Un virus bactérien a contribué à la propagation d'une nouvelle souche de Salmonella

«Un virus bactérien a contribué à la propagation d'une nouvelle souche de Salmonella», source Quadram Institute.

Des chercheurs de l'Institut Quadram ont impliqué un virus porteur de toxine dans l'émergence d'une nouvelle souche de Salmonella chez le porc.

Salmonella est associée à un grand nombre de cas d'infection d'origine alimentaire entraînant des diarrhées et, dans certains cas, des complications graves. La moitié de toutes les infections à Salmonella dans l'Union européenne sont liées aux porcs, et une nouvelle souche appelée ST34 est dominante chez cet animal d'élevage. Le ST34 s'est maintenant propagé dans les populations de porcs du monde entier et est pandémique.

On sait que de nouvelles souches sont apparues à plusieurs reprises depuis le début des registres de surveillance il y a plus de 60 ans. La souche ST34 est un type de Salmonella appelé Typhimurium, qui représente un quart de toutes les infections à Salmonella. Au Royaume-Uni, plus de la moitié de toutes les infections à Typhimurium sont désormais causées par la souche ST34. Typhimurium a augmenté en proportion de toutes les infections à Salmonella pendant plus d'une décennie, en grande partie en raison de l'émergence de cette nouvelle souche.

Contrairement à Salmonella apparentée appelée Enteritidis qui a été largement contrôlée dans les troupeaux de poules pondeuses au Royaume-Uni, peu de progrès ont été accomplis ces dernières années pour lutter contre Salmonella Typhimurium. Le remplacement occasionnel de la souche épidémique dominante de Typhimurium causant la maladie peut en faire une cible mouvante. Par conséquent, il est important de comprendre pourquoi de nouvelles souches émergent et ce qui les distingue des souches précédentes pour concevoir des moyens de lutter contre ce pathogène.

Les virus sont surtout connus pour être à l'origine de certaines des pires infections chez les humains à travers l'histoire, et la pandémie actuelle de SRAS-CoV-2 ne fait pas exception. Ce sont de très petits paquets de matériel génétique qui nécessitent des cellules pour reproduire leur matériel génétique et, ce faisant, provoquent des maladies. Il existe également des virus, appelés bactériophages, qui utilisent des bactéries pour se répliquer et, ce faisant, tuent la bactérie. Cependant, certains peuvent également se cacher à l’intérieur de la cellule bactérienne en fusionnant avec le matériel génétique de la bactérie.

Dans un nouvel article, publié dans la revue Microbial Genomics, article en accès libre, les chercheurs rapportent que c'est ce qui s'est produit peut-être des centaines de fois lors de l'émergence de la souche pandémique ST34 et que cela a aidé la bactérie à se propager dans le monde.

L'étude a été menée par Eleonora Tassinari et le professeur Rob Kingsley du Quadram Institute et de l'Université d'East Anglia et son groupe de recherche, travaillant avec Public Health England (PHE), Animal and Plants Health Agency (APHA), Earlham Institute et Teagasc Food Research Center. Leur étude a été financée par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council, qui fait partie de l'UK Research and Innovation.

Ils ont découvert que l'ancêtre commun de l'épidémie chez les porcs britanniques existait il y a environ 30 ans, mais est passé inaperçu jusqu'en 2005, lorsque la surveillance par l'APHA a détecté pour la première fois le ST34 en faible nombre.

L'analyse de la séquence du génome des infections humaines à l'aide des données de PHE a indiqué qu'un virus bactérien appelé mTmV infectait ST34 à plusieurs reprises à partir de 2002.

En analysant la structure de la population de ST34, il était clair que Salmonella hébergeant le virus mTmV dans son matériel génétique devenait plus nombreux au fil du temps et qu'il avait acquis un avantage concurrentiel sur les autres Salmonella dépourvus de virus. L’inspection plus détaillée du virus a révélé qu’il portait un gène appelé sopE codant pour une «toxine» connue pour aider Salmonella à infecter leurs espèces animales hôtes, à provoquer des diarrhées et à être transmises à de nouveaux hôtes dans l’alimentation humaine et animale.