Vers une meilleure compréhension de la persistance de Listeria et de sa transmission à l’échelle mondiale

«Vers une meilleure compréhension de la persistance de Listeria et de sa transmission à l’échelle mondiale», source communiqué de l’Intitut Pasteur.

Deux études récentes de chercheurs de l’Institut Pasteur et de leurs collaborateurs apportent un éclairage nouveau sur l’écologie et l’évolution de la bactérie pathogène Listeria monocytogenes. Ces publications mettent en évidence la forte prévalence du portage fécal du pathogène, qui dépend du microbiote, et de la diffusion mondiale de son principal clone clinique.

Listeria monocytogenes est un pathogène humain d’origine alimentaire majeur, associé à un lourd impact médico-économique. Ce microorganisme modèle a permis des avancées majeures dans l’étude des interactions hôte-pathogène et de la physiopathologie des maladies infectieuses. Cependant, malgré son importance médicale et scientifique, L. monocytogenes n’avait pas fait l’objet d’études approfondies sur la répartition géographique de sa diversité génomique (phylogéographie) et les facteurs qui ont favorisé son émergence et sa propagation. Deux nouvelles études menées par l’Institut Pasteur en collaboration avec l'Université de Paris, l'hôpital Necker-Enfants malades AP-HP et des équipes internationales permettent aujourd’hui de préciser les niches écologiques de Listeria et la diffusion mondiale de son principal clone clinique.

Deux nouvelles études de l'Institut Pasteur en collaboration avec l'Université de Paris, l'hôpital Necker-Enfants malades AP-HP et des équipes internationales permettent de mieux comprendre les niches écologiques de Listeria et la diffusion mondiale de son principal clone clinique.

Identifier les niches écologiques de L. monocytogenes

Dans une étude publiée dans Nature Communications, l'Unité de Biologie de l'Infection de l'Institut Pasteur et de l'Inserm, en collaboration avec des collègues des Universités de Lausanne et de Poitiers, ont examiné la répartition des espèces de Listeria en exploitant plus de 10 000 ensembles de données métagénomiques. Ils ont montré que L. monocytogenes était l’espèce du genre Listeria la plus prévalente, qu’elle était principalement associée à divers hôtes – humains, bovins et autres animaux d’élevage – et qu’elle était également présente dans le sol. Ils ont aussi constaté que les autres espèces de Listeria non virulentes étaient quant à elles pratiquement absentes de ces mêmes hôtes.

De plus, l’analyse d’une cohorte indépendante de près de près de 1 000 échantillons fécaux de donneurs asymptomatiques a révélé que la prévalence du portage fécal asymptomatique de L. monocytogenes est d’environ 10%, ce qui suggère l’implication de la pathogénicité de L. monocytogenes dans son pouvoir d’association à l’hôte, même en l’absence de symptômes. L’analyse plus approfondie des jeux de données métagénomiques indique que le portage fécal de L. monocytogenes est associé à la nature du microbiote. Celle-ci précède la colonisation par L. monocytogenes chez un modèle de souris in vivo, démontrant que le portage fécal de L. monocytogenes dépend de la composition du microbiote intestinal. Ces découvertes démontrent que le portage fécal de L. monocytogenes est une conséquence cruciale mais jusqu’ici négligée de sa virulence.

Reconstruction de l'histoire de la transmission du pathogène

Une autre étude, publiée dans Science Advances, souligne l’importance de l’association de L. monocytogenes à ses hôtes dans sa propagation mondiale. Il s’agit de la première étude phylogéographique de L. monocytogenes . Elle s’interesse au groupe clonal hypervirulent le plus répandu cliniquement dans les pays occidentaux: CC1. L’unité Biologie des infections de l’Institut Pasteur et l’Inserm, en collaboration avec les unités Biodiversité et Épidémiologie des Bactéries Pathogènes et l'Unité Modélisation Mathématique des Maladies Infectieuses de l'Institut Pasteur et un consortium international, ont utilisé près de 2 000 génomes provenant de 40 pays pour retracer l’histoire évolutive de ce clone.

Ce travail révèle que le principal clone clinique CC1 est originaire d’Amérique du Nord et qu’il s’est répandu dans le monde entier après la révolution industrielle, à raison de deux vagues successives d’expansion. Cette propagation a coïncidé d’une part avec l’essor du commerce transatlantique de viande et de bovins au cours de la seconde moitié du 19e siècle, et d’autre part avec la croissance rapide de l’élevage bovin et des filières alimentaires au 20e siècle. Fait intéressant, les chaînes de transmission qui étaient mondiales au cours du siècle dernier sont désormais principalement locales, dans l’environement des fermes ou des sites de production alimentaires, et tendent à persister longtemps, avec une diffusion limitée entre les pays.

Ces deux études fournissent une vue d’ensemble des réservoirs de L. monocytogenes et de la dynamique de sa transmission. Elles soulignent le rôle central joué par le bétail dans la propagation et l’évolution de ce pathogène alimentaire majeur. Leurs résultats mettent également en évidence la nécessité de renforcer la surveillance des animaux afin de limiter la transmission de L. monocytogenes à l’Homme par la chaîne alimentaire.

NB: Depuis le 1er avril 2021, il y a eu, à ce jour, environ 264 rappels liés à la présence de Listeria monocytogenes dans des aliments, soit 8% des produits alimentaires rappelés. Stop ou encore ?

Merci à Joe Whitworth de Food safety News de m’avoir transmis l’information.

Tous les articles cités sont disponibles en intégralité.

Aux lecteurs du blog

Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivant, http://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...

Les propriétaires de chiens et de chats atteints de la COVID-19 la transmettent souvent aux animaux de compagnie

«Les propriétaires de chiens et de chats atteints de la COVID-19 la transmettent souvent aux animaux de compagnie», source article de Marie Van Beusekom paru le 2 juillet 2021 dans CIDRAP News.

Deux nouvelles études non publiées suggèrent que des personnes atteintes de la COVID-19 le transmettent souvent à leurs chiens et chats, en particulier s'ils partagent un lit avec leurs chats, bien que les animaux de compagnie ne présentent généralement aucun symptôme ou des symptômes légers, mais dans quelques cas, ils pourraient avoir une maladie grave.

Les études seront présentées à l’European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases (ECCMID) du 9 au 12 juillet.

Aucune preuve que les animaux de compagnie peuvent infecter les humains

Selon un communiqué de l'ECCMID sur la première étude, des chercheurs de l'Université d'Utrecht aux Pays-Bas ont envoyé une clinique vétérinaire mobile dans 196 foyers de propriétaires de chiens et de chats qui avaient été testés positifs pour COVID-19 de 2 à 200 jours auparavant. Le personnel vétérinaire a obtenu des écouvillons naso-gorge et rectaux des animaux de compagnie pour rechercher une infection active à coronavirus, ainsi que des échantillons de sang pour rechercher des preuves d'anticorps d'une infection précédente.

Six des 154 chats (3,9%) et 7 des 156 chiens (4,5%) ont été testés positifs pour la COVID-19, tandis que 31 chats (20,1%) et 23 chiens (14,7%) avaient des anticorps anti-coronavirus. Les 11 animaux de compagnie qui ont subi une deuxième série de tests après 1 à 3 semaines supplémentaires ont été testés positifs pour les anticorps, et 3 chats étaient toujours positifs pour la COVID-19. Les animaux ne présentaient aucun symptôme ou des symptômes légers.

Aucun des huit chats et chiens vivant dans les mêmes maisons que les animaux de compagnie testés positifs pour le coronavirus n'a été infecté, ce qui suggère que le virus ne s'est pas propagé parmi les animaux. Les chercheurs ont dit que des études antérieures avaient révélé que la COVID-19 était plus courante chez les animaux de compagnie de propriétaires infectés que chez les animaux de compagnie sans un tel point de contact pour la transmission d'homme à animal plutôt que la propagation d'un animal à l'autre.

Les chercheurs ont également dit que les résultats montrent que la transmission de la COVID-19 entre les humains et les animaux est courante. L'auteur principal de l'étude, Els Broens, a dit que les personnes atteintes de la COVID-19 devraient éviter tout contact avec les animaux de compagnie ainsi qu'avec les personnes.

«La principale préoccupation, cependant, n'est pas la santé des animaux - ils n'avaient aucun ou des symptômes légers de la COVID-19 - mais le risque potentiel que les animaux de compagnie puissent agir comme un réservoir du virus et le réintroduire dans la population humaine», a-t-elle dit dans le communiqué.

«Heureusement, à ce jour, aucune transmission d'un animal à l'autre n'a été signalée. Ainsi, malgré la prévalence plutôt élevée parmi les animaux des ménages positifs à la COVID-19 dans cette étude, il semble peu probable que les animaux jouent un rôle dans la pandémie.»

Les chats particulièrement sensibles à l'infection

Un deuxième communiqué de presse de l'ECCMID détaille une étude de l'Université de Guelph au Canada qui impliquait d’analyser 48 chats et 54 chiens de 77 survivants de la COVID-19 pour les anticorps du coronavirus. On a demandé aux propriétaires comment ils interagissaient avec leurs animaux de compagnie, notamment s'ils les caressaient ou les embrassaient et s'ils les autorisaient à s'asseoir sur leurs genoux, à dormir dans leur lit ou à embrasser ou lécher leur visage.

Les chercheurs ont également testé 75 chiens et chats dans un refuge pour animaux et 75 chats errants traités dans une clinique vétérinaire à faible coût pour les anticorps anti-coronavirus. Trente-deux des 48 (67%) chats avec un propriétaire et 23 des 54 (43%) des chiens avec un propriétaire avaient des anticorps, comparativement à 7 (9%) chiens et chats au refuge pour animaux et 2 (3%) des chats errants.

Onze (20%) des chiens avec un propriétaire présentaient des symptômes, le plus souvent une léthargie et une perte d'appétit. Certains chiens ont eu une toux ou une diarrhée légère et passagère. Treize chats avec un propriétaire (27%) présentaient des symptômes, le plus souvent un écoulement nasal et des difficultés respiratoires. Alors que la plupart des cas étaient bénins, trois étaient graves.

Le temps que les chiens et les propriétaires passaient ensemble et le type de contact qu'ils avaient n'ont pas changé la probabilité d'infection des chiens. Mais ce n'était pas le cas des chats, qui couraient un risque plus élevé d'infection à coronavirus plus ils passaient de temps avec leurs propriétaires, surtout s'ils partageaient un lit.

Les chercheurs ont dit que les chats ont des facteurs biologiques qui les rendent plus vulnérables que les chiens à la COVID-19, tels que des récepteurs viraux qui permettent au virus d'infecter plus facilement les cellules. Les chats sont également plus susceptibles que les chiens de dormir près du visage de leur propriétaire, ce qui augmente leur exposition au virus.

Ils ont ajouté que parce que le taux d'infection chez les animaux avec propriétaires était plus élevé que chez ceux du refuge et les chats errants, les humains transmettent plus probablement le virus aux animaux de compagnie que l'inverse, ce que des études antérieures ont également montré.

L'auteur principal, Dorotheee Bienzle, recommande aux propriétaires infectés de se tenir à l'écart de leurs animaux de compagnie et de ne pas les laisser entrer dans leur chambre. «Je vous recommanderais également de garder votre animal de compagnie à l'écart des autres personnes et des autres animaux de compagnie», a-t-elle dit dans le communiqué.

«Bien que les preuves que les animaux domestiques puissent transmettre le virus à d'autres animaux soient limitées, cela ne peut être exclu», a-t-elle ajouté. «De même, bien qu'il n'ait pas été démontré que les animaux de compagnie transmettent le virus aux humains, la possibilité ne peut pas être complètement exclue.»

NB : L’Anses avait rapporté dans une actualité du 11 mars 2020, «COVID-19 : pas de transmission par les animaux d’élevage et les animaux de compagnie».

Dynamique de la transmission des Escherichia coli producteurs de shigatoxines chez des bovins néo-zélandais, de l'élevage à l'abattage

«Dynamique de la transmission des Escherichia coli producteurs de shigatoxines chez des bovins néo-zélandais de l'élevage à l'abattage», source AEM. L'article est disponible en intégralité.

Résumé

Les bovins sont des porteurs asymptomatiques de souches de Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) qui peuvent causer des maladies graves ou la mort chez l'homme. En Nouvelle-Zélande, le contact avec des excréments de bovins et la vie à proximité des populations de bovins sont des facteurs de risque connus d'infection humaine à STEC. La contamination de la viande fraîche par des souches STEC entraîne également un risque de rejet des envois par les pays importateurs.

Nous avons utilisé une combinaison de PCR/spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight) et du séquençage du génome entier (WGS) pour évaluer la présence et la transmission de STEC dans des élevages et dans les usines de trainsformation afin de mieux comprendre la voies potentielles d'exposition humaine et ainsi réduire les risques.

Des prélèvement animaux et environnementaux (n = 2 580) ont été collectés dans six élevages et trois usines de transformation de la viande en Nouvelle-Zélande au cours de plusieurs séances de prélèvements au printemps 2015 et 2016. L'analyse PCR/MALDI-TOF a révélé que 6,2% étaient positifs pour le «Top 7» des STEC (O103, O111, O121, O145, O157, O26 et O45). Les 7 top souches de STEC ont été identifiées dans toutes les sources de prélèvements (n = 17) testées. Une augmentation marquée de la prévalence des 7 top STEC a été observée entre les peaux de veaux à la ferme (prévalence de 6,3%) et les peaux de veaux dans les usines de transformation (prévalence de 25,1%). Le séquençage du génome entier a été effectué sur les 7 top isolats bactériens de STEC (n = 40). L'analyse de STEC O26 (n = 25 isolats) a révélé une diversité génétique relativement faible dans les fermes individuelles, compatible avec la présence d'une souche résidente disséminée dans l'environnement de la ferme. Les efforts de santé publique devraient se concentrer sur la minimisation du contact humain avec les matières fécales dans les fermes et pendant la manipulation, le transport et l'abattage des veaux. Les usines de transformation de la viande devraient se concentrer sur la réduction de la contamination croisée entre les peaux de veaux d'une cohorte pendant le transport, la stabulation et l'abattage.

Importance

Les bovins sont des porteurs asymptomatiques de souches de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), qui peuvent causer des maladies graves ou la mort chez les humains. Le contact avec les excréments de bovins et la vie à proximité des bovins sont des facteurs de risque connus d'infection humaine à STEC. Cette étude a évalué le portage de STEC chez les jeunes veaux et l'environnement de la ferme avec une évaluation approfondie de six fermes et trois usines de transformation de la viande sur 2 ans. Une méthode avancée de détection moléculaire et un séquençage du génome entier ont été utilisés pour fournir une évaluation détaillée de la transmission des STEC à l'intérieur et entre les fermes. L'étude a révélé une contamination généralisée par les STEC dans l'environnement de la ferme, mais aucune preuve de propagation récente entre les fermes. La contamination des peaux de jeunes veaux laitiers a augmenté après le transport et la détention dans les usines de transformation de la viande. L'élimination des STEC dans les environnements agricoles peut être très difficile compte tenu des multiples voies de transmission; les interventions doivent viser à réduire la contamination fécale des peaux de veaux pendant le transport, la stabulation et la transformation.

Conclusion

Notre étude a démontré que les facteurs clés de la colonisation des très jeunes veaux sont une combinaison de facteurs mère-veau, veau-veau et environnement-veau. Plusieurs voies liées à la mère, y compris la colonisation des vaches et la contamination du colostrum et des filtres à lait, indiquent fortement que les vaches font partie du cycle de transmission. La contamination des peaux de veaux, tout en indiquant l’excrétion des 7 top STEC dans l’enclos, peut également servir de voie de transmission, en raison du comportement de reniflement des veaux avec d’autres veaux. Nos analyses génomiques soutiennent la conclusion que les vaches, les veaux, l'environnement et les sources d'alimentation et d'eau sont contaminés ou colonisés par les mêmes souches des 7 top STEC, indiquant que plusieurs voies de transmission sont en action.

Le transport et la stabulation ont conduit à des augmentations significatives de la prévalence et de la diversité génomique des 7 top STEC sur les peaux de veaux à l'usine, ce qui indique une importante contamination croisée des peaux. La contamination visuellement détectable des peaux, ainsi que la contamination des peaux de veaux dans les fermes, ont augmenté le niveau de contamination des carcasses immédiatement après le retrait des peaux. L'augmentation du nombre d'exploitations visitées par le camion de transport était également associée à une augmentation du niveau de contamination des carcasses. Cela suggère que la contamination des peaux de veaux ou la colonisation des veaux par les STEC d'une ferme peut entraîner des niveaux importants de contamination croisée des peaux de veaux et la contamination des carcasses de veaux provenant d'autres fermes.

En raison du grand nombre de voies de transmission potentielles identifiées dans cette étude, la prévention de l'exposition des très jeunes veaux aux STEC dans les fermes laitières sera probablement très difficile à réaliser dans la pratique. Même dans les 3 premiers jours de leur vie, les veaux avaient déjà une contamination de la peau des 7 top STEC, et l'un était déjà colonisé par une souche des 7 top STEC.

Une contamination réduite des peaux de veaux peut entraîner une diminution de la transmission des STEC dans les exploitations agricoles, ainsi qu'une diminution des chances de contamination initiale des carcasses pendant l'abattage et l'habillage. La diminution de la persistance des STEC dans l'environnement de l'enclos à veaux, ainsi que sur les camions de transport et dans les stabulations, peut encore diminuer le niveau de contamination. Des désinfectants et une désinfection locale pourraient être appliqués, mais il y aurait probablement des limitations pratiques importantes pour inciter les agriculteurs à participer. Cependant, plusieurs possibilités d'interventions chimiques existent pendant le transport et la stabulation, à savoir le chargement dans un camion de transport, le déchargement d'un camion de transport et pendant la stabulation.

Bien que l'application de mesures de contrôle spécifiques pour minimiser le niveau de contamination des peaux et des carcasses fraîches soit un élément important de la gestion des risques, une formation à l'hygiène de la viande et la mise en œuvre de pratiques d'hygiène de base sont toujours nécessaires. En 2016, la Meat Industry Association de Nouvelle-Zélande a travaillé avec le ministère des Industries primaires pour lancer neuf initiatives visant à réduire le degré de contamination des carcasses de veau par les 7 top STEC, y compris des ateliers destinés aux opérateurs supérieurs, aux superviseurs, au personnel technique et au personnel technique. personnel de vérification sur place. La poursuite des efforts d'éducation dans les usines de transformation de la viande en Nouvelle-Zélande est susceptible de réduire davantage la contamination des carcasses.

Ces résultats indiquent que les 7 top souches de STEC sont susceptibles d'être maintenues dans une certaine mesure dans l'environnement de la ferme tout au long de l'année, et il existe un certain nombre de facteurs de risque susceptibles d'augmenter le niveau de colonisation des jeunes veaux dans les fermes laitières, comme ainsi que cacher la contamination et la contamination croisée de la carcasse dans l'abattoir. Bien que cette recherche suggère que les possibilités de réduire la transmission à la ferme en contrôlant les voies de transmission individuelles sont limitées, il est clair que les conditions de transport, de stabulation, d'abattage et d'habillage ont un effet profond sur le niveau de contamination croisée de la carcasse avec les 7 top souches de STEC, ce qui a un impact sur le potentiel de transmission d'origine alimentaire.

Le contact sexuel comme facteur de risque d'infection à Campylobacter

Campylobacter

Des chercheurs de l'Université d'Oklahoma (UO) identifient un nouveau mode de transmission des bacteries, source EurekAlert!

L'infection à Campylobacter, l'une des maladies d'origine alimentaire les plus courantes dans le monde occidental, peut également se propager par contact sexuel, selon une nouvelle découverte réalisée par un membre du corps professoral du Hudson College of Public Health de l'UO en collaboration avec des collègues danois.

La recherche de l'équipe a été publiée dans Emerging Infectious Diseases, une revue publiée par le Centers for Disease Control and Prevention (CDC), et est la première étude connue à prouver ce mode de transmission de Campylobacter. À une époque où le COVID-19 a dominé l'actualité des maladies infectieuses, la recherche rappelle que de nombreux autres agents pathogènes affectent des vies dans le monde chaque jour. L'étude a été dirigée par l'épidémiologiste des maladies infectieuses Katrin Kuhn, professeur au Département de biostatistique et d'épidémiologie de l'Hudson College of Public Health de l'UO.

«Cette étude est importante pour les messages de santé publique et pour les médecins qui parlent à leurs patients des risques associés aux contacts sexuels», a déclaré Kuhn. «Bien que l'infection à Campylobacter ne soit généralement pas une maladie grave, elle provoque la diarrhée, qui peut entraîner le manque de travail, la perte de productivité ou peut-être la perte d'emploi. Elle pose un risque supplémentaire pour les personnes souffrant de problèmes de santé sous-jacents.»

Les infections à Campylobacter surviennent généralement lorsque les gens mangent du poulet qui n'a pas été complètement cuit ou lorsque du jus de volaille non cuit se retrouve dans d'autres aliments. Les infections peuvent également être causées par la consommation de lait non pasteurisé ou d'eau qui a été contaminée par les excréments d'animaux infectés. Cependant, ceux-ci ne représentaient pas tous les cas d'infection, a déclaré Kuhn, et elle se demandait s'il y avait une autre voie de transmission qui n'était pas prouvée. Une épidémie d'infections à Campylobacter dans le nord de l'Europe chez des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes l'a incitée à étudier cette population de personnes au Danemark, où elle travaillait lorsque l'étude a commencé.

Les résultats de l'étude ont montré que le taux d'infection à Campylobacter était 14 fois plus élevé chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes que chez les sujets témoins. Bien que l'étude se soit concentrée sur les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes, les résultats sont pertinents pour les personnes de toute orientation sexuelle qui se livrent à un comportement sexuel pouvant impliquer un contact fécal-oral, a déclaré Kuhn.

Deux autres bactéries, Salmonella et Shigella, ont été utilisées comme comparaisons dans l'étude. Salmonella se propage principalement par les aliments infectés, tandis que Shigella peut être transmise par contact alimentaire ou sexuel. Salmonella a une dose infectieuse élevée, ce qui signifie que les gens doivent ingérer une quantité importante de bactéries avant de tomber malades. Cependant, Shigella et Campylobacter ont de faibles doses infectieuses, ce qui facilite la transmission.

«C'est une raison supplémentaire pour laquelle nous pensons que Campylobacter peut être transmis par contact sexuel comme Shigella - parce que les gens peuvent être infectés lorsque seules de petites quantités de bactéries sont présentes».

Le vaiant B1617 ou variant indien est jugé préoccupnt par l'OMS

«L'OMS cite le B1617, un quatrième variant préoccupant du COVID-19», source article de Lisa Schnirring paru le 10 mai dans CIDRAP News.

De hauts responsables de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) ont déclaré le 10 mai que l'agence classait désormais la variant B1617 du SARS-CoV-2 détecté pour la première fois en Inde comme une variant préoccupant, à la suite d'une analyse détaillée des premières découvertes par son groupe de travail sur la génétique, qui a déclaré que le variant était plus transmissible.

Dans d'autres développements mondiaux clés, lors d'un concert Vax Live de Global Citizen ce week-end, les pays, les entreprises et les organismes de bienfaisance ont levé plus de 60 millions de dollars pour le programme COVAX afin d'assurer un accès plus équitable au vaccin COVID-19, tandis que la montée en flèche massive de l'Inde est restée à des niveaux élevés.

Des preuves montrent que le B1617 est plus transmissible

Lors d'une conférence de presse le 10, Maria Van Kerkhove, responsable technique de l'OMS pour le COVID-19, a déclaré que les experts du groupe se réunissaient depuis quelques jours pour examiner autant de données que possible sur le variant B1617. Elle a dit que le B1617 a trois sous-niveaux. Une analyse préliminaire suggère qu'il est plus transmissible, ce qui a conduit le groupe à le faire passer d'une variant d'intérêt à une variant préoccupant aux côtés de B117 (appelé variant anglais ou britannqiue), B1351 (variant sud-africain) et P1 (variant brésilien).

Elle a déclaré que beaucoup plus de travail était nécessaire pour examiner les séquences du B1617 d'Inde et d'autres pays qui l'ont détecté, ajoutant que des études en laboratoire sont nécessaires pour faire la lumière sur les problèmes de neutralisation virale, ainsi que des études épidémiologiques pour fournir des indices sur le comportement du variant.

Jusqu'à présent, les mesures de santé publique telles que la distanciation, la limitation des rassemblements et le port de masques semblent fonctionner contre le B1617, a déclaré Van Kerkhove. Mais avec un virus plus transmissible, «nous devons travailler encore plus durement».

Demain, dans son rapport hebdomadaire sur la situation du COVID, l'OMS publiera plus de détails sur la variant et son enquête jusqu'à présent, a-t-elle déclaré.

Public Health England a annoncé le 7 mai qu'il avait reclassé le B1617.2 en tant que variant préoccupant. Les responsables indiens ont déclaré qu'une combinaison de facteurs était à l'origine de sa deuxième vague, la pire au monde de la pandémie. Ils comprennent la mixité sociale, des mesures assouplies et des variants plus transmissibles, qui ont également inclus le B117, le variant vu pour la première fois au Royaume-Uni.

Tedros: Le monde à un plateau inacceptable

Après de nombreuses semaines d'augmentation constante, les cas et les décès de COVID dans le monde montrent un glissement vers un plateau, entraîné par des baisses dans les Amériques et en Europe, deux des régions les plus durement touchées, a déclaré Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l'OMS, le 10 mai à la réunion d'information de l'OMS.

Il a toutefois averti que le monde était dans la même situation auparavant, seulement pour voir les cas remonter lorsque les populations baissaient la garde. Tedros a ajouté que les cas continuent d'augmenter rapidement dans la région OMS de l'Asie du Sud-Est et que certains pays de chaque région de l'OMS connaissent des tendances à la hausse.

Il a déclaré que la Fondation de l'OMS a lancé aujourd'hui un appel «Together for India/Ensemble pour l'Inde» pour collecter des fonds pour soutenir le travail en Inde, y compris pour l'achat d'oxygène, d'équipement de protection individuelle et de médicaments.

Au cours du week-end, les cas en Inde sont restés près des niveaux records, le pays ayant signalé plus de 400 000 cas le 8 mai et environ 366 000 cas le 9 mai.

Dans d'autres développements indiens, le pays demande aux anciens médecins de l'armée d'aider à soigner les patients dans les hôpitaux débordés et aux médecins militaires de faire des consultations en ligne, selon Reuters.

Pendant ce temps, les médecins indiens signalent une augmentation des infections pulmonaires fongiques potentiellement mortelles appelées mucormycose chez les personnes atteintes de COVID ou chez celles qui se sont récemment rétablies, selon le New York Times. Certains experts ont déclaré que les cas pourraient être liés à une utilisation accrue de stéroïdes ou à un traitement à domicile, y compris l'oxygène, sans une bonne hygiène.

Mesure du transfert de norovirus humains lors de la production de sandwichs

Voici le résumé d'un article paru dans International Journal of Food Microbiology sur la mesure du transfert de norovirus humains lors de la production de sandwichs: Simulation du rôle des aliments, des manipulateurs d'aliments et de l'environnement.

Faits saillants

• Nous présentons une méthodologie de traitement et d'extraction d'échantillons couplée à la RT-qPCR en temps réel qui démontre un système plus flexible pour la détection de norovirus à partir de 13 catégories d'aliments prêts à consommer, une série de prélèvementsd'aliments plus grande que les méthodes publiées antérieurement.
• L'ARN de norovirus peut être détecté et quantifié à partir des mains, des aliments et de l'environnement comme moyen de soutenir la réponse en santé publique.
• La détection et la quantification de l'ARN de norovirus dans le produit alimentaire final peuvent être utilisées pour évaluer le risque pour le consommateur.

Résumé

Les épidémies d'origine alimentaire associées à la transmission de norovirus deviennent de plus en plus un problème de santé publique. Les aliments peuvent être contaminés par des matières fécales au point de production ou pendant la préparation des aliments, à la fois à la maison et dans les locaux commerciaux.

La transmission du norovirus se fait par voie féco-orale, soit par contact de personne à personne, soit par contamination fécale des aliments, de l'eau ou des surfaces environnementales.

Comprendre le rôle et les voies de transmission des norovirus, que ce soit par les mains des manipulateurs d'aliments, les aliments contaminés ou l'environnement, reste une priorité essentielle de santé publique pour réduire la charge de la gastro-entérite associée à norovirus.

Cependant, la proportion de norovirus généralement transférée reste inconnue. Comprendre cela est nécessaire pour estimer le risque d'infection et le charge de la gastro-entérite causée par norovirus.

Dans cet article, nous présentons une nouvelle méthode de capture, de concentration et de détection moléculaire du norovirus à partir d'une gamme plus large de matrices alimentaires complexes que celles démontrées dans des méthodes existantes publiées.

Nous démontrons que cette méthode peut être utilisée comme un outil pour détecter et quantifier norovirus provenant d'aliments naturellement contaminés, et pour surveiller le transfert de norovirus entre les mains gantées de manipulateurs d'aliments, les aliments ou l'environnement.

Nous mesurons l'effet de l'introduction de la contamination à différentes étapes du processus de production alimentaire, sur le produit alimentaire final, afin de déterminer si cela pourrait causer des infections et des maladies.

Entre 5,9 et 6,3 Log₁₀ copies d'ADNc/μl de norovirus GII ont été inoculés sur des mains gantées de manipulateurs d'aliments, l'aliment ou l'environnement et de 1,1 à 7,4% de la contamination par norovirus a été récupérée à partir de tous les prélèvements analysés. Lorsqu'il est interprété quantitativement, ce pourcentage équivaut à des niveaux prédits suffisants pour provoquer une infection et une maladie liée à la consommation du produit alimentaire final, ce qui démontre un risque pour la santé publique.

La détection et la quantification globales de norovirus dans les aliments, les mains gantées des manipulateurs d'aliments et l'environnement, lorsqu'ils sont soupçonnés d'être impliqués dans des transmissions d'origine alimentaire, sont primordiales pour une enquête appropriée sur les épidémies.

Les virus H5N8 isolés en France sur les volailles depuis le début de l’épizootie ne présentent pas de risque de transmission à l’Homme, et pourtant une analyse de risque est en cours

Selon un communiqué du ministère de l'agriculture du 20 février 2021, «Influenza aviaire : les virus H5N8 isolés en France sur les volailles depuis le début de l’épizootie ne présentent pas de risque de transmission à l’Homme»

Un premier cas de transmission à l’Homme d’un virus de l’influenza aviaire H5N8 sévissant en Russie a été déclaré ce jour par la Russie à l'organisation mondiale de la santé (OMS). Sept employés travaillant dans une ferme du sud de la Russie auraient ainsi été contaminés, au contact des volailles, sans qu’une transmission interhumaine n’ait été mise en évidence.

Les ministres en charge de l’Agriculture et de la Santé souhaitent rappeler les mesures mises en place en France pour surveiller et gérer l’épizootie d’Influenza aviaire.

L’épizootie d’influenza aviaire qui sévit en France et en particulier dans le Sud-ouest, depuis décembre 2020 (466 foyers détectés à ce jour) fait l’objet d’un suivi continu de la part de l’Anses en lien avec les services du ministère de l’agriculture et de l’alimentation. À ce jour, 130 séquences virales complètes ont ainsi été obtenues. Aucune des analyses réalisées par l’Anses n’a montré de propriétés laissant craindre un risque de transmission à l’Homme du virus de l’influenza aviaire présent sur des volailles en France.

Les équipes de l’Anses étudient avec la plus grande attention les informations, en particulier le séquençage du virus détecté chez les personnes contaminées et leur comparaison avec les virus circulant chez les volailles en France. Les résultats de la comparaison des séquences du virus russe et des virus circulants sur notre territoire seront communiqués dès que possible.

Santé Publique France, en charge de la surveillance humaine, et le Centre National de Référence des virus respiratoires dont la grippe, ont également été saisis pour conduire conjointement cette analyse de risque.

Depuis plusieurs semaines l’épizootie a connu un net ralentissement en France. La stratégie d’abattage préventif qui a été conduite a montré son efficacité pour stopper la progression du virus dans les élevages. Ces dépeuplements ont abouti à l’abattage d’environ 3 millions de volailles (palmipèdes pour l’essentiel) et cette stratégie de dépeuplement continuera d’être appliquée sur toute nouvelle suspicion dans le sud-ouest pour juguler au plus vite tout risque de dissémination du virus.

Le risque de contamination de volailles par la faune sauvage reste néanmoins élevé sur l’ensemble du territoire national. Le ministre de l’agriculture et de l’alimentation, Julien Denormandie insiste sur la nécessité d’appliquer scrupuleusement les mesures de biosécurité pour éviter l’introduction du virus de l’influenza aviaire en élevage et dans les basse-cours.

Les mesures de biosécurité, ça me rappelle quelque chose ... 

Mise à jour du 25 février 2021. L'ECDC estime que la grippe aviaire H5N8 est une menace faible pour l'homme, selon une évaluation des risques.

Mise à jour du 2 mars 2021. L'Anses a publié le 1er mars 2021, L'influenza aviaire en 6 questions.

La modélisation de la transmission du COVID-19 sur le bateau de croisière Diamond Princess démontre l'importance de la transmission d'aérosols

«Une étude met en évidence des preuves de la propagation aéroportée du COVID dans ds navires de croisière», source CIDRAP News.

Les estimations moyennes des transmissions du COVID-19 à courte portée, longue portée et de fomites (surfaces inertes contaminées) sur le bateau de croisière Diamond Princess étaient respectivement de 35%, 35% et 30%, selon une étude de modélisation publiée dans Proceedings of the National Academy of Sciences.

D'après les chercheurs, 41% des transmissions aéroportées provenaient de gouttelettes respiratoires plus grosses et 59% d'aérosols respiratoires plus petits.

L'épidémie du Diamond Princess a commencé à partir d'un passager qui se trouvait sur le navire du 20 au 25 janvier 2020, et dans les semaines suivantes (dont 2 passagers étaient en quarantaine), 712 des 3 711 (19,2%) passagers et membres d'équipage ont été infectés. Une fois libérés, au moins 57 personnes étaient positifs par tests PCR dans les 3 jours.

Pour créer des modèles de transmission, les chercheurs ont adapté le modèle de chaînes de Markov, le modèle de dose-réponse et le modèle des épidémies de Reed-Frost et ont constaté que 132 des 21 600 scénarios possibles répondaient aux critères d'acceptabilité basés sur les cas enregistrés. Les plus petits aérosols ont été définis comme étant de moins de 5 micromètres (µm) de diamètre et les plus grosses gouttelettes entre 5 et 10 µm de diamètre.

La quarantaine, notent les chercheurs, a eu un effet sur la propagation de l'infection: la transmission via des fomites a diminué après le début de la quarantaine en raison des espaces publics intérieurs limités ainsi que d'une augmentation du lavage des mains. La contribution des grosses gouttelettes par rapport aux petits aérosols a également changé, passant respectivement, d'estimations médianes de 40% et 60%, à 15% et 85%, ce qui suggère que la plupart des transmissions en quarantaine provenaient de petits aérosols à courte portée.

«Nos résultats démontrent que l'inhalation d'aérosols était probablement le principal contributeur à la transmission du COVID-19 parmi les passagers, même en considérant une hypothèse prudente d'un taux de ventilation élevés et d'absence de conditions de recirculation de l'air pour le bateau de croisière», écrivent les chercheurs. «Cette approche modèle a une large applicabilité au-delà du COVID-19 et des navires de croisière et peut être utilisée pour estimer la contribution des voies de transmission d'autres maladies infectieuses aéroportées telles que la rougeole, la tuberculose et la grippe dans d'autres flambées d'infection.»

Cette étude souligne 

Bien que les navires de croisière représentent des environnements construits uniques avec des taux de ventilation élevés et aucune recirculation de l'air, ces résultats soulignent l'importance de la mise en œuvre de mesures de santé publique qui ciblent le contrôle de l'inhalation d'aérosols en plus des mesures en cours visant le contrôle de la transmission des grosses gouttelettes et des fomites, non seulement à bord des navires de croisière mais également dans d'autres environnements intérieurs.

COVID-19: Le risque associé à l'introduction et à la propagation préoccupante de variants en Europe a été porté à élevé/très élevé, selon l'ECDC

«Des responsables mettent en garde contre la menace pour l'Europe du variant COVID-19», source article de Lisa Schnirring de CIDRAP News.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA – first update, a le 21 janvier élevé le risque de propagation des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 à très élevé, car l'activité du COVID-19 au Royaume-Uni, où la variante B117 est dominante, maintient une emprise serrée malgré le troisième confinement du pays.

Pendant ce temps, des pays d'autres parties du monde, dont la Chine, ont annoncé de nouvelles mesures pour contrer la propagation tenace du virus.

L'ECDC augmente la menace du variant à 'très élevée'

Dans sa première mise à jour de son évaluation des risques des variants du SRAS-CoV-2 le 21 janvier, l'ECDC a dit que les variants les plus transmissibles ont conduit à une détérioration des situations épidémiologiques. Sur la base de nouvelles informations, le risque d'introduction du B117 et de sa propagation dans la communauté est très élevé et son impact sur les systèmes de santé est considéré comme élevé.

Pour le variant 501Y.V2 retrouvé pour la première fois en Afrique du Sud, des cas ont été confirmés dans 10 pays européens, avec un cluster en cours d'investigation en France et au Royaume-Uni et en Israël signalant également des cas ou des groupes d'infections 501Y.V2 non liées aux voyages.

Bien que le Royaume-Uni ait récemment vu des cas reculer par rapport à des sommets quotidiens records, salués comme un signe prometteur, une analyse mise à jour par l'Imperial College de Londres publiée le 20 janvier a dit que la prévalence du SRAS-CoV-2 est toujours très élevée, sans preuve de déclin. L'analyse du groupe couvre les 10 premiers jours du troisième confinement du pays.

Ils ont dit avoir vu une légère baisse initiale, suivie d'un plateau ou d'une augmentation possible des cas. Ils notent que les données de mobilité de Facebook montrent une baisse marquée d'ici la fin décembre, suivie d'une hausse qui a suivi le début de l'année de travail début janvier.

L'augmentation de la prévalence était associée aux grands ménages, aux quartiers les plus pauvres et à l'appartenance ethnique noire et asiatique. Les taux de positivité étaient plus élevés chez les personnels de la santé et des centre de santé, ainsi que chez d'autres personnels clés.

«Tant que la prévalence dans la communauté ne sera pas considérablement réduite, les services de santé resteront sous une pression extrême et le nombre cumulé de vies perdues pendant cette pandémie continuera d'augmenter rapidement», ont-ils écrit.

Dans un autre développement au Royaume-Uni, des chercheurs de l'Université d'Oxford ont dit le 20 janvier que les tests à flux latéral, également appelés aussi tests immunochromatographiques à flux latéral ou tests rapides identifieraient probablement les cas les plus infectieux chez des personnes ayant une charge virale plus élevée, malgré les préoccupations concernant la précision des tests, selon Reuters. La nouvelle survient alors que les responsables de la santé britanniques considèrent les tests rapides de masse comme un moyen de sortir du confinement actuel.

La Grande-Bretagne a été le premier pays d'Europe à subir une poussée qui était en partie liée au variant B117, qui alimente maintenant des épidémies dans d'autres parties du continent. Le Portugal fait partie des pays qui connaissent un tel pic, et la ministre de la Santé du pays, Marta Temido a déclaré le 20 janvier lors d'une émission de radio qu'environ 20% des cas consistaient au variant le plus transmissible, selon Reuters. Elle a prédit que ce nombre pourrait atteindre 60% dès la semaine prochaine.

Un représentant de l'un des syndicats de médecins du Portugal a dit le 21 janvier que les hôpitaux sont débordés, sans personnel suffisant pour ajouter plus de lits dans les unités de soins intensifs (USI), selon un autre article de Reuters. Le gouvernement a annoncé la fermeture de toutes les écoles et universités pendant 2 semaines afin de freiner la propagation du virus.

Pendant ce temps, l'Espagne voisine aujourd'hui - pour la deuxième journée consécutive - a signalé un record en une seule journée de 44 357 nouveaux cas, selon l'agence Anadolu, qui a dit que de nombreux hôpitaux du pays étaient débordés et que 157 variants de cas avaient été identifiées. Les responsables de la santé espagnols ont averti que le B117 pourrait devenir la souche dominante d'ici la mi-mars.

Les liens entre élevage intensif et épidémies sont exceptionnels

Dans l’air du temps COVID, un reportage en Suisse (RTS) du 18 mai 2020 rapporte qu’il faut «Lutter contre l'élevage intensif pour prévenir de nouveaux virus»

A rebours de ce reportage, un article du journal La Croix du 16 janvier fait le point sur le Covid-19  et «Les liens entre élevage intensif et épidémies sont exceptionnels»

Entretien 

Avec 40 actions prévues dans plusieurs villes de France samedi 16 janvier, l’association L214 entend alerter sur le lien entre élevage intensif et risque épidémique pour les humains. Ce lien est-il avéré ? L’analyse de Daniel Marc, vétérinaire et chercheur en infectiologie/virologie moléculaire à l’Inrae (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement)

La Croix : Dans quelle mesure les activités d’élevage sont-elles une cause de transmission des virus ?

Daniel Marc : Un agent infectieux ne naît jamais à partir de rien. Que ce soit, Ebola, le VIH  au XXe siècle ou la rougeole il y a probablement quelques siècles, les virus nous viennent toujours des animaux. Il peut venir d’un contact direct avec l’hôte premier, c’est par exemple le cas du sida avec les chimpanzés. Il y a les contaminations qui se font par un hôte intermédiaire, à travers lequel le virus s’adapte à l’homme, ce qui est le cas, par exemple, des coronavirus (le SARS de 2003 s’était ainsi adapté chez la civette). Enfin, on peut être contaminé par la piqûre d’un vecteur, c’est-à-dire d’un insecte piquant, à l’image du virus Zika ou de la fièvre jaune transmis par les moustiques.

Dès lors, il est logique que certaines zoonoses – les maladies transmissibles entre les animaux et l’être humain – nous soient arrivées à travers l’élevage mais c’est loin d’être la norme.

Peut-on quantifier le nombre d’épidémies dans l’histoire récente qui nous viennent de l’élevage intensif ?

D. M. : Aujourd’hui, le discours à la mode, qui parle beaucoup aux jeunes générations, vise à remettre en question l’élevage intensif. On veut faire croire que c’est la cause de tout, y compris des épidémies.

Il y a des précédents, certes, mais ce sont des exceptions. J’en vois essentiellement deux. La pandémie grippale à virus influenza A(H1N1) de 2009, par exemple, a été le fruit d’un assemblage viral de plus de dix ans entre des souches virales d’origine aviaire, des souches porcines et une souche humaine qui s’est constitué chez le porc. C’est au sein des élevages porcins qu’il a pu trouver une forme qui s’adapte à nous et qu’il s’est répandu dans la population.

L’autre, c’est le virus Nipah qui a fait une centaine de morts en Malaisie en 1998. Il s’est aussi transmis de la chauve-souris à l’homme à travers des élevages de porcs. Dans ce cas-là, les élevages porcins avaient été construits sur des zones déforestées qui empiétaient sur le milieu naturel des chauves-souris.

Changer notre modèle agricole n’aurait donc pas d’impact sur le risque épidémique ?

D. M. : À mon sens, élevage intensif ou extensif, cela ne change rien. Dans les deux cas, c’est le fait d’être en contact avec les animaux qui explique la transmission, pas leur nombre ou leurs conditions d’élevage. On a même un paradoxe en ce moment avec l’épidémie de grippe aviaire. Elle touche essentiellement le Sud-Ouest parce qu’on y pratique l’élevage de canards en plein air et que le virus vient du monde sauvage. En revanche, les élevages intensifs de volailles, très nombreux dans toute l’Europe, en sont protégés car ils sont confinés.

L’une des explications, c’est que nous sommes sept milliards d’êtres humains contre deux milliards au début du XXe siècle. Nous avons une densité de population beaucoup plus forte et l’augmentation des flux de biens et de personnes permet aux agents infectieux de se répandre en quelques jours sur tous les continents, notamment par les transports aériens.

Ceci étant dit, une épidémie restera un fait exceptionnel et difficile à prévoir, à l’image d’un volcan qui entre en éruption ou d’un séisme. Si on en croit les sources historiques écrites datant d’avant le XXe siècle, on remarque qu’il y a trois à quatre épidémies grippales par siècle environ, et ce, bien avant la naissance de notre modèle agricole.

Je pense qu’il faut vivre avec ce risque et répondre sur le plan scientifique. On a déjà réussi à éradiquer des virus, comme la variole (c’était en 1978). C’est un fait exceptionnel, qui n’a été permis que par une volonté de tous les acteurs concernés et une confiance absolue dans la science et dans la vaccination.

NB : L’image est issue d’un article intitulé, Une histoire de cochon : miracle contre l'élevage intensif au XIIIe siècle.