lundi 25 avril 2022

Allemagne: Des responsables admettent des erreurs dans l'éclosion à Listeria

Il y en a qui ne se trompent jamais et d’autres, comme ci-après, qui admettent leur responsabilité ...

«Allemagne: Des responsables admettent des erreurs dans l'éclosion à Listeria», source Food Safety News.

Des responsables d'un district allemand se sont excusés pour les erreurs commises dans le cadre d'une investigation sur une éclosion à Listeria dans laquelle une personne est décédée.

Quatre personnes ont été infectées entre octobre 2021 et janvier de cette année, mais la personne est décédée avec, et non à cause de, la listériose. Les concombres contaminés d'une entreprise ont été liés aux cas de maladie.

Thomas Will, administrateur du district de Groß-Gerau et Walter Astheimer, responsable de la santé du district, ont déclaré qu'au cours des deux dernières années et demie, il y avait eu des lacunes importantes dans les contrôles alimentaires et que cela avait été une grave erreur en négligeant ces lacunes en matière d'hygiène.

«Nous regrettons profondément que des aliments contaminés par Listeria aient pu entrer en circulation et que plusieurs personnes soient tombées malades parce qu'une entreprise de Gernsheim n'a pas été correctement contrôlée pendant deux ans», ont-ils déclaré.

L'entreprise aurait dû être contrôlée plus souvent, mais les inspections prenaient du retard en raison de la pandémie de la COVID-19 et d'un manque de personnel.

Action pour prévenir une éventuelle éclosion plus importante
Le parquet de Darmstadt enquête sur l'incident, qui a été rendu public par le journal allemand Welt Am Sonntag.

Lorsque les détails ont été connus de fin février à début mars, les responsables de Groß-Gerau ont commencé à enquêter avec l'aide d'un groupe de travail sur la sécurité des aliments dans l'État de Hesse.

Divers problèmes d'hygiène dans l'entreprise sont alors apparus et après une inspection en février, la zone à haut risque de l'entreprise a reçu l'ordre de fermer. Par la suite, le laboratoire d'État de Hesse a rapporté les résultats des analyses, qui ont montré que l'entreprise de fruits et légumes de Gernsheim était la source de la contamination.

Thomas Will a déclaré que ces actions signifiaient qu'un autre danger pour la santé pouvait être exclu, mais le district s'est déjà engagé à apporter des changements tels que l'amélioration des rapports pour éviter une répétition des erreurs commises.

La structure du bureau vétérinaire dans l'administration du district va changer et il deviendra une unité contrôlée conjointement par l'administrateur du district et le chef du département de la santé pour assurer un meilleur échange avec les inspecteurs des aliments.

L'organisation de consommateurs Foodwatch a dit que deux ans et demi après une épidémie à Listeria liée à des produits carnés Wilke, qui étaient également contaminés par Listeria et étaient liés à trois décès, les faiblesses fondamentales de la surveillance des aliments n'avaient pas été corrigées.

L’ONG a appelé à une réforme du système, à plus de personnel et a déclaré qu'il y avait toujours un manque de volonté politique pour protéger efficacement les consommateurs contre des aliments dangereux.

Aux lecteurs du blog
Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire arial;">pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

«Votre enfant ne devrait pas attraper E. coli et une insuffisance rénale ou mourir en mangeant une pizza» par Bill Marler

«Votre enfant ne devrait pas attraper E. coli et une insuffisance rénale ou mourir en mangeant une pizza», par Bill Marler, article du 24 avril 2022 paru dans le Marler Blog. L'article a été aussi publié dans Food Safety News.

Santé publique France à fait un point au 13 avril 2022, 53 cas confirmés ont été identifiés, dont 51 sont liés à des souches STEC O26, et 2 à des souches STEC O103. Pour 26 autres cas de SHU et d’infections à STEC notifiés à Santé publique France, les investigations sont en cours.

Ces 53 cas sont survenus chez 52 enfants et 1 adulte, ayant présenté des symptômes entre le 18/01/2022 (semaine 3) et le 16/03/2022 (semaine 11). Le pic épidémique se situe en semaine 7 (14/02 au 20/02) et en semaine 9 (28/02 au 06/03), avec 10 cas chacune de ces semaines. Ces 53 cas sont survenus dans 12 régions de France métropolitaine : Hauts-de-France (11 cas), Ile-de-France (9 cas), Nouvelle Aquitaine (8 cas), Pays de la Loire (7 cas), Bretagne (6 cas), Auvergne-Rhône-Alpes (2 cas) [-1 cas depuis le point de situation du 06/04/2022 après résultat complémentaire], Grand Est (2 cas), Occitanie (2 cas), Provence-Alpes-Côte d’Azur (2 cas) et Centre Val-de-Loire (2 cas), Bourgogne Franche-Comté (1 cas) [-1 cas depuis le point de situation du 06/04/2022 après résultat complémentaire], Normandie (1 cas).

Les 52 enfants malades sont âgés de 1 à 17 ans avec un âge médian de 7 ans ; 23 (44%) sont de sexe féminin ; 46 (88%) ont présenté un SHU, 6 (12%) une gastro-entérite à STEC. Deux enfants sont décédés. L’adulte n’a pas présenté de SHU [un adulte précédemment signalé dans le point de situation du 06/04/2022 a finalement été infirmé après résultat complémentaire].

Bill Marler cite quelques témoignages de ces cas.

Mise à jour du 26 avril 2022. On lira aussi cet article de Bill Marler paru dans Food Safety News, «Enfants de moins de 5 ans rendus malades par Salmonella dans du chocolat.»

Mise à jour du 6 mai 2022On lira aussi l'article de Bill Marler du 6 mai 2022, Nestlé Buitoni Pizza factory – We have a problem dans lequel il rapporte les images choc des conditions d’hygiène au sein de l’usine de Caudry diffusé par RMC.

Mise à jour du 27 mai 2022. «Pizzas Buitoni: sept nouvelles plaintes déposées après des intoxications par E. Coli», selon La Voix du Nord.
Sept nouvelles familles ont décidé de porter plainte contre le fabricant de pizzas surgelées, selon RTL.

Mise à jour du 29 mai 2022. On lira l’article d’Olivia Détroyat, «Affaire Buitoni: enquête sur les défaillances sanitaires de Nestlé», paru dans Le Figaro en ligne du 17 mai 2022. Dans le journal papier du 28 mai, le titre devient «Buitoni: les raisons de la sortie de piste de Nestlé». Article réservé aux abonnés ou aux lecteurs du journal.
Réputé pour sa rigueur, le géant suisse est rattrapé par une dérive sanitaire locale. Sa discrétion est mal perçue.
Alors que le patron France de Ferrero a fait vendredi son mea culpa après le scandale des œufs Kinder contaminés à la salmonelle, rien de tel pour Nestlé. Sous le feu des projecteurs depuis plus de deux mois à cause de ses pizzas Buitoni Fraîch’Up contaminées à la bactérie E. coli, le géant suisse garde toujours le silence. Pourtant, sept nouvelles plaintes ont été déposées ce vendredi au tribunal judiciaire de Paris, et une enquête judiciaire planche sur les causes et responsabilités d’une des plus grandes secousses sanitaires qu’ait connues le leader mondial de l’alimentation (87 milliards d’euros de chiffre d’affaires).

Aux lecteurs du blog
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Chronique au jour le jour des avis de rappels de produits alimentaires de la troisième semaine d'avril 2022

Voici la chronique au jour le jour des avis de rappels de produits alimentaires de la troisième semaine d'avril 2022.

Cette semaine Listeria monocytogenes est largement tête des causes de rappel, est-ce pour autant une bonne nouvelle ? 29 rappels sur un total de 40 rappels cette semaine, principalement dans les produits de charcuterie ...

La deuxième semaine d’avril comprenait 48 rappels (dont 15 liés à la présence de L. monocytogenes) versus 57 pour la première semaine (dont 28 liés à la présence de L. monocytogenes).

Autre feuilleton, qui tend à s’amenuiser, il était temps, l’oxyde d’éthylène poursuit sa lente décrue; entre le 15 et le 22 avril montre qu’il y a eu que trois rappels (références et lots), selon la DGCCRF.

Pour le reste la sécuirté des aliments reste une importante préoccupation compte des crises comme celle chez Ferrero liés à du chocolat contaminé par Salmonella et aussi la présence de cas groupés de syndrome hémolytique et urémique (SHU) et d’infections à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) liés aux pizzas de la gamme Fraich’Up de chez Buitoni

19 avril 2022
- Listeria monocytogenes: 2
- Salmonella: 1
- oxyde d’éthylène: 1
Coulisses des rappels
- Un rôti de porc cru, rôti de porc Orloff, rappelé pour cause de présence de salmonelles. Il se pourrrait bien qu’on le mange cru ?
- 16e rappel de boudins, noirs ou blancs depuis le 1er avril 2021. Ici, c’est un rappel de boudins noirs pour cause de présence de L. monocytogenes.
- Notification par la France au RASFF de l’UE le 19 avril 2022 de billes de chèvre cœur de figue pour cause de présence de L. monocytogenes. Le rappel par RappelConso avait eu lieu le 28 mars 2022. Vous avez dit que le RASFF est un réseau d’alerte rapide ...

20 avril 2022
- Listeria monocytogenes: 4
- corps étrangers: 2
allergènes: 1
Coulisses des rappels
- 36e rappel de pâté rappelé depuis le 1er avril 2021, selon RappelConso.
- Notification au RASFF de l’UE par l’Allemagne du 20 avril 2022 de la présence de Listeria monocytogenes dans du fromage bio végétalien alternatif de France.
- Notification au RASFF de l’UE par l’Italie du 20 avril 2022 de la présence de norovirus dans des huîtres concaves de France. Il s’agit de la 8e notification au RASFF de l’UE en 2022.
- Notification au RASFF de l’UE par la Belgique le 20 avril 2022 d’alcaloïdes de l’ergot dans de la farine de seigle de France.

21 avril 2022
- Listeria monocytogenes: 1
- oxyde d’éthylène: 1
- résidus de pesticides: 1
- corps étranger: 1
Coulisses des rappels
- Notification au RASFF de l’UE par la France le 21 avril 2022 d’un complément alimentaire contaminé par de l’oxyde d’éthylène.
- Notification au RASFF de l’UE par l’Italie le 21 avril d’huîtres de France contaminées par norovirus. Il s’agit de la 9e notification au RASFF de l’UE en 2022.
- Notification au RASFF de l’UE par l’Italie le 21 avril d’huîtres concaves de France contaminées par norovirus. Il s’agit de la 10e notification au RASFF de l’UE en 2022.
- Oubli par RappelConso du rappel de véritable Jésus de Lyon par Carrefour, suite à la mise en évidence d’un risque de présence de corps étranger (petit morceau de plastique souple).
- 5 fromages de la marque Les chèvres d'Amandine = 1 rappel pour RappelConso, Cabécou, gramat, montdoux, faisselle, fromages frais.

22 avril 2022
- Listeria monocytogenes: 22
Coulisses des rappels
- 20 rappels de produits de charcuterie, 10 de l’entreprise La Dame de Clèdes, 8 de l’entreprise Saveurs du Tarn, 3 de l’EARL Esteve et 1 pour l’entreprise , pour cause de présence de Listeria monocytogenes.
- Nouveau rappel. 5 fromages de la marque Les chèvres d'Amandine = 1 rappel pour RappelConso, Cabécou, gramat, montdoux, faisselle, fromages frais.

23 avril 2022
- allergènes: 1
Coulisses des rappels
- Un avis de rappel le samedi ou pendant le week-end, c’est rarissime, et c’est donc à noter. Cela étant, RappelConso n’a toujours pas signalé le rappel de véritable Jésus de Lyon signalé par Carrefour, le 21 avril. Ce sera certainement pour lundi ...

Feuilleton des rappels liés à la présence d’oxyde d’éthylène en France
En dehors des pizzas Buitoni Nestlé et des chocolats Kinder, votre feuilleton préféré continue sa route, l’oxyde d’éthylène. Cela dure depuis le 9 septembre 2020, mais le décompte en France n’a débuté que le 20 octobre 2020. Ainsi, selon la DGCCRF, il y a eu 17936 rappels (références et lots) au 22 avril versus 17 933 au 15 avril 2022.

Par ailleurs, si vous jetez un coup d’oeil sur le site de la DGCCRF intitulé, «Sésame, psyllium, épices et autres produits rappelés comprenant ces ingrédients», vous pourrez lire cette phrase, qui n’a strictement aucun sens, «Des investigations sont actuellement en cours en lien avec la Commission européenne pour identifier l’origine de cette contamination». En effet, dans la mesure où la DGCCRF n’informe des réunions qui ont déjà eu lieu, cela n’a strictement aucun sens et surtout personne ne sait quand ce mauvais feuilleton va s’arrêter ...

Feuilleton des rappels de chocolats de marque Kinder de chez Ferrero
Sur la page des retraits rappels de la DGCCRF, on trouve une liste de communiqués, sachant que le 9 avril Ferrero France avait publié une liste complète, comprenant les calendrier de l’Avent, pourtant nos autorités sanitaires précisent que «Le 14 avril 2022, une mise à jour des produits rappelés, incluant les Calendriers de l’Avent Noël 2021, était réalisée.»

Cas groupés de SHU) et d’infections à STEC en lien avec la consommation de pizzas Fraîch’Up de marque Buitoni®
Un point au 14 avril montre qu’il y a désormais 53 cas confirmés et 26 cas suspects. Comment ne pas penser à cette épidémie à STEC aux Etats-Unis en 2009 liée à de la pâte crue et réfrigérée à cookies ? Voir à ce sujet l’article de Bill Marler sur le blog et Choses lues sur la sécurité des aliments en France.

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samedi 23 avril 2022

Précisions en Belgique sur les rappels de chocolats de la marque Kinder de chez Ferrero

Le 22 avril 2022, l’AFSCA de Belgique a fait une mise à jour du rappel de produit du 8 avril 2022, en ce qui concerne les rappels de Ferrero

Il s’agit de produits comprenant plusieurs chocolats Kinder en raison de la présence possible de Salmonelle.

Le nouveau communiqué du 22 avril 2022, de Ferrero Belgique s’intitule, «Ferrero rappelle que Kinder Schokobons ne doit pas être consommé».

Ferrero rappelle que Kinder Schokobons ne doit pas être consommé peu importe la date de péremption, numéro de lot ou le format de l’emballage.

Ferrero souhaite attirer l’attention sur la présence possible, bien qu’infime et peu probable, de Kinder Schokobons de formats différents que ceux habituellement présents sur le marché belge, et ce parce qu’ils seraient importés de marchés étrangers. Ces produits, également fabriqués dans l’usine d’Arlon, ne doivent pas être consommés.

Kinder Schokobons et Kinder Happy Moments, tous formats confondus, ont été retirés du marché le 8 avril passé. Depuis lors, Ferrero ainsi que les distributeurs, mettent tout en œuvre pour s’assurer que les produits retirés du marché ne circulent plus et ne soient plus disponibles à la vente, et ce sous contrôle de l’AFSCA.

Il semble cependant que certains formats de Schokobons, d’habitude non distribués en Belgique, soient présents en quantités infimes sur le marché et ce, suite à des pratiques d’import, non maitrisées par Ferrero Belgique.
 Liste complète des produits

Ce type de communiqué n'a pas été publié chez Ferrero France

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Une autre année, un autre continent, plus d'enfants horriblement malades et le même E. coli, par Bill Marler

«Une autre année, un autre continent, plus d'enfants horriblement malades et le même E. coli», source article de Bill Marler paru le 22 avril 2022 dans le Marler Blog.

53 cas confirmés et 26 cas suspects jusqu'à présent, il y a eu 2 décès, mais cela provient de la mise à jour de la semaine dernière.

Je lisais (via Google Traduction) l'article de Florence Méréo dans Le Parisien «Bactérie E.coli : avant les pizzas Buitoni, Nestlé avait déjà été empêtré dans un scandale sanitaire», et je ne pouvais m'empêcher de grincer des dents sur les problèmes des victimes et les similitudes avec un autre problème Nestlé, il y a plus d'une décennie.

Comme Food Safety News l'avait écrit il y a une semaine (je suppose que ce nombre a augmenté, ce qui a été effectivement le cas. Bill Marler se réfère ici à un article du 8 avril, mais il y a eu une mise à jour au 14 avril 2022 de Santé publique France et c’est je me permets de proposer ci-après -aa):

Au 13/04/2022, 53 cas confirmés ont été identifiés, dont 51 sont liés à des souches STEC O26, et 2 à des souches STEC O103. Pour 26 autres cas de SHU et d’infections à STEC notifiés à Santé publique France, les investigations sont en cours.
25 autres cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) et d'infections à E. coli producteurs de toxines Shiga (STEC) font toujours l'objet d'une enquête. Le SHU est un type d'insuffisance rénale associé aux infections à E. coli qui peut entraîner de graves problèmes de santé et la mort tout au long de la vie.

Les pizzas de la gamme Fraîch'Up de la marque Buitoni vendues depuis juin 2021 ont été retirées et rappelées à la mi-mars après que Nestlé ait été averti de la présence potentielle de E. coli O26 dans la pâte utilisée pour les fabriquer.

Sur les 53 patients, 52 sont des enfants et un adulte. ayant présenté des symptômes entre le 18/01/2022 (semaine 3) et le 16/03/2022 (semaine 11). Le pic épidémique se situe en semaine 7 (14/02 au 20/02) et en semaine 9 (28/02 au 06/03), avec 10 cas chacune de ces semaines. Ces 53 cas sont survenus dans 12 régions de France métropolitaine : Hauts-de-France (11 cas), Ile-de-France (9 cas), Nouvelle Aquitaine (8 cas), Pays de la Loire (7 cas), Bretagne (6 cas), Auvergne-Rhône-Alpes (2 cas) [-1 cas depuis le point de situation du 06/04/2022 après résultat complémentaire], Grand Est (2 cas), Occitanie (2 cas), Provence-Alpes-Côte d’Azur (2 cas) et Centre Val-de-Loire (2 cas), Bourgogne Franche-Comté (1 cas) [-1 cas depuis le point de situation du 06/04/2022 après résultat complémentaire], Normandie (1 cas).

Les 52 enfants malades sont âgés de 1 à 17 ans avec un âge médian de 7 ans ; 23 (44%) sont de sexe féminin ; 46 (88%) ont présenté un SHU, 6 (12%) une gastro-entérite à STEC. Deux enfants sont décédés. L’adulte n’a pas présenté de SHU [un adulte précédemment signalé dans le point de situation du 06/04/2022 a finalement été infirmé après résultat complémentaire].  

En 2009, le CDC a rapporté :

Au mardi 30 juin 2009, 72 personnes infectées par une souche de E. coli O157:H7 avec une empreinte ADN particulière ont été signalées dans 30 États. Parmi ceux-ci, 51 cas ont été confirmés par un test ADN avancé comme porteurs de la souche épidémique; ces résultats de confirmation sont en attente sur les autres cas. Le nombre de personnes malades recensées dans chaque État est le suivant : Arizona (2), Californie (3), Colorado (6), Connecticut (1), Delaware (1), Géorgie (1), Iowa (2), Illinois ( 5), Kentucky (2), Massachusetts (4), Maryland (2), Maine (3), Minnesota (6), Missouri (1), Montana (1), Caroline du Nord (2), New Hampshire (2), New Jersey (1), Nevada (2), New York (1), Ohio (3), Oklahoma (1), Oregon (1), Pennsylvanie (2), Caroline du Sud (1), Texas (3), Utah (4), Virginie (2), Washington (6) et Wisconsin (1).

Les personnes malades sont âgées de 2 à 65 ans; cependant, 65% ont moins de 19 ans et 71% sont des femmes. Trente-quatre personnes ont été hospitalisées, 10 ont développé un syndrome hémolytique et urémique (SHU) et aucune personne n'est décédée.

Le 29 juin 2009, la Food and Drug Administration des États-Unis a annoncé qu'une culture d'un échantillon de pâte à cookies réfrigérée préemballée de Nestle Toll House actuellement en cours de rappel a identifié E. coli O157: H7. L'échantillon contaminé a été prélevé à la société le 25 juin 2009.

C’est parti à nouveau.

Complément. On pourra aussi lire de Bill Marler dans Food Poison Journal, Pas moins de 79 cas à E. coli désormais liés aux pizzas Buitoni Fraich'UP en France.

Mise à jour du 6 mai 2022On lira aussi l'article de Bill Marler du 6 mai 2022, Nestlé Buitoni Pizza factory – We have a problem dans lequel il rapporte les images choc des conditions d’hygiène au sein de l’usine de Caudry diffusé par RMC.

Mise à jour du 27 mai 2022. «Pizzas Buitoni: sept nouvelles plaintes déposées après des intoxications par E. Coli», selon La Voix du Nord.
Sept nouvelles familles ont décidé de porter plainte contre le fabricant de pizzas surgelées, selon RTL.

Mise à jour du 29 mai 2022. On lira l’article d’Olivia Détroyat, «Affaire Buitoni: enquête sur les défaillances sanitaires de Nestlé», paru dans Le Figaro en ligne du 17 mai 2022. Dans le journal papier du 28 mai, le titre devient «Buitoni: les raisons de la sortie de piste de Nestlé». Article réservé aux abonnés ou aux lecteurs du journal.
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Alors que le patron France de Ferrero a fait vendredi son mea culpa après le scandale des œufs Kinder contaminés à la salmonelle, rien de tel pour Nestlé. Sous le feu des projecteurs depuis plus de deux mois à cause de ses pizzas Buitoni Fraîch’Up contaminées à la bactérie E. coli, le géant suisse garde toujours le silence. Pourtant, sept nouvelles plaintes ont été déposées ce vendredi au tribunal judiciaire de Paris, et une enquête judiciaire planche sur les causes et responsabilités d’une des plus grandes secousses sanitaires qu’ait connues le leader mondial de l’alimentation (87 milliards d’euros de chiffre d’affaires).

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vendredi 22 avril 2022

Une étude révèle une faible utilisation du séquençage du génome entier en dehors des États-Unis et de l’Europe

«Une étude révèle une faible utilisation du séquençage du génome entier en dehors des États-Unis et de l’Europe», source article de Joe Whitworth paru le 22 avril 2022 dans Food Safety News.

Selon une étude, un tiers des répondants à l'enquête dans les pays à revenu faible ou intermédiaire n'utilisent pas le séquençage du génome entier ou complet (WGS pour whole genome sequencing).

Seuls 8 % ont déclaré utiliser le WGS de manière routinière et en temps réel, ce qui met en évidence une adoption minimale de la technologie pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire en dehors des États-Unis, du Canada et de l'Europe.

Les principaux obstacles à la mise en œuvre étaient le manque de financement, les lacunes en matière d'expertise et de formation, en particulier pour l'analyse et l'interprétation des données, selon l'étude publiée dans la revue Foodborne Pathogens and Disease, «PulseNet International Survey on the Implementation of Whole Genome Sequencing in Low and Middle-Income Countries for Foodborne Disease Surveillance».

PulseNet International (PNI) a réalisé l'étude pour identifier les défis auxquels les pays étaient confrontés concernant le WGS. Le groupe se compose de laboratoires et de réseaux de laboratoires nationaux, régionaux et sous-régionaux dans 88 pays qui suivent les maladies d'origine alimentaire dans le monde.

Statistiques de séquençage
Quarante et une institutions de 33 des 54 pays d'Afrique, d'Asie-Pacifique, d'Amérique latine, des Caraïbes et du Moyen-Orient ont répondu à l'enquête début 2020. Les deux tiers des répondants étaient des laboratoires nationaux de référence, y compris ceux de la santé publique nationale, de l'agriculture , et les autorités de sécurité des aliments.

Un sur cinq utilise le WGS pour les investigations sur les épidémies après avoir été identifié par d'autres moyens et 28% l'utilisent uniquement pour la recherche et les études pilotes.

Parmi les laboratoires qui n'ont pas mis en œuvre le WGS, 40% sous-traitent le séquençage à une autre institution, mais ils prévoient d'adopter le WGS en interne pendant ou après 2022.

Vingt pour cent des laboratoires n'utilisent pas le WGS pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire, bien que le séquençage soit effectué sur place à d'autres fins. La majorité des laboratoires qui utilisent le WGS pour des investigations après une épidémie ou pour des études pilotes effectuent le séquençage dans leur propre établissement.

En 2019, seulement 5% des laboratoires ont séquencé plus de 1 000 isolats. Bien que 66% aient séquencé 0 à 100 isolats cette année-là, les laboratoires restants ont séquencé entre 100 et 1 000 isolats. La majorité des tests ont été effectués sur des pathogènes d'origine alimentaire tels que Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio, Campylobacter et Listeria.

Problèmes d'analyse des données
La capacité de génération de séquences est généralement supérieure à celle d'analyse ou d'interprétation des données. La capacité de calcul et de bioinformatique s'est avérée généralement faible.

Quarante-quatre pour cent des répondants ont déclaré que la capacité et l'expertise de leurs laboratoires à utiliser, développer, optimiser et dépanner les protocoles d'analyse bioinformatique pour les données WGS étaient faibles ou inexistantes.

La majorité des laboratoires n'ont pas de lignes directrices établies pour l'interprétation des données WGS telles que le nombre d'allèles ou de différences SNP pour la détection des épidémies.

Les connaissances des utilisateurs finaux pour une utilisation efficace des données WGS sont faibles. Seul un tiers des laboratoires ont déclaré que le niveau de connaissances et la capacité à utiliser les données WGS pour la prise de décision en matière de santé publique étaient bons ou excellents.

La diffusion des résultats du WGS se fait en grande partie par des méthodes traditionnelles et le partage des données est limité. Les méthodes traditionnelles, y compris les feuilles de calcul Excel, les copies papier, y compris le fax, et en personne ou par téléphone ont dominé les méthodes modernes telles que les systèmes de gestion des informations de laboratoire et les sites Internet internes.

Plus de la moitié des laboratoires n'échangent pas de données de séquençage avec des partenaires externes dans leur pays et seulement la moitié des répondants rendent parfois leurs données de séquençage accessibles au public.

La moitié des laboratoires pensent que PNI devrait se concentrer sur la formation, en particulier dans l'analyse des données WGS, et que l'accès à des outils et des pipelines d'analyse normalisés et validés à l'échelle mondiale est essentiel pour progresser vers la surveillance mondiale des maladies d'origine alimentaire à l'aide du WGS.

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Connaissez-vous Staphylococcus argenteus ?

«Des scientifiques japonais ont découvert des voies potentielles de contamination des aliments par un agent pathogène d'origine alimentaire nouvellement identifié», source Osaka Metropolitan University.

Les personnes doivent consommer suffisamment d'aliments sûrs et nutritifs pour rester en vie et en bonne santé. La consommation d'aliments non sûrs, contaminés par des bactéries dangereuses, des virus, des parasites ou des substances chimiques, est responsable de plus de 200 maladies, allant de la diarrhée au cancer. Les maladies diarrhéiques sont les maladies les plus courantes causées par des aliments contaminés, affectant 550 millions de personnes et tuant 230 000 personnes chaque année dans le monde. Même dans les pays développés, certains agents pathogènes bactériens d'origine alimentaire menacent la vie des gens par l'ingestion de repas quotidiens. Parmi les micro-organismes préoccupants, Staphylococcus argenteus est une bactérie qui provoque une intoxication alimentaire. Il a d'abord été découvert comme une lignée génétiquement distincte dans les communautés aborigènes d'Australie. Depuis lors, Staphylococcus argenteus a été isolé sur d'autres continents, indiquant sa prévalence mondiale.

Dans une étude récente, une équipe de scientifiques basée à l'Université de la préfecture d'Osaka au Japon, a cherché à examiner la prévalence de Staphylococcus argenteus dans des aliments tels que les légumes, le poisson, le poulet, le bœuf et le porc dans les magasins de distribution. Ils ont utilisé des techniques moléculaires pour identifier le matériel génétique bactérien par réaction en chaîne par polymérase et séquençage du génome entier. À l'exception du poulet, aucun des aliments qu'ils ont échantillonnés ne présentait de preuve de contamination par Staphylococcus argenteus. Étonnamment, du matériel génétique de Staphylococcus argenteus a été retrouvé dans 13,9% des échantillons de poulet analysés.

Les chercheurs ont en outre profilé le génotype de Staphylococcus argenteus, les facteurs de virulence et le niveau de résistance aux antibiotiques. En utilisant le typage de séquences à plusieurs locus (MLST), la souche ST2854 était la plus prédominante, représentant 33% de tous les isolats. Les autres souches prédominantes étaient ST1223, ST5961 et ST2250 respectivement à 28,6%, 23,8% et 14,3%. Tous les isolats avaient des répertoires de gènes d'entérotoxine staphylococcique. En particulier, le gène selx, qui code pour la protéine selx. Étonnamment, l'une des 21 souches testées pour la résistance aux antibiotiques était résistante à la pénicilline, à la tétracycline et à la doxycycline, tandis qu'une autre n'était résistante qu'à la pénicilline.

De plus, les chercheurs ont examiné des échantillons de poulet provenant de deux abattoirs différents, l'un spécialisé dans la transformation des poulets à griller et l'autre dans la transformation des poules. Au total, 357 échantillons ont été analysés, y compris des plumes de poulet, de l'eau de refroidissement et des écouvillons d'installation. De manière surprenante, 14 souches de Staphylococcus argenteus ont été isolées chez un même abattoir. Ces isolats ont été retrouvés dans l'eau du refroidisseur, des écouvillons de manche de couteau et des planches à découper, ainsi que dans les carcasses de poulet.

Lors de l'analyse génétique des isolats de l'abattoir, 13 isolats ont été attribués au génotype ST5961 et un isolat au génotype ST5964. Un profilage des toxines et des tests de sensibilité aux antibiotiques ont également été effectués. Le profilage des toxines a révélé le gène selx, dans tous les isolats. De plus, des gènes sey supplémentaires, sel26 et sel27, n'ont été retrouvés que dans ST5964, ce qui implique que ces isolats provenant d'un abattoir peuvent provoquer une intoxication alimentaire à Staphylococcus. Étonnamment, les 14 isolats de l'abattoir étaient sensibles aux antibiotiques.

Dans d'autres études de confirmation, les chercheurs ont utilisé la phylogénétique pour analyser les séquences de l'ensemble des 35 isolats de Staphylococcus argenteus afin de clarifier la relation entre le poulet au détail et les isolats dérivés d'abattoirs. Curieusement, certains des isolats de poulet vendus au détail se sont phylogénétiquement regroupés avec des isolats de l'abattoir. De plus, trois isolats de poulet et un isolat d'eau de refroidissement de l'abattoir étaient phylogénétiquement regroupés. De plus, cinq isolats de poulets vendus au détail et 13 isolats d'abattoirs se sont regroupés et ont tous été classés comme ST5961. Ces résultats indiquent que l'environnement de l'abattoir est très probablement une source de contamination par Staphylococcus argenteus, suggérant ainsi une propagation bactérienne continue dans les aliments transformés.

Dans une interview, le professeur Masami Miyake, qui a supervisé cette étude à l'Université d'Osaka, a déclaré: «Fondamentalement, cette investigation a montré que la viande de poulet était fortement contaminée par Staphylococcus argenteus, la bactérie qui peut causer des maladies humaines. Notre approche de phylogénétique moléculaire a en outre révélé que les usines de transformation de viande peuvent également jouer un rôle dans la transmission des germes de l'environnement aux aliments et vice versa. L'illustration schématique de leur proposition de dynamique de contamination des aliments par Staphylococcus argenteus est illustrée dans l’image. Lorsque nous avons eu un entretien avec le Dr Yuki Wakabayashi, qui était doctorant lorsqu'il a mené cette étude à l'Université d'Osaka, il a ajouté: c’est la première étude qui a démontré la présence de S. argenteus dans une installation de transformation des aliments, et la possibilité de contamination bactérienne lors de la transformation des aliments, doit être prise en compte.»

L'article, Isolation and characterization of Staphylococcus argenteus strains from retail foods and slaughterhouses in Japan, a été publié le 16 février 2022 dans International Journal of Food Microbiology.

Merci à Joe Whitworth de m’avoir transmis l’information.

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