Dynamique de la transmission des Escherichia coli producteurs de shigatoxines chez des bovins néo-zélandais, de l'élevage à l'abattage

«Dynamique de la transmission des Escherichia coli producteurs de shigatoxines chez des bovins néo-zélandais de l'élevage à l'abattage», source AEM. L'article est disponible en intégralité.

Résumé

Les bovins sont des porteurs asymptomatiques de souches de Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) qui peuvent causer des maladies graves ou la mort chez l'homme. En Nouvelle-Zélande, le contact avec des excréments de bovins et la vie à proximité des populations de bovins sont des facteurs de risque connus d'infection humaine à STEC. La contamination de la viande fraîche par des souches STEC entraîne également un risque de rejet des envois par les pays importateurs.

Nous avons utilisé une combinaison de PCR/spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight) et du séquençage du génome entier (WGS) pour évaluer la présence et la transmission de STEC dans des élevages et dans les usines de trainsformation afin de mieux comprendre la voies potentielles d'exposition humaine et ainsi réduire les risques.

Des prélèvement animaux et environnementaux (n = 2 580) ont été collectés dans six élevages et trois usines de transformation de la viande en Nouvelle-Zélande au cours de plusieurs séances de prélèvements au printemps 2015 et 2016. L'analyse PCR/MALDI-TOF a révélé que 6,2% étaient positifs pour le «Top 7» des STEC (O103, O111, O121, O145, O157, O26 et O45). Les 7 top souches de STEC ont été identifiées dans toutes les sources de prélèvements (n = 17) testées. Une augmentation marquée de la prévalence des 7 top STEC a été observée entre les peaux de veaux à la ferme (prévalence de 6,3%) et les peaux de veaux dans les usines de transformation (prévalence de 25,1%). Le séquençage du génome entier a été effectué sur les 7 top isolats bactériens de STEC (n = 40). L'analyse de STEC O26 (n = 25 isolats) a révélé une diversité génétique relativement faible dans les fermes individuelles, compatible avec la présence d'une souche résidente disséminée dans l'environnement de la ferme. Les efforts de santé publique devraient se concentrer sur la minimisation du contact humain avec les matières fécales dans les fermes et pendant la manipulation, le transport et l'abattage des veaux. Les usines de transformation de la viande devraient se concentrer sur la réduction de la contamination croisée entre les peaux de veaux d'une cohorte pendant le transport, la stabulation et l'abattage.

Importance

Les bovins sont des porteurs asymptomatiques de souches de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), qui peuvent causer des maladies graves ou la mort chez les humains. Le contact avec les excréments de bovins et la vie à proximité des bovins sont des facteurs de risque connus d'infection humaine à STEC. Cette étude a évalué le portage de STEC chez les jeunes veaux et l'environnement de la ferme avec une évaluation approfondie de six fermes et trois usines de transformation de la viande sur 2 ans. Une méthode avancée de détection moléculaire et un séquençage du génome entier ont été utilisés pour fournir une évaluation détaillée de la transmission des STEC à l'intérieur et entre les fermes. L'étude a révélé une contamination généralisée par les STEC dans l'environnement de la ferme, mais aucune preuve de propagation récente entre les fermes. La contamination des peaux de jeunes veaux laitiers a augmenté après le transport et la détention dans les usines de transformation de la viande. L'élimination des STEC dans les environnements agricoles peut être très difficile compte tenu des multiples voies de transmission; les interventions doivent viser à réduire la contamination fécale des peaux de veaux pendant le transport, la stabulation et la transformation.

Conclusion

Notre étude a démontré que les facteurs clés de la colonisation des très jeunes veaux sont une combinaison de facteurs mère-veau, veau-veau et environnement-veau. Plusieurs voies liées à la mère, y compris la colonisation des vaches et la contamination du colostrum et des filtres à lait, indiquent fortement que les vaches font partie du cycle de transmission. La contamination des peaux de veaux, tout en indiquant l’excrétion des 7 top STEC dans l’enclos, peut également servir de voie de transmission, en raison du comportement de reniflement des veaux avec d’autres veaux. Nos analyses génomiques soutiennent la conclusion que les vaches, les veaux, l'environnement et les sources d'alimentation et d'eau sont contaminés ou colonisés par les mêmes souches des 7 top STEC, indiquant que plusieurs voies de transmission sont en action.

Le transport et la stabulation ont conduit à des augmentations significatives de la prévalence et de la diversité génomique des 7 top STEC sur les peaux de veaux à l'usine, ce qui indique une importante contamination croisée des peaux. La contamination visuellement détectable des peaux, ainsi que la contamination des peaux de veaux dans les fermes, ont augmenté le niveau de contamination des carcasses immédiatement après le retrait des peaux. L'augmentation du nombre d'exploitations visitées par le camion de transport était également associée à une augmentation du niveau de contamination des carcasses. Cela suggère que la contamination des peaux de veaux ou la colonisation des veaux par les STEC d'une ferme peut entraîner des niveaux importants de contamination croisée des peaux de veaux et la contamination des carcasses de veaux provenant d'autres fermes.

En raison du grand nombre de voies de transmission potentielles identifiées dans cette étude, la prévention de l'exposition des très jeunes veaux aux STEC dans les fermes laitières sera probablement très difficile à réaliser dans la pratique. Même dans les 3 premiers jours de leur vie, les veaux avaient déjà une contamination de la peau des 7 top STEC, et l'un était déjà colonisé par une souche des 7 top STEC.

Une contamination réduite des peaux de veaux peut entraîner une diminution de la transmission des STEC dans les exploitations agricoles, ainsi qu'une diminution des chances de contamination initiale des carcasses pendant l'abattage et l'habillage. La diminution de la persistance des STEC dans l'environnement de l'enclos à veaux, ainsi que sur les camions de transport et dans les stabulations, peut encore diminuer le niveau de contamination. Des désinfectants et une désinfection locale pourraient être appliqués, mais il y aurait probablement des limitations pratiques importantes pour inciter les agriculteurs à participer. Cependant, plusieurs possibilités d'interventions chimiques existent pendant le transport et la stabulation, à savoir le chargement dans un camion de transport, le déchargement d'un camion de transport et pendant la stabulation.

Bien que l'application de mesures de contrôle spécifiques pour minimiser le niveau de contamination des peaux et des carcasses fraîches soit un élément important de la gestion des risques, une formation à l'hygiène de la viande et la mise en œuvre de pratiques d'hygiène de base sont toujours nécessaires. En 2016, la Meat Industry Association de Nouvelle-Zélande a travaillé avec le ministère des Industries primaires pour lancer neuf initiatives visant à réduire le degré de contamination des carcasses de veau par les 7 top STEC, y compris des ateliers destinés aux opérateurs supérieurs, aux superviseurs, au personnel technique et au personnel technique. personnel de vérification sur place. La poursuite des efforts d'éducation dans les usines de transformation de la viande en Nouvelle-Zélande est susceptible de réduire davantage la contamination des carcasses.

Ces résultats indiquent que les 7 top souches de STEC sont susceptibles d'être maintenues dans une certaine mesure dans l'environnement de la ferme tout au long de l'année, et il existe un certain nombre de facteurs de risque susceptibles d'augmenter le niveau de colonisation des jeunes veaux dans les fermes laitières, comme ainsi que cacher la contamination et la contamination croisée de la carcasse dans l'abattoir. Bien que cette recherche suggère que les possibilités de réduire la transmission à la ferme en contrôlant les voies de transmission individuelles sont limitées, il est clair que les conditions de transport, de stabulation, d'abattage et d'habillage ont un effet profond sur le niveau de contamination croisée de la carcasse avec les 7 top souches de STEC, ce qui a un impact sur le potentiel de transmission d'origine alimentaire.