Identification des principaux facteurs associés à la croissance de Listeria monocytogenes dans des fromages à pâte molle

Des chercheurs canadiens ont collecté une large gamme de fromages à pâte molle auprès de détaillants afin d'identifier les principaux facteurs associés à la croissance de l'agent pathogène d'origine alimentaire, Listeria monocytogenes.

Un article paru dans Applied and Environmental Microbiology a pour titre «Microbiome and Physicochemical Features Associated with Differential Listeria monocytogenes Growth in Soft, Surface-Ripened Cheeses» (Microbiome et caractéristiques physicochimiques associées à la croissance différentielle de Listeria monocytogenes dans les fromages à pâte molle affinés en surface). L'article est disponible en intégralité.

Résumé

Les fromages à pâte molle présentent un risque plus élevé de croissance de l'agent pathogène d'origine alimentaire Listeria monocytogenes en raison de leur teneur en humidité et de leur pH favorables par rapport aux autres fromages. Cependant, la croissance de L. monocytogenes n'est pas constante d'un fromage à pâte molle à l'autre et peut être affectée par les caractéristiques physicochimiques et/ou microbiomes des fromages. Par conséquent, le but de cette étude était d'étudier comment les profils physicochimiques et les microbiomes des fromage à pâte molle peuvent affecter la croissance de L. monocytogenes.

Quarante-trois fromage à pâte molle produits à partir de lait cru (n = 12) ou pasteurisé (n = 31) ont été inoculés avec L. monocytogenes (10³ ufc/g) et la croissance des agents pathogènes a été surveillée pendant 12 jours à 8°C. En parallèle, le pH, l'activité de l'eau (aw), la numération microbienne sur boîtes et la teneur en acide organique des fromages ont été mesurés, et les profils taxonomiques des microbiomes du fromage ont été mesurés à l'aide du séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S  et le séquençage métagénomique par l’approche shotgun. La croissance de L. monocytogenes différait significativement entre les fromages (analyse de variance [ANOVA] ; P < 0,001), avec des augmentations allant de 0 à 5,4 log ufc (moyenne de 2,5 ± 1,2 log ufc), et était négativement corrélée avec l’aw. Les fromages au lait cru ont montré une croissance de L. monocytogenes significativement plus faible que les fromages au lait pasteurisé (test t ; P = 0,008), probablement en raison d'une augmentation de la compétition microbienne. La croissance de L. monocytogenes dans les fromages était positivement corrélée à l'abondance relative de Streptococcus thermophilus (corrélation de Spearman ; P < 0,0001) et négativement corrélée à l'abondance relative de Brevibacterium aurantiacum (corrélation de Spearman ; P = 0,0002) et de deux Lactococcus spp. (Corrélation de Spearman ; P < 0,01). Ces résultats suggèrent que le microbiome du fromage peut influencer la sécurité des aliments dans les fromages à pâte molle.

Importance

Des études antérieures ont identifié des différences de croissance de L. monocytogenes entre les fromages à pâte molle, mais aucun mécanisme clair n'a encore été élucidé. Au meilleur de notre connaissance, il s'agit de la première étude à collecter un large éventail de fromages à pâte molle provenant de sources de vente au détail et à tenter d'identifier les facteurs clés associés à la croissance des agents pathogènes. Une découverte clé de cette recherche était la corrélation positive entre l'abondance relative de S. thermophilus et la croissance de L. monocytogenes. L'inclusion de S. thermophilus comme culture starter est plus courante dans la production industrialisée de fromages à pâte molle, ce qui suggère que la production industrielle de fromages à pâte molle peut augmenter le risque de croissance de L. monocytogenes. Dans l'ensemble, les résultats de cette étude approfondissent notre compréhension de l'impact de l'aw et du microbiome du fromage sur la croissance de L. monocytogenes dans les fromages à pâte molle, menant, espérons-le, au développement de cultures de démarrage et la maturation de fromages à pâte molle qui peuvent prévenir la croissance de L. monocytogenes.

Les boxplots* résumant l'aire sous la courbe (AUC pour area under the curve) de la croissance de Listeria monocytogenes dans des fromages individuels (A) et le traitement du lait utilisé pour la fabrication du fromage (B). Chaque case est colorée en fonction du traitement du lait. Comme un seul fromage a été produit à partir de lait thermisé, il n'a pas été inclus dans la comparaison entre les traitements du lait.
*Pour savoir ce que sont les boxplots ou diagramme en boîte ou diagramme de quartiles, voir ce lien.

Commentaire

Je ne peux m’empêcher de citer une étude que nous avions réalisé en 2005 avec Marielle Gay, parue dans Le Lait, «Factors moderating Listeria monocytogenes growth in raw milk and in soft cheese made from raw milk». L’article canadien a eu l’amabilité de le citer en référence. Merci. 18 ans après, ça fait toujours plaisir, et j’en profite pour remercier tous ceux qui ont participé à cete étude au sein d’ASEPT à Laval.

Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène d'origine alimentaire que l'on trouve parfois dans le lait cru. Le lait cru contient des inhibiteurs bactériens naturels tels que le système lactoperoxydase et une microflore spécifique. Six souches de L. monocytogenes isolées à partir de lait cru en 1995 et 1996 en Normandie (France) ont été testées. L'objectif de la première partie de ce travail était d'évaluer l'effet inhibiteur du système lactoperoxydase sur L. monocytogenes dans le lait cru. Maintenues à 15°C pendant 65 h, en conditions statiques, les populations de L. monocytogenes dans le lait pasteurisé ont augmenté de 2 à 3,8 log selon la souche. Dans le lait cru, dans les mêmes conditions, les populations ont augmenté de 0,8 à 2,3 log.

La croissance de L. monocytogenes dans le camembert a été également étudiée. Les résultats montrent que L. monocytogenes se développe environ deux fois plus lentement dans le camembert au lait cru que dans celui au lait pasteurisé. Les durées moyennes des phases de latence sont de 15 et 34 jours, respectivement dans le fromage au lait pasteurisé et le fromage au lait cru. L'effet inhibiteur du est principalement lié à la composition microbiologique du lait cru, en particulier la présence de Lactobacillus thermphiles et de levures.

Fermeture pour raison sanitaire d'une boulangerie à Epinaysur-Seine (Seine-Saint-Denis). Ratatouille inside !

🚨Fermeture administrative décidée par le @prefet93 de la boulangerie "La Parisienne" à #EpinaySurSeine à compter du 30/03

❌Ont été constatés notamment la présence de souris, de déjections de rongeurs, d'absence d'hygiène & de procédure de nettoyage alimentaire pic.twitter.com/xMIuRfDzJ3

— Préfet de la Seine-Saint-Denis (@Prefet93) April 5, 2023

Par ailleurs, le préfet de Seine-Saint-Denis a dressé un bilan de l’action pour le mois de mars, en ce qui concerne l’hygiène des aliments, voir le détail ci-dessous.
6 fermetures envisagées, 8 avertissements, 3 mises en demeure.

Pour de meilleures connaissances de Listeria monocytogenes chez les patients, les aliments et l'environnement de production alimentaire

Selon un tweet de Joe Whitworth, qui m’a transmis l’information, «Plus de la moitié des clusters de Listeria s'étendent sur 1 an et plus et jusqu'à 10 ans.»

Une étude vient d’être publiée dans Frontiers in Microbiology, «New insights into the epidemiology of Listeria monocytogenes. A cross-sectoral retrospective genomic analysis in the Netherlands (2010–2020)» ou Nouvelles perspectives sur l'épidémiologie de Listeria monocytogenes. Une analyse génomique rétrospective intersectorielle aux Pays-Bas (2010-2020).

Introduction

La listériose, causée par une infection par Listeria monocytogenes (Lm), est une maladie relativement rare mais grave avec l’un des taux de mortalité les les plus élevés parmi les maladies infectieuses d’origine alimentaire. Une meilleure compréhension du dégré des clusters à Lm, une distribution dans le temps des clusters et de leurs associations avec différentes origines alimentaires doivent permettre d’améliorer la traçabilité de l’origine et les prélèvements en fonction des risques.

Méthodes

Nous avons étudié l'épidémiologie génomique de Lm aux Pays-Bas entre 2010 et 2020 en analysant les données de séquençage du génome entier (WGS) d'isolats de patients atteints de listériose et des origines alimentaires provenant d'une surveillance et d'un suivi intégrés à l'échelle nationale. Les données WGS de 756 patients et 770 isolats alimentaires et environnementaux ont été évaluées à l'aide du cgMLST (Core Genome MLST (cgMLST), analyse par séquençage multilocus des gènes du core génome).

Résultats

Nous avons confirmé les résultats précédents selon lesquels certains complexes clonaux (CC) sont surreprésentés parmi les isolats cliniques, mais nous n'avons pu identifier aucun facteur de risque épidémiologique. Les principaux résultats de cette étude incluent l'observation d'une très faible attribution des types de Lm aux catégories d'aliments et une bien meilleure attribution au niveau du producteur. De plus, nous avons identifié un degré élevé de persistance temporelle des clusters alimentaires, de patients et mixtes, avec plus de la moitié des clusters s'étalant sur plus d'un an et jusqu'à 10  ans.

Discussion

Pris ensemble, cela indiquerait que l'identification de la contamination persistante dans les environnements de production alimentaire et les producteurs qui transforment une grande variété de produits alimentaires crus pourraient contribuer de manière significative à réduire le fardeau de la listériose.

Conclusion

Nos résultats mettent en évidence l'utilité des analyses combinées WGS humain-alimentaire pour Lm et la valeur ajoutée d'une base de données partagée de profils bactériens par cgMLST pour la surveillance de la santé publique. Cela contribuera à la détection rapide des liens entre les séquences bactériennes humaines et alimentaires et à une détection plus rapide de l’origine des épidémies, voire à la prévention de ces épidémies. Les principaux résultats de cette étude incluent l'observation d'une très faible attribution des types de Lm aux espèces animales et une bien meilleure au niveau des producteurs alimentaires. De plus, nous avons identifié un degré élevé de persistance temporelle des clusters. Ensemble, cela indiquerait que l'identification de la contamination persistante et des producteurs qui transforment une grande variété de produits bruts, et l'application de mesures d'intervention à cet égard pourraient contribuer de manière significative à réduire le fardeau de la listériose. Sur le plan scientifique, des efforts supplémentaires pour intégrer également des échantillons environnementaux dans les bases de données de surveillance contribueront à une meilleure compréhension de l'évolution et de la persistance bactériennes. Des connaissances supplémentaires sur les conditions au cours des procédés de production alimentaire et leur influence sur l'évolution de Lm (c'est-à-dire le taux de substitution) permettraient également de développer de meilleurs modèles prédictifs de l'identité par descendance.

Tsunami de législations européennes en matière de durabilité, selon la fédération de l'industrie alimentaire belge

En France, le journal L’Opinon du 6 avril 2024 titre sur les «Excès de normes: le Medef tire la sonnette d’alarme».

502 obligations et 3 670 pages de réglementations sur les entreprises sont sortis des bureaux de la Commission européenne et du Parlement depuis 2017. «On court tout droit à la catastrophe », alerte dans l’Opinion le président du Medef, Geoffroy Roux de Bézieux

Les faits - L’Opinion publie en exclusivité les résultats d’une étude commandée par le Medef sur le poids des normes européennes. Entre 2017 et 2022, les entreprises françaises ont dû digérer chaque mois une moyenne de sept nouvelles obligations et 51 pages de réglementation.

En Belgique, la Fevia,  la Fédération de l'industrie alimentaire belge, parle de «Tsunami de législations européennes en matière de durabilité». Rien de moins ...

Vous avez certainement entendu parler de la déferlante de nouvelles législations en matière de durabilité que l’Union européenne prépare. Mais que prévoient les directives diligence raisonnable et rapports de durabilité ou encore les règlements déforestation, travail forcé et taxonomie ? Quel sera leur impact sur les entreprises alimentaires, petites et grandes ? Fevia en a résumé pour vous les grandes lignes, en fonction des informations actuellement à sa disposition. 

L’Union travaille depuis plusieurs années sur différents dossiers législatifs liés à la durabilité. Comme nous l’explique la députée européenne belge Saskia Bricmont (Verts/ALE) dans l’entretien que nous avons mené avec elle à ce propos, ces législations constituent une des réponses de nos institutions aux questions humaines et environnementales auxquelles font face l’Europe, et le monde, et qui ont été traduites dans le Green Deal. Les entreprises auront un rôle de premier plan à jouer dans la mise en place de cette société plus juste et plus durable. Il est donc impératif de s’y attabler sans tarder. 

Pas nouvelle du côté de l’ANIA, association nationale des entreprises alimentaire de France, étonnant, non ?

Commentaire

Le green deal de l’UE est un très mauvais deal pour nos agriculteurs et pour nos entreprises. Je suis certain qu’en France nos politiques vont se faire un devoir d’appliquer ces nouvelles règles et normes, juste pour montrer que nous somme le meilleur élève de l’UE ...

La FAO et l'OMS examinent la sécurité sanitaire des aliments à base de cellules

Très clairement le problème de la sécurité des aliments des produits à base de cellules est un faux problème, car il sera un jour résolu.

Mais le débat se situe ailleurs, pourquoi des entreprises dépensent-elles des milliards dans ce type de produits, généralement soutenus par des ‘gens sensés nous vouloir du bien’, alors la source de protéines (viande, poulet, poisson) est présente, là sous nos yeux, avec nos éleveurs et nos agriculteurs.

Je ne crois pas du tout, mais alors pas du tout, que nos élevages soient responsables des impacts sur l'environnement et le changement climatique.

Ceci posé, pour ceux que cela intéresse, voici, «La FAO et l'OMS examinent la sécurité sanitaire des aliments à base de cellules», source article de Joe Whitworth paru le 6 avril 2023 dans Food Safety News.

Les dangers potentiels des aliments à base de cellules ont été identifiés dans le cadre de la première étape de l'évaluation de la sécurité sanitaire de ces produits.

L'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) et l'Organisation mondiale de la santé (OMS) ont déclaré que la production alimentaire à base de cellules implique la culture de produits agricoles animaux directement à partir de cultures cellulaires.

Les agences ont publié un rapport pour saisir les principaux problèmes de sécurité des aliments et fournir aux autorités, en particulier celles des pays à revenu faible et intermédiaire, des informations et des connaissances scientifiques à jour sur la production alimentaire à base de cellules, lors de l'examen des mesures réglementaires.

Francesco Branca, de l'OMS, a dit que le rapport contient des informations sur les technologies utilisées pour produire des aliments à base de cellules, les risques potentiels pour la sécurité des aliments et le cadre réglementaire dans divers pays.

«Les experts ont dit que de nombreux dangers sont bien connus et existent dans les aliments conventionnels, mais nous ne pouvons pas exclure les nouveaux dangers des nouvelles technologies, matières ou ingrédients utilisés pour produire des aliments à base de cellules. Nous considérons cela comme la première étape d'une évaluation complète des risques et des bénéfices. Plus de génération et de partage de données sont nécessaires pour identifier les similitudes et les différences entre les aliments conventionnels. L'OMS et la FAO soutiendront le Codex Alimentarius dans les travaux futurs dans ce domaine», a-t-il déclaré.

Bien que la plupart des dangers soient déjà connus et puissent également se produire dans les aliments produits de manière conventionnelle, il peut être nécessaire de se concentrer sur les matières, les intrants, les ingrédients spécifiques, y compris les allergènes potentiels, et les équipements utilisés dans la production alimentaire à base de cellules.

Points de vue nationaux et terminologie

Le document examine les problèmes de terminologie, les principes des processus de production alimentaire à base de cellules et le cadre réglementaire mondial. Des études de cas en Israël, Qatar et Singapour sont incluses. En décembre 2020, les premières nuggets de poulet à base de cellules ont été approuvées à Singapour. Cependant, l'Italie a récemment annoncé son intention d'interdire la viande à base de cellules.

Teng Yong Low, de la Singapore Food Agency (SFA), a déclaré que la réaction à l'approbation avait été mitigée.

«Certaines personnes ont salué les bénéfices, car cela leur donne un nouveau choix dans leur alimentation, certaines personnes, pour diverses raisons, choisissent de ne pas consommer de tels produits et certaines sont entre les deux. La SFA essaie de fournir à ces personnes des informations précises sur la technologie et les produits afin qu'elles puissent ensuite faire leur propre choix éclairé sur l'opportunité de les consommer», a-t-il déclaré.

Selon la FAO, plus de 100 start-ups développent divers produits alimentaires à base de cellules, notamment de la viande, du poisson, de la volaille, des produits laitiers et des œufs.

Alors que les produits «à base de cellules» et «cultivés» sont des terminologies préférées, d'autres termes tels que «in vitro», «artificiel», « fake», «propre» et «cultivé en laboratoire» ont été utilisés. Un débat est également en cours sur la question de savoir si les produits carnés à base de cellules peuvent être étiquetés comme halal ou casher, en fonction des cellules et des matériaux initiaux.

Corinna Hawkes, directrice de la Division des systèmes alimentaires et de la sécurité sanitaire des aliments de la FAO, a dit que la publication s'inscrivait dans le contexte plus large de la tentative de parvenir à un système alimentaire sain et durable.

«Lorsqu'il s'agit de nouvelles technologies pour la production alimentaire, la première question que beaucoup de gens se posent est la suivante : est-ce que les aliments seront sûrs ? Nous savons que des technologies et des processus de production nouveaux et innovants vont évoluer, cela fait partie de la réalité de ce que cela signifiera d'assurer la sécurité des aliments à l'avenir tout en essayant de réduire les impacts sur l'environnement», a-t-elle déclaré.

«Nous en sommes encore à la phase initiale de cette technologie et ne disposons que de données provenant d'installations de production à petite échelle. Elle promet des améliorations mais demande à être validée en production à grande échelle. Cette identification des dangers n'est que la première étape d'un long processus qui nécessitera l'engagement de tous ceux qui se soucient de la sécurité des aliments.

Réduction des risques liés aux dangers

Il est possible qu'une approche au cas par cas soit appropriée pour l'évaluation de la sécurité sanitaire des produits à base de cellules, a déclaré la FAO.

Les processus de fabrication de ces produits varient en fonction du type de lignée cellulaire utilisée, comme le bétail, la volaille, le poisson ou les produits de la mer et du produit final, comme un hamburger, un steak ou des nuggets. Cependant, le processus général comprend quatre étapes de production : i) sélection de tissus ou de cellules cibles, isolement, préparation et stockage ; ii) la prolifération cellulaire et la différenciation cellulaire possible lors de la production de biomasse à grande échelle ; iii) récolte de tissus ou de cellules; et iv) la transformation et la formulation de produits alimentaires.

Les étapes d'approvisionnement, d'isolement et de stockage des cellules peuvent introduire des contaminants microbiens. Pour prévenir la contamination à ces stades, il est courant d'utiliser des antibiotiques. La culture cellulaire est également sensible à la contamination microbienne et est donc réalisée dans des conditions stériles. Pendant la fabrication, une contamination par d'autres bactéries, levures et moisissures provenant de l'environnement de production peut se produire. Il existe également des dangers potentiels lors de la récolte et de la transformation.

Les dangers identifiés comprennent les corps étrangers, les médicaments vétérinaires, toxines microbiennes, additifs, résidus, allergènes, microplastiques et agents pathogènes. Les lignées cellulaires peuvent également provenir d'espèces ayant peu ou pas d'antécédents d'utilisation sûre des aliments.

Comme la plupart des dangers potentiels pour la sécurité sanitaire des aliments ne sont pas nouveaux, des outils de réduction des risques tels qu'une bonne hygiène, la fabrication, la culture cellulaire et les pratiques d'analyse des dangers et des points critiques pour leur maîtrise (HACCP) doivent être envisagés.

Les produits alimentaires à base de cellules n'étant pas encore disponibles dans la plupart des régions du monde, il est peu probable que les consommateurs les connaissent ou les procédés utilisés. La FAO a déclaré que c'était le moment idéal pour les organismes chargés de la réglementation de communiquer sur les questions de sécurité des aliments associées aux produits et aux processus, et de s'imposer comme sources d'information.

«Résoudre les nombreux défis et obstacles qui existent encore avec les aliments à base de cellules, tels que les coûts de production élevés, les obstacles à la mise à l'échelle et les lacunes dans les connaissances fondamentales, nécessitera un niveau important d'engagements techniques et financiers de la part de toutes les parties prenantes», a écrit le rapport.

Mise à jour du 26 avril 2023

La viande, les œufs et le lait sont une source essentielle de nutriments, plaide la FAO.

La viande, les œufs et le lait offrent des sources essentielles de nutriments particulièrement nécessaires qu’il est difficile d’obtenir dans le cadre d’une alimentation végétale, selon un nouveau rapport publié mardi par l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), Contribution of terrestrial animal source food to healthy diets for improved nutrition and health outcomes (Contribution des aliments issus de l’élevage d’animaux terrestres à des régimes alimentaires sains, pour une meilleure nutrition et de meilleurs résultats de santé).

Des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 après la publication d'une nouvelle étude dans Nature

«Avec une nouvelle étude publiée dans Nature, des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 », source article de Mary Van Beusekom paru le 5 avril 2023 dans CIDRAP News.

Des chercheurs chinois qui ont isolé trois virus SARS-CoV-2 vivants et de l'ADN viral à partir d'échantillons environnementaux au marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan, Chine, disent que les résultats ne montrent pas définitivement que la pandémie s'est propagée aux humains à partir d'animaux, selon une étude publié dans Nature.

L'étude est initialement apparue sur un serveur de prépublication en février 2022. Cependant, avant la publication dans Nature, des séquences précédemment non divulguées sont récemment apparues dans la base de données de l'Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID pour Global Initiative in Sharing Avian Influenza Data), qui a attiré l'attention de chercheurs internationaux qui ont signalé leur conclusions à l'Organisation mondiale de la santé.

Sur le serveur de préimpression Zenodo, le groupe a publié sa propre analyse des séquences, qui, selon lui, soutiennent, mais ne prouvent pas définitivement, que le virus est probablement passé des animaux (par exemple, le chien viverrin) aux personnes du marché.

Tout en reconnaissant que les données n'étaient pas définitives, le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus a ensuite appelé la Chine à partager immédiatement toutes ces informations avec la communauté scientifique internationale. «Ces données auraient pu - et auraient dû - être partagées il y a 3 ans», a-t-il déclaré.

Le marché peut avoir amplifié l'épidémie établie

Dans l'étude de Nature, les chercheurs ont analysé 923 échantillons environnementaux obtenus dans et autour du marché fermé à partir du 1er janvier 2020, et 457 échantillons prélevés sur 18 espèces animales (dans des réfrigérateurs et des congélateurs, écouvillons d'animaux errants et leurs excréments, et le contenu d'un aquarium) à partir du 18 janvier 2020. Le marché a été fermé après avoir été lié à des clusters de cas humains de COVID-19.

La RT-PCR a révélé des preuves de SARS-CoV-2, dont trois virus vivants, dans 73 échantillons environnementaux (7,9%) qui correspondaient au virus de type sauvage isolé chez l'homme avec une précision supérieure à 99,99%.

La plupart des 64 échantillons positifs (87,5%) ont été prélevés dans la zone ouest du marché, dont une partie était soupçonnée d'impliquer des ventes d'animaux sauvages, et dans les égouts et les collecteurs d’eaux usées.

Des preuves du variant SARS-CoV-2 Alpha ont également été retrouvées dans un échantillon environnemental. Le séquençage de l'ARN des échantillons environnementaux positifs et négatifs a montré la présence «d'une abondance» d'animaux différents. Aucune preuve du virus n'a été détectée dans les échantillons d'animaux.

Les chercheurs ont dit que si les preuves génétiques suggèrent que des chauves-souris, des chiens viverrins et des furets, des espèces hôtes potentielles du SRAS-CoV-2, étaient présents sur le marché, les preuves ont été collectées principalement dans des échantillons environnementaux négatifs.

«L'origine du virus ne peut pas être déterminée à partir de toutes les analyses disponibles jusqu'à présent», ont-ils écrit. «Il reste possible que le marché ait [agi] comme un amplificateur de transmission en raison du nombre élevé de visiteurs chaque jour, provoquant de nombreux clusters d'infection initialement identifiés aux premiers stades de l'épidémie.»

Une scientifique qualifie l'étude de «profondément erronée»

Sur Twitter, Angela Rasmussen, virologue à l'Université de la Saskatchewan au Canada et co-auteur de l'analyse parue sur Zenodo, a qualifié l'étude de Nature de «profondément défectueuse», indiquant que les auteurs avaient utilisé une base de données de référence pour le séquençage qui excluait le génome du chien viverrin. «Et pourtant, malgré le fait qu'ils reconnaissent que cela pourrait être résolu en utilisant une base de données de référence différente (une solution facile), ils ont choisi de ne pas le faire», a-t-elle écrit.

Mais, ont dit les chercheurs dans Nature, «même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas qu'une transmission interhumaine se soit produite, étant donné que le moment de l'échantillonnage était postérieur à l'infection humaine sur le marché, comme indiqué rétrospectivement. Ainsi, la possibilité l'introduction potentielle du virus sur le marché par l'intermédiaire d'humains infectés ou de produits de la chaîne du froid ne peut pas encore être exclue.»

«Même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas la possibilité d'une transmission d'homme à animal.»

Ils ont appelé à une recherche coordonnée au niveau international pour enquêter sur l'origine potentielle du SRAS-CoV-2. «La surveillance des animaux sauvages devrait être renforcée pour explorer les hôtes naturels et intermédiaires potentiels du SRAS-CoV-2, le cas échéant, ce qui aiderait à prévenir de futures pandémies causées par des virus d'origine animale», ont-ils conclu.

L'utilisation d'antibiotiques engendre une résistance «à double sens» chez les humains et les animaux

«L'utilisation d'antibiotiques engendre une résistance «à double sens» chez les humains et les animaux », source article de Chris Dall paru le 4 avril 2023 dans CIDRAP News.

Dans une étude présentée comme la première du genre, une équipe internationale de chercheurs rapporte que l'association entre la consommation d'antibiotiques et la résistance aux antimicrobiens (RAM) chez les humains et les animaux est une «voie à double sens».

L'étude de modélisation, publiée dans Lancet Planetary Health, a utilisé des données mondiales sur les agents pathogènes résistants aux antibiotiques et la consommation humaine et animale d'antibiotiques pour montrer que chez les humains et les animaux producteurs de denrées alimentaires, sans surprise, une utilisation accrue d'antibiotiques est associée à une augmentation de la RAM.

Mais le modèle a également estimé qu'une utilisation accrue d'antibiotiques par les animaux producteurs de denrées alimentaires est associée à une résistance accrue des agents pathogènes bactériens qui infectent les humains, tandis que l'utilisation accrue d'antibiotiques chez l'homme est liée à une augmentation des taux de RAM chez les animaux.

En outre, l'étude a révélé que dans certaines parties du monde, des facteurs socio-économiques, tels que le manque d'accès à l'eau potable et à l'assainissement, peuvent avoir plus d'influence sur la résistance aux antimicrobiens que la consommation d'antibiotiques.

Une association bidirectionnelle

Pour l'étude, une équipe dirigée par des chercheurs de la London School of Hygiene & Tropical Medicine (LSHTM) a utilisé un modèle de régression multivariable et des données nationales 2018 sur la résistance aux antimicrobiens de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), de l'Organisation panaméricaine de la santé et du Center for Disease Dynamics, Economics & Policy pour examiner les associations entre les taux mondiaux de RAM chez les humains et les animaux producteurs de denrées alimentaires et plusieurs variables indépendantes, notamment la consommation d'antibiotiques et les facteurs de risque sociodémographiques, liés à la santé et environnementaux.

La RAM chez les humains et les animaux se concentre sur les agents pathogènes prioritaires de l'OMS, notamment Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa résistants aux carbapénèmes, Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae de troisième génération résistants aux céphalosporines, Staphylococcus aureus résistant à l'oxacilline et Enterococcus faecium résistant à la vancomycine. Les taux de résistance aux antimicrobiens chez les animaux étaient basés sur la résistance moyenne au niveau national chez les bovins, les porcs et les poulets.

Les données brutes ont montré que les taux les plus élevés de RAM pour les agents pathogènes humains ont été observés dans les pays à revenu faible et intermédiaire (LMICs pour low- and middle-income countries) et les plus faibles dans les pays à revenu élevé (HICs pour lowest in high-income countries) - une constatation qui a été observée dans des études précédentes. À l'inverse, les taux de RAM chez les animaux producteurs de denrées alimentaires étaient les plus élevés dans les HICs et les plus faibles dans les LMICs.

Le modèle de régression multivariable a montré que pour les agents pathogènes prioritaires critiques de l'OMS, l'augmentation de la consommation humaine de carbapénèmes et de céphalosporines, qui sont utilisés pour traiter les infections causées par ces agents pathogènes, était associée à une augmentation de la RAM (odds ratio [OR], 1,06 ; intervalle de confiance à 95% [IC], 1,00 à 1,12). L'association entre la consommation humaine d'antibiotiques et la résistance aux antimicrobiens était encore plus grande pour les agents pathogènes hautement prioritaires de l'OMS (OR, 1,22 ; IC à 95%, 1,09 à 1,37). Une consommation plus élevée d'antibiotiques chez l'homme était associée à une plus grande résistance pour presque toutes les combinaisons antibiotique-microbe.

Une association similaire a été observée entre la consommation d'antibiotiques et la RAM chez les animaux producteurs de denrées alimentaires (OR, 1,05 ; IC à 95%, 1,01 à 1,10).

Mais le modèle a également montré une association bidirectionnelle. La consommation d'antibiotiques chez les animaux producteurs de denrées alimentaires était positivement liée à la résistance des agents pathogènes prioritaires critiques (OR, 1,07 ; IC à 95%, 1,01 à 1,13), tandis que la consommation de carbapénèmes et des céphalosporines chez l'homme était positivement liée à la résistance aux antimicrobiens chez les animaux producteurs de denrées alimentaires (OR, 1,05 ; IC à 95%, 1,01 à 1,09).

«Au meilleur [de] nos connaissances, notre étude est la première à identifier ces associations bidirectionnelles animal-humain à l'échelle mondiale», ont écrit les auteurs de l'étude. «La signification conservée de la bidirectionnalité à cette échelle, et après ajustement pour d'autres covariables, apporte des preuves importantes au paradigme One Health.»

Des interventions One Health plus fortes sont nécessaires

Le modèle a également révélé qu'un résumé de l'inégalité des revenus appelé indice GINI était associé à une résistance accrue des agents pathogènes prioritaires de l'OMS (OR, 1,09 ; IC à 95%, 1,07 à 1,19), tandis que des taux de mortalité plus élevés attribuables à l'eau insalubre, à l'hygiène, et l'assainissement étaient associés à une résistance accrue des agents pathogènes de priorité moyenne de l'OMS (OR, 1,17 ; IC à 95%, 1,02 à 1,36).

«Par conséquent, nos modèles sont cohérents avec la littérature précédente, montrant que les facteurs indiquant un statut socio-économique inférieur sont associés à des niveaux plus élevés de RAM chez l'homme», ont écrit les auteurs. «Ces associations s'expliquent probablement par la dissémination incontrôlée de bactéries résistantes qui peut se produire dans des contextes où les services d'assainissement sont insuffisants et l'accès aux soins de santé est réduit.»

Dans le même temps, les indicateurs d'une gouvernance plus fiable, tels que les réglementations sur l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux producteurs d'aliments, étaient associés à une résistance aux antimicrobiens plus faible.

Les auteurs affirment que ces résultats, pris ensemble, mettent en évidence le fait que si la consommation d'antibiotiques est un facteur important de la RAM, ce n'est pas le seul facteur. Et la lutte contre la résistance aux antimicrobiens dans le monde nécessitera plus d'une réduction juste des taux de consommation d'antibiotiques chez les humains et les animaux producteurs de denrées alimentaires.

«Concevoir des interventions autour de cette image holistique de la résistance sera essentiel pour lutter contre ce qui est rapidement devenu l'une des plus grandes menaces pour la santé mondiale», a dit l'auteur principal Laith Yakob de la LSHTM, dans un communiqué de presse. «À l'avenir, nous recommandons des politiques et des réglementations nationales plus strictes sur l'utilisation et la prescription d'antibiotiques chez les animaux et les humains, ainsi qu'une gouvernance, une transparence et une responsabilité améliorées, en particulier parmi les pays les plus touchés par la maladie.»

A propos du nombre d'inspections en sécurité sanitaire des aliments en France

Un jour, un internaute m’a demandé si j’avais des contatcs avec les autorités sanitaires de notre pays, j’ai répondu par la négative, je ne les connais pas en particulier celles qui s’occupent de la sécurité des aliments.

Les messages passent l’intermédiaire des articles de ce blog et précisément, voici quelque chose qui devrait retenir leur attention.

Le 27 mars 2023, une infographie sur la sécurité sanitaire de l'alimentation a été publiée sur le site du ministère de l’Agriculture.

Une erreur, me semble-t-il, s’est glissée dans le nombre d’inspections détablissements pour vérifier la sécurité sanitaires des aliments. Il est indiqué 58 200 (partie gauche de l'image) au lieu de 48 960 inspections (partie droite de l'image), chiffre issu du dernier rapport d’activité 2022 de la DGAL, dont le blog vous a entretenu ici.

Le tout vous est proposé en images ci-dessus.

Il a bien existé un chiffre de 58 200 mais hélas c’était en 2019, que d’inspections perdues depuis cette date, mais il faut le répéter, la baisse drastique a débuté en 2013 sous la houlette du ministre de l’Agriculture, M. Le Foll, sous le quinquennat de M. Hollande. Pour le détail de la baisse des inspections pendant son ministère, voir ici.

Mise à jour du 13 avril 2023.

Je n'avais pas bien lu qu'en bas à gauche de cette infographie, il y avait écrit, 'données 2019'. Dans ces conditions pourquoi le ministère de l'agriculture n'indique-t-il pas les données les plus récentes, celles de 2022. C'était l'objectif de cet article. La question reste posée pourquoi gongler les chiffres des inspections en sécurité des aliments ?

Mise à jour du 5 juin 2023

Le ministère de l'Agriculture vient de modifier son infographie sur la sécurité sanitaire de l'limentation (ou de la sécurité des aliments). C'est désomais le chiffre de 49 000 inspections qui est proposé selon les données de la DGAL de 2022. Le chiffre précis est 48 960 inspections, mais on ne va pas chipoter ... Il aura fallu deux mois pour modifier l'infographie !

La Food Standards Agency et la Food Standards Scotland partagent leurs résultats sur l'évaluation du système des rappels

«La FSA et la FSS partagent leurs résultats sur l'évaluation du système des rappels », source article de Joe Whitworth paru le 5 avril 2023 dans Food Safety News.

Un système de rappel alimentaire mis à jour au Royaume-Uni a amélioré la situation, mais il reste encore des domaines à développer et des éléments à prendre en compte pour l'avenir, selon une évaluation.

En 2016 et 2017, la Food Standards Agency (FSA) et la Food Standards Scotland (FSS) ont réaliser un examen afin d’améliorer la façon dont les aliments sont rappelés. Cela a entraîné des modifications du système de retraits et de rappels, notamment de nouvelles directives, un modèle révisé d'avis sur les points de vente pour les magasins et une formation supplémentaire pour les entreprises alimentaires.

RSM Consulting UK a été mandaté par la FSA et la FSS en 2021 pour évaluer le développement d'un nouveau système. Cela comprenait une étude documentaire, des entretiens avec ceux qui ont travaillé sur le système mis à jour, des études de cas de rappels réels, l'examen de scénarios hypothétiques et des groupes de discussion de consommateurs.

Ceux qui ont travaillé sur les nouvelles directives sur la traçabilité, les retraits et les rappels ont déclaré qu'il s'agissait d'une amélioration par rapport à l'ancien document. Cependant, une préoccupation était que les petites entreprises disposent de moins de ressources pour mettre en œuvre les nouveaux processus et comprendre les aspects juridiques qui les sous-tendent. Le manque de ressources a également été évoqué comme un obstacle par les autorités locales.

Comme les services réglementaires ne contrôlent pas l'endroit où les avis des point de vente sont placés dans un magasin, la disponibilité des informations pour les consommateurs peut être variable et la connaissance d'un rappel peut être basée sur le hasard.

Se concentrer sur l'analyse des causes profondes

Les consommateurs qui avaient fait l'expérience d'un rappel ont suggéré qu'ils avaient une compréhension claire de leur rôle, tandis que ceux qui ne l'avaient pas fait étaient moins confiants quant aux mesures à prendre. Beaucoup ont dit qu'ils seraient plus susceptibles de jeter le produit que de le retourner au magasin. Les entreprises alimentaires ont déclaré que les consommateurs les contactaient souvent directement pour s'enquérir des prochaines étapes du rappel.

Les personnes interrogées ont dit que les programmes de fidélité des supermarchés pourraient être un moyen d'alerter les consommateurs d'un rappel de produit avec des membres automatiquement contactés et qu'il devrait y avoir plus d'utilisation des publications sur les réseaux sociaux pour sensibiliser le public. L'adoption par les consommateurs du service de texte de la FSA et de la FSS pour les rappels s'est avérée faible.

La plupart des entreprises alimentaires qui avaient effectué une analyse des causes profondes (RCA pour root cause analysis) d'un rappel ont déclaré que cela était utile et a conduit à des changements, notamment l'échange avec les fournisseurs, la modification des pratiques de préparation des aliments, la mise à jour de l'étiquetage ou une formation supplémentaire du personnel pour prévenir de futurs incidents.

Les entreprises ne partageaient pas la RCA avec avec d'autres dans leur secteur en raison d'une connaissance limitée de l'endroit où elle pouvait être partagée, de l'incertitude quant à savoir qui était responsable de le faire et d'autres exigences commerciales. Cela limite les possibilités d'apprentissage interprofessionnel et aide d'autres entreprises à éviter les mêmes problèmes. Il n'y a pas non plus de processus pour capturer les incidents évités de justesse, retrouvés dans l'évaluation.

Les services officiels ont dit que les RCA sont régulièrement menées par de grandes entreprises, mais qu'il reste du travail à faire pour s'assurer que les plus petites participent également au processus. Ils ont ajouté que l'analyse généralisée des RCA ou des tendances de rappel n'était pas courante localement, en raison des contraintes de ressources.

La société RSM a dit que la FSA et la FSS devraient envisager de développer une base de données nationale des RCA, accessible par les autorités locales, et une base de données des incidents évités de justesse. Cela serait utile pour surveiller les tendances actuelles des rappels et noter toute tendance émergente.

Rappels réels et incidents fictifs

Neuf études de cas de rappels ont été présentées pour évaluer le nouveau produit et le système de retrait. L'un couvrait un rappel de poulet pané à cause de Salmonella. Le fournisseur de produits de poulet panés ne s'approvisionne plus en poulet auprès de certaines entreprises où Salmonella a été détecté et tous les produits sont également désormais cuits sur place.

Une autre était un rappel de date en raison de la présence du virus de l'hépatite A. Le fournisseur de l'entreprise a suivi GLOBAL G.A.P, une norme internationale de sécurité des aliments pour les exploitations agricoles, mais après le rappel, la norme a été contestée car toutes les exigences avait été respectées, mais l'incident s'est quand même produit.

Trois scénarios fictifs ont été proposés pour obtenir des opinions sur la façon dont le système actuel pourrait réagir aux tendances futures. Ils comprenaient des produits vendus sur Facebook Marketplace sans l’étiquetage de la présence d’un d'allergène, la vente de bonbons contrefaits et un rappel international en raison d'une contamination par du verre.

Dans le premier cas, les autorités locales disposaient de ressources limitées pour identifier les entreprises non enregistrées vendant des aliments en ligne et d'une dépendance excessive à l'égard du public pour alerter les agents chargés de l'application des lois. Pour le deuxième incident, le souci était de déterminer s'il s'agissait d'un rappel d'aliments ou d'un crime alimentaire, et qui était le mieux placé auprès de l'organisme de réglementation pour régler le problème.

Dans le troisième scénario, la perte d'accès au système d'alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF) a ralenti les choses, les informations étant désormais reçues via le réseau international des autorités de sécurité alimentaire (INFOSAN), qui peut être plus lent à réagir à un incident et manque cohérence entre les pays.

Commentaire

Très intéressante cette démarche et ces exercices entre l’Angleterre et l’Écosse.

En France, le souci de la présence d’une affichette sur le point de vente est constant. Autre problème rencontré, et qui parfois gonfle le nombre de rappels contrairement à d’autres pays, États-Unis et Canada, est le nombre d’avis de rappels pour un même produit mais avec des marques distributeurs distinctes. Ainsi un avis de rappel peut être signalé plusieurs fois et RappelConso signale chaque marque comme un rappel distinct.

Le Val d'Oise, département pilote en matière de contrôles sanitaires des établissements alimentaires

La directrice générale de l'alimentation est désormais partie après avoir assisté à un contrôle sur site le 31 mars 2023 dans le Val d’Oise. Faut-il y voir un signe ?

Le tempo semble désormais bien huilé dans ce département qui fait figure de département pilote pour les contrôles sanitaires, mais aussi des fermetures des commerces de bouche ou des restaurants.

Le blog a compilé une liste d'articles sur ce beau département ici depuis un an environ.

Durant cette opération, huit établissements de Beaumont-sur-Oise ont été contrôlés.
Deux d’entre eux ont subi une fermeture administrative en urgence.
Par ailleurs, les autorités ont émis une mise en demeure et prononcé quatre avertissements. Source La gazette du Val d'Oise.

La photo en fin d'article est issue de la page facebook de la préfecture. Vous pourrez y lire des très nombreux commentaires des internautes abondant. 

🔴Opération de sécurisation & de contrôle sanitaire à Beaumont-sur-Oise avec T. Fourgeot, directeur de cabinet de @prefet95

➡️Intervention de la DDPP, de la PAF & de l’URSSAF
➡️8 contrôles
❌2 fermetures
❌1 mise en demeure
❌4 avertissements
❌4 personnes sans titre de séjours pic.twitter.com/5GFKyxfA6p

— Préfet du Val-d'Oise (@Prefet95) April 4, 2023