À la recherche du prochain virus pandémique

Les maladies zoonotiques représentent 75% des maladies infectieuses nouvelles ou émergentes – les virus d'origine animale sont particulièrement préoccupants. Les scientifiques peuvent-ils trouver des virus à potentiel zoonotique avant qu'ils ne se propagent à la population humaine ? Source ASM Microbiology.

«À la recherche du prochain virus pandémique», source Madeline Barron, ASM News.

Et si les chercheurs pouvaient trouver le prochain virus pandémique avant qu'il ne trouve les humains ? C'est la base des initiatives de découverte de virus, qui impliquent la recherche et le catalogage des virus dans les populations animales pour découvrir les menaces zoonotiques potentielles. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des agents pathogènes zoonotiques dont ils ignorent l'existence ? Plus important encore, comment peuvent-ils utiliser les connaissances acquises grâce aux efforts de chasse aux virus pour prévenir les pandémies ? C'est compliqué.

D'une part, les outils informatiques ont renforcé l'utilité des données de découverte en identifiant de nouveaux virus animaux (et leurs hôtes) qui présentent le plus grand risque zoonotique. En revanche, prévenir la prochaine pandémie, qui, comme toute pandémie virale depuis le début du XXe siècle, proviendra probablement d'un virus d'origine animale, est une tâche colossale. Selon le Dr Gregory Albery, écologiste des maladies à l'Université de Georgetown et co-fondateur de la Viral Emergence Research Initiative (Verena), la découverte de virus n'est qu'un seul engrenage dans un système complexe de procédures et de comportements de réduction des risques zoonotiques.

Le rôle de la découverte de virus dans la prévention des pandémies zoonotiques

Selon le Dr Neil Vora, ancien agent du service de renseignement sur les épidémies du Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis et médecin chez Conservation International, il existe 2 branches de la prévention des pandémies : primaire et secondaire. Cette dernière est largement réactionnaire ; la surveillance des maladies préoccupantes et les efforts associés pour contenir la propagation de cette maladie ont lieu après qu'un événement de débordement s'est produit.

À l'inverse, la prévention primaire se concentre sur la prévention des retombées de l'animal sur l'hôte humain. La découverte virale s'aligne sur cette stratégie. Idéalement, en profilant les virus circulant parmi les animaux, les chercheurs espèrent savoir quels virus existent à proximité des humains et comment ces virus peuvent évoluer ou acquérir la capacité d'infecter les humains. De telles informations pourraient aider les scientifiques à développer des stratégies pour éviter des retombées sur la route. Elles pourraient également éclairer les tactiques de prévention secondaire, y compris le développement de vaccins et de diagnostics pour les menaces zoonotiques émergentes.

Cette vision ramifiée de la découverte de virus en tant que tremplin pour la préparation à une pandémie a éclairé plusieurs initiatives au cours de la dernière décennie. Un exemple frappant est PREDICT, un projet mené par l'Agence américaine pour le développement international (USAID) en partenariat avec l'Université de Californie (UC) Davis One Health Institute. PREDICT, qui s'est déroulé de 2009 à 2020, a permis une surveillance mondiale des agents pathogènes qui peuvent se propager des animaux hôtes aux humains. Les chercheurs ont identifié 958 nouveaux virus, dont un nouveau virus Ebola et plus de 100 nouveaux coronavirus provenant de plus de 160 000 animaux et personnes à des interfaces animal-humain à haut risque dans plus de 30 pays. Les découvertes ont mis en lumière la distribution des virus à potentiel zoonotique et ont fourni une base pour étudier leur virologie, leur pathogenèse et leur évolution.

De nouvelles initiatives sont également en préparation. En octobre 2021, l'USAID a annoncé un projet de 125 millions de dollars sur 5 ans (Discovery & Exploration of Emerging Pathogens-Viral Zoonoses, or DEEP VZN) visant à renforcer la capacité mondiale à détecter et à comprendre les risques de propagation virale de la faune à l'homme qui pourrait causer une autre pandémie. Le National Institute of Allergy and Infectious Disease (NIAID) des États-Unis a également lancé récemment le Centers for Research in Emerging Infectious Diseases (CREID), qui réunit des équipes multidisciplinaires de chercheurs du monde entier pour étudier les maladies infectieuses émergentes et réémergentes. Bien que le CREID ne se concentre pas spécifiquement sur la découverte de virus, les projets du réseau comprennent des prélèvements de la faune pour les virus à fort potentiel zoonotique en Malaisie et en Thaïlande, et la surveillance des populations animales dans diverses régions pour les virus connus et inconnus.

Comment chasser un virus ?

Lorsque les scientifiques partent à la chasse aux virus, ils prélèvent généralement des échantillons d'animaux (par exemple, du sang et des matières fécales) et utilisent des méthodes de biologie moléculaire (par exemple, la PCR et/ou le séquençage à haut débit) pour détecter les virus présents dans le prélèvement. Mais où les chercheurs devraient-ils chercher des virus à potentiel zoonotique, et quels types de virus devraient-ils rechercher ? Le risque de propagation d'un virus dépend de facteurs liés au virus lui-même, à son ou ses hôtes animaux et à l'environnement, qui façonnent tous les stratégies de découverte.

Cibler les interfaces homme-animal dans les points chauds de débordement

Le débordement est intimement lié aux impacts liés à l’homme sur l'environnement et aux modifications de celui-ci. La déforestation, par exemple, augmente les chances que les humains rencontrent des animaux auparavant isolés et leurs virus. Il contribue également au changement climatique, qui (avec sa myriade d'autres effets négatifs) favorise les retombées en forçant les animaux à quitter des environnements de plus en plus inhospitaliers vers des régions peuplées. En tant que tels, les points chauds de débordement sont centrés dans des régions tropicales riches en biodiversité subissant des changements d'affectation des terres (par exemple, la déforestation), en particulier en Asie du Sud-Est, en Afrique de l'Ouest et centrale et dans le bassin amazonien, où le changement climatique a, et continuera d'avoir, des effets prononcés.

Au sein de ces points chauds, les efforts de découverte de virus se concentrent sur les interfaces animal-humain. Les chercheurs recueillent des prélèvements du bétail et d'animaux domestiques qui peuvent servir de réservoirs pour que les virus se propagent aux humains. Ils ciblent également les animaux sauvages faisant l'objet d'un commerce d'espèces sauvages (l'une des principales voies de transmission virale entre les animaux et les humains) et ceux qui vivent avec ou à proximité des humains. Par exemple, le virus Bombali, un nouveau virus Ebola découvert via le projet PREDICT, a été isolé chez des chauves-souris à queue libre qui se perchent dans les maisons des habitants de la Sierra Leone. La Dr Christine Johnson, directrice de l'EpiCenter for Disease Dynamics à l'UC Davis One Health Institute, a souligné que le virus a depuis été détecté dans d'autres pays et que les chercheurs étudient actuellement s'il pouvait infecter les humains (ou l'a déjà fait).

Prélèvements d'animaux susceptibles d'héberger des virus zoonotiques

La proximité des humains avec les animaux n'est qu'un des facteurs du risque de propagation d'un virus ; la physiologie, le comportement et la répartition géographique de son ou de ses hôtes jouent également un rôle. Par exemple, la parenté génétique entre l'hôte animal d'un virus et l'homme peut influencer si les gens possèdent la machinerie cellulaire pour faciliter l'entrée et la réplication du virus. C'est l'une des nombreuses raisons pour lesquelles les maladies zoonotiques émergent souvent chez les mammifères sauvages. À cette fin, Johnson et ses collègues ont récemment découvert que 3 ordres de mammifères (rongeurs, chauves-souris et primates) hébergeaient près de 76% des virus zoonotiques connus. Les chauves-souris et les rongeurs sont particulièrement connus pour héberger des agents pathogènes zoonotiques, bien que les raisons ne soient pas tout à fait claires. Cela peut être lié, en partie, au grand nombre d'espèces de chauves-souris et de rongeurs réparties dans le monde (respectivement, environ 1 400 et 2 500).

En effet, les animaux avec une grande diversité d'espèces et de larges zones géographiques ont un plus grand risque de transmission virale entre espèces. Alors que le changement climatique oblige les animaux à se réfugier dans de nouveaux habitats, le partage viral entre diverses espèces de mammifères (y compris les humains) devrait augmenter. Ainsi, concentrer les initiatives de découverte de virus sur certains groupes d'animaux (c'est-à-dire de mammifères) est utile pour découvrir les menaces zoonotiques. Bien que ce ne soit pas une mince tâche (on estime que les scientifiques ne connaissent qu'environ 1% des virus des mammifères), cela permet une chasse plus ciblée.

Focus sur les virus à fort potentiel de propagation

Tous les virus ne sont pas égaux dans leur potentiel de propagation vers et parmi les humains. Par exemple, la variabilité génétique, l'adaptabilité et la large gamme d'hôtes des virus à ARN, comme les coronavirus et les virus de la grippe, en font des candidats de premier plan pour les retombées. Les virus à ADN ont un taux d'évolution inférieur à 1% de celui des virus à ARN, ce qui rend moins probable l'infection réussie et l'adaptation à de nouveaux hôtes (par exemple, les humains). En effet, les virus à ARN sont les coupables des récentes pandémies, de la pandémie de grippe H1N1 à la COVID-19. Étant donné qu'il est probable que le prochain virus pandémique présentera des similitudes avec ceux déjà connus pour infecter les humains, les experts estiment que la recherche de virus ayant un potentiel de débordement démontré est une approche avantageuse. Pour cette raison, PREDICT a principalement utilisé la PCR consensus (cPCR) pour la découverte ciblée des coronavirus, filovirus, paramyxovirus et virus de la grippe ; chaque groupe comprend des virus de «préoccupation zoonotique connue» avec un «risque élevé de provoquer de futures épidémies ou pandémies». L'accent mis sur l'étude de certains pathogènes «prototypes» hautement prioritaires pour atténuer les menaces futures a également gagné du terrain dans le plan de préparation à la pandémie du NIAID, annoncé plus tôt cette année.

Donner un sens aux données de découverte avec les technologies de risque zoonotique

Pourtant, même avec une stratégie de chasse aux virus ciblée, «l'identification des virus n'est que la première étape», a déclaré Albery. «Après ce point, vous devez évaluer leur risque, qui est une toute autre paire de manches.» En d'autres termes, trouver un virus est formidable, mais connaître le risque qu'il représente pour l'homme est essentiel.

Ce besoin a conduit au développement d'outils informatiques, ou technologies de risque zoonotique, qui utilisent ce que l'on sait sur les virus qui infectent les humains pour prédire quels agents pathogènes animaux peuvent constituer une menace de propagation. Par exemple, les chercheurs ont développé un outil Internet interactif open source, appelé SpillOver, qui utilise les données de PREDICT pour effectuer une évaluation comparative des risques entre les virus zoonotiques connus et ceux présentant un potentiel de propagation non caractérisé. Dans leurs analyses initiales, l'équipe a découvert que les virus les mieux classés étaient des agents pathogènes connus, notamment le virus Lassa et le virus Ebola, bien que la liste contienne également des virus nouvellement détectés, en particulier des coronavirus. Johnson et ses collègues ont également développé une nouvelle méthode qui utilise l'apprentissage automatique pour déterminer la gamme d'hôtes de virus zoonotiques connus afin de prédire l'espèce hôte de nouveaux virus animaux et où les humains s'intègrent dans le mélange.

Ces outils offrent plusieurs avantages. Albery a noté que la découverte et l'identification virales doivent être suivies d'expériences en laboratoire pour comprendre la dynamique d'infection des virus d'intérêt (par exemple, le récepteur d'entrée dans les cellules humaines et son utilisation, la réplication virale et la pathogenèse, entre autres caractéristiques). Les technologies à risque zoonotique peuvent aider les chercheurs à cibler leurs expériences (et leurs ressources) sur les virus à haut risque.

Dans cet esprit, la technologie des risques zoonotiques peut également façonner les pipelines de chasse aux virus dès le départ. Albery et ses collègues ont récemment utilisé des modèles d'apprentissage automatique pour identifier les espèces de chauves-souris susceptibles d'héberger des bêtacoronavirus non découverts (une famille de virus à haut risque de propagation qui comprend le MERS-CoV, le SARS-CoV-1 et le SARS-CoV-2), sur la base des caractéristiques de transporteurs connus. L'équipe a identifié 400 espèces de chauves-souris dans le monde qui pourraient être des hôtes non détectés de bétacoronavirus.

«Ce que nos outils nous permettent de faire, c'est de réduire les chauves-souris susceptibles d'héberger des bétacoronavirus, de cibler notre échantillonnage sur ces espèces et d'extraire les virus qui, selon nous, pourraient en fait, un jour, constituer un risque réel pour la santé humaine», a déclaré le Dr. Colin Carlson, auteur principal de l'étude et professeur de recherche adjoint au Center for Global Health Science and Security de l'Université de Georgetown, lors de l'atelier numérique du Verena Forum on Zoonotic Risk Technology en janvier 2021. Carlson, qui a cofondé Verena avec Albery, a noté que ce sous-ensemble de virus peut ensuite être rattaché à des analyses en aval, permettant peut-être le développement ciblé de diagnostics et de vaccins pour les virus problématiques avant qu'ils n'infectent les humains.

La chasse aux virus ne suffit pas pour prévenir les pandémies zoonotiques

Néanmoins, Carlson a averti que «la connaissance d'un virus ne nous rend pas intrinsèquement plus préparés.» En effet, le MERS-CoV et le SARS-CoV-1 ont fait allusion à la menace potentielle des coronavirus de type SRAS, mais la connaissance de la menace n'a pas arrêté la COVID-19. De plus, ce n'est pas parce qu'on cherche le prochain agent pathogène pandémique qu'on le trouvera. Il est pratiquement impossible de détecter chaque virus dans le monde animal. Certains passeront inévitablement entre les mailles du filet. Vora a souligné qu'avec nos connaissances et technologies actuelles, il est difficile de déterminer quels virus animaux nouvellement découverts pourraient causer une maladie humaine, ou une pandémie d'ailleurs. Un mélange complexe de facteurs ancrés dans l'immunologie, l'écologie et l'épidémiologie détermine si un virus réussit à infecter un hôte humain et à se propager. Albery a convenu : la découverte, même lorsqu'elle est renforcée par des outils informatiques émergents, «ne va pas vraiment suffire» pour conduire une action coordonnée et efficace pour freiner les pandémies zoonotiques.

«Nous devons être clairs sur ce qui est pour aujourd'hui - des actions ici et maintenant pour sauver des vies - par rapport à ce qui est de générer des connaissances», a déclaré Vora. Il a souligné les actions qui minimisent les risques de débordement, quelle que soit la menace virale spécifique. Il s'agit notamment de réduire la déforestation, de réglementer les marchés commerciaux et le commerce des espèces sauvages, d'améliorer le contrôle des infections lors de l'élevage d'animaux de ferme et d'améliorer la santé des communautés vivant dans les foyers de maladies émergentes.

Pour Johnson, il ne fait aucun doute que la découverte de virus est importante, mais le cadre dans lequel elle est mise en œuvre est essentiel. Elle a utilisé PREDICT comme exemple, déclarant que le projet ne visait pas seulement à découvrir de nouveaux virus, il «cherchait également à unifier la surveillance des virus dans les secteurs de la santé animale et humaine et à identifier les interfaces faune-humain, en particulier dans les zones où le paysage change, la déforestation et d'autres aspects de l'environnement qui pourraient favoriser une partie de la connectivité entre les animaux et les humains et augmenter le niveau de risque.» PREDICT visait à renforcer les capacités de détection et de surveillance dans les pays où, historiquement, ces capacités étaient limitées. Le projet a également combiné des efforts de découverte virale «avec une approche qui a également détecté des virus connus dans les familles de virus qui étaient déjà préoccupantes.»

En conséquence, tous les experts ont souligné qu'en plus des efforts de prévention primaire qui réduisent le risque de contagion, il est nécessaire de soutenir des stratégies de prévention secondaire qui traitent des contagions lorsqu'elles se produisent (inévitablement). Cela comprend la surveillance des animaux et des personnes pour garder un œil sur les agents pathogènes zoonotiques connus et inconnus au fur et à mesure qu'ils apparaissent dans une population et le renforcement de l'infrastructure de soins de santé pour y répondre lorsqu'ils le font. «Si [nous] choisissons de ne pas investir dans l'un de ces éléments, nous aurons un maillon faible et nous resterons sensibles», a averti Vora. «Aucun d'entre eux n'est parfait en soi.»

Tyson Foods, le plus grand producteur américain de poulets des États-Unis, va supprimer l’étiquetage ‘sans antibiotique’

«Tyson supprimera l'étiquette «Sans antibiotique» de ses produits de poulet», source article de Chris Dall paru le 5 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Selon des médias, Tyson Foods supprimera l'étiquette «sans antibiotique» de certains de ses produits de poulet d'ici la fin de l'année.

Le Wall Street Journal, qui a le premier annoncé l’information, a dit que Tyson retirerait l'étiquette de certains produits de poulet réfrigérés, congelés et prêts à l'emploi, car il a réintroduit des ionophores dans l'alimentation de certains de ses poulets. Les ionophores sont des antibiotiques principalement utilisés pour contrôler la coccidiose, une maladie parasitaire intestinale courante chez les volailles, mais l'Organisation mondiale de la santé et la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis ne les considèrent pas comme importants pour la médecine humaine.

Tyson est le plus grand producteur américain de poulets. En 2017, la société a annoncé qu'elle éliminait l'utilisation de tous les antibiotiques dans les produits de poulet réfrigérés et congelés portant le nom de la société. Il a été l'un des nombreux producteurs de poulet et entreprises de restauration rapide à passer au poulet sans antibiotiques, ce qui a contribué à réduire considérablement l'utilisation d'antibiotiques médicalement importants dans la production de volaille.

Un nouvel étiquetage vise à clarifier l'utilisation d'antibiotiques sans importance médicale

La consultante en santé publique et vétérinaire Gail Hansen a expliqué que Tyson est probablement en train de bouger parce qu'ils ne peuvent pas utiliser l'étiquette «No Antibiotics Ever» (sans antibiotique) sur les produits de poulet dans lesquels des ionophores ont été utilisés, et suivre et réétiqueter ces produits «peut donner des maux de tête.» En pratique, a-t-elle ajouté, cela signifie que l'entreprise utilisera des ionophores dans un plus grand nombre de ses oiseaux pour minimiser les effets de la coccidiose.

«Tyson n'a pas trouvé de substitut approprié ou de pratique de gestion des ionophores pour contrôler les coccidies, parasites du poulet», a-t-elle dit à CIDRAP News.

La société a déclaré à Reuters qu'elle prévoyait de modifier l'étiquetage de ses produits de poulet pour préciser que ses poulets ne recevaient pas d'antibiotiques médicalement importants. Les défenseurs de la gestion responsable des antibiotiques soutiennent que l'utilisation généralisée d'antibiotiques médicalement importants dans la production d'animaux destinés à l'alimentation contribue à l'émergence et à la propagation de la résistance aux antimicrobiens et constitue une menace pour la santé humaine.

«Sur la base de la science actuelle, les produits de la marque Tyson sont en train de passer à Sans antibiotique important pour la médecine humaine (NAIHM pour No Antibiotics Important to Human Medicine), qui devrait être terminé d'ici la fin de l'année civile», a déclaré un porte-parole de Tyson Foods.

Hansen a ditque bien qu'elle ait «historiquement été catégorique» sur le fait que les ionophores n'étaient probablement pas liés à la résistance aux antibiotiques, une récente étude pilote menée par des chercheurs de l'Université de Wageningen aux Pays-Bas lui a fait repenser ce point de vue.

Dans l'étude, les chercheurs ont effectué le séquençage du génome entier sur 20 isolats de Enterococcus faecium et de Enterococcus faecalis provenant de volailles et les ont analysés pour la présence de gènes de résistance. Ils ont découvert que la présence de gènes de résistance pour l'ionophore salinomycine était corrélée à la présence de gènes de résistance pour l'érythromycine, la tétracycline et l'ampicilline, qui sont désignées comme des antibiotiques médicalement importants.

«Il s'agit d'une observation alarmante, car elle implique que l'utilisation d'ionophores peut entraîner le transfert et la diffusion d'autres types de résistance aux antimicrobiens cliniquement pertinents par co-sélection», ont écrit les auteurs de l'étude. «Ces résultats remettent en question la durabilité de l'utilisation prophylactique des ionophores dans la production de poulets de chair.»

Selon le dernier rapport sur les ventes de la FDA, les ionophores représentaient 82% de tous les antibiotiques non importants sur le plan médical vendus pour être utilisés chez les animaux producteurs d'aliments aux États-Unis en 2021 et 19% de tous les antibiotiques non importants sur le plan médical vendus pour les denrées alimentaires d’origine animale animaux sont utilisés dans les poulets.

«Il est vrai qu'il n'y a pas d'ionophores utilisés en médecine humaine (et il est peu probable qu'ils le soient)», a dit Hansen. «Mais l'article de l'Université de Wageningen vaut certainement la peine d'être regardé et considéré.»

Nouvelle évaluation du glyphosate : pas de domaine de préoccupation critique, selon l'EFSA

Glyphosate : pas de domaine de préoccupation critique; identification de lacunes dans les données, source EFSA du 6 juillet 2023.  

Telles sont les principales conclusions de l'examen par les pairs mené par l'EFSA sur l'évaluation des risques associés au glyphosate réalisée par les autorités de quatre États membres.

Glyphosate : l'autorité sanitaire européenne, qui menait une nouvelle évaluation, note quelques manques de données mais n'a pas de préoccupations particulières, ni pour la santé humaine ou animale, ni pour l'environnement. https://t.co/I0ebzgAB4V

— Emmanuelle Ducros (@emma_ducros) July 6, 2023

"Pas de préoccupation critique": l'évaluation @EFSA_EU du #glyphosate est sans surprise au regard de la science. En toute logique, la France devrait donc suivre cet avis scientifique et ne pas se laisser avoir une fois de plus par l’écologie décroissante https://t.co/sydTUos0Bu

— Gil Rivière-Wekstein (@AEGRW) July 6, 2023

Pour mémoire, en ce jour où l’on re-re-re-reparle du #glyphosate… L’avocat à l’origine des fumeux « Monsanto Pappers » a plaidé coupable et été condamné pour tentative d’extorsion… Il dort aujourd’hui en prison. 👇 https://t.co/K0sY4JMoi5

— Géraldine Woessner (@GeWoessner) July 6, 2023

Le BfR relaie sur son compte twitter l'information de l'EFSA sur la nouvelle évaluation du glyphosate ... traduction par mes soins -aa.

Mise à jour du 20 juillet 2023
On lira avec intérêt l’article d’André Heitz sur son blog, «Glyphosate : un rapport d'évaluation parsemé de mines».

France : Fin de la vague de grippe aviaire après l'abattage de près de 10 millions d'oiseaux en 2023. Le vaccin devrait arriver en octobre

Le ministère de l’Agriculture communique le 28 juin 2023 sur l’«Influenza aviaire : la situation en France».

Depuis le mois de mars 2023, la France a connu un fort ralentissement de l’accroissement du nombre de foyers d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) sur son territoire. Face à la diminution du risque de diffusion du virus, la décision a été prise fin avril 2023 d’abaisser le niveau de risque de «élevé» à «modéré» sur l’ensemble du territoire métropolitain. Les mesures de prévention et de lutte renforcées depuis l’automne 2022 ont porté leurs fruits en limitant l’impact de l’épizootie en comparaison de l’année précédente.

La vigilance et le respect des règles de prévention restent impératifs pour éradiquer tout nouveau foyer qui viendrait à se déclarer.

À cet égard, après avoir connu une période sans foyers d’IAHP sur son territoire depuis le 14 mars, la France a confirmé à partir du 4 mai la présence du virus au sein de plusieurs élevages du Sud-Ouest. Les mesures de gestion sont mises en place afin d’assainir les foyers qui ont été révélés et de conserver un haut niveau de maîtrise du risque lié à cette maladie.

Si l‘on souhaite avoir plus d’informations, il faut aller voir ailleurs ...

La dernière vague d'IAHP en France se termine avec l'abattage de 10 millions d'oiseaux selon Reuters

Les responsables du ministère français de l'agriculture ont annoncé la fin d'une récente vague de grippe aviaire hautement pathogène (IAHP), entraînant l'abattage d'environ 10 millions d'oiseaux au cours de la saison en cours (16 millions de volailles abattues en France depuis novembre, un triste record, selon O.-F. du 2 mai 2023). Environ 22 millions d'oiseaux ont été abattus lors de la dernière grande épidémie d'IAHP en France entre 2021 et 2022 et les responsables ont également confirmé les plans annoncés précédemment pour commencer un programme de vaccination contre l'IAHP cet automne, selon un article de Reuters . Les vaccins de trois sociétés ont été autorisés à être utilisés, bien qu'une décision finale sur le programme et le vaccin gagnant soit attendue le mois prochain, ajoute l’article.

Une vague de foyers de grippe aviaire en France le mois dernier s'est arrêtée après l'abattage de 10 millions d'oiseaux cette saison, a annoncé le ministère de l'Agriculture, en confirmant qu'il lancerait la vaccination contre le virus à l'automne.

La France a été l'un des pays les plus touchés par la propagation sans précédent de l’influenza aviaire, communément appelée grippe aviaire, qui a tué des centaines de millions d'oiseaux au cours des deux dernières années, perturbant l'approvisionnement en viande de volaille et en œufs.

Quelque 22 millions d'oiseaux ont été abattus en France lors de la saison 2021/22.

La vaccination contre la grippe aviaire débutera en octobre et sera obligatoire pour tous les canards à travers la France, ce qui en fait le premier pays au monde à lancer une campagne de vaccination nationale, ont déclaré aux journalistes des responsables du ministère de l'Agriculture.

La durée de la campagne de vaccination, que ce soit toute l'année ou seulement en automne et en hiver, reste à déterminer, en fonction du budget alloué, ont indiqué les responsables.

L'Agence française du médicament vétérinaire (ANMV) a autorisé l'utilisation de vaccins à trois sociétés, la française Ceva Santé animale, l'allemande Boehringer Ingelheim et la société américaine Zoetis Animal Health (ZTS.N), ont-ils déclaré.

Mise à jour du 12 juillet 2023

Grippe aviaire : l'Etat choisit un laboratoire allemand pour la prochaine campagne de vaccination des canards https://t.co/YgVjDaNbuA

— Emmanuelle Ducros (@emma_ducros) July 12, 2023

Mise à jour du 14 septembre 2023

Doit-on dire influenza aviaire ou grippe aviaire ? Source Anses.

Quand la maladie se manifeste chez les oiseaux, on parle d’influenza aviaire.

Quand un humain est touché par des virus influenza A d’origine aviaire, on parle alors de grippe aviaire. 

L'absence de Staphylococcus aureus dans des populations de poissons sauvages soutient une hypothèse de débordement

Les poissons sont-ils des hôtes naturels de Staphylococcus aureus ?

Une étude, Absence of Staphylococcus aureus in Wild Populations of Fish Supports a Spillover Hypothesis, publiée dans Microbiology Spectrum suggère que les poissons acquièrent la bactérie des humains, soutenant une hypothèse de débordement. Les résultats peuvent être importants pour prévenir les maladies chez les poissons et les humains qui les mangent.

Résumé

Staphylococcus aureus est un agent pathogène commensal et opportuniste humain qui infecte également d'autres animaux. Chez l'homme et le bétail, où S. aureus est le plus étudié, les souches sont spécialisées pour différentes espèces hôtes. Des études récentes ont également trouvé S. aureus chez divers animaux sauvages. Cependant, on ne sait toujours pas si ces isolats sont également spécialisés pour leurs hôtes ou si leur présence est due à des retombées répétées des populations sources. Cette étude se concentre sur S. aureus chez les poissons, testant l'hypothèse de débordement de deux manières.

Tout d'abord, nous avons examiné 12 isolats de S. aureus obtenus à partir des organes internes et externes d'un poisson d'élevage. Alors que tous les isolats provenaient du complexe clonal 45, la diversité génomique indique une acquisition répétée. La présence d'un prophage φSa3 contenant des gènes d'évasion immunitaire humains suggère que la source était à l'origine humaine.

Deuxièmement, nous avons testé S. aureus chez des poissons sauvages isolés de sources connues. En particulier, nous avons échantillonné 123 truites brunes et leur environnement sur 16 sites dans les Highlands écossais éloignés avec des niveaux variables d'exposition pour les humains, les oiseaux et le bétail. Cet écran n'a trouvé aucune infection à S. aureus dans aucune des populations sauvages ou leur environnement. Ensemble, ces résultats confirment que la présence de S. aureus dans les poissons et l'aquaculture est due aux retombées humaines plutôt qu'à la spécialisation. Compte tenu des tendances à l'augmentation de la consommation de poisson, une meilleure compréhension de la dynamique des retombées de S. aureus dans l'aquaculture atténuera les risques futurs pour les poissons et la santé humaine.

Importance

Staphylococcus aureus est un commensal de l'homme et du bétail, mais aussi un agent pathogène important responsable de taux de mortalité humaine élevés et de pertes économiques dans l'élevage. Des études récentes montrent que S. aureus est commun chez les animaux sauvages, y compris les poissons. Cependant, nous ne savons pas si ces animaux font partie de la gamme d'hôtes normale de S. aureus ou si l'infection est due à des événements de débordement répétés provenant de véritables hôtes de S. aureus.

Répondre à cette question a des implications pour la santé publique et la conservation. Nous trouvons un support pour l'hypothèse de débordement en combinant le séquençage du génome d'isolats de S. aureus provenant de poissons d'élevage et des écrans pour S. aureus dans des populations sauvages isolées. Les résultats impliquent qu'il est peu probable que les poissons soient une source de nouvelles souches émergentes de S. aureus, mais soulignent l'importance du débordement de bactéries résistantes aux antibiotiques provenant des humains et du bétail. Cela peut affecter à la fois le potentiel de maladies futures des poissons et le risque d'intoxication alimentaire humaine.

Pologne : Neuf chats testés positifs pour la grippe aviaire H5N1

Pas besoin d’un podcast d’anticipation, cher à l’Anses, qui interroge les liens entre santé humaine et santé animale, voici qu’en «Pologne : Neuf chats testés positifs pour la grippe aviaire H5N1 », source Oubreak News Today.

Selon le vétérinaire en chef de la Pologne (CVO), les résultats des analyses sur des prélèvements réalisés sur des chats morts de Lublin et de Poznań sont disponibles :

Le 26 juin, 11 échantillons ont été testés à l'Institut vétérinaire national de Puławy, dont 9 ont donné un résultat positif pour la grippe H5N1. Les échantillons positifs proviennent de Poznań, Tri-City et Lublin. D'autres études détaillées du matériel génétique des virus sont en cours.

De plus, des études préliminaires excluent l'origine du virus de la grippe aviaire qui a rendu les goélands malades ces dernières semaines.

Une réunion sanitaire et épizootique a eu lieu, où un plan d'action supplémentaire a été discuté.

Des travaux sont en cours pour établir un protocole de surveillance de la maladie chez le chat afin de recueillir des données plus détaillées sur son évolution et sa survenue.

La source de l'infection n'a pas encore été identifiée.

En analysant les données d'autres pays, il a été établi que les règles pour prévenir un éventuel contact des chats avec le virus devraient être basées sur :

- Garder les chats à l'intérieur si possible.
Toute libération de l'animal sur le balcon ou la terrasse doit être précédée d'un lavage des salissures avec des détergents standards ;
- Emêcher le contact entre les chats et d'autres animaux sauvages, y compris les oiseaux.
- Empêcher les chats d'entrer en contact avec des chaussures utilisées à l'extérieur de la maison ;
- Nourrir les chats uniquement avec des aliments provenant de sources connues ;
- Se laver les mains après contact avec les animaux (maintenir les règles d'hygiène standard après être sorti à l’extérieur).

Commentaire

Cela serait-il une conséquence du nombre anormalement élevé de chats dans ce pays qui chassent les oiseaux un peu partout ?

NB : Photo d'illustration.

Complément

On lira aussi les articles parus dans Avian Flu Diary et  Flu Trackers.

Mise à jour du 14 juillet 2023

La Finlande signale des cas de grippe aviaire H5N1 chez des renards bleus dans un élevage.

De l'auge à l'assiette, pourquoi une alimentation sûre des animaux est importante aussi pour la santé humaine, selon le BfR

«Tout ce qu'un animal mange peut entrer dans sa circulation sanguine et de là se retrouver dans sa viande, ses œufs ou son lait.» Effet carry over (effet de rémanence).

«De l'auge à l'assiette, pourquoi une alimentation sûre des animaux est importante aussi pour la santé humaine», source BfR 11/2023 du 23 juin 2023.

Le nouveau magazine scientifique «BfR2GO» se concentre sur les aliments pour animaux et leur sécurité sanitaire. Le 11ème numéro vient de sortir.

Ce que les animaux mangent à travers son alimentation peut également se retrouver dans nos assiettes via l'animal. Les aliments pour animaux doivent donc être sûrs et ne pas affecter la santé animale ou humaine. L'Institut fédéral allemand d'évaluation des risques (BfR) évalue les risques pour la santé pouvant découler des aliments pour animaux. «Un aspect important est le développement de méthodes de détection et d'outils assistés par ordinateur. Ceux-ci nous permettent de tracer les substances indésirables tout au long des chaînes de produits. De plus, nous pouvons les utiliser pour estimer le transfert de substances indésirables des aliments pour animaux aux aliments», a dit le président du BfR, le professeur Andreas Hensel. Outre l'évaluation des risques, les principaux sujets du nouveau BfR2GO incluent également les défis du commerce mondial des aliments pour animaux et l'alimentation animale du futur.

Malgré tous les efforts déployés tout au long des chaînes de produits, les aliments pour animaux peuvent parfois être contaminés par des substances indésirables, notamment des toxines végétales et fongiques et d'autres contaminants environnementaux. Le BfR utilise des études d'alimentation pour déterminer si certaines substances peuvent passer dans les aliments d'origine animale. «Si des données importantes manquent, il est de notre devoir de combler toute lacune dans les connaissances», a dit le Dr Robert Pieper, responsable au BfR des sujets liés à la sécurité sanitaire dans la chaîne alimentaire.

Le nouveau numéro traite également des insectes commes aliments, pour certains, une alternative aux produits carnés, pour d'autres, difficile à imaginer comme aliment. Le BfR étudie si leur consommation peut causer des problèmes de santé. Les aliments crus et la bonne façon de les manipuler sont un autre sujet abordé dans le magazine, tout comme les risques pour la santé pouvant provenir des sachets de nicotine ou des culottes menstruelles.

En outre, le magazine examine si des substances hormonales actives pourraient être responsables d'une prétendue crise du sperme, ainsi que les moyens possibles d'utiliser moins d'animaux de laboratoire. La controverse «De bonne foi» porte sur la confiance dans la science et la recherche. Nous avons demandé : quel est l'état de leur réputation ?

Avec d'autres sujets, y compris la vitamine C et la migration des substances des matériaux d'emballage dans les aliments, le magazine scientifique actuel BfR2GO fournit, comme toujours, le plein de connaissances compactes et il est rempli à ras bord d'informations à jour et bien fondées sur la recherche et son évaluation en matière de protection de la santé des consommateurs et de protection des animaux de laboratoire. Chaque numéro présente un sujet axé sur l'un des domaines de travail actuels du BfR. De plus, il y a des reportages, des interviews et des nouvelles de tous les domaines de travail du BfR.

Le dernier numéro apparaît dans un nouveau look ainsi que des chapitres renommés et, comme toujours, au choix en allemand ou en anglais.

Salmonella dans la volaille : Prélèvements réduits après que les Pays-Bas aient atteint l'objectif de l'UE

«Prélèvements réduits après que les Pays-Bas aient atteint l'objectif de l'UE», source Food Safety News du 25 juin 2023.

La fréquence de prélèvements de recherche de Salmonella dans les troupeaux reproducteurs doit être réduite aux Pays-Bas après que le pays ait atteint les objectifs européens.

A partir de juillet, les prélèvements obligatoires pour la surveillance de Salmonella par les propriétaires de troupeaux reproducteurs de volailles auront lieu au moins toutes les trois semaines. Les personnes possédant ce type d'animaux doivent actuellement effectuer des prélèvements au couvoir ou à l'élevage toutes les deux semaines.

Des analyses de détection de Salmonella sont effectués pour garantir la sécurité des aliments et la santé publique. Il s'agit d'essayer d'empêcher des produits contaminés d'entrer dans la chaîne alimentaire, a dit l'Autorité néerlandaise de sécurité des aliments et des produits de consommation (NVWA).

Comme les Pays-Bas ont atteint l'objectif européen en 2021 et 2022, les prélèvements obligatoires seront réduits à partir de début juillet. La fréquence des prélèvements officiels par les autorités est également réduite. Cela signifie que chaque troupeau d'un élevage sera prélevé deux fois par cycle de production, au lieu de trois fois. La société C-Mark réalise ce plan de prélèvements pour le compte de la NVWA.

Les règles européennes de janvier 2010 stipulent qu'un maximum de 1% des troupeaux reproducteurs adultes dans un État membre peut être infecté par Salmonella Enteritidis, Infantis, Hadar, Typhimurium (y compris le variant monophasique) et Virchow. Ces mesures chez les éleveurs visent à avoir un effet positif au niveau des poulets de chair et des poules pondeuses.

Si un pays atteint cet objectif pendant au moins deux années consécutives, l'autorité nationale peut autoriser des prélèvements dan sl’élevage toutes les trois semaines. Les agences nationales peuvent décider de maintenir ou de revenir à un intervalle de test de deux semaines en cas de détection de types pertinents de Salmonella dans un troupeau reproducteur de l'exploitation ou dans tout autre cas qu'elles jugent approprié.

En 2020, l'objectif n'a pas été atteint aux Pays-Bas et 1,42% des troupeaux reproducteurs adultes étaient infectés par Salmonella. Cependant, en 2021, le chiffre était de 0,38% et en 2022, il était de 0,25%.

En Allemagne, les informations de l'Institut fédéral d'évaluation des risques (BfR) montrent que Salmonella a été détectée dans six, soit 0,8 %, des troupeaux reproducteurs en 2022, contre 4,8 % en 2021. Un seul des six résultats en 2022 concernait l'un des cinq types de Salmonella mentionnés dans la législation.

Renforcer la bonne exécution

La NVWA a également dit qu'elle imposerait des sanctions plus sévères dans le secteur équin si les exigences pertinentes ne sont pas respectées. Les réglementations sur l'identification et l'enregistrement ont été renforcées en 2021. Les règles européennes signifient qu'il existe un passeport pour les chevaux, les ânes et les poneys.

Les inspections effectuées par la NVWA en 2022 chez les détenteurs d'équidés ont montré que le respect de la réglementation révisée était faible. Dans la plupart des cas, l'enregistrement du lieu de résidence ou de l'animal dans ce milieu n'était pas correct. Les motifs de non-conformité allaient de la méconnaissance des règles à la négligence.

Étant donné que les non-conformités concernaient de nouvelles réglementations, la NVWA n'a pas infligé d'amende aux contrevenants mais a émis un avertissement écrit. Cependant, l'agence a déclaré qu'elle renforcerait désormais la surveillance.

Un enregistrement correct est important car il permet une traçabilité plus rapide des animaux ou des produits d'origine animale en cas d'épidémie de maladie animale infectieuse ou si la viande de cheval est contaminée.

L’acarien varroa et le virus des ailes déformées rendent les abeilles plus sensibles aux insecticides

«L’acarien varroa et le virus des ailes déformées rendent les abeilles plus sensibles aux insecticides», source ARS USDA du 21 juin 2023.

Selon une récente étude publiée dans Environnemental Pollution, contrôler l’acarien Varroa, l’acarien parasite qui se nourrit d’abeilles butineuses et sert de vecteur pour des maladies virales comme celle des ailes déformées (DWV) peut aider à améliorer les populations d’abeilles butineuses et rendre les abeilles moins sensibles aux insecticides dangereux.

Les abeilles butineuses peuvent être directement exposées à des pulvérisations d'insecticides toxiques dans le champ ou l'exposition peut provenir des abeilles collectant et rapportant du pollen et du nectar contaminés par des pesticides dans leurs ruches pour nourrir les larves et les jeunes abeilles. La présence d'insecticides, ainsi que d'autres facteurs de stress environnementaux dans les zones agricoles, peut être un facteur entraînant des problèmes tels que la perte de colonies, un problème que les apiculteurs du monde entier tentent de surmonter.

«Des recherches antérieures ont montré comment des produits chimiques comme les pesticides rendent les abeilles plus sensibles aux acariens», a déclaré Yu-Cheng Zhu, chercheur entomologiste à la Pollinator Health in Southern Crop Ecosystems Research Unit de l'ARS à Stoneville, Mississippi. «Dans notre étude, nous voulions voir si les acariens et les infestations virales rendaient les abeilles plus sensibles aux insecticides.»

Dans une étude, des chercheurs du Service de recherche agricole (ARS) de l’USDA ont appliqué un antiacarien amitraz (Apivar), un produit couramment utilisé pour traiter les acariens Varroa, à quatre ruches d'abeilles et ont laissé quatre autres ruches non traitées. Ils ont surveillé la densité de population d'acariens mensuellement et la densité de DWV en début, milieu et fin de saison.

Les chercheurs ont collecté des abeilles dans des ruches traitées et non traitées avec des acaricides et ont quantifié les expressions géniques de quatre gènes immunitaires et de deux gènes liés à la physiologie. Ils ont également testé la sensibilité des abeilles à cinq insecticides représentatifs. De plus, des mortalités naturelles d'abeilles ont été enregistrées pendant trois saisons.

«Le traitement aux acaricides a entraîné des infestations mineures ou indétectables d'acariens et de DWV pendant toute la saison des abeilles, tandis que les colonies non traitées présentaient des infestations d'acariens et de DWV nettement plus élevées», a déclaré Zhu.

Les analyses de données ont montré que la population d'acariens Varroa fluctuait de manière irrégulière au cours de la saison des abeilles et que la densité de population d'acariens n'était pas dynamiquement ou étroitement corrélée avec le changement saisonnier de la mortalité naturelle des abeilles mellifères. Contrairement aux acariens, la densité de DWV dans les colonies non traitées a progressivement augmenté au cours de la saison des abeilles. La densité était fortement corrélée à l'augmentation saisonnière de la mortalité naturelle des abeilles mellifères.

«Dans les ruches non traitées, l'augmentation des infestations par le DWV a entraîné une diminution des fonctions physiologiques et immunitaires chez les abeilles mellifères en fin de saison, rendant les abeilles plus sensibles aux insecticides et augmentant les taux de mortalité naturelle au cours de la saison», a déclaré Zhu.

Selon Zhu, les acariens Varroa, également connus sous le nom de Varroa destructor, peuvent réduire les graisses corporelles et les fluides corporels qui contiennent d'importantes enzymes de détoxification et protéines immunitaires chez les abeilles mellifères. En conséquence, les abeilles ont des systèmes immunitaires, de détoxification et/ou de défense affaiblis et d'autres processus essentiels. L'association de ces déficiences à l'exposition aux insecticides peut être préjudiciable aux populations d'abeilles.

«Avoir une immunité affaiblie, surtout plus tard dans la saison avec moins de sources de nourriture, peut être difficile pour les abeilles», a déclaré Zhu.

Zhu, dont les travaux portent sur l'impact toxicologique des pesticides sur les insectes bénéfiques dans la région du delta du Mississippi, a déclaré que les résultats de l'étude indiquaient l'importance d'étudier les effets «ascendants» des infestations d'acariens sur la santé globale des abeilles mellifères dans le contextes du monde réel.

«Le contrôle chimique est toujours une méthode majeure pour prévenir les pertes de récoltes et contrôler les populations d'insectes nuisibles», a déclaré Zhu. «Il est important d'étudier les effets du contrôle chimique sur les populations d'abeilles mellifères afin que nous puissions trouver les meilleures pratiques pour protéger la santé des abeilles.»

NB : Photo d'illustration.

Pas besoin d'anticipation, les surmulots sont-ils nos amis pour la vie à Paris ?

On nous dit qu’«En 2021, l’Anses créait Zootopique, le podcast d’anticipation qui interroge les liens entre santé humaine et santé animale. Lancée ce 31 mai, la saison 2 de Zootopique rappelle qu’aujourd’hui comme demain, la santé des animaux, c’est aussi la nôtre.»

Désolé l’Anses, pas besoin d’anticipation, c’est là sous nos yeux !

Voici ce qui est sans doute une conséquence de l’article, Entre le bien-être du rat d’égout et la santé publique, faut-il choisir ?

Quoi? Les surmulots propageraient des maladies dangereuses? Mais je croyais qu’il fallait cohabiter avec eux?.:) https://t.co/3BmdD9P0LU

— François Momboisse (@fmomboisse) June 1, 2023

Le 20 mai 2023, Journée mondiale des abeilles, selon l'AFSCA de Belgique

L’AFSCA de Belgique nous parle du 20 mai 2023, «Journée mondiale des abeilles : l'AFSCA enregistre 10 000 apiculteurs en Belgique». Pour information, la France en compte autour de 71 000 en 2020 …

On ne le répétera jamais assez : nos abeilles sont en danger. Leur mortalité hivernale fluctue chaque année. Après une légère baisse du taux de mortalité pour la période 2020-2021 (17,76%), celui-ci est remonté à 21,8% pour la période 2021-2022.

… les collaborateurs de l'AFSCA rendent visite à une sélection d’apiculteurs belges trois fois par an. Lors de la première visite, 6 colonies saines sont sélectionnées et suivies pendant un an. Lors des visites suivantes (en été et au printemps), l'AFSCA évalue le taux de mortalité des abeilles et réalise des enquêtes sur certaines maladies menaçant les abeilles. En 2022, 194 apiculteurs ont été suivis dans le cadre de la mortalité des abeilles.

En 2022, le varroa, un parasite, est resté la cause la plus fréquente de mortalité des abeilles. Par ailleurs, 4 foyers de loque européenne et 2 foyers de loque américaine ont également été identifiés en 2022. Lorsque ces maladies sont détectées, la colonie d'abeilles est détruite afin d'éviter toute propagation à d'autres ruches. Les ruches et autres matériaux de contact doivent également être désinfectés en profondeur. L'AFSCA prévoit une indemnisation de 125 euros par colonie détruite.

Outre les visites aux apiculteurs, l'AFSCA contrôle également l'utilisation des produits phytosanitaires par les professionnels. En effet, leur utilisation incorrecte peut avoir des effets néfastes sur nos abeilles et provoquer des intoxications aiguës aux pesticides chez les abeilles mellifères. En 2022, l'AFSCA a enquêté sur 3 cas de mortalités suspectes dues à des intoxications aiguës chez les abeilles. Aucune substance toxique n'a été trouvée.

Commentaire

Je parle de cette journée mondiale en citant l’AFSCA de Belgique, et non pas l’Anses, parce que notre agence sanitaire se situe en ce moment «en 2033, afin de plonger dans le futur au côté de nos scientifiques pour explorer comment les liens entre santé animale et santé humaine forgeront la société de demain.»

Chacun son truc …

Cela étant, la dernère fois que l’Anses nous a parlé de la santé des abeilles, c’était le 13 décembre 2021, pour faire le point sur les dernières recherches.

Étudier les causes de mortalité des abeilles, identifier les pathogènes qui les affectent ou mieux prendre en compte l’effet des pesticides sur leur santé. Tous les deux ans, l’Agence organise une journée de rencontre sur les travaux de recherche, d’expertise et de surveillance menés sur les abeilles. L’occasion de faire le point sur divers travaux de recherche effectués par l’Agence sur cette thématique. 

Vous lirez cela à tête reposée …

On lira aussi un article du blog, Idée reçue n°5 : les pesticides tuent les abeilles (et la faune en général).