Selon une étude, la prévalence de Salmonella dans les
aliments analysés en vente au Royaume-Uni était faible mais la plus
élevée était pour le poulet surgelé importé.
Des chercheurs du Quadram Institute et de l'Université d'East Anglia
en Angleterre ont isolé Salmonella de 42 échantillons
d'aliments.
Les isolats de Salmonella collectés à partir d'aliments à
l'aide du séquençage du génome entier (WGS) ont été comparés à
des isolats humains au Royaume-Uni.
Des aliments crus ont été collectés au détail à Norfolk, dont
311 échantillons de poulet, de légumes verts à feuilles et du
porc, 279 échantillons de crevettes et 157 de saumons entre mai 2018
et novembre 2019.
Résultats positifs pour le poulet
Les travaux ont été financés par le Biotechnology and Biological
Sciences Research Council (BBSRC) et la Food Standards Agency (FSA)
et publiés dans la revue Microbial
Genomics.
Une étude
précédente menée par certains des mêmes
scientifiques a révélé que le poulet et le saumon importés
étaient plus susceptibles d'être contaminés que les produits
nationaux. Dans les derniers travaux, 17% des 88 échantillons de
poulet importés contenaient Salmonella liées à des isolats
d'origine humaine, mais chez le poulet domestique, le nombre n'était
que de 2,3% sur 214 échantillons. Cependant, la plupart des
échantillons de poulet importé étaient congelés tandis que les
poulets canadiens étaient principalement réfrigérés, de sorte que
les différences peuvent être dues à des pratiques de cuisson
dangereuses associées au poulet surgelé. Les échantillons de
poulet contenant Salmonella Enteritidis provenaient de
plusieurs pays, dont la Pologne.
Salmonella a été isolé à partir de 30 échantillons de
poulet, huit de crevettes et quatre échantillons de porc et
comprenait 14 sérotypes, dont Salmonella Infantis et
Salmonella Enteritidis qui étaient les plus courants.
Salmonella Enteritidis n'a été isolé que sur du poulet
importé.
Salmonella Newport deux fois et Salmonella Enteritidis
(neuf fois) ont été isolées uniquement à partir d'échantillons
de poulet importé. Salmonella Kedougou et Salmonella
Mbandaka ont été retrouvés une fois et Salmonella Ohio deux
fois à partir d'échantillons nationaux. Salmonella Infantis
a été isolée 14 fois à partir de poulet domestique et importé.
Relier les prélèvements alimentaires et humains
Salmonella Typhimurium monophasique était le seul type trouvé
dans plusieurs produits. Des isolats ont été recueillis à partir
de deux échantillons de porc domestique et d'un échantillon de
poulet domestique provenant de trois supermarchés.
Tous les échantillons positifs à Salmonella Weltevreden dans
l'étude étaient quatre échantillons de crevettes tigrées noires
du Vietnam, un échantillon d'Indonésie et un d'origine inconnue.
D'autres échantillons étaient positifs pour Salmonella
Bovismorbificans, Brunei, Derby, Newport, Reading et Schwarzengrund.
Des isolats humains étroitement apparentés ont été collectés
jusqu'à trois ans avant ou un an après ceux des échantillons
d'aliments. Selon les chercheurs, des données épidémiologiques
supplémentaires sont nécessaires pour évaluer la source des cas
humains.
Seules Salmonella Typhimurium monophasique
Salmonella Enteritidis et Salmonella Infantis retrouvés
dans les aliments étaient similaires aux isolats de personnes
malades.
Un quart des aliments contaminés hébergeaient diverses souches de
Salmonella qui n'auraient pas été détectées si un seul
isolat avait été échantillonné.
«Le séquençage du génome entier a identifié des aliments
associés à Salmonella cliniquement importants et des
aliments contenant Salmonella génétiquement diversifiés, ce
qui peut entraver les enquêtes sur les épidémies et l'attribution
des sources», a dit le Dr Samuel Bloomfield du Quadram Institute et
auteur principal de l'étude.
Les chercheurs ont examiné chaque séquence à la recherche de gènes
conférant une résistance aux antibiotiques. Ils ont découvert que
5,1% des échantillons de poulet et 0,64% des échantillons de porc
avaient des gènes qui les rendraient résistants à plusieurs
antibiotiques. Ces informations pourraient être utiles pour orienter
le traitement.
«Les sources alimentaires, les pratiques agricoles et de production
et le comportement des consommateurs changent constamment, modifiant
les types d'aliments associés aux maladies d'origine alimentaire. La
prévention de futures épidémies de salmonellose repose sur une
surveillance continue de Salmonella sur les aliments au détail
avec la haute résolution du WGS pour relier les aliments et les
isolats humains.»
