Intérêt des phages ARN F-spécifiques comme indicateurs du danger à norovirus dans les coquillages

Voici un article d'une équipe française paru dans Applied and Environmental Microbiology, une revue de l'ASM, dont le titre est 'Modèle des bactériophages à ARN F-spécifiques afin d'étudier le comportement des norovirus humains lors de la purification des huîtres: le mécanisme principal est probablement l'inactivation plutôt que la libération'.

Résumé

Les norovirus (NoV) sont responsables de nombreuses éclosions liées aux coquillages. Des processus de purification peuvent être appliqués aux huîtres avant leur commercialisation afin de réduire la pollution fécale potentielle. Cette étape est rapidement très efficace pour réduire Escherichia coli; néanmoins, l'élimination des génomes viraux a été décrite comme beaucoup plus lente. Il est donc important d'identifier (i) les conditions de purification qui optimisent l'élimination du virus et (ii) le mécanisme impliqué. À cette fin, les effets du stress des huîtres, des nutriments et de la présence d'un concurrent potentiel à l'adhésion des NoV pendant la purification ont été étudiés à l'aide d'huîtres naturellement contaminées.

Les concentrations de NoV (génomes) et de bactériophages à ARN F-spécifiques comme indicateur viral (FRNAPH pour F-specific RNA bacteriophage; génomes et particules infectieuses) ont été régulièrement surveillées. Aucune différence significative n'a été observée dans les conditions du test. La cinétique de diminution des deux génomes viraux était similaire, montrant à nouveau le potentiel des FRNAPH comme indicateur du comportement des NoV pendant la purification.

Les valeurs de T90 (temps nécessaire pour réduire 90% du titre initial) étaient de 47,8 jours pour le génome de NoV génogroupe I, 26,7 jours pour le génome de NoV génogroupe II et 43,9 jours pour le génome des FRNAPH-II.

Inversement, la surveillance des génomes viraux n'a pas pu être utilisée pour déterminer le comportement des virus infectieux car les valeurs de T90 étaient plus de deux fois inférieures pour les FRNAPH infectieux (20,6 jours) par rapport à leurs génomes (43,9 jours). Enfin, cette étude a mis en évidence que les virus sont principalement inactivés dans les huîtres plutôt que libérés dans l'eau lors des processus de purification.

Importance

Cette étude fournit de nouvelles données sur le comportement des virus dans les huîtres en cours de purification et sur leur mécanisme d'élimination. Premièrement, une forte corrélation a été observée entre les bactériophages à ARN F-spécifiques du sous-groupe II (FRNAPH-II) et les norovirus (NoV) chez les huîtres touchées par la contamination fécale lorsque les deux sont détectés à l'aide d'approches moléculaires.

Deuxièmement, lors de l'utilisation de la RT-PCR quantitative et de la culture afin de détecter les génomes respectivement des FRNAPH-II et des FRNAPH infectieux dans les huîtres, il semble que la détection du génome fournit des informations limitées sur la présence de particules infectieuses.

La comparaison des génomes et des particules infectieuses montre que le principal mécanisme d'élimination du virus chez les huîtres est l'inactivation. Enfin, cette étude montre qu'aucune des conditions testées ne modifie la suppression du virus.

Complément

Pour ceux que cela intéresse, une réunion est organisée le le 14 septembre 2020 sur «Comment estimer le caractère infectieux des norovirus dans les coquillages ?» et découvrir les avancées du projet FEAMP OXYVIR.

Le projet a pour objectif de mettre au point une méthode permettant d’estimer la présence de norovirus infectieux dans les coquillages.

Les partenaires du projet FEAMP OXYVIR ont travaillé sur une méthode innovante qui permettra de limiter les retraits injustifiés de lots du marché, d’optimiser les systèmes de purification pour améliorer la qualité sanitaire des coquillages et d’améliorer la surveillance des produits pour les consommateurs.

Je reste septique sur « les retraits injustifiés de lots du marché », il ne suffit pas de le dire mais il faut aussi les dénoncez, dans tous les cas, programme et inscription, ici.