vendredi 19 mai 2023

La COVID-19 et le manque de ressources ont impacté sur les contrôles officiels de la sécurité des aliments en Europe, selon un rapport de la Commission européenne

Pour une fois, ce n’est pas que moi qui le dit mais un rapport officiel de la Commission européenne.

«La COVID-19 et le manque de ressources ont impacté sur les contrôles officiels de la sécurité des aliments en Europe», source article de Joe Whitworth paru le 19 mai 2023 dans Food Safety News, complété par mes soins -aa.

Selon un rapport publié par la Commission européenne, le manque de ressources et la pandémie de COVID-19 ont continué d'avoir un impact sur la capacité à effectuer des contrôles officiels.

Le titre du rapport est, «Rapport de la Commission sur le fonctionnement global des contrôles officiels effectués dans les États membres (2021) pour assurer le respect de la législation alimentaire et de la législation relative aux aliments pour animaux ainsi que des règles relatives à la santé et au bien-être des animaux, à la santé des végétaux et aux produits phytopharmaceutiques».

On apprend d’emblée que tout le monde n’est pas concerné, pour preuve cette phrase extraite du rapport, «Depuis 2020, les autorités nationales sont tenues de communiquer les résultats de leurs contrôles dans un format électronique harmonisé. Tous les pays de l’Union ne sont toutefois pas encore en mesure de soumettre toutes leurs données dans le format requis. La Commission continuera à travailler avec les autorités nationales afin d’améliorer l’exhaustivité des données pour les futurs rapports annuels.»

Le document couvre les contrôles officiels des pays de l'UE et les activités de contrôle de la Commission européenne en 2021.

Il y avait 16,9 millions de sites dans le cadre de ces contrôles et les autorités nationales ont effectué 5 millions de contrôles. Environ 1 million de non-conformités ont été identifiées, entraînant près de 500 000 sanctions administratives et près de 8 000 actions judiciaires.

En 2020, les autorités nationales ont effectué 4,1 millions de contrôles officiels, qui ont identifié 655 000 non-conformités, entraînant 388 000 sanctions administratives et 12 700 actions judiciaires.

L'exécution va d’avertissements verbaux et écrits jusqu'à la saisie et la destruction des marchandises et la suppression temporaire ou permanente de l'agrément des entreprises. Les amendes administratives sont utilisées comme moyen de dissuasion et les poursuites judiciaires formelles sont un dernier recours. En 2021, le secteur de la restauration a été le plus sanctionné, suivi du commerce de gros et de détail de produits alimentaires. Certaines non-conformités étaient dues à l'ignorance de la législation par les entreprises, tandis que d'autres étaient des fautes intentionnelles.

Contrôles inférieurs aux prévisions
Pour les critères microbiologiques et les contaminants dans les aliments, le plus grand nombre de non-conformités et de sanctions concernaient la viande fraîche. Pour les pesticides, le problème était le plus élevé pour les fruits et légumes. Dix-huit non-conformités ont été identifiées pour l'irradiation des aliments, 254 pour les nouveaux aliments et 99 pour l'utilisation d'organismes génétiquement modifiés (OGM) non autorisés dans les aliments.

En 2021, la pandémie de la COVID-19 a continué d'affecter la capacité des autorités nationales et de la Commission européenne à effectuer les contrôles et audits prévus. Parmi les autres facteurs négatifs des programmes d'inspection, citons l'insuffisance des ressources (personnels, finances et équipements), les problèmes de santé animale (peste porcine africaine et grippe aviaire) et phytosanitaire, et le Brexit.

Le Danemark a détourné d'importantes ressources humaines pour abattre tous les visons dans les fermes afin de prévenir la propagation de la COVID-19 aux humains. Étant donné que tous les secteurs ont affiché une tendance croissante à la vente à distance, la Finlande a alloué davantage de ressources aux contrôles connexes.

La Bulgarie a signalé une diminution du nombre d'agents impliqués dans les contrôles officiels; une charge de travail accrue pour eux, y compris la nécessité de faire des heures supplémentaires; une augmentation du nombre de sites soumis à des contrôles et des équipements techniques obsolètes.

Les exigences en matière de déclaration ont changé depuis 2020 et tous les pays de l'UE n'ont pas été en mesure de fournir des données suffisamment détaillées pour 2021. Quinze ont manqué le délai jusqu'à deux semaines et le dernier rapport a été soumis avec trois mois de retard.

Les autorités nationales ont fourni des informations très limitées sur les contrôles des pratiques frauduleuses et trompeuses. Les exemples comprenaient des contrôles sur l'abattage et la vente illégaux de viande non déclarée et le placement d’aliments sur les réseaux sociaux en utilisant de faux profils.

En 2021, le bureau de l'Office européen de lutte antifraude (OLAF) visaient la contrefaçon, le vin mousseux, de whisky et de vodka. Dans une affaire, 421 000 bouteilles de vin contrefait de plusieurs marques ont été saisies dans l'UE et en Moldavie, et dans une autre, 576 litres de faux Prosecco ont été découverts dans l'UE.

En Lituanie, le Service national des végétaux a donné la priorité au conseil aux entreprises, à l'assistance et à la prise d'autres mesures pour prévenir les infractions à la législation plutôt que de chercher à se conformer uniquement par des sanctions ou des pénalités. En Belgique, les entreprises certifiées selon les guides d'autocontrôle validés au niveau national bénéficient de frais réduits et d'une fréquence réduite des contrôles officiels.

Les Pays-Bas ont dit que les secteurs soumis à contrôle se développaient plus rapidement que les ressources humaines ou les capacités de l'autorité nationale, mais que le gouvernement avait alloué des moyens supplémentaires. Il évalue également si les techniques introduites pour permettre les contrôles pendant la pandémie, telles que l'utilisation de caméras dans les abattoirs, peuvent être conservées et améliorées.

Audits des pays par l'UE
La Commission européenne a effectué 98 audits et contrôles sur les systèmes de contrôle officiels des pays de l'UE en 2021. Parmi ceux-ci, 83 étaient à distance et incluaient la vidéoconférence. Huit ont été réalisées partiellement à distance et sept en personne. Les contrôles ont abouti à 407 recommandations.

Dans le secteur de la pêche, les audits ont permis de constater des faiblesses dans l’enregistrement et le contrôle des petits navires de pêche et l’absence de contrôles à l’égard des sites de débarquement et des opérations connexes. Les audits réalisés sur les produits de la pêche prêts à consommer ont confirmé une constatation antérieure quant à l’obligation de démontrer que les produits satisfont aux critères de sécurité sanitaire des denrées alimentaires pendant toute leur durée de conservation, une constatation que également déjà effectuée dans la série générale d’audits sur les produits prêts à la consommation.

Des audits réalisés dans le secteur de la viande ont permis de se pencher de plus près sur les allégations selon lesquelles des vaches impropres à l’abattage sont abattues et d’évaluer les nouvelles exigences légales introduites pour les inspections ante mortem et post mortem dans les abattoirs de volailles. Ces audits ont mis en évidence des lacunes dans les systèmes de contrôles officiels en ce qui concerne la formation, les inspections ante mortem et l’abattage d’urgence dans les exploitations agricoles. Un audit spécifique a permis d’évaluer les progrès accomplis par la Pologne pour mettre en œuvre les recommandations formulées sur ces sujets à la suite des audits réalisés en 2019.

Dans le secteur laitier, nous avons relevé des faiblesses dans les systèmes de contrôle de la qualité du lait non bovin, la formation, la supervision des contrôles effectués, et l’évaluation et l’application des manquements.

En ce qui concerne les denrées alimentaires d’origine non animale, les audits sur les risques microbiologiques au niveau de la production primaire se sont poursuivis. Des améliorations ont été observées par rapport aux séries d’audits précédentes, mais il a été établi que les graines destinées à la germination n’étaient pas toujours contrôlées de manière adéquate et que l’enregistrement des producteurs primaires devait faire l’objet d’améliorations pour qu’ils puissent tous être évalués et compris dans le système de contrôle à une fréquence appropriée.

Malgré tout cela le rapport de la Commission conclue,
Les résultats des contrôles officiels effectués par les pays de l’Union et des contrôles effectués par la Commission auprès des autorités nationales montrent que les systèmes de contrôle nécessaires sont en place et que, dans l’ensemble, ils offrent des niveaux de conformité compatibles avec les exigences en matière de sécurité sanitaire des denrées alimentaires et des aliments pour animaux, et un marché intérieur de l’Union sain. Les contrôles de la Commission ont toutefois permis de cerner des faiblesses dans certains systèmes de contrôle et de mettre en évidence les possibilités d’amélioration.
Commentaire
Un constat, les pays de l’UE fonctionnent avec des états des lieux très distincts, pas facile alors de dire comme le prétend la Commission, qu’il y a un «marché intérieur de l’Union sain».

Comme cela a été maintes fois constaté en France, depuis 2012, les inspections en sécurité des aliments ont été sabrés pour arriver à des chiffres dérisoires en 2020, 2021 et 2022, sans que cela n’émeuve quiconque, et surtout pas l’Anses !

Mais il faut savoir pardonner, tout semble désormais fini, et la nouvelle police sanitaire unique va régler le problème incessamment sous peu, peut-être en 2024, qui sait ?

Des chercheurs américains rapportent une infection des voies urinaires causée par E. coli pan-résistant

«Des chercheurs américains rapportent une infection des voies urinaires causée par E. coli pan-résistant», source article de Chris Dall paru 18 mai 2023 dans CIDRAP News.

Des chercheurs de la Johns Hopkins University School of Medicine ont rapporté avoir identifié ce qu'ils pensent être le premier cas clinique aux États-Unis d'un patient atteint d'une infection présentant une résistance à tous les antibiotiques bêta-lactamines disponibles.

Dans un article de cas publié dans Open Forum Infectious Diseases, les chercheurs ont dit que l'homme de 66 ans s'était rendu en Inde pour recevoir une greffe de rein en janvier 2022 et avait été traité au Johns Hopkins Health System pour une cystite (inflammation de la vessie) plusieurs fois depuis de juin à septembre 2022. L'homme a ensuite développé une pyélonéphrite (infection rénale) causée par Escherichia coli producteurs de New Delhi métallo-bêta-lactamase (NDM).

Bien que les résultats des tests de sensibilité aux antimicrobiens aient indiqué une résistance à la fois au céfidérocol et à la ceftazidime-avibactam plus aztréonam (CZA-ATM), les schémas thérapeutiques préférés pour les infections productrices de NDM, il a continué à prendre du CZA-ATM et a connu une rechute 3 semaines plus tard.

D'autres tests de sensibilité aux antimicrobiens ont indiqué une résistance à toutes les bêta-lactamines. Le séquençage du génome entier (WGS) d'isolats de E. coli prélevés sur le patient après sa greffe du rein et pendant le traitement de l'infection a montré qu'ils appartenaient à la séquence type (ST) 167, qui a été reconnu comme un clone international à haut risque. Le ST contenait une seule copie du gène blaNDM-5, ainsi que des gènes conférant une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines de première génération, aux aminoglycosides, au triméthoprime, au sulfaméthoxazole et aux macrolides.

Le WGS a également révélé une mutation dans la protéine de liaison à la pénicilline 3, la protéine mutante CirA et l'expression du gène blaCMY, une combinaison qui, selon les auteurs de l'étude, assure presque la résistance au céfidérocol et au CZA-ATM. Ils pensent que le patient a probablement été colonisé par E. coli producteurs de NDM alors qu'il était en Inde.

«Indépendamment des coupables probables de la pan-résistance aux-β-lactames observées, ce cas est inquiétant étant donné que les isolats cliniques de E. coli ST167 hébergeant les gènes blaNDM-5 sont de plus en plus reconnus comme un clone international à haut risque», ont-ils écrit. «E. coli ST167 a été associé à des facteurs de virulence uniques (par exemple, de nouveaux groupes de gènes de synthèse capsulaire) ; la combinaison de la résistance et de la virulence les rend mûrs pour une diffusion mondiale.»

Commentaire
Récemment un rapport de l'ECDC avait noté une augmentation des cas à E. coli NDM-5, une superbactérie en expansion.

NB : La photo représente E. coli producteur de bêta-lactamases à spectre étendu (CDC).

jeudi 18 mai 2023

Charcuteries contaminées par Listeria en août 2021: 5 000 euros d’amende pour avoir mis des produits contaminés sur le marché en mai 2023

«Charcuteries contaminées par la listeria : une société de salaison condamnée en Ardèche, source Le Dauphiné libéré

Une entreprise de salaison du Nord Ardèche (société Teyssier) a été condamnée par le tribunal de Privas, mardi 16 mai, à 5 000 euros d’amende pour avoir mis des produits contaminés sur le marché.

L’affaire avait eu lieu en août 2021. Vous trouverez sur ce lien la liste des neuf produits de charcuterie rappelés entre le 13 et 27 août 2021 en France.

Merci à Joe Whitworth d’avoir signalé cet article et qui rapporte dans un tweet, «Obligé de s'abonner pour l'article complet mais une entreprise a été condamnée à une amende pour avoir mis sur le marché des produits contaminés par Listeria

Commentaire
La justice est clémente. 

De la responsabilité des politiques dans les déboires du nucléaire depuis 20 ans

C’est surtout parce cela ne fait pas partie des domaines de prédilection du blog que je vous propose ce document, mais aussi, et surtout, afin que vous y pensiez, tout comme moi, chaque que vous vous direz, tiens ma note d’élctricité ou de chauffage est excessive !

Sur l’énergie nucléaire, les lecteurs attentifs du blog auront déjà lu Grand déballage explosif dans lequel on découvre où est passée notre énergie ? et Si vous n'aviez pas encore tout vu ou entendu sur le sabotage de notre énergie nucléaire.

A écouter sans modération ...

Un rapport met en évidence les progrès et les lacunes du G7 dans les efforts pour stimuler le développement d'antibiotiques

«Un rapport met en évidence les progrès et les lacunes du G7 dans les efforts pour stimuler le développement d'antibiotiques», source article de Chris Dall paru 16 mai 2023 dans CIDRAP News.

Un rapport conjoint de l'Organisation mondiale de la santé et du Global AMR R&D Hub exhorte les pays du G7 à faire pression pour des mécanismes de financement innovants et d'autres incitations afin d'assurer un approvisionnement «robuste et durable» de nouveaux antibiotiques.

Le rapport est une mise à jour sur les progrès réalisés par les ministres des Finances et de la Santé du G7 sur les engagements pris en 2021 et 2022 pour accélérer la mise en œuvre de stratégies de résistance aux antimicrobiens (RAM), prendre des mesures supplémentaires pour faire face au marché cassé des nouveaux antibiotiques, renforcer la recherche sur la RAM et développement (R&D), et commercialiser de nouveaux antibiotiques et d'autres produits traitant de la résistance aux antimicrobiens. Il conclut que même si les pays du G7 se sont engagés dans une série d'activités pour créer les conditions économiques qui encourageraient le développement de nouveaux antibiotiques, il faut en faire davantage.

Parmi les réalisations mises en évidence figurent le modèle d'abonnement du Royaume-Uni pour de nouveaux antibiotiques et l'annonce récente du Japon d'un programme de garantie de revenus pour les nouveaux antibiotiques, qui devrait commencer cette année.

Le rapport note également que les États-Unis, le Canada, le Japon et l'Union européenne sont tous en train d'évaluer et de mettre en œuvre des incitations à la demande et d'autres modèles économiques innovants qui encourageraient le développement d'antibiotiques de grande valeur. Il ajoute que les pays du G7 continuent d'investir dans des partenariats qui soutiennent le développement d'antibiotiques à un stade précoce, tels que CARB-X (Combating Antibiotic-Resistant Bacteria Biopharmaceutical Accelerator) et GARDP (Global Antibiotic Research & Development Partnership).

Cependant, pour tirer parti de ces progrès, le rapport indique que les pays du G7 doivent s'efforcer d'atteindre des engagements et des objectifs «tangibles et spécifiques» pour encourager le développement et l'accès équitable à de nouveaux antibiotiques au cours des deux prochaines années, fournir un financement durable et prévisible pour la R&D sur les antibiotiques, s'appuyer sur des programmes pilotes réussis d'incitation à l'attraction et explorer la possibilité de formuler des mécanismes de collaboration internationale sur les incitations à l'attraction, et soutenir les initiatives visant à améliorer l'accès mondial et équitable aux antibiotiques nouveaux et existants.

«Le G7 peut s'appuyer sur les réalisations passées et en cours pour collaborer et s'unir dans l'action contre les effets dévastateurs de la RAM et assurer un approvisionnement solide et durable en antibactériens et autres technologies de la santé traitant de la RAM», conclut le rapport.

Confirmation de la sécurité sanitaire des œufs sans allergène avec l’édition génomique

«Confirmation de la sécurité sanitaire des œufs sans allergène avec l’édition génomique», source Université d'Hiroshima, via EurkAlert!

Des chercheurs ont mis au point un œuf de poule qui pourrait être sans danger pour les personnes allergiques au blanc d'œuf. Les allergies aux œufs de poule sont l'une des allergies les plus courantes chez les enfants. Bien que la plupart des enfants surmontent cette allergie à l'âge de 16 ans, certains auront encore une allergie aux œufs à l'âge adulte. Les allergies au blanc d'œuf peuvent provoquer divers symptômes, notamment des vomissements, des crampes d'estomac, des problèmes respiratoires, de l'urticaire et un gonflement. Certaines personnes allergiques au blanc d'œuf ne peuvent pas recevoir certains vaccins comme celui contre la grippe.

En utilisant la technologie d'édition génomique, des chercheurs ont produit un œuf sans la protéine qui cause les allergies au blanc d'œuf. Cette protéine, appelée ovomucoïde (OVM), représente environ 11% de toutes les protéines du blanc d'œuf.

L’étude détaillant le profil de sécurité des aliments de cet œuf modifié, appelé OVM-knockout (ou sans OVM), a été détaillée dans un article publié dans Food and Chemical Toxicology en avril 2023.

«Pour utiliser des œufs de poule OVM-knockout comme aliment, il est important d'évaluer sa sécurité sanitaire en tant qu'aliment. Dans cette étude, nous avons examiné la présence ou l'absence d'expression de protéines mutantes, d'insertion de séquences vectorielles et d'effets hors cible chez des poulets sans OVM par des TALENs (Transcription Activator-Like Effector Nucleases ou nucléases effectrices de type activateur de transcription)», a dit Ryo Ezaki, professeur à la Graduate School of Integrated Sciences for Life de l'Université d'Hiroshima, Japon. Les TALENs sont des enzymes de restriction artificielles obtenues par assemblage d’un domaine de liaison à l’ADN appelé TALE.

Afin de développer les œufs OVM-knokout, les chercheurs devaient détecter et éliminer la protéine d’ovomucoïde dans les blancs d'œufs. Les TALENs ont été conçus pour cibler un morceau d'ARN appelé exon 1, qui code pour des protéines spécifiques. Les œufs produits à partir de cette technique ont ensuite été testés pour s'assurer qu'il n'y avait pas de protéine d’ovomucoïde, de protéine d’ovomucoïde mutante ou d'autres effets hors cible. Les œufs avaient la mutation de décalage de cadre souhaitée, qui est une mutation créée en insérant ou en supprimant des bases nucléotidiques dans un gène, et aucun d'entre eux n'exprimait de protéines ovomucoïdes matures. Des anticorps anti-ovomucoïde et anti-ovomucoïde mutant ont été utilisés pour détecter toute trace de la protéine, mais il n'y avait aucune preuve d'ovomucoïde dans les œufs. Cela signifie que les ovomucoïdes mutants ne pourraient pas créer de nouveaux allergènes. Il s'agit d'une étape importante dans la détermination du profil d'innocuité des œufs.

D'autres outils d'édition de gènes, tels que CRISPR, ont tendance à avoir des effets de mutagenèse hors cible. Cela signifie que de nouvelles mutations sont provoquées par le processus d'édition génomique. Cependant, le séquençage du génome entier des blancs d'œufs modifiés a montré que des mutations, qui étaient peut-être des effets hors cible, n'étaient pas localisées dans les régions codant pour les protéines.

«Les œufs pondus par des poules homozygotes OVM-knokout ne présentaient aucune anomalie évidente. L'albumen ne contenait ni l'OVM mature, ni le variant OVM tronqué», a dit Ezaki. «Les effets hors cible potentiels induits par TALEN chez les poulets OVM-knockout ont été localisés dans les régions intergéniques et introniques. Les vecteurs plasmidiques utilisés pour l'édition génomique n'étaient que transitoirement présents et ne s'intégraient pas dans le génome des poulets édités. Ces résultats indiquent l'importance des évaluations de sécurité sanitaire et révèlent que les œufs pondus par cette poule OVM-knokout résolvent le problème d'allergie dans les aliments et les vaccins.

À l'avenir, les chercheurs continueront de vérifier le profil d'innocuité des œufs OVM-knockout. Parce que certaines personnes sont très allergiques à cette protéine spécifique, même de petites quantités d'ovomucoïde peuvent provoquer une réaction. Les chercheurs devront effectuer des études immunologiques et cliniques supplémentaires pour déterminer la sécurité sanitaire des œufs OVM-knokout. À l'heure actuelle, les chercheurs ont déterminé que les œufs OVM-knokout sont moins allergènes que les œufs standard et peuvent être utilisés en toute sécurité dans les aliments transformés par la chaleur que les patients allergiques aux œufs peuvent manger. «La prochaine phase de la recherche consistera à évaluer les propriétés physiques et l'aptitude au traitement des œufs OVM-knokout et à confirmer leur efficacité par le biais d'essais cliniques», a dit Ezaki. «Nous continuerons à mener d'autres recherches sur l'application pratique des œufs à allergie réduite.»

NB : Photo d’Ezaki et al. 2023, Food and Chemical Toxicology. 

Mise à jour du 21 mai 2023
On lira l'article paru sur le blog d'Ansré Heitz, «Première université à introduire un produit de bétail génétiquement édité dans l'alimentation humaine ». Une saucisse de l'Université de l'État de Washington est entrée dans l'histoire.

Les mycobactériophages pourraient utiles pour développer de nouvelles molécules antimicrobiennes

Nouveauté dans Microbiology Spectrum
Une approche de dépistage basée sur le séquençage de nouvelle génération (SGN) pour identifier les protéines codées par les mycobactériophages qui sont toxiques pour les mycobactéries. Les résultats de l’étude, Identification de protéines toxiques codées par le mycobactériophage TM4 à l'aide d'une méthode basée sur le séquençage de nouvelle génération, pourraient être utiles pour développer de nouvelles molécules antimicrobiennes.

Résumé
Les mycobactériophages sont des virus qui infectent spécifiquement les mycobactéries et qui, du fait de leur diversité, représentent un pool génétique important. La caractérisation de la fonction de ces gènes devrait fournir des informations utiles sur les interactions hôte-phage. Nous décrivons ici une approche de dépistage à haut débit basée sur le SGN pour l'identification des protéines codées par les mycobactériophages qui sont toxiques pour les mycobactéries. Une bibliothèque dérivée des plasmides représentant le génome du mycobactériophage TM4 a été construite et transformée en Mycobacterium smegmatis . Les tests de SGN et de croissance ont montré que l'expression de TM4 était toxique pour M. smegmatis. Bien que les gènes associés à la toxicité bactérienne aient été exprimés lors de l'infection par le phage, ils n'étaient pas nécessaires à la réplication lytique du mycobactériophage TM4. En conclusion, nous décrivons ici une approche basée sur le NGS qui a nécessité beaucoup moins de temps et de ressources que les méthodes traditionnelles et a permis l'identification de nouveaux produits géniques de mycobactériophages qui sont toxiques pour les mycobactéries.

Importance
La large propagation de Mycobacterium tuberculosis résistant aux antibiotiques a entraîné un besoin urgent de développement de nouveaux médicaments.

Les mycobactériophages sont des tueurs naturels de M. tuberculosis, et leurs produits géniques toxiques pourraient fournir des candidats anti-Mycobacterium vis-à-vis de la tuberculose.

Cependant, l'énorme diversité génétique des mycobactériophages pose des défis pour l'identification de ces gènes. Ici, nous avons utilisé une méthode de dépistage simple et pratique, basée sur le SGN, pour identifier les gènes de mycobactériophages codant pour les produits toxiques pour les mycobactéries. Grâce à cette approche, nous avons ciblé et validé plusieurs produits toxiques codés par le mycobactériophage TM4. De plus, nous avons également découvert que les gènes codant pour ces produits toxiques ne sont pas essentiels à la réplication lytique de TM4. Notre travail décrit une méthode prometteuse pour l'identification de gènes de phage qui codent pour des protéines toxiques pour les mycobactéries et qui pourrait faciliter l'identification de nouvelles molécules antimicrobiennes.

Les microbes et le béton ...

Il n'y a pas beaucoup de microbes dans le béton, mais il y en a. Des chercheurs ont utilisé le séquençage de l'ADN pour identifier les bactéries, notamment Staphylococcus, Streptococcus et autres, dans un pont en béton corrodé en Pennsylvanie., dans une étude intitulée Identification of Bacterial Taxa Present in a Concrete Pennsylvania Bridge.

Le béton contient une faible biomasse microbienne, mais certaines bactéries peuvent se développer dans cet environnement hautement alcalin. Nous avons utilisé l'extraction d'ADN à base de silice et l'analyse de la séquence d'ARNr 16S pour identifier des bactéries dans un échantillon de pont en béton corrodé de Bethlehem, en Pennsylvanie.
StaphylococcusStreptococcusCorynebacteriumLeifsoniaVicinamibacterales et Actinophytocola étaient les genres les plus abondants.

Les genres les plus abondants dans l'échantillon intérieur étaient Staphylococcus, Streptococcus et Corynebacterium, dont il a été démontré précédemment qu'ils étaient les principaux constituants de la communauté bactérienne dans la poudre de ciment. Les genres les plus abondants dans l'échantillon de surface étaient Leifsonia, Vicinamibacterales et Actinophytocola, qui n'étaient pas auparavant associées à des communautés bactériennes dans le béton.

Six cas d’infection à STEC liés à du lait cru fermenté en France (5) et en Belgique (1)

Le blog vous en avait parlé le 8 mai 2023 ici, mais voici du nouveau avec «Six cas d’infection à E. coli liés à du lait cru fermenté», source article de Joe Whitworth paru le 18 mai 2023 dans Food Safety News.

Cinq personnes ont été malades en France, deux gravement, et une en Belgique après avoir bu une marque de lait cru fermenté.

En France, quatre enfants et un adulte ont été infectés par des E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) O26:H11. Ils sont tombés malades entre fin mars et début avril de cette année.

Santé publique France enquête sur deux cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) dans les régions Hauts-de-France et Île-de-France. Cette dernière s'inscrivait dans le cadre d'une éclosion familiale. L'aliment suspect était du lait cru fermenté. Le SHU est une complication grave associée aux infections à E. coli qui provoque une insuffisance rénale.

«Le séquençage des souches isolées au sein de ces foyers a confirmé le même profil génomique. Les enquêtes alimentaires ont permis d'identifier, pour le cas des Hauts-de-France, le lieu d'achat et de prélever du lait en vente au moment des contrôles. C'était du lait cru fermenté fabriqué en Belgique», ont déclaré des responsables de l'agence à Food Safety News.

Des prélèvements de ce lait réalisés dans les Hauts-de-France ont été analysés par le Laboratoire National de Référence (LNR). Le LNR réalise un séquençage pour voir s'il existe un lien basé sur les résultats et la comparaison avec des souches humaines, avec l'aide du Centre National de Référence (CNR).

Le 11 mai 2023, du lait cru fermenté de la marque Ferme Dumortier a été rappelé en France. La ferme est basée à Rekkem, Belgique. L'annonce porte sur tous les lots commercialisés à partir de la mi-mars, (lait, lait cru, lait battu, lait cru fermenté). La boisson est présentée dans une bouteille de 2 litres avec un bouchon rouge ou vert. Il a été distribué dans certains magasins L'Oasis à Lille.

Vue de la Belgique
L'Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire (AFSCA) a dit à Food Safety News qu'il y a un adulte malade en Belgique.

«Il y a correspondance entre la souche du malade identifiée en Belgique et celle analysée par la France. Le lien entre le produit consommé et la maladie peut donc être établi», a dit une porte-parole de l'agence.

En Belgique, une enquête de traçabilité menée par l'agence est en cours. La production de l'entreprise a été temporairement arrêtée pour permettre aux responsables de faire ce travail. STEC n'a pas été détecté dans 10 échantillons et écouvillons prélevés par l'AFSCA et analysés par Sciensano, l'institut national de santé publique de Belgique.

Dans une recommandation générale, les autorités sanitaires françaises ont indiqué que, par mesure de précaution, le lait cru et les fromages au lait cru ne doivent pas être consommés par les jeunes enfants, en particulier ceux de moins de 5 ans. Cette recommandation doit également être suivie par les femmes enceintes, les personnes immunodéprimées et les personnes âgées.

NB : Image du lait de la Ferme Dumortier rappelé.

Commentaire
Une notification au RASFF de l’UE par la France, le 5 mai 2023 et un rappel le 11 mai 2023, il y a quelque chose qui ne va pas (?). Vivement, la nouvelle police unique sanitaire ...

De l'analyse de la séquence du gène coa de Staphylococcus aureus et de sa maîtrise dans les troupeaux de vaches laitières

L'analyse de la séquence du gène responsable de la coagulase, coa, de Staphylococcus aureus peut prévenir les erreurs d'identification des souches à coagulase négative et contribuer à leur contrôle dans les troupeaux de vaches laitières. Cela se passe dans Frontiers in Microbiology, «Staphylococcus aureus coa gene sequence analysis can prevent misidentification of coagulase-negative strains and contribute to their control in dairy cow herds». L’article est disponible en intégralité.

Résumé
La différenciation exacte et précise des staphylocoques isolés du lait est importante pour la gestion de la santé du pis. En particulier, l'identification rapide et spécifique de Staphylococcus aureus joue un rôle essentiel dans les programmes de prévention et de traitement de la mammite bovine. La gélatinisation du plasma dans les dosages de coagulase est couramment utilisée pour discriminer la présence de S. aureus des autres espèces en détectant la présence de staphylocoagulase libre extracellulaire. Cependant, des souches rares de S. aureus déficientes en coagulase peuvent être responsables de cas de mammite clinique et subclinique. En investiguant sur les isolats de S. aureus d'un seul troupeau sur une période de 10 ans, nous avons identifié la persistance d'une souche de S. aureus phénotypiquement coagulase négative et identifié la cause possible d'une suppression d'une seule paire de bases dans la séquence du gène coa. Nos résultats confirment la nécessité d'intégrer des tests biochimiques primaires avec des approches d'analyse moléculaire et séquentielle pour identifier et discriminer correctement les S. aureus atypiques dans les troupeaux de bovins, car le test de coagulase seul peut ne pas détecter les souches persistantes responsables de la mammite.