Un article paru et
disponible en intégralité dans
Microorganisms
a pour
titre «Occurrence
et caractéristiques de
Escherichia
albertii
chez des
oiseaux sauvages et des
troupeaux de volailles en Suisse». Résumé
Escherichia albertii,
un agent pathogène zoonotique, a été sporadiquement associée à
des diarrhées infectieuses chez l'homme. La volaille et les oiseaux
sauvages sont considérés comme des réservoirs potentiels. Nous
avons évalué la présence de
E.
albertii
dans 280 échantillons fécaux d'oiseaux sauvages (n = 130) et des
échantillons fécaux regroupés prélevés au niveau des abattoirs
dans des troupeaux de volailles (n = 150) en Suisse. À l'aide d'une
PCR spécifique à E.
albertii
ciblant le gène Eacdt,
23,8% (31/130) des échantillons d'oiseaux sauvages, mais pas des
échantillons fécaux de volaille regroupés, ont été testés
positifs pour Eacdt.
Les échantillons positifs provenaient de 11 espèces d'oiseaux
appartenant à huit familles. L'isolement de la souche a été tenté
sur les échantillons positifs à la PCR en sous-cultivant les
cultures de bouillon sur des boîtes
de
xylose-MacConkey. L'isolement a été possible sur 12 des 31
échantillons positifs à Eacdt
par PCR.
Le séquençage du génome entier a révélé que les souches
appartenaient à neuf types de séquences distincts, ST13420 et
ST5967 étant représentés respectivement par deux et trois isolats.
Toutes les souches portaient le gène eae,
tandis que deux souches étaient également positives pour stx2f.
Notre étude montre ainsi que
E.
albertii
est présent dans la population d'oiseaux sauvages suisses, qui peut
potentiellement agir comme une source de cet agent pathogène pour
l'homme, les autres animaux et l'environnement.
Discussion
E. albertii se trouve fréquemment chez les oiseaux. Jusqu'à
présent, E. albertii a été détecté chez des oiseaux en
Écosse, en Amérique du Nord, en Australie, au Japon et en Corée.
Il a été isolé de 29 espèces appartenant à 22 familles :
Anatidae, Ardeidae, Artamidés, Cacatuidae, Columbidae, Corvidae,
Falconidae, Fringillidae, Hirundinidae, Maluridae, Meliphagidae,
Motacillidae, Passeridae, Phalacrocoracidae, Phasianidae, Picidae,
Procellariidae, Psittacidae, Pycnonotidae, Rallidés, Rhipiduridés
et Sturnidés. Dans cette étude, nous avons examiné un total de 280
échantillons fécaux de 26 espèces d'oiseaux pour la présence du
gène Eacdt par PCR.
Nous avons pu détecter des E. albertii putatifs chez 11
espèces appartenant à huit familles : Accipitridae, Anatidae,
Ciconiidae, Corvidae, Falconidae, Laridae, Phalacrocoracidae et
Strigidae. Quatre des onze espèces sont des oiseaux aquatiques.
Considérant que E. albertii a été détecté dans des
échantillons environnementaux tels que l'eau une transmission par
l'eau est envisageable et implique éventuellement d'autres animaux
sauvages. La plupart des sept autres espèces, y compris les rapaces
et les corvidés, ont en commun d'habiter principalement les terres
agricoles et les forêts et de se nourrir d'oiseaux et/ou de petits
mammifères. Considérant que les petits mammifères sont souvent
porteurs d'agents pathogènes, il ne peut être exclu qu'ils puissent
également être un réservoir pour E. albertii. Cependant,
les données sur cette hypothèse manquent à ce jour.
Des études antérieures ont révélé une prévalence variable de E.
albertii dans la volaille, la viande de volaille et les abats.
Dans cette étude, des échantillons fécaux regroupés de 150
troupeaux de poulets de chair représentant plus d'un million
d'oiseaux ont été étudiés. Nous n'avons pu détecter E.
albertii dans aucun de ces échantillons, démontrant que la
volaille n'est pas un réservoir primaire pour E. albertii en
Suisse. D'autres investigations devraient se concentrer sur les
poules pondeuses, car elles sont plus souvent hébergées à
l'extérieur et peuvent donc être infectées par contact avec des
oiseaux sauvages.
Plusieurs études ont signalé des difficultés à isoler E.
albertii à partir d'échantillons positifs à la PCR. Hinenoya
et al. ont rapporté un taux de récupération de 25% dans une
étude sur la présence de E. albertii chez les ratons
laveurs. De plus, pour les selles d'humains sains, une limite de
détection de 105 UFC/g de selles a été rapportée. Dans
notre étude, le taux de guérison était de 38,7% (12/31). D'autres
espèces telles que Shigella boydii ou Providencia stuartii sont
morphologiquement indiscernables de E. albertii sur le milieu
sélectif utilisé, compliquant la récupération de E. albertii.
Des milieux sélectifs améliorés sont donc nécessaires pour
permettre des enquêtes épidémiologiques et cliniques complètes
sur E. albertii. Alternativement, puisque nous n'avons
considéré que les colonies incolores à gris-blanc comme suspectes,
nous aurions peut-être manqué E. albertii fermentant le
lactose ou le xylose , respectivement, car celles-ci ne deviendraient
pas incolores. Les analyses du génome des 12 isolats récupérés
avec succès ont identifié deux clusters de SNP comprenant chacune
deux isolats. Un groupe était lié à des corbeaux charognards
gardés dans le même centre de sauvetage, suggérant une
transmission ou une acquisition récente de la même source, telle
qu'une propagation d'animal à animal ou des aliments ou de l'eau
contaminés. Le deuxième groupe comprenait des isolats d'une
corneille noire sauvage et d'une buse d'un sanctuaire d'oiseaux,
indiquant une transmission environnementale ou indiquant une proie
colonisée comme source potentielle.
Un biais d'échantillonnage pourrait exister pour les oiseaux
sauvages puisque des oiseaux malades, blessés et morts ont été
échantillonnés. Cependant, aucun de ces oiseaux n'a montré de
signes cliniques d'infection intestinale, suggérant un portage
asymptomatique. En conclusion, notre étude révèle que Escherichia
albertii est présent dans la population d'oiseaux sauvages
suisses, qui peut potentiellement agir comme une source de cet agent
pathogène pour l'homme, les autres animaux et l'environnement.
Dans un article paru dans Journal
of Food Protection en mars
2022, Escherichia albertii a été détecté dans 1,9%
des échantillons d'huîtres du Pacifique et d'huîtres de roche
japonaises. Au total, 64 souches de E. albertii ont été
isolées de huit échantillons. La plupart des isolats étaient
positifs pour eae, un gène de facteur de virulence. Source
Un autre article publié en avril 2022 dans Microorganisms
rapporte «Microbiologie et épidémiologie de Escherichia
albertii - un agent pathogène d'origine alimentaire émergent et
insaisissable». Article disponible en intégralité.
Les données actuelles suggèrent que E. albertii pourrait
jouer un rôle plus important dans les cas mondiaux de diarrhée
infectieuse qu'on ne le supposait auparavant et est souvent négligé
ou mal identifié. Par conséquent, des outils de diagnostic simples
et efficaces qui couvrent la biodiversité de E. albertii sont
nécessaires pour un isolement et une identification efficaces de cet
agent insaisissable de la diarrhée.
NB : La photo illustrant l’article est issue de
Microorganisms.
