Le WGS est à la sécurité des aliments ce que le télescope Hubble
a été pour l'astronomie.
«Des
experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de
l'OMS»,source article
de Joe Whitworth paru le 13 juin 2023 dans food Safety News.
Des
scientifiques ont donné un aperçu d'une publication à venir sur
l'utilisation du séquençage du génome entier (WGS) dans la
sécurité des aliments.
L'Organisation
mondiale de la santé (OMS) lancera un guide en juillet qui décrit
les capacités qui doivent être en place avant que le WGS puisse
être utile pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire
et la riposte aux épidémies, les options pour sa mise en œuvre et
comment intégrer le WGS dans les systèmes existants.
Le
Dr Eric Brown, du Center for Food Safety and Applied Nutrition
(CFSAN) de la Food and Drug Administration des États-Unis, a dit que
le WGS a été l'un des plus grands impacts récents de la science.
«Pour
nous, le WGS a été synonyme de progrès en matière de sécurité
des aliments, comme le télescope Hubble l'a été pour l'astronomie,
pour le mettre en perspective et ce n'est pas un euphémisme. Il ne
fait aucun doute que le WGS a révolutionné la façon dont nous
pouvons surveiller et enquêter sur la contamination dans
l'approvisionnement alimentaire», a-t-il déclaré aux participants
d'un webinaire WHO Health Talks.
Développement
de l'utilisation du WGS
Deux
incidents mettant en évidence la puissance du WGS dans les premiers
jours de son utilisation ont été partagés par Brown.
«L'un
impliquait du beurre d’arachide, parce que nous avons vu des cas de
maladie dans plusieurs régions du pays, seulement 2 ou 3 cas de
maladie, nous avons pu les associer à un WGS haute résolution,
comprendre qu'un événement de contamination au beurre d’arachide
commençait à émerger et arrêter avant qu'il ne devienne une
épidémie. Le second était un événement lié à du fromage de
style mexicain où nous avons pu relier plusieurs États de la côte
Est à un fournisseur de fromage commun. Cela signifiait que nous
pouvions désormais trier rapidement une vaste zone géographique et
relier les maladies associées et les produits contaminés le plus
rapidement possible.»
Brown
a déclaré que le changement de paradigme utilisait le WGS pour la
traçabilité avec des données librement disponibles en temps réel.
«Cela
a donné naissance au domaine de l'épidémiologie génomique, où au
lieu que l'épidémiologie montre toujours la voie, parfois un signal
génomique pourrait être produit tôt qui pourrait montrer un lien,
puis l'épidémiologie peut retracer cela d'avant en arrière»,
a-t-il déclaré.
«Quelques
caractéristiques du WGS qui le rendent si puissant sont qu'il faut
moins de cas cliniques, une portée et une définition d'une épidémie
beaucoup plus claires, nous pouvons déterminer ce qui est lié ou
non plus rapidement, nous pouvons également effectuer un suivi des
sources en temps réel. Les matières premières peuvent être
tracées, ce qui donne lieu à une meilleure analyse des causes
profondes, car cela peut vous dire de quelle matière première de
quelle partie du monde la contamination pourrait provenir. Des
véhicules alimentaires complexes comme une salade peuvent avoir des
ingrédients qui commencent n'importe où dans le monde.
Brown
a cité deux exemples récents de partage de données dans la base de
données GenomeTrackr.
«Dans
une série d'événements liés au tahini qui a été exporté à
l'international, plusieurs pays ont pu identifier une source
commune de contamination pour le tahini. Un autre exemple est les
épidémies à Listeria associées aux champignons
enoki. Cela impliquait quatre pays en particulier : l'Australie,
la Corée du Sud, le Canada et les États-Unis qui ont partagé leurs
données et vous pouviez voir un lien à partir d'une cause profonde
qui s'est manifestée dans plusieurs pays», a-t-il déclaré.
«À
l'heure actuelle, nous continuons d'améliorer le processus et la
base de données avec une plus grande intégrité des données, un
renforcement des capacités pour mettre la technologie entre les
mains d'un plus grand nombre de personnes dans le monde et nous
assurer que nous pouvons les partager autant que possible en temps
réel. Comme mon collègue de la FDA Marc Allard aime à le dire,
pour chaque millier de génomes que nous pouvons entrer dans la base
de données, nous pouvons prévenir six cas supplémentaires de
maladie chaque année. Nous savons désormais que l'utilisation
accrue du WGS entraîne plus d'épidémies et d'événements de
contamination que nous pouvons identifier et cela équivaut à moins
de personnes malades.
Principaux
éléments du guide de l'OMS
La
Dr Kirsty Hope, responsable de la Foodborne and Waterborne Diseases
and One Health Branch en Nouvelle-Galles du Sud, Australie, a déclaré
que la détection précoce aide à réduire le fardeau de la maladie
dans la communauté.
«Le
WGS a une plus grande sensibilité et spécificité dans le
sous-typage des agents pathogènes d'origine alimentaire. Il donne
beaucoup d'informations sur les facteurs de virulence et la
résistance aux antimicrobiens. Il nous permet de comparer les
souches au niveau national ou international. Le module améliore
notre surveillance de routine déjà en place pour les agents
pathogènes d'origine alimentaire, permet la détection des
épidémies, aide à la réponse aux épidémies et intègre la
réponse One Health, avec des personnes chargées de la santé
animale et de la sécurité des aliments, des laboratoires et des
bases de données de séquences et d'isolats qui permettent une
détection précoce.»
Le
document d'orientation de l'OMS couvre les principes à prendre en
compte pour décider s'il est approprié d'utiliser le WGS. Les pays
ont besoin d'un système établi de surveillance et de riposte sur
lequel ils peuvent s'appuyer. Il y a un besoin d'adhésion politique
et financière et une charge de ressources lors de l'utilisation du
WGS. Trois modules comprennent l'introduction, la surveillance et les
enquêtes sur les éclosions.
«Nous
avons essayé de reconnaître que les pays sont tous à des stades
différents de leur développement et de leur utilisation du WGS, les
modules sont configurés de manière à ce que vous puissiez extraire
un composant et l'utiliser uniquement ou vous pouvez utiliser
l'ensemble du document. Le premier module définit les capacités
minimales nécessaires avant qu'un pays puisse s'embarquer dans ce
voyage du WGS pour améliorer les investigations sur les épidémies
et la surveillance de routine. Cela leur donne également des options
pour les différentes façons de mettre en œuvre le WGS», a déclaré
Hope.
«Le
deuxième module concerne les enquêtes sur les épidémies et
l'utilisation du WGS. Il est destiné aux pays qui en sont aux
premières étapes de la surveillance en laboratoire des agents
pathogènes alimentaires afin de pouvoir commencer à vous appuyer
sur cela. Il explique comment vous pouvez utiliser le WGS pour
détecter les épidémies et le processus de réponse. Le troisième
module concerne la surveillance. C'est pour les pays qui ont un
système de surveillance en laboratoire et qui est utilisé depuis un
certain temps. Il y a un certain chevauchement entre les modules sur
les épidémies et la surveillance. Les modules sont utilisés comme
un processus pour vous aider à parcourir, réfléchir et planifier
dans vos pays et différentes agences sur la façon d'aller de
l'avant avec le WGS.
Des
études de cas par le CDC, l'UKHSA et l'Agence de la santé publique
du Canada et des épidémies fictives sont incluses dans les
directives.
«Pour
la surveillance et la réponse, nous essayons de prévenir les cas de
maladie de se produire et prendre des mesures de santé publique.
Pour ce faire, nous utilisons les informations des épidémiologistes
et de nos collègues de la sécurité des aliments et de la santé
animale. Le WGS est une partie et aide à faire notre travail avec
plus de précision, mais l'épidémiologie traditionnelle et la
collaboration sont toujours nécessaires. Il est également important
d'être clair sur les questions que vous vous posez pour obtenir les
réponses que vous voulez ou vous pourriez avoir plus de questions»,
a déclaré Hope.
