L'entrée du variant sud-africain en France, c'était open bar !

Variant sud-africain

Eurosurveillance rapporte dans un article les chaînes de transmission liées au variant B.1.351 (ou variant sud-africain) du SARS-CoV-2 importé en France métropolitaine, janvier 2021.

Les 13 et 14 janvier 2021, deux cas confirmés d'infection par le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère avec le variant B.1.351 ont été rapportés par le Laboratoire National de Référence pour les maladies respiratoires aux agences régionales de santé respectives (ARS, bureaux régionaux du Ministère de la Santé) pour l'Ile-de-France et pour les Pays de la Loire et à Santé publique France.

Ces cas avaient voyagé à la mi-décembre 2020 avec un groupe au Mozambique, qui partage une frontière avec l'Afrique du Sud, où ils ont participé à un rassemblement religieux. Une équipe conjointe d'épidémiologistes, d'agents de santé publique et de spécialistes cliniques et virologiques a coopéré dans toute la France pour enquêter d'urgence et lancer des mesures de contrôle.

Conclusion

Les rassemblements religieux et autres grands rassemblements ont joué un rôle important dans la propagation du SARS-CoV-2 depuis 2020. Les cas importés servent d'événements sentinelles pour les pays touchés qui ne sont pas en mesure de surveiller les variants émergents. Au moment de l'enquête, le variant SARS-CoV-2 B.1.351 n'avait été signalé qu'en Afrique du Sud. Cela met en évidence les difficultés à établir des lignes directrices pour identifier les zones à risque, ce qui était déjà un défi au début de la pandémie. Avant cette enquête, il peut y avoir eu d'autres cas importés du variant B.1.351, qui n'ont pas été détectés.

Selon les données limitées fournies par cette enquête, les temps d'incubation et les taux d'attaque clinique de ce variant semblent en ligne avec ceux décrits pour les souches de SARS-CoV-2 précédemment en circulation. Les intervalles, les taux de létalité et les nombres de reproduction dans les communautés, en particulier par groupe d'âge et par sexe à la naissance, doivent être mieux documentés pour guider les actions de santé publique futures. Les messages sur les mesures de barrière et de distanciation devraient être renforcés.

Commentaires. Merci aux auteurs qui ont réalisé cette étude car comme ils le disent, Cela met en évidence les difficultés à établir des lignes directrices pour identifier les zones à risque, ce qui était déjà un défi au début de la pandémie.

Le problème de la fermeture des frontières doit aussi être évoqué, et ça n'a pas été hélas le cas, sans oublier le fameux tryptique, tester, tracer, isoler, toujours encore formalisé à ce jour en France ... et pendant ce temps, on nous confine ...

Les audits à distance à l'honneur au GFSI

«Les audits à distance à l'honneur au GFSI», source article de Joe Whitworth paru le 2 avril 2021 dans Food Safety News.

Il y a un manque de confiance dans les audits à distance de la part de certains dans l'industrie alimentaire, selon un expert qui s'est penché sur le sujet pour le compte de la Global Food Safety Initiative (GFSI).

Seuls les audits à distance ne sont pas reconnus par le GFSI, mais un audit mixte, qui implique des contrôles virtuels et sur site, est accepté. Les propriétaires de programmes de certification tels que BRCGS et FSSC 22000 proposent des audits en sécurité des alimens entièrement à distance.

Alan Gillies, directeur général d'AGLC, a aidé à produire un rapport pour le GFSI sur les audits à distance, mais celui-ci n'a pas encore été rendu public.

«Le GFSI a commencé par une question simple: existe-t-il des preuves scientifiques valables pour montrer que nous pouvons fournir le même niveau d'assurance par un audit à distance facilité par vidéo que par une visite sur site? La réponse simple est non», a-t-il dit lors de la conférence virtuelle GFSI 2021.

«Nous avons constaté qu'en raison de ce qui s'est passé et de la réponse de l'industrie, il se passait beaucoup de choses, donc une autre conclusion pour le GFSI était que c'était une réelle opportunité en tant qu'industrie d'apprendre de l'année que nous avons eue, de ce qu'elle a fait à la pandémie et utilisez-la à l'avenir. L'autre thème était la vidéo, les audits à distance sont le début du voyage de l'utilisation de la technologie dans la sécurité des aliments. Le but de l'introduction de la technologie devrait être d'améliorer les auditeurs et de rendre les aliments plus sûrs. Je ne vois pas les deux en compétition. »

Gillies, également président d'un panel du GFSI sur l'utilisation des TIC (Technologies de l'Information et de la Communication) dans les audits à distance, a dit que tout le secteur ne faisait pas confiance au processus d'audit à distance.

«Un certain nombre de personnes ont dit qu'elles voulaient recommencer à faire des audits correctement, ce qui suggère que les gens voient cela comme un palliatif et que ceux qui tentent des audits à distance le font généralement avec leurs sites à faible risque. Il y avait un manque de confiance dans certaines réponses que nous pourrions atteindre le même niveau de confiance», a-t-il dit.

Surveillance continue au lieu d'une surveillance par à-coups

Selon Gillies, des technologies de surveillance qui arrivent doivent permettent de générer beaucoup de données au fur et à mesure au lieu d'un modèle d'instantané, par à-coups, qui fait partie de l'audit traditionnel.

«Certaines personnes ont dit: allons-nous remplacer l'audit par une surveillance continue? Je ne pense pas que ce soit le cas. Nous changeons la façon dont les gens travaillent, mais nous ne nous en débarrassons pas complètement. Si vous passez d'un système d'audit instantané à un système basé sur une surveillance continue, cela peut nous donner beaucoup de confiance afin que nous puissions voir ce qui se passe tout le temps et pas seulement entre les audits. Mais ensuite, il est nécessaire de vérifier que la surveillance trouve ce que vous pensez trouver et que les processus sont fiables. Je pense que nous allons changer la nature et les relations entre les différents types d’audit, mais l’audit est là pour rester.»

Gillies a dit que l'avenir pourrait être l'audit du processus de surveillance plutôt que de la sécurité des aliments.

«Nous devons auditer que les personnes comprennent ce que les données leur disent, que l'équipement fonctionne correctement et génère les bonnes données et que nous mesurons ce qui est important et non ce qui est facile, car ce ne sont pas toujours sur les choses simples que repose la sécurité des aliments. Je ne pense pas que les personnes doivent s'inquiéter de leur travail de si tôt. Ils doivent être prêts à préparer l’audit, mais ils trouveront de nouveaux challenges dans le monde facilité par la technologie», a dit Gillies.

Les technologies de surveillance sont efficaces pour rechercher les problèmes dont vous savez qu'ils sont là, a dit Gillies.

«Donc, si vous prévoyez que ce sont des événements probables, il est souvent plus facile de créer des systèmes de surveillance pour les rechercher en permanence et les trouver», a-t-il dit. «Nous pouvons donner de nouveaux problèmes aux êtres humains. Dans toute situation où vous vous présentez et que vous concevez de nouvelles méthodes de surveillance, les personnes qui connaissent le mieux les problèmes sont celles sur le terrain. Le personnel comprend son processus et son environnement.»

Nourrir 22 millions par jour

Une autre session a couvert la résilience et la technologie avec des conférenciers de Nestlé, Cargill et Ecolab.

David Maclennan, dirigeant de Cargill, a dit qu'il y avait beaucoup de pression de la part des gouvernements des États, des autorités locales, fédérales et des autorités non américaines pour continuer à produire de la des aliments pour nourrir les personnes.

«La clé d'un système de chaîne d'approvisionnement alimentaire résilient est le libre accès au commerce, réduisant les barrières qui sont érigées dans les moments de panique comme le COVID par les gouvernements, mais nous devons continuer à faire circuler les aliments à travers les frontières.»

Maclennan a ajouté que l’une des usines de production de viande bovine de l’entreprise nourrit 22 millions de personnes par jour.

«Le mantra est de vous perturber ou quelqu'un d'autre va vous perturber. Cela étant dit, l'agriculture a été un peu plus lente en tant qu'industrie à adopter la technologie, mais le rythme du changement s'accélère rapidement. Les personnes veulent en savoir plus sur la provenance de leur aliments. Il ne suffit plus de faire confiance à une marque, qui sont ses fournisseurs, à quoi ressemblent ces entreprises? Ainsi, la demande de connaissances et de traçabilité sur la consommation alimentaire de base est plus élevée qu'elle ne l'a jamais été et c'est un domaine dans lequel nous avons passé beaucoup de temps à développer la technologie.»

Les perturbations liées au COVID-19 signifiaient que les affaires n'étaient pas comme d'habitude, a dit Maclennan.

«Nous avons eu une formation session avec 300 000 producteurs laitiers en Chine en ligne», a-t-il dit. «Il n'y aurait eu aucun moyen de les former tous au même moment, autrement que par la technologie. Un autre exemple est l'intelligence artificielle, nous avons une technologie de reconnaissance faciale pour les vaches. Il est donc en mesure de suivre les vaches laitières pour voir si elles mangent correctement, reçoivent-elles suffisamment d'eau, quel est leur état de santé et le fermier doit-il changer ses rations alimentaires ou ses formulations car une vache ne boit pas ou ne mange pas correctement.»

Résoudre les problèmes plus rapidement

Natasa Matysova, responsable de la gestion de la qualité chez Nestlé, a dit que 2020 avait accéléré l'adoption des technologies numériques.

«C'est la routine quotidienne normale où vous surveillez votre environnement et avez parfois des découvertes que vous devez éradiquer par des pratiques de nettoyage et de désinfection appropriées», a-t-elle dit.

«Alors, comment pouvons-nous permettre à nos salariést à ceux qui sont en première ligne de connaître les résultats? Nous utilisons une plate-forme de travail connecté qui est une opération sur tablette où l'opérateur voit toutes les données dont il a besoin pour faire fonctionner sa ligne, qu'il s'agisse de performances, de contrôles de qualité ou de résultats de surveillance environnementale. Il voit où se trouve la dernier résultat, découvre quelle est la procédure appropriée et l'applique. Ainsi, le professionnel de la qualité peut se recentrer sur des actions préventives, du coaching et de l'aide.»

Matysova a dit que lorsqu'un micro-organisme est découvert, ils utilisent la bioinformatique et le séquençage du génome entier pour en savoir plus.

«Nous pouvons le faire pour Listeria et Salmonella et cela nous indique si le micro-organisme est une bactérie à domicile ou d'un visiteur de l'installation et nous devons retrouver l'origine dans une matière première ou des personnes. Lorsque nous avons ces événements et que nous devons soutenir l'usine parce qu'elle n'a peut-être pas l'expertise, au cours des dernières années, nous aurions fait venir des personnes par avion et retardé la solution du problème. Aujourd'hui, nous utilisons Google Glass, nous nous voyons dans l'usine, nous voyons le problème et nous aidons à le résoudre sur le site sans tarder», a-t-elle dit.

«Quoi que nous ayons appris pendant cette pandémie, cela restera et deviendra une pratique courante. Nous avons d'autres outils numériques qui nous aident à prédire ce qui va suivre, qu'il s'agisse d'analyses avancées ou d'intelligence artificielle, cela devient une routine normale de travail et nous nous appuyons sur les données et nous nous efforçons de mieux prédire et éradiquer avant que cela ne devienne un problème.»

Apprendre des incidents

Christophe Beck, dirigeant d'Ecolab, a parlé de trois capacités: prédire les perturbations qui pourraient survenir, aider les clients à réagir et fournir un contrôle en temps réel pour apprendre et se préparer au prochain problème.

«Il peut s'agir de la peste porcine africaine ou d'une épidémie à E. coli dans une usine ou un groupe d'usines. Nos clients et nous-mêmes pouvons voir quand les choses vont mal, nous savons où se trouve le maillon le plus faible dans une usine et nous aidons à y répondre le plus rapidement possible. Chaque fois qu'il y a une perturbation, nous en apprenons un peu plus et nous nous améliorons.»

Beck a dit qu'il aurait été plus difficile pour l'industrie d'avoir géré les opérations il y a 10 ou 15 ans.

«Étant donné que nous avons 40 000 systèmes dans le monde qui sont connectés au cloud, cela nous aide à générer tellement d'informations que nous pouvons comparer entre les usines, les entreprises ou les secteurs pour comprendre ce qui est le mieux et le pire. Nous avons une surveillance 24h sur 24 et 7j sur 7 avec les clients connectés au cloud. Nous pouvons y remédier à distance, le prévenirt et poursuivre les opérations», a-t-il dit.

«Nous voyons les consommateurs passer de la supposition qu'il est digne de confiance à vous devez me démontrer que je devrais vous faire confiance. Nous avons appris à nos dépens pendant la pandémie avec nos clients d'hôtels et de restaurants, où de nombreux clients ne voulaient pas aller dans les restaurants et les hôtels parce qu'ils craignaient de tomber malades avec le COVID-19.»

Des enfants touchés dans une épidémie à STEC en Irlande

«Des enfants malades dans une épidémie à STEC en Irlande», source Food Safety News.

Les responsables de la santé publique en Irlande recherchent la source d'une épidémie à E. coli O26 dans une partie du pays.

Le ministère de la santé publique du Mid-West du Health Service Executive (HSE) enquête sur l'épidémie à E. coli producteurs shigatoxines (STEC) qui a affecté un milieu dans une région qui comprend Clare, Limerick et North Tipperary.

Les STEC, également connu sous le nom de E. coli vérotoxinogène (VTEC), a provoqué l'épidémie chez des jeunes enfants ces dernières semaines.

Il s'agit de la première épidémie du genre signalée cette année dans la région. À ce jour, en 2021, 14 cas à STEC ont été enregistrés dans la région.

L'incidence des STEC a tendance à être plus élevée par temps chaud, en particulier pendant l'été, selon les responsables de la santé, bien que le nombre annuel soit probablement plus faible en 2021 en raison de la pandémie de COVID-19. Dans la région du Mid-West, il y a eu 128 cas en 2018; 130 en 2019; et 117 en 2020.

Public Health Mid-West ne partagerait aucun détail sur l'âge et le sexe des patients ou si l'un d'entre eux avait développé un syndrome hémolytique et urémique (SHU), invoquant la confidentialité des patients.

L'agence continue de prendre en compte une série de facteurs de risque pour l'épidémie qu'elle a décrite comme sous contrôle. Lorsqu'un enfant est infecté par les STEC, il y a un risque accru de contact de personne à personne dans les garderies ou les ménages où se trouvent des enfants de moins de cinq ans.

Le Dr Rose Fitzgerald, spécialiste en médecine de santé publique à Public Health Mid-West, a déclaré: «L'Irlande a l'un des taux d'incidence les plus élevés de STEC en Europe, et le Mid-West a l'un des taux d'incidence les plus élevés d'Irlande.»

«Toute personne infectée ou en contact étroit avec un cas doit être vu par un médecin avant de faire des soins de santé, de la garde d'enfants ou à un travail impliquant la manipulation d'aliments. C’est une maladie grave qui peut entraîner de graves maladies qui changent la vie des jeunes enfants et des personnes âgées. Il souligne l'importance de l'hygiène des mains avant et après la préparation des aliments, après le contact avec les animaux de la ferme et leur environnement, ainsi que du traitement et de la réhabilitation efficaces des puits privés.»

Vaccination: Si l'Europe est à la traîne, c'est la faute à Ursula von der Leyen ...

C'est sûr demain il y aura des doses par millions, vieille rengaine entendue tant de fois, et pour reprendre une expression chère de Gavroche,

Si l'Europe est à la traîne, c'est la faute à Ursula von der Leyen,
Si la vaccination bat de l'aile, c'est la faute à Charles Michel,

Si les vaccins sont en perdition, c'est la faute à Thierry Breton.

Ursula von der Leyen est la présidente de la Commission européenne,

Charles Michel est le président du Conseil européen,

Thierry Breton est Commissaire européen et ci-devant Monsier Vaccin au niveau de l'UE.

«La lenteur du déploiement des vaccins prolonge la pandémie», selon un communiqué de l'OMS Europe du 31 mars 2021. C'est clair et sans détour ...

Extraits.

Alors que les variants préoccupants continuent de se propager et que la pression sur les hôpitaux augmente, les fêtes religieuses entraînent une mobilité accrue. Accélérer le déploiement de la vaccination est crucial car les nouveaux cas dans la zone européenne de l'OMS augmentent dans tous les groupes d'âge, sauf un.

La semaine dernière, la transmission du COVID-19 a augmenté dans la majorité des pays de la zone européenne de l'OMS, avec 1,6 million de nouveaux cas et près de 24 000 décès. La zone européenne reste la deuxième plus touchée par le SRAS-CoV-2 de toutes les régions du monde, avec un nombre total de décès approchant rapidement le million et le nombre total de cas sur le point de dépasser les 45 millions.

«Il y a 5 semaines à peine, le nombre hebdomadaire de nouveaux cas en Europe était tombé à moins d’un million, mais la situation de la zone européenne est désormais plus préoccupante qu’elle ne l’a été depuis plusieurs mois. Il existe des risques associés à l'augmentation de la mobilité et des rassemblements pendant les fêtes religieuses. De nombreux pays sont en train d'introduire de nouvelles mesures qui sont nécessaires et chacun devrait les suivre autant qu'il le peut», a dit le Dr Dorit Nitzan, Directrice régionale des urgences du Bureau régional de l'OMS pour l'Europe.

«Les vaccins représentent notre meilleur moyen de sortir de cette pandémie. Non seulement ils fonctionnent, mais ils sont également très efficaces pour prévenir les infections. Cependant, le déploiement de ces vaccins est d'une lenteur inacceptable. Et tant que la couverture reste faible, nous devons appliquer les mêmes mesures de santé publique et sociale que par le passé, pour compenser les retards d'horaires. Soyons clairs: nous devons accélérer le processus en accélérant la fabrication, en réduisant les obstacles à l’administration des vaccins et en utilisant chaque flacon que nous avons en stock, maintenant», a déclaré le Dr Hans Henri P. Kluge, Directeur régional de l’OMS pour l’Europe.

Estimation de l'exposition aux microplastiques durant la vie

«Estimation de l'exposition aux microplastiques durant la vie», source ACS News.

«Lifetime Accumulation of Microplastic in Children and Adults» (Accumulation pendant la vie de microplastiques chez les enfants et les adultes), article paru dans Environmental Science & Technology.

Chaque jour, des personnes sont exposées aux microplastiques provenant des aliments, de l'eau, des boissons et de l'air. Mais on ne sait pas exactement combien de ces particules s’accumulent dans le corps humain et si elles présentent des risques pour la santé. Désormais, des chercheurs rapportant dans Environmental Science & Technology de l'ACS ont développé un modèle d'exposition aux microplastiques pour la vie qui tient compte des niveaux variables provenant de différentes sources et dans différentes populations. Le nouveau modèle indique une masse moyenne d'accumulation de microplastiques plus faible que les estimations précédentes.

Les microplastiques, qui sont de minuscules morceaux de plastique dont la taille varie de 1 µm à 5 mm (environ la largeur d'une gomme à crayon), sont ingérés à partir de diverses sources, telles que l'eau en bouteille, le sel et les produits de la mer. Leur sort et leur transport dans le corps humain sont en grande partie inconnus, bien que les particules aient été détectées dans les selles humaines. En plus de causer des dommages aux tissus et une inflammation, les microplastiques pourraient être une source de cancérogènes et d'autres composés dangereux qui s'infiltrent du plastique dans le corps. Des études antérieures ont tenté d'estimer l'exposition humaine aux particules et à leurs produits chimiques lessivés, mais elles ont des limites, notamment des divergences dans les bases de données utilisées, un échec de la prise en compte de toute la gamme de tailles des microplastiques et l'utilisation de taux d'exposition moyens qui ne reflètent pas les apports mondiaux. Nur Hazimah Mohamed Nor, Albert Koelmans et leurs collègues voulaient développer un modèle complet pour estimer l'exposition durant la vie des adultes et des enfants aux microplastiques et à leurs produits chimiques associés.

Pour fabriquer leur modèle, les chercheurs ont identifié 134 études rapportant des concentrations de microplastiques dans les poissons, les mollusques, les crustacés, l'eau du robinet ou en bouteille, la bière, le lait, le sel et l'air. Ils ont corrigé les données afin de pouvoir les comparer avec précision entre les différentes études. Ensuite, l'équipe a utilisé des données sur la consommation alimentaire dans différents pays pour différents groupes d'âge pour estimer les fourchettes d'ingestion de microplastiques. Ces informations, combinées aux taux d'absorption microplastique du tractus gastro-intestinal et d'excrétion par le foie, ont été utilisées pour estimer la distribution microplastique dans l'intestin et les tissus. Le modèle prévoyait qu'à l'âge de 18 ans, les enfants pourraient accumuler en moyenne 8 300 particules (6,4 ng) de microplastiques dans leurs tissus, alors qu'à 70 ans, les adultes pourraient accumuler en moyenne 50 100 particules de microplastique (40,7 ng). Les quantités estimées de quatre produits chimiques lessivés des plastiques étaient faibles par rapport à l'apport total d'une personne de ces composés, ont conclu les chercheurs. Ces données suggèrent que des études antérieures pourraient avoir surestimé l'exposition aux microplastiques et les risques potentiels pour la santé, mais il sera important d'évaluer les contributions d'autres types d'aliments à l'ingestion et à l'accumulation, selon les chercheurs.

Mise à jour du 21 mai 2021. On lira ce document de l'Anses, Microplastiques et nanomatériaux.

Comment la vie industrialisée remodèle le microbiome

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«Comment la vie industrialisée remodèle le microbiome», source MIT News.

Une étude internationale révèle que les bactéries intestinales des personnes dans les sociétés industrialisées échangent des gènes à des taux beaucoup plus élevés.

Des milliers d'espèces bactériennes différentes vivent dans l'intestin humain. La plupart sont bénéfiques, tandis que d'autres peuvent être nuisibles. Une nouvelle étude d'une équipe dirigée par le MIT a révélé que ces populations bactériennes peuvent se refaire au cours de la vie de leur hôte, en réalisant des allers-retours de gènes.

Les chercheurs ont également montré que ce type de transfert de gènes se produit plus fréquemment dans les microbiomes des personnes vivant dans les sociétés industrialisées, peut-être en réponse à leur alimentation et à leur mode de vie spécifiques.

«Une conséquence inattendue des humains vivant dans les villes est peut-être que nous avons créé des conditions très propices à l’échange de gènes entre les bactéries qui peuplent notre intestin», a dit Eric Alm, directeur du Center for Microbiome Informatics and Therapeutics du MIT. professeur de génie biologique et de génie civil et environnemental au MIT, membre du Broad Institute du MIT et de Harvard, et auteur principal de la nouvelle étude.

L'étude est le premier article majeur du Global Microbiome Conservancy (GMbC), un consortium qui collecte des échantillons de microbiome provenant de populations humaines sous-représentées dans le monde entier dans le but de préserver les espèces bactériennes qui risquent d'être perdues à mesure que l'humanité devient plus exposée à régimes et modes de vie industrialisés dans le monde.

«La plupart des espèces que nous trouvons dans les populations rurales et isolées sont des espèces que vous ne verriez pas dans le monde industrialisé», explique Mathieu Groussin, associé de recherche au MIT et l'un des principaux auteurs de l'article. «La composition du microbiome change complètement et, parallèlement, le nombre d'espèces différentes diminue. Cette moindre diversité du microbiome industrialisé pourrait être le reflet d'une mauvaise santé intestinale.»

Mathilde Poyet, associée de recherche au MIT, est également l'auteur principal de l'étude, qui apparaît dans Cell. D'autres auteurs de l'article comprennent des chercheurs d'institutions au Danemark, France, Afrique du Sud, Cameroun, Canada, Finlande, Nouvelle-Zélande, Tanzanie, Espagne, Suède, Ghana et Nigéria.

Diversité microbienne

Le GMbC a été lancé en 2016, avec pour mission de préserver la diversité du microbiome humain avant qu'elle ne soit perdue. Jusqu'à présent, le projet a recueilli des échantillons de 34 populations humaines dans le monde. Le consortium GMbC comprend des scientifiques de chaque pays où les échantillons sont collectés.

«Cet effort est dirigé par le MIT, mais il s'agit vraiment d'une collaboration mondiale», a déclaré Poyet. «Avec notre consortium international, nous consacrons du temps et des efforts à collecter et à préserver les souches bactériennes individuelles afin de pouvoir les conserver indéfiniment dans les générations futures, mais toutes ces bactéries et leurs dérivés appartiennent toujours aux participants qui les fournissent.»

Des travaux antérieurs ont montré que la composition du microbiome chez les personnes vivant dans les sociétés industrialisées est très différente de celle des populations rurales vivant dans un isolement relatif. Les populations non industrialisées ont généralement une plus grande biodiversité bactérienne, y compris de nombreuses espèces qui ne sont pas observées dans les populations industrialisées. On suppose que les différences de régime alimentaire, d'utilisation d'antibiotiques et d'exposition aux bactéries du sol contribuent à ces différences.

Dans l'étude parue dans Cell, les chercheurs ont exploré le phénomène du transfert horizontal de gènes, qui se produit lorsque des bactéries vivant dans le même environnement se transmettent des gènes entre elles. En 2011, le laboratoire d'Alm a découvert que l'intestin humain est un point chaud pour ce type d'échange de gènes. Cependant, avec la technique que les chercheurs utilisaient à l'époque, ils n'ont pu déterminer que ces transferts de gènes s'étaient probablement produits au cours des 5 000 dernières années.

Dans leur nouvelle étude, les chercheurs ont pu estimer beaucoup plus précisément quand ces transferts ont eu lieu. Pour ce faire, ils ont comparé les différences génétiques entre différentes espèces de bactéries intestinales. Lorsqu'ils ont comparé des paires d'espèces bactériennes provenant de la même personne, ils ont trouvé un taux de similitude génétique beaucoup plus élevé que celui observé dans les mêmes paires prélevées sur deux personnes différentes, confirmant que le transfert horizontal de gènes peut se produire au cours de la vie d'une personne individuelle.

«L'une des choses vraiment passionnantes à propos de cet article est que nous avons enfin pu répondre à la question de savoir si le taux de transfert horizontal a été élevé dans le microbiome humain au cours des derniers millénaires, ou est-il vrai qu'au cours de la vie de chaque personne, le les bogues dans leur intestin échangent constamment des gènes entre eux», a dit Alm.

Échange de gènes

Selon les espèces, les chercheurs ont découvert que les bactéries pouvaient obtenir entre 10 et 100 nouveaux gènes chaque année. Les chercheurs ont également constaté que le taux d'échange de gènes était significativement plus élevé chez les personnes vivant dans les sociétés industrialisées, et ils ont également constaté des différences dans les types de gènes les plus couramment échangés.

À titre d'exemple, ils ont trouvé parmi les populations pastorales qui traitent leur bétail avec des antibiotiques, des gènes de résistance aux antibiotiques sont parmi ceux échangés aux taux les plus élevés. Ils ont également constaté que les personnes issues de sociétés non industrialisées, en particulier les chasseurs-cueilleurs, avaient des taux élevés d'échange de gènes pour les gènes impliqués dans la dégradation des fibres. Cela a du sens parce que ces populations consomment généralement beaucoup plus de fibres alimentaires que les populations industrialisées, disent les chercheurs.

Parmi les microbes retrouvés dans les populations industrialisées, les chercheurs ont trouvé des taux d'échange particulièrement élevés de gènes dont le rôle est de faciliter le transfert de gènes.

Ces microbes ont également des taux d'échange plus élevés pour les gènes impliqués dans la virulence. Les chercheurs étudient actuellement comment ces gènes peuvent influencer les maladies inflammatoires telles que le syndrome du côlon irritable, qui est beaucoup plus souvent observé dans les sociétés industrialisées que dans les sociétés non industrialisées.

La recherche a été financée par le Center for Microbiome Informatics and Therapeutics du MIT, la Rasmussen Family Foundation et le prix BroadNext10 du Broad Institute.

Comment le microbiote intestinal se développe au cours des cinq premières années de la vie

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«Comment le microbiote intestinal se développe au cours des cinq premières années de la vie», source EurekAlert!

Le microbiote intestinal humain atteint en grande partie une composition de type adulte à l'âge de cinq ans, mais des différences importantes subsistent, selon une étude publiée le 31 mars dans la revue Cell Host & Microbe. Plusieurs taxons bactériens associés à la santé humaine sont acquis tard dans l'enfance et n'ont pas atteint leur abondance adulte à l'âge de cinq ans.

«Nous espérons souligner que le microbiote intestinal continue de se développer pendant l'enfance», a dit Fredrik Bäckhed, auteur principal de l'étude, de l'Université de Göteborg. «Nos résultats soulignent la possibilité que le microbiote soit particulièrement sensible aux perturbations au cours de cette installation précoce, ce qui peut avoir des effets profonds sur la santé plus tard dans la vie.»

Les nouveau-nés acquièrent des bactéries par transmission de la mère et de l'environnement lors de l'accouchement. La succession écologique au sein du microbiote intestinal est un processus dynamique pendant la petite enfance mais se stabilise pendant l'enfance. Des études antérieures ont suggéré que le microbiote commence à se stabiliser et à évoluer vers une composition de type adulte deux à trois ans après la naissance. Mais la façon dont le microbiote intestinal se développe après la petite enfance est encore mal caractérisée. En particulier, la succession par laquelle différentes bactéries sont incorporées dans le microbiote intestinal n'est pas claire.

«On a beaucoup insisté sur le microbiome intestinal pendant la petite enfance, qui est une période de développement très importante à la fois pour le microbiome intestinal et pour d’autres processus physiologiques et biologiques», a dit la co-première auteure Josefine Roswall de l’hôpital Hallands de Halmstad. «Cependant, on en sait beaucoup moins sur le développement continu du microbiome intestinal après les premières années.»

Pour combler ce manque de connaissances, les chercheurs ont analysé le microbiote de 471 enfants suédois suivis de la naissance à l'âge de cinq ans. Les auteurs ont utilisé le séquençage du gène de l'ARNr 16S pour profiler les microbes présents dans les échantillons fécaux collectés à quatre mois, un an, trois ans et cinq ans après la naissance. Ils ont également comparé le microbiote des enfants à celui de leur mère et à une population suédoise adulte.

Les changements les plus importants dans la composition du microbiote se sont produits entre l'âge de quatre et douze mois. Les bactéries courantes chez les adultes sont apparues à peu près au moment où les enfants ont commencé à manger des aliments solides. Au cours de la période de cinq ans, différents genres microbiens ont suivi quatre trajectoires de colonisation principales, augmentant en abondance et se stabilisant à divers moments après la naissance. Curieusement, le microbiote d'un petit nombre d'enfants de cinq ans était mature pour leur âge, alors que certains adultes avaient un microbiote moins mature que prévu pour leur âge.

«Nous constatons que de nombreux genres de bactéries qui dominent le microbiote intestinal adulte sont établis à trois ans», explique la co-première auteure Lisa Olsson de l'Université de Göteborg. «Cependant, nous identifions plusieurs genres bactériens et archéologiques moins abondants qui continuent d'augmenter jusqu'à l'âge de cinq ans.»

Par exemple, les enfants de cinq ans n'avaient pas les niveaux adultes de richesse de la communauté microbienne, le genre bactérien Methanobrevibacter et la famille bactérienne des Christensenellaceae. En revanche, l'abondance de l'espèce bactérienne Ruminococcus gnavus était plus faible chez les adultes que chez les enfants de cinq ans.

La faible richesse communautaire et les proportions élevées de R. gnavus ont été associées à plusieurs reprises à des maladies telles que le syndrome métabolique, l'obésité, les maladies cardiovasculaires et les maladies inflammatoires de l'intestin. En revanche, une abondance accrue de Methanobrevibacter et de certains membres des Christensenellaceae a été liée à la santé métabolique.

De plus, les enfants dont le gain de poids était plus faible que prévu entre 12 mois et 5 ans avaient un microbiote intestinal plus immature à 12 mois. À l'instar des enfants souffrant de malnutrition, les enfants suédois ayant un gain de poids plus faible avaient une abondance réduite de Faecalibacterium, qui a été liée à la santé métabolique.

Conformément aux résultats précédents, les auteurs ont observé un impact important du mode de naissance sur le microbiote intestinal au début de la vie. Plus précisément, la césarienne était associée à une plus faible diversité microbienne à quatre mois, mais celle-ci s'est normalisée à trois ans à mesure que le microbiote intestinal continuait à mûrir. En outre, 25 genres ont montré des abondances différentes chez les enfants de cinq ans nés avec une césarienne par rapport à ceux nés par voie vaginale.

Selon les auteurs, l'étude fournit une référence pour l'établissement et le développement normaux du microbiote intestinal dans la petite enfance. «Bien que nos données soient insuffisantes pour faire des déclarations sur les conditions métaboliques futures, des études expérimentales ont démontré que, si le microbiote est perturbé par les antibiotiques avant le sevrage, les souris développent l'obésité plus tard dans la vie», explique Bäckhed. «Des études futures et plus importantes sont nécessaires pour identifier les fenêtres temporelles potentielles où le microbiote intestinal peut être particulièrement important pour le développement de maladies chez l'homme.»

Révéler la fraude à la viande et au poisson avec un 'MasSpec Pen' portable en quelques secondes

«Révéler la fraude à la viande et au poisson avec un 'MasSpec Pen' portable en quelques secondes», source ACS News.

Rapid Analysis and Authentication of Meat Using the MasSpec Pen Technology ou Analyse et authentification rapides de la viande à l'aide de la technologie MasSpec Pen, source Journal of Agricultural and Food Chemistry.

La fraude à la viande et au poisson est un problème mondial qui coûte aux consommateurs des milliards de dollars chaque année. En plus de cela, un mauvais étiquetage des produits peut causer des problèmes aux personnes souffrant d'allergies, de restrictions religieuses ou culturelles. Les méthodes actuelles de détection de cette fraude, bien que précises, sont plus lentes que ne le souhaiteraient les inspecteurs. Désormais, des chercheurs dans un article pblié dans le Journal of Agricultural and Food Chemistry de l’ACS ont optimisé leur MasSpec Pen portable pour identifier les types courants de viande et de poisson en 15 secondes.

Des reportages sur la fraude alimentaire, tels que le remplacement du bœuf par de la viande de cheval et du poisson moins cher sous la marque de filets de qualité supérieure, ont conduit les consommateurs à se demander si ce qui est sur l'étiquette est réellement dans l'emballage. Pour lutter contre l'adultération des aliments, le ministère américain de l'agriculture (USDA) procède régulièrement à des inspections aléatoires de ces produits. Bien que les techniques moléculaires actuelles, telles que la PCR, soient très précises, ces analyses peuvent prendre des heures, voire des jours, et sont souvent effectuées dans des laboratoires hors site. Des études antérieures ont mis au point des méthodes d'analyse des aliments plus directes et sur site avec spectrométrie de masse, utilisant les quantités de composants moléculaires pour vérifier les sources de viande, mais elles ont également détruit des échantillons au cours du processus ou des étapes de préparation des échantillons requises. Plus récemment, Livia Eberlin et ses collègues ont développé le MasSpec Pen, un appareil portatif qui extrait doucement les composés de la surface d’un matériau en quelques secondes, puis les analyse sur un spectromètre de masse. L'équipe a donc voulu voir si cet appareil pouvait détecter rapidement et efficacement la fraude à la viande et au poisson dans les filets purs et les produits hachés.

Les chercheurs ont utilisé le MasSpec Pen pour examiner la composition moléculaire du bœuf, du poulet, du porc, de l'agneau, du chevreuil et de cinq espèces de poissons courants récoltés dans les magasins. Une fois la pointe de l'appareil pressée contre un échantillon, une gouttelette de 20 µL de solvant a été libérée, extrayant des quantités suffisantes de molécules en trois secondes pour une analyse précise par spectrométrie de masse. L'ensemble du processus a duré 15 secondes, n'a nécessité aucun prétraitement et l'extraction du liquide n'a pas endommagé les surfaces des échantillons. Ensuite, l'équipe a développé des modèles d'authentification utilisant les modèles uniques des molécules identifiées, y compris la carnosine, l'ansérine, l'acide succinique, la xanthine et la taurine, pour distinguer les types de viande pure les uns des autres, le bœuf en fonction des habitudes alimentaires et parmi les cinq espèces de poissons. Enfin, les chercheurs ont appliqué leurs modèles à l'analyse d'ensembles de tests de viandes et de poissons. Pour ces échantillons, tous les modèles avaient une précision de 100% pour identifier la source de protéines, ce qui est aussi bon que la méthode actuelle par PCR et environ 720 fois plus rapide. Les chercheurs prévoient d'étendre la méthode à d'autres produits carnés et d'intégrer le MasSpec Pen dans un spectromètre de masse portable pour l'authentification de la viande sur place.

Les auteurs remercient le financement de la Welch Foundation et de la Gordon and Betty Moore Foundation.

Teneurs maximales en vitamines et minéraux dans les compléments alimentaires et les aliments enrichis, selon le BfR

«Teneurs maximales en vitamines et minéraux dans les compléments alimentaires et les aliments enrichis», source BfR 11/2021 du 16 mars 2021.

Le BfR a mis à jour ses recommandations pour les teneurs maximales.

Le marché des compléments alimentaires et des aliments enrichis est diversifié et en croissance continue. Les publicités promettent des effets positifs sur la santé, le bien-être et la performance. Environ un tiers des adultes en Allemagne utilisent régulièrement des compléments alimentaires, dont beaucoup contiennent des vitamines et des minéraux. Cependant, les données sur l'apport nutritionnel indiquent qu'en Allemagne, l'apport de seulement quelques vitamines et minéraux, y compris la vitamine D, le calcium, l'acide folique et l'iode, ne répond pas aux recommandations d'apport données par la Société allemande de nutrition (DGE e.V.) dans certains groupes de population.

La règle de base est qu'une alimentation équilibrée et variée fournit à un corps sain des quantités suffisantes de nutriments essentiels. Si, en plus, on prend des compléments alimentaires fortement dosés et, éventuellement, on consomme également des aliments enrichis, le risque d'un apport excessif en micronutriments en question augmente. Depuis environ deux décennies, l'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR) a été impliqué dans l'évaluation des risques pour la santé des vitamines et des minéraux, et avait déjà élaboré des propositions de teneurs maximales pour les compléments alimentaires et les aliments enrichis pour la première fois en 2004. Celes-ci ont désormais été révisés sur la base de nouvelles découvertes scientifiques. «Plus il y en a, mieux c'est - c'est aussi une idée fausse en ce qui concerne les vitamines et les minéraux», dit le professeur Dr. Andreas Hensel, président du BfR. «La dose détermine si elles bénéficient ou nuisent à notre santé.»

L'Avis du BfR sur les recommandations mises à jour pour les teneurs maximales est ici.

Vietnam: des cas de botulisme signalés dans la province de Binh Duong

«Vietnam: des cas de botulisme signalés dans la province de Binh Duong», source Outbreak News Today.

L'Administration alimentaire du Vietnam rapporte au moins un décès par botulisme et plusieurs cas suspects dans des localités telles que la province de Kon Tum et la province de Binh Duong.

Le 28 mars, dans le district de Thuan An de la province méridionale de Binh Duong, un décès et de nombreuses hospitalisations liés à la toxine botulinique ont été enregistrés.

Food Safety News rapporte le décès d'une femme dans la quarantaine décédée à l'hôpital. Sa sœur de 53 ans et sa fille de 16 ans ont reçu de l'antitoxine botulinique et leur état s'améliore.

Les cas de maladie sont liés à du pâté en conserve.

Dans la province de Kon Tum, les cas suspects sont liés à du poisson salé.

L'intoxication botulinique est une intoxication grave avec un risque élevé de décès ou d'effets à long terme sur la santé. Les patients atteints par la toxine botulniique présentent des symptômes de nausées, vomissements, ballonnements, douleurs abdominales, paralysie partant de la tête, du visage et du cou se propageant aux bras, puis aux jambes, paralysie des muscles respiratoires. Une paralysie sévère peut provoquer une insuffisance respiratoire, qui est fatale.

La toxine botulinique est produite par la bactérie Clostridium botulinum dans un environnement anaérobie (absence d'oxygène). Les produits à base de légumes, de racines, de fruits, de viande et de produits de la mer en conserve qui ne répondent pas aux conditions de sécurité des aliments risquent d'être contaminés par la bactérie Clostridium botulinum et la génération de toxine botulinique, notent les responsables.

En septembre 2020, il y avait déjà eu des cas de botulisme liés au pâté Minh Chay.