Origine alimentaire et propagation locale et mondiale de Staphylococcus saprophyticus causant des infections des voies urinaires humaines

«Origine alimentaire et propagation locale et mondiale de Staphylococcus saprophyticus causant des infections des voies urinaires humaines», source EID.

Staphylococcus saprophyticus est l'une des principales causes d'infections urinaires (ITUs) en ville chez les jeunes femmes. S. saprophyticus colonise les humains et les animaux, mais les caractéristiques fondamentales de son épidémiologie moléculaire sont indéterminées.

Nous avons effectué une analyse phylogénomique de 321 isolats de S. saprophyticus prélevés dans des infections urinaires humaines dans le monde entre 1997 et 2017 et 232 isolats sur des infections urinaires humaines et de la chaîne de transformation des porcs dans une région confinée en 2016-2017.

Nous avons trouvé des preuves épidémiologiques et génomiques que la chaîne de production de viande est une source majeure de S. saprophyticus causant des infections urinaires humaines; le microbiote humain est une autre origine possible. S. saprophyticus pathogène appartenait à 2 lignées avec des caractéristiques génétiques distinctives disséminées globalement et localement.

Les approches à l'échelle du pangénome ont identifié une forte association entre la pathogénicité et la résistance aux antimicrobiens, les phages, les protéines de liaison aux plaquettes et une augmentation du taux de recombinaison. Notre étude donne un aperçu de l'origine, de la transmission et de la structure de la population de S. saprophyticus pathogène et identifie de nouveaux facteurs de virulence putatifs.