Voici quelques extraits significatifs.
Une épidémie de listériose humaine à l'échelle nationale en Suisse a été attribuée à une contamination environnementale persistante d'une fromagerie par Listeria monocytogenes sérotype 4b, séquence type 6 (ST6), de cluster type 7488. Le séquençage du génome entier (WGS) a été utilisé pour faire correspondre les isolats cliniques à un échantillon de fromages et à des échantillons provenant de nombreux lieux dans l'environnement de production.
L. monocytogenes ST6 est de plus en plus associée à des éclosions, notamment une épidémie liée aux légumes surgelés dans 5 pays d'Europe en 2015-2018, une épidémie associée à un pâté de viande contaminé en Suisse en 2016 et la plus grande épidémie de listériose à l'échelle mondiale, qui s'est produite en Afrique du Sud entre 2017 et 2018. Plus récemment, la plus grande épidémie de listériose en Europe au cours des 25 dernières années a été signalée en Allemagne et a été attribuée à des boudins contaminés par L. monocytogenes ST6 appartenant à un clone particulier appelé Epsilon1a.
La listériose humaine est une maladie à déclaration obligatoire en Suisse. Tous les cas de listériose humaine confirmée par culture ou PCR sont signalés à l'Office fédéral de la santé publique (OFSP). Les laboratoires de diagnostic et les laboratoires régionaux (cantonaux) transmettent les isolats au Centre national suisse de référence pour les bactéries entéropathogènes et Listeria pour la caractérisation des souches, garantissant la reconnaissance précoce des clusters de Listeria parmi les isolats alimentaires ou les cas humains. Nous rapportons une épidémie de listériose associée à du fromage contaminé par L. monocytogenes 4b ST6 en Suisse.
Le 30 avril 2020, un fabricant de fromage a signalé au laboratoire cantonal la détection de L. monocytogenes à partir d'un échantillon de fromage à pâte molle (brie) à base de lait pasteurisé. L’analyse a été menée dans le cadre des pratiques de contrôle de qualité de routine du fabricant, qui sont obligatoires en Suisse (Loi fédérale de Suisse sur les denrées alimentaires, article 23). L'isolat de fromage N20–639 correspondait à la souche CT de l'épidémie par WGS. Les autorités cantonales ont débuté la traçabilité de la chaîne de distribution de la laiterie. Le producteur de fromage a fourni plusieurs acheteurs qui fournissent du fromage aux distributeurs dans toute la Suisse. Les acheteurs ont été priés d'arrêter immédiatement la livraison des produits de ce producteur spécifique.
Ces résultats ont conduit à un échantillonnage environnemental approfondi sur le site de production du fabricant. Un total de 50 échantillons sur écouvillon provenant d'emplacements tels que des cuves, des harpes à fromage, des dispositifs d'écrémage, des siphons de sol, des brosses, des éponges à récurer, des plateaux, des poignées de porte, des sols de la cave d'affinage et des murs ont été obtenus.
L. monocytogenes a été identifié dans 11 (22%) des 50 échantillons environnementaux, et les 5 isolats séquencés correspondaient à la souche CT de l'épidémie Ces résultats mènent à un rappel le 5 mai 2020 de 26 articles, dont du brie, du fromage de brebis et de chèvre et des fromages biologiques; la production a été arrêtée immédiatement.
Les résultats ont été communiqués au Système d'information sur les épidémies sur les maladies d'origine alimentaire et hydrique et les zoonoses ou EPIS-FWD. Après le rappel des produits concernés et un avertissement public émis par l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV), 7 cas de listériose provoqués par la souche épidémique ont été enregistrés.
Le dernier cas connu causé par cette souche épidémique a été échantillonné le 20 mai 2020 et signalé à l'OFSP le 25 mai 2020. Les données de séquence ont été déposées dans la base de données BioSample du National Center for Biotechnology Information (Bethesda, MD, USA) dans le cadre du projet n°PRJNA640586.
Cette épidémie prolongée à L. monocytogenes 4b ST6 CT7448 a causé 34 cas de listériose confirmés en laboratoire et 10 décès. L'enquête sur l'épidémie est un exemple de collaboration réussie entre les laboratoires et les autorités chargées de la sécurité sanitaire des aliments et de la santé publique pour déterminer les sources de contamination et reconstituer le développement de l'épidémie.
Les résultats de l'enquête impliquaient une fromagerie présentant des lacunes sanitaires et une contamination environnementale persistante dans tout le site de production. L'isolement et le typage par WGS de L. monocytogenes à partir d'un échantillon de fromage lors du contrôle qualité ont fourni des informations cruciales qui ont permis d'identifier l'origine de la contamination.
Le WGS a joué un rôle clé en montrant une étroite relation entre les isolats du produit de fromage et de l'environnement, et en reliant les cas de listériose de 2018 à l'épidémie de 2020.
Cette épidémie met en évidence le risque de recontamination des produits fromagers pasteurisés pendant la fabrication et souligne la nécessité d'un échantillonnage de routine des produits, de l'équipement de fabrication et de l'environnement de production. Les contrôles qualité de routine devraient inclure le typage WGS des isolats environnementaux de L. monocytogenes pour permettre la détection précoce de la contamination potentielle des aliments et, en fin de compte, atténuer le risque de listériose.
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