vendredi 2 juillet 2021

Les infections causées par tous les principaux agents pathogènes d'origine alimentaire en baisse en Suède en 2020

«Les infections causées par tous les principaux agents pathogènes d'origine alimentaire en baisse en Suède», source article de Joe Whitworth paru le 2 juillet 2021 dans Food Safety News.

Le nombre d'infections d'origine alimentaire a diminué en Suède en 2020, selon un rapport sur la surveillance des maladies infectieuses chez les animaux et les humains.

Les signalements des cas d’infections à Campylobacter, Cryptosporidium, E. coli, Listeria, Salmonella et Yersinia ont tous diminué au cours de la dernière année, au moins une partie de la baisse étant attribuée aux conséquences directes et indirectes de la COVID-19 sur les efforts et les résultats de surveillance.

La surveillance des maladies est principalement assurée par les personnes cherchant à se faire soigner et pendant la pandémie, moins de patients se sont rendus chez des médecins de soins primaires avec des symptômes compatibles avec les zoonoses courantes. On pense que cela est lié au choix des patients de ne pas se faire soigner et à une véritable réduction de l'incidence de la maladie liée aux changements d'hygiène générale tels que l'augmentation du lavage des mains, la distanciation physique et la réduction des déplacements en raison des recommandations liées aux coronavirus.

Le rapport a été préparé par l'Institut vétérinaire national (SVA) avec l'aide de Folkhälsomyndigheten (l'Agence suédoise de santé publique) et de Livsmedelsverket (l'Agence suédoise de l'alimentation).

Faible enregistrement de Campylobacter

La pandémie a entraîné un niveau record faible de campylobactériose et une proportion élevée de cas d'infections domestiques. Au total, 3 434 cas ont été signalés, contre 6 693 en 2019.

Une forte augmentation du nombre de personnes infectées par Campylobacter a été constatée début août. Parallèlement, plusieurs cas d’infections ont été observés chez des employés d'un grand abattoir. Il y avait également eu une augmentation de la proportion de lots de poulets positifs pour Campylobacter à partir de la deuxième quinzaine de juillet, principalement parmi les troupeaux envoyés à l'abattoir.

L'une des raisons invoquées pour expliquer la propagation parmi les troupeaux de volailles était les cages de transport sales qui transportaient les bactéries entre les élevages de poulets. Un facteur qui a peut-être permis à Campylobacter de s'implanter plus facilement dans les élevages est la pratique de l'éclaircissage, selon le rapport.

Préoccupations pluriannuelles liées à Listeria

En 2020, l'incidence de la listériose a diminué par rapport à 2019, mais le tableau d'ensemble montre une tendance à la hausse. Au total, 88 cas confirmés ont été signalés contre 113 en 2019. Au total, 23 personnes sont décédées dans le mois suivant le diagnostic.

Quatorze clusters différents ont été identifiées, dont 13 contenaient des isolats identiques ou étroitement apparentés déjà observés avant 2020. Un cluster de listériose comprenait 19 cas avec des isolats identiques ou presque identiques identifiés depuis 2014, dont huit cas en 2020. La majorité provient de deux comtés du nord de la Suède, ce qui indique que la source de transmission est un produit alimentaire fabriqué localement. Un échantillonnage supplémentaire chez plusieurs producteurs n'a pas permis de retrouver la souche épidémique.

Un autre cluster comprenait 26 cas avec des isolats identiques ou similaires trouvés depuis 2011, dont quatre cas en 2020. La souche épidémique a été retrouvée dans du fromage bleu et du jambon échantillonnés dans les réfrigérateurs de deux patients en 2020, mais la source est encore inconnue.

Une souche rare de Listeria monocytogenes en Suède a causé une maladie liée à un fromage produit localement. Un échantillon de fromage à croûte lavée a été prélevé dans le réfrigérateur de la personne et s'est révélé positif pour la souche épidémique. Le fromage était fabriqué à partir de lait pasteurisé. L'analyse d'échantillons environnementaux de la laiterie a montré que le site et l'équipement étaient contaminés par la souche épidémique.

Salmonelloses à partir de viande bovine locale

Au total, 826 cas de salmonellose ont été signalés, contre 1 993 en 2019. Les cas nationaux ont diminué de 45 %, passant de 763 en 2019 à 422 en 2020. La forte diminution des cas nationaux et la faible incidence record reflètent probablement des changements de comportement liés à la pandémie.

Les sérotypes les plus courants parmi les infections domestiques étaient Typhimurium, Enteritidis et Typhimurium monophasique. 55 autres sérovars ont été identifiés en 2020.

Un nombre croissant de cas d'infections à Salmonella liées à de la viande bovine locale a été observé. Entre 2019 et début 2021, 27 cas appartenant à quatre épidémies différentes impliquant les sérotypes Agona, Dublin, Düsseldorf et Reading ont fait l'objet d'une enquête.

Cinq cas à Salmonella Newport à la fin de l'automne étaient liés à une épidémie investigée par les autorités norvégiennes. La source probable d'infection était la laitue iceberg.

Seules deux épidémies ont touché plus de 10 personnes. L'une était causée par Salmonella Typhimurium monophasique, dans laquelle 17 personnes sont tombées malades entre septembre et novembre, mais la source de l'infection était inconnue. La seconde a été causée par les mêmes types de Salmonella Typhimurium que ceux trouvés chez les oiseaux sauvages, les chats et les chiens et a touché 20 personnes dont 12 enfants.

Hausse des STEC sur le long terme

En 2020, 491 cas à E. coli ont été signalés, dont 396 ont été contractés dans le pays. La tendance à long terme de l'infection à STEC en Suède est à la hausse, mais les données ont baissé de 756 cas en 2019.

E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) associé au syndrome hémolytique et urémique (SHU) a été signalé dans 10 cas dont huit ont été acquis localement. Six cas de SHU étaient des enfants de moins de 10 ans.

Pour 56 pour cent des cas de STEC contractés dans le pays, un isolat a pu être sérotypé. Cependant, pour les cas associés aux voyages, seuls 37 % ont été saisis. Au total, 68 sérotypes différents ont été identifiés. Les plus courants étaient O26:H11, O157:H7 et O103:H2.

Une enquête nationale sur une épidémie a été réalisée en 2020 avec sept cas de O103:H11 mais aucune source n'a pu être identifiée.

Autres agents pathogènes

Au total, 641 cas de cryptosporidiose ont été signalés avec plus de 550 cas infectés en Suède. Cela représente une baisse par rapport à plus de 1 000 infections en 2019. De nombreux cas en janvier s'inscrivaient dans la continuité d'une augmentation nationale par rapport à la fin de 2019 où différents légumes en tant que sources d'infections ont été étudiés.

En 2020, 220 cas d’infections à Yersinia mais aucune épidémie n'a été signalée. Il s'agit de l'incidence la plus faible depuis au moins 1997 et en baisse par rapport à 393 cas en 2019.

Sept cas de brucellose ont été signalés, ce qui est inférieur à la moyenne de 13 au cours des 10 dernières années. Le faible nombre s'explique en partie par une réduction des déplacements à l'étranger en raison de la pandémie donc moins d'infections importées. Dans trois cas, les produits laitiers non pasteurisés étaient la source probable d'infection.

Un point positif dans la pandémie: le séquençage du génome entier et la sécurité des aliments, selon la FAO

«Un point positif dans la pandémie: le séquençage du génome entier et la sécurité des aliments», source FAO du 1er juillet 2021.

Le séquençage du génome entier (WGS) a été utilisé efficacement dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments, et pourtant, c'est toujours un défi pour les pays à faible revenu et à revenu intermédiaire (PRFI) d'en tirer pleinement parti. Parmi les questions clés, il est essentiel que les décideurs politiques soient conscients de l'utilité de cette technologie.

En juin 2021, la FAO a rédigé un article technique intitulé «Un point positif de la pandémie : le séquençage du génome entier et la sécurité des aliments - Les avantages du séquençage du génome entier sont très variés» («A Silver Lining of the Pandemic: Whole-Genome Sequencing and Food Safety – The benefits of whole-genome sequencing are far ranging») dans un magazine sur la sécurité des aliments.

L'article souligne l'utilité du WGS dans les investigations sur les épidémies et discute en profondeur de l'importance d'avoir des options d'investissement à long terme et stratégiques au niveau mondial, pour que chacun puisse bénéficier de la technologie et niveler les inégalités entre les nations.

La pandémie de COVID-19 a fait prendre conscience au monde du rôle essentiel du WGS en microbiologie. Cet élan peut être capté pour promouvoir l'intégration de cet outil puissant dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments, en particulier compte tenu des options technologiques plus abordables qui deviennent disponibles. Le partage mondial ouvert de données sur les séquences d'agents pathogènes d'origine alimentaire est extrêmement bénéfique en raison de la mondialisation du commerce alimentaire. Par conséquent, les problèmes pertinents de confidentialité, de propriété et de droits de propriété intellectuelle doivent être résolus au niveau mondial.

L'inclusion de la bioinformatique dans les programmes d'enseignement supérieur des PRFI aiderait à développer l'expertise nécessaire pour mener à bien les activités liées au WGS à long terme. Maintenant que des personnes sont à l'aise avec les plateformes d'apprentissage virtuelles, les pays expérimentés et les groupes d'experts peuvent aider les scientifiques des PRFI à en savoir plus sur les applications du WGS dans la sécurité des aliments. La FAO poursuit ses efforts pour faciliter le transfert de connaissances et le développement des capacités pertinentes dans l'application des WGS pour le management de la sécurité sanitaire des aliments.

Lire l'article, A Silver Lining of the Pandemic: Whole-Genome Sequencing and Food Safety – The benefits of whole-genome sequencing are far ranging.

jeudi 1 juillet 2021

Des souches de Bifidobacterium bifidum agissent en synergie avec des inhibiteurs de points de contrôle immunitaires pour réduire la charge tumorale chez la souris

«En association avec le microbiome», source Microcosm de l'ASM.

Le microbiome intestinal est un important régulateur de l'immunité adaptative. Il a été démontré qu'il influence le développement tumoral et module les réponses de l'hôte à la chimiothérapie et à l'immunothérapie. Un article publié dans Nature Microbiology décrit l'identification de signatures microbiennes spécifiques chez des patients atteints de cancer du poumon non à petites cellules (NSCLC pour non-small-cell lung cancer impact) et comment les bactéries identifiées ont un impact sur l'efficacité thérapeutique des médicaments anticancéreux.

L’analyse discriminante linéaire Effect Size (analyse LefSe ou identification de différences biologiquement significatives entre groupes) des données de séquençage du ribosome 16S (ARNr) provenant de 96 prélèvements de selles de patients atteints de NSCLC et de 139 témoins sains a été utilisée pour déterminer comment les traitements anticancéreux affectent la composition du microbiome.

Bifidobacterium bifidum était significativement enrichi chez ceux qui ont répondu au traitement, et la qPCR a confirmé ces résultats. Fait intéressant, des études antérieures ont démontré que Bifidobacterium spp. améliore l'efficacité thérapeutique du blocage de PD-1* (programmed cell death 1) par la maturation des cellules dendritiques.

Ensuite, afin d'évaluer le potentiel thérapeutique de la bactérie, des tumeurs syngéniques de souris ont été traitées avec des souches commerciales de B. bifidum. Les scientifiques ont découvert que seules des souches spécifiques de B. bifidum fonctionnaient en synergie avec le blocage de PD-1 ou le traitement par l'oxaliplatine pour réduire la charge tumorale chez la souris. Il a donc été proposé que B. bifidum module les réponses immunitaires antitumorales par la biosynthèse de molécules et de métabolites immunostimulants qui potentialisent la production d'interféron γ ou interféron gamma.

*PD-1, récepteur ayant des implications majeures dans le contrôle de la balance activation/inhibition de la réponse immunitaire, en particulier dans le contrôle de l’activation des lymphocytes T.

Finlande: Près de 450 personnes, principalement des enfants, malades dans une épidémie à Salmonella

«Plusieurs centaines de personnes, principalement des enfants, malades dans une épidémie à Salmonella», source Food Safety News.

Près de 450 personnes sont tombées malades en Finlande à cause d’une salade suédoise soupçonnée d'être à l'origine de l'infection.

Les autorités de la ville de Jyväskylä enquêtent sur des cas à Salmonella et l'absence d'enfants et de personnel dans les écoles maternelles et les garderies privées qui ont signalé des symptômes d'infection, avec l'aide de l'Institut national de la santé et du bien-être (THL). Au total, 377 enfants et 65 adultes ont été touchés.

Mardi, seuls quelques nouveaux cas ont été signalés, de sorte que l'épidémie semble se ralentir, ont dit les enquêteurs. Au départ, jusqu'à 100 enfants seraient tombés malades au cours des dernières semaines, beaucoup se rendant à l'hôpital sans avoir besoin d'être hospitalisés.

Les patients fréquentent ou travaillent dans différentes écoles maternelles ou jardins d’enfants qui sous-traitent les repas. On estime que l'incident a touché un enfant sur sept des 2 500 enfants potentiellement exposés.

Résultats de l'enquête

Les produits servis au déjeuner du 18 juin ont été testés préliminairement positifs pour Salmonella. Cela comprenait de la laitue iceberg étrangère, du concombre frais du pays et des petits pois congelés du pays. Les tests de confirmation sur l'ingrédient contaminé se poursuivent avec des résultats attendus dans les prochains jours.

Les soupçons sont allés sur la laitue iceberg qui arrive à la cuisine centrale prête à l'emploi dans des sachets et ne subit pas de transformation supplémentaire. Une contamination potentielle pourrait s'être produite lors de la production primaire avec de l'eau d'irrigation ou à l'usine suédoise où elle a été transformée et ensachée.

Une enquête est en cours avec le grossiste qui a fourni les légumes et le fabricant suédois de laitues iceberg, qui enverront leurs propres échantillons pour examen des lots qui auraient pu être envoyés à la cuisine centrale aux dates incriminées.

Une entreprise appelée Kylän Kattaus, qui fournit des services de restauration dans la ville, a cessé d'utiliser de la laitue iceberg importée pour le moment.

Tuija Sinisalo, directeur de Kylän Kattaus, a déclaré que des leçons peuvent être tirées pour éviter des incidents répétés.

«Nous sommes extrêmement désolés pour les enfants et les adultes malades et tous les membres de la famille. Nous sommes nous-mêmes choqués que même si nos professionnels aient tout fait dans la cuisine centrale conformément aux instructions et aux règlements, cela se soit produit», a dit Sinisalo.

Une plus grande attention a été accordée à l'hygiène des mains dans les jardins d'enfants et le nettoyage de ces lieux a été intensifié.

Etat de catastrophe pour les rappels de produits alimentaires de juin 2021: 455 produits rappelés !

Qu'on me permette cette comparaison footballistique ...
J'appends qu'après la défaite sportive de la France contre la Suisse en éliminatoires du championnat d'Europe des Nations, notre équipe de France va devoir se remettre en cause, et en chemin, très vite ! Pour repartir, rebondir et regangner. Le chantier est vaste à l'image de la déception
Le site RappelConso a permis, depuis le 1er avril 2021, de mettre en évidence ce que le site Oulah!, site privé, faisait déjà depuis plusieurs années, il y trop, beaucoup trop de rappels de produits alimentaires en France !
Par ailleurs, le site RappelConso a souvent des soucis de maintenance ...

Va-t-on enfin se pencher sur ce problème des rappels dont on sait pertinemment d’où cela provient ?
De plus, RappelConso n’est pas la réponse attendue par les consommateurs. Chaque mois, deux à trois oublis, comment est-ce possible ?
De plus, de façon insensée, la direction générale de la Santé n’est pas partenaire du dispositif RappelConso.

La sécurité des aliments est un sujet important pour que des moyens humains de contrôles et d’inspections soient demandés de tout urgence, et tous ceux qui exercent des responsabilités devraient méditer sur sa définition. Si cela a pour vous un sens, vous devez ne plus accepter cette situation délabrée, sans oublier un déficit constant de communication et de transparence !Les entreprises alimentaires sont aussi co-responsables de cette situation avec les pouvoirs publics. Le consommateur médusé regarde les rappels s'empiler. 

Comment se fait-il que depuis neuf mois (9 septembre 2020) précisément), nous avons encore des rappels massifs, où sont les démarchés proactives, où sont les démarches HACCP, où sont les autocontrôles? Que valent donc toutes ces certifications ISO ou privées dont on nous rabat les oreilles ? Il y a donc quelque chose qui ne tourne plus rond et quel gâchis alimentaire !

La nouvelle estimation du décompte est portée au 30 juin à 455 produits rappelés. Le nombre de rappels des mois précédents s'établissait ainsi, janvier: 157; février: 68; mars: 167; avril: 139 ; mai: 167.

Certes, ce mois de juin a de très nombreux rappelés en raison de la présence d'oxyde d'éthylène, mais il y aussi de nombreux rappels pour cause de présence de pathogènes alimentaires, dont Listeria monocytogenes (25), Salmonella (42), mais aussi E. coli entérohémorragiques (6).

Le blog vous a fait suivre et vivre ce mois de juin historique avec les articles suivants:


Les trois derniers jours de juin 2021 listés ci-dessous ne font que confirmer, pour l’anecdote, l’ampleur de ce mois de juin assez phénoménal.

28 juin 2021 : 15 produits rappelés
teneur trop élevée en oxyde d’éthylène : 13
Listeria monocytogenes : 1
Salmonella : 1
29 juin 2021 : 5 produits rappelés
teneur trop élevée en oxyde d’éthylène : 1
Listeria monocytogenes :
Salmonella : 1
autre pesticide : 1
patuline : 1
allergène ; 1
30 juin 2021 : 18 produits rappelés
teneur trop élevée en oxyde d’éthylène : 16
corps étrangers: 1
autre pesticide : 1

Les produits rappelés contenant de l’oxyde d’éthylène en France

Dans la mise à jour du 31 mai 2021, la DGCCRF avait rapporté qu'il y avait eu 4 724 (références et lots) produits rappelés contre 4 467 à fin avril 2021.
Au 30 juin 2021, il y avait 6 256 produits rappelés (références et lots). Le bond en un mois semble énorme, et ça pourrait continuer …

Notifications au RASFF de l'UE liées aux produits contaminés par de l’oxyde d’éthylène

Au niveau du RASFF, le pic des notifications semble derrière nous, mais des notifications continuent, jusqu'à quand ? A noter, un léger rebond en juin ...
- septembre 2020: 1 notification
- octobre 2020: 68 notifications
- novembre 2020: 187 notifications
- décembre 2020: 156 notifications
- janvier 2021: 56 notifications
- février 2021: 57 notifications
- mars 2021: 33 notifications
- avril 2021: 24 notifications
- mai 2021: 13 notifications
- juin 2021: 16 notifications

Notifications des produits alimentaires au RASFF de l'UE

Les notifications au RASFF de l'UE semble retrouver le rythme d'avant la pandémie, et désormais, tous les mois de l'année 2021 sont supérieurs, en termes de notifications, aux mois respectifs de l'année 2020.

Une mention spéciale pour les notifications de juin, décidément ce mois de juin est le mois des records, qui sont, à ce jour, les plus élevées de l’année 2021. Dans le détail, cela donne:


319 notifications en janvier 2021 versus 301 en janvier 2020
394 notifications en mars 2021 versus 283 en mars 2020
302 notifications en avril 2021 versus 184 en avril 2020
387 notifications en mai 2021 versus 231 en mai 2020
429 notifications en juin 2021 versus 239 en juin 2020

Les lecteurs du blog ont plébiscité parmi les articles les plus lus du mois de juin 2021, l’article, «Faire encore mieux en termes de sécurité alimentaire», et ce n'est pas une histoire belge …  Il me semble que les lecteurs du blog sont lucides !

Mise à jour du 19 août 2021. On lira l'article du blog, Les rappels de produits alimentaires en France, une exception française ?

Articles les plus lus par les lecteurs du blog en juin 2021

Je vous présente les 10 articles les plus lus au mois de juin 2021 par les lecteurs du blog. Voir aussi la liste des articles les plus lus de l'année 2020, ici.

Plusieurs articles sont proches les uns des autres dans cette compétition très disputée ce mois-ci, avec un bonus sur la Belgique et la sécurité des aliments, qui sait, les lecteurs du blog envient-ils cette démarche ?
  1. «Faire encore mieux en termes de sécurité alimentaire», et ce n'est pas une histoire belge
  2. Des pratiques frauduleuses dans l’industrie du thon détectées par l’AFSCA de Belgique
  3. Les éoliennes sont-elles une négation de l’écologie ?
  4. Investigations au Portugal sur une intoxication alimentaire touchant des enfants, une fraude sur des œufs et des compléments alimentaires
  5. Infusions, thés, chocolats, céréales, miels et allégations de santé: taux d'anomalie de 44%
  6. Que faire si j’ai consommé des produits alimentaires contenant de l’oxyde d’éthylène ? Probablement, rien …
  7. Glyphosate, le processus d'évaluation expliqué par le BfR
  8. L'interdiction du glyphosate n'est pas nécessaire, mais c'est en Suisse que cela se passe !
  9. À voir sur Arte, La brigade des empoisonnés volontaires
  10. Le nombre de personnes malades à cause d'aliments dangereux est inacceptable, selon le chef de l’OMS Europe

mercredi 30 juin 2021

Des bactéries résistantes aux antibiotiques retrouvées chez les bovins

En mars 2021, le blog vous proposait un articleUne nouvelle technologie révèle des salmonelles cachées.

Voici aujoursd'hui, «Des bactéries résistantes aux antibiotiques retrouvées chez les bovins», source communiqué de l’Université de Géorgie (UGA).

Des bactéries dangereuses se cachent dans le bétail; les méthodes traditionnelles ne les trouvent pas.

La résistance croissante à nos antibiotiques de prédilection est l'une des plus grandes menaces auxquelles le monde est confronté. Alors que des bactéries courantes comme les streptocoques et les salmonelles deviennent résistantes aux antibiotiques, ce qui était auparavant des infections facilement traitables peut maintenant poser des défis médicaux difficiles.

Une nouvelle étude de l'Université de Géorgie montrent qu'il pourrait y avoir plus de salmonelles résistantes aux antimicrobiens chez nos animaux destinés à l'alimentation que les scientifiques ne le pensaient auparavant.

En utilisant la technologie qu'elle a développée, la chercheuse de l'UGA, Nikki Shariat, et l’étudiante en première année de doctorat au département de microbiologie de l'UGA, Amy Siceloff, ont découvert que les méthodes de culture traditionnelles utilisées pour analyser dans le bétail à la recherche de bactéries problématiques omettent souvent les souches de salmonelles résistantes aux médicaments.

Ces résultats a des implications pour le traitement des animaux malades destinés à l’alimentation humaine et des personnes qui deviennent infectées en consommant de la viande contaminée.

L'étude, publiée dans Antimicrobial Agents and Chemotherapy, a montré que 60% des prélèvements de matières fécales de bovins contenaient plusieurs souches de salmonelles que les méthodes d’analyses traditionnelles n'avaient pas détectées. Plus alarmant encore, Shariat a découvert qu'environ un échantillon sur 10 était positif pour une souche de salmonelle résistante aux antibiotiques appelée Salmonella Reading. En plus d'être résistante aux antibiotiques, Salmonella Reading peut provoquer des maladies graves chez l'homme.

Une nouvelle technologie émerge

Développée par Shariat en 2015, la CRISPR-SeroSeq permet aux chercheurs d'analyser tous les types de salmonelles présentes dans un échantillon donné. Les méthodes traditionnelles n'examinent qu'une ou deux colonies de bactéries, manquant potentiellement certaines souches de salmonelles. La technologie de Shariat identifie les signatures moléculaires dans les régions CRISPR de la salmonelle, une partie spécialisée de l'ADN de la bactérie. Cela aide également les chercheurs à identifier les souches de bactéries les plus abondantes.

Dans la présente étude, Shariat et ses collègues ont trouvé plusieurs souches de salmonelles dans les excréments de bovins avant que les animaux ne soient traités avec l'antibiotique tétracycline. Après le traitement, plusieurs des souches dominantes de salmonelles dans l'échantillon ont été éliminées, permettant à Salmonella Reading de prospérer.

Les méthodes de culture traditionnelles ont raté la souche résistante aux antibiotiques dans des prélèvements originaux. Ce n'est qu'une fois que l'antibiotique a éliminé les souches les plus abondantes que les méthodes conventionnelles ont pu détecter Salmonella Reading dans les échantillons.

«Cela suggère que les tests traditionnels ont sous-estimé la quantité de bactéries résistantes aux antibiotiques dans le passé», a dit Shariat, professeur adjoint de santé des populations au Collège de médecine vétérinaire.

Mais la CRISPR-SeroSeq est un outil beaucoup plus sensible. Il a signalé la lecture de Salmonella avant le traitement antibiotique.

«Nous devons connaître les profils de résistance aux antimicrobiens des bactéries présentes chez les animaux», a dit Shariat. «Cette connaissance pourrait nous faire changer notre choix du type d'antibiotique que nous utilisons pour traiter les animaux malades. Cela peut également nous aider à sélectionner le meilleur antibiotique pour les personnes qui tombent malades en mangeant de la viande contaminée.»

Rater la cible

Les recherches de Shariat montrent que les efforts de surveillance actuels sous-estiment probablement le niveau de résistance aux antimicrobiens qui existe.

Les agences qui suivent la résistance aux antimicrobiens aux Etats-Unis, comme la FDA, l'USDA et le CDC, entre autres, s'appuient toujours sur des méthodes d'échantillonnage traditionnelles, ce qui signifie qu'elles peuvent rater des réservoirs de bactéries résistantes aux médicaments.

«Le problème est que vous avez des centaines de colonies de salmonelles dans un échantillon donné, mais vous n'en choisissez qu'une ou deux à tester», a dit Shariat. «Cela devient un jeu de nombres où les chercheurs ne choisissent que les plus abondants, ce qui signifie qu'ils sous-estiment les différents types de salmonelles présentes.»

L'utilisation de CRISPR-SeroSeq peut aider à combler ce manque de connaissances, en donnant aux chercheurs une meilleure idée de la quantité de bactéries résistantes aux antibiotiques. Ces informations peuvent aider les éleveurs à réduire et contrôler les épidémies et orienter les politiques sur la manière de lutter contre une menace croissante pour la santé publique.

Les co-auteurs de l'article incluent Amy Siceloff; Naomi Ohta, Keri Norman et Morgan Scott de la Texas A&M University, Guy Loneragan de la Texas Tech University et Bo Norby de l'Université d'État du Michigan. Cette étude a été financée par l'USDA National Institute of Food and Agriculture.

Mise à jour du 13 juillet 2021. On lira cet article de Food Safety NewsStudy finds that traditional sampling methods miss harmful salmonella.

L'utilisation des antibiotiques chez les animaux en baisse dans l'UE, mais la situation est diverse

L'utilisation d'antibiotiques a diminué et elle est désormais plus faible chez les animaux producteurs d'aliments que chez les humains, indique le dernier rapport publié par l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), l'Agence européenne des médicaments (EMA) et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

La baisse significative de l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux producteurs d'aliments suggère que les mesures prises à l’échelle des États membres pour en réduire l'utilisation s'avèrent efficaces. L'utilisation d'une classe d'antibiotiques appelée polymyxines, qui comprend la colistine, a presque diminué de moitié entre 2016 et 2018 chez les animaux destinés à la consommation. Il s'agit d'une évolution positive car les polymyxines sont également utilisées en hôpital pour traiter des patients humains infectés par des bactéries multirésistantes.

La situation dans l'UE est diverse, elle varie considérablement selon les pays et les classes d'antibiotiques. Par exemple, les aminopénicillines, les céphalosporines de 3e et de 4e générations et les quinolones (fluoroquinolones et autres quinolones) sont davantage utilisées chez l'homme que chez les animaux producteurs d'aliments, tandis que les polymyxines (colistine) et les tétracyclines sont davantage utilisées chez les animaux producteurs d'aliments que chez l'homme. 

Lien entre utilisation d'antibiotiques et résistance bactérienne

Le rapport montre que l'utilisation chez l'homme des carbapénèmes, des céphalosporines de 3e et 4e générations et des quinolones est associée à une résistance à ces antibiotiques dans les infections à Escherichia coli chez l'homme. Des associations similaires ont été identifiées pour les animaux producteurs d'aliments.

Le rapport identifie également des liens entre la consommation d'antimicrobiens chez les animaux et la résistance aux antimicrobiens dans les bactéries provenant d'animaux producteurs d'aliments, qui est à son tour associée à une résistance dans des bactéries humaines. Un exemple de cette observation est illustré par les bactéries Campylobacter spp. qui se trouvent chez les animaux producteurs d'aliments et provoquent des infections d'origine alimentaire chez l’homme. Les experts ont trouvé une association entre la résistance de ces bactéries chez les animaux et la résistance de la même bactérie chez l'homme.

Combattre la RAM grâce à la coopération

La RAM (résistance aux antimicrobiens) est un problème de santé publique mondial important qui représente un lourd fardeau économique. L'approche «Un monde, une santé» mise en œuvre grâce à la coopération entre l'EFSA, l'EMA et l'ECDC et les résultats présentés dans ce rapport appellent à déployer des efforts continus pour lutter contre la RAM aux niveaux national, européen et mondial, dans tous les secteurs de la santé.