Pour les microbes, c'est Halloween tous les jours ...

Pour les microbes, c'est Halloween tous les jours…, Source American Society for Microbiology.

Explorez des microbes effrayants juste à temps pour Halloween!

Découvrez la bactérie connue sous le nom de Vampirococcus qui aspire littéralement la vie de ses victimes, et méfiez-vous des douceurs sucrées d'Halloween qui peuvent causer des trous dans vos dents!

La façon dont les grains entiers sont transformés a des effets différents sur l'accès du microbiome intestinal aux glucides des grains entiers

Cliquez sur l'image pour l'agrandir

La façon dont les grains entiers sont transformés (ex: ébullition, extrusion, pain au levain, pain sans levain, pain à la levure) a des effets différents sur l'accès du microbiome intestinal aux glucides des grains entiers.

Voici une étude parue dans Applied and Environmental Microbiology, article en accès libre, qui montre que la transformation a des effets différentiels sur les glucides accessibles au microbiote intestinal dans des grains entiers pendant la fermentation in vitro.

Résumé

Les grains entiers sont généralement pauvres en glucides non digestibles disponibles pour la fermentation par le microbiote intestinal ou les glucides accessibles au microbiote (ou GAM en Français, MAC pour microbiota accessible carbohydrates).

Cependant, il existe un potentiel d'augmentation des GAM dans les grains entiers grâce à la transformation des aliments.

Cinq méthodes de transformation: l'ébullition, l'extrusion, le pain au levain, le pain sans levain et le pain au levain ont été appliquées à de la farine de blé entier, puis soumises à une digestion in vitro suivie d'une fermentation à l'aide de microbiomes fécaux de 10 sujets.

Les microbiomes se sont séparés en 2 groupes: ceux qui ont montré une utilisation des glucides (UG) élevée et ceux qui ont présenté une faible UG. Le premier présentait non seulement une UG améliorée, mais aussi une production accrue de butyrate (GAM 31,1 ± 1,1% contre 19,3 ± 1,2%, P 0,001; butyrate, 5,26 ± 0,26 mM contre 3,17 ± 0,27 mM, P 0,001).

Seuls les microbiomes des groupes à haute teneur en UG ont montré des différences significatives entre les méthodes de transformation: l'extrusion et le pain au levain ont conduit à des résultats dichotomiques pour la production de GAM et d'acides gras à chaîne courte, où l'extrusion entraînait une production élevée de GAM mais une faible production de butyrate tandis que le pain au levain entraînait de faibles GAM mais une production élevée de butyrate. L'extrusion a conduit à une diminution notable de la diversité de certains membres des familles des Ruminococcaceae et des Lachnospiraceae avec des augmentations de Acinetobacter, de Enterococcus et de Staphylococcaceae.

Cette étude a démontré que seuls les microbiomes qui présentaient une UG élevée répondaient aux effets de la transformation en montrant des différences significatives entre les méthodes de transformation.

Dans ces microbiomes, l'extrusion a pu augmenter l'accessibilité des polysaccharides de la paroi cellulaire mais n'a pas augmenté la production de butyrate. En revanche, le pain au levain a conduit à une production élevée de butyrate en soutenant d'importants producteurs de butyrate dans les familles des Lachnospiraceae et des Ruminococcaceae.

Importance

Les glucides alimentaires non digestibles, ou fibres alimentaires, sont reconnus depuis longtemps pour leurs effets bénéfiques sur la santé. Cependant, des études récentes ont révélé que la fermentation d'hydrates de carbone non digestibles par les bactéries intestinales est essentielle pour la médiation de nombreuses propriétés bénéfiques pour la santé des fibres alimentaires.

Les grains entiers sont d'excellents candidats pour fournir au microbiome une source abondante de glucides non digestibles, bien que malheureusement la majorité de ces glucides dans les grains entiers ne soient pas disponibles pour les bactéries intestinales pour la fermentation.

La transformation est connue pour modifier les caractéristiques structurelles des glucides non digestibles dans les grains entiers, mais la relation entre ces effets et la fermentation microbienne intestinale est inconnue.

Cette recherche visait à combler cette lacune de recherche importante en identifiant les interactions entre la transformation des grains entiers et les bactéries intestinales, dans le but ultime d'augmenter la disponibilité de glucides non digestibles pour la fermentation afin d'améliorer la santé de l'hôte.

Mots clés

Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, butyrate, fibres alimentaires, blé.

Un virus bactérien a contribué à la propagation d'une nouvelle souche de Salmonella

«Un virus bactérien a contribué à la propagation d'une nouvelle souche de Salmonella», source Quadram Institute.

Des chercheurs de l'Institut Quadram ont impliqué un virus porteur de toxine dans l'émergence d'une nouvelle souche de Salmonella chez le porc.

Salmonella est associée à un grand nombre de cas d'infection d'origine alimentaire entraînant des diarrhées et, dans certains cas, des complications graves. La moitié de toutes les infections à Salmonella dans l'Union européenne sont liées aux porcs, et une nouvelle souche appelée ST34 est dominante chez cet animal d'élevage. Le ST34 s'est maintenant propagé dans les populations de porcs du monde entier et est pandémique.

On sait que de nouvelles souches sont apparues à plusieurs reprises depuis le début des registres de surveillance il y a plus de 60 ans. La souche ST34 est un type de Salmonella appelé Typhimurium, qui représente un quart de toutes les infections à Salmonella. Au Royaume-Uni, plus de la moitié de toutes les infections à Typhimurium sont désormais causées par la souche ST34. Typhimurium a augmenté en proportion de toutes les infections à Salmonella pendant plus d'une décennie, en grande partie en raison de l'émergence de cette nouvelle souche.

Contrairement à Salmonella apparentée appelée Enteritidis qui a été largement contrôlée dans les troupeaux de poules pondeuses au Royaume-Uni, peu de progrès ont été accomplis ces dernières années pour lutter contre Salmonella Typhimurium. Le remplacement occasionnel de la souche épidémique dominante de Typhimurium causant la maladie peut en faire une cible mouvante. Par conséquent, il est important de comprendre pourquoi de nouvelles souches émergent et ce qui les distingue des souches précédentes pour concevoir des moyens de lutter contre ce pathogène.

Les virus sont surtout connus pour être à l'origine de certaines des pires infections chez les humains à travers l'histoire, et la pandémie actuelle de SRAS-CoV-2 ne fait pas exception. Ce sont de très petits paquets de matériel génétique qui nécessitent des cellules pour reproduire leur matériel génétique et, ce faisant, provoquent des maladies. Il existe également des virus, appelés bactériophages, qui utilisent des bactéries pour se répliquer et, ce faisant, tuent la bactérie. Cependant, certains peuvent également se cacher à l’intérieur de la cellule bactérienne en fusionnant avec le matériel génétique de la bactérie.

Dans un nouvel article, publié dans la revue Microbial Genomics, article en accès libre, les chercheurs rapportent que c'est ce qui s'est produit peut-être des centaines de fois lors de l'émergence de la souche pandémique ST34 et que cela a aidé la bactérie à se propager dans le monde.

L'étude a été menée par Eleonora Tassinari et le professeur Rob Kingsley du Quadram Institute et de l'Université d'East Anglia et son groupe de recherche, travaillant avec Public Health England (PHE), Animal and Plants Health Agency (APHA), Earlham Institute et Teagasc Food Research Center. Leur étude a été financée par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council, qui fait partie de l'UK Research and Innovation.

Ils ont découvert que l'ancêtre commun de l'épidémie chez les porcs britanniques existait il y a environ 30 ans, mais est passé inaperçu jusqu'en 2005, lorsque la surveillance par l'APHA a détecté pour la première fois le ST34 en faible nombre.

L'analyse de la séquence du génome des infections humaines à l'aide des données de PHE a indiqué qu'un virus bactérien appelé mTmV infectait ST34 à plusieurs reprises à partir de 2002.

En analysant la structure de la population de ST34, il était clair que Salmonella hébergeant le virus mTmV dans son matériel génétique devenait plus nombreux au fil du temps et qu'il avait acquis un avantage concurrentiel sur les autres Salmonella dépourvus de virus. L’inspection plus détaillée du virus a révélé qu’il portait un gène appelé sopE codant pour une «toxine» connue pour aider Salmonella à infecter leurs espèces animales hôtes, à provoquer des diarrhées et à être transmises à de nouveaux hôtes dans l’alimentation humaine et animale.

Allemagne: L'enquête sur une épidémie de SRAS-CoV-2 dans une usine de transformation de la viande suggère une transmission par des aérosols en milieu confiné

« L'enquête sur une épidémie de SRAS-CoV-2 dans une usine de transformation de la viande suggère une transmission par des aérosols en milieu confiné », source EMBO via EurekAlert!.

L'importance de maintenir un flux d'air de haute qualité pour limiter la transmission du SRAS-CoV-2 dans les espaces de travail confinés a été fortement indiquée par l'enquête sur une épidémie du virus dans une usine de transformation de viande allemande en mai et juin 2020.

L'étude, publiée dans EMBO Molecular Medicine, article en accès libre, a constaté que l'épidémie provenait d'un seul emploté sur la chaîne de production de transformation de la viande. Il a également conclu que dans ces espaces confinés où l'air non filtré est recyclé à de faibles taux d'échange d'air externe, la transmission du SRAS-CoV-2 peut se produire sur des distances d'au moins huit mètres.

L'étude est pertinente pour de nombreux lieux de travail, mais particulièrement importante pour les industries de transformation de la viande et du poisson qui sont apparues au début de la pandémie en tant que points chauds pour le SRAS-CoV-2 dans le monde.

Une combinaison de conditions environnementales et de pratiques opérationnelles avec une proximité étroite entre de nombreux salariés sur les lignes de production engagés dans des tâches physiquement exigeantes favorisant la respiration lourde, ainsi que le logement et le transport partagés, tout cela concourt à encourager la transmission virale dans ces usines.

Melanie Brinkmann de Technische Universität Braunschweig et Helmholtz Center for Infection Research, Allemagne, Nicole Fischer du University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Hambourg, Allemagne et Adam Grundhoff de l'Institut Heinrich Pette pour la virologie expérimentale, Hambourg, Allemagne, ainsi qu'un groupe d'autres chercheurs ont mené une enquête multifactorielle dans la plus grande usine de transformation de viande d'Allemagne dans l'état de Rhénanie du Nord-Westphalie, où l'épidémie s'est produite. Ils ont retracé les événements en commençant par une épidémie initiale en mai, suivie par un nombre croissant de cas aboutissant à plus de 1 400 cas positifs identifiés par les autorités sanitaires le 23 juin.

L'enquête sur le moment des événements infectieux, la relation spatiale entre les travailleurs, les conditions climatiques et de ventilation, le partage de logements et des transports, et les génotypes complets du SRAS-CoV-2, a démontré qu'un seul employé a transmis le virus à plus de 60% des autres travailleurs à une distance de huit mètres.

Un séquençage du génome viral a été réalisé et a montré que tous les cas partageaient un ensemble commun de mutations représentant une nouvelle sous-branche dans le clade C20 du SARS-CoV-2. En outre, le même ensemble de mutations a été identifié dans les échantillons collectés dans la période comprise entre le cluster d'infection initial en mai et la grande épidémie ultérieure en juin dans la même usine, ce qui suggère que la grande épidémie a été répandue par des cas liés au cluster d'infection initial .

Les résultats ont indiqué que les conditions climatiques, le taux de renouvellement de l'air frais et la circulation de l'air étaient des facteurs susceptibles de favoriser une propagation efficace du SRAS-CoV-2 sur de longues distances, mais que l'hébergement et le transport partagés ont joué un rôle moindre, du moins pendant la phase initiale de le foyer. Des études antérieures suggéraient déjà que de minuscules gouttelettes appelées aérosols pourraient être responsables d'événements dits de super propagation où une seule source transmet le virus à un grand nombre d'individus. Alors que les gouttelettes plus grosses ne parcourent généralement pas plus de deux mètres, les aérosols peuvent rester dans l'air pendant de longues périodes et peuvent délivrer des particules virales infectieuses sur des distances beaucoup plus grandes, en particulier à l'intérieur.

L'émergence récurrente de telles éclosions suggère que les employés des installations de transformation de la viande ou du poisson devraient être fréquemment et systématiquement contrôlés pour prévenir de futures éclosions de SRAS-CoV-2. En outre, des mesures immédiates doivent être prises pour mettre en quarantaine tous les travailleurs dans un rayon autour d'une personne infectée pouvant dépasser considérablement deux mètres.

Des études supplémentaires sont nécessaires pour déterminer les paramètres les plus importants du lieu de travail qui peuvent être modifiés pour réduire le risque d'infection, mais l'optimisation du flux d'air et des conditions de ventilation est clairement indiquée.

Alimentation pendant la grossesse et la période d’allaitement, selon l'OSAV de Suisse

Une alimentation optimale pendant la grossesse et la période d’allaitement est primordiale pour la santé de la mère et de l’enfant. C’est pourquoi l’OSAV a formulé des recommandations pour cette phase de vie particulière.

C'est la brochure « Alimentation pendant la grossesse et la période d’allaitement »

La brochure et le dépliant sur l’alimentation pendant la grossesse et la période d’allaitement sont disponibles dans une nouvelle édition, mise à jour et refondue pour une meilleure lisibilité. L’OSAV y recommande par exemple d’éviter pendant la grossesse les pousses, les salades et fruits prédécoupés et emballés, et les fruits de mer peu cuits ou crus. En ce qui concerne les huiles, matières grasses et fruits à coque, les nouveaux textes mettent l’accent sur les aliments à consommer plus souvent, comme les noix et les huiles végétales de colza, d’olive, de noix et de lin.

Une vidéo est aussi proposée ici.

Hygiène
Les aliments crus peuvent par nature être contaminés par des germes. Au cours de la grossesse, vous devriez donc particulièrement respecter les règles d’hygiène suivantes : se laver soigneusement les mains et bien nettoyer les ustensiles de cuisine ; préparer les aliments crus et non lavés séparément des autres aliments ; conserver les aliments d’origine animale au réfrigérateur ; cuire suffisamment la viande, la volaille, les œufs et le poisson.

Allergies
N’évitez des aliments que lorsque votre médecin a détecté chez vous une allergie ou une intolérance. Dans le cas contraire, vous ne feriez que vous priver inutilement.

Allaitement
L’allaitement constitue l’alimentation la plus naturelle et la plus adéquate pour votre enfant. Il lui offre les meilleures chances de bien débuter dans la vie. Pendant les quatre à six premiers mois, l’idéal serait de nourrir votre enfant exclusivement avec du lait maternel.

Quelques exemples à prendre en compte pendant la grossesse
Boissons

• Limitez votre consommation de boissons contenant de la caféine, comme le café, le thé noir, le thé vert, le thé froid, le cola et les boissons prêtes à la consommation à base de café au lait. 
• Par exemple maximum 2 tasses de café ou 4 tasses de thé noir ou vert par jour. Évitez les boissons énergisantes et les boissons contenant de la quinine, comme le tonic et le bitter lemon.

Fruits et légumes

• Nettoyez soigneusement les légumes, les salades, les herbes aromatiques et les fruits à grande eau.

Lait et produits laitiers

• Évitez  le lait cru, les fromages à pâte molle et mi-dure à base de lait de vache, de brebis ou de chèvre (lait cru ou pasteurisé), la féta, les fromages à pâte persillée (fromages bleus), comme le gorgonzola.
• Les aliments recommandés sont par exemple, le lait pasteurisé ou UHT, le yogourt, le kéfir (à base de lait pasteurisé), le fromage frais, comme la mozzarella, le séré et le cottage cheese (à base de lait pasteurisé), le fromage à pâte dure (à base de lait cru ou pasteurisé)
• Viande, poisson, œufs
• Évitez les produits animaux crus ou non cuits à cœur, comme la viande crue, les saucisses crues, comme le gendarme ou le salami, le jambon cru, le poisson cru, comme les sushis, et les fruits de mer crus, le poisson fumé, comme le saumon et la truite, les produits contenant des œufs crus, comme le tiramisu.
• Ne mangez pas de foie durant les trois premiers mois de grossesse. La forte teneur en vitamine A du foie peut provoquer des malformations au début de la grossesse.
• Ne consommez du thon frais et du brochet de l’étranger qu’occasionnellement.
• Les poissons recommandés sont par exemple, le saumon, le thon en boîte, les sardines, les anchois et le hareng.
• Variez les différentes sortes de poissons.
• Ne consommez pas de gibier, comme le chevreuil, le cerf ou le sanglier. Le plomb que cette viande pourrait contenir peut entraîner des lésions du système nerveux de votre enfant.

Boissons alcoolisées

• À éviter

Une forme sévère de maladie inflammatoire de l'intestin liée à des bactéries buccales

« Une forme sévère de maladie inflammatoire de l'intestin liée à des bactéries buccales », source UNSW News.

Les bactéries de la bouche pourraient contenir des indices pour comprendre - et potentiellement traiter, la colite ulcéreuse sévère, une maladie intestinale douloureuse.

La colite ulcéreuse sévère peut provoquer une douleur extrême, des saignements et de la diarrhée. Les patients qui ne répondent pas aux médicaments peuvent devoir subir une extraction chirurgicale de tout leur gros intestin.

Les scientifiques ont découvert une molécule appelée 'pSma1' dans des échantillons de cellules bactériennes provenant de personnes atteintes de colite ulcéreuse sévère. La molécule a été retrouvée dans certaines souches de la bactérie Campylobacter concisus qui vit habituellement dans la bouche.

Les résultats, publiés du jour au lendemain dans Microbial Genomics (article en accès libre) s'ajoutent à un nombre croissant de preuves reliant les bactéries orales aux maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI).

Alors que les scientifiques ont examiné les génomes bactériens d'un échantillon de patients relativement petit - et que leur analyse ne montre pas si la bactérie joue un rôle dans la cause de la colite ulcéreuse sévère - leurs découvertes offrent des pistes intéressantes pour de futures recherches sur la prévention et le traitement de la maladie.

«Les bactéries orales pénètrent dans le système digestif chaque jour lorsque nous avalons de la nourriture ou de la salive», explique le Dr Li Zhang, auteur principal de l'étude et maître de conférences à l'École de biotechnologie et sciences biomoléculaires de l'UNSW Science.

«La plupart des bactéries sont tuées par les acides de l'estomac, mais certaines peuvent survivre et coloniser dans l'intestin. Les bactéries pourraient ne pas avoir colonisée longtemps, mais la bouche continue d’apporter un approvisionnement constant en nouvelles bactéries - c’est le problème.»

Les MICI touchent plus de 75 000 Australiens et devraient atteindre 100 000 d'ici 2022, selon une étude de 2013. La MICI est un terme générique qui désigne généralement la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse, une maladie chronique qui provoque une inflammation et des ulcères sur la paroi interne du gros intestin. La cause de la colite ulcéreuse n'est pas encore connue.

Dans les cas graves de colite ulcéreuse, l'inflammation peut se propager davantage à travers le gros intestin. Les patients peuvent ressentir une douleur extrême, des saignements et de la diarrhée. Ceux qui ne répondent pas bien aux médicaments peuvent avoir besoin de se faire retirer chirurgicalement tout leur gros intestin.

Le Dr Zhang dit que la raison pour laquelle certains patients ne répondent pas bien à la thérapie n'est pas claire, mais le courant bactérien pSma1 pourrait contenir des indices.

Un petit plasmide à réplication rapide
La molécule pSma1 est un plasmide, une petite molécule d'ADN circulaire qui vit généralement à l'intérieur des cellules bactériennes. Les plasmides peuvent porter des gènes qui augmentent la virulence - c'est-à-dire la gravité ou la nocivité - d'une bactérie.

«Un plasmide vit en dehors de l’ADN chromosomique de la bactérie», déclare le Dr Fang Liu, auteur principal de l’étude et associé de recherche postdoctorale à l’UNSW Science.

«Il est considéré comme un élément génétique mobile, ce qui signifie qu’il peut être transféré entre différentes souches de la bactérie ou même différentes espèces. Si le plasmide porte des gènes de virulence, les bactéries pourraient acquérir cette virulence.»

Les scientifiques de l'UNSW ont découvert pSma1 dans la souche bactérienne chez des patients ayant subi un traitement chirurgical pour une colite ulcéreuse sévère. Ils ont examiné les génomes de 239 souches de C. concisus provenant de 146 personnes dans le monde, y compris 62 souches de 28 patients atteints de rectocolite hémorragique.

Le Dr Zhang, qui étudie les liens entre la bactérie C. concisus et la santé intestinale depuis plus d'une décennie, est surpris par les caractéristiques du nouveau plasmide.

«PSma1 est un très petit plasmide», dit-elle. « Il n'a que deux gènes, mais il a également une copie élevée de 60, ce qui signifie qu'une cellule bactérienne contiendra 60 copies de ce petit plasmide. »

Si le plasmide porte des gènes de virulence, le taux de copie relativement élevé pourrait exacerber la force virulente des bactéries.

«Les protéines codées par ce plasmide pourraient être un facteur de virulence», explique le Dr Liu.

Une cible thérapeutique potentielle
La souche bactérienne pourrait aider à expliquer pourquoi certains patients atteints de colite ulcéreuse sévère ne répondent pas bien aux traitements médicamenteux. La souche pourrait également servir de marqueur potentiel de l'évolution probable de la maladie.

Le Dr Zhang espère explorer ces questions dans ses recherches futures, qui utiliseront un échantillon génomique plus large. Si le plasmide est impliqué dans la pathogenèse - c'est-à-dire l'origine - de la colite ulcéreuse sévère, la bactérie pourrait également être une cible potentielle pour de futures thérapies.

«Nous avons peut-être trouvé un domaine pour le développement futur de médicaments pour la prévention de la colite ulcéreuse sévère», déclare le Dr Zhang.

«Si nous découvrons que le plasmide joue un rôle dans la pathogénèse, il pourrait être assez facile de traduire cette découverte en utilisation clinique.»

«Les traitements ciblant la cavité buccale pourraient contribuer à réduire la charge bactérienne. Nous ne pourrons peut-être pas éliminer cela bactérie, mais nous pourrions certainement réduire la charge.»

La FDA fait des annonces sur deux épidémies à E. coli O157:H7

« La FDA annonce des enquêtes sur deux épidémies à E. coli O157:H7 », source communiqué de l'US Food and Drug Administration du 28 octobre 2020.

La communiqué suivant est attribuée à Frank Yiannas, commissaire adjoint de la FDA pour la politique alimentaire et la réponse:

«La FDA, avec le CDC et nos partenaires locaux et des Etats, s’emploient à enquêter sur deux flambées de maladies à E. coli O157:H7 (STEC) productrices de toxines Shiga. Nous ne savons pas quel aliment cause des maladies ou s'il s'agit d'un produit alimentaire réglementé par la FDA.»

«Cependant, nous avons vu des souches similaires récurrentes, émergentes ou persistantes de E. coli lors d'épidémies récentes. E. coli O157:H7 peut contaminer de nombreux aliments, et nous ne pouvons pas supposer que les épidémies actuelles soient liées à des aliments historiquement associés comme la laitue romaine et d'autres légumes verts à feuilles. Il n'y a actuellement aucune information indiquant que les personnes devraient éviter tout aliment spécifique.»

«Nous publions cette mise à jour au début de notre enquête dans le cadre de notre engagement continu envers la transparence et la communication rapide. Nous travaillons également à la mise à disposition prochaine d'une nouvelle ressource sur notre site Internet pour fournir des mises à jour rapides sur les enquêtes nouvelles et actives.»

«Nous travaillons en étroite collaboration avec nos partenaires du CDC et des États pour identifier les sources des flambées de maladie à E. coli O157:H7 et nous partagerons les informations dès qu'elles seront disponibles.»

Information additionnelle:

La Food and Drug Administration des États-Unis, avec les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), et des partenaires locaux et des Etats, mènent des enquêtes sur deux épidémies distinctes de cas de maladie d'origine alimentaire à E. coli O157:H7 (STEC) qui sont récurrentes, souches émergentes ou persistantes. Pour soutenir l'enquête épidémiologique du CDC, la FDA mène des enquêtes de traçabilité, des inspections sur place et des plans d'échantillonnage dans le but d'éliminer ou d'exclure les aliments suspects.

L'une des épidémies est causée par une souche de E. coli génétiquement liée à une souche qui a provoqué l'épidémie à STEC en 2019 liée à de la laitue romaine cultivée dans la région de culture de Salinas de la côte centrale de la Californie. À ce jour, 23 cas et aucun décès ont été signalés.

La deuxième épidémie est causée par une souche de E. coli génétiquement liée à un cluster génétique plus vaste et diversifié, y compris la souche à l'origine de l'épidémie à STEC en 2018 liée à de la laitue romaine et aux isolats environnementaux de la région de culture de Yuma, Arizona. À ce jour, 21 cas et un décès ont été signalés.

Bien qu'il n'y ait pas eu d'aliments spécifiques définitivement liés à ces épidémies, la FDA a pris un certain nombre de mesures pour prévenir les épidémies de maladies d'origine alimentaire et renforcer les garanties pour les consommateurs dans le cadre de notre initiative New Era of Smarter Food Safety, y compris la publication du Leafy Greens STEC Action Plan, qui décrit les actions que la FDA prévoit de prendre en 2020 pour faire avancer les travaux dans trois domaines: la prévention, la réponse et le traitement des lacunes dans les connaissances.

Les actions réalisées cette année comprennent:

Publication d'un rapport à la suite de notre enquête sur les trois éclosions à E. coli O157:H7 en 2019 dans les légumes verts à feuilles cultivés dans la vallée de Salinas, Californie, qui a encore amélioré notre compréhension de la façon dont les légumes verts à feuilles peuvent être contaminés et de l'impact de l'activité animale sur les et terrain à proximité.

En collaboration avec le California Department of Food and Agriculture (CDFA), des inspections priorisés et autres activités de surveillance dans les exploitations agricoles identifiées par la traçabilité dans les épidémies de 2019 au cours de la saison de croissance/récolte 2020 spécifiquement pour enquêter plus avant sur les opérations de récolte et les facteurs dans l'environnement qui peuvent avoir contribué à l'introduction et à la transmission de E. coli O157:H7 qui ont conduit à la contamination de la laitue romaine dans la zone de culture de la vallée de Salinas.

Une étude de recherche longitudinale a été initiée avec le CDFA et d'autres partenaires agricoles en Californie pour améliorer la sécurité des aliments grâce à notre meilleure compréhension de l'écologie des agents pathogènes humains dans l'environnement qui peuvent provoquer des épidémies de maladies d'origine alimentaire. En outre, notre activité d'inspection dans la Central Coast, Central Valley et Imperial Valley en Californie et à Yuma, Arizona, comprend l'échantillonnage et l'analyse des E. coli pathogènes et Salmonella avec un nouveau plan d'échantillonnage ainsi que l'étude des plans d'échantillonnage de ces dernières années.

Une solution intelligente pour détecter l'altération des produits de la mer

«Une solution intelligente pour détecter l'altération des produits de la mer», Université Flinders, via EurekAlert!

Le professeur d'aquaculture de l'Université Flinders Jian Qin, qui a dirigé l'étude avec un collègue de Flinders, le professeur Youhong Tang, a déclaré que ce dispositif simple pourrait devenir commercialement viable et permettre une surveillance en «temps réel» de l'altération des produits de la mer pour garantir la sécurité alimentaire des consommateurs.

Le premier auteur de cette publication est le professeur Yonghua Jiang, chercheur invité de l'Université de Jimei, Chine. Elle estime que cet appareil peut être une économie majeure pour l'industrie des produit de la mer et les distributeurs, car l'altération représente au moins 10% de toute la production des produits de la mer.

Le cœur de la nouvelle technologie d'analyse de l'altération est de comprendre que les amines biogènes jouent une fonction physiologique importante des cellules vivantes, mais qu'un niveau élevé d'amines biogènes dans les produits de la mer a un impact négatif sur la santé humaine et peut provoquer une intoxication alimentaire.

Par conséquent, les amines biogènes sont devenues des indicateurs importants pour l'évaluation de la fraîcheur et de la comestibilité des aliments, et la lecture de ces amines peut être effectuée par une méthode simple et rentable en utilisant les papiers filtres chargés d'un AIEgen (Aggregation-Induced Emission Luminogen), tel que le dérivé de dihydroquinoxaline (H + DQ2), pour surveiller l'altération du saumon.

La recherche a révélé que, à mesure que l'altération des échantillons de saumon augmentait, provoquant davantage de vapeurs d'amines, l'intensité des lectures sur les papiers filtres traités augmentait également.

Les résultats de l'étude, «Semi-quantitative Evaluation of Seafood Spoilage Using Filter-paper Strips Loaded With an Aggregation-induced Emission Luminoge» par Yonghua Jiang, Zhaowei Zhong, Weixin Ou, Haoming Shi, Parvej Alam, Ben Zhong Tang, Jian Qin et Youhong Tang, ont été publiés dans la revue Food Chemistry.

«Cette étude fournit un moyen simple et rapide d'analyser les vapeurs d'amine des poissons et fournit des informations de base pour développer une méthode sur site facile à utiliser pour évaluer la qualité des produits de la mer pour les clients», a déclaré le professeur de génie des matériaux Youhong Tang de l'Institute of NanoScale Science and Technology and Medical Device Research Institute de l'Université Flinders.

L'équipe de recherche va maintenant effectuer d'autres tests d'optimisation sur les bandes de papier et le chargement d'AIEgen, afin de fournir une solution plus robuste pour une utilisation quotidienne vers des applications commerciales.

L'équipe souhaite également associer les bandes de papier chargées d'AIEgen à des applications pour smartphone pour transférer les informations à des fins d'évaluation quantitative.

Les émulsifiants alimentaires augmentent le pouvoir pathogène de certaines bactéries et le risque d’inflammation intestinale, selon une étude de l'Inserm

Certaines bactéries du microbiote intestinal, marquées en rouge, sont capables de pénétrer la couche de
mucus normalement stérile et marquée en vert. © Benoit Chassaing. Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

Extraits du communiqué du 26 octobre 2020 de l'Inserm, Les émulsifiants alimentaires augmentent le pouvoir pathogène de certaines bactéries et le risque d’inflammation intestinale.

L’alimentation jouerait un rôle dans le déclenchement d’inflammations intestinales pouvant aboutir au développement de certaines pathologies, comme la maladie de Crohn. Des chercheurs de l’Inserm, du CNRS et de Université de Paris ont montré que les émulsifiants alimentaires présents dans de nombreux plats transformés pouvaient avoir un impact délétère sur certaines bactéries spécifiques du microbiote intestinal, conduisant à une inflammation chronique. Leurs résultats sont publiés dans Cell Reports.

La prévalence des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin ne cesse d’augmenter dans tous les pays du monde. Près de 20 millions de personnes seraient concernées. Caractérisées par l’inflammation de la paroi d’une partie du tube digestif, ces pathologies regroupent notamment la maladie de Crohn et les rectocolites hémorragiques.

Plusieurs facteurs, à la fois génétiques et environnementaux, ont été mis en cause pour expliquer l’inflammation de l’intestin associée à ces maladies. Depuis plusieurs années, le chercheur Inserm Benoît Chassaing et son équipe à l’Institut Cochin (Inserm/CNRS/Université de Paris) s’intéressent au rôle de l’alimentation et notamment à l’impact de certains additifs alimentaires comme les émulsifiants.

Largement utilisés par l’industrie agroalimentaire dans de nombreux produits transformés, les émulsifiants ont pour fonction d’en améliorer la texture et d’en prolonger la durée de conservation. Par exemple, des émulsifiants comme la lécithine et les polysorbates permettent de garantir la texture onctueuse des crèmes glacées industrielles et d’éviter qu’elles ne fondent trop rapidement une fois servies.

Par ailleurs, dans des modèles de souris dont le microbiote était composé d’une faible diversité de bactéries, les chercheurs ont observé que les animaux étaient protégés contre les effets négatifs de certains émulsifiants.

Ils ont donc émis l’hypothèse que les émulsifiants impacteraient seulement certaines bactéries spécifiques, inoffensives dans des conditions «normales», mais ayant un potentiel pathogène. C’est seulement en présence d’agents émulsifiants que ces dernières seraient capables de favoriser le développement d’une inflammation intestinale chronique et de maladies associées.

Dans le cadre de leur étude publiée dans Cell Reports, les chercheurs ont cette fois ci travaillé à partir de deux modèles de souris : l’un sans microbiote et l’autre avec un microbiote simple comportant seulement 8 espèces de bactérie. Ils les ont colonisés avec une souche de la bactérie Escherichia coli (les «bactéries AIEC ou Adherent-invasive Escherichia coli») associée à la maladie de Crohn.

NB: Un émulsifiant est un composé qui a une affinité à la fois avec l’eau et avec l’huile et qui permet aux différentes phases d’un composé de rester mélangées.

La sécurité des aliments, ce n'est pas comme vendre des t-shirts, selon un expert de l'OMS à la conférence annuelle de l'IAFP

« Un expert de l'OMS en sécurité des aliments s'exprime à l'IAFP », source article de Joe Whitworth paru le 28 octobre 2020 dans Food Safety News.

La pandémie de coronavirus, pourquoi produire des aliments n'est pas comme vendre des t-shirts, et le rôle de la technologie dans l'investigations ur les épidémies ont été les points saillants d'une conférence proposée par un expert en sécurité des aliments de l'Organisation mondiale de la Santé.

Peter (Karim) Ben Embarek a présenté une conférence lors de la John H. Silliker Lecture, traditionnellement, le dernier jour de la réunion annuelle de l’International Association for Food Protection’s (IAFP), une conférence tenue virtuellement.

Lorsqu'on lui a demandé ce qui l'empêchait de dormir la nuit, Ben Embarek a déclaré qu'au cours des derniers mois, il s'agissait du COVID-19, alors qu'à lors d'une autre fois, il s'agissait du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS).

«Même s'il s'agit d'un problème de santé publique, il s'agit d'une maladie infectieuse, mais elle comporte également un élément lié aux aliments. Ils sont tous deux liés à la façon dont nous produisons les aliments. Ils ont tous deux commencé dans ces environnements où des animaux et des humains interagissent étroitement dans le processus de production d'animaux destinés à l'alimentation.»

Situation évolutive du COVID-19

Ben Embarek a déclaré que lorsque la Suisse a été fermée plus tôt cette année, les seuls magasins ouverts étaient les pharmacies et les supermarchés.

«Cela montre à quel point il était et est toujours essentiel de maintenir notre approvisionnement alimentaire, de s'assurer que les personnes ont toujours accès aux aliments même si tout le reste est fermé. À cette époque, il était clair que nous devions disposer d'orientations, de recommandations et d'outils pour aider l'industrie et les autorités nationales de sécurité des aliments à maintenir notre approvisionnement alimentaire en bon état et à veiller à ce que les travailleurs de toute la chaîne de production alimentaire restent en bonne santé. Ces conseils, après quelques mois, ont déjà besoin d'être mis à jour pour montrer à quelle vitesse notre compréhension et nos connaissances sur COVID évoluent.»

Un autre élément important était la nécessité de comprendre dans quelle mesure le virus peut survivre sur les surfaces et les aliments.

«Nous savons qu'il survit sur les aliments surgelés et réfrigérés et lorsque ces produits font l'objet d'un commerce international, cela commence à créer un problème comme nous l'avons vu ces derniers mois, en particulier en Chine. Il y a des découvertes régulières de produits importés congelés contaminés par le virus et ils prennent des mesures commerciales contre ces produits», a déclaré Ben Embarek.

«Il est vrai dans de nombreux cas, ce n'est probablement que l'ARN que nous détectons mais apparemment dans certains cas, des virus viables sont également retrouvés et nous savons par des études expérimentales que le virus ne perd pas sa viabilité pendant la période de congélation de plusieurs semaines correspondant à les modèles commerciaux normaux dans le commerce international.»

«Un autre élément préoccupant est qu'en août, le CDC chinois a annoncé les conclusions des enquêtes sur l'une de leurs plus grandes épidémies à Pékin en juin, où ils avaient quelque 800 cas liés à un marché de gros. Ils ont conclu que le virus avait été introduit par des produits surgelés mis sur le marché. Nous n'avons vu aucun détail de cette enquête et dans quelle mesure la transmission aurait pu se produire. Nous devons être un peu prudents et même s'il n'y a pas de risque ou de problème énorme, nous devons mieux comprendre ce qui se passe dans ces conditions où nous manipulons des produits congelés et réfrigérés dans des environnements humides et humides.»

Mêmes pathogènes, produits différents

Ben Embarek dirige également le réseau international des autorités de sécurité des aliments (INFOSAN).

«Les tendances que nous avons observées ces dernières années sont une augmentation des événements impliquant des agents pathogènes traditionnels dans les nouveaux produits tels que les épidémies liées aux fruits, légumes, salades et de plus en plus ils impliquent des baies congelées commercialisées au niveau international», a-t-il déclaré.

«Celles-ci sont assez intéressantes car avec les nouvelles technologies et le savoir-faire agricole, les baies sont produites à bas prix partout sur la planète dans des endroits où l'hygiène et l'attention portée à la qualité de l'eau et à l'irrigation ne sont peut-être pas ce qu'elles devraient être. Cela illustre les changements que nous constatons dans la production mondiale et la diffusion des technologies de production sans avoir la diffusion associée d'un contrôle strict et des normes d'hygiène élevées et c'est malheureusement ce qui caractérise le tableau de la sécurité des aliments aujourd'hui. Cette déconnexion entre les capacités à produire presque n'importe quoi partout sans avoir le niveau élevé de contrôle alimentaire associé.»

«L'utilisation du séquençage du génome entier (WGS) a aidé à comprendre la grande épidémie sud-africaine à Listeria en 2017 et 2018», a déclaré Ben Embarek.

«Sans l'utilisation de cette technologie, nous aurions eu une épidémie beaucoup plus importante et il aurait été beaucoup plus difficile, voire impossible, de retrouver l'origine de la contamination En même temps que cette grande épidémie se développait, le pays avait également un certain nombre de petites épidémies en arrière-plan avec différentes souches de Listeria liées à différents produits. Sans l'utilisation du WGS, il aurait été difficile de démêler ces différentes flambées de la plus importante et d'identifier la source», a-t-il déclaré.

«Ce ne sera pas la technologie qui résoudra tout à l'avenir, mais elle aidera à détecter et à résoudre les épidémies beaucoup plus rapidement. Trouver la source d'une épidémie nous aide à comprendre ce qui n'a pas fonctionné et chaque fois que nous avons cette information, nous pouvons corriger et tirer des leçons de ces erreurs et problèmes dont nous n'avions pas conscience dans les matières premières et les processus. Cela nous aidera à construire lentement un environnement de sécurité des aliments plus sûr. Il est vrai que nous aurons encore besoin de microbiologistes alimentaires et de personnes capables de cultiver des bactéries pour comprendre la biologie des bactéries et des virus dans les aliments et dans l'environnement.»

La sécurité des aliments, ce n'est pas comme vendre des t-shirts

Certains services réglementaires, des producteurs et des chercheurs en matière de sécurité des aliments apprennent de ces événements, mais il existe un grand groupe qui ne semble rien apprendre, a déclaré Ben Embarek.

«De toute évidence, il y a trop de cow-boys qui produisent et distribuent des aliments qui ne devraient pas être autorisés à le faire parce que le management de l'hygiène et de la sécurité des aliments est quelque chose qui nécessite un certain niveau de compréhension des problèmes et de la gravité de la gestion de ces choses», a-t-il déclaré.

«Ce n'est pas comme produire un T-shirt où si vous lésinez et que le consommateur n'est pas satisfait de votre T-shirt, cela durera trois mois et la prochaine fois, il n'achètera pas le même T-shirt, mais vous serez toujours là produire des T-shirts et aucun mal n'aura été fait.»

«Si vous lésinez à prendre des précautions lors de la production d'aliments, vous pourriez finir par tuer quelqu'un ou le bébé de quelqu'un, ce qui est bien plus grave. Malheureusement, nous semblons avoir la même attitude de laisser-faire pour permettre à qui peut produire et qui ne peut pas et c'est quelque chose qui va et doit changer, car nous ne pouvons pas continuer à avoir ce type de double niveau de sérieux dans la façon dont nous produisons des aliments. Nous sommes dans un environnement mondialisé où tout produit alimentaire peut se retrouver sur n'importe quelle table dans le monde.»

Il doit également y avoir un moyen d'impliquer les différentes parties prenantes, selon Ben Embarek.

«Les producteurs alimentaires sont assis sur une énorme mine d'or d'informations à travers toutes les données qu'ils génèrent par rapport aux autorités nationales, aux services d'inspection et aux instituts de recherche. La majeure partie des données provient de l'industrie et malheureusement, cette mine d'or n'est pas exploitée, nous jetons simplement toutes ces données après qu'elles soient utilisées et pour lesquelles elles ont été générées et nous oublions que si nous les combinons avec des données générées ailleurs et par d'autres, nous pourrions avoir une meilleure compréhension de notre environnement alimentaire.»

«Nous sommes toujours, en 2020, dans l'obscurité quand nous regardons notre approvisionnement alimentaire et nos environnements, nous avons de petites fenêtres de lumière ici et là où nous avons une compréhension semi-correcte de ce qui est dans nos aliments et de son évolution. des dangers et des risques, mais la grande majorité des informations ne sont pas visibles.»

Ben Embarek a également parlé des défis liés à l'alimentation d'une population mondiale croissante, au gaspillage alimentaire, à la production alimentaire par des robots et au changement de régime alimentaire en s'éloignant de la viande.