Connaissez-vous Staphylococcus argenteus ?

«Des scientifiques japonais ont découvert des voies potentielles de contamination des aliments par un agent pathogène d'origine alimentaire nouvellement identifié», source Osaka Metropolitan University.

Les personnes doivent consommer suffisamment d'aliments sûrs et nutritifs pour rester en vie et en bonne santé. La consommation d'aliments non sûrs, contaminés par des bactéries dangereuses, des virus, des parasites ou des substances chimiques, est responsable de plus de 200 maladies, allant de la diarrhée au cancer. Les maladies diarrhéiques sont les maladies les plus courantes causées par des aliments contaminés, affectant 550 millions de personnes et tuant 230 000 personnes chaque année dans le monde. Même dans les pays développés, certains agents pathogènes bactériens d'origine alimentaire menacent la vie des gens par l'ingestion de repas quotidiens. Parmi les micro-organismes préoccupants, Staphylococcus argenteus est une bactérie qui provoque une intoxication alimentaire. Il a d'abord été découvert comme une lignée génétiquement distincte dans les communautés aborigènes d'Australie. Depuis lors, Staphylococcus argenteus a été isolé sur d'autres continents, indiquant sa prévalence mondiale.

Dans une étude récente, une équipe de scientifiques basée à l'Université de la préfecture d'Osaka au Japon, a cherché à examiner la prévalence de Staphylococcus argenteus dans des aliments tels que les légumes, le poisson, le poulet, le bœuf et le porc dans les magasins de distribution. Ils ont utilisé des techniques moléculaires pour identifier le matériel génétique bactérien par réaction en chaîne par polymérase et séquençage du génome entier. À l'exception du poulet, aucun des aliments qu'ils ont échantillonnés ne présentait de preuve de contamination par Staphylococcus argenteus. Étonnamment, du matériel génétique de Staphylococcus argenteus a été retrouvé dans 13,9% des échantillons de poulet analysés.

Les chercheurs ont en outre profilé le génotype de Staphylococcus argenteus, les facteurs de virulence et le niveau de résistance aux antibiotiques. En utilisant le typage de séquences à plusieurs locus (MLST), la souche ST2854 était la plus prédominante, représentant 33% de tous les isolats. Les autres souches prédominantes étaient ST1223, ST5961 et ST2250 respectivement à 28,6%, 23,8% et 14,3%. Tous les isolats avaient des répertoires de gènes d'entérotoxine staphylococcique. En particulier, le gène selx, qui code pour la protéine selx. Étonnamment, l'une des 21 souches testées pour la résistance aux antibiotiques était résistante à la pénicilline, à la tétracycline et à la doxycycline, tandis qu'une autre n'était résistante qu'à la pénicilline.

De plus, les chercheurs ont examiné des échantillons de poulet provenant de deux abattoirs différents, l'un spécialisé dans la transformation des poulets à griller et l'autre dans la transformation des poules. Au total, 357 échantillons ont été analysés, y compris des plumes de poulet, de l'eau de refroidissement et des écouvillons d'installation. De manière surprenante, 14 souches de Staphylococcus argenteus ont été isolées chez un même abattoir. Ces isolats ont été retrouvés dans l'eau du refroidisseur, des écouvillons de manche de couteau et des planches à découper, ainsi que dans les carcasses de poulet.

Lors de l'analyse génétique des isolats de l'abattoir, 13 isolats ont été attribués au génotype ST5961 et un isolat au génotype ST5964. Un profilage des toxines et des tests de sensibilité aux antibiotiques ont également été effectués. Le profilage des toxines a révélé le gène selx, dans tous les isolats. De plus, des gènes sey supplémentaires, sel26 et sel27, n'ont été retrouvés que dans ST5964, ce qui implique que ces isolats provenant d'un abattoir peuvent provoquer une intoxication alimentaire à Staphylococcus. Étonnamment, les 14 isolats de l'abattoir étaient sensibles aux antibiotiques.

Dans d'autres études de confirmation, les chercheurs ont utilisé la phylogénétique pour analyser les séquences de l'ensemble des 35 isolats de Staphylococcus argenteus afin de clarifier la relation entre le poulet au détail et les isolats dérivés d'abattoirs. Curieusement, certains des isolats de poulet vendus au détail se sont phylogénétiquement regroupés avec des isolats de l'abattoir. De plus, trois isolats de poulet et un isolat d'eau de refroidissement de l'abattoir étaient phylogénétiquement regroupés. De plus, cinq isolats de poulets vendus au détail et 13 isolats d'abattoirs se sont regroupés et ont tous été classés comme ST5961. Ces résultats indiquent que l'environnement de l'abattoir est très probablement une source de contamination par Staphylococcus argenteus, suggérant ainsi une propagation bactérienne continue dans les aliments transformés.

Dans une interview, le professeur Masami Miyake, qui a supervisé cette étude à l'Université d'Osaka, a déclaré: «Fondamentalement, cette investigation a montré que la viande de poulet était fortement contaminée par Staphylococcus argenteus, la bactérie qui peut causer des maladies humaines. Notre approche de phylogénétique moléculaire a en outre révélé que les usines de transformation de viande peuvent également jouer un rôle dans la transmission des germes de l'environnement aux aliments et vice versa. L'illustration schématique de leur proposition de dynamique de contamination des aliments par Staphylococcus argenteus est illustrée dans l’image. Lorsque nous avons eu un entretien avec le Dr Yuki Wakabayashi, qui était doctorant lorsqu'il a mené cette étude à l'Université d'Osaka, il a ajouté: c’est la première étude qui a démontré la présence de S. argenteus dans une installation de transformation des aliments, et la possibilité de contamination bactérienne lors de la transformation des aliments, doit être prise en compte.»

L'article, Isolation and characterization of Staphylococcus argenteus strains from retail foods and slaughterhouses in Japan, a été publié le 16 février 2022 dans International Journal of Food Microbiology.

Merci à Joe Whitworth de m’avoir transmis l’information.

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