L'OMS déclare une urgence de santé publique de portée internationale à propos du 2019-nCoV à la suite de la propagation du virus

« L'OMS déclare une urgence de santé publique à propos du 2019-nCoV à la suite de la propagation du virus », source article de Lise Schnirring dans CIDRAP News du 30 janvier 2020.

Tedros Adhanom Ghebreyesus,
directeur général de l'OMS

Le directeur général de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré le 30 janvier une urgence de santé publique de portée internationale (USPPI) pour la nouvelle flambée de coronavirus en Chine (2019-nCoV), sur la base de la recommandation presque unanime de son comité d'urgence.

Dans d'autres événements internationaux, la recrudescence des cas en Chine se poursuit, l'Inde et les Philippines ont signalé leurs premiers cas, et une poignée de pays touchés ont signalé plus de cas, la plupart liés à des voyages, mais quelques-uns impliquant une transmission locale.

Inquiétudes quant à l'impact sur les pays les plus faibles

Lors d'une téléconférence avec les médias le 30 janvier, Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l'OMS, a souligné avec force que la recommandation ne signale aucun manque de confiance dans la capacité de la Chine à lutter contre son épidémie en expansion rapide, qui en un mois a déjà dépassé le total lors de l'éclosion de SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) de 2002-2003.

Au contraire, la principale préoccupation de l'OMS concerne les pays dont les systèmes de santé sont faibles et qui auraient du mal à lutter contre le virus sans un soutien mondial supplémentaire pouvant être associé à une déclaration d'USPPI en vertu du Règlement sanitaire international.

La vitesse et la force de la Chine dans l'identification et la réponse à l'épidémie ont jusqu'à présent limité la propagation mondiale à 98 cas, dont aucun mortel, dans 18 pays, a déclaré Tedros. « À bien des égards, la Chine établit une nouvelle norme pour la riposte aux flambées. »

Cependant, il a déclaré que le monde doit agir ensemble pour limiter la propagation du 2019-nCoV, et plus importantes que la déclaration sont les mesures temporaires recommandées par le comité d'urgence dans sept domaines clés, y compris éviter les restrictions sur le commerce et les voyages - qui peuvent être inefficaces et peuvent détourner les ressources de riposte aux flambées - et soutenir les pays moins préparés. Les autres domaines se concentrent sur les contre-mesures contre les maladies, la lutte contre les rumeurs et la désinformation, l'examen des plans de préparation, le partage des données et la collaboration. 

« C'est le moment des faits, pas de la peur; de la science, pas des rumeurs; et de la solidarité, pas de la stigmatisation », a déclaré Tedros.

Didier Houssin, MD, qui préside le comité d'experts, a déclaré que la recommandation du groupe de déclarer une USPPI était influencée par une augmentation rapide des cas en Chine, un nombre croissant de pays touchés et des signes que certains pays prennent des mesures douteuses pour restreindre les voyages. Il a déclaré que des exemples de restrictions de voyage comprennent le refus de visa, la fermeture de la frontière et la mise en quarantaine de voyageurs en bon état.

Certaines compagnies aériennes ont suspendu leurs vols vers la Chine et certaines ont limité leurs vols en raison d'une baisse de la demande. La Russie, par exemple, a fermé sa frontière terrestre avec la Chine et interdit aux groupes de touristes chinois d'entrer dans le pays, a rapporté aujourd'hui le Financial Times.

Le total de la Chine dépasse les 8 000 cas

Au moment d'écrire ces lignes, selon le SCMP, on en est à 9816 cas et 216 décès.

Du jour au lendemain, la Chine a signalé 1737 cas supplémentaires, ainsi que 38 décès supplémentaires, portant le total de ses éclosions à 7711 cas, dont 170 mortels, selon la dernière mise à jour du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC Chine). Le nombre de maladies graves a atteint 1 370.

Un site de suivi médical qui met à jour les totaux des cas au fur et à mesure qu'ils sont publiés par les villes des provinces a reflété un total de 8 163 cas et 171 décès cet après-midi. Près de 5 000 sont originaires de la province du Hubei, qui abrite Wuhan, l'épicentre de l'épidémie.

Le Tibet est la dernière région de la Chine à signaler son premier cas, selon un communiqué publié hier par la région autonome du Tibet. Il n'a pas donné de détails sur le patient ou son exposition. Jusqu'à présent, 31 des 33 provinces ou régions administratives de la Chine ont signalé des cas.

L'Inde et les Philippines signalent leurs premiers cas

Le 30 janvier, le ministère indien de la santé a déclaré que le patient était un étudiant qui a fréquenté l'Université de Wuhan et a été testé positif après son retour dans l'État du Kerala, a rapporté le 30 janvier Kyodo News. La femme est traitée isolément dans un hôpital, où elle est répertoriée dans un état stable.

Le premier cas aux Philippines est une femme de 38 ans en provenance de Chine, a annoncé le 30 janvier sur Twitter le bureau régional de l'OMS pour le Pacifique occidental (WHO WPRO). Un communiqué de presse joint du ministère de la santé du pays a indiqué que la femme est arrivée de Wuhan via Hong Kong le 21 janvier. Elle a cherché des soins médicaux le 25 janvier après avoir connu une toux légère.

L'OMS a déclaré que les tests avaient été effectués dans le laboratoire de référence de l'OMS en Australie.

Plus de cas ailleurs

Au moins cinq autres pays ont signalé davantage de cas exportés, mais l'une des deux nouvelles infections annoncées en Corée du Sud impliquait une propagation locale et le dernier cas des États-Unis impliquait une propagation locale.

Les derniers patients de la Corée du Sud incluent un homme coréen de 32 ans qui est tombé malade après son retour de Wuhan et un homme de 56 ans qui est un contact du troisième patient-cas importé du pays 2019-nCoV, signalant le premier secondaire du pays infection, selon des sources du ministère de la Santé citées dans un rapport d'une publication médicale traduite et publiée par FluTrackers, un site d'informations sur les maladies infectieuses.

Les États-Unis annoncent le 30 janvier un sixième cas, chez le mari et le contact étroit d'une femme identifiée comme un cas importé antérieur. (Voir l'article du CIDRAP News, « Première propagation du 2019-nCoV interhumain signalée aux États-Unis »)

Les autres pays signalant plus de cas incluent:

• Le Vietnam a confirmé trois autres cas impliquant des voyageurs en provenance de Wuhan, selon le Star, un journal de langue anglaise basé en Malaisie, qui a cité le ministère de la santé du pays.
• Le Japon a annoncé trois cas parmi les 206 citoyens évacués de Wuhan. Un patient est un homme dans la cinquantaine qui présentait des symptômes et les autres - un homme dans la quarantaine et une femme dans la cinquantaine - sont asymptomatiques.
• L'Australie a signalé un autre cas dans le Queensland, impliquant une femme chinoise de 42 ans de Wuhan qui fait partie du même groupe de touristes dont le premier cas de l'État a été signalé, selon un communiqué du gouvernement du Queensland.
• Hong Kong a deux nouveaux patients, l'un d'une femme de 37 ans d'un couple de Wuhan annoncé hier comme cas confirmés, et l'autre d'un homme de 75 ans qui a récemment passé du temps dans la province du Guangdong, selon un communiqué du Centre de protection de la santé de Hong Kong (CHP).

Des données suggèrent que le 2019-nCoV est plus infectieux que le virus de la grippe de 1918, mais qu'est-ce que cela signifie?

« Des données suggèrent que le 2019-nCoV est plus infectieux que le virus de la grippe de 1918, mais qu'est-ce que cela signifie? », source article de Stéphanie Soucheray dans CIDRAP News du 30 janvier 2020.

L'étude publiée hier dans le New England Journal of Medicine propose une autre estimation de la valeur du taux de reproduction de base et est dénotée R₀ - une mesure de l'infectiosité du nouveau coronavirus (2019-nCoV) qui a rendu malade plus de 8 000 personnes et suggère que le virus est plus infectieux que le virus de la grippe pandémique de 1918.

Au moment d'écrire ces lignes, selon SCMP, l'estimation est de 9816 cas et 216 décès.

L'étude était basée sur les 425 premiers cas de 2019-nCoV à Wuhan, en Chine, en décembre et ce mois-ci. Il a également déterminé une période d'incubation moyenne (temps entre l'exposition et les premiers symptômes) de 5,2 jours.

En outre, une étude plus petite publiée dans The Lancet a révélé un taux de létalité (ou pourcentage de décès parmi les personnes infectées) de 11% chez les 99 premiers patients d'un hôpital de Wuhan, épicentre de l'épidémie.

Chaque patient pourrait infecter plus de 2 personnes

Sur la base de calculs, les auteurs de l'étude plus large estiment que le nouveau coronavirus a un R₀ de 2,2, ce qui signifie que chaque patient pourrait infecter plus de 2 autres personnes. S'il est exact, cela rend le 2019-nCoV plus infectieux que le virus de la grippe pandémique de 1918, qui avait un R₀ de 1,80 (écart interquartile: 1,47 à 2,27).

Il s'agit de la plus grande étude épidémiologique à ce jour à suggérer des preuves claires de la transmission interhumaine à Wuhan au cours des deux premiers mois de l'épidémie, car les cas ont augmenté après la fermeture du marché des produits de la mer et des animaux vivants à Wuhan qui était lié à de nombreux cas précoces. Il s'agit également de la première estimation évaluée par des pairs d'un R₀, un nombre glissant auquel les scientifiques se sont attaqués au cours des dernières semaines alors qu'ils tentent de prédire la portée mondiale potentielle du 2019-nCoV.

« Bien que la majorité des premiers cas soient liés au marché de gros des produits de la mer de Huanan et que les patients auraient pu être infectés par des expositions zoonotiques ou environnementales, il est désormais clair que la transmission interhumaine s'est produite et que l'épidémie s'est progressivement en croissance ces dernières semaines », ont écrit les auteurs.

Pour établir le schéma épidémiologique du virus, les auteurs ont regroupé les patients en trois « vagues »: les malades avant le 1er janvier (47 cas), les malades du 1er janvier au 11 janvier (248 cas) et les symptômes du 12 janvier et après (130 cas). Des personnels de la santé ont été infectés uniquement dans les vagues 2 et 3 (10 cas au total) et, à la vague 3, 73% des cas-patients n'étaient exposés ni au marché des produits de la mer, ni aux personnes présentant des symptômes respiratoires.

Aucun cas chez les enfants de moins de 15 ans

L'âge médian des 425 patients était de 59 ans et 56% étaient des hommes. Aucun cas d'enfants de moins de 15 ans n'a été observé dans la population de patients.

Parmi les cas ayant présenté des symptômes avant le 1er janvier 2020, 55% étaient directement exposés au marché de gros des produits de la mer de Huanan, contre 8,6% des cas présentant des symptômes après le 1er janvier. Le marché a été fermé le 1er janvier.

La durée moyenne entre le début de la maladie et la première visite médicale pour la première vague de patients a été estimée à 5,8 jours (intervalle de confiance à 95% [IC], 4,3 à 7,5), ce qui était similaire à celle des 207 patients atteints de la maladie à partir du 1er janvier. au 11 janvier, avec une moyenne de 4,6 jours (IC à 95%, 4,1 à 5,1).

La durée moyenne entre l'apparition des symptômes et l'admission à l'hôpital était estimée à 12,5 jours (IC à 95%, 10,3 à 14,8) chez 44 patients atteints d'une maladie avant le 1er janvier, ce qui était plus long que chez 189 patients atteints d'une maladie entre le 1er et le 11 janvier. (moyenne, 9,1 jours; IC à 95%, 8,6 à 9,7).

En utilisant les informations épidémiologiques de 10 cas, les auteurs de l'étude calculent la période d'incubation moyenne à 5,2 jours (intervalle de confiance à 95% [IC], 4,1 à 7,0), avec le 95e centile de la distribution à 12,5 jours. À ses débuts, l'épidémie a doublé tous les 7,4 jours.

Les auteurs ont déclaré que la période d'incubation de 5,2 jours justifie probablement une période d'observation médicale de 14 jours pour les personnes exposées.

Les auteurs de l'étude ont noté que leurs patients ne comprenaient que des personnes présentant des symptômes graves; en tant que tel, de nombreux cas bénins de virus ont été probablement manqués.

Des experts applaudissent l'étude mais appellent à la prudence

Marc Lipsitch, professeur d'épidémiologie et directeur du Center for Communicable Disease Dynamics (CCDD) à l'Université de Harvard, a averti qu'un R₀ plus élevé que la pandémie de grippe de 1918 ne signifie pas nécessairement que le 2019-nCoV entraînera finalement des cas de maladie ou des décès plus graves.

« Si la transmission présymptomatique n'est pas trop courante, les mesures de contrôle peuvent être plus efficaces que pour la grippe, même pour un R₀ supérieur à la grippe (comme c'était le cas pour le SRAS) », a-t-il déclaré à CIDRAP News par e-mail.

Justin Lessler, professeur agrégé à la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, a déclaré que l'étude était probablement la meilleure analyse du 2019-nCoV publiée jusqu'à présent. Lessler, comme de nombreux autres scientifiques, a publié des données sur la période d'incubation du virus sur Twitter et a estimé l'infectiosité et d'autres aspects de l'épidémie. Comme Lipsitch, il a averti qu'un R₀ plus élevé que la pandémie de grippe de 1918 pourrait ne pas signifier grand-chose.

« R₀ n'est qu'une partie de l'histoire. Il était probablement plus élevé que cela pour le SRAS, mais la maladie a finalement été maîtrisée en raison du fait que peu de personnes ont transmis la maladie, même si ce peu de personnes a transmis à un grand nombre, un phénomène qui facilite la disparition de la maladie », a-t-il dit.

« Nous ne savons pas encore si cela est vrai pour le 2019-nCoV, et cela fera une grande différence dans l'impact final de cette épidémie. »

Lessler a également déclaré que le document a calculé un R₀ dans des conditions non contrôlées au début de l'épidémie, de sorte que ses résultats pourraient ne pas s'appliquer à tous les endroits ou périodes de l'épidémie.

L'étude chez 99 patients révèle un taux de mortalité de 11%

Le journal The Lancet a rendu compte du taux de létalité chez des patients d'un hôpital de Wuhan. Bien que l'échantillon soit petit - 99 patients - il s'agit de l'un des premiers calculs de taux de létalité basé sur un groupe de cas systématiquement collectés (tous hospitalisés dans un hôpital).

Onze des 99 patients admis à l'hôpital de Wuhan Jinyintan du 1er au 20 janvier sont décédés, ce qui a entraîné un taux de létalité de 11%. La moitié des patients (49) avaient des antécédents d'exposition au marché des produits de la mer du Hunan, et parmi ceux-ci, 47 avaient des antécédents d'exposition à long terme (y compris des vendeurs et des gestionnaires de marché).

Sur les 99 patients, 67 (68%) étaient des hommes et seulement 10% avaient moins de 40 ans.

Les 99 patients avaient un 2019-nCoV confirmé en laboratoire et 74 des 99 patients présentaient une pneumonie bilatérale à l'imagerie, tandis que 14 présentaient de multiples marbrures et une opacité en verre dépoli dans leurs poumons.

« 17 (17%) des patients ont développé un syndrome de détresse respiratoire aiguë et, parmi eux, 11 (11%) patients ont empiré en peu de temps et sont décédés d'une défaillance d'organes multiples », ont déclaré les auteurs.

« En général, les caractéristiques des patients décédés étaient conformes au modèle d'alerte précoce pour prédire la mortalité dans la pneumonie virale », ont conclu les auteurs. Ces facteurs comprennent des antécédents de tabagisme, de co-infection bactérienne, d'hypertension artérielle et d'un âge avancé, entre autres.

Plus proche des coronavirus de chauve-souris

Toujours dans The Lancet, des chercheurs du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies ont publié des résultats du séquençage d'échantillons de liquide du lavage broncho-alvéolaire et d'isolats cultivés chez neuf patients hospitalisés à Wuhan, dont huit avaient visité le marché des produits de la mer de Huanan dans la ville. L'étude génomique a montré que les échantillons du génome étaient identiques à 99,98% chez les patients.

« Notamment, le 2019-nCoV était étroitement lié (avec une identité de 88%) à deux coronavirus semblables au syndrome respiratoire aigu (SRAS) dérivé des chauves-souris, bat-SL-CoVZC45 et bat-SL-CoVZXC21, collectés en 2018 à Zhoushan, dans l'est de la Chine, mais étaient plus éloignés du SARS-CoV (environ 79%) et du MERS-CoV (environ 50%) », ont déclaré les auteurs.

Tous les sous-types de STEC peuvent provoquer une maladie grave, selon l'EFSA

« Tous les sous-types de STEC peuvent provoquer une maladie grave, selon l'EFSA », source article de Joe Whitworth paru le 31 janvier 2020 dans Food Safety News.

Selon un avis scientifique de l'EFSA, toutes les souches de E. coli producteurs de shigatoxines sont pathogènes et potentiellement associées à une maladie grave.

Bien que le sérotype soit important dans le suivi épidémiologique, y compris l'incidence, l'émergence de nouveaux clones et la détection et l'investigation des épidémies, il n'est pas possible d'exclure la pathogénicité ou la possibilité d'une maladie grave sur la base de ces informations, selon l'agence européenne.

L'avis a révélé que tous les sous-types de STEC peuvent être associés à des maladies graves telles que le syndrome hémolytique et urémique (SHU), la diarrhée sanglante et l'hospitalisation. Bien que stx2a ait enregistré les taux les plus élevés, tous les autres sous-types de shigatoxines (stx), pour lesquels les données étaient suffisantes, étaient associés à au moins un de ces résultats de maladie grave. Il existe quatre sous-types stx1 et 12 stx2.

La présence d'intimine (gène eae) était un facteur aggravant, mais ce marqueur de virulence n'était pas toujours indispensable en cas de maladie grave. La combinaison minimale de gènes requise pour provoquer une maladie grave est inconnue.

Sérogroupes et sources d'épidémies

Un avis de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) sur la pathogénicité des STEC en 2013 préconisait une approche moléculaire dans laquelle la présence de eae ou aaic et aggR était associée à un risque « élevé » pour les sérogroupes O157, O26, O103, O145, O111 et O104 ou un risque inconnu de maladie grave.

De 2012 à 2017, 330 éclosions à STEC ont été rapportées dans 18 pays d'Europe, impliquant 2 841 cas, 463 hospitalisations et cinq décès. Le véhicule alimentaire a été identifié dans 164 foyers.

L'analyse de l'attribution de la source, basée sur des données épidémiologiques de « preuves solides » au cours de cette période, suggère que « la viande bovine et ses produits, le lait et les produits laitiers, l'eau du robinet, y compris l'eau de puits et les légumes, les fruits et leurs produits sont les principales sources d'infections aux STEC mais un classement n'a pas pu être fait en raison de données insuffisantes. D'autres aliments sont également potentiellement associés aux infections à STEC, mais se classent plus bas. »

Dans au moins six des 14 foyers liés au lait et aux produits laitiers, la source réelle était le lait cru. La plupart des éclosions liées à l’eau du robinet, y compris d’eau de puits, se sont produites dans un pays.

Dans l'UE, les cinq principaux sérogroupes d'infections humaines aux STEC de 2012 à 2017 étaient O157, O26, O103, O91 et O145. Les sérogroupes les plus fréquemment associés aux infections sévères (SHU, hospitalisation ou BD) étaient O157 et O26. Les sérogroupes O111, O80 et O145 étaient parmi les cinq les plus fréquemment rapportés dans les cas de SHU, O145, O103 et O111 dans les cas hospitalisés et O103, O145 et O91 dans les cas de diarrhée sanglante. Au total, 49, 88 et 95 différents sérogroupes O ont été signalés respectivement dans les cas de SHU, d'hospitalisation et de diarrhée sanglante.

Aux États-Unis, les sérogroupes de STEC associés à la maladie humaine sont O157, O26, O45, O103, O111, O121 et O145, selon le CDC.

Surveillance, détection et notification

L'ISO/TS 13136:2012 est en cours de révision. La norme révisée sera divisée en deux parties, l'une sur la détection et l'isolement des STEC des denrées alimentaires et des aliments pour animaux, tandis que la deuxième partie contiendra des spécifications pour la caractérisation des souches isolées de STEC.

La plupart des méthodes d'enrichissement actuelles ont été développées pour STEC O157 et peuvent inhiber d'autres STEC.

Les méthodes moléculaires pour le ciblage, la détection, la confirmation et/ou la caractérisation des STEC comprennent la réaction en chaîne par polymérase (PCR), la PCR en temps réel, d'autres méthodes génétiques basées sur la PCR et le séquençage métagénomique, mais toutes ont des limites, notamment un manque de sensibilité et de sélectivité et de fiabilité qui pourraient être surmontées en utilisant le séquençage du génome entier.

Les systèmes de surveillance des infections à STEC ont une couverture nationale dans tous les pays sauf la France, Italie et Espagne. L'avis stipule que la surveillance des STEC devrait garantir que tous les États membres collectent des données sur toutes les infections aux STEC et pas seulement sur les cas de SHU.

Les experts ont déclaré qu'une refonte majeure des tests et des rapports actuels sur les STEC pour les isolats d'animaux, de denrées alimentaires, d'aliments pour animaux et humains est nécessaire dans l'UE.

« Un critère microbiologique a été défini pour les germes uniquement, tandis que la déclaration de la présence de STEC dans les denrées alimentaires restantes ainsi que dans les échantillons d'animaux n'est décrite de manière générique que dans la directive 2003/99/CE, une situation qui devrait changer pour faciliter une meilleure compréhension des sources, de la pathogénicité et de l'émergence de nouvelles souches. »

« Le cadre des analyses de STEC au sein de l'UE devrait être harmonisé, y compris les stratégies d'échantillonnage, les méthodes d'échantillonnage et les rapports. Cela nécessitera que tous les États membres utilisent les mêmes systèmes de définition de cas et d'enquête sur les éclosions. En outre, il devrait être obligatoire de déclarer toutes les données (animaux, aliments pour animaux, denrées alimentaires et cas humains) à l'EFSA/ECDC et cela devrait être appliqué par tous les États membres. »

La limite réglementaire pour les graines germées est STEC O157, O26, O111, O103, O145 et O104:H4 qui doit être « absent dans 25 grammes » pour les graines germées mis sur le marché pendant leur durée de conservation.

NB : La photo est issue du Helmholtz Centre for Infection Research. © HZI/Manfred Rohde.

Le programme national de contrôle de Salmonella chez les volailles en Grèce vu par un audit de l'UE

Voici le résumé du rapport final d'un audit réalisé en Grèce du 10 au 19 septembre 2019 afin d'évaluer le programme national de contrôle de Salmonella dans des populations de volailles.

Ce rapport décrit les résultats d'un audit effectué en Grèce du 10 au 19 septembre 2019 dans le cadre du programme d'audit publié par la direction générale de la santé et de la sécurité alimentaire.

L'audit avait pour objectif d'évaluer les mesures prises par l'autorité compétente grecque en

afin de contrôler Salmonella, en particulier la mise en œuvre du programme national de lutte contre Salmonella dans différentes populations de volailles (reproducteurs, poules pondeuses, poulets de chair et dindes).

En principe, la Grèce a obtenu de bons résultats avec la mise en œuvre du programme national de contrôle de Salmonella avec seulement des troupeaux reproducteurs dépassant l'objectif de prévalence de l'UE et l'un des taux de notification les plus faibles de cas humains à Salmonella parmi les États membres de l'UE.

Le programme national de contrôle de Salmonella en Grèce est conforme aux exigences de l'UE. Sa mise en œuvre est soutenue par un réseau de laboratoires privés et officiels désignés détenant les normes d'accréditation requises et exécutant leurs tâches avec succès et en temps opportun. Les protocoles d'échantillonnage officiels et des exploitants du secteur alimentaire semblent adéquats.

Il existe cependant plusieurs points faibles dans la mise en œuvre du programme qui pourraient remettre en cause la validité des résultats. Les exploitants du secteur alimentaire échantillonnent avec une fréquence inférieure à celle requise pour presque toutes les populations sans action efficace de l'autorité compétente. Ceci, combiné au taux de détection beaucoup plus faible de Salmonella dans l'échantillonnage des opérateurs par rapport à l'échantillonnage officiel, rend la contribution des opérateurs au programme national de contrôle de Salmonella pratiquement inefficace.

Il existe un certain nombre de restrictions et de lacunes dans le systèmes en place qui empêchent que le personnel supplémentaire recruté spécifiquement pour les tâches du programme national de lutte contre Salmonella soit pleinement utilisé.

Cela a un impact sur la performance des services officiels, qui étaient, par exemple, pas toujours en mesure de respecter la fréquence d'échantillonnage minimale pour toutes les populations de volailles.

Les services officiels ont rapidement imposé des mesures restrictives correctes aux exploitations/troupeaux infectés conformément aux exigences de l'UE et tous les produits concernés ont été, en principe, éliminés de manière appropriée ou soumis à un traitement thermique.

Les contrôles officiels n'ont pas détecté certaines non-conformités des exploitants du secteur alimentaire (telles que les fréquences d'échantillonnage et la documentation) et, dans certains cas, n'ont pas pris de mesures adéquates pour garantir la correction des carences détectées. Cela affaiblit la mise en œuvre correcte du programme national de contrôle de Salmonella et son efficacité.

L'autorité centrale ne vérifie pas la performance des niveaux régionaux et unitaires. Cette absence de vérification empêche l'autorité centrale d'avoir des assurances quant à la mise en œuvre homogène des procédures et qu'il y a une bonne utilisation des ressources pour mettre en œuvre et/ou revoir efficacement le programme national de contrôle de Salmonella selon les besoins.

Le rapport contient des recommandations aux autorités compétentes pour remédier aux lacunes identifiées.

NB : On lira aussi l'article de de Joe Wiltworth dans Food Safety News, DG Sante finds ‘weak points’ in Greek Salmonella control.

Troubles des voies respiratoires dus à un nouveau type de coronavirus (2019-nCoV): La transmission du virus par la consommation de produits alimentaires ou par contact avec des biens de consommation est peu probable, selon le BfR

« Troubles des voies respiratoires dus à un nouveau type de coronavirus (2019-nCoV): La transmission du virus par la consommation de produits alimentaires ou par contact avec des biens de consommation est peu probable », source communication BfR n°008/2020 du 29 janvier 2020.

Une épidémie de maladies des voies respiratoires qui peut être attribuée à une infection par un nouveau type de coronavirus (2019-nCoV) a été identifié en Asie. Selon l'état actuel des connaissances scientifiques, il est peu probable que le pathogène puisse être transmis à l'homme via les aliments. 

La transmission de coronavirus connus à l'homme se produit généralement par voie aérienne sous forme de gouttelettes infectieuses. Un contact étroit avec un animal porteur du virus ou une personne infectée est nécessaire pour cela arrive. Selon l'état actuel des connaissances scientifiques, il n'y a pas encore de preuve de la possibilité que les humains soient infectés par contact avec des produits, des biens de consommation ou via les aliments, même avec l'épidémie actuelle. 

Il convient de veiller soigneusement à respecter les règles d'hygiène lors de la manipulation et de la préparation de la viande crue et des produits à base de viande, compte tenu du fait que d'autres pathogènes peuvent également y être présents. 

Les lignes directrices d'hygiène générale suivantes s'appliquent :

• stocker et préparer séparément les produits de viande crue et les autres aliments, surtout si ces derniers n'ont pas encore été cuits,
• nettoyer l'équipement et les surfaces qui ont été en contact avec des produits de viande crue soigneusement avec de l'eau tiède et du détergent,
• jeter immédiatement les matériaux d'emballage, l'eau de décongélation et les analogues immédiatement,
• se laver soigneusement les mains à l’eau tiède et au savon, et,
• cuire soigneusement les repas préparés avec des produits de viande crue, ce qui signifie que la température à cœur de 70°C doit être atteinte pendant au moins 2 minutes.

Des experts de l'OMS vont de nouveau estimer l'état d'urgence lié au 2019-nCoV alors que davantage de pays sont touchés

« Des experts de l'OMS vont de nouveau estimer l'état d'urgence lié au 2019-nCoV alors que davantage de pays sont touchés », source article de Lise Schnirring paru dans  CIDRAPNews le 29 janvier 2020.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a annoncé aujourd'hui que son nouveau comité d'urgence sur les coronavirus (2019-nCoV) se réunira à nouveau demain pour évaluer si l'évolution de l'épidémie justifie une urgence de santé publique de portée internationale, la Chine ayant signalé plus de 1 400 nouveaux cas, et les Émirats Arabes Unis et la Finlande signalent leurs premiers cas.

Cette annonce intervient un jour après le retour des hauts responsables de l'OMS après une réunion avec le président et le ministre chinois de la santé.

Lors d'une conférence de presse aujourd'hui, Mike Ryan, a déclaré que l'OMS reprenait les pourparlers d'urgence en raison de l'augmentation continue des cas et des preuves de la propagation interhumaine en dehors de la Chine, qui totalisent maintenant six cas.

« C'est toujours une épidémie très active qui évolue d'heure en heure », a-t-il déclaré.

Le comité de l'OMS se réunira demain

Ryan, qui en tant que directeur exécutif des urgences sanitaires de l'OMS faisait partie de la délégation de l'OMS qui s'est rendue en Chine cette semaine, a déclaré qu'il était impressionné par l'engagement du gouvernement chinois à répondre à l'épidémie. « Je n'ai jamais vu une échelle d'engagement à ce niveau. »

Il a ajouté que l'objectif d'une mission conjointe d'experts dirigée par l'OMS qui devait se rendre en Chine, qui a été annoncée hier, est de parvenir à une meilleure compréhension commune de l'épidémie aux côtés de ses collègues chinois.

L'épidémie est à un tournant important, a déclaré Ryan, ajoutant qu'il pensait que les chaînes de transmission pouvaient toujours être interrompues.

Une urgence de santé publique de portée internationale, si le comité en recommande une et que le directeur général de l'OMS en déclare une, cela peut aider les pays à coordonner leurs mesures de santé publique pour minimiser la propagation du virus et également minimiser l'impact sur les voyages et le commerce. Le réexamen des événements par le comité intervient alors que certaines compagnies aériennes ont commencé à suspendre des vols à destination et en provenance de Chine, comme Lion Air Group, basée en Asie du Sud-Est, et British Airways, selon un article de l'Agence France Presse (AFP) aujourd'hui. Certaines compagnies aériennes, comme Cathay Pacific, ont réduit leurs vols en raison de la faible demande.

La réunion du comité d'urgence de demain sera la troisième depuis l'annonce de l'épidémie. Dans des décisions partagées la semaine dernière, le groupe s'est retenu en recommandant une urgence de santé publique de portée internationale pour recueillir plus d'informations. Lors de sa première réunion, le 22 janvier, les experts ont décidé d'attendre un jour avant de se réunir à nouveau le 23 janvier.

Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l'OMS, a déclaré qu'il souhaitait que le comité d'urgence ait une option pour faire une recommandation intermédiaire, à moins d'une urgence de santé publique de portée internationale complète. Il a déclaré que des discussions sont en cours sur une approche d'urgence de santé publique à plusieurs niveaux, un sujet soulevé lors de précédentes flambées mondiales.

Dans d'autres développements de l'OMS, le groupe a déclaré avoir lancé une collaboration privée-publique appelée « Le réseau de la chaîne d'approvisionnement pandémique ou « The Pandemic Supply Chain Network », un effort pour recueillir des informations sur la capacité du marché et l'évaluation des risques pour les équipements de protection individuelle afin de faire correspondre la demande avec l'offre. Il espère terminer l'évaluation d'ici le 5 février. L'OMS a détaillé les nouveaux efforts aujourd'hui dans son rapport de situation quotidien.

Hier, l'OMS a lancé une plate-forme de base de données cliniques pour permettre aux pays de fournir des données cliniques de manière standardisée, ce qui aidera à recueillir des informations sur les patients pour guider le traitement médical et les mesures de santé publique.

Les cas chinois dépassent les 6000

Tôt aujourd'hui, le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC) ont signalé 1 459 nouveaux cas dans 31 de ses 33 provinces et régions administratives, portant le total à 5 974. Il a également signalé 26 décès supplémentaires, portant le nombre de décès à 132. Une mise à jour de la situation de l'OMS a déclaré aujourd'hui que 1 239 maladies sont graves.

Au moment d'écrire ces lignes, d'après le SCMP, l'estimation est de 7 915 cas et 170 décès.

Un site médical chinois qui a signalé de nouveaux rapports dans les provinces et les villes chinoises a évalué le total cet après-midi à 6 095 cas, dont 133 mortels. La province du Hubei, où se trouve Wuhan, où l'épidémie a été signalée pour la première fois, compte pour environ la moitié des cas, quatre provinces déclarant maintenant plus de 200 cas: Zhejiang, Guangdong, Hunan et Henan.

Hormis les régions touchées de la province du Hubei, les villes signalant le plus grand nombre de cas sont Chongqing, Pékin et Shanghai.

Les Emirats Arabes Unis et la Finlande annoncent les premiers cas

Le bureau OMS de la Méditerranée orientale (OMS EMRO) a déclaré aujourd'hui que les Émirats arabes unis avaient signalé quatre patients, qui sont membres de la même famille, arrivés de Wuhan en Chine au début du mois et hospitalisés les 25 et 27 janvier après avoir été testés positifs pour le 2019.-nCoV. Deux sont asymptomatiques.

L'OMS EMRO a déclaré que davantage de cas seront probablement détectés dans d'autres pays, y compris dans la région du Moyen-Orient.

Ailleurs, le ministère finlandais de la santé a annoncé son premier cas, impliquant également un voyageur de Wuhan, ce qui en fait le troisième pays d'Europe, outre la France et l'Allemagne, à signaler les cas. Un communiqué du ministère de la santé a annoncé aujourd'hui que l'homme était isolé à l'hôpital central de Laponie. Une quinzaine de contacts sont sous surveillance.

Plus de cas liés aux voyages ailleurs

Une poignée de pays en dehors du continent chinois qui ont signalé des cas antérieurs ont annoncé plus de voyages liés aux cas, notamment en Australie, France, Hong Kong et Malaisie, selon des rapports officiels et des médias. En outre, le Japon a signalé un autre cas local chez une personne qui avait été en contact avec un groupe de touristes de Wuhan.

En Australie, l'un des nouveaux cas est du Queensland implique un citoyen chinois de 44 ans de Wuhan, et l'autre concerne un homme dans la soixantaine de Victoria dont les symptômes ont commencé le 23 janvier, portant le total des cas confirmés du pays à sept, selon SBS News. Selon un article de presse distinct, le deuxième patient s'est rendu à Wuhan et a commencé à présenter des symptômes 2 jours après son retour en Australie.

Dans un développement connexe, le Doherty Institute d'Australie a annoncé aujourd'hui que ses scientifiques sont les premiers à cultiver et à partager un isolat 2019-nCoV à partir d'un échantillon de patients. Dans un communiqué de presse, le laboratoire a déclaré que c'était la première fois que le virus se développait en culture cellulaire en dehors de la Chine.

Le fait d'avoir le virus lui-même permet aux chercheurs de valider et de vérifier les méthodes de test et de générer un test d'anticorps à utiliser dans les échantillons de sérologie, qui sont utilisés pour identifier l'exposition au virus chez les personnes qui ne sont pas malades afin d'avoir une image plus précise de la propagation et de la mortalité du virus. Le virus est également utile dans le développement de vaccins.

Les autorités françaises ont annoncé aujourd'hui le cinquième patient du pays, la fille d'un homme de 80 ans qui avait été hospitalisé pour son infection, a rapporté Reuters aujourd'hui, citant le ministre de la santé du pays.

Hong Kong a signalé aujourd'hui 2 autres cas, portant son total à 10. Les patients sont un couple de Wuhan, un homme de 72 ans et une femme de 73 ans qui se sont envolés pour Hong Kong le 22 janvier, selon un communiqué aujourd'hui du Centre de Hong Kong pour la protection de la santé (CHP). Leurs symptômes ont commencé le 25 janvier. Ils sont isolés à l'hôpital et sont dans un état stable.

La Malaisie a signalé aujourd'hui trois autres cas, tous chez des personnes en provenance de Chine, portant son total à sept. Les patients sont une fille de 4 ans et un homme de 52 ans qui avaient été observés plus tôt, selon The Star, un journal de langue anglaise basé en Malaisie, qui a cité des responsables de la santé malaisiens. Le troisième patient est la belle-fille de l'homme identifié comme le premier cas du pays.

Le Japon fait état d'une diffusion plus locale

Pendant ce temps, le Japon a signalé un deuxième cas local, une guide touristique de 40 ans qui avait été en contact avec le même bus transportant des voyageurs de Wuhan qui était liée au premier cas local du Japon, selon un communiqué du ministère de la Santé traduit et publié par Avian Flu Diary , un site de messages électroniques sur les maladies infectieuses. Le Japon compte désormais huit cas de 2019-nCoV.

Selon les dernières informations de l'OMS, 15 pays en dehors de la Chine ont signalé 68 cas confirmés.

Certains supermarchés britanniques autorisent toujours les antibiotiques de routine dans les élevages

« Certains supermarchés britanniques autorisent toujours des antibiotiques de routine dans les élevages », source CIDRAP news.

Un rapport publié par Alliance to Save Our Antibiotics (ou Alliance pour sauver nos antibiotiques) basée au Royaume-Uni a révélé qu'une poignée de chaînes de supermarchés britanniques autorisent toujours leurs fournisseurs à utiliser régulièrement des antibiotiques dans la production d'animaux destinés à l'alimentation.

L'évaluation de l'Alliance des politiques d'antibiotiques accessibles au public des 10 principaux supermarchés britanniques a révélé que 3 chaînes de supermarchés - Aldi, Asda et Iceland - n'ont aucune restriction chez leurs fournisseurs de viande, de produits laitiers et d'œufs qui utilisent des antibiotiques de façon routinière, autres que les exigences légales minimales.

« Il est tout à fait inacceptable qu'Aldi, Asda et lceland mettent en danger la santé de leurs clients en n'interdisant pas l'utilisation systématique d'antibiotiques », a déclaré Suzi Shingler, responsable de la campagne de l'Alliance, dans un communiqué de presse du 29 janvier 2020. « Nous savons que les bactéries résistantes aux antibiotiques peuvent passer chez les personnes à partir d'aliments produits avec des niveaux élevés d'antibiotiques et peuvent finir par provoquer des infections qui sont beaucoup plus difficiles à traiter. C'est pourquoi [l'Organisation mondiale de la santé] et [les Nations Unies] appellent à une action urgente. »

L'évaluation a également révélé que Iceland était le seul supermarché sans politique publique et sans stratégie de réduction des antibiotiques en place, et le seul à ne pas collecter de données sur l'utilisation des antibiotiques de ses fournisseurs. Six des supermarchés ont publié des données sur l'utilisation des antibiotiques, mais aucun ne publie de bonnes données sur l'utilisation des antibiotiques par système agricole, indique le rapport.

« Si les supermarchés sont vraiment déterminés à réduire l'utilisation d'antibiotiques dans les élevages, ils devraient publier des données sur les antibiotiques vues par le système agricole, car cela aiderait tous les agriculteurs à tirer des leçons pour de meilleures pratiques », a déclaré Cóilín Nunan, conseiller scientifique de l'Alliance.

Seuls deux supermarchés, Waitrose et M&S, interdisent à leurs fournisseurs d'utiliser la colistine, un antibiotique de dernier recours. Les supermarchés couverts par l'évaluation sont Aldi, Asda, Co-op, Iceland, Lidl, M&S, Morrisons, Sainsbury's, Tesco et Waitrose.

Chipotle, une chaîne alimentaire mexicaine populaire aux États-Unis, a été condamnée pour 13 000 non-conformités au travail des enfants

« Chipotle, une chaîne alimentaire mexicaine populaire aux États-Unis, a été condamnée pour 13 000 non-conformités au travail des enfants », source One News.

Je crois qu'en bon français, on appelle cela de l'exploitation des enfants ...

Chipotle a été frappé d'une amende de 1,3 millions de dollars pour plus de 13 000 non-conformités au travail des enfants dans ses restaurants du Massachusetts, a annoncé le 28 janvier 2020 le procureur général de l'État.

La procureur générale Maura Healey a ordonné la plus grande peine liée au travail des enfants jamais imposée par l'État contre la chaîne de restaurants mexicains après avoir constaté qu'environ 13 253 non-conformités du travail des enfants dans plus de 50 restaurants

« Chipotle est une grande chaîne de restaurants nationale qui emploie des milliers de jeunes à travers le pays et elle a le devoir de veiller à ce que les mineurs travaillent en toute sécurité dans ses restaurants », a déclaré Healey dans un communiqué.

« Nous espérons que ces citations envoient un message à d'autres chaînes de restauration rapide et restaurants qu'ils ne peuvent pas violer nos lois sur le travail des enfants et mettre les jeunes en danger. »

L'amende précisait que Chipotle avait des employés de moins de 18 ans travaillant après minuit et pendant plus de 48 heures par semaine.

Les adolescents ont déclaré aux enquêteurs que leurs heures de travail étaient si longues que cela les empêchait de suivre leurs travaux scolaires.

L'entreprise a également engagé régulièrement des mineurs sans permis de travail.

Le montant total du règlement est plus proche des 2 millions de dollars, y compris des pénalités pour congés maladie pour lesquels les managers accordaient aux employés des uniquement pour certaines maladies.

Les non-conformités comprennent également le défaut de tenir des registres précis et de payer les salaires en temps opportun. Enfin, l'entreprise a eu l'obligation de verser 500 000 dollars à un fonds public pour les jeunes qui se consacre à l'éducation, à l'application des lois et à la formation.

Merci à Doug Powell du barfblog de m'avoir signalé cet article.

Les acides biliaires ouvrent la porte à l'infection à norovirus

« Les acides biliaires ouvrent la porte à l'infection à norovirus », source communiqué du Baylor College of Medicine

Des chercheurs du Baylor College of Medicine rapportent que des personnes l'appellent le virus de la croisière, mais norovirus peut être retrouvé dans de nombreux autres endroits. Des personnes peuvent attraper ce virus très contagieux d'une personne infectée, d'aliments ou d'eau contaminés ou en touchant des surfaces contaminées. Le virus provoque une gastro-entérite aiguë - l'estomac et/ou les intestins sont enflammés, ce qui entraîne des douleurs à l'estomac, des nausées, de la diarrhée et des vomissements. Norovirus est la principale cause de maladie d'origine alimentaire.

En France selon cet article du BEH de janvier 2018,

Les norovirus apparaissent responsables du plus grand nombre de cas (517 593 cas, soit 34% du nombre total de cas d’origine alimentaire) ; ils sont au 3e rang en nombre d’hospitalisations (3 447 hospitalisations, 20% du nombre total d’hospitalisations pour infection d’origine alimentaire) et au 7e en nombre de décès (8 cas décédés, 3% du nombre total de cas décédés d’origine alimentaire).

Il est aussi indiqué,

Pour les norovirus, une transmission alimentaire est possible, notamment via les aliments qui peuvent être contaminés soit directement (coquillages), soit lors de leur manipulation sans précautions d’hygiène par une personne infectée.

Sur le sujet des coquillages, on lira cet article du 10 janvier 2020, TIAC liées à la consommation de coquillages, 1033 personnes malades : Norovirus inside !

Des équipes de chercheurs du monde entier travaillent depuis plus de quatre décennies pour trouver un moyen de développer ce virus en laboratoire. Le succès est venu en 2016 du laboratoire du Dr Mary K. Estes au Baylor College of Medicine, où elle et ses collègues ont cultivé, pour la première fois, des norovirus dans des cultures de laboratoire de cellules épithéliales intestinales humaines.

Ces travaux, publiés dans Science, représentent une avancée majeure dans l'étude des virus de la gastro-entérite humaine car ils permettent aux chercheurs d'explorer et de développer des procédures pour prévenir et traiter les infections et mieux comprendre la biologie des norovirus.

« Dans l'article de Science, nous avons montré que la bile, un liquide jaunâtre produit par le foie qui aide à digérer les graisses dans l'intestin grêle, était la clé pour cultiver avec succès certaines souches de norovirus en laboratoire », a déclaré Victoria R. Tenge, étudiante diplômée de virologie et microbiologie moléculaire au laboratoire d'Estes. « Le travail discuté ici (dont Tenge est co-premier auteur) montre les résultats de nos recherches continues pour identifier les composants de la bile qui sont impliqués dans la promotion de l'infection à norovirus. »

Les chercheurs ont travaillé avec des entéroïdes humains, un modèle de laboratoire de cellules intestinales humaines qui conserve les propriétés de l'intestin grêle et qui est physiologiquement actif.

« Les mini-intestins, comme nous les appelons, représentent étroitement le tissu de l'intestin grêle et, surtout, ils permettent la croissance de norovirus, permettant aux chercheurs d'étudier comment ce virus provoque la maladie », a déclaré le co-premier auteur, le Dr Umesh Karandikar, chercheur scientifique. dans le laboratoire d'Estes.

Norovirus. Avec l'aimable autorisation
du CDC/Jessica A. Allen.

Les chercheurs ont découvert que les acides biliaires et le céramide dans la bile étaient nécessaires pour une infection virale.

« Fait intéressant, nous avons également découvert que les acides biliaires stimulaient le processus d'endocytose dans les mini-intestins, ce qui n'était pas apprécié auparavant. L'endocytose est un processus cellulaire normal que les cellules utilisent pour acquérir des matières de leur environnement », a déclaré l'auteur correspondant, le Dr Mary K. Estes, professeur titulaire de la chaire de virologie humaine et moléculaire de la fondation Cullen au Baylor College of Medicine et directeur fondateur émérite du Centre médical des maladies digestives du Texas.

Leurs résultats ont conduit les chercheurs à proposer que les acides biliaires activent l'endocytose, ils créent une étape dont le norovirus profite en chevauchant avec lui pour entrer dans les cellules et ensuite se répliquer, provoquant la maladie.

« Cette stratégie fonctionne bien pour un virus d'origine alimentaire », a déclaré le co-premier auteur, le Dr Kosuke Murakami, qui travaillait au laboratoire Estes pendant la majeure partie de ce projet. Il est actuellement à l'Institut national des maladies infectieuses de Tokyo. « Lorsque les gens ingèrent des aliments, la réponse normale du corps est de sécréter de la bile dans l'intestin grêle. Les norovirus contaminant le transport alimentaire avec cette réponse corporelle naturelle vont envahir les cellules de l'intestin grêle, se répliquent et provoquent des maladies. »

L'étude actuelle est publiée dans les Proceedings of the National Academy of Sciences

Un quart des pathogènes bactériens peut propager la résistance aux antibiotiques directement à leurs pairs

« Un quart des pathogènes bactériens peut propager la résistance aux antibiotiques directement à leurs pairs », source communiqué de Duke Univesrity.

Les antibiotiques n'affectent pas la vitesse à laquelle les pathogènes partagent les gènes de résistance.

Les ingénieurs biomédicaux de l'Université Duke ont démontré qu'au moins 25 pour cent des bactéries pathogènes résistantes aux antibiotiques retrouvées en milieu clinique sont capables de propager leur résistance directement à d'autres bactéries. Dans le même temps, l'étude montre que, malgré des croyances communes, l'utilisation d'antibiotiques n'affecte pas de manière significative la vitesse à laquelle les gènes responsables de la résistance sont échangés entre les bactéries.

Les chercheurs ont utilisé une nouvelle méthode à haut débit pour mesurer la vitesse à laquelle les bactéries échangent les paquets d'ADN qui confèrent une résistance. La vitesse et la capacité d'automatiser une grande partie du processus pourraient permettre de nouvelles informations sur les variables affectant les taux de transfert. De tels efforts pourraient aider les médecins à ralentir, voire inverser, la propagation de la résistance chez certains pathogènes humains.

Les résultats sont publiés en ligne le 24 janvier dans la revue Science Advances.

« Nos recherches antérieures ont montré que les antibiotiques n'affectent pas la vitesse à laquelle les bactéries propagent leur résistance directement à leur communauté avec des souches de laboratoire de E. coli », a déclaré Lingchong You, professeur de génie biomédical à Duke. « Mais nous voulions voir si cela est également vrai pour les souches cliniques de pathogènes qui existent réellement dans le monde. »

Chaque pathogène résistant aux antibiotiques porte une recette génétique pour sa résistance. Mais comme les cookies aux pépites de chocolat, toutes les recettes ne sont pas les mêmes, et toutes ne sont pas facilement enseignées aux autres. Une façon de transférer la résistance, cependant, est que cette recette génétique soit soigneusement écrite dans une sorte de livre partageable appelé plasmide, qui est ensuite capté et lu par une bactérie voisine via un processus appelé conjugaison.

Alors que la résistance aux antibiotiques se développe dans le monde, les scientifiques tentent de trouver un moyen de prévenir sa propagation. Mais parce que beaucoup d'antibiotiques proviennent de sources naturelles, il serait impossible d'éliminer complètement la résistance dans la nature, ce qui signifie qu'il y aura toujours des réservoirs de bactéries remplis de livres de recettes pour la résistance.

« Le vrai problème est donc la résistance qui se propage vers les pathogènes qui nuisent aux humains », a déclaré Jonathan Bethke, doctorant travaillant dans le laboratoire de You et premier auteur du nouvel article. « Nous cherchons à bien comprendre les facteurs qui affectent leur taux de conjugaison, car si vous pouvez ralentir suffisamment ce processus, les plasmides porteurs des gènes de résistance peuvent chuter d'une population. »

Une vidéo de bactéries rouges et vertes qui luttent pour se développer avant d'être envahies par des bactéries jaunes.

Ce film décrit le processus de base de la résistance aux antibiotiques se propageant par conjugaison de plasmides, autrement connu sous le nom de transfert de gène horizontal. Deux souches de bactéries sont cultivées ensemble pendant quatre heures. Une souche apparaît rouge et porte une résistance à un type d'antibiotique, tandis que l'autre porte des gènes mobiles qui apparaissent verts et offrent une résistance à un autre antibiotique. Après l'application des deux antibiotiques, les bactéries rouges qui ont reçu les gènes de résistance verts apparaissent en jaune et prennent le relais de la culture car elles sont résistantes aux deux antibiotiques.

Un défi majeur pour y parvenir, cependant, est la méthode classique de mesure du taux de conjugaison plasmidique. En plus d'être exigeants en main-d'œuvre, les chercheurs doivent attendre 16 heures pour qu'une nouvelle génération de bactéries se développe dans des boîtes de Petri avant d'obtenir les résultats. Cette restriction rend cette approche difficile à utiliser lorsqu'il s'agit de centaines de souches bactériennes et de dizaines de variables modifiables.

Plutôt que de prendre des années pour terminer l'expérience, Bethke et Allison Lopatkin, une ancienne étudiante diplômée du laboratoire You qui est maintenant professeur adjoint au Barnard College, ont développé une méthode qui utilise des machines automatisées et ne prend que cinq heures pour fournir des résultats. Il s'agit de mélanger deux souches de bactéries: une souche donneuse résistante à un antibiotique qui peut être partagée par conjugaison plasmidique et une souche receveuse résistante à un antibiotique différent qui ne peut pas être partagée.

Après avoir laissé les souches se mélanger et que le processus de conjugaison des plasmides se déroule pendant un certain temps, le mélange bactérien est transféré dans des flacons contenant des nutriments et les deux antibiotiques. Cela favorise la croissance des bactéries receveuses qui ont reçu avec succès les plasmides du donneur pour la résistance tout en ralentissant la croissance de tous les autres. Les chercheurs attendent ensuite de voir combien de temps la nouvelle population avec une double résistance prend pour atteindre un certain seuil, ce qui indique combien de temps cela va mettre à commencer.

« Cette méthode ouvre la possibilité de tester de nombreux autres médicaments ou facteurs environnementaux pour voir comment ils influencent le taux de conjugaison des plasmides », a déclaré Bethke. « Cela nous permettra également de déterminer s'il existe une sorte de déterminant génétique qui joue un plus grand rôle en termes de taux de transfert. »

Vous et Bethke en collaboration avec Joshua Thaden, professeur adjoint de médecine à Duke, et Vance Fowler, professeur de médecine à Duke, pour obtenir 219 isolats cliniques de pathogènes - microbes retrouvés chez de vrais patients. Tous présentaient une résistance à la bêta-lactamase, la forme d'antibiotique la plus courante utilisée aujourd'hui. En mesurant le taux de conjugaison plasmidique avec et sans antibiotiques de la famillle des bêta-lactamases présents, ils ont montré que, à l'exception d'une valeur aberrante, ces antibiotiques n'augmentent pas le taux de partage de la résistance. Ils ont également découvert que plus de 25% des souches étudiées sont capables de partager leur résistance à des taux suffisamment rapides pour être détectés.

« Nous avons été surpris de découvrir qu'il était si haut », a déclaré You. « Et bien sûr, les antibiotiques favorisent la propagation de la résistance, mais notre étude indique que c'est principalement par le biais d'une dynamique de population sélective plutôt que par une augmentation du taux de conjugaison des plasmides. »

Les chercheurs ont également examiné comment de légères variations dans la génétique des plasmides de résistance eux-mêmes affectent leur taux de conjugaison. En collaboration avec le laboratoire de Minfeng Xiao au BGI Genomics à Shenzhen, en Chine, l'équipe a séquencé les plasmides et analysé leur ADN. Ils ont ensuite classé les plasmides en « groupes de mobilité » en fonction de la façon dont ils sautent entre les cellules et en « groupes d'incompatibilité » en fonction de la façon dont ils se répliquent. À la grande surprise des chercheurs, ils ont découvert que même s'il n'y avait que deux groupes de mobilité présents dans leur bibliothèque d'échantillons, aucun d'eux n'affectant le taux de conjugaison, il y avait sept groupes d'incompatibilité - et ils affectaient beaucoup le taux de conjugaison.

« Il s'agit d'une découverte préliminaire mais potentiellement importante car ces deux classifications sont génétiques, ce qui les rend faciles à identifier », a déclaré Bethke. « Si nous pouvons commencer à construire une bibliothèque de marqueurs génétiques qui indiquent quelle est la capacité d'un pathogène à propager sa résistance directement à ses voisins, alors nous pouvons commencer à faire de grandes prédictions sur des choses comme les réseaux de transfert de gènes horizontaux et peut-être commencer à comprendre comment les bactéries évoluent à travers ce processus dans son ensemble. »

« Une telle bibliothèque aurait également des implications directes sur la façon dont les médecins utilisent les antibiotiques sur le terrain », a déclaré You. « Cette connaissance aiderait les médecins à prendre des décisions spécifiques au patient sur l'opportunité ou non d'administrer des antibiotiques. »