Des données suggèrent que le 2019-nCoV est plus infectieux que le virus de la grippe de 1918, mais qu'est-ce que cela signifie?

« Des données suggèrent que le 2019-nCoV est plus infectieux que le virus de la grippe de 1918, mais qu'est-ce que cela signifie? », source article de Stéphanie Soucheray dans CIDRAP News du 30 janvier 2020.

L'étude publiée hier dans le New England Journal of Medicine propose une autre estimation de la valeur du taux de reproduction de base et est dénotée R₀ - une mesure de l'infectiosité du nouveau coronavirus (2019-nCoV) qui a rendu malade plus de 8 000 personnes et suggère que le virus est plus infectieux que le virus de la grippe pandémique de 1918.

Au moment d'écrire ces lignes, selon SCMP, l'estimation est de 9816 cas et 216 décès.

L'étude était basée sur les 425 premiers cas de 2019-nCoV à Wuhan, en Chine, en décembre et ce mois-ci. Il a également déterminé une période d'incubation moyenne (temps entre l'exposition et les premiers symptômes) de 5,2 jours.

En outre, une étude plus petite publiée dans The Lancet a révélé un taux de létalité (ou pourcentage de décès parmi les personnes infectées) de 11% chez les 99 premiers patients d'un hôpital de Wuhan, épicentre de l'épidémie.

Chaque patient pourrait infecter plus de 2 personnes

Sur la base de calculs, les auteurs de l'étude plus large estiment que le nouveau coronavirus a un R₀ de 2,2, ce qui signifie que chaque patient pourrait infecter plus de 2 autres personnes. S'il est exact, cela rend le 2019-nCoV plus infectieux que le virus de la grippe pandémique de 1918, qui avait un R₀ de 1,80 (écart interquartile: 1,47 à 2,27).

Il s'agit de la plus grande étude épidémiologique à ce jour à suggérer des preuves claires de la transmission interhumaine à Wuhan au cours des deux premiers mois de l'épidémie, car les cas ont augmenté après la fermeture du marché des produits de la mer et des animaux vivants à Wuhan qui était lié à de nombreux cas précoces. Il s'agit également de la première estimation évaluée par des pairs d'un R₀, un nombre glissant auquel les scientifiques se sont attaqués au cours des dernières semaines alors qu'ils tentent de prédire la portée mondiale potentielle du 2019-nCoV.

« Bien que la majorité des premiers cas soient liés au marché de gros des produits de la mer de Huanan et que les patients auraient pu être infectés par des expositions zoonotiques ou environnementales, il est désormais clair que la transmission interhumaine s'est produite et que l'épidémie s'est progressivement en croissance ces dernières semaines », ont écrit les auteurs.

Pour établir le schéma épidémiologique du virus, les auteurs ont regroupé les patients en trois « vagues »: les malades avant le 1er janvier (47 cas), les malades du 1er janvier au 11 janvier (248 cas) et les symptômes du 12 janvier et après (130 cas). Des personnels de la santé ont été infectés uniquement dans les vagues 2 et 3 (10 cas au total) et, à la vague 3, 73% des cas-patients n'étaient exposés ni au marché des produits de la mer, ni aux personnes présentant des symptômes respiratoires.

Aucun cas chez les enfants de moins de 15 ans

L'âge médian des 425 patients était de 59 ans et 56% étaient des hommes. Aucun cas d'enfants de moins de 15 ans n'a été observé dans la population de patients.

Parmi les cas ayant présenté des symptômes avant le 1er janvier 2020, 55% étaient directement exposés au marché de gros des produits de la mer de Huanan, contre 8,6% des cas présentant des symptômes après le 1er janvier. Le marché a été fermé le 1er janvier.

La durée moyenne entre le début de la maladie et la première visite médicale pour la première vague de patients a été estimée à 5,8 jours (intervalle de confiance à 95% [IC], 4,3 à 7,5), ce qui était similaire à celle des 207 patients atteints de la maladie à partir du 1er janvier. au 11 janvier, avec une moyenne de 4,6 jours (IC à 95%, 4,1 à 5,1).

La durée moyenne entre l'apparition des symptômes et l'admission à l'hôpital était estimée à 12,5 jours (IC à 95%, 10,3 à 14,8) chez 44 patients atteints d'une maladie avant le 1er janvier, ce qui était plus long que chez 189 patients atteints d'une maladie entre le 1er et le 11 janvier. (moyenne, 9,1 jours; IC à 95%, 8,6 à 9,7).

En utilisant les informations épidémiologiques de 10 cas, les auteurs de l'étude calculent la période d'incubation moyenne à 5,2 jours (intervalle de confiance à 95% [IC], 4,1 à 7,0), avec le 95e centile de la distribution à 12,5 jours. À ses débuts, l'épidémie a doublé tous les 7,4 jours.

Les auteurs ont déclaré que la période d'incubation de 5,2 jours justifie probablement une période d'observation médicale de 14 jours pour les personnes exposées.

Les auteurs de l'étude ont noté que leurs patients ne comprenaient que des personnes présentant des symptômes graves; en tant que tel, de nombreux cas bénins de virus ont été probablement manqués.

Des experts applaudissent l'étude mais appellent à la prudence

Marc Lipsitch, professeur d'épidémiologie et directeur du Center for Communicable Disease Dynamics (CCDD) à l'Université de Harvard, a averti qu'un R₀ plus élevé que la pandémie de grippe de 1918 ne signifie pas nécessairement que le 2019-nCoV entraînera finalement des cas de maladie ou des décès plus graves.

« Si la transmission présymptomatique n'est pas trop courante, les mesures de contrôle peuvent être plus efficaces que pour la grippe, même pour un R₀ supérieur à la grippe (comme c'était le cas pour le SRAS) », a-t-il déclaré à CIDRAP News par e-mail.

Justin Lessler, professeur agrégé à la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, a déclaré que l'étude était probablement la meilleure analyse du 2019-nCoV publiée jusqu'à présent. Lessler, comme de nombreux autres scientifiques, a publié des données sur la période d'incubation du virus sur Twitter et a estimé l'infectiosité et d'autres aspects de l'épidémie. Comme Lipsitch, il a averti qu'un R₀ plus élevé que la pandémie de grippe de 1918 pourrait ne pas signifier grand-chose.

« R₀ n'est qu'une partie de l'histoire. Il était probablement plus élevé que cela pour le SRAS, mais la maladie a finalement été maîtrisée en raison du fait que peu de personnes ont transmis la maladie, même si ce peu de personnes a transmis à un grand nombre, un phénomène qui facilite la disparition de la maladie », a-t-il dit.

« Nous ne savons pas encore si cela est vrai pour le 2019-nCoV, et cela fera une grande différence dans l'impact final de cette épidémie. »

Lessler a également déclaré que le document a calculé un R₀ dans des conditions non contrôlées au début de l'épidémie, de sorte que ses résultats pourraient ne pas s'appliquer à tous les endroits ou périodes de l'épidémie.

L'étude chez 99 patients révèle un taux de mortalité de 11%

Le journal The Lancet a rendu compte du taux de létalité chez des patients d'un hôpital de Wuhan. Bien que l'échantillon soit petit - 99 patients - il s'agit de l'un des premiers calculs de taux de létalité basé sur un groupe de cas systématiquement collectés (tous hospitalisés dans un hôpital).

Onze des 99 patients admis à l'hôpital de Wuhan Jinyintan du 1er au 20 janvier sont décédés, ce qui a entraîné un taux de létalité de 11%. La moitié des patients (49) avaient des antécédents d'exposition au marché des produits de la mer du Hunan, et parmi ceux-ci, 47 avaient des antécédents d'exposition à long terme (y compris des vendeurs et des gestionnaires de marché).

Sur les 99 patients, 67 (68%) étaient des hommes et seulement 10% avaient moins de 40 ans.

Les 99 patients avaient un 2019-nCoV confirmé en laboratoire et 74 des 99 patients présentaient une pneumonie bilatérale à l'imagerie, tandis que 14 présentaient de multiples marbrures et une opacité en verre dépoli dans leurs poumons.

« 17 (17%) des patients ont développé un syndrome de détresse respiratoire aiguë et, parmi eux, 11 (11%) patients ont empiré en peu de temps et sont décédés d'une défaillance d'organes multiples », ont déclaré les auteurs.

« En général, les caractéristiques des patients décédés étaient conformes au modèle d'alerte précoce pour prédire la mortalité dans la pneumonie virale », ont conclu les auteurs. Ces facteurs comprennent des antécédents de tabagisme, de co-infection bactérienne, d'hypertension artérielle et d'un âge avancé, entre autres.

Plus proche des coronavirus de chauve-souris

Toujours dans The Lancet, des chercheurs du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies ont publié des résultats du séquençage d'échantillons de liquide du lavage broncho-alvéolaire et d'isolats cultivés chez neuf patients hospitalisés à Wuhan, dont huit avaient visité le marché des produits de la mer de Huanan dans la ville. L'étude génomique a montré que les échantillons du génome étaient identiques à 99,98% chez les patients.

« Notamment, le 2019-nCoV était étroitement lié (avec une identité de 88%) à deux coronavirus semblables au syndrome respiratoire aigu (SRAS) dérivé des chauves-souris, bat-SL-CoVZC45 et bat-SL-CoVZXC21, collectés en 2018 à Zhoushan, dans l'est de la Chine, mais étaient plus éloignés du SARS-CoV (environ 79%) et du MERS-CoV (environ 50%) », ont déclaré les auteurs.