mardi 13 septembre 2022

Infection à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) : Rapport épidémiologique 2020 par l'ECDC

«Infection à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) : Rapport épidémiologique annuel 2020», source ECDC.
Période couverte : Ce rapport est basé sur les données de 2020 extraites du Système européen de surveillance (TESSy) le 5 novembre 2020.
Résumé
Pour 2020, 28 pays de l'UE/EEE ont signalé 4 824 cas confirmés d'infection à Escherichia coli producteur de shigatoxines (STEC). Le taux global de notification était de 1,6 cas pour 100 000 habitants. Les taux de notification les plus élevés ont été rapportés en Irlande, Malte, Danemark et Norvège. Le taux de notification UE/EEE a considérablement diminué en 2020 par rapport à 2016-2019 en raison de la pandémie de la COVID-19. Le taux le plus élevé de cas confirmés a été observé chez les enfants de 0 à 4 ans, avec 8,6 cas pour 100 000 habitants chez les hommes et 7,5 cas pour 100 000 habitants chez les femmes.

Voici les principaux éléments du rapport avec un focus sur la France.

Les Escherichia coli shigatoxigéniques (STEC) sont des souches de la bactérie Escherichia coli qui produisent des shigatoxines. Le principal réservoir des STEC est constitué par les animaux herbivores, en particulier les bovins. L'infection à STEC est régulièrement liée à la consommation de viande bovine insuffisamment cuite contaminée en raison de mauvaises méthodes de transformation lors de l'abattage, ou d'autres aliments contaminés tels que le lait et les produits laitiers non pasteurisés, les légumes et l'eau. Le contact direct avec des animaux infectés, par exemple dans les fermes pédagogiques pour enfants et les zoos, est considéré comme un risque important d'infection à STEC, en particulier chez les jeunes enfants. L'infection à STEC provoque souvent une gastro-entérite, une entérocolite et une diarrhée sanglante, et provoque parfois une complication grave appelée syndrome hémolytique et urémique (SHU), en particulier chez les enfants.

La notification des infections à STEC est obligatoire dans tous les pays de l'UE/EEE à l'exception de cinq États membres dans lesquels la notification est soit volontaire (Belgique, France, Luxembourg et Espagne), soit basée sur un autre système (Italie).

Les systèmes de surveillance des infections à STEC ont une couverture nationale dans tous les pays de l'UE/EEE à l'exception de trois, la France, l'Italie et l'Espagne.

En France, la surveillance des STEC est basée sur la surveillance du syndrome hémolytique et urémique (SHU) pédiatrique, et de même qu’en Italie, la surveillance est principalement basée sur le registre national des SHU.

France: Répartition des cas confirmés d'infection à STEC et taux pour 100 000 habitants et par année, 2016-2020
2016
2017
2018
2019
2020
302
260
259
335
262
On peut effectivement noter une baisse en 2020 par rapport à 2019, mais cela est comparable avec la période 2017-2018.

Par rapport à ce que nous montre Santé publique de France, les chiffres sont plus élevés que les seuls SHU pédiatrique. Ainsi, voici le nombre de cas de SHU pédiatrique notifiés en France et incidence annuelle du SHU pour 100 000 personnes - années chez les enfants de moins de 15 ans, 1996 à 2020. Source : Santé publique France
Année
Nombre de cas de SHU
Incidence annuelle
2016
113
0,96
2017
164
1,40
2018
154
1,33
2019
168
1,46
2020
167
1,45
En 2020, on ne peut donc pas dire que «le taux de notification de SHU pédiatrique en France a considérablement diminué en 2020 par rapport à 2016-2019 en raison de la pandémie de la COVID-19.»

Une saisonnalité des infections à STEC est aussi observée.
En 2020, les STEC étaient la quatrième maladie zoonotique d'origine alimentaire la plus fréquemment signalée dans l'UE/EEE. Au cours de la période de cinq ans allant de 2015 à 2019, il y a eu une augmentation de la tendance globale des cas de STEC rapportés. Les facteurs contributifs incluent probablement des changements dans les techniques de laboratoire, tels que l'utilisation croissante des tests moléculaires multiplexés (PCR) et l'extraction directe d'ADN à partir d'échantillons, suivie d'un isolement et d'une caractérisation plus poussée des souches. En 2020, cependant, les cas signalés d'infections à STEC ont considérablement diminué. La pandémie de la COVID-19 a eu un impact significatif sur les données de surveillance des infections à STEC en 2020.

Les foyers de cas à STEC concernaient 208 cas dans 34 épidémies dans neuf États membres. Un véhicule alimentaire a été signalé dans cinq épidémies d'origine alimentaire à preuves solides, la ‘viandes et produits de viande’, les ‘produits laitiers autres que les fromages’ et les ‘fromages à base de lait de vache’ ont causé un foyer chacun, et deux foyers ont été causés par ‘l'eau du robinet, y compris l'eau de puits’. Des informations sur le sérotypes des STEC étaient disponibles pour six éclosions, les STEC O157, O145 et O26 ayant été identifiés respectivement dans trois, deux et une éclosions.

En 2020, le sérogroupe le plus fréquemment signalé dans les cas humains de STEC était O26, suivi de O157. Cette tendance découle d'une tendance à la hausse du nombre de cas à STEC O26 observés au cours des cinq dernières années, alors que ceux attribués à STEC O157 ont diminué au cours de la même période. Cette inversion de fréquence relative peut s'expliquer par le nombre croissant de laboratoires qui testent des sérogroupes autres que O157. Il y a eu une évolution des méthodes de diagnostic, l'amplification par PCR des gènes codant pour stx étant plus couramment utilisée pour la détection des cas de STEC dans plusieurs États membres au lieu du diagnostic basé sur la détection de l'antigène O157. En revanche, STEC O26 était le sérogroupe le plus signalé parmi les cas de SHU, comme observé depuis 2016.

La plupart des cas de SHU causés par ce sérogroupe ont été rapportés par trois pays (France, Italie et Irlande), dont deux fondent principalement leur surveillance des infections à STEC sur la détection des cas de SHU. Une proportion élevée des cas de SHU dus à des sérogroupes autres que O157 indique un risque émergent d'infections graves causées par des sérogroupes autres que O157. Bien que la récente évaluation de la pathogénicité des STEC affirme que le sérogroupe n'est pas un marqueur de pathogénicité, il a tout de même une certaine importance en tant que marqueur épidémiologique, et il est toujours utile d'observer la circulation des différents types de STEC dans les cas alimentaires et humains de maladie. L'analyse des combinaisons de gènes de virulence (stx et eae), en particulier le sous-typage des gènes stx, permet d'identifier les virulotypes de STEC qui ont une fréquence plus élevée d'association à des maladies graves chez l'homme (cas hospitalisés, diarrhée sanglante et cas de SHU).

La viande hachée bovine ou d'autres viandes insuffisamment cuites se sont révélées être un facteur de risque important d'infection sporadique à STEC d'origine alimentaire, le plus souvent causée par le sérogroupe O157. Dans des analyses récentes, la viande bovine et les produits frais (fruits et légumes) ont été incriminés comme les sources les plus importantes d'infections à STEC en Europe, chacune étant associée à 30% des cas de maladie. Les épidémies signalées mettent également en évidence un risque d'infections à STEC associées au lait cru et au fromage à base de lait non pasteurisé.

Mise à jour du 25 septembre 2022
On lira l'article de Food Safety NewsEurope sees large drop in E. coli infections in 2020 (L'Europe connaît une forte baisse des infections à E. coli en 2020). Comme dit dans l'article, au regard de la situation de la France, le titre ne correspond pas à la réalité.

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