Un réseau allemand mis en place pour la surveillance des bactéries

«Un réseau allemand mis en place pour la surveillance des bactéries», source Food Safety News.

Trois organisations allemandes ont créé un consortium pour surveiller les agents pathogènes bactériens et détecter plus rapidement les épidémies.

L'Université de Münster, le Centre de recherche Borstel et l'Institut Robert Koch ont formé le réseau miGenomeSurv (pour Microbial Genomic Surveillance ou Surveillance du génome microbien des agents infectieux).

Ce réseau s'appuie sur des laboratoires nationaux de référence, où les agents infectieux pertinents pour la population sont caractérisés microbiologiquement et par l’analyse génomique. Les méthodes de séquençage du génome fournissent des empreintes génétiques et d'autres caractéristiques de la bactérie permettant la surveillance et la détection de cas groupés.

L'objectif initial comprend E. coli entérohémorragique (EHEC) et Listeria monocytogenes et a soumis des prélèvements datés du début de 2019, atteignant près de 3 000 d'ici le deuxième trimestre de 2021.

Une empreinte digitale détaillée d'un agent pathogène est nécessaire pour identifier ou exclure toute similitude entre les souches. Cela aide les investigateurs à reconnaître si les agents pathogènes impliqués sont similaires et s'ils ont déjà été observés ailleurs ou plus tôt.

«Afin d'améliorer le contrôle des infections, la surveillance moléculaire des agents infectieux est essentielle», a déclaré le professeur Lothar H. Wieler, président de l'Institut Robert Koch.

Signature unique des agents pathogènes

En 2011, le système de santé publique allemand a été confronté à une épidémie à E. coli O104:H4 d'origine alimentaire, qui a provoqué l'une des plus importantes épidémies d'infections à EHEC, entraînant 2 987 maladies, 855 cas d'insuffisance rénale grave et 53 décès. Les graines germées de fenugrec d'Égypte ont été identifiées comme le véhicule le plus probable de l'infection.

L'identification de la source de l'infection est essentielle pour un contrôle efficace de l'épidémie. Si la source n'est pas retrouvée rapidement, de telles épidémies peuvent se poursuivre pendant de longues périodes et à différents endroits, ce qui rend l'identification de l'agent causal très difficile.

Une base de données à accès restreint déclenche automatiquement des avertissements précoces d'épidémie en envoyant des courriels aux soumettants de données en cas de correspondances génomiques étroites entre les échantillons.

Dans le consortium, un langage commun, appelé nomenclature, est défini pour les nombreuses lignées d'agents pathogènes détectés.

Ceci est basé sur la séquence du génome et d'un core génome (cg) - typage par séquençage multilocus (MultiLocus Sequence Typing ou MLST) calculé à partir des données du génome. En conséquence, le matériel génétique de l'agent pathogène est traduit en un code numérique standardisé.

Cela permet l'échange de données entre les laboratoires participants, avec d'autres partenaires et institutions nationaux et internationaux tels que le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et les services de santé publique responsables de mesures telles que la gestion des épidémies.

«Des outils bioinformatiques faciles à utiliser aident à donner à chaque agent pathogène une signature unique», a déclaré le professeur Dag Harmsen, de l'Université de Münster.

Des groupes similaires existants incluent le réseau GenomeTrakr de la FDA, le consortium Global Microbial Identifier et PulseNet International.