A propos de la persistance et de la réintroduction récurrente de Listeria monocytogenes dans les ateliers de production alimentaire

Voici une étude très détaillée et démonstrative, dont l’article est disponible en intégralité et publié dans AEM, qui s’est intéressée à la caractérisation de Listeria monocytogenes d’une telle façon que cela doit permettre d’étudier les causes profondes de la contamination récurrente par Listeria monocytogenes et Listeria spp.

L’étude porte sur 16 ateliers de conditionnement et d’atelier de produits fraîchement prédécoupé aux États-Unis.

Le titre de l’article est «Whole-Genome Sequencing-Based Characterization of Listeria Isolates from Produce Packinghouses and Fresh-Cut Facilities Suggests Both Persistence and Reintroduction of Fully Virulent L. monocytogenes» (La caractérisation basée sur le séquençage du génome entier d’isolats de Listeria provenant d’ateliers de conditionnement de produits frais et d’installations de produits fraîchement découpés suggère à la fois une persistance et une réintroduction de L. monocytogenes complètement virulents).

Résumé

La contamination des produits prêts à consommer par Listeria monocytogenes (Lm) peut souvent être attribuée à des sources environnementales dans les installations de transformation et les ateliers de conditionnement. Pour fournir une meilleure compréhension des sources et de la transmission de Listeria dans les opérations de production, nous avons effectué un séquençage du génome entier (WGS) de Lm (n = 169) et d'autres Listeria spp. (n = 107) provenant de 13 ateliers de conditionnement de produits frais et de trois installations de produits fraîchement découpés. Dans l'ensemble, une faible proportion d'isolats de Lm (9/169) avaient des codons stop prématurés inlA (internaline A), et une grande proportion (83/169) avaient l'un ou l'autre ou les deux opérons LIPI-3 ou LIPI-4, qui ont été associés à l'hypervirulence.

L'analyse plus approfondie des données WGS par opération a montré un réisolement (à au moins 2 mois d'intervalle) d'isolats hautement apparentés (différences <10 hqSNP) dans 7/16 opérations. Deux exploitations avaient des souches hautement apparentées réisolées à partir d'échantillons prélevés à au moins 1 an d'intervalle. L'identification des isolats collectés pendant la préproduction (c'est-à-dire après nettoyage-désinfection mais avant le début de la production) qui étaient fortement liés aux isolats collectés pendant la production (c'est-à-dire après que les personnes ou les produits soient entrés et ont commencé à se déplacer pendant l'opération) a fourni la preuve que certaines souches étaient capable de survivre aux pratiques de nettoyage-désinfection standardisées. L'identification d'isolats étroitement liés (différences <20 hqSNP) dans différentes opérations suggère que la contamination croisée entre les installations ou les introductions de fournisseurs communs peuvent également contribuer à la transmission de Listeria. Dans l'ensemble, nos données suggèrent que la majorité des isolats de Lm collectés dans les opérations de production sont complètement virulents et que la persistance et la réintroduction peuvent conduire à l'isolement répété de Listeria étroitement apparentées dans les opérations de production.

Importance

Listeria monocytogenes est particulièrement préoccupant pour l'industrie des fruits et légumes en raison de sa présence fréquente dans les environnements naturels ainsi que de sa capacité à survivre dans les ateliers de conditionnement et les installations de transformation des produits frais au fil du temps. L'utilisation du séquençage du génome entier, qui offre un pouvoir discriminant élevé pour la caractérisation des isolats de Listeria, ainsi que des données sources détaillées (date d'isolement et emplacement du prélèvement) montre que la présence de Listeria dans les opérations de production semble être due à une réintroduction aléatoire et continue ainsi qu'à la persistance de souches hautement apparentées dans les atliers de conditionnement et les installations de produits fraîchement découpés. Ces résultats indiquent l'importance d'utiliser des approches de caractérisation à haute résolution pour les analyses des causes profondes des problèmes de contamination par Listeria. En cas d'isolement répété de Listeria étroitement apparentées dans un établissement donné, la persistance et la réintroduction doivent être considérées comme des causes profondes possibles.

En conclusion, les auteurs indiquent,

Notre étude montre spécifiquement que la disponibilité d'ensembles de données WGS plus importants comprenant des isolats provenant de plusieurs ateliers, ainsi que des approches détaillées des causes profondes et épidémiologiques, aidera à différencier la persistance de la réintroduction ou de la contamination croisée. Cela aidera les installations à traiter plus rapidement les véritables causes profondes des événements de contamination.

Commentaire

Cette étude est importante et elle devrait être partagée par des centres techniques qui ont développé une compétence dans le WGS avec des industriels.

Plusieurs sujets de discussion dans l’article:

- L. monocytogenes dans les opérations de production est susceptible d'avoir la capacité de provoquer des maladies humaines.

- Alors qu'un certain nombre d'isolats de L. monocytogenes provenant d’ateliers de production sont susceptibles d'avoir des îlots de réponse au stress, peu contiennent des gènes qui transmettent une sensibilité réduite aux métaux, aux détergents ou aux ammonium quaternaires.

- Listeria spp. et L. monocytogenes sporadiques et persistants contribuent ensemble à la contamination environnementale des installations de production.

- Preuves d'une contamination croisée ou de sources communes qui contribuent à la présence de Listeria spp. et L. monocytogenes similaires dans plusieurs ateliers de production.

NB : Photo d'illustration, sans lien avec le contenu de l'article.