dimanche 6 juin 2021

Choses lues sur le bio

Choses lues sur le bio qui n'ont, bien sûr, rien à voir avec les producteurs de produits bio !

Listeria dans les aliments prêts à consommer au Costa Rica

Un article paru dans Journal of Food Protection traite de la présence de Listeria monocytogenes dans les produits de viande prêts à consommer vendus dans les magasins de détail au Costa Rica et analyse les facteurs contributifs en 2021.

Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène associée aux produits de viande prêts à consommer vendus en distribution.

L'objectif de cette étude était de déterminer la prévalence de Listeria monocytogenes dans les produits de viande prêts à consommer vendus au distribution au Costa Rica et d'étudier les facteurs associés aux niveaux de contamination; les facteurs analysés comprennent les pratiques d'hygiène dans les magasins (techniques de tranchage, contamination microbienne des produits) et le comportement des isolats (persistance vis-à-vis des antimicrobiens et potentiel de transfert).

Au total, 190 prélèvements de produits de viande prêts à consommer ont été prélevés et analysés pour la présence de coliformes et des espèces de Listeria. Les isolats de L. monocytogenes ont ensuite été évalués en termes de résistance aux désinfectants (composés à base d’ammonium quaternaire et de chlore) et leur potentiel de transfert à partir des surfaces en contact avec les aliments (couteau et planches à découper). Dans l'ensemble, la prévalence de Listeria spp. était de 37,4 % (71/190) ; L. innocua était présent dans 32,1% (61/190) des produits et L. monocytogenes n'a été retrouvé que dans 2,6% (5/190) des prélèvements. La plupart des prélèvements contaminés ont été découpés au couteau au moment de l'achat (44,2%). Lors de l'analyse des pratiques au sein des magasins, il a été observé que le transfert de L. monocytogenes du couteau inoculé au «salchichón» était plus élevé pour les prélèvements coupés dès le début de l'expérimentation. De plus, le transfert de L. monocytogenes à partir de planches à découper inoculées était indépendant du nombre de tranches, mais la contamination par le plastique était plus élevée que celle du bois. Concernant la résistance de L. monocytogenes aux désinfectants, des réductions moyennes de 2,6 ± 1,1 log UFC/mL ont été détectées après 6 minutes d'exposition à 200 ppm de chlore ; cependant, la résistance au chlore variait selon les souches. La prévalence de L. monocytogenes dans les produits de viande prêts à consommer vendus en distribution pourrait être associée aux pratiques de manipulation dans les magasins; des études complémentaires sont nécessaires pour estimer l'impact de ces pratiques sur le risque global pour les consommateurs.


Présence de Listeria dans de la charcuterie de Catalogne et distribuée dans toute l'Espagne

«Présence de Listeria dans de la charcuterie de Catalogne et distribuée dans toute l'Espagne», source Doug Powell du barfblog.

Then24 du 28 avril 2021 rapporte que l'Agence espagnole pour la sécuritédes aliments et la nutrition (AESAN) a reçu des informations actualisées de la Catalogne, via le Système coordonné d'échange rapide d'informations (SCIRI), sur la présence de Listeria monocytogenes dans différents produits de viande traités thermiquement fabriqués par l'établissement Embotits D'Oix, étendant le rappel de produits du lot 2115 des mêmes produits.

Avec les informations disponibles, aucun cas n'a été confirmé en Espagne associé à cette alerte, bien qu'il soit recommandé aux personnes qui ont les produits inclus dans cette alerte à la maison de s'abstenir de les consommer et de les rapporter au point de vente. Bien que les autorités sanitaires catalanes aient déjà informé l'AESAN le 16 avril, elles ont maintenant fourni de nouvelles informations concernant le retrait de différents produits de viande traités thermiquement fabriqués dans l'établissement en raison de la présence de Listeria monocytogenes et du manque de garanties sanitaires.

Au cours des investigations menées, l'Agence catalane de santé publique a étendu le rappel de produits du numéro de lot 2115, des mêmes produits concernés par cette notification. Avec les nouvelles informations, les données des produits concernés par cette alerte sont : Botifarra d'ou, Bull blanc, Botifarra negra, Botifarra de fetge et Botifarra all julivert.

Par ailleurs, les lots concernés sont désormais : 2106 ; 2107; 2108 ; 2109 ; 2110 ; 2111 ; 2112 ; 2113; 2114 et 2115. La distribution a été effectuée en Catalogne, Aragon, Îles Baléares, Castille-La Manche, Communauté de Valence et Madrid. Ces informations ont été transmises aux autorités compétentes des communautés autonomes par l'intermédiaire du SCIRI, afin de vérifier le retrait des produits concernés des circuits de commercialisation.

En dehors de cette information, notons, en France, trois rappels de chorizo en mai 2021, deux pour la présence de Salmonella et un pour la présence de Listeria monocytogenes; début juin 2021, un rappel de chorizo pour la présence de Listeria monocytogenes

Le lavage des mains n'a augmenté que temporairement pendant la pandémie, selon une étude

«Le lavage des mains n'a augmenté que temporairement pendant la pandémie, selon une étude», source Doug Powell du barfblog.

European Cleaning rapporte qu'une étude hospitalière américaine a révélé que si le respect de l'hygiène des mains dans les étalissements de santé a grimpé en flèche au début de la pandémie, il est retombé aux niveaux d'avant la pandémie après seulement quatre mois.

Le centre médical de l'Université de Chicago a utilisé un système automatisé de surveillance de l'hygiène des mains pour suivre la fréquence à laquelle le personnel s'est lavé les mains ou utilisé un désinfectant en entrant et en sortant de la chambre d'un patient entre septembre 2019 et août 2020. Les tendances de conformité ont ensuite été analysées par des chercheurs de l'hôpital.

En septembre 2019, la conformité mensuelle de référence en matière d'hygiène des mains s'est stabilisée à 54,5% dans toutes les unités, avec un pic à 75,5%. Le 29 mars 2020, alors que l'anxiété suscitée par la pandémie était élevée, la conformité à l'hygiène des mains a atteint un pic quotidien de 92,8% dans toutes les unités hospitalières. Et il a atteint 100% dans les unités qui ont été temporairement réservées à l'usage exclusif des patients COVID-19.

Cependant, à peine quatre mois plus tard, en août 2020, les niveaux de conformité mensuels étaient retombés à 56%, ont découvert les chercheurs.

Les résultats de l'étude, publiés dans JAMA Internal Medicine, ont pris en compte divers facteurs qui ont pu contribuer au bond de la conformité en mars 2020, notamment la sensibilisation accrue des membres du personnel à l'importance du lavage des mains pendant la pandémie.

«Alors que les hôpitaux fixent des objectifs d'hygiène des mains, cette étude suggère qu'une conformité élevée est possible, même avec une surveillance automatisée, mais difficile à maintenir», ont dit les chercheurs. «La récente baisse de conformité devrait être un appel en faveur des hôpitaux actuellement confrontés à des poussées de COVID-19.»

samedi 5 juin 2021

Des pesticides plus verts

«Des pesticides plus verts», source ACS News ServiceLes écologistes en rêvait, des scientifiques l’on fait ...

Les pesticides sont importants pour augmenter la production agricole et réduire les maladies transmises par les insectes, mais nombre d'entre eux ont des effets dangereux sur l'environnement. Vous trouverez ci-dessous quelques articles récents publiés dans des revues de l'ACS qui font état de nouvelles approches pour des pesticides plus sûrs et plus respectueux de l'environnement.

Chimeric Double-Stranded RNAs Could Act as Tailor-Made Pesticides for Controlling Storage Insects, Journal of Agricultural and Food Chemistry May 26, 2021

Un ARN double brin déclenche la destruction de deux insectes ravageurs de stockage, le petit perceur des céréales et la blatte germanique, tout en étant inoffensif pour les insectes non ciblés.

Development and Characterization of Pyriproxyfen-Loaded Nanoemulsion for Housefly Control: Improving Activity, Reducing Toxicity, and Protecting Ecological Environment, ACS Sustainable Chemistry & Engineering, March 26, 2021

Une nanoémulsion de pesticide pour le contrôle des mouches domestiques a une activité insecticide plus élevée et une toxicité plus faible pour les humains et les vers de terre que les émulsions conventionnelles.

Facile, Smart, and Degradable Metal–Organic Framework Nanopesticides Gated with FeIII-Tannic Acid Networks in Response to Seven Biological and Environmental Stimuli, ACS Applied Materials & Interfaces, April 15, 2021

Les nanopesticides à structure métallo-organique dégradable (appelés MOF) libèrent des pesticides encapsulés uniquement lorsqu'ils sont déclenchés par certains stimuli biologiques ou environnementaux, tels que l'acidité ou la lumière du soleil.

Un réseau allemand mis en place pour la surveillance des bactéries

«Un réseau allemand mis en place pour la surveillance des bactéries», source Food Safety News.

Trois organisations allemandes ont créé un consortium pour surveiller les agents pathogènes bactériens et détecter plus rapidement les épidémies.

L'Université de Münster, le Centre de recherche Borstel et l'Institut Robert Koch ont formé le réseau miGenomeSurv (pour Microbial Genomic Surveillance ou Surveillance du génome microbien des agents infectieux).

Ce réseau s'appuie sur des laboratoires nationaux de référence, où les agents infectieux pertinents pour la population sont caractérisés microbiologiquement et par l’analyse génomique. Les méthodes de séquençage du génome fournissent des empreintes génétiques et d'autres caractéristiques de la bactérie permettant la surveillance et la détection de cas groupés.

L'objectif initial comprend E. coli entérohémorragique (EHEC) et Listeria monocytogenes et a soumis des prélèvements datés du début de 2019, atteignant près de 3 000 d'ici le deuxième trimestre de 2021.

Une empreinte digitale détaillée d'un agent pathogène est nécessaire pour identifier ou exclure toute similitude entre les souches. Cela aide les investigateurs à reconnaître si les agents pathogènes impliqués sont similaires et s'ils ont déjà été observés ailleurs ou plus tôt.

«Afin d'améliorer le contrôle des infections, la surveillance moléculaire des agents infectieux est essentielle», a déclaré le professeur Lothar H. Wieler, président de l'Institut Robert Koch.

Signature unique des agents pathogènes

En 2011, le système de santé publique allemand a été confronté à une épidémie à E. coli O104:H4 d'origine alimentaire, qui a provoqué l'une des plus importantes épidémies d'infections à EHEC, entraînant 2 987 maladies, 855 cas d'insuffisance rénale grave et 53 décès. Les graines germées de fenugrec d'Égypte ont été identifiées comme le véhicule le plus probable de l'infection.

L'identification de la source de l'infection est essentielle pour un contrôle efficace de l'épidémie. Si la source n'est pas retrouvée rapidement, de telles épidémies peuvent se poursuivre pendant de longues périodes et à différents endroits, ce qui rend l'identification de l'agent causal très difficile.

Une base de données à accès restreint déclenche automatiquement des avertissements précoces d'épidémie en envoyant des courriels aux soumettants de données en cas de correspondances génomiques étroites entre les échantillons.

Dans le consortium, un langage commun, appelé nomenclature, est défini pour les nombreuses lignées d'agents pathogènes détectés.

Ceci est basé sur la séquence du génome et d'un core génome (cg) - typage par séquençage multilocus (MultiLocus Sequence Typing ou MLST) calculé à partir des données du génome. En conséquence, le matériel génétique de l'agent pathogène est traduit en un code numérique standardisé.

Cela permet l'échange de données entre les laboratoires participants, avec d'autres partenaires et institutions nationaux et internationaux tels que le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et les services de santé publique responsables de mesures telles que la gestion des épidémies.

«Des outils bioinformatiques faciles à utiliser aident à donner à chaque agent pathogène une signature unique», a déclaré le professeur Dag Harmsen, de l'Université de Münster.

Des groupes similaires existants incluent le réseau GenomeTrakr de la FDA, le consortium Global Microbial Identifier et PulseNet International.

vendredi 4 juin 2021

Ratatouille dans un magasin d'alimentation de Liverpool

«Un magasin local condamné à une amende pour de graves infractions à la sécurité des aliments», source Liverpool Express.

L'exploitant d'un magasin local dans le nord de Liverpool a été condamné à une amende de 2 750 £ avec des frais de 2 500 £ attribués au conseil municipal de Liverpool après avoir plaidé coupable de six infractions à la réglementation en matière de sécurité des aliments et d'hygiène.

Namcollis Mart (76-78 City Road, Liverpool, L4 5TE) est un petit magasin de détail situé près du terrain d’Everton Football Club et vend une gamme d'articles, notamment des aliments prêts à manger, des produits pour bébés et des articles ménagers généraux.

Lors d'une visite inopinée le 6 février 2020, les agents de la santé environnementale du conseil municipal ont découvert que le magasin était infesté de souris.

Des excréments de souris et de l'urine de souris ont été retrouvés sur les surfaces des étagères hautes et basses dans l'atelier, y compris là où des aliments prêts à manger préemballés étaient entreposés. Des excréments ont également été trouvés sous les plinthes des étagères où des produits pour bébé étaient exposés.

Une souris morte incrustée dans une barre de chocolat rongée a également été retrouvée derrière le comptoir du magasin, et un certain nombre de paquets de nourriture rongés exposés ont également été découverts.

Il y avait des trous dans les locaux qui permettaient l'accès aux rongeurs, et il était clair qu'il n'y avait pas de mesures adéquates en place de lutte contre les nuisibles.

Les rapports de lutte contre les nuisibles ont montré que le propre entrepreneur de lutte contre les nuisibles du magasin avait fait des recommandations à la direction de Namcollis Mart, mais que des mesures insuffisantes avaient été prises.

L'équipe a également retrouvé des produits alimentaires en vente qui avaient dépassé la date de péremption du fabricant, y compris un paquet de saucisses avec une croissance visible de moisissures.

Les conditions étaient si peu hygiéniques que le magasin a été immédiatement fermé car il présentait un risque imminent pour la santé, car les souris sont porteuses de maladies transmissibles des animaux aux humains. Il s'agit notamment de Salmonella, Campylobacter et Listeria qui peuvent provoquer des maladies graves, en particulier chez les personnes vulnérables et les femmes enceintes.

Pendant la période de fermeture, neuf souris au total ont été capturées, ce qui a confirmé qu'il y avait un niveau élevé d'activité de rongeurs dans les locaux.

Après que le magasin ait effectué des travaux de réparation, les agents de la santé environnementale ont de nouveau visité Namcollis Mart le 20 février 2020 et ont convenu que le magasin pourrait rouvrir.

L'affaire a été entendue par le tribunal de première instance de Liverpool le 20 mai 2021" style="color: black;">.

Namcollis Mart, détient actuellement une note en hygiène alimentaire de ‘1’ (Amélioration majeure nécessaire) à la suite de la dernière inspection du conseil municipal en mars 2021.

Le service de santé environnementale du conseil municipal de Liverpool gère le système national d'évaluation de l'hygiène alimentaire. Le public peut vérifier la note en hygiène alimentaire de la plupart des entreprises alimentaires à Liverpool en visitant www.food.gov.uk/ratings

Le conseiller municipal Abdul Qadir, membre du cabinet des quartiers de Liverpool, a déclaré : «Il s'agit d'un exemple choquant d'une grave non-conformité aux règles de sécurité des aliments qui aurait pu rendre les clients très malades.

«Nous ne tolérerons pas que les entreprises alimentaires opérant de cette manière et la gravité de cette accusation se reflète dans l'amende considérable infligée au propriétaire.»

«Notre équipe de santé environnementale fait un travail incroyable dans toute la ville afin que les résidents et les visiteurs puissent, à juste titre, s'attendre aux règles d’hygiène les plus élevées possibles lorsqu'ils visitent un magasin d'alimentation.»

Pas une, pas deux, mais 22 solutions alternatives aux néonicotinoïdes, selon l'Anses. L'abus de solutions nuit-elle aux betteraves ?

L’
Anses rapporte qu’il existe «Des solutions alternatives aux néonicotinoïdes pour lutter contre la jaunisse dans les cultures de betteraves».

l’Anses a identifié vingt-deux solutions pour lutter contre les pucerons et la maladie de la jaunisse dans les cultures de betteraves sucrières. Ces moyens de lutte pourraient prendre le relais des produits à base de néonicotinoïdes, interdits depuis 2018, mais dont l’utilisation a été réintroduite par dérogation en 2020 pour les traitements des semences de betteraves. Ces solutions alternatives qui présentent des efficacités correctes mais insuffisantes en utilisation seule, nécessiteront une approche de lutte intégrée pour atteindre une efficacité suffisante, voire une évolution des pratiques culturales.

L'Anses indique cependant,

La plupart des solutions alternatives considérées substituables aux néonicotinoïdes montrent des efficacités correctes mais insuffisantes, en utilisation seule, pour réduire les niveaux de dégâts à un seuil économique acceptable. L’Anses recommande donc de soutenir l’effort de recherche et développement pour adapter les solutions identifiées sur d’autres cultures au cas de la betterave sucrière et tester des combinaisons de solutions dans une approche de lutte intégrée, ainsi qu’en matière d’épidémiosurveillance.   

Pour s’en faire sa propre idée, lire l’avis et le rapport relatifs à l’efficacité des traitements disponibles pour lutter contre les pucerons de la betterave.

Je relaie deux tweets de Madame Géraldine Woessner à propos de l’étude de l’Anses, voici le premier,

 Le second tweet traite du classement des substances alternatives proposées par l’Anses,

A suivre ... 

La faible confiance dans le gouvernement, des croyances complotistes et le fait de regarder YouTube prédisent une hésitation à la vaccination, selon une étude britannique

«La faible confiance dans le gouvernement, des croyances complotistes et le fait de regarder YouTube prédisent une hésitation à la vaccination», source Université d’Oxford.

Les personnes qui se tournent vers les réseaux sociaux pour obtenir des informations, en particulier YouTube, sont moins disposées à se faire vacciner contre le COVID-19, selon une nouvelle publication des universités d'Oxford et de Southampton, dont les chercheurs exhortent le gouvernement et les entreprises de réseaux sociaux à prendre des mesures urgentes à propos des résultats.

Melinda Mills, professeur à Oxford et le professeur Will Jennings de Southampton et leur équipe de recherche ont découvert que les sources des réseaux sociaux non réglementées posent un problème particulier en contribuant à l'hésitation à la vaccination. L'article avertit que les utilisateurs des réseaux sociaux peuvent être la proie d'un effet de ‘chambre d'écho’, où des recommandations personnalisées, basées sur ‘l'historique de surveillance’ d'un individu, soulignent les préoccupations d'un individu et fournissent rarement des opinions alternatives ou expertes.

Le professeur Mills a déclaré: «La désinformation prolifère sur certaines plateformes de réseaux sociaux parce que les utilisateurs reçoivent des suggestions de contenu alignées sur leurs peurs et regardent l'histoire, les poussant dans des terriers de lapin plus profonds. Les informations sont souvent présentées par des non-experts, avec une vérification limitée des faits, ce qui rend difficile d'évaluer l'exactitude ou d'équilibrer les informations.»

Le document a recommandé: «Ceux qui obtiennent des informations issues des réseaux sociaux relativement non réglementées telles que YouTube, qui ont des recommandations adaptées à l'historique de surveillance, sont moins susceptibles de vouloir se faire vacciner.» Les chercheurs appellent à l'action des gouvernements, des responsables de la santé et des sociétés des réseaux sociaux, et plus d'informations pour combler les ‘vides de connaissances’.

L'étude montre également que la confiance est la clé.

Le professeur Jennings a noté: «La désinformation prospère lorsqu'il y a un manque de confiance dans le gouvernement, la politique et les élites avec une leçon plus large que les autorités doivent communiquer de manière véridique, claire et cohérente

En collectant des données à partir d'un enquête auprès de 1 476 adultes au Royaume-Uni et de cinq groupes de discussion lors du premier déploiement du vaccin dans le pays en décembre 2020, ils ont découvert qu'un faible risque personnel perçu de COVID-19 était lié à l'hésitation à la vaccination. La complaisance est également née d'un malentendu selon lequel ‘l'immunité collective’ avait été atteinte et que seuls les plus vulnérables devaient être vaccinés. Le scepticisme autour du COVID-19 et des vaccins était lié à la croyance que les décès inégaux dans certains groupes de population étaient une forme de contrôle de la population, que l'immunité collective avait été atteinte et que le virus était d'origine humaine ou pas aussi mortel que rapporté.

Le professeur Mills a ajouté: «Il y avait souvent un manque de connaissances dans la compréhension des risques. Bien que certains aient des croyances complotistes, beaucoup essayaient simplement de donner un sens à des informations fragmentées, dynamiques et déroutantes, accédant souvent aux réseaux sociaux pour plus de clarté

La publication indique que plus de 80 % des Européens et plus de 70 % des Américains utilisent Internet comme source d'informations sur la santé, et constate que la croissance de l'utilisation d'Internet et la dépendance aux sources des réseaux sociaux telles que YouTube, Facebook, Twitter et TikTok ont changé la donne du paysage de la collecte d'informations. La plate-forme de partage de vidéos YouTube, qui contient un pourcentage élevé d’allégations négatives, était particulièrement liée à l'hésitation.

L’article indique: «Les utilisateurs de YouTube étaient nettement moins disposés à se faire vacciner, avec une probabilité de 45% de volonté de se faire vacciner. Une étude du contenu du vaccin sur YouTube a révélé que 65,5% des vidéos décourageaient l'utilisation de vaccins en mettant l'accent sur l'autisme, les risques non divulgués, les effets indésirables, la présence de mercure dans les vaccins.»

L'action est essentielle, selon l'équipe, qui a soutenu : «Les gouvernements devraient établir une présence sur Internet engageante pour combler les lacunes en matière de connaissances… Les sites ne sont pas réglementés et ne fonctionnent pas comme des ‘éditeurs’ [devraient être] contraints de présenter des informations équilibrées, car des informations erronées ou des théories du complot deviennent rapidement ‘virales’».

Complément. On lira l'article de Laure Mandeville paru dans Le Figaro du 3 juin 2021Quand «les mensonges» de Trump deviennent la vérité de Biden.

L’an dernier, Trump avait émis l’hypothèse d’un accident de laboratoire à Wuhan, qui serait à l’origine de la pandémie actuelle, provoquant une levée de boucliers. Un an après, son successeur en appelle à une enquête détaillé sur le thème.

C’est un véritable tête-à-queue que les médias et les réseaux sociaux américains sont en train d’opérer, sans trop s’en vanter, sur la question de l’origine du virus qui a bouleversé nos vies et suspendu la marche du monde. Tout à coup, ce que l’on nommait mensonges, fake news et racisme antichinois quand Donald Trump évoquait l’an dernier le fait que le Covid pourrait avoir été fabriqué dans le fameux laboratoire de Wuhan, devient de l’ordre du possible quand Biden appelle à une enquête détaillée sur ce thème. 

Mise à jour du 5 juin 2021. L'Anses nous parle dans Zootopique, une série d'anticipation, à propos de l'arrivée éventuelle d'une Covid 31, est-ce que cela est possible ? 

On apprend par ailleurs dans un éditorial du Figaro du 5 juin 2021 par Philippe GélieOrigine du Covid-19: «Mensonge d’État».

La seule chose dont la Chine ne s’est jamais cachée depuis l’apparition du coronavirus, c’est son refus absolu de la transparence et de la vérité. «Vous ne devez révéler à personne cette nouvelle pneumonie!», fut le premier ordre donné à la directrice des urgences de l’hôpital de Wuhan. 
Lire la suite ci-desous ... 

On lira aussi avec intérêt ce document de LCI du 9 avril 2020, Pourquoi autant de Français pensent que "le Covid-19 a été conçu en laboratoire"?
COMPLOTISME - Alors que le Covid-19 est arrivé avec son lot de thèses complotistes, un sondage Ifop a montré que la plus populaire d'entre elles était approuvée par un Français sur quatre. Qui est à l'origine de ces affirmations? Qui les diffuse? Et quels impacts ont-elles sur le public?

Il semble que ce qui était du complotisme hier ne le soit plus aujourd'hui .... 

De l'utilisation des données de séquençage du génome entier pour la surveillance des infections à Campylobacter au Danemark

Un article paru dans Eurosurveillance fait la part belle aux données de séquençage du génome entier qui sont utilisées pour la surveillance des infections à Campylobacter, avec dans cette étude, la détection d'une importante épidémie continue au Danemark en 2019.

La campylobactériose humaine est la zoonose la plus fréquemment signalée en Europe, avec 246 571 cas signalés dans l'Union européenne (UE) en 2018. Les infections à Campylobacter sont principalement d'origine alimentaire, la volaille étant la principale source.

Cependant, d'autres voies de transmission sont connues, telles que la baignade, la consommation d'eau contaminée ou le contact direct avec les animaux. Dans les échantillons d'aliments, la plus forte occurrence de Campylobacter a été détectée dans la viande de poulet réfrigérée (37,5 % des échantillons testés). Au Danemark, nous avons eu 5 389 cas humains enregistrés en 2019 (incidence : 93/100 000 habitants) et 33% des échantillons de viande de poulet conventionnels étaient positifs pour Campylobacter à l'abattage. Il est à noter qu'un tiers des infections humaines diagnostiquées au Danemark sont estimées être liées aux voyages.

Les efforts pour identifier la source spécifique de l'infection à Campylobacter chez l'homme sont rarement faits au Danemark ou dans d'autres pays. Par conséquent, il n'existe souvent pas d'informations pertinentes pour des actions de santé publique ciblées visant à prévenir les infections à Campylobacter. Pendant des décennies, la surveillance d'autres agents pathogènes d'origine alimentaire, en particulier Salmonella et Listeria, avec des méthodes de typage hautement discriminatoires s'est avérée être un outil puissant pour la détection et les enquêtes sur les épidémies ainsi que pour suivre les tendances et l'émergence de souches épidémiques. Une surveillance similaire basée sur le typage pour Campylobacter n'a pas été largement utilisée et n'a généralement pas été très utile pour le processus de prise de décision sur les efforts de réduction par les autorités de santé publique et de sécurité des aliments.

La grande diversité des isolats de Campylobacter et l'hypothèse générale selon laquelle la plupart des infections à Campylobacter sont sporadiques sont des explications plausibles.

Nous avions déjà montré que, sur la base des données de séquençage du génome entier des isolats de Campylobacter en 2015-17, nous pouvions identifier de nombreux petits clusters ressemblant à des épidémies et, dans de nombreux cas, les lier génétiquement à des isolats animaux et alimentaires concurrents. Une grande partie des 774 isolats cliniques (27 %) pourrait être génétiquement liée à du poulet de chair ou à de la viande de poulet, alors que seuls quelques isolats cliniques (2 %) pourraient être génétiquement liés à des isolats de bovins. Une étude danoise cas-témoins menée au cours de la même période a mis en évidence plusieurs sources alimentaires de campylobactériose chez des enfants et des jeunes adultes, notamment la consommation de viande de poulet, de viande hachée bovine et de fraises fraîches.

Par conséquent, en plus de l'échantillonnage de la viande de poulet, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise a lancé des prélèvements et l'analyse de Campylobacter dans plusieurs autres sources alimentaires qui ont été identifiées par l'étude cas-témoins pour obtenir des connaissances sur l'impact de ces sources.

Dans notre étude 2015-2017, une comparaison des isolats humains avec les isolats alimentaires et animaux a été effectuée rétrospectivement et, par conséquent, aucune mesure de santé publique spécifique n'a été prise. Pour évaluer la valeur d'un système de surveillance prospective et continue basé sur le séquençage du génome entier pour Campylobacter au Danemark, nous avons lancé le séquençage du génome entier d'isolats provenant de cas humains et d'échantillons d'aliments vendus au détail ainsi que l'analyse simultanée de ces données intersectorielles. Ici, nous rapportons la première année de surveillance (2019) et montrons que la surveillance intégrée basée sur le séquençage du génome entier de Campylobacter chez l'homme et les sources alimentaires peut identifier des corrélations entre l'apparition de souches spécifiques dans la viande de poulet et les infections humaines. La surveillance a également permis de détecter des épidémies prolongées ou réapparues, ce qui permet des interventions spécifiques pour contrôler Campylobacter dans la chaîne de production alimentaire et ainsi prévenir les infections humaines.

Dans la conclusion, il est rapporté,

La surveillance basée sur le séquençage du génome entier des cas cliniques et des échantillons de poulet a amélioré notre compréhension de l'occurrence et de la dynamique des souches de Campylobacter dans la viande de poulet et de la corrélation avec des cas groupés humains. En règle générale, certaines souches n'étaient présentes dans la viande de poulet et/ou les cas humains que sur des périodes de quelques semaines ou mois, tandis que l'occurrence d'autres souches fluctuait dans le temps d'une manière qui pourrait être liée aux cycles de production dans chaque élevage de poulets. L'exemple le plus remarquable est la souche ST122#1 qui était présente chez des cas humains et dans la viande de poulet ainsi qu'à l'abattoir pendant au moins un an. La surveillance actuelle n'a pas été conçue pour élucider d'autres sources majeures d'infections et, bien que l'accent ait été mis sur la détection d’importantes épidémies, seules les épidémies liées au poulet ont été résolues car le suivi épidémiologique traditionnel s'est avéré avoir une valeur limitée. L'un des principaux impacts de la surveillance de 2019 est que l'association claire d'une proportion substantielle des cas humains à Campylobacter à la production de poulet danoise a accru la sensibilisation de l'industrie avicole. Bien que l'industrie de la volaille lutte contre Campylobacter depuis des années, cette étude, et en particulier l’importante épidémie, a conduit à de vastes initiatives et investissements ciblant Campylobacter tout au long de la chaîne de production. Ces interventions ont commencé peu de temps après l'apparition de l'épidémie et sont toujours en cours, ce qui est essentiel pour obtenir une diminution prononcée de la présence de Campylobacter dans la viande de poulet.

De plus, les enquêtes de suivi ont conduit à de nouvelles connaissances et ont soulevé plusieurs questions concernant l'épidémiologie de Campylobacter ainsi que sur les caractéristiques de la souche épidémique spécifique, qui devraient être abordées dans de futures études. Espérons que cette connaissance et cette sensibilisation conduiront à une diminution des cas humains danois de campylobactériose associés au poulet dans les années à venir.