Des études mettent en lumière les infections liées à E. coli pathogènes en Irlande et au ténia au Pérou

«Des études mettent en lumière les infections liées à E. coli pathogènes en Irlande et aux parasites au Pérou», source Food Safety News.

Des chercheurs ont examiné les tendances des infections sporadiques à E. coli producteur de shigatoxines (STEC) en Irlande.

La République d'Irlande rapporte souvent le taux d'incidence annuel le plus élevé de STEC dans l'Union européenne. Il existe une forte proportion d'infections sporadiques à STEC et elles sont souvent associées à des expositions environnementales.

Les chercheurs ont étudié des modèles spatiaux et temporels des STEC en Irlande à l'aide d'outils statistiques. La compréhension des schémas spatiaux et temporels de l'infection éclaire les interventions ciblées de surveillance et de contrôle. Les résultats ont été publiés dans la revue Emerging Infectious Diseases.

Sur 2 783 cas sporadiques confirmés entre 2013 et 2017, les scientifiques ont géorelié 2 755 cas à une zone spatiale distincte. Les cas sporadiques étaient plus fréquents dans les zones rurales que dans les sites urbains.

Ils ont identifié trois régions distinctes comme ayant des taux de récurrence des clusters spatio-temporels particulièrement élevés. Ceux-ci se trouvaient au sud-ouest et à l'est de la ville de Limerick et au nord-est de la ville de Galway, indiquant la présence de réservoirs persistants de STEC dans ces zones qui provoquent une exposition et une transmission régulières.

Les sérogroupes les plus fréquemment confirmés associés à l'infection étaient E. coli O26 et E. coli O157. Parmi les sérogroupes restants, STEC O145, O103 et O146 étaient les seuls associés à plus de 50 cas d’infections confirmées.

E. coli par période et tranche d'âge

Les chercheurs ont observé une augmentation annuelle du nombre de cas avec 463 en 2013 et 674 en 2017. L'infection par STEC O157 a légèrement augmenté au cours de la période d'étude, avec une diminution marquée en 2015. L'incidence de STEC O26 a augmenté de janvier 2013 à avril 2016, puis a diminué. D'autres sérogroupes ont connu une augmentation progressive au cours de la période d'étude.

Les taux d'incidence cumulatifs temporels ont montré un pic annuel à la fin de l'été et au début de l'automne; les pics maximaux se produisaient généralement en juillet. Les infections à STEC O157 présentent les taux les plus élevés de septembre à octobre, tandis que STEC O26 signale un pic en juillet. Les cas urbains ont connu un pic annuel de juillet à septembre, tandis que les cas ruraux ont connu un pic plus long mais décroissant de mai à octobre.

Les cas attribués à une infection secondaire telle que la transmission de personne à personne et ceux provenant de l'extérieur de l'Irlande ont été exclus.

Un nombre de cas nettement plus élevé a été retrouvé chez des enfants de moins de 5 ans avec 1 101 cas confirmés. Il y avait une association significative entre l'infection à STEC O26 et la catégorie des moins de 5 ans. Les personnes de pus de 65 ans ont également été touchées de manière disproportionnée, représentant 462 cas. Les femmes étaient légèrement plus touchées que les hommes.

Les infections parmi la sous-population des moins de 5 ans ont culminé de mai à juillet, tandis que les cas chez les personnes plus âgées sont survenus de juillet à août, suivis d'un pic secondaire plus faible en octobre.

Réduire la tæniasis

Une autre étude dans EID a démontré que le contrôle de Taenia solium peut être réalisé en utilisant la technologie existante.

La taeniasis est une infection parasitaire qui peut être causée par Taenia solium (ténia du porc). Les humains peuvent être infectés en mangeant du porc cru ou insuffisamment cuit. Les symptômes sont généralement légers ou inexistants, mais les infections à Taenia solium peuvent entraîner une cysticercose, une maladie qui peut provoquer des convulsions et des lésions musculaires ou oculaires. Les ténias peuvent causer des problèmes digestifs, notamment des douleurs abdominales, une perte d'appétit, une perte de poids et des maux d'estomac.

Les scientifiques ont mené un essai randomisé sur deux ans de 2015 à 2017 au Pérou en affectant 23 villages à l'une des trois interventions géographiquement ciblées.

Pour le dépistage, les participants vivant à proximité de porcs atteints de cysticercose ont été dépistés pour la téniase; les cas identifiés ont été traités par niclosamide. Dans le traitement, ceux vivant à proximité de porcs atteints de cysticercose ont reçu un traitement présomptif au niclosamide. Dans le traitement de masse, les personnes recevaient un traitement au niclosamide tous les six mois, quel que soit le lieu.

Les chercheurs ont découvert que l'administration ciblée de niclosamide pour traiter et prévenir la téniase humaine dans une stratégie et l'administration uniforme dans l'administration massive de médicaments réduisaient toutes deux efficacement la transmission de Taenia solium. Il y avait également des réductions significatives de la séroincidence chez les porcs avec toutes les approches.

Ils ont ajouté que les résultats de la prévalence de la téniase humaine à la fin de l'étude doivent être interprétés avec prudence car aucune mesure de base n'a été prise. Au total, 7 248 personnes sur 8 873 ont accepté le traitement et 6 537 ont fourni un échantillon de selles post-traitement. La prévalence non ajustée de la téniase était de 17 sur 2 349 dans le dépistage, de 29 sur 2 206 dans le traitement et de 8 sur 1 977 dans le traitement de masse.

Royaume-Uni : Baisse de l'utilisation des antibiotiques chez le porc

«Royaume-Uni : Baisse de l'utilisation des antibiotiques chez le porc», source CIDRAP News.

Un rapport publié par le UK Agriculture and Horticulture Development Board (AHDB) montre que l'utilisation des antibiotiques par les éleveurs de porcs britanniques a diminué l'année dernière, portant la réduction totale depuis 2015 à 62%.

En utilisant les données du livre électronique sur les médicaments (eMb), qui couvre 95% des porcs d'abattage au Royaume-Uni, le rapport a révélé que l'utilisation totale des antibiotiques chez le porc a chuté de 5% par rapport aux niveaux de 2019, passant de 110 milligrammes (mg) par par population correction unit (PCU) à 105 mg/PCU.

La Population Correction Unit est obtenu en multipliant le nombre de porcs par un poids fixé qui correspondrait au poids au moment du traitement.

L'utilisation d'antibiotiques d'importance critique de la plus haute priorité a connu une légère augmentation (de 0,04 mg/PCU à 0,052 mg/PCU), mais dans l'ensemble, elle reste à des niveaux très faibles. Aucune utilisation de colistine, un antibiotique de dernier recours pour les infections multirésistantes chez l'homme, n'a été signalée en 2020.

Les responsables de l'ADHB affirment que cette baisse rapproche l'industrie porcine britannique du niveau cible de 99 mg/PCU, fixé en 2015.

«Le secteur a enregistré des réductions soutenues depuis le début de l'enregistrement via eMB en 2015», a dit Angela Christison, directrice de la stratégie sectorielle de l'AHDB pour le porc, dans un communiqué de presse de l'AHDB. «Cette amélioration continue, malgré la perturbation du flux de porcs pendant la pandémie, est à l'honneur de la collaboration entre les producteurs, les vétérinaires et l'industrie dans son ensemble.»

L'industrie porcine britannique s'est fixée un objectif de réduction supplémentaire de 30% d'ici 2024.

Mise à jour du 17 juin 2021. Une mauvaise nouvelle selon cette publication parue dans BMJ, Use of critically important antibiotics class has more than doubled on UK pig farms.

Santé des troupeaux de porcs en Suisse, c'est PathoPig

Les problèmes de santé du troupeau sont relativement fréquents dans les élevages porcins. Pour préserver la santé des animaux et garantir une production de denrées alimentaires sûres, l’OSAV soutient financièrement le programme «PathoPig» qui vise à identifier de manière précoce la cause des problèmes affectant le troupeau au moyen d’autopsies.

Rapport annuel PathoPig

En 2020, 301 cas de problèmes sanitaires ont été examinés dans le cadre du programme PathoPig. La répartition géographique des exploitations testées correspondait en 2020, comme les années précédentes, à celle des densités de porcs en Suisse. En 2020, les problèmes de santé ont pu être élucidés dans 86 % des cas. Pour les autres cas aussi, les résultats des examens ont fourni des informations importantes au vétérinaire de troupeau et lui ont permis de prendre les mesures qui s’imposent pour remédier au problème de santé sur l’exploitation.

Résumé

Depuis 2014, le projet PathoPig permet aux détenteurs d’animaux de faire effectuer par des laboratoires de pathologie des autopsies subventionnées pour clarifier les problèmes de santé affectant leur troupeau.

En 2020, 301 cas de problèmes sanitaires ont été examinés dans le cadre de PathoPig. Les analyses ont porté sur un total de 467 porcs provenant de 252 exploitations différentes. Ces chiffres s’inscrivent en léger recul par rapport aux années précédentes (moyenne annuelle de 2014 à 2019 : 359 cas, 596 animaux, 299 exploitations). Ce repli s’explique par différents facteurs, dont probablement la pandémie de coronavirus. Comme les années précédentes, la répartition géographique des exploitations testées en 2020 correspond à celle des densités de porcs en Suisse. Entre 2014 et 2020, 1354 exploitations différentes ont fait l’objet de tests dans le cadre de PathoPig. Parmi celles-ci, 34 % (461) ont été testées au cours de deux années ou plus. En 2020, quatre laboratoires ont mené les examens du programme et 76 expéditeurs (2019 : 88) différents (cabinets vétérinaires, services sanitaires porcins, cliniques porcines universitaires) ont soumis au moins une fois des porcs à des examens via PathoPig. Comme les années précédentes, la majorité des envois concernait des porcelets allaités et des porcelets sevrés. Comme en 2019, ce sont des porcelets sevrés (36 %) qui ont été envoyés le plus fréquemment (porcelets allaités : 29 %). En 2020, le nombre d’envois regroupant plusieurs animaux (40 %) s’est inscrit en baisse par rapport aux années précédentes (moyenne de 49 %). La cause du problème affectant le troupeau a pu être identifiée dans 86 % des cas, un taux supérieur à la moyenne depuis le lancement du programme (80 %). Comme les années précédentes, les motifs d’envoi les plus fréquents étaient des problèmes gastro-intestinaux (55 %), des septicémies (11 %) et des troubles de l’appareil locomoteur (7 %). S’agissant d’épizooties réglementées dans l’ordonnance correspondante, les examens menés en 2020 dans le cadre du programme PathoPig ont permis de détecter la présence du Teschovirus dans une exploitation. Décrit pour la première fois en Italie il y a peu, le Pestivirus du mouton a été détecté chez les porcs d’un troupeau. Sur le plan antigénétique, ce virus s’apparente au virus PPC (peste porcine classique).

Au fil des années, PathoPig s’est établi auprès des vétérinaires et détenteurs de porcs en Suisse comme une méthode fiable pour dresser des diagnostics dans les cheptels. Le programme contribue ainsi à l’amélioration de la santé porcine, notamment par le biais du dépistage (précoce) de maladies. Il intensifie l’échange d’informations entre les détenteurs d’animaux, les vétérinaires et les laboratoires, ce qui est essentiel pour clarifier de manière durable les problèmes affectant un troupeau et améliorer ainsi la santé des animaux concernés.

En 2019 et 2020, le projet PCE-VT a été mené parallèlement à PathoPig. Ce projet pilote de l’OSAV a pour but de promouvoir les prélèvements ciblés dans les exploitations porcines par les vétérinaires de troupeau, qui bénéficient ainsi, outre de PathoPig, d’une option supplémentaire de diagnostic au sein du troupeau. Les deux programmes se complètent parfaitement et permettent d’améliorer les diagnostics et la santé au sein des cheptels de porcs, tout en offrant un meilleur aperçu de la situation sanitaire à l’échelle nationale. La poursuite des deux programmes en parallèle sera organisée en 2021 pour les prochaines années.

Des chercheurs découvrent différents impacts des types de Salmonella apparentés

«Des chercheurs découvrent différents impacts des types de Salmonella apparentés», source Food Safety News.

Des scientifiques ont découvert que les variants de Salmonella peuvent avoir des effets différents sur la santé des porcs et les risques qu'ils présentent pour la sécurité des aliments.

Deux types étroitement liés de Salmonella Typhimurium, appelés U288 et de séquence type (ST) 34, sont particulièrement dominants chez les porcs et diffèrent par la colonisation de l'intestin et des tissus environnants et la gravité de la maladie qu'ils produisent. Le variant ST34 représente plus de la moitié de toutes les infections humaines à Salmonella Typhimurium au Royaume-Uni, tandis que U288 est rarement associé à une infection humaine.

Le professeur Rob Kingsley du Quadram Institute et le professeur Mark Stevens du Roslin Institute ont travaillé avec des scientifiques de l'Earlham Institute pour étudier les variants courants de Salmonella chez les porcs au Royaume-Uni.

En utilisant le séquençage du génome entier, l'équipe de recherche a découvert que les deux types de Salmonella Typhimurium circulaient chez les porcs britanniques depuis 2003. Les chercheurs avaient précédemment examiné l'émergence et la propagation de Salmonella chez les porcs.

Prédire les stratégies de risque et de contrôle

Dans l'industrie porcine, cela peut avoir un impact sur la santé et le bien-être des porcs et avoir des effets potentiels sur la productivité. Salmonella Typhimurium est relativement courant dans les troupeaux de porcs et les procédés dans les abattoirs tentent de prévenir la contamination de la viande destinée à la chaîne alimentaire.

Les résultats de l'étude, publiés dans la revue Communications Biology (l'article est disponible en intégralité) pourraient aider à prédire le risque de variants de Salmonella pour les animaux et les humains, et aider les stratégies de prévention ou de contrôle des infections.

«Comprendre comment des variants de Salmonella émergent et identifier les signatures génétiques responsables de l'adaptation à différents hôtes et la capacité de produire des maladies offrira des opportunités pour améliorer les diagnostics et la surveillance. Cela aidera à son tour à prédire le risque que présentent les variants de Salmonella pour la santé animale et la sécurité alimentaire», a dit Stevens.

L'étude a analysé la composition génétique des souches de Salmonella isolées chez les porcs et les humains, pour identifier les variants et comprendre comment ils ont évolué et se comportent. Des échantillons ont été prélevés dans des infections cliniques humaines lors du diagnostic de routine et sur des animaux lors de la surveillance de routine.

Cela comprenait 1 826 isolats de Salmonella Typhimurium provenant d'infections humaines en Angleterre et au Pays de Galles entre avril 2014 et décembre 2015 et 79 souches de Salmonella Typhimurium U288 isolées d'animaux au Royaume-Uni en 2014 et 2015 dans le cadre de la surveillance de l'APHA (Animal and Plant Health Agency) et 77 autres de 2005 à 2016.

Différences des souches

Les travaux ont impliqué Public Health England et l'APHA et ont été financés par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council.

Les bactéries ST34 considérablement plus viables ont été récupérées après dessiccation pendant 24 heures, par rapport à U288. Le variant monophasique de Salmonella Typhimurium ST34 s'est également répliquée à un taux plus élevé que U288 en culture, unr caractéristique qui, selon les experts, pourrait entraîner un niveau plus élevé de contamination dans les aliments.

Le variant U288 a évolué pour acquérir des gènes associés à la résistance aux antimicrobiens et aux variations de molécules liées à la virulence ainsi qu'à une croissance plus lente en laboratoire.

«Nous avons déjà vu ces types de changements dans des variants de Salmonella qui se sont adaptées à des espèces hôtes spécifiques et provoquent une maladie plus invasive, y compris le type de Salmonella qui cause la fièvre typhoïde chez les humains mais n'affecte pas les autres espèces», a dit Kingsley.

«L'une des découvertes intéressantes est la rapidité avec laquelle les agents pathogènes peuvent s'adapter, et comment même quelques changements génomiques peuvent conduire à des résultats de maladie très différents», a dit le Dr Matt Bawn, chercheur sur l'étude basée à l'Earlham Institute et au Quadram Institute.

Nouvelles règles sur le contrôle et étude sur Salmonella en Suède

«Nouvelles règles sur le contrôle et étude sur Salmonella en Suède», souce Food Safety News.

Une nouvelle législation est entrée en vigueur ce mois-ci en Suède, qui prévoit que les autorités de contrôle alimentaire peuvent faire des achats sans divulguer leur identité en tant qu'agence officielle après coup. Cela permet de vérifier plus facilement que les aliments sur le marché sont ce qu'ils prétendent être, qu'ils n'induisent pas les consommateurs en erreur et qu'ils ne sont pas dangereux pour la santé.

Cela s'applique aux achats à distance tels que le commerce électronique et aux magasins physiques. Auparavant, il n'y avait pas eu de soutien juridique pour que les autorités agissent sans se faire connaître. Les modifications ont été apportées pour mettre les règles nationales en conformité avec les réglementations de l'UE.

Enfin, le gouvernement a chargé le Conseil suédois de l'agriculture et l'Institut vétérinaire suédois de réaliser une étude de faisabilité sur les mesures permettant de prévenir et de gérer efficacement la présence de Salmonella chez les animaux d'élevage.

Au cours de l'année écoulée, le nombre de cas de Salmonella a augmenté chez les animaux destinés à l'alimentation et dans les troupeaux de porcs. Cela entraîne une augmentation des coûts pour les propriétaires d'animaux et l'État dans la lutte contre les épidémies.

Le travail examinera les sources possibles d'infection et comprendra de nouvelles connaissances sur les méthodes d'analyse. Les résultats seront communiqués d'ici la fin du mois de janvier 2022.

Impact de diverses conditions d'élevage porcin sur la résistance aux antibiotiques

«Impact de diverses conditions d'élevage porcin sur la résistance aux antibiotiques», source AEM.

De grandes quantités d'antibiotiques sont utilisées en agriculture pour assurer le bien-être et la productivité des animaux et sont sans doute une force motrice pour la persistance de bactéries résistantes à l'environnement et aux aliments. Poulin-Laprade et coll. démontrent que la résistance aux céphalosporines de troisième génération était plus fréquente chez les animaux sans antibiotiques, tandis que les bactéries isolées à partir d'animaux recevant de la pénicilline étaient résistantes à un plus grand nombre d'antibiotiques en moyenne. De plus, il existe une co-sélection claire entre les gènes conférant une résistance aux antibiotiques pertinents pour la santé humaine et les antibiotiques couramment utilisés comme traitements curatifs dans les exploitations porcines canadiennes.

Le titre de l'article est, «Déterminants de la résistance et leur contexte génétique chez les entérobactéries à partir d'une étude longitudinale de porcs élevés dans diverses conditions d'élevage».

Résumé

Les porcs sont les principaux réservoirs d'entérobactéries résistantes qui peuvent atteindre les humains par la consommation de viande ou de légumes contaminés cultivés dans un sol fertilisé avec du fumier.

Des échantillons ont été prélevés sur des truies pendant la lactation et sur leurs porcelets à cinq moments du cycle de production. Les bactéries résistantes au céfotaxime ont été quantifiées et isolées des aliments pour animaux, des excréments, du fumier et des carcasses de porcs élevés dans des élevages utilisant de la pénicilline ou sans antibiotiques.

Les isolats ont été caractérisés par des tests de sensibilité aux antibiotiques, un séquençage du génome entier et des essais de conjugaison. Le phénotype des β-lactamases à spectre étendu (BLSE) était plus fréquent dans les isolats provenant d'animaux sans antibiotiques, tandis que les bactéries isolées d'animaux utilisant de la pénicilline étaient en moyenne résistantes à un plus grand nombre d'antibiotiques. Les gènes codant pour les BLSE identifiés étaient bla_CTX-M-1, bla_CTX-M-15 et bla_CMY-2, et ils se sont colocalisés sur des plasmides avec divers gènes codant pour la résistance aux β-lactames, au cotrimoxazole, aux phénicols et à la tétracycline, tous les antibiotiques. utilisé dans la production porcine. Les groupes de gènes conférant la résistance observée et les éléments mobiles disséminant la résistance multidantibiotiques ont été déterminés. La résistance observée aux β-lactamines était principalement due aux actions complémentaires des protéines de liaison à la pénicilline, une pompe à efflux et des β-lactamases. La plupart des déterminants de la résistance étaient partagés par les animaux élevés avec ou sans antimbiotiques. Cela suggère une contribution clé des entérobactéries indigènes transmises par la mère le long de la lignée des truies indépendamment de l'utilisation d'antibiotiques. On ne sait pas si la résistance aux antibiotiques observée dans les populations d'entérobactéries des troupeaux de porcs commerciaux étudiés était présente avant l'utilisation d'antibiotiques ou dans quelle mesure l'utilisation d'antiibiotiques historiques a exercé une pression sélective définissant les populations bactériennes résistantes dans les élevages utilisant la prophylaxie à la pénicilline.

Importance

La résistance aux antibiotiques est une menace mondiale qui doit être combattue sur de nombreux fronts le long du continuum 'Une seule santé'. De grandes quantités d'antibiotiques sont utilisées en agriculture pour assurer le bien-être et la productivité des animaux et sont sans doute une force motrice pour la persistance de bactéries résistantes à l'environnement et aux aliments. Cette étude a évalué l'impact des pratiques d'élevage conventionnelles, biologiques et autres sans antibiotique sur la fréquence et la nature des gènes de résistance aux antibiotiques et des entérobactéries multirésistantes. Elle fournit des connaissances sur la contribution relative des déterminants spécifiques de la résistance à la résistance aux antibiotiques observée. Elle montre également la co-sélection claire des gènes codant pour les bêta-lactamases à spectre étendu et des gènes codant pour la résistance aux antibiotiques couramment utilisés en prophylaxie ou dans les traitements curatifs dans les exploitations porcines.

Danger dans la porcherie: un projet de recherche vise à limiter la propagation des SalmonelleA et du virus de l'hépatite E

«Danger dans la porcherie: un projet de recherche vise à limiter la propagation des SalmonelleA et du virus de l'hépatite E», source communication du BfR n°003/2021 du 1er février 2021.

Les bactéries du genre Salmonella et le virus de l'hépatite E (VHE) peuvent infecter les humains et les animaux. Chez les porcs, ils conduisent souvent à des infections asymptomatiques (subcliniques). Cependant, chez l'homme et les porcs, ils peuvent également provoquer des infections graves et potentiellement mortelles. Les éleveurs et les vétérinaires en particulier ont un risque accru d'être infecté par Salmonella et le VHE en raison de leurs contacts fréquents et intensifs avec les porcs. Le projet de recherche européen BIOPIGEE («Biosecurity practices for pig farming across Europe ou Pratiques de biosécurité pour l'élevage porcin à travers l'Europe»), coordonné par l'institut fédéral allemand d'évaluation des risques (BfR), vise désormais à en savoir plus sur la manière de réduire la fréquence de Salmonella et du VHE dans les élevages porcins européens. Le but du projet est de déterminer les méthodes qui peuvent le mieux contenir les pathogènes.

BIOPIGEE fournira des informations sur la manière de protéger les porcs contre l'entrée et la propagation de pathogènes en utilisant différentes approches de recherche. Des échantillons fécaux seront prélevés sur des porcs de différents types d'élevages dans les pays participants et testés pour la recherche de Salmonella et du VHE, et les éleveurs seront interrogés sur les mesures de biosécurité dans l'élevage. La collaboration avec des experts expérimentés dans le contrôle de ces pathogènes dans les élevages de porcs, des ateliers d'experts et des revues de la littérature permettront de mieux comprendre les meilleures méthodes de contrôle. Les analyses de laboratoire seront réaliséee pour déterminer l'efficacité des désinfectants courants contre les Salmonella et le VHE.

Les données obtenues seront ensuite incluses dans des modèles mathématiques. Ils pourront être utilisés pour déterminer quelles mesures de biosécurité sont les plus efficaces contre un ou les deux pathogènes.

Le projet est financé par le «Programme conjoint européen One Health» (OHEJP). Il rassemble des experts européens pour étudier ces deux pathogènes et fournir des informations utiles pour l'élevage porcin. 13 pays et 16 instituts de recherche avec une expertise dans l'épidémiologie vétérinaire, la microbiologie, la médecine vétérinaire et humaine, l'agronomie, l'économétrie, la bactériologie et la virologie sont impliquées dans le projet. Les connaissances acquises grâce à BIOPIGEE seront partagé avec les parties intéressées dans le cadre de séminaires, de contenu de site Internet et d'un outil d'aide à la décision.

Plus d'informations sur le projet BIOPIGEE peuvent être trouvées sur la page d'accueil de One Health EJP.

Le coronavirus du porc montre un potentiel de propagation aux humains

« Le coronavirus du porc montre un potentiel de propagation aux humains », source communiqué de The University of North Carolina at Chapell Hill du 14 octobre 2020.

Des tests en laboratoire à l'UNC-Chapel Hill Gillings School of Global Public Health démontrent que le coronavirus porcin se réplique dans les voies respiratoires humaines et les cellules intestinales.

Une nouvelle étude de l'Université de Caroline du Nord à Chapel Hill suggère qu'une souche de coronavirus qui a récemment alarmé l'industrie porcine a le potentiel de se propager également aux humains.

La souche de coronavirus, connue sous le nom de coronavirus du syndrome de diarrhée aiguë porcine, est issue de chauves-souris et a infecté des troupeaux de porcs dans toute la Chine depuis sa découverte en 2016. Les épidémies d'une telle maladie ont le potentiel de faire des ravages économiques dans de nombreux pays du monde qui en dépendent de l’industrie porcine.

La menace potentielle du virus pour les humains a été démontrée dans des tests de laboratoire montrant que le SADS-CoV se répliquait efficacement dans les voies respiratoires et les cellules intestinales humaines. Les résultats ont été publiés le 12 octobre dans PNAS.

Bien qu'il fasse partie de la même famille de virus que le bétacoronavirus SARS-CoV-2, qui provoque la maladie respiratoire COVID-19 chez l'homme, le SADS-CoV est un alphacoronavirus qui provoque des maladies gastro-intestinales chez le porc. Le virus provoque une diarrhée et des vomissements sévères et a été particulièrement mortel pour les jeunes porcelets.

Le SADS-COV est également distinct de deux alphacoronavirus courants du rhume chez l'homme, HCoV-229E et HCoV-NL63.

« Alors que de nombreux chercheurs se concentrent sur le potentiel émergent des bétacoronavirus comme le SRAS et le MERS, les alphacoronavirus peuvent en fait s'avérer des préoccupations tout aussi importantes - sinon plus grandes - pour la santé humaine, étant donné leur potentiel à passer rapidement d'une espèce à l'autre », a déclaré Ralph Baric, professeur de épidémiologie à l'UNC-Chapel Hill Gillings School of Global Public Health.

Bien que le SADS-CoV n'ait pas été connu pour affecter les humains à ce jour, la pandémie de COVID-19 sert de rappel puissant que de nombreuses souches de coronavirus trouvées chez les animaux ont le potentiel d'infecter également les humains - un effet connu sous le nom de débordement.

Le laboratoire de Baric a travaillé avec Caitlin Edwards, spécialiste de la recherche et étudiante en maîtrise en santé publique à l'UNC-Chapel Hill, sur l'étude qui suggère que les humains pourraient être sensibles aux retombées du SADS-CoV.

Edwards, le premier auteur de l'étude, a testé plusieurs types de cellules en les infectant avec une forme synthétique de SADS-CoV pour comprendre à quel point le risque de contamination croisée pourrait être élevé.

Les preuves de l'étude indiquent qu'un large éventail de cellules de mammifères, y compris les cellules pulmonaires et intestinales humaines primaires, sont sensibles à l'infection. Selon Edwards, le SADS-CoV montre un taux de croissance plus élevé dans les cellules intestinales trouvées dans l'intestin humain, contrairement au SRAS-CoV-2, qui infecte principalement les cellules pulmonaires.

L'immunité de protection croisée des troupeaux empêche souvent les humains de contracter de nombreux coronavirus retrouvés chez les animaux. Cependant, les résultats des tests effectués par Edwards et son équipe suggèrent que les humains n'ont pas encore développé une telle immunité contre le SADS-CoV.

« Le SADS-CoV est dérivé du coronavirus de chauve-souris appelés HKU2, qui est un groupe hétérogène de virus avec une distribution mondiale », a déclaré Edwards. « Il est impossible de prédire si ce virus, ou une souche de chauve-souris HKU2 étroitement apparentée, pourrait émerger et infecter les populations humaines. Cependant, la large gamme d'hôtes de SADS-CoV, associée à une capacité de réplication dans les cellules pulmonaires et entériques humaines primaires, démontre un risque potentiel d'événements d'émergence futurs dans les populations humaines et animales. »

En réponse à ces résultats, Edwards et ses collègues ont testé le remdesivir antiviral à large spectre comme méthode potentielle de traitement de l'infection.

En collaboration avec Gilead Sciences, le remdesivir a été développé par le laboratoire de Baric pour lutter contre tous les coronavirus connus, y compris le SADS-CoV. Il est actuellement utilisé pour traiter les infections au COVID-19 chez l'homme. Les résultats préliminaires de cette étude montrent qu'il a une activité robuste contre le SADS-CoV, bien qu'Edwards prévient que des essais supplémentaires sont nécessaires sur d'autres types de cellules et chez les animaux pour confirmer ces résultats.

« Des données prometteuses avec le remdesivir offrent une option de traitement potentielle en cas d'événement de contagion humaine », a-t-elle déclaré. « Nous recommandons que les employés du secteur porcin et la population porcine soient continuellement surveillés pour détecter les signes d'infections de SADS-CoV afin de prévenir les épidémies et les pertes économiques massives.

Le SADS-CoV pourrait également constituer une menace pour l'économie américaine, qui occupait le troisième rang de la production mondiale de porc en 2019. En 2012, l'industrie porcine américaine a été dévastée par différents coronavirus porcins qui ont émergé de Chine.

« Sans surprise, nous recherchons actuellement des partenaires pour étudier le potentiel des vaccins candidats vis-à-vis du SADS-CoV pour protéger les porcs » a déclaré Baric. « Alors que la surveillance et la séparation précoce des porcelets infectés des truies offrent l'occasion de réduire les épidémies plus importantes et le potentiel de débordement chez l'homme, le vaccin peut être essentiel pour limiter la propagation mondiale et les événements d'émergence humaine à l'avenir.

Commentaire. Pour information, selon cette étude, le remdesivir montre un petit effet ou pas d'effet du tout contre le SRAS-CoV-2.

A propos d'un programme potentiel de vaccination contre Salmonella Typhimurium chez les porcs en Belgique

Voici une étude parue dans Preventive Veterinary Medicine à propos de la «Combinaison d'approches quantitatives et qualitatives pour déterminer la viabilité d'un programme potentiel de vaccination contre Salmonella Typhimurium chez les porcs en Belgique».

Faits saillants

• Sur la base d'un modèle d'évaluation quantitative des risques microbiens, la vaccination des porcs contre Salmonella Typhimurium seul peut ne pas être suffisamment efficace pour réduire la prévalence annuelle de la salmonellose humaine.
• Un accent particulier sur les interventions à l'abattoir pourrait être plus efficace pour réduire la prévalence annuelle de la salmonellose humaine que la vaccination seule.
• Une approche qualitative a montré que les préoccupations potentielles du secteur porcin liées à la mise en œuvre d'un programme de vaccination obligatoire contre Salmonella Typhimurium se situaient sous sept grandes rubriques: sensibilisation à la santé publique, rapport coût-bénéfice/efficacité du vaccin, législation, vaccin monovalent, temps et travail requis pour vacciner, enregistrement des vaccins et restriction du commerce.

Résumé

La vaccination des porcs contre Salmonella Typhimurium (ST) pourrait être un moyen de contrôler les infections à ST au niveau de l’exploitation agricole et de réduire les infections humaines. Deux questions principales doivent être abordées avant qu'un tel programme de vaccination obligatoire puisse être mis en œuvre: la réduction effective de l'incidence humaine attribuable doit être démontrée et tous les obstacles socio-économiques ayant un impact sur l'attitude et la motivation du secteur porcin doivent être levés.

La présente recherche a utilisé un modèle d'évaluation quantitative des risques microbiens pour estimer l'effet de différentes stratégies de réduction de Salmonella spp. et ST sur la prévalence annuelle de la salmonellose humaine le long de la chaîne de production de viande de porc hachée. En outre, une étude qualitative visait à répertorier les préoccupations potentielles de la filière porcine concernant la mise en œuvre d'un futur programme de vaccination hypothétique.

Les thèmes suivants ont été les plus souvent mentionnés: sensibilisation, rapport coût-bénéfice/efficacité des vaccins, législation, vaccin monovalent, temps et travail nécessaires pour vacciner, enregistrement des vaccins et restrictions commerciales. Le rapport coût-efficacité et rapport coût-bénéfice de la vaccination ont été cités par toutes les personnes-clés interrogées (n = 12). Cependant, sur la base du modèle d'évaluation quantitative des risques microbiens, la vaccination seule peut ne pas être suffisamment efficace pour réduire la prévalence annuelle de la salmonellose humaine. Une combinaison de différentes mesures de contrôle le long de la chaîne alimentaire, avec un accent particulier sur les interventions à l'abattoir, pourrait être plus efficace pour atteindre l'objectif souhaité que la vaccination seule.

Mots clés

Salmonella Typhimurium ; Modèle d'évaluation quantitative des risques microbiens ; Vaccination des porcs.

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Chine: Des essais prometteurs de vaccins contre la peste porcine africaine

« Chine: Des essais prometteurs de vaccins contre la peste porcine africaine », source article de Jim Romahn sur son blog Agri 007.

Des chercheurs chinois rapportent des résultats positifs avec un vaccin contre la peste porcine africaine.

L'Institutde recherche vétérinaire d'Harbin a mené des essais sur 3 000 porcs, certains d'entre eux étant des porcelets et d'autres des truies.

Les résultats indiquent qu'à des doses 100 fois plus élevées que d'habitude, le vaccin a généré une réponse immunitaire de 80%.

Les chercheurs rapportent qu'au cours de la période d'observation de 20 semaines, les porcs vaccinés n'ont montré aucune anomalie clinique ni aucun signe d'infection.

Ils ont dit qu’il était trop tôt pour prédire quand un vaccin sera largement disponible.

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De la persistance de Listeria monocytogenes dans des abattoirs de porcs et leur association avec des souches de listériose dans les aliments et humaine

Une étude, publiée par des chercheurs canadiens dans PLOS ONE, a étudié la distribution, la diversité et la persistance de Listeria monocytogenes dans des abattoirs de porcs et leur association avec les souches de listériose alimentaire et humaine.

Listeria monocytogenes est l'agent étiologique de la listériose, une maladie d'origine alimentaire majeure et un problème de santé publique important. La contamination de la viande par L. monocytogenes se produit fréquemment à l'abattoir.

Nos objectifs étaient; 1) étudier la distribution de L. monocytogenes dans les zones de transformation de quatre abattoirs de porcs; 2) décrire la diversité des souches de L. monocytogenes par électrophorèse en champ pulsé; 3) identifier les souches persistantes de L. monocytogenes et décrire leur répartition; 4) étudier les associations entre la persistance des souches et leurs caractéristiques suivantes: détection dans des isolats alimentaires, détection dans des isolats cliniques humains et présence de gènes de résistance au chlorure de benzalkonium (CBA).

Diverses zones d'opération dans les quatre abattoirs de porcs ont été échantillonnées à quatre reprises. Un total de 2 496 échantillons ont été analysés et L. monocytogenes a été isolé avec succès à partir de 243 échantillons. La proportion d'échantillons positifs variait de 32 à 58% dans chaque abattoir et de 24 à 68% dans chaque zone d'opération.

Cinquante-huit pulsotypes différents ont été identifiés et huit pulsotypes, présents dans les échantillons prélevés au cours des 4 visites, ont été considérés comme persistants. Les pulsotypes persistants étaient significativement plus susceptibles d'être détectés respectivement, dans des aliments (P < 0,01, exact χ²) et des cas cliniques humains (P < 0,01, exact χ²). Parmi les pulsotypes hébergeant une cassette de gène de résistance au CBA bcrABC ou le gène transporteur de résistance à  plusieurs antibiotiques emrE, 42,8% étaient persistants contre 4,5% pour les pulsotypes sans ces gènes de résistance (P < 0,01, exact χ²).

Notre étude met en évidence l'importance des souches persistantes de L. monocytogenes dans la contamination environnementale des abattoirs, ce qui peut entraîner une contamination répétée des produits carnés. Elle montre aussi que la présence de gènes de résistance aux désinfectants est un facteur contributif important.

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Des chercheurs d'UConn identifient un composé efficace afin de bloquer le virus qui dévastent des populations de porcs dans le monde

« Des chercheurs d'UConn identifient un composé efficace afin de bloquer le virus qui dévastent des populations de porcs dans le monde », source Université du Connecticut (UConn).

Le virus du Syndrome Dysgénésique et Respiratoire Porcin (SDRP) est le virus le plus dommageable économiquement pour la production porcine mondiale, responsable d'environ 600 millions de dollars de pertes annuelles pour les seuls éleveurs de porc américains.

Le virus est apparu pour la première fois en Amérique du Nord en 1987 et n'a pas encore de vaccin ou de traitement efficace. Cependant, Young Tang, professeur de sciences animales à l'Université du Connecticut, et Antonio Garmendia, professeur de pathobiologie et de science vétérinaire, ont désormais identifié avec succès des composés capables de bloquer efficacement le virus d'infecter les cellules de porc, créant ainsi une voie prometteuse vers un traitement alternatif. Ils ont publié leurs résultats dans la dernière édition du Virology Journal.

Le virus du SDRP est très contagieux et affecte les porcs jeunes et adultes. Le virus provoque une maladie respiratoire, affectant généralement les jeunes porcs, et une forme de reproduction affectant les truies gestantes, ce qui entraîne des avortements, des mortinaissances et une infertilité. Le virus affaiblit également gravement le système immunitaire du porc, le rendant plus vulnérable à d’autres infections.

L'équipe de recherche UConn a identifié un récepteur de surface cellulaire appelé CD163 qui est exprimé dans les monocytes et les macrophages de porc dont le virus a besoin pour pénétrer dans les cellules cibles du porc, et a émis l'hypothèse qu'une petite molécule bloquant ce récepteur bloquerait l'infection.

En collaboration avec Atomwise, une société de biotechnologie de San Francisco, Tang et Garmendia ont utilisé la technologie de l'intelligence artificielle (IA) pour cribler virtuellement des millions de composés et identifier de petites molécules susceptibles de bloquer le CD163. Après avoir identifié les meilleurs candidats, Atomwise a envoyé à Tang et Garmendia 74 petites molécules censées avoir le plus grand potentiel de ciblage du récepteur à tester dans leurs laboratoires.

Les chercheurs d'UConn ont ensuite utilisé un test de complémentation de fluorescence bimoléculaire (BiFC) pour déterminer si les composés pouvaient bloquer les glycoprotéines virales de l'interaction avec le récepteur cellulaire. Lorsque les protéines interagissent, elles génèrent une fluorescence dans le test, ce qui, dans ce cas, indique que la glycoprotéine virale se lie au récepteur.

Lorsque les chercheurs n'ont pas observé de fluorescence, cela signifiait que la petite molécule avait réussi à bloquer le virus.

Ils ont découvert que l'un des composés prédits, nommé B7, bloquait la formation de fluorescence dans le test de BiFC. Lors d'essais de suivi, ils ont déterminé que B7 bloquait l'infection virale des cellules de porc, devenant ainsi la toute première étude in vitro démontrant une inhibition réussie de la reconnaissance des récepteurs viraux par le virus du SDRP.

Il existe de nombreuses souches du virus SDRP, ce qui rend les tentatives de création de vaccins largement protecteurs très difficiles. Les vaccins agissent en incitant le corps à produire des anticorps spécifiques de la souche de virus utilisée comme vaccin. Parce que le virus mute si rapidement et qu'il contient autant de souches, il est impossible de vacciner les porcs contre chaque variant.

Les chercheurs ont testé les petites molécules d'Atomwise avec les types américains et européens du virus et ont constaté que B7 les bloque efficacement. Ces deux types sont génétiquement divers, ce qui rend la large applicabilité de cette découverte significative.

Associé aux vaccins existants, ce composé fournirait une deuxième ligne de défense contre le SDRP. Alors que les vaccins provoquent la création d’anticorps, la petite molécule bloquerait l’attachement du virus aux récepteurs cellulaires, ce qui réduirait l’excrétion et la transmission du virus.

«Cela protégerait mieux les animaux qu'un vaccin seul», dit Garmendia.  Cela pourrait avoir un impact significatif. »

La collaboration de recherche a également identifié plusieurs analogues de B7 qui ont produit des résultats similaires. En identifiant ces analogues avec des structures similaires, les chercheurs ont glané une meilleure idée de la façon dont plusieurs groupes chimiques sur B7 étaient responsables de la perturbation de l'infection virale.

Avec le soutien d'UConn Technology Commercialization Services, les chercheurs ont déposé un brevet provisoire pour cette avancée et recherchent activement des partenaires industriels.

«J'espère que nous trouverons des collaborateurs de l'industrie pour développer davantage cette technologie et investir dans ce domaine», dit Tang.

La prochaine étape de cette recherche consiste à réaliser des expériences in vivo pour tester davantage l'efficacité de ces petites molécules chez des porcs infectés

«Si nous constatons qu’il peut être aussi efficace in vivo qu’in vitro avec une faible toxicité pour les porcs, nous pourrons dire que nous avons trouvé un remède contre cette maladie», dit Tang.

  

Si un remède est développé, ce serait une aubaine pour les éleveurs de porcs. Les agriculteurs pourraient vendre des porcs sans SDRP, ce qui est actuellement rare, tout en économisant énormément chaque année en réduisant l'incidence de la maladie.

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Produits de viande et coronavirus: transmission improbable, selon le BfR

« Produits de viande et coronavirus: transmission improbable », source Communication n°027/2020 du BfR du 19 juin 2020.

Au cours des dernières semaines, des employés des abattoirs et des installations de découpe de viande ont été infectés par le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2). Par conséquent, de nombreuses personnes ont soulevé la question de savoir si le coronavirus peut également être transmis par le biais de produits de viande ou d'autres aliments.

D'après l'état actuel des connaissances, cela est improbable. Théoriquement, la contamination de la viande ou des produits carnés par des coronavirus est possible lors de l'abattage ou lors de la découpe et de la transformation de la viande. Cependant, le BfR n'a pas encore connaissance de cas d'infection au SRAS-CoV-2 via la consommation de produits carnés ou le contact avec des produits carnés contaminés.

Selon l'état actuel des connaissances, le bétail comme les porcs ou les poulets ne peut pas être infecté par le SRAS-CoV-2 et, par conséquent, ne peut pas transmettre le virus aux humains de cette façon. «Les coronavirus ne peuvent pas se multiplier dans ou sur les aliments ; pour ce faire, ils ont besoin d'un animal vivant ou d'un hôte humain», a dit le Dr Andreas Hensel, président du BfR. «Il n'y a aucune indication pour les coronavirus et le SRAS-CoV-2 que les humains peuvent être infectés par la consommation d'aliments tels que la viande et les produits carnés. Si il existe de nouvelles informations scientifiquement valables sur ce sujet, nous les examinerons et les évaluerons, et nous les communiquerons immédiatement.»

Ceux qui veulent se protéger des infections d'origine alimentaire doivent toujours faire cuire la viande et la volaille suffisamment et uniformément avant de les consommer.

La Chine encourage ses entreprises à élever des porcs à l'étranger pour combler la pénurie de porcs domestiques

« La Chine encourage ses entreprises à élever des porcs à l'étranger pour combler la pénurie de porcs domestiques », source Reuters.

La Chine a déclaré lundi qu'elle encourageait les entreprises à construire des élevages porcins à l'étranger pour combler une grave pénurie de porcs domestiques après une épidémie de peste porcine africaine pire que jamais et qui a réduit presque la moitié de son cheptel porcin.

La Chine a exhorté les autorités locales à aider les entreprises nationales qualifiées à « sortir » et à construire des bases d'élevage porcin dans les pays où les produits porcins peuvent être réexportés en Chine, selon une déclaration conjointe publiée par le planificateur national du pays et le ministère de l'agriculture.

Pékin a pris diverses mesures pour stimuler la production porcine et augmenter les approvisionnements en porc, après que la peste porcine africaine meurtrière eut considérablement réduit la production et poussé les prix de la viande préférée du pays à des niveaux record.

Le dernier document officiel, émanant du plus haut organisme de planification économique et de l'autorité agricole, met en évidence l'inquiétude de Pékin, alors que la flambée des prix du porc a poussé l'inflation des consommateurs à son plus haut niveau au cours des années et qu'une maladie de coronavirus sans précédent a perturbé la logistique et entravé la production porcine.

« Dans le passé, les principaux documents gouvernementaux s'arrêtaient généralement au commerce, parlant d'acheter des céréales ou du porc à l'étranger, mais n'impliquaient jamais d'élever des porcs à l'étranger », a déclaré un cadre d'un grand producteur de porcs.

« Mais là encore, il n'est jamais arrivé dans l'histoire que la peste porcine africaine ait créé un si grand déficit d'approvisionnement », a déclaré l'exécutif, qui a refusé d'être nommé car il n'était pas autorisé à parler aux médias.

Les élevages de porcs devraient être construits dans des pays avec des relations commerciales bilatérales stables avec la Chine et exempts de peste porcine africaine, selon le document gouvernemental le plus haut publié par la Commission nationale de développement et de réforme et le ministère de l'agriculture et des affaires rurales.

Les efforts de Pékin interviennent alors que la peste porcine africaine continue de se propager dans le plus grand troupeau de porcs au monde. Trois nouveaux foyers du virus viennent d'être signalés en Chine la semaine dernière.

Jim Romahn sur son blog Agri 007 indique que cela pourrait concerner le Canada. Smithfield Foods of Virginia appartient à une société chinoise. Il s'agit de loin du plus grand producteur de porcs et de conditionneur de porcs en Amérique du Nord.