La Norvège vérifie les contrôles de Listeria chez les producteurs de saumon

«La Norvège vérifie les contrôles de Listeria chez les producteurs de saumon», source Food safety News.

Listeria peut être retrouvé dans les environnements de production de saumon et sur les poissons, selon une étude en Norvège, Listeria monocytogenes in salmonid slaughter facilities. Screening program for the Norwegian Food Safety Authority.

Les chercheurs ont dit que les poissons contenant de faibles niveaux de Listeria monocytogenes pourraient entrer dans l'approvisionnement en aval. Le maintien de la chaîne du froid pendant le transport et la transformation ultérieure est donc crucial pour prévenirr la croissance dans les produits finis.

L'Institute of Marine Research a recherché Listeria monocytogenes dans les abattoirs de saumon entre septembre 2020 et août 2021 avec des prélèvements collectés par des inspecteurs de l'Autorité norvégienne de sécurité des aliments (Mattilsynet) dans le cadre d'un travail plus large visant à mieux comprendre la présence de Listeria dans le secteur.

L'UE a une limite maximale pour Listeria monocytogenes dans les aliments prêts à consommer destinés aux adultes en bonne santé de 100 unités formant colonie par gramme d'prélèvement à la fin de la date limite de consommation.

Détection chez les poissons et dans l'environnement

Au total, 358 prélèvements provenant de 60 abattoirs, composés de 49 usines et 11 navires, ont été examinés. Plus de 100 prélèvements ont été prélevés dans l'environnement de production et 250 chez des poissons entrant dans l'installation et de la matière première au produit fini.

Aucun des 21 prélèvements des navires d'abattage n'était positif pour Listeria monocytogenes mais 22 positifs ont été détectés dans neuf abattoirs différents. Dans cinq de ces sites, plusieurs prélèvements positifs ont été retrouvés.

Six abattoirs présentaient des prélèvements positifs en fin de chaîne de production, soit à la surface du poisson, soit dans la matière première. Cependant, à ce stade, le poisson n'est prêt que pour une transformation ultérieure et n'est pas en voie d'être vendu au détail.

Quatre abattoirs avaient un prélèvement positif, un avait deux positifs, deux avaient trois positifs et un avait quatre prélèvements positifs, tandis qu'un abattoir avait six des sept prélèvements positifs pour Listeria monocytogenes.

Listeria a été détectée dans l'environnement de production dans la zone de saignée, de filetage ou de conditionnement. Neuf prélèvements positifs provenaient d'une poignée du tuyau d'arrosage, de pièces de la machine d'abattage, de l'équipement d'abattage manuel, des pièces de la machine à fileter, des bandes transporteuses, des couteaux et des planches à découper, et d'une table de tri. De telles situations peuvent entraîner une contamination croisée avec des produits alimentaires.

Une prévalence plus élevée a été retrouvée lors de l'écouvillonnage de la peau et des branchies du poisson par rapport à la matière première examinée. Tous les prélèvements de matières premières présentaient des nombres de Listeria monocytogenes inférieurs à la limite de quantification de 10 UFC/g.

Conclusions de l'audit et travaux futurs

Inge Erlend Næsset de l'Autorité norvégienne de sécurité des aliments, a dit que certains poissons étant consommés sans traitement thermique et utilisés pour des produits prêts à consommer tels que des sushis et des sashimis, il est essentiel que les producteurs maîtrisent Listeria.

«Il est important que l'abattoir de saumons surveille en permanence Listeria et dispose à tout moment de mesures d'hygiène efficaces», a dit Næsset.

Cette année, l'Autorité norvégienne de sécurité des aliments a mené une campagne au cours de laquelle 63 établissements et navires qui abattent du saumon ont été inspectés pour déterminer les mesures et les routines visant à prévenir la contamination du poisson par Listeria.

Cela a été fait en raison de graves épidémies de listériose en Europe en 2018 et 2019 qui ont touché 34 personnes et en ont tué neuf. Ils étaient liés à du poisson provenant de sites de transformation en Pologne et en Estonie avec des matières premières norvégiennes également éventuellement contaminées.

La majorité des sites avaient de bonnes normes d'hygiène, mais 18 entreprises ont été averties de faits tels que leur système de contrôle, comprenant l'analyse des dangers, le plan de prélèvements et les mesures pour détecter Listeria. Une entreprise a été fermée en raison d'un manque d'entretien et de propreté.

L'Autorité norvégienne de sécurité des aliments a également commencé à inspecter les producteurs agréés de produits de la mer prêts à consommer pour voir dans quelle mesure ils maîtrisent Listeria. La campagne a commencé en novembre et dure jusqu'en avril 2022.

Aux lecteurs du blog

Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivant, http://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...

Quand la Commission européenne découvre l'étendue de la fraude sur les épices et les herbes

Fraude alimentaire: la Commission publie le 25 novembre 2021 les résultats de la première enquête à l'échelle de l'UE sur l'authenticité des herbes et des épices.

La Commission a publié les résultats du premier plan de contrôle coordonné sur l'authenticité des herbes et des épices lancé par la DG SANTE et exécuté par vingt et un États membres de l'UE, la Suisse et la Norvège.

Près de 10 000 analyses ont été effectuées par le centre commun de recherche ou JRC (Joint Research Centre) sur 1 885 prélèvements, en utilisant une gamme de techniques analytiques de pointe pour évaluer l'authenticité de six herbes et épices différentes. Le pourcentage de prélèvements jugés à risque d’adultération était de 17% pour le poivre, 14% pour le cumin, 11% pour le curcuma, 11% pour le safran et 6% pour le paprika/piment. L'origan a été identifié comme le plus vulnérable avec 48% des échantillons à risque de contamination, avec des feuilles d'olivier dans la plupart des cas. L'authenticité et la pureté des herbes et des épices ont été évaluées par rapport aux normes ISO pertinentes. Dans le cas où un prélèvement n'était pas conforme à ces dispositions pour les matières étrangères et les cendres totales, il était considéré comme suspect d'adultération. En outre, les résultats de tests supplémentaires ciblant certains biomarqueurs d'herbes et d'épices ont été utilisés comme preuves à l'appui. C'était la première fois que les autorités nationales chargées des contrôles alimentaires et la Commission mettaient en commun leur expérience et leurs ressources pour se concentrer sur le secteur des herbes et des épices dans le but de protéger les consommateurs contre les produits trompeurs et potentiellement dangereux.

Sur la base de ces résultats, la Commission a déjà appelé les opérateurs à un plan d'action immédiat pour remédier à la situation préjudiciable aux intérêts et à la santé des consommateurs, mais aussi au secteur des herbes et épices lui-même et ses opérateurs équitables. La Commission a également invité les autorités nationales à intensifier les contrôles officiels dans le secteur afin de continuer à décourager les pratiques frauduleuses et à sanctionner les auteurs de fraude.

Commentaire. La Commission, une fois de plus, découvre ce que l’on savait depuis longtemps. Pour preuve, cet article du blog du 20 mai 2020, Allemagne: Le BVL appelle l'industrie à intensifier les contrôles sur les épices. Pour la France, on lira également cet article du 31 août 2021, Qualité des épices, une amélioration en trompe l’œil.

Mise à jour du 1er décembre 2021. On lira l'article de Joe Whitworth dans Food safety News, EU survey on herbs and spices finds fraud, dyes, extraneous material, allergen risks.

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L'évolution apparente des prélèvements d’échantillons pour la sécurité des aliments

«L'évolution apparente des prélèvements d’échantillons pour la sécurité des aliments», source article d'Eric Wilhelmsen paru dans Food safety Magazine.

<Les prélèvements d’échantillons et les analyses connexes sont souvent à l'honneur lorsque les agents pathogènes causent des maladies dans la plupart des produits alimentaires. Un prélèvement d’échantillon inadéquat avec des analyses est souvent identifié comme la cause de la maladie alors qu'en fait, les analyses n'atténuent pas les problèmes de sécurité des aliments. Le prélèvement d’échantillon et les analyses combinés sont un outil d'évaluation qui peut détourner certaines matières affectées, mais son pouvoir de réduction n'est pas comparable à celui des mesures préventives pour réduire le risque de la présence d’un agent pathogène. Les programmes de prélèvements réussis doivent tenir compte de la sensibilité nécessaire et de la capacité de représenter les lots évalués, qui font partie d'une évaluation «adaptée à l'usage». Ce dernier aspect concerne l'exactitude de toute évaluation unique qui est critique si les prélèvements et les analyses sont utilisés pour détourner des matières affectées.

Il existe de nombreux exemples récents où la sensibilité et la précision des méthodes de prélèvements ont été améliorées face aux défis liés aux agents pathogènes. Le Leafy Green Marketing Agreement intègre des analuses accrus de matières premières dans ses directives pour les légumes verts à feuilles. L'industrie des amandes a élaboré des directives pour les prélèvements et les analyses de Salmonella. Les produits de compost sont de plus en plus surveillés. La recherche concernant les agents pathogènes dans diverses eaux continue d'explorer des prélèvements plus importants pour la recherche et l’identification d’agents pathogènes bactériens et Cyclospora. Tous ces changements reflètent les efforts déployés pour réduire ou maîtriser les dangers liés à la sécurité des aliments et améliorer les méthodologies. Malheureusement, les risques pour le consommateur associés à ces dangers microbiologiques sont considérablement amplifiés par la grande exposition des consommateurs aux produits concernés ou aux matériaux affectés par la contamination. Certains considèrent ces améliorations comme l'évolution réussie des prélèvements et des méthodes d'essai associées. Je préfère les considérer comme un retour à la science car ils sont une meilleure application de vérités connues depuis des décennies, voire plus.

Toutes ces améliorations reflètent l'application de vérités connues par la plupart des scientifiques de la sécurité des aliments. Je présente ici quatre de ces vérités :

1. La sensibilité ou la limite de détection d'un plan de prélèvements est liée à la quantité de matières analysées.

2. Le nombre de prélèvements ou de prises est intrinsèquement lié à l'exactitude de toute évaluation dérivée d'un prélèvement, à moins que le lot ne soit connu pour être homogène comme pour un liquide bien mélangé.

3. Sans connaissance a priori, le meilleur échantillon est un échantillon aléatoire où tous les spécimens d'un lot ont la même probabilité d'être sélectionnés.

4. Un résultat négatif ou un événement de non-détection ne montre pas qu'un lot est exempt de contamination mais fournit seulement une mesure de confiance qu'il est inférieur à la limite de détection.

Récemment, il a été rappelé à l'industrie que sûr et non sûr (safe and unsafe) ne sont pas de simples conditions binaires. La sécurité absolue est impossible. En tant qu'industrie, toutes les personnes impliquées dans la chaîne d'approvisionnement alimentaire doivent chercher à minimiser les risques pour se rapprocher aussi pratique et possible de la sécurité sanitaire. Il existe de nombreux outils pour évoluer vers la sécurité sanitaire, notamment l'analyse des causes profondes, la modélisation quantitative des risques, l'analyse des dangers - points critiques pour leur maîtrise (HACCP), les mesures préventives de maîtrise, les bonnes pratiques de fabrication, les procédures opérationnelles de nettoyage et de désinfection, etc. Ces programmes sont guidés par la connaissance, l'information et les données. Ces données proviennent généralement d'évaluations basées sur les prélèvements lorsque les résultats sont analysés et appliqués.

Si un échantillon aléatoire est supposé, un calcul simple donne une courbe de fonctionnement où la probabilité de détection augmente avec le niveau de contamination. Ce calcul prédit avec précision la probabilité moyenne de détection si chaque unité de contamination peut être supposée indépendante; aucun échantillon ne contient plus d'une unité de contamination même lorsque la contamination est hétérogène. Une unité de contamination peut être considérée comme une cellule ou une unité formant colonie selon la méthode d’analyse. Cela ne signifie pas qu'un lot donné sera détecté ou accepté, mais simplement que le niveau de détection moyen de toute contamination est connu. La plupart des personnes comprennent que les dés sont généralement très justes. La probabilité d'apparition d'un nombre est de 1/6 lorsqu'aucun biais n'est introduit. Plus il y a de lancers, plus la distribution observée sera proche de cette attente. En goûtant beaucoup d’aliments, nous sommes confrontés au même défi. Nous connaissons la probabilité de détection à n'importe quel niveau de contamination, mais la détection réelle de la contamination dans un lot donné n'est pas assurée. Il y a toujours une part d'incertitude.

Le cas extrême d'une source ponctuelle très contaminée est souvent évoqué comme un défi pour un programme d'échantillonnage. Si une telle contamination est grave, elle viole probablement la promesse d'indépendance car les spécimens affectés contiennent plus d'une unité de contamination. Dans de tels cas, la taille de la source ponctuelle par rapport à la taille du lot peut être utilisée pour fournir une courbe de fonctionnement. La contamination doit être échantillonnée pour être détectée. Certains cas intermédiaires doivent être abordés avec des probabilités conditionnelles où la probabilité d'échantillonnage La contamination est utilisée conjointement avec la probabilité de détection.

Il y a eu à juste titre une discussion sur les schémas d'échantillonnage et le nombre de spécimens ou de prises qui composent les échantillons. De telles considérations sont très importantes lorsqu'il y a hétérogénéité dans la distribution de la contamination. Les efforts pour spécifier des modèles spécifiques ne sont utiles que dans la mesure où ils aident à approcher un échantillon vraiment aléatoire, à moins qu'il n'y ait une connaissance a priori de l'hétérogénéité. L'augmentation du nombre de spécimens augmente la probabilité d'échantillonner un cluster lorsqu'il existe une hétérogénéité dans la mesure où chaque spécimen peut être considéré comme indépendant. Récemment, des techniques d'échantillonnage agrégé ont été mises en œuvre pour augmenter considérablement le nombre effectif d'échantillons en prélevant la couche superficielle de grandes portions du lot. Étant donné que l'on s'attend à ce que l'erreur soit proportionnelle à la racine carrée du nombre d'échantillons, la précision d'une détermination sera grandement améliorée par l'échantillonnage agrégé. Le Food Safety and Inspection Service du ministère de l'Agriculture des États-Unis a autorisé une technique d'échantillonnage agrégée brevetée pour remplacer la méthode d'excision traditionnelle de prélèvements de parures de viande bovines (brevet américain 10 663 446 attribué à FREMONTA, Fremont, Californie). Des avantages similaires peuvent être anticipés dans d'autres aliments protéinés, fruits et légumes, noix écalées et produits en poudre où la contamination n'est pas uniforme et présente à la surface du produit.

Il est essentiel de comprendre les données fournies par un plan d'échantillonnage et les évaluations connexes. La qualité de l'information doit correspondre au besoin. Des programmes d'échantillonnage inadéquats peuvent apporter un confort émotionnel et une acceptation, ce qui peut conduire à la maladie et à la perte de confiance des consommateurs.

Avis aux lecteurs

Voici une liste des rappels du 23 septembre 2021: 22 produits

- oxyde d’éthylène: 15

- Listeria monocytogenes: 4, salade de lentilles tofu bio, cubes de saumon qualité sashimi, saucisson à l’ail, pâté au jambon cru forêt noire

- résidus de médicaments vétérinaires: 1, cuisses de grenouille

- Salmonella: 1, escalope de poulet mariné 1kg. Rappel déjà signalé le 22 septembre par le blog. Ce rappel ne sera pas décompté.

- erreur de marquage de la DLC: 1, Gü dessert gourmand

- plante non comestible: 1, laurier cerise au lieu de laurier sauce en vente chez Lidl. Oubli de RappelConso.

Une étude décrit les points-clés pour une surveillance environnementale plus efficace

«Une étude décrit les points clés pour une surveillance environnementale plus efficace», source Food Safety News.

Les éléments essentiels d'un programme de surveillance de l'environnement de transformation ont été identifiés par un groupe d'experts de l’International Life Sciences Institute (ILSI) Europe.

L'objectif est d'aider l'industrie et les services réglementaires avec une surveillance environnementale ciblée en couvrant les informations sur les épidémies, les pathogènes dans les aliments à faible teneur en eau et les connaissances sur les indicateurs.

Les épidémies passées ont montré le rôle de l'environnement comme voie de contamination. Cependant, il y a encore des questions et un manque de clarté sur la façon de mettre en place un programme pour fournir des alertes précoces de contamination potentielle des produits, selon l'étude publiée dans International Journal of Food Microbiology. L’article disponible en intégralité fait 84 pages.

La majorité des éclosions et des rappels impliquant des aliments à faible teneur en eau tels que les fruits à coques, les épices et les aliments pour nourrissons sont dus à Salmonella, avec seulement quelques-uns liés à Bacillus cereus, Cronobacter, Listeria monocytogenes et E. coli.

Conception d’un programme

Deux récentes épidémies de préparations pour nourrissons liées à la contamination de l'environnement par Salmonella soulignent l'importance de surveiller l'espace de l'usine, ont déclaré les chercheurs. En 2019, les préparations pour nourrissons à base de riz étaient à l'origine d'une épidémie à Salmonella Poona qui a touché plus de 30 nourrissons. En 2017-2018, une épidémie à Salmonella Agona liée à des préparations pour nourrissons a rendu malade 40 jeunes enfanst.

Salmonella Poona n'a pas été retrouvé dans les produits alimentaires ou l'environnement de transformation, tandis que Salmonella Agona a été confirmé dans les aliments. Les deux incidents ont été causés par un isolat confirmé par séquençage du génome entier comme étant similaire à une souche précédemment impliquée dans des épidémies dans les mêmes installations plus d'une décennie auparavant.

Les chercheurs ont déclaré que les programmes de surveillance de l'environnement de transformation devraient être conçus pour identifier les points critiques à prélever régulièrement et pour rechercher et détruire les pathogènes préoccupants. Ils doivent être gérés et mis à jour. Une analyse des dangers doit être effectuée pour identifier les pathogènes pertinents pour le processus et le produit.

Les contrôles comprennent le zoning hygiénique ou la division par zones avec une séparation des zones de production, la conception hygiénique de l'équipement, le nettoyage et la désinfection et des contrôles.

La surveillance environnementale de la tranformation par écouvillonnage des surfaces est une approche proactive pour anticiper la contamination des produits. Les analyses sur les produits finis sont d'une valeur limitée pour identifier une contamination à faible prévalence, ce qui est principalement le cas pour les aliments à faible teneur en eau, car ils ne révèlent pas où les problèmes ont pu se produire.

Les prélèvements doivent tenir compte de la proximité et de la priorité du produit en fonction des conditions d'hygiène et du lieu dans le processus, par exemple avant ou après le traitement thermique. Les systèmes d'échantillonnage, les organismes cibles, les méthodes, les zones, les fréquences et les actions correctives dépendent du danger du produit et des conditions locales.

Besoin d’un suivi régulier

La surveillance de la contamination microbienne dans l'environnement de transformation doit être suivie de plans d'actions correctives et préventives. Les outils moléculaires aident à ces plans en fournissant des informations telles que le potentiel de capacité d'adhésion, la résistance aux agents de nettoyage-désinfection et à la chaleur et la formation de biofilm.

Selon les experts, la caractérisation génétique des isolats permet de comprendre la différence entre les souches résidentes et sporadiques dans un environnement de transformation.

Les analyses des organismes indicateurs peuvent fournir des informations sur les défaillances du processus, les sources de contamination possibles ou la formation de toxines et le niveau d'hygiène général, y compris la vérification du nettoyage et de la désinfection, et ils pourraient permettre des actions correctives avant que des pathogènes n'apparaissent. Cependant, ils ne remplacent pas les analyses des pathogènes, ont averti les scientifiques.

Des limites d'action ou des seuils pour des résultats acceptables et inacceptables sont souvent appliqués aux indicateurs. Cela permet d'afficher des signes avant-coureurs avant qu'un problème réel de sécurité sanitaire ou de qualité ne se produise. La définition des limites d'actions nécessite l'établissement d'une ligne de base au préalable. Cela peut être fait par plusieurs séries d'échantillons après et avant le nettoyage ainsi que pendant la production et tenir compte des variations saisonnières.

Contrôle des huiles d’olive: le taux de prélèvements en anomalie observé est de 78%, as usual

Il se trouve que j’ai passé quelques jours en juin dans le Vaucluse et j’ai acheté sur le marché de Carpentras un litre d’huile d’olive de la région. Une fois rentré à ma location, au cours d’un échange avec mon loueur, je l’informe de mon achat. Il regarde très attentivement l’étiquetage de la bouteille d’huile d’olive et me dit que sans doute ce doit une huile d’olive de la région, et de qualité, mais ce n’était pas garanti !

Cette anecdote illustre bien les difficultés que l'on a à acheter sur les étals des marchés, où l'on trouve de tout, et surtout, à tous les prix, allant parfois jusqu’à plus de 30 euros le litre d'huile d'olive…

Voici les résultats de la dernière enquête de la DGCCRF publiée le 17 juin 2021, «Contrôle des huiles d’olive : la DGCCRF constate de trop nombreuses anomalies sur leur qualité».

Constat

Du fait du ciblage affiné chaque année sur les produits les plus susceptibles de présenter des non-conformités, le taux de prélèvements en anomalie observé est de 78%, soit un niveau comparable aux années précédentes.

La messe est dite

Le plan de contrôle réalisé chaque année par la DGCCRF permet de maintenir une surveillance active dans un secteur où le taux d’anomalies sur les prélèvements se maintient à un niveau élevé depuis plusieurs années (78 % en 2019 sur les produits ciblés, après 77% en 2018, 75% en 2017, 72% en 2016). Ces taux élevés ne sont toutefois pas représentatifs du marché, du fait du ciblage opéré par les enquêteurs. Les anomalies les plus fréquentes concernent le non-respect des règles d’étiquetage des huiles et le classement erroné des huiles dans une catégorie supérieure à celle correspondant à leurs qualités organoleptiques.

Conclusion

Les prélèvements révèlent un nombre encore trop important d’anomalies sur la qualité des huiles.

Le sur-classement des huiles d’olive à la catégorie supérieure reste l’anomalie principale.

Un nouveau test PCR en 30 minutes est disponible, qui dit mieux ?

Microchip based Real-time PCR analyzer AriaDNA

«Un nouveau kit de test rapide du COVID-19 reçoit une approbation scientifique», source EurekAlert!

Les chercheurs suggèrent que le test pourrait être déployé dans des endroits éloignés, des cliniques et des aéroports en raison de sa facilité d'utilisation et de sa portabilité.

Les chercheurs de l'Université Simon Fraser ont validé un test COVID-19 plus rapide et moins cher qui pourrait relancer l'expansion de tests rapides plus répandus. Les résultats de l'étude ont été publiés dans The Journal of Molecular Diagnostics, Microchip RT-PCR Detection of Nasopharyngeal SARS-CoV-2 Samples.

«Cette recherche offre une alternative moins chère et plus rapide au test le plus fiable et le plus sensible actuellement utilisé dans le monde, sans sacrifier la sensibilité et la reproductibilité», déclare le professeur de biologie moléculaire et de biochimie Peter Unrau, qui a dirigé l'équipe d'évaluation du kit du test COVID-19.

Les chercheurs suggèrent que le test pourrait être déployé dans des endroits éloignés, des cliniques et des aéroports en raison de sa facilité d'utilisation et de sa portabilité.

Le test PCR en temps réel sur puce électronique peut fournir des résultats précis en 30 minutes et nécessite 10 fois moins de réactifs que les tests RT-PCR en tube approuvés par le Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Les pénuries de réactifs et de kits de test dans la chaîne d'approvisionnement pendant la pandémie ont ralenti l'expansion rapide des tests cliniques. Ce nouveau kit de test COVID-19 est un autre outil de la boîte à outils qui utilise moins de réactifs avec une alimentation limitée pour obtenir des résultats rapides et précis.

Le Pr Unrau, avec le doctorant Razvan Cojocaru et l'étudiante en maîtrise Iqra Yaseen, a d'abord évalué la sensibilité du test en laboratoire.

Ensuite, le kit de test a été envoyé à une équipe clinique de l'hôpital St. Paul à Vancouver, Colombie-Britannique, Canada, pour déterminer sa capacité à détecter le COVID-19 dans des prélèvements de patients. Les résultats du kit de test microchip PCR COVID-19 sont alignés sur les résultats des tests hospitaliers, démontrant ainsi son efficacité.

Le kit est livré préchargé avec des amorces et des sondes COVID-19, ce qui le rend facile à utiliser, réduisant le potentiel d'erreur de l'utilisateur et améliorant la fiabilité des résultats de test.

Les kits de détection COVID-19 développés par Lumex Instruments Canada et validés par l'équipe d'Unrau sont de faible puissance (100 watts), compacts, légers et disponibles à l'échelle internationale. La fiche d'information de Lumex est ici.

Commentaire. C'est une super nouvelle, 30 minutes !

Des chiens capables de renifler l'urine et la salive de COVID positifs dans une étude pilote

Le 21 mai 2020, le blog vous proposait un article sur le COVID-19 et chiens renifleurs en France et au Royaume-Uni. Le sujet continue donc d'intéresser les scientifiques car voici «Des chiens capables de renifler l'urine et la salive de personnes COVID positifs dans une étude pilote», source CIDRAP News.

Neuf chiens ont pu renifler des prélèvements d'urine et de salive COVID positifs dans une étude de validation de principe publiée dans PLOS One, mais les chercheurs notent qu'un manque de diversité des prélèvements a rendu difficile de dire à quel point la formation était généralisable.

La formation a été menée avec une roue de parfum qui avait différents parfums à l'extrémité des rayons. Tout d'abord, les chiens ont été formés pour détecter un parfum distinctif avec un composé de détection universel. Ensuite, ils sont passés à des prélèvements d'urine COVID positifs et négatifs, tous traités de sorte que le virus a été inactivé, et enfin, ont traité des prélèvements de salive.

Au cours des 3 semaines de formation et des essais multiples, les chercheurs ont mélangé des prélèvements positifs de 14 enfants et 5 adultes et ont utilisé des techniques d'inactivation à base de chaleur et de détergent. Aucun des chiens n'avait effectué de travail de détection médicale auparavant.

Au cours de la formation, la précision de l'urine traitée à la chaleur et au détergent était de 94%, mais les essais introduisant des variables ont montré une précision allant de 11,1% à 100%, où tout changement de comportement était considéré comme une réaction. Les taux les plus réussis ont été lorsque les chiens ont détecté des prélèvements d'urine traités au détergent mélangés à des prélèvements précédents qu'ils avaient sentis auparavant et lorsque les chiens ont été présentés avec un nouveau prélèvement de salive COVID-positif et ont dit de trouver un autre prélèvement de salive positif. Les chiens étaient moins précis lorsqu'ils ont essayé de trouver de l'urine au COVID positif traitée thermiquement parmi des prélèvements complètement nouveaux.

En excluant l'essai qui a conduit à une précision de 11,1%, la précision cumulative était de 92,5%. Les chercheurs notent que les faibles taux de sensibilité (11% à 71%) pourraient être partiellement expliqués par leurs définitions strictes: chaque fois que le chien passait devant un prélèvement positif sans réaction, il était compté comme un échec.

«La formation utilisée dans cette étude n'a pas abouti à une généralisation documentée d'un profil d'odeur positive pour le SARS-CoV-2, malgré les chiens montrant une discrimination impressionnante entre les prélèvements positifs et négatifs», écrivent les chercheurs, notant que les chiens étaient capables de discerner des patients individuels au fil du temps. «Cela suggère que soit le nombre de prélèvements, soit le nombre de présentation de prélèvements, bien que probablement les deux, doivent être mieux adaptés non seulement à la discrimination, mais aussi à la généralisation.»

Guide sur les bonnes pratiques de prélèvement de surfaces en industrie agro-alimentaire

L'ACTIA propose un Guide sur les bonnes pratiques de prélèvement de surfaces en industrie agro-alimentaire. Précision utile, il s'agit de prélèvements de surfaces ouvertes ...

Ce guide a été rédigé par les partenaires du Réseau mixte technologique Actia Chlean «Hygiène des équipements».

Il est rappelé :

La conception hygiénique des équipements, des lignes de fabrication et des ateliers est un élément majeur de l’activité d’une entreprise agro-alimentaire, tant les conséquences d’une bonne ou d’une mauvaise conception impactent les qualités sanitaires, organoleptiques, nutritionnelles des produits. La conception hygiénique a également des répercussions sur la rentabilité de l’entreprise (consommations d’eau, d’énergie, d’intrants, temps opérateur, coût du traitement des effluents), dans les conditions de travail des personnels et dans la limitation des impacts environnementaux.

L’opération de nettoyage et désinfection (N&D) est une procédure quotidienne fondamentale en industrie agro-alimentaire car elle doit permettre de maîtriser la contamination des aliments via le matériel et l’environnement de production. Le contrôle de l’efficacité des procédures de N&D est un enjeu majeur pour les entreprises dans le cadre du plan de maîtrise sanitaire.

Entièrement d'accord, mais à condition que les procédures de N&D soient validées ... sinon, on ne sait pas bien ce que l'on fait ...

Il est indiqué «Au sein des PME, le contrôle de l’efficacité des opérations de N&D est souvent limité à quelques analyses microbiologiques de surface.» Personnellement j'aurais indiqué tout simplement, «Au sein des entreprises alimentaires» quelles qu'elles soient ...

Les principales limites rencontrées pour évaluer l’efficacité des procédures de N&D sont la difficulté à décrocher la flore présente, fortement adhérente aux surfaces, intégrée ou non dans des biofilms, et à quantifier les contaminants chimiques résiduels. Les méthodes traditionnelles les plus utilisées actuellement consistent à faire une «empreinte» de la surface à analyser par contact de gélose ou à utiliser d’autres techniques de prélèvement telles que les écouvillons en coton, polyester, rayonne ou nylon, les éponges et chiffonnettes, pour décrocher les contaminants et les cellules résiduelles adhérentes. L’efficacité de ces méthodes de «décrochage» est non seulement dépendante de l’opérateur qui effectue le prélèvement, mais également très variable selon le type de surface (matériau, rugosité, humidité…), selon la nature et la structure du biofilm (notamment pour les biofilms mixtes formés de plusieurs souches bactériennes souvent rencontrés sur site industriel).

Sommaire

Introduction
Partie I - Comment réaliser un prélèvement de surface ?
Partie II: fiches descriptives
Méthodes par empreinte: fiche boîte contact, lame biface
Méthodes par empreinte: fiche Petrifilm®
Méthodes par empreinte: fiche coulage de gélose en place
Méthodes par frottis : fiche écouvillon
Méthodes par frottis : fiche chiffonnette, éponge..

Il est par ailleurs dommage que ce guide ne mentionne pas les essais avec des portes germes en acier inoxydable qui sont très utiles pour comprendre ce qui se passe pendant la production et après un N&D.

On lira enfin avec intérêt : Guidelines on sampling the food processing area and equipment for the detection of Listeria monocytogenes Version 3 – 20/08/2012, Anses et EURL Lm.

Etude cas en Suisse : Listériose causée par la persistance de Listeria monocytogenes dans l'environnement de production de fromages

Voici une étude bien intéressante, elle nous vient de chez nos amis suisses et s'intitule, Listériose causée par la persistance de Listeria monocytogenes sérotype 4b séquence type 6 dans l'environnement de production de fromages, source Emerging Infectious Diseases.

Voici quelques extraits significatifs.

Une épidémie de listériose humaine à l'échelle nationale en Suisse a été attribuée à une contamination environnementale persistante d'une fromagerie par Listeria monocytogenes sérotype 4b, séquence type 6 (ST6), de cluster type 7488. Le séquençage du génome entier (WGS) a été utilisé pour faire correspondre les isolats cliniques à un échantillon de fromages et à des échantillons provenant de nombreux lieux dans l'environnement de production.

L. monocytogenes ST6 est de plus en plus associée à des éclosions, notamment une épidémie liée aux légumes surgelés dans 5 pays d'Europe en 2015-2018, une épidémie associée à un pâté de viande contaminé en Suisse en 2016 et la plus grande épidémie de listériose à l'échelle mondiale, qui s'est produite en Afrique du Sud entre 2017 et 2018. Plus récemment, la plus grande épidémie de listériose en Europe au cours des 25 dernières années a été signalée en Allemagne et a été attribuée à des boudins contaminés par L. monocytogenes ST6 appartenant à un clone particulier appelé Epsilon1a.

La listériose humaine est une maladie à déclaration obligatoire en Suisse. Tous les cas de listériose humaine confirmée par culture ou PCR sont signalés à l'Office fédéral de la santé publique (OFSP). Les laboratoires de diagnostic et les laboratoires régionaux (cantonaux) transmettent les isolats au Centre national suisse de référence pour les bactéries entéropathogènes et Listeria pour la caractérisation des souches, garantissant la reconnaissance précoce des clusters de Listeria parmi les isolats alimentaires ou les cas humains. Nous rapportons une épidémie de listériose associée à du fromage contaminé par L. monocytogenes 4b ST6 en Suisse.

Le 30 avril 2020, un fabricant de fromage a signalé au laboratoire cantonal la détection de L. monocytogenes à partir d'un échantillon de fromage à pâte molle (brie) à base de lait pasteurisé. L’analyse a été menée dans le cadre des pratiques de contrôle de qualité de routine du fabricant, qui sont obligatoires en Suisse (Loi fédérale de Suisse sur les denrées alimentaires, article 23). L'isolat de fromage N20–639 correspondait à la souche CT de l'épidémie par WGS. Les autorités cantonales ont débuté la traçabilité de la chaîne de distribution de la laiterie. Le producteur de fromage a fourni plusieurs acheteurs qui fournissent du fromage aux distributeurs dans toute la Suisse. Les acheteurs ont été priés d'arrêter immédiatement la livraison des produits de ce producteur spécifique.

Ces résultats ont conduit à un échantillonnage environnemental approfondi sur le site de production du fabricant. Un total de 50 échantillons sur écouvillon provenant d'emplacements tels que des cuves, des harpes à fromage, des dispositifs d'écrémage, des siphons de sol, des brosses, des éponges à récurer, des plateaux, des poignées de porte, des sols de la cave d'affinage et des murs ont été obtenus.

L. monocytogenes a été identifié dans 11 (22%) des 50 échantillons environnementaux, et les 5 isolats séquencés correspondaient à la souche CT de l'épidémie Ces résultats mènent à un rappel le 5 mai 2020 de 26 articles, dont du brie, du fromage de brebis et de chèvre et des fromages biologiques; la production a été arrêtée immédiatement.

Les résultats ont été communiqués au Système d'information sur les épidémies sur les maladies d'origine alimentaire et hydrique et les zoonoses ou EPIS-FWD. Après le rappel des produits concernés et un avertissement public émis par l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV), 7 cas de listériose provoqués par la souche épidémique ont été enregistrés.

Le dernier cas connu causé par cette souche épidémique a été échantillonné le 20 mai 2020 et signalé à l'OFSP le 25 mai 2020. Les données de séquence ont été déposées dans la base de données BioSample du National Center for Biotechnology Information (Bethesda, MD, USA) dans le cadre du projet n°PRJNA640586.

Cette épidémie prolongée à L. monocytogenes 4b ST6 CT7448 a causé 34 cas de listériose confirmés en laboratoire et 10 décès. L'enquête sur l'épidémie est un exemple de collaboration réussie entre les laboratoires et les autorités chargées de la sécurité sanitaire des aliments et de la santé publique pour déterminer les sources de contamination et reconstituer le développement de l'épidémie.

Les résultats de l'enquête impliquaient une fromagerie présentant des lacunes sanitaires et une contamination environnementale persistante dans tout le site de production. L'isolement et le typage par WGS de L. monocytogenes à partir d'un échantillon de fromage lors du contrôle qualité ont fourni des informations cruciales qui ont permis d'identifier l'origine de la contamination.

Le WGS a joué un rôle clé en montrant une étroite relation entre les isolats du produit de fromage et de l'environnement, et en reliant les cas de listériose de 2018 à l'épidémie de 2020.

Cette épidémie met en évidence le risque de recontamination des produits fromagers pasteurisés pendant la fabrication et souligne la nécessité d'un échantillonnage de routine des produits, de l'équipement de fabrication et de l'environnement de production. Les contrôles qualité de routine devraient inclure le typage WGS des isolats environnementaux de L. monocytogenes pour permettre la détection précoce de la contamination potentielle des aliments et, en fin de compte, atténuer le risque de listériose.

Il était une fois les delis et Listeria à New-York

Illustration sans lien avec l'article

New York ne serait pas New York sans ses delicatessens ou encore delis… mais attention tout de même, et lisez au préalable le résumé de l'article ci-après … à propos de la présence de Listeria monocytogenes dans des prélèvements de viande de dinde tranchée provenant de delis à New York, source Journal of Food Protection (2020).

Des études suggèrent que les petits delis indépendants sont moins susceptibles de suivre des procédures de nettoyage et de désinfection appropriées, y compris l'inspection des trancheuses, ce qui pourrait augmenter la probabilité que ces délis soient un réservoir pour la croissance et la contamination croisée de Listeria monocytogenes.

Cette étude a été entreprise pour déterminer l'incidence de L. monocytogenes dans la viande de dinde tranchée obtenue auprès de delis indépendante dans une ville urbaine. De la viande de dinde, tranchée sur place, dans des delis a été collectée auprès de 118 delis indépendants de New York. Les prélèvements ont été analysés pour la recherche de L. monocytogenes en utilisant la méthodologie de l'USDA Microbiology Labortory Guidebook pour l'isolement et la confirmation.

Les critères de sélection des delis comprenaient l’utilisation du système d’inspection et de classement des restaurants de la ville.

Deux prélèvements provenant de delis séparés, ont été confirmés positifs pour L. monocytogenes (1,69%). L'analyse des séquences génomiques de l'un des échantillons a révélé une correspondance étroite avec un groupe de 6 isolats cliniques, qui faisaient partie d'une épidémie de listériose en cours dans plusieurs Etats couvrant 4 Etats différents. La séquence du deuxième isolat correspondait à un isolat clinique dans un Etat voisin. Les deux isolats ont été obtenus auprès de delis qui n'avaient pas la meilleure note lors de l'inspection. Bien qu'il s'agisse d'un aperçu d'une zone urbaine, cette étude est le première sur l'incidence actuelle de L. monocytogenes sur la viande de charcuterie tranchée provenant de delis indépendants. Cette étude suggère que ces delis peuvent potentiellement servir de sources de contamination par L. monocytogenes ou contribuer à la listériose d'origine alimentaire en aval.

Les informations fournies par le système d'inspection et la notation par la ville, en plus de la note avec une lettre, peuvent servir d'outil afin d'identifier les delis avec des problèmes potentiels de contamination par L. monocytogenes et servir de base aux prélèvements de produits et de l'environnement par les autorités chargées de la santé publique.

Système d'imagerie intelligent alimenté par l'IA pour la détection précoce et la classification des bactéries vivantes dans les prélèvements d'eau

« L'apprentissage en profondeur permet une détection précoce et une classification des bactéries vivantes à l'aide de l'holographie », source Light Publishing Center, Changchun Institute of Optics, Fine Mechanics and Physics, Chinese Academy.

 Les maladies d'origine hydrique affectent plus de 2 milliards de personnes dans le monde, ce qui entraîne un lourd fardeau économique.

Par exemple, le traitement des maladies d'origine hydrique coûte plus de 2 milliards de dollars par an aux États-Unis seulement, avec 90 millions de cas enregistrés par an. Parmi les problèmes liés aux agents pathogènes d'origine hydrique, l'un des problèmes de santé publique les plus courants est la présence de bactéries coliformes totales et de Escherichia coli (E. coli) dans l'eau potable, ce qui indique une contamination fécale.

Les méthodes traditionnelles de détection des bactéries basées sur la culture prennent souvent 24 à 48 heures, suivies d'une inspection visuelle et d'un comptage des colonies par un expert, selon les directives de l'Agence américaine de protection de l'environnement (EPA).

Alternativement, des méthodes de détection moléculaire basées, par exemple, sur l'amplification des acides nucléiques, peuvent réduire le temps de détection à quelques heures, mais elles manquent généralement de sensibilité pour détecter les bactéries à de très faibles concentrations, et ne sont pas capables de faire la différence entre les vivants et les micro-organismes morts.

De plus, il n'existe pas de méthode à base d'acides nucléiques approuvée par l'EPA pour détecter les bactéries coliformes dans les prélèvements d'eau.

Par conséquent, il existe un besoin urgent d'une méthode automatisée qui puisse atteindre une détection rapide et à haut débit des colonies bactériennes avec une sensibilité élevée afin de fournir une alternative puissante aux méthodes standard actuellement approuvées par l'EPA qui prennent au moins 24 heures et nécessitent une expert pour le dénombrement des colonies.

Dans un nouvel article publié dans Light: Science & Applications, une équipe de scientifiques, dirigée par le professeur Aydogan Ozcan du Département de génie électrique et informatique de l'Université de Californie, Los Angeles (UCLA), États-Unis, et des collègues ont développé un Système d'imagerie intelligent alimenté par l'Intelligence artificielle (IA) pour la détection précoce et la classification des bactéries vivantes dans les prélèvements d'eau. Sur la base de l'holographie, ils ont conçu un système d'imagerie très sensible et à haut débit, qui capture en continu des images microscopiques d'une boîte de culture, où des bactéries se développent, pour détecter rapidement la croissance des colonies en analysant ces images en accéléré avec un réseau neuronal profond. Après la détection de la croissance de chaque colonie, un deuxième réseau neuronal est utilisé pour classer le type de bactérie.

L'efficacité de cette plate-forme unique a été démontrée en effectuant une détection précoce et une classification de trois types de bactéries, à savoir E. coli, Klebsiella aerogenes (K. aerogenes) et Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae), et les chercheurs de l'UCLA ont atteint une limite -de-détection de 1 bactérie formant colonie pour 1 litre d'eau en 9 heures de temps pour l’analyse, démontrant un gain de temps de plus de 12 heures pour la détection des bactéries par rapport aux méthodes EPA standard. Ces résultats mettent en évidence le potentiel transformateur de cette plateforme d'imagerie holographique alimentée par l'IA, qui permet non seulement une détection très sensible, rapide et rentable des bactéries vivantes, mais fournit également un outil puissant et polyvalent pour la recherche en microbiologie.

Légende.

a, schéma de l'appareil. b, Image d’une boîte de colonies de E. coli et K. aerogenes. c, Exemples d'images des colonies bactériennes en croissance individuelles détectées par un réseau neuronal profond formé. Les points temporels de détection et de classification des colonies en croissance sont annotés par des flèches bleues. La barre d'échelle est de 0,1 mm. Cette recherche a reçu un financement de l'US ARO.

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Crédit de Hongda Wang, Hatice Ceylan Koydemir, Yunzhe Qiu, Bijie Bai, Yibo Zhang, Yiyin Jin, Sabiha Tok, Enis Cagatay Yilmaz, Esin Gumustekin, Yilin Luo, Yair Rivenson, Aydogan Ozcan.

NB : L'article est disponible intégralement et gratuitement.