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| Image du CDC. |
Une nouvelle étude génomique menée par l'Université de Liverpool aidera à guider le développement et l'utilisation de vaccins contre une des principales causes mondiales de diarrhée sévère chez les enfants, Shigella.
Shigella est la principale cause bactérienne de diarrhée infantile sévère dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI) et devient de plus en plus résistant aux antimicrobiens. Cependant, il n'existe pas de vaccin homologué largement disponible pour Shigella et l'un des principaux défis de son développement est la diversité génomique et phénotypique considérable de la bactérie.
Dans un nouvel article publié dans Nature Microbiology, des chercheurs ont analysé les séquences du génome entier de 1 246 échantillons de Shigella collectés systématiquement dans sept PRFI pour caractériser cette diversité, qui est essentielle pour éclairer le développement et la mise en œuvre de vaccins, et d'autres aspects du contrôle des maladies.
La collection inégalée d'échantillons couvrait les quatre espèces de Shigella (S. sonnei, S. flexneri, S. boydii et S. dysenteriae) et a été collectée dans le cadre de l'étude mondiale multicentrique entérique (GEMS pour Global Enteric Multicenter Study) entre 2007 et 2011.
L'étude met en évidence les caractéristiques des pathogènes qui compliqueront les approches vaccinales actuelles, les différences régionales dans la diversité de Shigella, ainsi que les déterminants de la résistance aux antimicrobiens.
Parmi les résultats, citons que Shigella sonnei contribue au moins six fois plus à la maladie que les autres espèces de Shigella par rapport à sa diversité génomique, et que la diversité et la capacité d'adaptation existantes parmi S. flexneri peuvent générer des variants d'échappement au vaccin en moins de six mois.
La recherche révèle également l'évolution convergente de la résistance à la ciprofloxacine, l'antimicrobien actuellement recommandé par l'OMS pour le traitement de la shigellose.
La Dr Rebecca Bengtsson, qui a dirigé l'analyse des données, a déclaré: «La génomique des pathogènes est un outil puissant qui a un large éventail d'applications pour aider à combattre les maladies infectieuses. Grâce à des analyses génomiques d'un ensemble de données épidémiologiquement représentatif, nous avons révélé l'étendue de la diversité génomique de la population de Shigella ayant un impact sur les personnes les plus vulnérables à la shigellose, et les implications que cette diversité a sur les stratégies vaccinales actuelles.
De nombreuses approches vaccinales actuelles se concentrent sur le sérotype Shigella, mais il existe > 50 sérotypes parmi Shigella et ceux-ci peuvent changer rapidement pour générer des variants d'évasion immunitaire. Une alternative intéressante et/ou un complément à cette approche sont les vaccins à sous-unités spécifiques qui ciblent des protéines hautement conservées et peuvent offrir une large protection, mais le degré de variation antigénique de ces cibles est inconnu. Cette étude a exploré la quantité et le type de variation des antigènes et la vitesse à laquelle ils peuvent changer de sérotype. Dans l'ensemble, les résultats suggèrent que les antigènes à base de protéines fournissent des cibles vaccinales plus stables pour ce pathogène d'importance mondiale.
La Dr Kate Baker, qui a dirigé l'étude, a déclaré: «Le fardeau de la maladie et l'augmentation de la résistance aux antimicrobiens de Shigella appellent une révision des options de traitement et de gestion, et un élan important s'est créé pour relever ce défi. La diversité génomique de Shigella présente un obstacle majeur au contrôle de la maladie et nous avons démontré les pièges anticipés des approches de vaccination actuelles. Cela met en évidence la nécessité de prendre en compte la diversité génomique dans le développement de vaccins et les plans de traitement pour Shigella et d'autres pathogènes.
L'étude a été financée par le Medical Research Council et a été réalisée en partenariat avec l'Earlham Institute et l'Université du Maryland, Baltimore Center for Vaccine Development and Global Health.
Merci à Joe Whitworth de m’avoir signalé l’information.
