Des gènes de résistance aux antibiotiques retrouvés dans des bactéries probiotiques provenant d’aliments et de compléments alimentaires

«Des gènes de résistance aux antibiotiques retrouvés dans des bactéries probiotiques provenant d’aliments et de compléments alimentaires», source article de Chris Dal paru le 7 avril 2023 dans CIDRAP News.

Une analyse d'importantes souches de bactéries probiotiques isolées à partir d'aliments et de compléments alimentaires probiotiques a révélé la présence de plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques (GRAs), ont rapporté des chercheurs hongrois dans Eurosurveillance, «A survey on antimicrobial resistance genes of frequently used probiotic bacteria, 1901 to 2022».

À l'aide du séquençage de nouvelle génération, des scientifiques de l'Université de médecine vétérinaire de Budapest ont examiné 579 isolats de 12 espèces bactériennes probiotiques couramment présentes dans les aliments fermentés et non fermentés et les compléments alimentaires probiotiques pour la présence de GRAs, de plasmides et d'éléments génétiques mobiles intégratifs (EGMis) qui peuvent permettre l'échange de GRAs entre les bactéries. Sur les 579 isolats, 169 (29%) représentant 10 des 12 espèces étaient GRA-positifs.

Les mécanismes de résistance dans lesquels les GRAs identifiés se sont précédemment révélés impliqués comprenaient l'efflux d'antibiotiques, l'inactivation d'antibiotiques et l'altération de la cible d'antibiotiques. Parmi les espèces probiotiques analysées, Bifidobacterium animalis et Lactococcus lactis avaient la proportion la plus élevée d'échantillons positifs pour les GRAs.

L'analyse a également révélé que 66% des isolats positifs aux GRAs contenaient au moins un gène pouvant être lié à un plasmide ou à un EGMi.

«Notre étude confirme que de nombreux GRAs sont présents dans les espèces bactériennes probiotiques constituant le bactériome des produits comestibles et que beaucoup d'entre eux sont mobiles», ont écrit les auteurs de l'étude. «Ainsi, l'application et la consommation de certaines souches bactériennes probiotiques pourraient avoir le potentiel de contribuer à l'apparition et à la propagation de la résistance aux antimicrobiens.»

Les auteurs notent que si les GRAs identifiés peuvent affecter l'activité de plusieurs classes d'antibiotiques utilisés en médecine humaine et animale, la présence de GRAs n'entraîne pas nécessairement une résistance phénotypique. Ils disent que d'autres études d'expression génique et des évaluations des valeurs minimales de concentration inhibitrice seraient nécessaires pour déterminer si les souches probiotiques porteuses de GRAs sont résistantes aux antibiotiques.

«Étant donné que nos résultats suggèrent que la prévalence de GRAs mobiles n'est peut-être pas négligeable, il pourrait être utile d'envisager l'élaboration de lignes directrices pour surveiller ces GRAs mobiles», ont-ils conclu.

Dans la conclusion, les auteurs notent,

Nos résultats suggèrent que certaines espèces bactériennes probiotiques peuvent contenir une proportion plus élevée de GRAs, tandis que d'autres peuvent représenter une proportion plus faible. Nous observons également qu'une proportion considérable de GRAs que nous avons identifiés étaient mobiles. Dans l'Union européenne, il existe des recommandations avec des suggestions méthodologiques pour l'analyse du séquençage du génome entier des micro-organismes de la chaîne alimentaire. Cependant, ces recommandations ne fournissent pas de directives détaillées pour l'analyse du mobilome. Étant donné que nos résultats suggèrent que la prévalence des GRAs mobiles pourrait ne pas être négligeable, il pourrait être utile d'envisager l'élaboration de lignes directrices pour surveiller ces GRAs mobiles.

Message clé de santé publique

Que vouliez-vous aborder dans cette étude ?

La résistance aux antimicrobiens (RAM) est un défi pour le traitement des infections. Chez les bactéries, la résistance aux antimicrobiens repose sur des gènes de résistance aux antibiotiques (GRAs), dont certains peuvent être mobiles. Dans certaines conditions, les bactéries avec des GRAs mobiles peuvent transférer leurs GRAs à d'autres bactéries. Si des bactéries avec des GRAs mobiles se trouvent dans les aliments, elles peuvent, lors de l'ingestion, transmettre ces GRAs aux bactéries présentes dans le tube digestif de l'homme. Nous avons souhaité faire la lumière sur les GRAs chez les espèces bactériennes probiotiques, en particulier leurs caractéristiques de mobilité.

Qu'avons-nous appris de cette étude ?

Parmi 12 espèces probiotiques d'intérêt, nous avons analysé en détail 10 espèces couramment utilisées dans les aliments non fermentés et fermentés ou les compléments alimentaires probiotiques. À l'aide de la bioinformatique, nous avons examiné leurs données génétiques pour les GRAs, puis évalué si les GRAs étaient mobiles. Dans l'ensemble, plusieurs types de GRAs ont été retrouvés. Leur occurrence variait d'une espèce à l'autre, aucun GRA n'étant détecté chez deux espèces. Parmi les échantillons de bactéries avec des GRAs, une proportion considérable avait des GRAs qui étaient probablement mobiles.

Quelles sont les implications de vos découvertes pour la santé publique ?

Manger des aliments qui contiennent des bactéries avec des GRAs mobiles peut permettre à ces bactéries de s'approcher d'autres bactéries présentes dans le corps humain. Cette proximité pourrait faciliter le transfert de GRAs mobiles des bactéries alimentaires vers d'autres bactéries de l'intestin, même pathogènes. Bien que l'acquisition de GRAs mobiles ne confère pas toujours la résistance aux antiicrobiens, l'extension des recommandations actuelles pour détecter les traits fonctionnels potentiels préoccupants chez les bactéries utilisées pour l'alimentation pourrait être envisagée, avec le dépistage des GRAs mobiles dans les bactéries probiotiques.

NB : La photo est d’Elena Nachaeva/iStock.