Des bactéries résistantes aux antibiotiques retrouvées chez les bovins

En mars 2021, le blog vous proposait un article, Une nouvelle technologie révèle des salmonelles cachées.

Voici aujoursd'hui, «Des bactéries résistantes aux antibiotiques retrouvées chez les bovins», source communiqué de l’Université de Géorgie (UGA).

Des bactéries dangereuses se cachent dans le bétail; les méthodes traditionnelles ne les trouvent pas.

La résistance croissante à nos antibiotiques de prédilection est l'une des plus grandes menaces auxquelles le monde est confronté. Alors que des bactéries courantes comme les streptocoques et les salmonelles deviennent résistantes aux antibiotiques, ce qui était auparavant des infections facilement traitables peut maintenant poser des défis médicaux difficiles.

Une nouvelle étude de l'Université de Géorgie montrent qu'il pourrait y avoir plus de salmonelles résistantes aux antimicrobiens chez nos animaux destinés à l'alimentation que les scientifiques ne le pensaient auparavant.

En utilisant la technologie qu'elle a développée, la chercheuse de l'UGA, Nikki Shariat, et l’étudiante en première année de doctorat au département de microbiologie de l'UGA, Amy Siceloff, ont découvert que les méthodes de culture traditionnelles utilisées pour analyser dans le bétail à la recherche de bactéries problématiques omettent souvent les souches de salmonelles résistantes aux médicaments.

Ces résultats a des implications pour le traitement des animaux malades destinés à l’alimentation humaine et des personnes qui deviennent infectées en consommant de la viande contaminée.

L'étude, publiée dans Antimicrobial Agents and Chemotherapy, a montré que 60% des prélèvements de matières fécales de bovins contenaient plusieurs souches de salmonelles que les méthodes d’analyses traditionnelles n'avaient pas détectées. Plus alarmant encore, Shariat a découvert qu'environ un échantillon sur 10 était positif pour une souche de salmonelle résistante aux antibiotiques appelée Salmonella Reading. En plus d'être résistante aux antibiotiques, Salmonella Reading peut provoquer des maladies graves chez l'homme.

Une nouvelle technologie émerge

Développée par Shariat en 2015, la CRISPR-SeroSeq permet aux chercheurs d'analyser tous les types de salmonelles présentes dans un échantillon donné. Les méthodes traditionnelles n'examinent qu'une ou deux colonies de bactéries, manquant potentiellement certaines souches de salmonelles. La technologie de Shariat identifie les signatures moléculaires dans les régions CRISPR de la salmonelle, une partie spécialisée de l'ADN de la bactérie. Cela aide également les chercheurs à identifier les souches de bactéries les plus abondantes.

Dans la présente étude, Shariat et ses collègues ont trouvé plusieurs souches de salmonelles dans les excréments de bovins avant que les animaux ne soient traités avec l'antibiotique tétracycline. Après le traitement, plusieurs des souches dominantes de salmonelles dans l'échantillon ont été éliminées, permettant à Salmonella Reading de prospérer.

Les méthodes de culture traditionnelles ont raté la souche résistante aux antibiotiques dans des prélèvements originaux. Ce n'est qu'une fois que l'antibiotique a éliminé les souches les plus abondantes que les méthodes conventionnelles ont pu détecter Salmonella Reading dans les échantillons.

«Cela suggère que les tests traditionnels ont sous-estimé la quantité de bactéries résistantes aux antibiotiques dans le passé», a dit Shariat, professeur adjoint de santé des populations au Collège de médecine vétérinaire.

Mais la CRISPR-SeroSeq est un outil beaucoup plus sensible. Il a signalé la lecture de Salmonella avant le traitement antibiotique.

«Nous devons connaître les profils de résistance aux antimicrobiens des bactéries présentes chez les animaux», a dit Shariat. «Cette connaissance pourrait nous faire changer notre choix du type d'antibiotique que nous utilisons pour traiter les animaux malades. Cela peut également nous aider à sélectionner le meilleur antibiotique pour les personnes qui tombent malades en mangeant de la viande contaminée.»

Rater la cible

Les recherches de Shariat montrent que les efforts de surveillance actuels sous-estiment probablement le niveau de résistance aux antimicrobiens qui existe.

Les agences qui suivent la résistance aux antimicrobiens aux Etats-Unis, comme la FDA, l'USDA et le CDC, entre autres, s'appuient toujours sur des méthodes d'échantillonnage traditionnelles, ce qui signifie qu'elles peuvent rater des réservoirs de bactéries résistantes aux médicaments.

«Le problème est que vous avez des centaines de colonies de salmonelles dans un échantillon donné, mais vous n'en choisissez qu'une ou deux à tester», a dit Shariat. «Cela devient un jeu de nombres où les chercheurs ne choisissent que les plus abondants, ce qui signifie qu'ils sous-estiment les différents types de salmonelles présentes.»

L'utilisation de CRISPR-SeroSeq peut aider à combler ce manque de connaissances, en donnant aux chercheurs une meilleure idée de la quantité de bactéries résistantes aux antibiotiques. Ces informations peuvent aider les éleveurs à réduire et contrôler les épidémies et orienter les politiques sur la manière de lutter contre une menace croissante pour la santé publique.

Les co-auteurs de l'article incluent Amy Siceloff; Naomi Ohta, Keri Norman et Morgan Scott de la Texas A&M University, Guy Loneragan de la Texas Tech University et Bo Norby de l'Université d'État du Michigan. Cette étude a été financée par l'USDA National Institute of Food and Agriculture.

Mise à jour du 13 juillet 2021. On lira cet article de Food Safety News, Study finds that traditional sampling methods miss harmful salmonella.