie de Salmonella au Danemark continue de toucher plus de personnes et a également été liée à trois décès.

Le Statens Serum Institut (SSI) avait précédemment signalé que 25 personnes avaient été infectées et 14 avaient dû être hospitalisées, la plupart étant tombées malades le mois dernier.

L'agence a maintenant révélé que 33 personnes ont le même type de Salmonella Typhimurium dans le pays et 19 ont été hospitalisées.

L'infection est un facteur de mortalité

Les patients sont tombés malades entre la mi-novembre 2020 et la fin mars de cette année. Dix-sept femmes et 16 hommes âgés de 2 à 92 ans vivant à travers le pays sont touchés. Hovedstaden compte 12 patients, huit sont malades à Syddanmark, six à Sjælland, quatre à Nordjylland et trois à Midtjylland.

Trois personnes positives pour la souche de Salmonella liée à l'épidémie sont décédées dans les 30 jours suivant le prélèvement de l'échantillon, mais on ne sait pas si elles sont décédées de ou par l'infection à Salmonella. Tous les trois avaient des maladies sous-jacentes, mais l'infection à Salmonella est considérée comme une cause contributive de décès.

Une investigation menée par le SSI, l'Agence danoise des médicaments, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise (Fødevarestyrelsen) et le DTU Food Institute ont tracé l'origine de l'infection à une marque de compléments à base de plantes vendue par Orkla Care appelée HUSK Psyllium en capsules.

Le produit a été mentionné lors d'entretiens avec des patients et des analyses effectuées par l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise ont retrouvé Salmonella dans des produits que deux patients avaient à la maison.

Une étude cas-témoins a montré que 13 des 15 patients avaient consommé le médicament à base de plantes, contre seulement trois sur 45 dans le groupe témoin sain. Tous les cas avaient le produit en capsules, tandis que les trois témoins l'avaient consommé sous forme de poudre.

Rappels à l'échelle de l'UE

Luise Müller, épidémiologiste au SSI, a dit que c'était la première fois qu'un médicament à base de plantes était identifié comme la cause d'une épidémie de Salmonella.

«Ceux qui prennent ce produit sont souvent des personnes qui ont déjà des problèmes d'estomac. Je crains donc que l'infection à Salmonella ne soit pas détectée parce que les personnes ou leur médecin croient que les symptômes de l'infection à Salmonella proviennent de leurs problèmes d'estomac existants», a-t-elle dit.

Muller a ajouté que l'on ne savait pas encore comment Salmonella pénétrait dans le produit, de sorte que d'autres articles peuvent contenir l'agent pathogène.

Orkla Care a émis un rappel de produits au Danemark, en Suède, en Finlande, en Islande, en Norvège et en Bulgarie. Les autorités norvégiennes ont signalé que moins de 3 000 paquets de capsules HUSK Gut Balance Basic ont été vendus dans les pharmacies à travers le pays, tandis que les autorités bulgares ont déclaré que 162 paquets étaient affectés.

La société a décidé de rappeler l'ensemble de la gamme de produits HUSK, y compris les gélules et la poudre en raison du lien suspecté et d'un test positif sur les gélules lors des autocontrôles. Ces compléments ont été jetés avant d'être emballés pour le marché.

Orkla Care a également entamé un examen du processus d'approvisionnement en matières premières jusqu'au produit fini dans l'espoir de remettre des produits en vente cet été.

Complément. Il y a eu une notification d'alerte au RASFF de l'UE le 12 avril 2021 par le Danemark.

Un rappel au Luxembourg a été publié le 16 avril 2021 au sujet d'un complément alimentaire, Psyllium-Froskaller, de la marque Husk. A noter que le Luxembourg ne faisait pas partie des pays concernés par la distribution du produit dans la notification au RASFF de l'UE.

Un rappel en Suède concerne également le produit Husk, le 13 avril 2021. Un rappel en Allemagne le 23 avril 2021. L'Allemagne ne faisait pas partie des pays concernés par la distribution. Tous ce rappels se font façon puzzle au sein de l'UE ...

Complément du 27 avril 2021. Autre rappel par l'AFSCA de Belgique le 27 avril 2021, en retard sur ce coup, nos amis belges ...

Utilité du séquençage du génome entier lors d'une enquête sur plusieurs éclosions d'origine alimentaire à Shigella sonnei

«Utilité du séquençage du génome entier lors d'une enquête sur plusieurs éclosions d'origine alimentaire à Shigella sonnei», source article paru dans Epidemiology and Infection. L'article est disponible en intégralité.

Résumé

En avril 2018, Public Health England a été informé de cas à Shigella sonnei qui avaient consommé des aliments dans trois points différents de restauration en Angleterre. Les épidémies ont été initialement étudiées comme des événements séparés, mais le séquençage du génome entier (WGS) a montré qu'elles ont été causées par la même souche. L'enquête comprenait des analyses de données épidémiologiques, de la chaîne alimentaire et un examen microbiologique d'échantillons d'aliments. Le WGS a été utilisé pour déterminer la relation phylogénétique et le profil de résistance aux antimicrobiens de la souche épidémique. En fin de compte, 33 cas ont été liés à cette épidémie, la majorité avait consommé des aliments dans sept points de vente spécialisés dans la cuisine indienne ou moyen-orientale.

Cinq points de vente étaient liés à deux cas ou plus, qui utilisaient toutes de la coriandre fraîche bien qu'un fournisseur commun n'ait pas été identifié. Une enquête sur l'un des sites a révélé que 86% des cas ont déclaré avoir consommé des plats contenant de la coriandre comme ingrédient ou garniture. Quatre cas ont été admis à l'hôpital et un avait des preuves d'échec du traitement par ciprofloxacine.

L'analyse phylogénétique a montré que la souche épidémique faisait partie d'un clade multirésistant plus large associé au voyage au Pakistan. De mauvaises pratiques d'hygiène lors de la culture, de la distribution ou de la préparation de produits frais sont probablement des facteurs contributifs.

Dans la conclusion, les auteurs notent,

Les épidémies à S. sonnei d'origine alimentaire sont rares au Royaume-Uni. La majorité des éclosions décrites dans la littérature ont été associées à des produits frais contaminés, y compris des légumes pour la salade et des herbes, qui sont connus pour favoriser la croissance et le maintien de Shigella spp., en particulier aux températures de réfrigération. Ces éclosions incluent une épidémie à l'échelle de l'UE due à de la laitue iceberg contaminée par des eaux usées pendant la récolte en Espagne et du petit maïs contaminé dans un hangar de conditionnement en Thaïlande qui a entraîné des cas au Danemark et en Australie. Des herbes fraîches importées telles que le persil, le basilic et la coriandre ont également été impliquées dans de multiples éclosions à S. sonnei, généralement en association avec des repas au restaurant où des herbes non cuites étaient utilisées comme garniture. Des feuilles de coriandre fraîches d'Asie du Sud-Est ont été impliquées dans une épidémie de S. sonnei en Suède en 2015. Cette épidémie avait plusieurs caractéristiques en commun avec l'épidémie décrite ici, en particulier le fait que les cas s'étaient rendus dans plusieurs restaurants dans deux régions de Suède et n'étaient liés qu'à la suite du WGS de leurs isolats. Des feuilles de coriandre fraîches ont été impliquées dans des épidémies à S. sonnei aux États-Unis. La contamination des produits frais par Shigella spp. en Asie du Sud-Est a été aussi mise en évidence; une étude sur la contamination bactérienne gastro-intestinale dans les aliments de rue en Inde a révélé que 6% des sauces à la coriandre testées étaient contaminées par Shigella spp.

Nous avons envisagé trois scénarios qui pourraient expliquer le rôle de la coriandre fraîche comme vecteur de l'infection pour cette épidémie.Il s'agit (i) la coriandre a été contaminée au point de production, (ii) de la contamination s'est produite lors de la distribution en gros de la coriandre et, (iii) les manipulateurs d'aliments infectés ont contaminé la coriandre dans les restaurants.

L'équipe de lutte contre les épidémies a conclu que les premier et deuxième scénarios fournissaient les explications les plus plausibles de cette épidémie. Les approvisionnements en vrac de coriandre entrant sur le marché de gros (quelle qu'en soit la source) sont répartis en lots plus petits dans plusieurs endroits. Ceci est effectué à la main, offrant une possibilité de contamination par un manipulateur d'aliments infectés. Bien que soumis à la législation alimentaire générale, les grossistes de fruits et légumes ne sont généralement pas considérés comme présentant un risque élevé en termes de sécurité des aliments Il est donc peu probable que leurs systèmes et procédures de sécurité sanitaire des aliments soient aussi sophistiqués que ceux des entreprises à haut risque.

La troisième explication est moins plausible car il n'y avait aucune preuve que les manipulateurs d'aliments avaient des liens avec plus d'un point de vente et aucun n'avait signalé de symptômes d'infection gastro-intestinale. Nous n'avons pas été en mesure de confirmer si l'un des manutentionnaires avait récemment voyagé en dehors du Royaume-Uni.

En raison du décalage entre l'identification locale des épidémies, la confirmation par WGS et l'identification des feuilles de coriandre comme vecteur potentiel de l'infection, les feuilles de coriandre n'ont pas été échantillonnées pour des analyses dans le cadre des enquêtes initiales sur les épidémies. Par la suite, il a été décidé de ne pas échantillonner la coriandre dans le cadre de l'enquête nationale car trop de temps s'était écoulé après l'exposition du cas, aucun nouveau cas n'a été détecté au cours de l'enquête et le produit en cause n'était probablement plus en circulation en raison de sa courte durée de conservation.

Shigella spp. n'ont pas été isolés des autres produits frais échantillonnés dans le cadre des enquêtes locales. Cependant, les analyses microbiologiques sont basées sur la culture et non sur des essais moléculaires, qui peuvent manquer de sensibilité pour détecter une contamination de faible niveau dans les aliments. De plus, des échantillons d'aliments ont été collectés respectivement 6 et 9 jours après l'exposition des cas, ce qui rend improbable que les produits testés soient du même lot que les produits que les cas avaient consommés avant le début de leur maladie.

Les données sur la résistance aux antimicrobiens dérivées du profil WGS ont rapidement déterminé le profil de résistance à plusieurs antibiotiques de la souche épidémique, mettant en évidence le risque d'échecs thérapeutiques potentiels dus à la sensibilité réduite à la ciprofloxacine, un agent de première ligne couramment utilisé au Royaume-Uni pour la shigellose sévère.

Bien que les céphalosporines de troisième génération ne soient pas recommandées comme médicaments de première intention pour le traitement de la shigellose au Royaume-Uni, la présence de bla_CTX-M-15 codé sur un élément génétique mobile est associée à un risque de portage et de transmission de résistance, à d'autres bactéries dans le tractus gastro-intestinal de l'hôte. Les patients compliqués et immunodéprimés sont susceptibles d'avoir une morbidité plus élevée comme le démontre au moins un cas qui a dû être traité par un carbapénème. S. sonnei hébergeant bla_CTX-M-15 a été associé à des épidémies de symptômes gastro-intestinaux chez les hommes qui ont des relations sexuelles avec des hommes, mais n'a pas été précédemment décrit dans des épidémies d'origine alimentaire au Royaume-Uni.

Cette épidémie met en évidence le potentiel de transmission d'une souche multirésistante de S. sonnei via un véhicule alimentaire distribué sur une vaste zone géographique. Les produits frais, tels que les salades et les herbes fraîches, ont une courte durée de conservation et le lot contaminé n'est souvent pas disponible pour les tests microbiologiques dans le temps, un véhicule probable a été identifié. Bien que la traçabilité des aliments soit difficile pour identifier des véhicules furtifs, définis comme des composants mineurs d'un repas que les cas peuvent ne pas se rappeler avoir consommé comme cause potentielle de maladie d'origine alimentaire, elle est essentielle pour les enquêtes sur les épidémies. La collecte systématique et prospective de questionnaires de surveillance renforcée de tous les cas à S. sonnei en Angleterre pourrait aider à quantifier le rôle des aliments en tant que facteur de risque de shigellose en Angleterre. Combinées au WGS, ces informations faciliteraient la détection rapide des éclosions d'origine alimentaire, amélioreraient les enquêtes de traçabilité et augmenteraient la probabilité que les véhicules d'infection soient correctement identifiés.

Identification d'isolats de Listeria monocytogenes étroitement apparentés sans preuve apparente d'une source ou d'une localisation commune

Voici un article particulièrement intéressant paru dans Journal of Food Protection, Identification d'isolats de Listeria monocytogenes étroitement apparentés sans preuve apparente d'une source ou d'un emplacement commun: une analyse rétrospective par séquençage du génome entier (WGS).

Les agences de santé publique et de réglementation du monde entier séquencent tous les isolats de Listeria monocytogenes (Lm) obtenus dans le cadre de la surveillance de routine et des investigations sur les éclosions. Beaucoup de ces entités soumettent les séquences à la base de données NCBI Pathogen Detection (NCBI PD), qui regroupe les isolats de Lm en clusters SNP (les marqueurs SNP, Single Nucleotide Polymorphisme, qui correspondent à des différences d’une seule base.) sur la base d'un seuil de différence SNP par paires de 50 SNPs.

Notre objectif était d'évaluer si les isolats avec des métadonnées suggérant des sources ou des emplacements différents pouvaient montrer des preuves d'une parenté génétique étroite indiquant un ancêtre commun récent et une possible source commune inconnue.

Nous avons ici comparé les données du WGS chez des isolats de 249 souches de Lm séquencés, qui ont détaillé des métadonnées, avec des données WGS d'isolats non cliniques sur NCBI PD.

Les isolats de 249 Lm provenaient de milieux naturels (n = 91) ainsi que d'entreprises de poissons fumés (n = 62), de produits laitiers (n = 56) et de charcuterie (n = 40) aux États-Unis.

En utilisant une combinaison de sous-typage par cgMLST (le core genome MLST repose sur un ensemble de gènes conservés au sein d’une espèce ou d’espèces proches) et hqSNP (polymorphismes mononucléotidiques de haute qualité phylodynamique bactérienne), nous avons observé 5 clusters SNP où les isolats d'étude et les isolats de clusters SNP semblaient être étroitement liés et (i) partagent la même géolocalisation, mais montrent des types de sources différents (1 cluster SNP); (ii) partagent le même type de source, mais présentent des géolocalisations différentes (2 clusters SNP); ou (iii) ne partageait ni le type de source, ni la géolocalisation (2 clusters SNP). Pour l'un des deux clusters sous (iii), il n'y avait cependant pas de support d'amarce solide pour un ancêtre commun partagé entre les isolats de l'étude et les isolats du cluster SNP, indiquant la valeur des analyses évolutives approfondies lorsque les données WGS sont utilisées pour les enquêtes de traçabilité et d'épidémiologie.

Dans l'ensemble, nos résultats démontrent que certains sous-types de Lm peuvent être associés à des lieux ou des produits spécifiques; ces associations peuvent aider dans les enquêtes impliquant des aliments à ingrédients multiples tels que les sandwichs. Cependant, au moins certains sous-types de Lm peuvent être répandus géographiquement et être associés à différentes sources, ce qui peut présenter un défi pour les enquêtes de traçabilité impliquant ces sous-types.

A propos des cas de campylobactériose humaine attribuables à de la viande de poulet en Finlande

Voici un article scientifique paru dans MDPI (article en accès libre) sur des cas de campylobactériose humaine attribuables à de la viande de poulet: Preuve d'épidémies disséminées en Finlande.

Résumé

Campylobacter jejuni (C. jejuni) est la cause la plus fréquente de gastro-entérite bactérienne humaine dans le monde. On pense que la campylobactériose d'origine alimentaire est souvent causée par la manipulation et la consommation de viande de poulet insuffisamment cuite, mais l'épidémiologie de cette maladie est complexe et reste mal caractérisée, en particulier dans les pays nordiques.

Ici, nous avons utilisé des méthodes de pointe en épidémiologie génétique combinées à des données sur les antécédents des patients et sur les associations temporelles pour retracer les infections humaines à C. jejuni (n = 50) acquises au pays jusqu'à de la viande de poulet, dans une ville nordique de taille moyenne en Finlande lors d'un pic saisonnier.

Bien que 59,2% des isolats humains partageaient une séquence type avec un lot de poulets abattus avant le début de la maladie, une analyse plus approfondie au niveau du génome entier ont retracé seulement neuf cas (18,4%) à de la viande de poulet réfrigérée. Les isolats humains partageaient également des génotypes avec des isolats collectés à partir de lots de poulets abattus après le début de la maladie humaine, mettant en évidence le rôle des voies de transmission alternatives des poulets aux humains en plus de la chaîne alimentaire, ou d'une troisième source partagée.

La haute résolution offerte par wgMLST, combinée à de simples métadonnées, offre un moyen plus précis de retracer les cas sporadiques jusqu'aux sources possibles et de révéler un regroupement d'épidémies disséminées dans le temps, confirmant l'importance de compléter les enquêtes épidémiologiques avec des données épidémiologiques moléculaires.

Danemark : L'origine des cas d'infection dans une éclosion à Shigella élucidée

Le 30 septembre 2020, je faisais part que « Le Danemark enquête sur une éclosion à Shigella comprenant plus de 40 personnes malades ».

Voici que l'origine des cas d'infection pour cette éclosion à Shigella a été trouvée, source Fødevarestyrelsen du 7 octobre 2020.

En août et septembre, 44 Danois sont tombés malades de la bactérie intestinale Shigella. L'enquête a montré que la source de l'infection était probablement de la menthe fraîche importée.

Le Statens Serum Institut (SSI) a, en collaboration avec l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise et le DTU Food Institute, enquêté sur une épidémie liée à une bactérie intestinale, Shigella.

L'épidémie comprenait 44 patients. Il s'agit de 30 femmes et 14 hommes âgés de 0 à 75 ans. Les patients ont présenté des symptômes entre le 22 août 2020 et le 9 septembre 2020. Au total, 13 personnes ont été hospitalisées. Les malades vivent principalement dans la région de la capitale.

Rincer toujours les fruits et légumes

Le rapport épidémiologique des patients et des cas dans des entreprises a montré que la majorité des patients avaient consommé de la menthe fraîche achetée chez un marchand de légumes ou un bazar local dans et autour de la région de Copenhague.

« Les fruits et légumes prêts à consommer ne doivent pas contenir de bactéries, ni de virus, mais cela peut se produire dans de rares cas. Cette épidémie est une bonne occasion de rappeler aux consommateurs que les herbes fraîches doivent toujours être soigneusement lavées avant de les manger », explique l'épidémiologiste Luise Müller de SSI.

La traçabilité a montré que 'aliment contaminé était probablement de la menthe fraîche étrangère vendue de la mi-août à la fin août.

L'enquête indique que la menthe étrangère est à l'origine de cette épidémie. Le travail a été caractérisé par un manque de factures chez les maraîchers locaux. La menthe fraîche a une courte durée de conservation, donc heureusement, le produit n'est plus sur le marché. Il n'y a donc aucun risque que davantage de consommateurs soient infectés, déclare Nikolas Kühn Hove, responsable des urgences, de l'administration vétérinaire et alimentaire danoise.

Conclusion du SSI

La menthe fraîche peut expliquer 24 des 36 (67%) cas interrogés et est soupçonnée d'être la source de l'épidémie. Il est rare que tous les cas d'une flambée puissent être expliqués à partir de la source suspectée d'infection, mais dans ce cas, on s'attend surtout à ce que tous les cas ne puissent pas être expliqués car la définition de cas est large (comprend à la fois les espèces de Shigella et les E. coli entéroinvasifs). L'épidémie est considérée comme close, car aucun nouveau cas n'a été observé depuis le 15 septembre 2020. La durée de l'épidémie indique qu'il y a probablement eu un ou quelques lots contaminés d'un aliment à courte durée de conservation - ce qui est compatible avec la menthe.

Voir le détail épidémiologique sur le lien du SSI, ici.

Des hauts et des bas dans les données liées au COVID-19 peuvent être causés par des pratiques de communication des données

« Des oscillations dans les données liées au COVID-19 peuvent être causés par des pratiques de communication des données », source ASM News.

• Les données sur les cas et les décès du COVID-19 montrent des oscillations régulières.
• Une nouvelle analyse des chiffres nationaux et locaux attribue ces oscillations aux pratiques de communication des données.
• Les résultats suggèrent que les modèles épidémiologiques devraient tenir compte des problèmes de diagnostic et de notification.

Alors que les données s'accumulent sur les cas et les décès liés au COVID-19, des chercheurs ont observé des schémas de pics et de vallées qui se répètent presque chaque semaine. Mais comprendre ce qui motive ces modèles est resté une question ouverte.

Une étude publiée cette semaine dans mSystems rapporte que ces oscillations proviennent de variations dans les pratiques de test et de rapports de données, plutôt que de pratiques sociétales concernant la façon dont les personnes sont infectées ou traitées. Les résultats suggèrent que les modèles épidémiologiques de maladies infectieuses devraient prendre en compte les problèmes de diagnostic et de notification.

« La pratique d'acquisition de données est parfois aussi importante que les données elles-mêmes », ont dit le biologiste informatique Aviv Bergman de l'Albert Einstein College of Medicine de New York, et le microbiologiste Arturo Casadevall  de la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health à Baltimore, Maryland. Bergman et Casadevall ont travaillé sur l'étude avec Yehonatan Sellac de Albert Einstein College, et le médecin Peter Agre de Johns Hopkins.

L'étude a commencé lorsque Agre, qui a co-remporté le prix Nobel de chimie en 2003, a remarqué que les fluctuations hebdomadaires précises des données étaient clairement liées au jour de la semaine. « Nous sommes devenus très méfiants », a dit Bergman.

Les chercheurs ont collecté le nombre total de tests quotidiens, de tests positifs et de décès dans les données nationales américaines sur 161 jours, de janvier à fin juin. Ils ont également collecté des données spécifiques à New York et des données spécifiques à Los Angeles de début mars à fin juin. Pour mieux comprendre les modèles oscillants, ils ont effectué une analyse du spectre de puissance, qui est une méthodologie pour identifier différentes fréquences dans un signal. (Il est souvent utilisé dans le traitement du signal et de l'image, mais les auteurs pensent que ce nouveau travail représente la première application aux données épidémiologiques.)

L'analyse a mis en évidence un cycle de 7 jours d'augmentation et de baisse des nouveaux cas nationaux et des cycles de 6,8 jours et 6,9 jours à New York et à Los Angeles, respectivement. Ces oscillations se reflètent dans des analyses qui ont montré, par exemple, que le taux de mortalité est plus élevé en fin de semaine ou en fin de semaine.

Alarmés par la cohérence du signal, les chercheurs ont cherché une explication. Ils ont rapporté qu'une augmentation des rassemblements sociaux le week-end n'était probablement pas un facteur, car le temps entre l'exposition au coronavirus et l'apparition des symptômes peut aller de 4 à 14 jours. Des analyses antérieures ont également suggéré que les patients reçoivent des soins de moindre qualité plus tard dans la semaine, mais la nouvelle analyse n’a pas soutenu cette hypothèse.

Les chercheurs ont ensuite examiné les pratiques de déclaration. Certaines régions, comme New York et Los Angeles, rapportent des décès selon le moment où l'individu est décédé. Mais les données nationales publient les décès en fonction du moment où le décès a été signalé et non du moment où il s'est produit. Dans les grands ensembles de données qui indiquent la date du décès, plutôt que la date du rapport, les oscillations apparentes disparaissent. Des écarts similaires dans la notification des cas expliquent les oscillations retrouvées dans les nouvelles données de cas.

Les auteurs de la nouvelle étude notent que les interactions du week-end ou la qualité des soins de santé peuvent influencer les résultats, mais ces facteurs sociétaux ne contribuent pas de manière significative aux schémas répétés.

« Ces oscillations sont un signe avant-coureur de problèmes dans la réponse de santé publique », a déclaré Casadevall.

  

Les chercheurs ont souligné qu'il n'existe aucun lien entre le nombre de tests et le nombre de cas, et qu'à moins que les pratiques de communication des données changent, les oscillations resteront. « Et tant qu'il y aura des personnes infectées, ces oscillations, dues aux fluctuations du nombre de tests administrés et rapportés, seront toujours observées », a déclaré Bergman, « même si le nombre de cas diminue. »

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous !

Les critères utilisés pour exclure des personnes pourraient modifier les conclusions d'une épidémie

« Les critères utilisés pour exclure des personnes pourraient modifier les conclusions d'une épidémie », source article de Joe Whitworth paru le 5 juin 2020 dans Food Safety News.

Des chercheurs ont utilisé une épidémie il y a dix ans pour examiner comment les décisions d'exclure des personnes malades et en bonne santé des investigations pourraient changer les conclusions auxquelles ils sont parvenues.

Les critères d'inclusion ou d'exclusion des cas peuvent aider à accroître l'efficacité des analyses épidémiologiques et de traçabilié, mais ils peuvent également affecter la capacité de l'investigateur à impliquer un véhicule alimentaire suspect.

Une éclosion de 2010 à Salmonella Hvittingfoss associée àSubway en Illinois était l'étude de cas.

Des conclusions inexactes ou ambiguës dans les investigations sur les éclosions peuvent avoir des implications financières importantes pour l'industrie, selon l'étude publiée dans la revue Epidemiology and Infection.

L'exclusion en raison de visites multiples a changé les conclusions

Des chercheurs ont examiné comment l'exclusion de cas et de personnes qui ont mangé avec eux mais qui ne sont pas tombés malades avec plusieurs dates de repas ont eu un impact sur les résultats des analyses épidémiologiques.

Dans l'investigation initiale, une étude cas-témoins des cas associés aux restaurants et des compagnons de repas non malades a été réalisée au niveau des ingrédients pour identifier un véhicule alimentaire suspect; cependant, 21% des cas et 22% des compagnons de repas en bonne santé ont été exclus pour avoir mangé plus d'une fois dans la chaîne de restaurants à service rapide pendant l'épidémie.

En mai 2010, le département de la santé publique de l'Illinois (IDPH) a investigué une épidémie à Salmonella Hvittingfoss associée à plusieurs restaurants Subway dans de nombreux comtés entre avril et juin. Il y avait 97 cas et 12 manipulateurs d'aliments avec des infections confirmées, avec début de maladie allant du 25 avril au 30 juin.

Début juin, les restaurants Subway de la zone où l'épidémie s'est déclarée a reçu l'ordre de retirer quatre produits suspects: oignons, laitue, tomates et poivrons verts sur la base d'un examen précoce des articles les plus fréquemment consommés par les cas.

Pleins feux sur les poivrons verts

Au début de l'investigation, des poivrons verts ont été suspectés sur la base d'entretiens avec des cas et des compagnons de repas bien, ainsi que des données de traçabilité des produits. Cependant, les cas et les personnes en bonne santé qui ont mangé chez Subway plusieurs fois pendant l'épidémie ont été exclus, car il n'a pas été possible de déterminer la date du repas à l'origine de l'exposition. En dernière analyse, les poivrons verts n'étaient pas statistiquement associés à la maladie, contrairement à la laitue, les olives et les tomates. Tous les cas exclus qui ont consommé des poivrons verts sont tombés malades.

«Bien que l'analyse par ingrédient ne puisse pas clairement impliquer un seul véhicule alimentaire, y compris ceux avec plusieurs dates de repas, cela a montré que les poivrons verts étaient associés à la maladie comme cela a été constaté au début de l'investigation initiale sur l'épidémie. Cette découverte aurait pu aider à éclairer l'investigation sur l'éclosion en temps réel et, en conjonction avec la traçabilité et/ou des preuves de laboratoire, cela aurait éclairé une conclusion moins ambiguë», ont dit les chercheurs.

Sur les 85 cas et les 32 compagnons de repas bien, l'IDPH a exclu 18 cas et sept compagnons de repas avec plusieurs dates de repas avec des informations d'entretien. L'analyse ultime cas-témoins de l'IDPH comprenait 67 cas et 25 compagnons de repas. Dans certains cas, seules des expositions alimentaires positives ont été enregistrées.

En excluant les personnes qui avaient mangé chez Subway plus d'une fois pendant l'épidémie, trois aliments étaient statistiquement associés à la maladie, la laitue, les tomates et les olives. En incluant ceux avec plusieurs repas, les poivrons verts étaient également significativement associés à la maladie.

Le retrait des quatre aliments (laitue, tomates, poivrons verts et oignons) qui avaient été consommés par au moins 36% des cas a semblé arrêter la maladie. L'investigation initiale sur l'éclosion n'a pas impliqué un seul véhicule alimentaire, mais a énuméré la laitue, les tomates ou les olives comme des possibilités parce qu'elles étaient statistiquement associées à la maladie.

Les produits, y compris les tomates et la laitue, provenaient d'un centre de distribution du centre de l'Illinois qui desservait plusieurs restaurants clients, dont Subway.

Les poivrons verts n'ont été livrés qu'à Subway. Des cas confirmés ont rapporté avoir mangé dans 49 de ces restaurants dans 28 comtés de l'Illinois. La combinaison de données de traçabilité avec l'épidémiologie a fortement suggéré que les poivrons verts étaient le véhicule probable, mais ils n'étaient pas impliqués lorsque ceux ayant plusieurs dates de repas ont été exclus.

«Cette étude a montré que l'exclusion des clients avec plusieurs dates de repas des analyses de cas-compagnon de repas a changé les conclusions qui pourraient être tirées des résultats de l'investigation initiale. Utiliser toutes les informations disponibles pour construire un récit cohérent de ce qui s'est passé et pourquoi cela est un élément essentiel d'une investigation sur une épidémie», ont dit les chercheurs.

Une étude teste le sondage en ligne pour obtenir des données précises lors d'épidémies

« Une étude teste le sondage en ligne pour obtenir des données précises lors d'épidémies », source article de Joe Whitworth paru le 3 juin 2020 dans Food Safety News.

L'utilisation de sondages en ligne pour recueillir des réponses auprès de personnes en bonne santé pendant les investigations sur les éclosions a été testée par des chercheurs au Canada.

Dans les investigations sur les épidémies d'origine alimentaire, des études cas-témoins et des études de cohorte sont utilisées pour tester les hypothèses et identifier une source, mais elles nécessitent beaucoup de ressources et le recrutement de témoins appropriés, ou de personnes non malades, est difficile, selon l'étude publiée dans la revue Epidemiology et infection.

D'autres méthodes comprennent des investigations sur la consommation alimentaire basées sur la population et l'utilisation d'une analyse cas par cas pour générer ou tester une hypothèse, mais ces données démographiques peuvent ne pas fournir un groupe témoin représentatif ou inclure une précision suffisante des produits alimentaires et peuvent être obsolètes. L'analyse cas par cas ne peut être effectuée que si des cas comparables sont accessibles.

Rapide et représentatif

Des chercheurs ont utilisé des investigations en ligne pour recueillir des données de contrôle de la population pour deux éclosions d'origine alimentaire et les ont comparées aux cas et aux données existantes sur l'exposition de la population.

Les résultats démontrent que les investigations ont été un moyen rapide et représentatif de recueillir les réponses de personnes en bonne santé lors d'épidémies pour soutenir l'investigation épidémiologique.

Les contrôles de la population avec un sondage en ligne étaient comparables aux patients en fonction de l'âge et du sexe. Les données de l'exposition recueillies par sondage étaient plus précises que les données de contrôle existantes, représentaient la période d'exposition spécifique à la maladie et pouvaient être facilement modifiées.

Des sondages en ligne pour les investigations sur les éclosions ont été développées. Lorsque des personnes ont visité le site Internet du British Columbia Centre for Disease Control, on leur a demandé de participer pour aider à résoudre une éclosion.

Les participants étaient inclus s'ils résidaient en Colombie-Britannique et n'avaient pas présenté de symptômes pendant la période d'exposition de 14 jours pour Cyclospora et de sept jours pour Salmonella. On leur a demandé s'ils avaient mangé de deux à trois aliments d'intérêt, leur sexe, leur âge et leur ville de résidence.

Testé sur des éclosions à Cyclospora et à Salmonella

Le but dun sondage en ligne pendant une épidémie à Cyclospora en 2018 était de tester les hypothèses des investigations précédentes. Le sondage a été publié de début mai à fin août 2018, le début de l'épidémie. Il a d'abord posé des questions sur l'exposition à la coriandre, aux mûres et aux framboises. Des analyses préliminaires des données sur les éclosions de patients ont suggéré une faible exposition aux framboises, mais une forte exposition aux épinards. Fin juin, la framboise a été retirée et les épinards ont été ajoutés au sondage.

Un total de 1 687 réponses ont été reçues et 1 403 répondaient aux critères d'inclusion. Les contrôles en ligne étaient similaires aux patients en termes d'âge, de sexe et de répartition géographique. Pour la coriandre, les framboises et les épinards, les populations témoins ont montré des proportions d'exposition similaires les unes aux autres et aux cas.

Les patients avaient des chances légèrement plus élevées d'avoir consommé des mûres que les témoins en ligne. Ces informations épidémiologiques ont conduit à revoir les données d'importation et à voir la traçabilité des mûres impliquées dans la base des données d'achat des cas. Bien que l'origine n'ait pas été confirmée à un seul fournisseur ou source de mûres, ce fruit était l'hypothèse principale.

Le deuxième sondage a eu lieu lors d'une éclosion nationale à Salmonella Infantis avec la plupart des infections, 47, en Colombie-Britannique. Bien que des concombres anglais aient été supposés comme une source possible, d'autres expositions ont également été fréquemment signalées. L'objectif du sondage était de tester l'hypothèse selon laquelle les concombres anglais étaient la source de la maladie. Le sondage en ligne s'est déroulé de la mi-octobre au début novembre 2018.

Au total, 286 réponses ont été reçues et 253 répondaient aux critères d'inclusion. Les témoins en ligne étaient moins susceptibles d'avoir une exposition au concombre anglais que les cas. Ces résultats ont orienté les activités de traçabilité qui ont identifié un fournisseur commun et confirmé l'hypothèse.

Les sondages en ligne peuvent être préparés rapidement avec peu de ressources et obtenir un grand nombre de réponses. Les investigateurs pouvaient accéder aux données en temps réel, mais le sondage n'a pas empêché la même personne de contribuer plusieurs fois comme témoin. Les chercheurs ont déclaré que sur la base de cette expérience, la méthode sera utilisée dans les futures enquêtes sur les épidémies..

Cela n'a pas encore été utilisé pour tester une hypothèse où une marque spécifique est identifiée étant donné qu'il existe des risques potentiels de confidentialité à divulguer ces informations si l'hypothèse est incorrecte. Cependant, cela pourrait être surmonté en posant des questions sur différentes marques du même produit.

Challenges du diagnostic et de l'épidémiologie de Escherichia coli entéro-invasif

Escherichia coli entéro-invasif (ECEI) et Shigella spp. sont deux bactéries à Gram négatif responsables de maladies diarrhéiques dans le monde. Les présentations cliniques de ces deux agents pathogènes sont très similaires et se manifestent généralement par la diarrhée, les crampes abdominales, les nausées et la fièvre chez l'enfant et l'adulte. En plus d'un tableau clinique similaire, ECEI et Shigella partagent des caractéristiques de laboratoire qui peuvent rendre difficile leur distinction dans la pratique courante de laboratoire clinique. Les deux agents pathogènes sont transmis par voie fécale-orale et les infections sont fréquemment associées à la consommation d'aliments et d'eau contaminés. Alors que Shigella est associée à des épidémies d'origine alimentaire à grande échelle, les épidémies causées par ECEI sont rarement enregistrées.

Une prévalence élevée des infections à ECEI a été documentée dans les zones rurales et les environnements avec un mauvais assainissement dans les pays à haut risque tandis que les infections à ECEI en Europe sont généralement sporadiques et liées aux voyages. Néanmoins, quelques foyers à ECEI ont été signalés en Europe, les plus récents étant survenus en Italie en 2012 et au Royaume-Uni en 2014. Ces éclosions ont touché, respectivement, 109 cas et 157 cas probables, ce qui met en évidence le fait que ECEI, comme Shigella, a la capacité de provoquer de grandes éclosions de maladies gastro-intestinales.

La souche épidémique identifiée dans ces récentes épidémies européennes, ECEI O96:H19, est un type de ECEI émergent qui présente des caractéristiques phénotypiques plus proches de celles de Escherichia coli (E. coli) non invasif que celles décrites pour Shigella. Il est suggéré que ces caractéristiques contribuent à améliorer les capacités de survie ainsi que la capacité de mieux s'adapter aux différentes niches écologiques.

Traditionnellement, la culture des échantillons fécaux a été le pilier du diagnostic en laboratoire des bactéries entériques, et ECEI a été différenciée de Shigella en évaluant une combinaison de plusieurs caractéristiques phénotypiques, y compris les caractéristiques biochimiques, de motilité et sérologiques.

Cette situation est en train de changer car les méthodes basées sur la PCR deviennent courantes dans de nombreux laboratoires de diagnostic. Contrairement à E. coli non invasif, ECEI et Shigella peuvent envahir et se multiplier dans les cellules épithéliales intestinales, un processus qui est partiellement médié par un gène plasmidique (ipa) codant pour l’invasion des entérocytes. Pour cette raison, la PCR ciblant le gène ipaH peut séparer ECEI des autres E. coli non invasifs, mais ne peut pas différencier ECEI et Shigella. Le gène lacY a été proposé comme marqueur moléculaire supplémentaire pour lequel la plupart des E. coli sont positifs et Shigella est négatif. Son utilisation comme cible de PCR pour séparer Shigella et ECEI est limitée aux isolats bactériens, car de nombreux échantillons fécaux sont lacY positif en raison de la présence de E. coli dans la flore normale.

En Suède, plusieurs laboratoires cliniques se sont tournés vers l'utilisation de tests PCR directs sur des échantillons de matières fécales comme principal outil de diagnostic. Cependant, la plupart de ces laboratoires cultivent des échantillons positifs pour la PCR, ce que l'on appelle une culture guidée par les résultats de la PCR. Bien que la culture d'échantillons fécaux positifs à la PCR soit effectuée en routine, il peut être difficile d'obtenir des isolats ECEI car la morphologie des souches ECEI sur des substrats couramment utilisés peut imiter la morphologie de la flore de fond entérique, les colonies jaunes sur gélose au xylose lysine désoxycholate (gélose XLD), plutôt que la morphologie de Shigella, colonies rouges sur gélose XLD. Par conséquent, la séparation de ECEI des autres bactéries dans la flore normale nécessite généralement des procédures de laboratoire supplémentaires telles que le dépistage d'un grand nombre de colonies, ce qui est considéré comme trop long pour la plupart des laboratoires cliniques.

Pour cette raison, il est probable qu'un patient dont les échantillons sont positifs pour la PCR ipaH mais négatifs pour la culture ne serait pas notifié comme cas si l'algorithme de diagnostic au laboratoire nécessite un isolat de Shigella détecté. De plus, la PCR est une méthode plus sensible que la culture et Shigella est connue pour sa capacité de survie limitée dans les échantillons fécaux, ce qui peut également conduire à des échantillons positifs pour la PCR ipaH mais négatifs pour la culture.

La shigellose est à déclaration obligatoire en Suède comme dans la plupart des pays européens. En 2017, l'incidence était de 2,1 pour 100 000 habitants en Suède, et la majorité des cas avaient été infectés à l'étranger. La déclaration obligatoire des maladies permet la mise en œuvre d'une série d'actions de santé publique, y compris des activités de gestion et de surveillance de la santé publique, et aide à définir les expositions aux risques. Contrairement à la shigellose, la déclaration n'est pas obligatoire pour les ECEI et la présence de ce pathogène en Suède est actuellement inconnue.

En Suède, la présence de ECEI est actuellement inconnue et aucune information sur la distribution de la souche spécifique de l'épidémie n'était disponible pour l'équipe d'investigation sur l'épidémie, c'est-à-dire on ne sait pas si ECEI O96:H19 circule en Suède ou si cette souche a été introduite via un produit alimentaire importé.

Cette sérotype spécifique de ECEI de ST99 a été signalée pour la première fois comme l'agent pathogène causant une maladie lors d'une épidémie en Italie en 2012, et a depuis été impliquée dans deux éclosions au Royaume-Uni et dans un cas sporadique lié à des voyages en Espagne. Le sérotype O96:H19 de ST99 est considéré comme une nouvelle souche de ECEI virulente émergente et diffère des autres souches de ECEI et de Shigella traditionnelles dans de nombreux tests phénotypiques car il est plus réactif, par ex. fermente le glucose, est positif pour la lysine décarboxylase et est mobile. Cela a également été démontré dans la présente enquête. Les souches émergentes de ECEI telles que ECEI O96:H19, qui ressemble phénotypiquement plus à E. coli qu'à Shigella, ce qui pourrait permettre d'améliorer les capacités de survie, pourraient potentiellement contribuer à une augmentation des épidémies d'origine alimentaire causées par ECEI à l'avenir. Cela nécessite une meilleure préparation en laboratoire et un consensus sur les recommandations de mesures de santé publique des échantillons fécaux de Shigella/ECEI positifs par PCR.

Référence

Lagerqvist Nina, Löf Emma, Enkirch Theresa, Nilsson Peter, Roth Adam, Jernberg Cecilia. Outbreak of gastroenteritis highlighting the diagnostic and epidemiological challenges of enteroinvasive Escherichia coli, County of Halland, Sweden, November 2017. EuroSurveill. 2020;25(9):pii=1900466 https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.9.1900466