Une étude ouvre de nouvelles voies de recherche pour comprendre comment les virus vivant dans l'intestin affectent la santé humaine.
Les virus sont les entités biologiques les plus nombreuses de la planète. Désormais, des chercheurs de l'Institut Wellcome Sanger et de l'Institut européen de bioinformatique du laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL-EBI) ont identifié plus de 140 000 espèces virales vivant dans l'intestin humain, dont plus de la moitié n'ont jamais été vues auparavant.
L'article, publié (18 février 2021) dans Cell, contient une analyse de plus de 28 000 échantillons de microbiome intestinal collectés dans différentes parties du monde. Le nombre et la diversité des virus découverts par les chercheurs étaient étonnamment élevés, et les données ouvrent de nouvelles voies de recherche pour comprendre comment les virus vivant dans l'intestin affectent la santé humaine.
L'intestin humain est un environnement incroyablement riche en biodiversité. En plus des bactéries, des centaines de milliers de virus appelés bactériophages, qui peuvent infecter les bactéries, y vivent également.
Il est connu que les déséquilibres de notre microbiome intestinal peuvent contribuer à des maladies et à des conditions complexes telles que les maladies inflammatoires de l'intestin, les allergies et l'obésité. Mais on sait peu de choses sur le rôle que jouent nos bactéries intestinales et les bactériophages qui les infectent dans la santé humaine et la maladie.
À l'aide d'une méthode de séquençage de l'ADN appelée métagénomique* des chercheurs de l'Institut Wellcome Sanger et de l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (EMBL-EBI) ont exploré et catalogué la biodiversité des espèces virales trouvées dans 28 060 métagénomes intestinaux humains publics et 2 898 génomes d'isolats bactériens cultivés à partir du intestin humain.
L'analyse a identifié plus de 140 000 espèces virales vivant dans l'intestin humain, dont plus de la moitié n'avaient jamais été vues auparavant.
Le Dr Alexandre Almeida, chercheur en postdoctà l'EMBL-EBI et au Wellcome Sanger Institute, a dit: «Il est important de se rappeler que tous les virus ne sont pas dangereux mais qu'ils font partie intégrante de l'écosystème intestinal. D'une part, la plupart des virus que nous avons trouvés ont de l'ADN comme matériel génétique, qui est différent des pathogènes que la plupart des gens connaissent, comme le SRAS-CoV-2 ou le Zika, qui sont des virus à ARN. Deuxièmement, ces échantillons provenaient principalement d'individus en bonne santé qui ne partageaient aucune maladie spécifique. C'est fascinant de voir combien d'espèces inconnues vivent dans notre intestin et d'essayer de démêler le lien entre elles et la santé humaine.»
Parmi les dizaines de milliers de virus découverts, un nouveau clade très répandu - un groupe de virus censés avoir un ancêtre commun - a été identifié, que les auteurs appellent le Gubaphage. Il s'agit du deuxième clade de virus le plus répandu dans l'intestin humain, après le crAssphage, qui a été découvert en 2014.
Ces deux virus semblent infecter des types similaires de bactéries intestinales humaines, mais sans recherches supplémentaires, il est difficile de connaître les fonctions exactes du Gubaphage nouvellement découvert.
Le Dr Luis F. Camarillo-Guerrero, premier auteur de l’étude de l’Institut Wellcome Sanger, a dit: «Un aspect important de notre travail était de veiller à ce que les génomes viraux reconstruits soient de la plus haute qualité. Un pipeline de contrôle de qualité rigoureux associé à une approche d'apprentissage automatique nous a permis d'atténuer la contamination et d'obtenir des génomes viraux très complets. Des génomes viraux de haute qualité ouvrent la voie à une meilleure compréhension du rôle joué par les virus dans notre microbiome intestinal, y compris la découverte de nouveaux traitements tels que les antimicrobiens issus des bactériophages.»
Les résultats de l'étude constituent la base de la Gut Phage Database (GPD), une base de données hautement organisée contenant 142 809 génomes de phages non redondants qui seront une ressource inestimable pour ceux qui étudient les bactériophages et le rôle qu'ils jouent dans la régulation de la santé de nos bactéries intestinales et de nous-mêmes.
Le Dr Trevor Lawley, auteur principal de l'étude du Wellcome Sanger Institute, a dit : «La recherche sur les bactériophages connaît actuellement une renaissance. Ce catalogue de haute qualité et à grande échelle de virus intestinaux humains arrive au bon moment pour servir de modèle à guider l'analyse écologique et évolutive dans les futures études sur les viromes.»
*La métagénomique est l'étude d'une collection de matériel génétique (génomes) d'une communauté mixte d'organismes. La métagénomique fait généralement référence à l'étude des communautés microbiennes. Le NIH National Human Genome Research Institute fournit plus d'informations ici : https://www.genome.gov/genetics-glossary/Metagenomics.
Aucun commentaire:
Enregistrer un commentaire
Remarque : Seul un membre de ce blog est autorisé à enregistrer un commentaire.