Selon une étude, un tiers des répondants à l'enquête dans les
pays à revenu faible ou intermédiaire n'utilisent pas le séquençage
du génome entier ou complet (WGS pour whole genome sequencing).
Seuls 8 % ont déclaré utiliser le WGS de manière routinière
et en temps réel, ce qui met en évidence une adoption minimale de
la technologie pour la surveillance des maladies d'origine
alimentaire en dehors des États-Unis, du Canada et de l'Europe.
Les principaux obstacles à la mise en œuvre étaient le manque de
financement, les lacunes en matière d'expertise et de formation, en
particulier pour l'analyse et l'interprétation des données, selon
l'étude publiée dans la revue Foodborne
Pathogens and Disease, «PulseNet International Survey on the
Implementation of Whole Genome Sequencing in Low and Middle-Income
Countries for Foodborne Disease Surveillance».
PulseNet International (PNI) a réalisé l'étude pour identifier les
défis auxquels les pays étaient confrontés concernant le WGS. Le
groupe se compose de laboratoires et de réseaux de laboratoires
nationaux, régionaux et sous-régionaux dans 88 pays qui suivent les
maladies d'origine alimentaire dans le monde.
Statistiques de séquençage
Quarante et une institutions de 33 des 54 pays d'Afrique,
d'Asie-Pacifique, d'Amérique latine, des Caraïbes et du
Moyen-Orient ont répondu à l'enquête début 2020. Les deux tiers
des répondants étaient des laboratoires nationaux de référence, y
compris ceux de la santé publique nationale, de l'agriculture , et
les autorités de sécurité des aliments.
Un sur cinq utilise le WGS pour les investigations sur les épidémies
après avoir été identifié par d'autres moyens et 28% l'utilisent
uniquement pour la recherche et les études pilotes.
Parmi les laboratoires qui n'ont pas mis en œuvre le WGS, 40%
sous-traitent le séquençage à une autre institution, mais ils
prévoient d'adopter le WGS en interne pendant ou après 2022.
Vingt pour cent des laboratoires n'utilisent pas le WGS pour la
surveillance des maladies d'origine alimentaire, bien que le
séquençage soit effectué sur place à d'autres fins. La majorité
des laboratoires qui utilisent le WGS pour des investigations après
une épidémie ou pour des études pilotes effectuent le séquençage
dans leur propre établissement.
En 2019, seulement 5% des laboratoires ont séquencé plus de 1 000
isolats. Bien que 66% aient séquencé 0 à 100 isolats cette
année-là, les laboratoires restants ont séquencé entre 100 et 1
000 isolats. La majorité des tests ont été effectués sur des
pathogènes d'origine alimentaire tels que Salmonella, E.
coli, Shigella, Vibrio, Campylobacter et
Listeria.
Problèmes d'analyse des données
La capacité de génération de séquences est généralement
supérieure à celle d'analyse ou d'interprétation des données. La
capacité de calcul et de bioinformatique s'est avérée généralement
faible.
Quarante-quatre pour cent des répondants ont déclaré que la
capacité et l'expertise de leurs laboratoires à utiliser,
développer, optimiser et dépanner les protocoles d'analyse
bioinformatique pour les données WGS étaient faibles ou
inexistantes.
La majorité des laboratoires n'ont pas de lignes directrices
établies pour l'interprétation des données WGS telles que le
nombre d'allèles ou de différences SNP pour la détection des
épidémies.
Les connaissances des utilisateurs finaux pour une utilisation
efficace des données WGS sont faibles. Seul un tiers des
laboratoires ont déclaré que le niveau de connaissances et la
capacité à utiliser les données WGS pour la prise de décision en
matière de santé publique étaient bons ou excellents.
La diffusion des résultats du WGS se fait en grande partie par des
méthodes traditionnelles et le partage des données est limité. Les
méthodes traditionnelles, y compris les feuilles de calcul Excel,
les copies papier, y compris le fax, et en personne ou par téléphone
ont dominé les méthodes modernes telles que les systèmes de
gestion des informations de laboratoire et les sites Internet
internes.
Plus de la moitié des laboratoires n'échangent pas de données de
séquençage avec des partenaires externes dans leur pays et
seulement la moitié des répondants rendent parfois leurs données
de séquençage accessibles au public.
La moitié des laboratoires pensent que PNI devrait se concentrer sur
la formation, en particulier dans l'analyse des données WGS, et que
l'accès à des outils et des pipelines d'analyse normalisés et
validés à l'échelle mondiale est essentiel pour progresser vers la
surveillance mondiale des maladies d'origine alimentaire à l'aide du
WGS.
Aux lecteurs du blog
Je suis en conflit depuis
plusieurs années avec la revue PROCESS
Alimentaire
pour une triste
question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser
correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement
par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle
a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la
diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été
strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance
du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse
la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce
message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder,
moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.