Les aliments biologiques sont-ils plus sûrs ?

On se demande si les auteurs du document de la FAO n'ont pas au préalable lu le livre de Gil Rivière-Wekstein, «bio fausses promesses et vrai marketing» ... et compte tenu de ce qui se passe au sein de l'Europe avec des graines de sésame contaminées par de l'oxyde d'éthylène, on me dit que près de 50% des produits conernés par des rappels sont bio ...

«FAO: le label biologique n'est pas une garantie de sécurité des aliments», source article de Joe Whitworth paru le 16 avril 2021 dans Food Safety News.

Le terme biologique n'est pas une garantie de sécurité des aliments selon l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO).

Selon un document publié par le Bureau régional de la FAO pour l'Asie et le Pacifique, le bio est un moyen de cultiver des aliments en suivant des règles et des directives spécifiques. La certification agriculture biologique fait référence à un produit fabriqué conformément à certaines normes tout au long des étapes de production, de manutention, de transformation et de commercialisation; il ne couvre pas les caractéristiques du produit fini.

Ces normes et réglementations peuvent différer entre et parmi les chaînes d’approvisionnement des pays pour réglementer l’utilisation des produits chimiques et d’autres exigences pour le maintien de la qualité des sols et de l’eau.

L'agence dit que le but des aliments bio est d'améliorer les revenus des petits agriculteurs et d'accroître la sécurité des aliments, des bénéfices environnementaux tels que l'amélioration de la qualité des sols et de l'eau et la préservation de la biodiversité, et l'amélioration du bien-être animal.

Utilisation de pesticides

Le secteur de l'agriculture biologique américain a vu ses ventes de produits alimentaires atteindre 50,1 milliards de dollars en 2019, en hausse de 4,6% par rapport à l'année précédente, selon l'Organic Trade Association.

L'agriculture biologique est considérée comme une approche prometteuse pour relever les défis posés par la démographie et l'urbanisation croissantes ainsi que par le changement climatique. Pour les consommateurs, cela se traduit souvent par des aliments plus sains, plus sûrs, plus savoureux et plus respectueux de l'environnement, affirment les partisans du bio.

Les labels biologiques reposent sur des règles qui interdisent ou limitent l'utilisation de certains engrais synthétiques et produits agrochimiques, ce qui est attrayant pour les consommateurs. Des pesticides produits par les plantes (ou biopesticides) sont encore utilisés en agriculture biologique, qui, à des doses élevées, peuvent avoir des effets négatifs sur la santé humaine. La principale différence est le type de pesticide utilisé. Le document a indiqué que les agriculteurs conventionnels et biologiques doivent suivre les mêmes normes de sécurité sanitaire.

Sur 172 pays dans une enquête menée par l'Institut de recherche sur l'agriculture biologique, 87 avaient des normes biologiques et 18 autres élaboraient une législation à leur sujet.

La FAO a rapporté que des autorités pourraient vérifier que les mesures de sécurité sanitaire des aliments soient incluses dans tout système de certification biologique existant au niveau national et organiser un forum avec l'industrie des aliments biologiques pour discuter des approches visant à garantir l'inclusion des mesures de sécurité des aliments dans l'agriculture biologique.

Inspection en sécurité des aliments à Monaco

Monaco-Matin du 16 avril 2021 rapporte qu'à «Monaco, le Planet Sushi encore dans la tourmente, un cas de salmonelle détecté».

Condamné pour négligence dans la conformité alimentaire, le restaurateur devra aussi verser 4136 euros à la partie civile. Un garçon de 9 ans, intoxiqué, avait été transporté à l’hôpital Lenval.

Est-ce qu’une affection de salmonellose peut-elle être à l’origine d’une contamination d’un jeune garçon après consommation de volaille en provenance de l’enseigne «Planet Sushi»?Pour le tribunal correctionnel, la présence de l’agent infectieux dans le plat à base de poulet commandé par la mère de famille le 27 juillet 2019 ne fait aucun ait aucun doute.

Le dossier comporte suffisamment de preuves pour condamner l’exploitant du restaurant japonais à un mois d'emprisonnement avec sursis et 8 000 euros d'amende pour des détauts de contrôle et d'information relatifs à la conformité de la sécurité. Une somme de 4 136 euros est également allouée aux plaigants.

Cerise sur le gâteau, ce restaurant a fait ensuite l'objet en liaison avec le Covid-19 d'un arrêté Ministériel n°2020-915 du 22 décembre 2020 portant fermeture administrative temporaire de l'établissement «Planet Sushi».

La Réunion : l’épidémie de dengue s’intensifie, toutes les communes sont concernées

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Si vous avez bientôt l'intention d'aller à La Réunion, pas de souci, mais faites tout de même un peu attention ...

Dengue à La Réunion : l’épidémie s’intensifie, toutes les communes sont concernées, source ARS La Réunion.

Du 29 mars au 4 avril, 994 cas de dengue ont été confirmés. La circulation du virus continue de s’intensifier avec des indicateurs de surveillance (cas confirmés, passages aux urgences, hospitalisations hebdomadaires) en augmentation à La Réunion.

Les cas sont rapportés dans toutes les communes de l’île confirmant la dispersion de l’épidémie. Le secteur Ouest reste le plus touché (78% des cas), et des regroupements de cas sont observés dans d’autres communes du Sud (Saint-Joseph) et du Nord (Saint-Denis) essentiellement.

Des manifestations ophtalmologiques suite aux premiers symptômes de la dengue sont à nouveau signalées et appellent à la vigilance de tous au vu de leur gravité (baisse brutale et parfois sévère de la vue).

En cette période de pluies, favorable au développement des moustiques, la préfecture et l’ARS rappellent à la population l’importance d’éliminer les gîtes larvaires chez soi et autour de son domicile. De plus,  afin de limiter la propagation de l’épidémie et de prévenir les formes graves de la maladie, il est essentiel de consulter un médecin dès l’apparition de symptômes et de se protéger des piqûres de moustiques (répulsifs, moustiquaires, vêtements longs…).

Depuis janvier 2021, 4 572 cas confirmés, 178 hospitalisations et 518 passages aux urgences.

Rappelons que l'Anses avait publié le 20 mai 2020 un document intitulé, «La lutte contre le Covid-19 ne doit pas occulter les risques liés aux épidémies de dengue qui sévissent dans les territoires français d’Outre-Mer».

L'Anses dans un tweet rapporte,

Une Covid-31 est-elle possible ? Que vont devenir nos cohabitations tumultueuses avec les moustiques ? Nous lançons #Zootopique, notre première série de podcasts. Un voyage en 2031, pour mieux éclairer la recherche en 2021.

Je crois bien que nous sommes déjà en 2031 ... 

Mise à jour du 31 mai 2021. Dengue à La Réunion : l’épidémie se poursuit à un niveau élevé, source ARS La Réunion.

Du 10 au 16 mai, 2074 cas de dengue ont été confirmés. L’épidémie se poursuit à un niveau élevé malgré le début de l’hiver austral (près de 2 000 cas confirmés chaque semaine depuis 4 semaines).Elle touche l’ensemble du territoire. Le secteurs Ouests (Saint-Paul) et Sud (Saint-Joseph et Saint-Pierre) sont les plus impactés.

Le Covid-19 a redéfini la transmission aéroportée

«Le Covid-19 a redéfini la transmission aéroportée», source BMJ 2021; 373: n913.

Plus d'un an après le début de la pandémie de Covid-19, nous débattons toujours du rôle et de l'importance de la transmission par aérosols pour le SARS-CoV-2, qui ne reçoit qu'un examen rapide dans certaines directives de contrôle des infections.

La confusion a émané de la terminologie traditionnelle introduite au cours du siècle dernier. Cela a créé des divisions mal définies entre la transmission des «gouttelettes», des «noyaux aéroportés» et des «noyaux de gouttelettes», conduisant à des malentendus sur le comportement physique de ces particules.

Essentiellement, si vous pouvez inhaler des particules - indépendamment de leur taille ou de leur nom – vous respirez des aérosols. Bien que cela puisse se produire à longue distance, c'est plus probable à proximité de quelqu'un, car les aérosols entre deux personnes sont beaucoup plus concentrés sur une courte distance, un peu comme être proche de quelqu'un qui fume.

Les personnes infectées par le SARS-CoV2 produisent de nombreuses petites particules respiratoires chargées de virus en expirant. Certains d'entre elles seront inhalées presque immédiatement par ceux qui se trouvent à une distance conversationnelle typique de «courte portée» (<1 m), tandis que les autres se dispersent sur de plus longues distances pour être inhalés par d'autres plus éloignés (> 2 m). Les traditionalistes appelleront les plus grosses particules à courte portée des gouttelettes et les plus petites particules à longue portée à des noyaux de gouttelettes, mais ce sont tous des aérosols car ils peuvent être inhalés directement depuis l'air.

En quoi est-ce important?

Pour les besoins actuels de contrôle des infections, la plupart du temps, ce n’est pas le cas. Le port de masques, le maintien de la distance et la réduction de l'occupation à l'intérieur d'un local entravent les voies de transmission habituelles, que ce soit par contact direct avec des surfaces ou des gouttelettes, ou par l'inhalation d'aérosols. Une différence cruciale, cependant, est la nécessité de mettre davantage l'accent sur la ventilation, car les plus petites particules en suspension peuvent rester en suspension dans l'air pendant des heures, ce qui constitue une voie de transmission importante.

Si nous acceptons que quelqu'un dans un environnement intérieur puisse inhaler suffisamment de virus pour provoquer une infection à plus de 2 m de la source d'origine - même après que la source d'origine soit partie - alors les mécanismes de remplacement d'air ou d'épuration de l'air deviennent beaucoup plus importants.

Cela signifie ouvrir des fenêtres ou installer ou moderniser des systèmes de chauffage, de ventilation et de climatisation, comme indiqué dans un document de mars 2021 de l'OMS. Les personness sont beaucoup plus susceptibles d'être infectées dans une pièce dont les fenêtres ne peuvent pas être ouvertes ou qui ne disposent d'aucun système de ventilation.

Une deuxième implication cruciale de la propagation dans l'air est que la qualité du masque est importante pour une protection efficace contre les aérosols inhalés. Les masques préviennent généralement les grosses gouttelettes de se poser sur les zones couvertes du visage et la plupart sont au moins partiellement efficaces contre l'inhalation d'aérosols. Cependant, une efficacité de filtration élevée et un bon ajustement sont nécessaires pour améliorer la protection contre les aérosols, car de minuscules particules en suspension dans l'air peuvent se frayer un chemin autour des espaces entre le masque et le visage.

Si le virus est transmis uniquement par des particules plus grosses (gouttelettes) qui tombent au sol à moins d'un mètre après l'expiration, l'ajustement du masque serait moins préoccupant. Dans l'état actuel des choses, les personnels de santé portant des masques chirurgicaux ont été infectés sans être impliqués dans des procédures générant des aérosols. La propagation aérienne du SARS-CoV-2 étant pleinement reconnue, notre compréhension des activités génératrices d'aérosols nécessitera une définition plus approfondie. Les scientifiques des aérosols ont montré que même parler et respirer sont des procédures générant des aérosols.

Il est maintenant clair que le SARS-CoV-2 se transmet principalement entre les personnes à courte distance par inhalation. Cela ne signifie pas que la transmission par contact avec les surfaces ou que la voie aérienne à plus longue distance ne se produit pas, mais ces voies de transmission sont moins importantes lors de brèves interactions quotidiennes sur la distance de conversation habituelle de 1 m. Dans des situations rapprochées, les personnes sont beaucoup plus susceptibles d'être exposées au virus en l'inhalant qu'en le faisant voler dans l'air en grosses gouttelettes pour se poser sur leurs yeux, leurs narines ou leurs lèvres. La transmission du SASR-CoV-2 après avoir touché des surfaces est maintenant considéré comme relativement minime.

L'amélioration de la qualité de l'air intérieur grâce à une meilleure ventilation apportera d'autres avantages, notamment une réduction des arrêts maladie pour d'autres virus respiratoires et même des plaintes liées à l'environnement telles que les allergies et le syndrome des bâtiments malsains. Moins d'absentéisme - avec ses effets néfastes sur la productivité - pourrait faire économiser des coûts importants aux entreprises, ce qui compenserait les dépenses liées à la mise à niveau de leurs systèmes de ventilation. Les nouveaux systèmes, y compris les technologies de purification et de filtration de l'air, deviennent de plus en plus efficaces.

Le Covid-19 pourrait bien devenir saisonnier, et nous devrons vivre avec comme nous le faisons avec la grippe. Les gouvernements et les responsables de la santé devraient donc tenir compte de la science et concentrer leurs efforts sur la transmission aérienne. Des environnements intérieurs plus sûrs sont nécessaires, non seulement pour protéger les personnes non vaccinées et celles pour lesquelles les vaccins échouent, mais aussi pour dissuader les variants résistants aux vaccins ou toute menace aéroportée qui peut apparaître à tout moment. L'amélioration de la ventilation intérieure et de la qualité de l'air, en particulier dans les environnements de santé, du travail et de l'enseignement, nous aidera tous à rester en sécurité, maintenant et à l'avenir.

Un an d'évolution du SARS-CoV-2

«Un an d'évolution du SARS-CoV-2», source Microbiology Society.

Le 15 avril 2021, des chercheurs ont publié un examen approfondi des mutations du SARS-CoV-2 qui ont eu lieu au cours de l'année écoulée dans le Journal of General Virology. La revue discute des résultats de plus de 180 articles de recherche et suit les changements qui ont eu lieu dans le génome du SARS-CoV-2 et les variants qui en ont résulté.

Un certain nombre de variants du SARS-CoV-2 ont émergé d'hôtes immunodéprimés, selon l'étude. On pense que les variants préoccupants, y compris B.1.1.7 (encore appelé variant anglais -aa), un variant identifié pour la première fois dans le Kent, étaient le résultat d'une infection à long terme chez des personnes dont le système immunitaire était affaibli.

Des infections persistantes chez les personnes immunodéprimées peuvent entraîner une mutation plus fréquente du virus car le système immunitaire de la personne ne peut pas éliminer le virus aussi rapidement que le système immunitaire d’une personne en bonne santé.

Les auteurs, Professeur Wendy Barclay, Dr Thomas Peacock, Professeur Julian Hiscox et Rebekah Penrice-Randal expliquent l'importance de surveiller les changements génétiques dans le SARS-CoV-2 pour le contrôle futur du virus: «Alors que de plus en plus de variants apparaissent, nous nous avons une meilleure image de leurs similitudes et différences partagées et pouvons mieux prédire à quoi ressembleront les autres nouveaux variants. Rassembler toutes ces informations nous aidera également à concevoir des vaccins booster qui protègent contre autant de variants que possible ou à concevoir des diagnostics ciblés», ont-ils déclaré.

Leur revue examine où les mutations se sont produites, quelle partie du virus elles affectent et comment les variants résultants pourraient avoir un impact sur les efforts de vaccination. Selon les auteurs, des mutations dans le SARS-CoV-2 sont attendues, car le virus s'adapte à l'homme. «Le séquençage des coronavirus humains saisonniers n'a pas été fait à une échelle comme le SARS-CoV-2, en particulier lorsqu'ils se seraient initialement propagés chez l'homme. Le SARS-CoV-2 est au début de son voyage chez l'homme alors que d'autres coronavirus humains existent, dans certains cas, depuis de nombreuses décennies», ont-ils dit.

Des variants avec des mutations identiques ou similaires ont émergé indépendamment dans différents pays: «Le SARS-CoV-2 est probablement encore en train de trouver son chemin chez l'homme en termes d'infection et de transmission optimales. L'ampleur de l'épidémie et les efforts massifs de séquençage permettront d'identifier des mutations concomitantes; fondamentalement, le virus subit les mêmes types de pressions de sélection où que vous soyez dans le monde, et l'épidémie a été semée par le même virus d'origine», ont expliqué les auteurs.

Les mutations présentant un intérêt particulier comprennent celles de la protéine de pointe (spike protein). Cette protéine permet au virus de pénétrer dans les cellules hôtes et est la cible principale du système immunitaire, y compris l'immunité générée par tous les vaccins actuels contre le SARS-CoV-2.

Des mutations dans le gène qui code pour la pointe pourraient changer la forme de la protéine, lui permettant de ne plus être reconnue par le système immunitaire. Parce que cette protéine est si importante pour l'entrée du SARS-CoV-2, les mutations favorables ont plus de chances de réussir et de créer de nouvelles variants dominants du virus.

Les changements qui donnent un avantage au virus peuvent rapidement devenir dominants. Par exemple, une mutation, nommée D614G, a été trouvée dans 80% des virus SARS-CoV-2 séquencés quatre mois seulement après sa première détection. Désormais, les virus sans la mutation D614G ne sont couramment observés que dans certaines régions d'Afrique.

Une autre mutation, N501Y, se trouve dans le variant B.1.1.7 du SARS-CoV-2. On pense que cette mutation est le résultat de l'infection d'un individu immunodéprimé et peut contribuer à rendre le virus plus contagieux. Les infections avec ce variant ont un taux de mortalité plus élevé. Au Royaume-Uni, B.1.1.7 est devenu le variant dominant en trois mois et est désormais responsable de plus de 90% des infections dans le pays.

Les mutations significatives des protéines de pointe discutées dans la revue comprennent:

D614G

En février 2020, une mutation a été détectée dans la protéine de pointe du SARS-CoV-2 et nommée D614G. Cette mutation rend le SARS-CoV-2 plus infectieux, mais ne rend pas le virus plus dangereux. Cette augmentation de l'infectiosité a conduit à un avantage significatif en termes de fitness et en quatre mois, 80% des virus SARS-CoV-2 séquencés dans le monde se sont révélés porteurs de la mutation. Aujourd'hui, seules certaines parties de l'Afrique ont des virus en circulation sans la mutation D614G.

Malgré les préoccupations initiales, le D614G n'a pas d'effet sur l'efficacité du vaccin et dans certains cas, les virus avec la mutation D614G sont plus facilement éliminés par les anticorps contre le SARS-CoV-2.

Y435F

À la mi-2020, les rapports sur le vison infecté par les humains sont devenus fréquents. Chez le vison, la protéine de pointe du virus a généralement développé deux mutations appelées Y435F et N501T. Ces mutations permettent une liaison plus forte du virus aux cellules réceptrices humaines. Des virus porteurs de ces mutations ont été trouvés dans un groupe d'infections humaines au Danemark, dont on pense qu'elles proviennent du vison. Fait inquiétant, ce variant était capable d'infecter des personnes qui avaient déjà été infectées par le SARS-CoV-2 et dont on pensait qu'elles avaient une certaine immunité contre le virus. En conséquence, 17 millions de visons ont été abattus.

La mutation Y435F se serait également développé chez une personne immunodéprimée, probablement à la suite d'une infection chronique par le virus lui permettant de s'adapter.

N501Y

En décembre 2020, un variant hautement transmissible du virus a été isolée dans le Kent, au Royaume-Uni. Ce variant, nommé B.1.1.7, contenait une mutation dans la protéine de pointe appelée N501Y. Non seulement cette mutation rend le virus plus contagieux, mais il a également été constaté qu'il avait un taux de mortalité plus élevé. Au Royaume-Uni, B.1.1.7 est désormais le variant dominant et est responsable de plus de 90% des cas d'infection.

La mutation N501Y s'est avérée avoir peu d'effet sur l'immunité à la fois contre les vaccins et les infections antérieures.

E484K

La mutation de protéine de pointe E484K est apparue ces derniers mois, une fois en Afrique du Sud et au moins deux fois au Brésil. Les variants avec la mutation de E484K sont capables d'échapper au système immunitaire des individus vaccinés et précédemment infectés.

On pense que cette mutation était due à des niveaux élevés d'immunité de la population, ce qui a conduit des mutations dans la protéine de pointe à échapper au système immunitaire. Au Brésil, il y a eu plusieurs rapports de personnes de la santé et d'autres personnes ayant des anticorps contre le SARS-CoV-2 qui ont été réinfectés avec des variants ayant le mutant E484K, ce qui soulève des inquiétudes quant à la protection vaccinale contre ce variant.

La revue examine également les mutations qui modifient d'autres parties du virus, telles que ORF8, une protéine accessoire dont on pense qu'elle supprime le système immunitaire de l'hôte. On a découvert que les virus avec une délétion dans le gène qui code pour ORF8 provoquent une maladie clinique moins grave.

Les auteurs de la revue ont appelé à une intensification des efforts mondiaux pour surveiller les mutations du SARS-CoV-2. Actuellement, le Royaume-Uni et le Danemark effectuent un séquençage disproportionné du génome du SARS-CoV-2. Une surveillance régulière du virus permet une identification précoce des variants émergentes et permet aux chercheurs d'identifier les mutations associées.

«Bien que la surveillance génomique en Europe et aux États-Unis soit assez forte, il devient clair que dans de vastes régions du monde, nous n'avons tout simplement aucune idée des variants qui circulent. Celles-ci commencent à apparaître en Europe sous forme d'importations ou d'épidémies communautaires. Une meilleure surveillance dans un plus large éventail de pays nous permettrait de mieux évaluer les risques à quoi pourrait ressembler la prochaine étape de la pandémie», ont dit les auteurs. «Si nous voulons surveiller l'émergence, la propagation et l'importation en cours de mutants potentiels pour échapper à un vaccin, nous devons poursuivre cet effort ou risquer de nouvelles vagues de pandémie et l'échec du vaccin. De plus, comprendre l'épidémiologie génomique du virus le plus tôt possible nous permettra de développer rapidement des rappels de vaccins mis à jour.»

Le professeur Alain Kohl, rédacteur en chef du Journal of General Virology a dit: «L'émergence des variants du SARS-CoV-2 est l'un des grands défis de la pandémie en cours. Cet article de synthèse résume nos connaissances et notre compréhension actuelles de l'évolution du virus, ainsi que de ses conséquences, par exemple en termes de vaccination. Il est d'un grand intérêt pour quiconque souhaite en savoir plus sur l'histoire de ce virus et sur ce que l'avenir peut nous réserver.»

Bilan de l'éclosion de cas de salmonellose liée aux œufs au Canada

Avis de santé publique du Canada concernant une éclosion de cas de salmonellose liée aux œufs à Terre-Neuve-et-Labrador et en Nouvelle-Écosse, mise à jour définitive du 14 avril 2021.

Cet avis a été mis à jour pour tenir compte que l’éclosion semble être terminée et que l’enquête tire à sa fin. Bien que l’éclosion soit terminée, les Canadiens sont avisés de toujours suivre les conseils de manipulation sécuritaire des aliments lorsqu’ils achètent, nettoient, réfrigèrent, font cuire et entreposent n’importe quel type d’œufs ou d’aliments à base d’œufs.

Les constatations de l'enquête révèlent que, l'exposition aux œufs est probablement à la source de l'éclosion. Bon nombre des personnes qui sont devenues malades ont déclaré avoir utilisé des œufs pour cuisiner, faire de la pâtisserie et préparer des aliments à la maison. Certaines personnes ont indiqué avoir été exposées à des œufs dans un établissement (notamment les maisons de soins infirmiers et les hôpitaux) où elles résidaient ou travaillaient avant de tomber malades.

L’éclosion semble être terminée, mais rappelons que les œufs peuvent parfois être contaminés par la bactérie Salmonella à la fois sur la coquille elle-même et à l'intérieur de l'œuf. Les bactéries sont le plus souvent transmises aux personnes qui manipulent, mangent ou cuisinent de façon inappropriée des aliments contaminés.

Résumé de l'enquête

Au total, 70 cas à Salmonella Enteritidis ont été confirmés en laboratoire et ont fait l’objet d’une enquête, dans les provinces suivantes : Terre-Neuve-et-Labrador (27) et Nouvelle-Écosse (43). Les personnes sont tombées malades entre la fin d'octobre 2020 et la mi-mars 2021. Dix-neuf personnes ont été hospitalisées. Aucun décès n’a été signalé. Les personnes qui sont tombées malades étaient âgées de 2 à 98 ans et majoritairement de sexe féminin (71% des cas).

D'octobre à décembre 2020, l'Agence canadienne d'inspection des aliments a diffusé des avis de rappel d'aliments pour une variété d'œufs distribués à Terre-Neuve-et-Labrador et Nouvelle-Écosse. Certaines personnes qui sont devenues malades au cours de cette éclosion avaient déclaré avoir été exposées à des œufs visés par le rappel, mais un certain nombre de personnes malades ne l'ont pas été.

Renseignements épidémiologiques

La figure 1 est une courbe épidémiologique de cette l'éclosion, qui montre le nombre de nouveaux cas par semaine. Ces renseignements sont utilisés par les enquêteurs de l'éclosion pour montrer quand les cas ont commencé, quand ils ont atteint un sommet et quand leur nombre a diminué. Il peut s'écouler plusieurs semaines entre le moment où une personne tombe malade et le moment où la maladie est signalée et que les tests confirment un lien avec l'éclosion. Les données sont disponibles pour 70 cas.

Figure 1 : Nombre de personnes infectées par Salmonella Enteritidis

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A propos des souches persistantes de Listeria dans les ateliers alimentaires

Martin Wiedmann

«Un projet recherche des interventions scientifiques sur les souches persistantes de Listeria», source Center for Produce Safety.

Martin Wiedmann aime comparer les tentatives des installations de production pour identifier et gérer les souches résidentes du pathogène d'origine alimentaire, Listeria monocytogenes, en tant que missions de «recherche et de destruction».

Au fil des ans, l'industrie des fruits et légumes a considérablement amélioré sa capacité à détecter ou à rechercher des souches persistantes de Listeria, a dit Wiedmann de l'Université Cornell. Là où l'industrie reste souvent en difficulté, c'est dans la partie «détruire» de la mission.

Points clés à retenir

L'industrie a besoin de ressources améliorées pour identifier les interventions scientifiques appropriées pour prévenir, éliminer ou gérer les causes de la présence de souches persistantes de Listeria monocytogenes.

Une revue de la littérature a examiné la persistance de Listeria à la fois dans les installations de production et en dehors de l'industrie.

Les ateliers de conditionnement coopérants ont fourni une contribution essentielle pour garantir que les résultats étaient réels.

Le projet produira un outil d'aide à la décision pour aider les exploitants d'installations de production à prendre de meilleures décisions plus rapidement.

«Chaque installation de transformation est différente et souvent les interventions sont coûteuses», a-t-il dit «La partie recherche prend du temps, mais une fois que vous avez formé des personnes, vous pouvez, avec un budget raisonnable, avoir des résultats. Une fois que vous avez identifié les interventions - qu'elles concernent des problèmes de conception ou de maintenance ou même des fissures dans un sol - c'est parfois un investissement en capital sans aucune certitude que cela résoudra vraiment le problème.»

En conséquence, Wiedmann a dit que l'industrie avait besoin de ressources améliorées pour identifier rapidement les facteurs susceptibles de contribuer à la persistance de Listeria, puis identifier les interventions scientifiques appropriées pour prévenir, éliminer ou gérer les causes pertinentes.

À travers le projet, «Factors affecting persistence of Listeria monocytogenes need to be identified for evaluation and prioritization of interventions» (Les facteurs affectant la persistance de Listeria monocytogenes doivent être identifiés pour l'évaluation et la priorisation des interventions), Wiedmann et son équipe prévoient d'adopter une approche en trois étapes qui aboutira à un outil d'aide à la décision.

Renata Ivanek, également de Cornell, qui possède une expertise dans le développement de modèles informatiques, a rejoint Wiedmann en tant que co-chercheuse principale.

Leur projet a commencé par une recherche documentaire qui s'est étendue au-delà des seules situations liées aux produits, car la persistance de Listeria peut également être un problème ailleurs. En outre, ils ont examiné les articles publiés et non publiés.

Wiedmann a indiqué l'exemple du transpalette comme équipement utilisé pour les produits ainsi que dans d'autres industries, telles que le conditionnement de la viande, qui peut héberger des populations persistantes de Listeria.

«L'idée est qu'il y aura déjà des expériences utiles dans l'industrie des fruits et légumes et dans d'autres industries qui pourraient être utiles pour l'industrie des fruits et légumes avec la partie destruction», a-t-il déclaré. «Les essais sur le terrain peuvent être coûteux et difficiles. Mais s'il existe des connaissances, nous voulons en profiter.»

Après avoir réduit les 1 656 documents originaux à 264, l'équipe les a examinés pour identifier environ 32 des stratégies les plus pertinentes. Ils ont ensuite validé certaines interventions identifiées avec quatre installations de conditionnement coopérantes.

Au départ, ils ont échantillonné chaque établissement avant toute intervention et ont effectué une analyse formelle des causes profondes avec le personnel de l'établissement.

«Quel est selon nous le problème?», a demandé Wiedmann. «Une fois que nous l'avons identifié, nous avons examiné les solutions potentielles à partir de la littérature, mais aussi d'un point de vue de bon sens. Quelles interventions devrions-nous faire? Ensuite, nous avons fait un suivi pour voir s'ils avaient un effet.»

Sur la base de ces résultats, les chercheurs ont développé une approche étape par étape que les usines de conditionnement peuvent utiliser pour mener une analyse des causes profondes afin d'identifier les facteurs les plus probables derrière une persistance spécifique ainsi que des interventions appropriées.

Wiedmann a dit qu'il était «absolument essentiel» d'avoir ce type de participation de l'industrie des produits pour s'assurer que leurs résultats étaient applicables aux installations de production.

«Pour comprendre ce qui se passe dans le monde réel, nous devons être dans une véritable installation», a-t-il dit.

Les interventions qu'ils ont identifiées mais qui étaient trop difficiles à valider expérimentalement dans une installation de conditionnement ont été testées en utilisant un modèle informatique développé précédemment.

«Nous avons recréé des installations de production presque en 3D, afin que nous puissions identifier les endroits où Listeria peut survivre dans le temps et nous pouvons voir ce qui se passe lorsque nous changeons les choses», a dit Wiedmann.

Au final, les chercheurs envisagent de développer un outil d'aide à la décision que l'industrie pourra utiliser pour développer des stratégies d'intervention. Tout comme ils l'ont fait lors de la validation des interventions, les chercheurs solliciteront les commentaires de l'industrie sur l'outil de soutien auprès d'un groupe de discussion.

L’outil permettra également au personnel de l’usine d’exécuter des scénarios de type «What if» pour comparer différentes stratégies, mais il ne remplacera pas l’élément humain.

«L'opérateur prendra toujours les décisions, mais nous voulons augmenter les chances qu'il prenne la bonne décision», a-t-il dit «Le modèle ne prend pas la décision à leur place, mais il les aide à prendre de meilleures décisions plus rapidement.»

L'ARN tient les rênes des bactéries: des chercheurs observent l'ARN contrôlant la synthèse des protéines

«L'ARN tient les rênes des bactéries: des chercheurs de l'Université du Michigan observent l'ARN contrôlant la synthèse des protéines», source Université du Michigan.

Pour mieux comprendre comment l'ARN dans les bactéries donne naissance à des protéines - et en cours de route, cibler ces processus dans la conception de nouveaux antibiotiques - des chercheurs s'intéressent à la manière unique dont ce processus se produit chez les bactéries.

Dans des cellules eucaryotes, la transcription (le processus par lequel l'information d'un brin d'ADN est copiée dans l'ARN messager) et la traduction (le processus par lequel une protéine est synthétisée par le ribosome à partir de l'ARNm) sont deux étapes successives. Chez les bactéries, ils se produisent simultanément: lorsque l'ARN est synthétisé par l'ARN polymérase, le ribosome intervient pour fabriquer les protéines.

Cette synchronicité permet ce que l'on appelle le «couplage transcription-traduction», dans lequel le premier ribosome peut immédiatement suivre et se coupler avec l'ARN polymérase pour la transcription. C'est un nouveau domaine de recherche qui promet d'apporter des informations sur les processus propres aux bactéries qui pourraient être ciblés avec une grande spécificité dans la conception d'antibiotiques.

Désormais, des chercheurs de l'Université du Michigan (U-M) ont directement observé des mécanismes de régulation de l'ARN auparavant cachés dans de tels couplages. Les résultats, menés conjointement par des boursiers postdoc Surajit Chatterjee et Adrien Chauvier du Département de chimie de l'U-M et du Centre de l'U-M pour la biomédecine de l'ARN, sont publiés dans les Proceedings of the National Academy of Sciences.

Les nouveaux résultats promettent d'avoir des implications importantes pour la conception future d'antibiotiques qui pourraient cibler le mécanisme de couplage au lieu de cibler séparément les processus de transcription ou de traduction.

«Avec l'ARN émergeant comme un facteur majeur dans notre vie quotidienne - notez le génome viral du SRAS-CoV-2 et les vaccins à ARNm pour lutter contre sa réplication - nous sommes à un carrefour où l'interaction entre les ARN et les protéines dans leurs complexes omniprésents devient une cible prospective attrayante pour les médicaments du futur, notamment pour lutter contre les souches bactériennes résistantes aux médicaments», a dit l'auteur principal Nils Walter, professeur de chimie.

En particulier, les chercheurs ont découvert que la modulation de la traduction d'un ARN messager (ARNm) naissant affecte la synthèse en aval de l'ARNm lui-même. Lorsque la traduction est arrêtée ou retardée, le taux de transcription est ralenti pour éviter une surproduction d'ARN qui ne serait dégradé que dans la cellule.

Pour moduler commodément l'efficacité de la traduction, les chercheurs ont exploité les caractéristiques d'un ARN structuré, appelé riboswitch traductionnel, intégré près du début d'un ARNm de la bactérie du charbon, Bacillus anthracis. Cet ARN change de structure lors de la liaison d'un petit ligand spécifique pour réduire la traduction en réponse à des signaux environnementaux.

L'étude actuelle montre que le riboswitch, généralement considéré comme n'affectant que la traduction, peut en fait réguler à la fois la traduction et la transcription en exploitant leur couplage. En utilisant le ligand du riboswitch pour ralentir l'initiation de la traduction, ou des inhibiteurs pour retarder ou arrêter la traduction, les scientifiques ont également observé des effets sur la vitesse de l'ARN polymérase.

Les auteurs ont élargi une combinaison de techniques de microscopie à fluorescence à molécule unique pour surveiller les interactions dynamiques des mécanismes de transcription et de traduction au cours des différentes étapes du couplage. Ils ont également développé une stratégie unique pour regarder directement le couplage transcription-traduction en temps réel, détectant que le petit riboswitch contrôle les machineries de transcription et de traduction beaucoup plus grandes. Le travail surpasse ainsi et donne vie aux précédentes études structurelles qui ne fournissaient que des instantanés des machineries déjà couplées.

Les chercheurs disent que leurs résultats établissent des bases importantes pour les futures recherches sur l'ARN. Ils expliquent que la question de savoir comment d'autres facteurs cellulaires contribuent à l'établissement et au maintien du couplage transcription-traduction est encore énigmatique, soulevant des questions qui restent à étudier. Ces travaux pourraient également apporter des informations sur des processus biologiques similaires dans d'autres organismes pathogènes.

«Il est fascinant de voir comment les énormes mécanismes de transcription et de traduction sont détenus par un petit ARNm pour un processus d'expression génique contrôlé dans les bactéries», a dit Chatterjee.

Chatterjee et Chauvier sont boursiers postdoc seniors au laboratoire de Walter du département de chimie de l'U-M. Ils s'intéressent respectivement aux riboswitches traductionnels et transcriptionnels. Dans cette étude, ils ont combiné leurs connaissances et leur intérêt pour chaque aspect du couplage.

«Pour moi, ce n'est pas tant une question de bactéries, mais plutôt des processus biologiques de traduction et de transcription», a dit Chauvier. «La régulation génétique est un processus coordonné opportun et la synchronisation est la clé pour que les bactéries s'adaptent aux menaces externes.»

La sous-unité 30S du ribosome peut se lier dynamiquement à l'ARNm naissant dès que son site de liaison émerge de l'ARN polymérase. Les facteurs de transcription et les facteurs d'initiation de la traduction aident à la liaison initiale et à la rétention de la sous-unité 30S sur l'ARNm, entraînant la stabilisation d'un complexe d'initiation précoce. Pendant la traduction, le ribosome peut suivre la principale ARN polymérase (RNAP), établissant un couplage transcription-traduction et maintenant une vitesse de transcription optimale. En présence du ligand preQ1, le couplage transcription-traduction est interrompu, conduisant de manière surprenante à une transcription lente. Crédit Surajit Chatterjee.

Nouvelles données des distributeurs britanniques sur la présence de Campylobacter dans le poulet

Inutile de souligner que tout ce qui rapporté ci-après n'existe pas en France, aucun distributeur ne réalisant ce type de travail comparatif ...

«Les taux de Campylobacter de Sainsbury dans le poulet ont atteint le seuil de la FSA », source article de Joe Whitworth paru le 15 avril 2021 dans Food Safety News.

Sainsbury's a enregistré les pires résultats de Campylobacter dans le poulet pour les trois derniers mois de 2020, suivi de près par Tesco.

Les données proviennent des neuf principaux distributeurs du Royaume-Uni qui publient le dernier trimestre des résultats des essais.

Le seuil de la Food Standards Agency (FSA) est 7 pour cent des oiseaux avec plus de 1 000 unités formant colonie par gramme (UFC/g) de Campylobacter.

Sainsbury’s a signalé que 7% de ses poulets prélevés étaient supérieurs à 1 000 UFC/g au quatrième trimestre de 2020, contre 2% au 3e trimestre, un peu plus de 4% au 2e trimestre et environ 3% au 1 trimestre 2020.

Les données de Tesco d'octobre à décembre 2020 représentent 299 prélèvements.

Niveaux plus élevés pour Tesco; plus faible pour Asda

Les données de Tesco d'octobre à décembre 2020, comprenant 299 prélèvements, ont montré que 6% avaient le niveau le plus élevé de contamination par Campylobacter. Cela est passé de 2% en juillet à septembre et de 3% en avril à juin, mais en baisse de 9% en janvier à mars 2020.

Campylobacter est la cause la plus fréquente d'intoxication alimentaire bactérienne au Royaume-Uni et la dose nécessaire pour rendre les gens malades peut être aussi faible que quelques centaines de cellules.

La Food Standards Agency A avait l'habitude de publier des données de ces principaux détaillants alimentaires sur Campylobacter dans des poulets frais achetés au Royaume-Uni, mais s'est arrêtée après le deuxième trimestre de 2019.

Asda a rapporté que 1,8% des prélèvements avaient été testés positifs pour le niveau de contamination le plus élevé au cours du dernier trimestre. Les chiffres pour le premier trimestre de 2020 ont montré 9,2% au-dessus du niveau de contamination le plus élevé, alors qu'il était de 4,1% au 2e trimestre et de 7,7% au 3e trimestre. Au cours de l'année 2020, 5 pour cent des oiseaux avaient plus de 1 000 UFC/g.

Lidl a enregistré environ 2,5 pour cent des oiseaux dans la catégorie de contamination la plus élevée, soit une baisse de 4 pour cent au troisième trimestre, au-dessus des 6 pour cent au deuxième trimestre et de 5,5 pour cent au premier trimestre 2020.

Certains distributeurs ne rapportent aucun prélèvement dans la catégorie supérieure

Les résultats d’Aldi pour le quatrième trimestre étaient les mêmes que pour le deuxième trimestre alors qu’aucun poulet n’était dans la catégorie au-dessus des 1 000 UFC/g. Au troisième trimestre, 0,6 pour cent des oiseaux étaient dans cette tranche et le chiffre était de 2,8 pour cent au cours des trois premiers mois de l'année 2020.

Les résultats de Co-op pour le dernier trimestre montrent le même chiffre que la période précédente avec 0,9 pour cent des poulets prélevés ayant une contamination à des niveaux supérieurs à 1 000 UFC/g. Il s'agit d'une augmentation par rapport à zéro au 2 trimestre mais à une baisse de 1,8% par rapport au premier trimestre de 2020.

Un total de 0,8 pour cent des poulets Morrisons présentaient le niveau de contamination le plus élevé parmi 125 poulets analysés. Pour toute l'année, 1,3 pour cent des poulets étaient au-dessus de ce seuil.

Pour les poulets Marks and Spencer, 2 pour cent étaient dans la catégorie maximale en octobre, 3 pour cent en novembre et 2 pour cent en décembre. Au cours de l'année entière, 3 pour cent des poulets ont été contaminés à plus de 1 000 UFC/g.

Les niveaux de Waitrose pour le dernier trimestre sont retombés à zéro, comme au premier et au deuxième trimestre, avec 1 pour cent des prélèvements au-dessus du seuil de 1 000 UFC/g au troisième trimestre.

Nouvelles règles sur le contrôle et étude sur Salmonella en Suède

«Nouvelles règles sur le contrôle et étude sur Salmonella en Suède», souce Food Safety News.

Une nouvelle législation est entrée en vigueur ce mois-ci en Suède, qui prévoit que les autorités de contrôle alimentaire peuvent faire des achats sans divulguer leur identité en tant qu'agence officielle après coup. Cela permet de vérifier plus facilement que les aliments sur le marché sont ce qu'ils prétendent être, qu'ils n'induisent pas les consommateurs en erreur et qu'ils ne sont pas dangereux pour la santé.

Cela s'applique aux achats à distance tels que le commerce électronique et aux magasins physiques. Auparavant, il n'y avait pas eu de soutien juridique pour que les autorités agissent sans se faire connaître. Les modifications ont été apportées pour mettre les règles nationales en conformité avec les réglementations de l'UE.

Enfin, le gouvernement a chargé le Conseil suédois de l'agriculture et l'Institut vétérinaire suédois de réaliser une étude de faisabilité sur les mesures permettant de prévenir et de gérer efficacement la présence de Salmonella chez les animaux d'élevage.

Au cours de l'année écoulée, le nombre de cas de Salmonella a augmenté chez les animaux destinés à l'alimentation et dans les troupeaux de porcs. Cela entraîne une augmentation des coûts pour les propriétaires d'animaux et l'État dans la lutte contre les épidémies.

Le travail examinera les sources possibles d'infection et comprendra de nouvelles connaissances sur les méthodes d'analyse. Les résultats seront communiqués d'ici la fin du mois de janvier 2022.